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_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MTPILAAEALTYAFPGGVKALDDLSLAVPKGESLAILGPNGAGKSTLLLHLNGTLRPQSGRVLLGGTATGHSRKDLTGWR RRVGLVLQDADDQLFATTVFEDVSFGPLNLGLSEAEARARVEEALAALSISDLRDRPTHMLSGGQKRRVAIAGAVAMRPE VLLLDEPTAGLDLAGTEQLLTLLRGLRAAGMTLVFSTHDVELAAALADRVALFRTGRVLAEGAAEAVLSDRATLAKVALR PPLVIDLALLARDHGLLAPEAPLPKTRDALAAQMAGWTRR ; ;MTPILAAEALTYAFPGGVKALDDLSLAVPKGESLAILGPNGAGKSTLLLHLNGTLRPQSGRVLLGGTATGHSRKDLTGWR RRVGLVLQDADDQLFATTVFEDVSFGPLNLGLSEAEARARVEEALAALSISDLRDRPTHMLSGGQKRRVAIAGAVAMRPE VLLLDEPTAGLDLAGTEQLLTLLRGLRAAGMTLVFSTHDVELAAALADRVALFRTGRVLAEGAAEAVLSDRATLAKVALR PPLVIDLALLARDHGLLAPEAPLPKTRDALAAQMAGWTRR ; A,B,C,D ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MHIMEGYLPVTHAIGWSLAAAPFVVAGALKIRKIVAERPEARMTLAAAGAFAFVLSALKIPSVTGSCSHPTGTGLGAVVF GPSVMAVLGVIVLLFQALLLAHGGLTTLGANAFSMAIVGPWVAFGVYKLAGKAGASMAVAVFLAAFLGDLATYVTTSLQL ALAYPDPASGFLGAALKFGSVFALTQIPLAIAEGFLTVIVVDALAGKVADEDKLRILAGEAR ; ;MHIMEGYLPVTHAIGWSLAAAPFVVAGALKIRKIVAERPEARMTLAAAGAFAFVLSALKIPSVTGSCSHPTGTGLGAVVF GPSVMAVLGVIVLLFQALLLAHGGLTTLGANAFSMAIVGPWVAFGVYKLAGKAGASMAVAVFLAAFLGDLATYVTTSLQL ALAYPDPASGFLGAALKFGSVFALTQIPLAIAEGFLTVIVVDALAGKVADEDKLRILAGEAR ; M,E ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MGSHHHHHHSGSMSIASIDRVAAQGHWRSRPLAEKSLIGLGFLALAVTVPPFPGAVLVTVAILAFTFLGARVPLRFWASV AVLPLGFLTTGAAVLLIQIGPEGIGLAPDGPAKAAALVMRATAATCCLLFLATTTPAADLLSGLRRWRVPAELIEIALLT YRFVFILAEEAAAMTTAQRARLGHATRRRWLRSTAQVIAALLPRALTRARRLETGLGARNWQGEMRVLSTRPPASARVLG LILTLQAAILAAGVLL ; ;MGSHHHHHHSGSMSIASIDRVAAQGHWRSRPLAEKSLIGLGFLALAVTVPPFPGAVLVTVAILAFTFLGARVPLRFWASV AVLPLGFLTTGAAVLLIQIGPEGIGLAPDGPAKAAALVMRATAATCCLLFLATTTPAADLLSGLRRWRVPAELIEIALLT YRFVFILAEEAAAMTTAQRARLGHATRRRWLRSTAQVIAALLPRALTRARRLETGLGARNWQGEMRVLSTRPPASARVLG LILTLQAAILAAGVLL ; Q,F ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 THR n 1 3 PRO n 1 4 ILE n 1 5 LEU n 1 6 ALA n 1 7 ALA n 1 8 GLU n 1 9 ALA n 1 10 LEU n 1 11 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_refine.pdbx_stereochemistry_target_values ML _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML 0.49 _refine.pdbx_overall_phase_error 37.51 _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 14359 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 14359 _refine_hist.d_res_high 3.470 _refine_hist.d_res_low 47.962 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function f_bond_d 0.015 ? 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'X-RAY DIFFRACTION' . 7.9337 47.9666 2900 0.2371 98.00 0.2644 . . 158 . . # _struct.entry_id 5X41 _struct.title '3.5A resolution structure of a cobalt energy-coupling factor transporter using LCP method-CbiMQO' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 5X41 _struct_keywords.text 'CbiMQO, ECF transporter, LCP, TRANSPORT PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'TRANSPORT PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 3 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 2 ? H N N 3 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 5X41 5X41 ? 1 ? 1 2 UNP A0A0Q0R232_RHOCA A0A0Q0R232 ? 2 ;MHIMEGYLPVTHAIGWSLAAAPFVVAGALKIRKIVAERPEARMTLAAAGAFAFVLSALKIPSVTGSCSHPTGTGLGAVVF GPSVMAVLGVIVLLFQALLLAHGGLTTLGANAFSMAIVGPWVAFGVYKLAGKAGASMAVAVFLAAFLGDLATYVTTSLQL ALAYPDPASGFLGAALKFGSVFALTQIPLAIAEGFLTVIVVDALAGKVADEDKLRILAGEAR ; 1 3 PDB 5X41 5X41 ? 3 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 5X41 A 1 ? 280 ? 5X41 1 ? 280 ? 1 280 2 1 5X41 B 1 ? 280 ? 5X41 1 ? 280 ? 1 280 3 2 5X41 M 1 ? 222 ? A0A0Q0R232 1 ? 222 ? 1 222 4 3 5X41 Q 1 ? 256 ? 5X41 -11 ? 244 ? -11 244 5 1 5X41 C 1 ? 280 ? 5X41 1 ? 280 ? 1 280 6 1 5X41 D 1 ? 280 ? 5X41 1 ? 280 ? 1 280 7 2 5X41 E 1 ? 222 ? A0A0Q0R232 1 ? 222 ? 1 222 8 3 5X41 F 1 ? 256 ? 5X41 -11 ? 244 ? -11 244 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_and_software_defined_assembly PISA tetrameric 4 2 author_and_software_defined_assembly PISA tetrameric 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 12530 ? 1 MORE -101 ? 1 'SSA (A^2)' 41440 ? 2 'ABSA (A^2)' 12990 ? 2 MORE -101 ? 2 'SSA (A^2)' 41300 ? # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,B,C,D 2 1 E,F,G,H # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 43 ? 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THR B 98 SER B 104 1 ? 7 HELX_P HELX_P16 AB7 SER B 104 ? ASN B 109 ? SER B 104 ASN B 109 1 ? 6 HELX_P HELX_P17 AB8 GLU B 114 ? ALA B 127 ? GLU B 114 ALA B 127 1 ? 14 HELX_P HELX_P18 AB9 PRO B 137 ? LEU B 141 ? PRO B 137 LEU B 141 5 ? 5 HELX_P HELX_P19 AC1 SER B 142 ? ALA B 156 ? SER B 142 ALA B 156 1 ? 15 HELX_P HELX_P20 AC2 ASP B 172 ? GLY B 190 ? ASP B 172 GLY B 190 1 ? 19 HELX_P HELX_P21 AC3 ASP B 199 ? GLU B 201 ? ASP B 199 GLU B 201 5 ? 3 HELX_P HELX_P22 AC4 LEU B 202 ? ALA B 207 ? LEU B 202 ALA B 207 1 ? 6 HELX_P HELX_P23 AC5 ALA B 223 ? LEU B 228 ? ALA B 223 LEU B 228 1 ? 6 HELX_P HELX_P24 AC6 ASP B 230 ? VAL B 237 ? ASP B 230 VAL B 237 1 ? 8 HELX_P HELX_P25 AC7 PRO C 9 ? SER C 17 ? PRO M 9 SER M 17 1 ? 9 HELX_P HELX_P26 AC8 ALA C 20 ? ARG C 38 ? ALA M 20 ARG M 38 1 ? 19 HELX_P HELX_P27 AC9 GLU C 40 ? LEU C 58 ? GLU M 40 LEU M 58 1 ? 19 HELX_P HELX_P28 AD1 GLY C 74 ? PHE C 80 ? GLY M 74 PHE M 80 1 ? 7 HELX_P HELX_P29 AD2 GLY C 81 ? LEU C 99 ? GLY M 81 LEU M 99 1 ? 19 HELX_P HELX_P30 AD3 ALA C 110 ? ALA C 116 ? ALA M 110 ALA M 116 1 ? 7 HELX_P HELX_P31 AD4 ILE C 117 ? ALA C 133 ? ILE M 117 ALA M 133 1 ? 17 HELX_P HELX_P32 AD5 SER C 136 ? TYR C 164 ? SER M 136 TYR M 164 1 ? 29 HELX_P HELX_P33 AD6 PHE C 171 ? PHE C 182 ? PHE M 171 PHE M 182 1 ? 12 HELX_P HELX_P34 AD7 THR C 185 ? LYS C 207 ? THR M 185 LYS M 207 1 ? 23 HELX_P HELX_P35 AD8 ILE D 15 ? ALA D 22 ? ILE Q 3 ALA Q 10 1 ? 8 HELX_P HELX_P36 AD9 PRO D 31 ? VAL D 49 ? PRO Q 19 VAL Q 37 1 ? 19 HELX_P HELX_P37 AE1 GLY D 54 ? LEU D 68 ? GLY Q 42 LEU Q 56 1 ? 15 HELX_P HELX_P38 AE2 TRP D 77 ? GLN D 98 ? TRP Q 65 GLN Q 86 1 ? 22 HELX_P HELX_P39 AE3 ASP D 109 ? ALA D 114 ? ASP Q 97 ALA Q 102 1 ? 6 HELX_P HELX_P40 AE4 ALA D 114 ? THR D 135 ? ALA Q 102 THR Q 123 1 ? 22 HELX_P HELX_P41 AE5 PRO D 136 ? LEU D 144 ? PRO Q 124 LEU Q 132 1 ? 9 HELX_P HELX_P42 AE6 PRO D 150 ? ILE D 166 ? PRO Q 138 ILE Q 154 1 ? 17 HELX_P HELX_P43 AE7 LEU D 167 ? ALA D 180 ? LEU Q 155 ALA Q 168 1 ? 14 HELX_P HELX_P44 AE8 ARG D 181 ? GLY D 183 ? ARG Q 169 GLY Q 171 5 ? 3 HELX_P HELX_P45 AE9 ARG D 187 ? ALA D 199 ? ARG Q 175 ALA Q 187 1 ? 13 HELX_P HELX_P46 AF1 LEU D 201 ? GLY D 217 ? LEU Q 189 GLY Q 205 1 ? 17 HELX_P HELX_P47 AF2 SER D 235 ? LEU D 255 ? SER Q 223 LEU Q 243 1 ? 21 HELX_P HELX_P48 AF3 SER E 45 ? HIS E 50 ? SER C 45 HIS C 50 1 ? 6 HELX_P HELX_P49 AF4 SER E 72 ? ARG E 81 ? SER C 72 ARG C 81 1 ? 10 HELX_P HELX_P50 AF5 THR E 98 ? LEU E 110 ? THR C 98 LEU C 110 1 ? 13 HELX_P HELX_P51 AF6 LEU E 112 ? LEU E 128 ? LEU C 112 LEU C 128 1 ? 17 HELX_P HELX_P52 AF7 ILE E 130 ? ARG E 134 ? ILE C 130 ARG C 134 5 ? 5 HELX_P HELX_P53 AF8 SER E 142 ? ALA E 156 ? SER C 142 ALA C 156 1 ? 15 HELX_P HELX_P54 AF9 ASP E 172 ? GLY E 190 ? ASP C 172 GLY C 190 1 ? 19 HELX_P HELX_P55 AG1 ASP E 199 ? ALA E 207 ? ASP C 199 ALA C 207 1 ? 9 HELX_P HELX_P56 AG2 ALA E 224 ? ASP E 230 ? ALA C 224 ASP C 230 1 ? 7 HELX_P HELX_P57 AG3 ASP E 230 ? VAL E 237 ? 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