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UNP Q6Q099 ARG 13 conflict 13 14 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetradecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 14 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 51650 ? 1 MORE -195 ? 1 'SSA (A^2)' 289180 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support microscopy _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 8 ? 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THR A 385 GLY A 410 1 ? 26 HELX_P HELX_P16 AB7 GLY A 415 ? LYS A 424 ? GLY A 416 LYS A 425 1 ? 10 HELX_P HELX_P17 AB8 ASN A 432 ? GLY A 458 ? ASN A 433 GLY A 459 1 ? 27 HELX_P HELX_P18 AB9 GLU A 460 ? GLY A 471 ? GLU A 461 GLY A 472 1 ? 12 HELX_P HELX_P19 AC1 THR A 496 ? THR A 515 ? THR A 497 THR A 516 1 ? 20 HELX_P HELX_P20 AC2 GLY B 8 ? THR B 29 ? GLY B 9 THR B 30 1 ? 22 HELX_P HELX_P21 AC3 ASP B 51 ? ILE B 59 ? ASP B 52 ILE B 60 1 ? 9 HELX_P HELX_P22 AC4 ASP B 63 ? GLY B 85 ? ASP B 64 GLY B 86 1 ? 23 HELX_P HELX_P23 AC5 GLY B 87 ? ALA B 108 ? GLY B 88 ALA B 109 1 ? 22 HELX_P HELX_P24 AC6 ASN B 111 ? SER B 134 ? ASN B 112 SER B 135 1 ? 24 HELX_P HELX_P25 AC7 ASP B 139 ? ALA B 151 ? ASP B 140 ALA B 152 1 ? 13 HELX_P HELX_P26 AC8 ASP B 154 ? GLY B 169 ? ASP B 155 GLY B 170 1 ? 16 HELX_P HELX_P27 AC9 SER B 200 ? ILE B 204 ? SER B 201 ILE B 205 5 ? 5 HELX_P HELX_P28 AD1 ASN B 228 ? GLU B 231 ? ASN B 229 GLU B 232 5 ? 4 HELX_P HELX_P29 AD2 MET B 232 ? GLY B 243 ? MET B 233 GLY B 244 1 ? 12 HELX_P HELX_P30 AD3 GLY B 255 ? GLY B 268 ? GLY B 256 GLY B 269 1 ? 14 HELX_P HELX_P31 AD4 GLY B 281 ? GLY B 296 ? GLY B 282 GLY B 297 1 ? 16 HELX_P HELX_P32 AD5 GLU B 337 ? GLU B 354 ? GLU B 338 GLU B 355 1 ? 18 HELX_P HELX_P33 AD6 SER B 357 ? GLY B 374 ? SER B 358 GLY B 375 1 ? 18 HELX_P HELX_P34 AD7 THR B 384 ? GLY B 409 ? THR B 385 GLY B 410 1 ? 26 HELX_P HELX_P35 AD8 GLY B 415 ? LYS B 424 ? GLY B 416 LYS B 425 1 ? 10 HELX_P HELX_P36 AD9 ASN B 432 ? GLY B 458 ? ASN B 433 GLY B 459 1 ? 27 HELX_P HELX_P37 AE1 GLU B 460 ? GLY B 471 ? GLU B 461 GLY B 472 1 ? 12 HELX_P HELX_P38 AE2 THR B 496 ? THR B 515 ? THR B 497 THR B 516 1 ? 20 HELX_P HELX_P39 AE3 GLY C 8 ? THR C 29 ? GLY C 9 THR C 30 1 ? 22 HELX_P HELX_P40 AE4 ASP C 51 ? ILE C 59 ? ASP C 52 ILE C 60 1 ? 9 HELX_P HELX_P41 AE5 ASP C 63 ? GLY C 85 ? ASP C 64 GLY C 86 1 ? 23 HELX_P HELX_P42 AE6 GLY C 87 ? ALA C 108 ? GLY C 88 ALA C 109 1 ? 22 HELX_P HELX_P43 AE7 ASN C 111 ? SER C 134 ? ASN C 112 SER C 135 1 ? 24 HELX_P HELX_P44 AE8 ASP C 139 ? ALA C 151 ? ASP C 140 ALA C 152 1 ? 13 HELX_P HELX_P45 AE9 ASP C 154 ? GLY C 169 ? ASP C 155 GLY C 170 1 ? 16 HELX_P HELX_P46 AF1 SER C 200 ? ILE C 204 ? SER C 201 ILE C 205 5 ? 5 HELX_P HELX_P47 AF2 ASN C 228 ? GLU C 231 ? ASN C 229 GLU C 232 5 ? 4 HELX_P HELX_P48 AF3 MET C 232 ? GLY C 243 ? MET C 233 GLY C 244 1 ? 12 HELX_P HELX_P49 AF4 GLY C 255 ? GLY C 268 ? GLY C 256 GLY C 269 1 ? 14 HELX_P HELX_P50 AF5 GLY C 281 ? GLY C 296 ? GLY C 282 GLY C 297 1 ? 16 HELX_P HELX_P51 AF6 GLU C 337 ? GLU C 354 ? GLU C 338 GLU C 355 1 ? 18 HELX_P HELX_P52 AF7 SER C 357 ? GLY C 374 ? SER C 358 GLY C 375 1 ? 18 HELX_P HELX_P53 AF8 THR C 384 ? GLY C 409 ? THR C 385 GLY C 410 1 ? 26 HELX_P HELX_P54 AF9 GLY C 415 ? LYS C 424 ? GLY C 416 LYS C 425 1 ? 10 HELX_P HELX_P55 AG1 ASN C 432 ? GLY C 458 ? ASN C 433 GLY C 459 1 ? 27 HELX_P HELX_P56 AG2 GLU C 460 ? GLY C 471 ? GLU C 461 GLY C 472 1 ? 12 HELX_P HELX_P57 AG3 THR C 496 ? THR C 515 ? THR C 497 THR C 516 1 ? 20 HELX_P HELX_P58 AG4 GLY D 8 ? THR D 29 ? GLY D 9 THR D 30 1 ? 22 HELX_P HELX_P59 AG5 ASP D 51 ? ILE D 59 ? ASP D 52 ILE D 60 1 ? 9 HELX_P HELX_P60 AG6 ASP D 63 ? GLY D 85 ? ASP D 64 GLY D 86 1 ? 23 HELX_P HELX_P61 AG7 GLY D 87 ? ALA D 108 ? GLY D 88 ALA D 109 1 ? 22 HELX_P HELX_P62 AG8 ASN D 111 ? SER D 134 ? ASN D 112 SER D 135 1 ? 24 HELX_P HELX_P63 AG9 ASP D 139 ? ALA D 151 ? ASP D 140 ALA D 152 1 ? 13 HELX_P HELX_P64 AH1 ASP D 154 ? GLY D 169 ? ASP D 155 GLY D 170 1 ? 16 HELX_P HELX_P65 AH2 SER D 200 ? ILE D 204 ? SER D 201 ILE D 205 5 ? 5 HELX_P HELX_P66 AH3 ASN D 228 ? GLU D 231 ? ASN D 229 GLU D 232 5 ? 4 HELX_P HELX_P67 AH4 MET D 232 ? GLY D 243 ? MET D 233 GLY D 244 1 ? 12 HELX_P HELX_P68 AH5 GLY D 255 ? GLY D 268 ? GLY D 256 GLY D 269 1 ? 14 HELX_P HELX_P69 AH6 GLY D 281 ? GLY D 296 ? GLY D 282 GLY D 297 1 ? 16 HELX_P HELX_P70 AH7 GLU D 337 ? GLU D 354 ? GLU D 338 GLU D 355 1 ? 18 HELX_P HELX_P71 AH8 SER D 357 ? GLY D 374 ? SER D 358 GLY D 375 1 ? 18 HELX_P HELX_P72 AH9 THR D 384 ? GLY D 409 ? THR D 385 GLY D 410 1 ? 26 HELX_P HELX_P73 AI1 GLY D 415 ? LYS D 424 ? GLY D 416 LYS D 425 1 ? 10 HELX_P HELX_P74 AI2 ASN D 432 ? GLY D 458 ? ASN D 433 GLY D 459 1 ? 27 HELX_P HELX_P75 AI3 GLU D 460 ? GLY D 471 ? GLU D 461 GLY D 472 1 ? 12 HELX_P HELX_P76 AI4 THR D 496 ? THR D 515 ? THR D 497 THR D 516 1 ? 20 HELX_P HELX_P77 AI5 GLY E 8 ? THR E 29 ? GLY E 9 THR E 30 1 ? 22 HELX_P HELX_P78 AI6 ASP E 51 ? ILE E 59 ? ASP E 52 ILE E 60 1 ? 9 HELX_P HELX_P79 AI7 ASP E 63 ? GLY E 85 ? ASP E 64 GLY E 86 1 ? 23 HELX_P HELX_P80 AI8 GLY E 87 ? ALA E 108 ? GLY E 88 ALA E 109 1 ? 22 HELX_P HELX_P81 AI9 ASN E 111 ? SER E 134 ? ASN E 112 SER E 135 1 ? 24 HELX_P HELX_P82 AJ1 ASP E 139 ? ALA E 151 ? ASP E 140 ALA E 152 1 ? 13 HELX_P HELX_P83 AJ2 ASP E 154 ? GLY E 169 ? ASP E 155 GLY E 170 1 ? 16 HELX_P HELX_P84 AJ3 SER E 200 ? ILE E 204 ? SER E 201 ILE E 205 5 ? 5 HELX_P HELX_P85 AJ4 ASN E 228 ? GLU E 231 ? ASN E 229 GLU E 232 5 ? 4 HELX_P HELX_P86 AJ5 MET E 232 ? GLY E 243 ? MET E 233 GLY E 244 1 ? 12 HELX_P HELX_P87 AJ6 GLY E 255 ? GLY E 268 ? GLY E 256 GLY E 269 1 ? 14 HELX_P HELX_P88 AJ7 GLY E 281 ? GLY E 296 ? GLY E 282 GLY E 297 1 ? 16 HELX_P HELX_P89 AJ8 GLU E 337 ? GLU E 354 ? GLU E 338 GLU E 355 1 ? 18 HELX_P HELX_P90 AJ9 SER E 357 ? GLY E 374 ? SER E 358 GLY E 375 1 ? 18 HELX_P HELX_P91 AK1 THR E 384 ? GLY E 409 ? THR E 385 GLY E 410 1 ? 26 HELX_P HELX_P92 AK2 GLY E 415 ? LYS E 424 ? GLY E 416 LYS E 425 1 ? 10 HELX_P HELX_P93 AK3 ASN E 432 ? GLY E 458 ? ASN E 433 GLY E 459 1 ? 27 HELX_P HELX_P94 AK4 GLU E 460 ? GLY E 471 ? GLU E 461 GLY E 472 1 ? 12 HELX_P HELX_P95 AK5 THR E 496 ? THR E 515 ? THR E 497 THR E 516 1 ? 20 HELX_P HELX_P96 AK6 GLY F 8 ? THR F 29 ? GLY F 9 THR F 30 1 ? 22 HELX_P HELX_P97 AK7 ASP F 51 ? ILE F 59 ? ASP F 52 ILE F 60 1 ? 9 HELX_P HELX_P98 AK8 ASP F 63 ? GLY F 85 ? ASP F 64 GLY F 86 1 ? 23 HELX_P HELX_P99 AK9 GLY F 87 ? ALA F 108 ? GLY F 88 ALA F 109 1 ? 22 HELX_P HELX_P100 AL1 ASN F 111 ? SER F 134 ? ASN F 112 SER F 135 1 ? 24 HELX_P HELX_P101 AL2 ASP F 139 ? ALA F 151 ? ASP F 140 ALA F 152 1 ? 13 HELX_P HELX_P102 AL3 ASP F 154 ? GLY F 169 ? ASP F 155 GLY F 170 1 ? 16 HELX_P HELX_P103 AL4 SER F 200 ? ILE F 204 ? SER F 201 ILE F 205 5 ? 5 HELX_P HELX_P104 AL5 ASN F 228 ? GLU F 231 ? ASN F 229 GLU F 232 5 ? 4 HELX_P HELX_P105 AL6 MET F 232 ? GLY F 243 ? MET F 233 GLY F 244 1 ? 12 HELX_P HELX_P106 AL7 GLY F 255 ? GLY F 268 ? GLY F 256 GLY F 269 1 ? 14 HELX_P HELX_P107 AL8 GLY F 281 ? GLY F 296 ? GLY F 282 GLY F 297 1 ? 16 HELX_P HELX_P108 AL9 GLU F 337 ? GLU F 354 ? GLU F 338 GLU F 355 1 ? 18 HELX_P HELX_P109 AM1 SER F 357 ? GLY F 374 ? SER F 358 GLY F 375 1 ? 18 HELX_P HELX_P110 AM2 THR F 384 ? GLY F 409 ? THR F 385 GLY F 410 1 ? 26 HELX_P HELX_P111 AM3 GLY F 415 ? LYS F 424 ? GLY F 416 LYS F 425 1 ? 10 HELX_P HELX_P112 AM4 ASN F 432 ? GLY F 458 ? ASN F 433 GLY F 459 1 ? 27 HELX_P HELX_P113 AM5 GLU F 460 ? 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The weighted map provides a better approximation of the experimental map by simulating map variability as opposed to treating all atoms equally. The correlations for both the FSC and the per-residue assessment showed improvements when properly weighted, further demonstrating that our model provides a good approximation of the experimental data ; _em_3d_fitting.entry_id 5W0S _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.target_criteria ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 5W0S _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 37367 _em_3d_reconstruction.resolution 3.5 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.2 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.name 'Wild type GroEL' _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list 1 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 5W0S _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'JEOL 3200FSC' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_max ? _em_imaging.nominal_defocus_min ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.instrument ? _em_vitrification.entry_id 5W0S _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 5W0S _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 5W0S _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry D7 # loop_ _pdbx_distant_solvent_atoms.id _pdbx_distant_solvent_atoms.PDB_model_num _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_atom_id _pdbx_distant_solvent_atoms.label_alt_id _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_asym_id _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_comp_id _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id _pdbx_distant_solvent_atoms.PDB_ins_code _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_ligand_distance 1 1 O ? 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