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EMD-8717 'other EM volume' PDB . 5vn8 unspecified # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 5VN3 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2017-04-28 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Ozorowski, G.' 1 ? 'Pallesen, J.' 2 ? 'Ward, A.B.' 3 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nature _citation.journal_id_ASTM NATUAS _citation.journal_id_CSD 0006 _citation.journal_id_ISSN 1476-4687 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 547 _citation.language ? _citation.page_first 360 _citation.page_last 363 _citation.title 'Open and closed structures reveal allostery and pliability in the HIV-1 envelope spike.' _citation.year 2017 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/nature23010 _citation.pdbx_database_id_PubMed 28700571 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Ozorowski, G.' 1 ? primary 'Pallesen, J.' 2 ? primary 'de Val, N.' 3 ? primary 'Lyumkis, D.' 4 ? primary 'Cottrell, C.A.' 5 ? primary 'Torres, J.L.' 6 ? primary 'Copps, J.' 7 ? primary 'Stanfield, R.L.' 8 ? primary 'Cupo, A.' 9 ? primary 'Pugach, P.' 10 ? primary 'Moore, J.P.' 11 ? primary 'Wilson, I.A.' 12 ? primary 'Ward, A.B.' 13 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 5VN3 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5VN3 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man '17b Fab light chain' 23425.869 3 ? ? ? ? 2 polymer man 'Envelope glycoprotein gp160' 17357.824 3 ? 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C CYS 392 SG ? ? ? 1_555 C CYS 456 SG ? ? G CYS 378 G CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf11 disulf ? ? C CYS 399 SG ? ? ? 1_555 C CYS 429 SG ? ? G CYS 385 G CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.020 ? ? disulf12 disulf ? ? D CYS 16 SG ? ? ? 1_555 D CYS 84 SG ? ? C CYS 16 C CYS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf13 disulf ? ? D CYS 130 SG ? ? ? 1_555 D CYS 159 SG ? ? C CYS 130 C CYS 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf14 disulf ? ? E CYS 22 SG ? ? ? 1_555 E CYS 96 SG ? ? H CYS 22 H CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? ? disulf15 disulf ? ? F CYS 23 SG ? ? ? 1_555 F CYS 88 SG ? ? N CYS 23 N CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf16 disulf ? ? G CYS 87 SG ? ? ? 1_555 G CYS 93 SG ? ? B CYS 598 B CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf17 disulf ? ? G CYS 94 SG ? ? ? 1_555 H CYS 512 SG ? ? B CYS 605 I CYS 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf18 disulf ? ? H CYS 59 SG ? ? ? 1_555 H CYS 79 SG ? ? I CYS 54 I CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf19 disulf ? ? H CYS 124 SG ? ? ? 1_555 H CYS 221 SG ? ? I CYS 119 I CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf20 disulf ? ? H CYS 131 SG ? ? ? 1_555 H CYS 212 SG ? ? I CYS 126 I CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf21 disulf ? ? H CYS 234 SG ? ? ? 1_555 H CYS 263 SG ? ? I CYS 218 I CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf22 disulf ? ? H CYS 244 SG ? ? ? 1_555 H CYS 255 SG ? ? I CYS 228 I CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? ? disulf23 disulf ? ? H CYS 312 SG ? ? ? 1_555 H CYS 346 SG ? ? I CYS 296 I CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? ? disulf24 disulf ? ? H CYS 392 SG ? ? ? 1_555 H CYS 456 SG ? ? I CYS 378 I CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf25 disulf ? ? H CYS 399 SG ? ? ? 1_555 H CYS 429 SG ? ? I CYS 385 I CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? ? disulf26 disulf ? ? I CYS 16 SG ? ? ? 1_555 I CYS 84 SG ? ? E CYS 16 E CYS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf27 disulf ? ? I CYS 130 SG ? ? ? 1_555 I CYS 159 SG ? ? E CYS 130 E CYS 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf28 disulf ? ? J CYS 22 SG ? ? ? 1_555 J CYS 96 SG ? ? K CYS 22 K CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? ? disulf29 disulf ? ? K CYS 23 SG ? ? ? 1_555 K CYS 88 SG ? ? O CYS 23 O CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf30 disulf ? ? L CYS 87 SG ? ? ? 1_555 L CYS 93 SG ? ? D CYS 598 D CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf31 disulf ? ? L CYS 94 SG ? ? ? 1_555 M CYS 512 SG ? ? D CYS 605 J CYS 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? ? disulf32 disulf ? ? M CYS 59 SG ? ? ? 1_555 M CYS 79 SG ? ? J CYS 54 J CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf33 disulf ? ? M CYS 124 SG ? ? ? 1_555 M CYS 221 SG ? ? J CYS 119 J CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf34 disulf ? ? M CYS 131 SG ? ? ? 1_555 M CYS 212 SG ? ? J CYS 126 J CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf35 disulf ? ? M CYS 234 SG ? ? ? 1_555 M CYS 263 SG ? ? J CYS 218 J CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf36 disulf ? ? M CYS 244 SG ? ? ? 1_555 M CYS 255 SG ? ? J CYS 228 J CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? ? disulf37 disulf ? ? M CYS 312 SG ? ? ? 1_555 M CYS 346 SG ? ? J CYS 296 J CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.012 ? ? disulf38 disulf ? ? M CYS 392 SG ? ? ? 1_555 M CYS 456 SG ? ? J CYS 378 J CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf39 disulf ? ? M CYS 399 SG ? ? ? 1_555 M CYS 429 SG ? ? J CYS 385 J CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.020 ? ? disulf40 disulf ? ? N CYS 16 SG ? ? ? 1_555 N CYS 84 SG ? ? F CYS 16 F CYS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf41 disulf ? ? N CYS 130 SG ? ? ? 1_555 N CYS 159 SG ? ? F CYS 130 F CYS 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf42 disulf ? ? O CYS 22 SG ? ? ? 1_555 O CYS 96 SG ? ? M CYS 22 M CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? ? covale1 covale one ? B ASN 100 ND2 ? ? ? 1_555 WA NAG . C1 ? ? A ASN 611 A NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? B ASN 105 ND2 ? ? ? 1_555 XA NAG . C1 ? ? A ASN 616 A NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? B ASN 114 ND2 ? ? ? 1_555 YA NAG . C1 ? ? A ASN 625 A NAG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? B ASN 126 ND2 ? ? ? 1_555 ZA NAG . C1 ? ? A ASN 637 A NAG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? C ASN 93 ND2 ? ? ? 1_555 AB NAG . C1 ? ? G ASN 88 G NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? C ASN 250 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? G ASN 234 P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.414 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? C ASN 257 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? G ASN 241 Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.429 ? N-Glycosylation covale8 covale none ? C LEU 277 CD1 ? ? ? 1_555 R NAG . C8 ? ? G LEU 261 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.498 ? ? covale9 covale one ? C ASN 278 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? G ASN 262 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.408 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? C ASN 292 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? G ASN 276 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.429 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? C ASP 295 CB ? ? ? 1_555 S NAG . O6 ? ? G ASP 279 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.380 ? ? covale12 covale one ? C ASN 311 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? G ASN 295 T NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? C ASN 347 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? G ASN 332 U NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? C ALA 351 CB ? ? ? 1_555 BB NAG . O6 ? ? G ALA 336 G NAG 622 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.375 ? ? covale15 covale one ? C ASN 354 ND2 ? ? ? 1_555 BB NAG . C1 ? ? G ASN 339 G NAG 622 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? C ASN 370 ND2 ? ? ? 1_555 CB NAG . C1 ? ? G ASN 355 G NAG 623 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? C ASN 376 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? G ASN 362 V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.425 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? C ASN 400 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? G ASN 386 W NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? C ASN 406 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? G ASN 392 Z NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? C ASN 410 ND2 ? ? ? 1_555 DB NAG . C1 ? ? G ASN 397 G NAG 631 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? C ASN 424 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? G ASN 413 X NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? C ASN 459 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? G ASN 448 Y NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? G ASN 100 ND2 ? ? ? 1_555 EB NAG . C1 ? ? B ASN 611 B NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? G ASN 105 ND2 ? ? ? 1_555 FB NAG . C1 ? ? B ASN 616 B NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? G ASN 114 ND2 ? ? ? 1_555 GB NAG . C1 ? ? B ASN 625 B NAG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? G ASN 126 ND2 ? ? ? 1_555 HB NAG . C1 ? ? B ASN 637 B NAG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.427 ? 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I ASN 413 i NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale43 covale one ? H ASN 459 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? I ASN 448 j NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? N-Glycosylation covale44 covale one ? L ASN 100 ND2 ? ? ? 1_555 MB NAG . C1 ? ? D ASN 611 D NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale45 covale one ? L ASN 105 ND2 ? ? ? 1_555 NB NAG . C1 ? ? D ASN 616 D NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale46 covale one ? L ASN 114 ND2 ? ? ? 1_555 OB NAG . C1 ? ? D ASN 625 D NAG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale47 covale one ? L ASN 126 ND2 ? ? ? 1_555 PB NAG . C1 ? ? D ASN 637 D NAG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale48 covale one ? M ASN 93 ND2 ? ? ? 1_555 QB NAG . C1 ? ? J ASN 88 J NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.426 ? N-Glycosylation covale49 covale one ? M ASN 250 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? J ASN 234 l NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.412 ? N-Glycosylation covale50 covale one ? M ASN 257 ND2 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? J ASN 241 m NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.429 ? N-Glycosylation covale51 covale one ? M ASN 278 ND2 ? ? ? 1_555 NA NAG . C1 ? ? J ASN 262 n NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.427 ? N-Glycosylation covale52 covale one ? M ASN 292 ND2 ? ? ? 1_555 OA NAG . C1 ? ? J ASN 276 o NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.429 ? N-Glycosylation covale53 covale one ? M ASP 295 CB ? ? ? 1_555 OA NAG . O6 ? ? J ASP 279 o NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.380 ? ? covale54 covale one ? M ASN 311 ND2 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? J ASN 295 p NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale55 covale one ? M ASN 347 ND2 ? ? ? 1_555 QA NAG . C1 ? ? J ASN 332 q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale56 covale one ? M ALA 351 CB ? ? ? 1_555 RB NAG . O6 ? ? J ALA 336 J NAG 622 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.375 ? ? covale57 covale one ? M ASN 354 ND2 ? ? ? 1_555 RB NAG . C1 ? ? J ASN 339 J NAG 622 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale58 covale one ? 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_software.classification refinement _software.compiler_name ? _software.compiler_version ? _software.contact_author ? _software.contact_author_email ? _software.date ? _software.description ? _software.dependencies ? _software.hardware ? _software.language ? _software.location ? _software.mods ? _software.name PHENIX _software.os ? _software.os_version ? _software.type ? _software.version 1.11.1_2575: _software.pdbx_ordinal 1 # _em_3d_fitting.entry_id 5VN3 _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ;Homology model of B41 SOSIP.664 created using PDB 5CEZ as initial model. sCD4 and 17b coordinates taken from PDB 1GC1. 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O TYR 191 1040 1 Y 1 M SER 177 ? O SER 192 1041 1 Y 1 M LEU 178 ? O LEU 193 1042 1 Y 1 M SER 179 ? O SER 194 1043 1 Y 1 M SER 180 ? O SER 195 1044 1 Y 1 M VAL 181 ? O VAL 196 1045 1 Y 1 M VAL 182 ? O VAL 197 1046 1 Y 1 M THR 183 ? O THR 198 1047 1 Y 1 M VAL 184 ? O VAL 199 1048 1 Y 1 M PRO 185 ? O PRO 200 1049 1 Y 1 M SER 186 ? O SER 201 1050 1 Y 1 M SER 187 ? O SER 202 1051 1 Y 1 M SER 188 ? O SER 203 1052 1 Y 1 M LEU 189 ? O LEU 204 1053 1 Y 1 M GLY 190 ? O GLY 205 1054 1 Y 1 M THR 191 ? O THR 206 1055 1 Y 1 M GLN 192 ? O GLN 207 1056 1 Y 1 M THR 193 ? O THR 208 1057 1 Y 1 M TYR 194 ? O TYR 209 1058 1 Y 1 M ILE 195 ? O ILE 210 1059 1 Y 1 M CYS 196 ? O CYS 211 1060 1 Y 1 M ASN 197 ? O ASN 212 1061 1 Y 1 M VAL 198 ? O VAL 213 1062 1 Y 1 M ASN 199 ? O ASN 214 1063 1 Y 1 M HIS 200 ? O HIS 215 1064 1 Y 1 M LYS 201 ? O LYS 216 1065 1 Y 1 M PRO 202 ? O PRO 217 1066 1 Y 1 M SER 203 ? O SER 218 1067 1 Y 1 M ASN 204 ? O ASN 219 1068 1 Y 1 M THR 205 ? O THR 220 1069 1 Y 1 M LYS 206 ? O LYS 221 1070 1 Y 1 M VAL 207 ? O VAL 222 1071 1 Y 1 M ASP 208 ? O ASP 223 1072 1 Y 1 M LYS 209 ? O LYS 224 1073 1 Y 1 M LYS 210 ? O LYS 225 1074 1 Y 1 M VAL 211 ? O VAL 226 1075 1 Y 1 M GLU 212 ? O GLU 227 1076 1 Y 1 M PRO 213 ? O PRO 228 1077 1 Y 1 M LYS 214 ? O LYS 229 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 150 mM NaCl 'sodium chloride' 1 2 50 mM ? Tris 1 3 0.06 mM ? DDM # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.63 # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 1 2 ? ? 11676 ? ? 'Human immunodeficiency virus 1' ? ? 2 3 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? 3 4 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 1 2 HEK293F 9606 'Homo sapiens' ? ? 2 3 HEK293F 9606 'Homo sapiens' ? ? 3 4 HEK293F 9606 'Homo sapiens' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 58 _em_image_recording.average_exposure_time 10 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images 1169 # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? 'DoG Picker' ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? Leginon ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? Gctf 1.06 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' 1.10.1 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' ? Rosetta 2016.02.58402 ? 1 ? 10 'MODEL REFINEMENT' Phenix.real_space_refine PHENIX 1.11.1-2575 ? 1 ? 11 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2.0 1 ? ? 12 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2.0 1 ? ? 13 CLASSIFICATION ? RELION 2.0 1 ? ? 14 RECONSTRUCTION ? RELION 2.0 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 4 _em_specimen.details ;B41 SOSIP.664 was incubated with a 6X molar excess of soluble CD4 and 17b Fab overnight at room temperature, purified by size exclusion chromatography, and concentrated prior to grid application ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' 'UM1 AI100663' 1 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' 'P01 AI110657' 2 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero P 6 NAG 1 P NAG 1 G NAG 1234 n P 6 NAG 2 P NAG 2 G NAG 1235 n Q 7 NAG 1 Q NAG 1 G NAG 1241 n Q 7 NAG 2 Q NAG 2 G NAG 1242 n Q 7 BMA 3 Q BMA 3 G BMA 1243 n R 8 NAG 1 R NAG 1 G NAG 1262 n R 8 NAG 2 R NAG 2 G NAG 1263 n R 8 BMA 3 R BMA 3 G BMA 1264 n R 8 MAN 4 R MAN 4 G MAN 1265 n R 8 MAN 5 R MAN 5 G MAN 1266 n R 8 MAN 6 R MAN 6 G MAN 1267 n R 8 MAN 7 R MAN 7 G MAN 1268 n S 9 NAG 1 S NAG 1 G NAG 1276 n S 9 NAG 2 S NAG 2 G NAG 1277 n S 9 BMA 3 S BMA 3 G BMA 1278 n S 9 MAN 4 S MAN 4 G MAN 1279 n T 6 NAG 1 T NAG 1 G NAG 1295 n T 6 NAG 2 T NAG 2 G NAG 1296 n U 6 NAG 1 U NAG 1 G NAG 1332 n U 6 NAG 2 U NAG 2 G NAG 1333 n V 10 NAG 1 V NAG 1 G NAG 1362 n V 10 NAG 2 V NAG 2 G NAG 1363 n V 10 BMA 3 V BMA 3 G BMA 1364 n V 10 MAN 4 V MAN 4 G MAN 1365 n W 7 NAG 1 W NAG 1 G NAG 1386 n W 7 NAG 2 W NAG 2 G NAG 1387 n W 7 BMA 3 W BMA 3 G BMA 1388 n X 7 NAG 1 X NAG 1 G NAG 1413 n X 7 NAG 2 X NAG 2 G NAG 1414 n X 7 BMA 3 X BMA 3 G BMA 1415 n Y 6 NAG 1 Y NAG 1 G NAG 1448 n Y 6 NAG 2 Y NAG 2 G NAG 1449 n Z 7 NAG 1 Z NAG 1 G NAG 1392 n Z 7 NAG 2 Z NAG 2 G NAG 1393 n Z 7 BMA 3 Z BMA 3 G BMA 1394 n AA 6 NAG 1 a NAG 1 I NAG 1234 n AA 6 NAG 2 a NAG 2 I NAG 1235 n BA 7 NAG 1 b NAG 1 I NAG 1241 n BA 7 NAG 2 b NAG 2 I NAG 1242 n BA 7 BMA 3 b BMA 3 I BMA 1243 n CA 8 NAG 1 c NAG 1 I NAG 1262 n CA 8 NAG 2 c NAG 2 I NAG 1263 n CA 8 BMA 3 c BMA 3 I BMA 1264 n CA 8 MAN 4 c MAN 4 I MAN 1265 n CA 8 MAN 5 c MAN 5 I MAN 1266 n CA 8 MAN 6 c MAN 6 I MAN 1267 n CA 8 MAN 7 c MAN 7 I MAN 1268 n DA 9 NAG 1 d NAG 1 I NAG 1276 n DA 9 NAG 2 d NAG 2 I NAG 1277 n DA 9 BMA 3 d BMA 3 I BMA 1278 n DA 9 MAN 4 d MAN 4 I MAN 1279 n EA 6 NAG 1 e NAG 1 I NAG 1295 n EA 6 NAG 2 e NAG 2 I NAG 1296 n FA 6 NAG 1 f NAG 1 I NAG 1332 n FA 6 NAG 2 f NAG 2 I NAG 1333 n GA 10 NAG 1 g NAG 1 I NAG 1362 n GA 10 NAG 2 g NAG 2 I NAG 1363 n GA 10 BMA 3 g BMA 3 I BMA 1364 n GA 10 MAN 4 g MAN 4 I MAN 1365 n HA 7 NAG 1 h NAG 1 I NAG 1386 n HA 7 NAG 2 h NAG 2 I NAG 1387 n HA 7 BMA 3 h BMA 3 I BMA 1388 n IA 7 NAG 1 i NAG 1 I NAG 1413 n IA 7 NAG 2 i NAG 2 I NAG 1414 n IA 7 BMA 3 i BMA 3 I BMA 1415 n JA 6 NAG 1 j NAG 1 I NAG 1448 n JA 6 NAG 2 j NAG 2 I NAG 1449 n KA 7 NAG 1 k NAG 1 I NAG 1392 n KA 7 NAG 2 k NAG 2 I NAG 1393 n KA 7 BMA 3 k BMA 3 I BMA 1394 n LA 6 NAG 1 l NAG 1 J NAG 1234 n LA 6 NAG 2 l NAG 2 J NAG 1235 n MA 7 NAG 1 m NAG 1 J NAG 1241 n MA 7 NAG 2 m NAG 2 J NAG 1242 n MA 7 BMA 3 m BMA 3 J BMA 1243 n NA 8 NAG 1 n NAG 1 J NAG 1262 n NA 8 NAG 2 n NAG 2 J NAG 1263 n NA 8 BMA 3 n BMA 3 J BMA 1264 n NA 8 MAN 4 n MAN 4 J MAN 1265 n NA 8 MAN 5 n MAN 5 J MAN 1266 n NA 8 MAN 6 n MAN 6 J MAN 1267 n NA 8 MAN 7 n MAN 7 J MAN 1268 n OA 9 NAG 1 o NAG 1 J NAG 1276 n OA 9 NAG 2 o NAG 2 J NAG 1277 n OA 9 BMA 3 o BMA 3 J BMA 1278 n OA 9 MAN 4 o MAN 4 J MAN 1279 n PA 6 NAG 1 p NAG 1 J NAG 1295 n PA 6 NAG 2 p NAG 2 J NAG 1296 n QA 6 NAG 1 q NAG 1 J NAG 1332 n QA 6 NAG 2 q NAG 2 J NAG 1333 n RA 10 NAG 1 r NAG 1 J NAG 1362 n RA 10 NAG 2 r NAG 2 J NAG 1363 n RA 10 BMA 3 r BMA 3 J BMA 1364 n RA 10 MAN 4 r MAN 4 J MAN 1365 n SA 7 NAG 1 s NAG 1 J NAG 1386 n SA 7 NAG 2 s NAG 2 J NAG 1387 n SA 7 BMA 3 s BMA 3 J BMA 1388 n TA 7 NAG 1 t NAG 1 J NAG 1413 n TA 7 NAG 2 t NAG 2 J NAG 1414 n TA 7 BMA 3 t BMA 3 J BMA 1415 n UA 6 NAG 1 u NAG 1 J NAG 1448 n UA 6 NAG 2 u NAG 2 J NAG 1449 n VA 7 NAG 1 v NAG 1 J NAG 1392 n VA 7 NAG 2 v NAG 2 J NAG 1393 n VA 7 BMA 3 v BMA 3 J BMA 1394 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 6 oligosaccharide 7 oligosaccharide 8 oligosaccharide 9 oligosaccharide 10 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 6 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 6 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 6 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 4 7 DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 7 'WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 7 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 7 8 'DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 8 8 'WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 9 8 ;[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}} ; LINUCS PDB-CARE ? 10 9 DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 11 9 'WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 12 9 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 13 10 DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 14 10 'WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 15 10 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 7 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 3 7 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 4 8 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 5 8 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 6 8 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 7 8 5 MAN C1 O1 4 MAN O2 HO2 sing ? 8 8 6 MAN C1 O1 5 MAN O2 HO2 sing ? 9 8 7 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 10 9 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 11 9 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 12 9 4 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 13 10 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 14 10 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 15 10 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n 7 NAG 1 n 7 NAG 2 n 7 BMA 3 n 8 NAG 1 n 8 NAG 2 n 8 BMA 3 n 8 MAN 4 n 8 MAN 5 n 8 MAN 6 n 8 MAN 7 n 9 NAG 1 n 9 NAG 2 n 9 BMA 3 n 9 MAN 4 n 10 NAG 1 n 10 NAG 2 n 10 BMA 3 n 10 MAN 4 n # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 11 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 microscopy ? 2 1 'gel filtration' ? #