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_refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details 'HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS' _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML 1.366 _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B 109.676 _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_hist.cycle_id 1 _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein ? _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid ? _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand ? _refine_hist.number_atoms_solvent ? _refine_hist.number_atoms_total 15000 _refine_hist.d_res_high . _refine_hist.d_res_low . # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function r_bond_refined_d 0.008 0.019 ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.d_res_high 3.900 _refine_ls_shell.d_res_low 4.330 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 4306 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.559 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 100.00 _refine_ls_shell.R_factor_R_free ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 0 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? # _struct.entry_id 5XMI _struct.title 'Cryo-EM Structure of the ATP-bound VPS4 mutant-E233Q hexamer (masked)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 5XMI _struct_keywords.text 'ATPase, EESCRTIII, PROTEIN TRANSPORT, Vps4' _struct_keywords.pdbx_keywords 'PROTEIN TRANSPORT' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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UNP P52917 GLU 233 'engineered mutation' 233 5 6 5XMI GLN F 233 ? UNP P52917 GLU 233 'engineered mutation' 233 6 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 25910 ? 1 MORE -76 ? 1 'SSA (A^2)' 92560 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support microscopy _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 LYS A 131 ? 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ASN B 418 ASP B 431 1 ? 14 HELX_P HELX_P30 AD3 LEU C 138 ? VAL C 149 ? LEU C 138 VAL C 149 1 ? 12 HELX_P HELX_P31 AD4 VAL C 149 ? PHE C 155 ? VAL C 149 PHE C 155 1 ? 7 HELX_P HELX_P32 AD5 LYS C 179 ? ALA C 190 ? LYS C 179 ALA C 190 1 ? 12 HELX_P HELX_P33 AD6 GLY C 208 ? GLU C 223 ? GLY C 208 GLU C 223 1 ? 16 HELX_P HELX_P34 AD7 GLY C 244 ? SER C 249 ? GLY C 244 SER C 249 1 ? 6 HELX_P HELX_P35 AD8 SER C 249 ? MET C 260 ? SER C 249 MET C 260 1 ? 12 HELX_P HELX_P36 AD9 ASP C 283 ? PHE C 290 ? ASP C 283 PHE C 290 1 ? 8 HELX_P HELX_P37 AE1 ASP C 300 ? ASN C 311 ? ASP C 300 ASN C 311 1 ? 12 HELX_P HELX_P38 AE2 LYS C 321 ? THR C 331 ? LYS C 321 THR C 331 1 ? 11 HELX_P HELX_P39 AE3 SER C 335 ? ALA C 357 ? SER C 335 ALA C 357 1 ? 23 HELX_P HELX_P40 AE4 ILE C 403 ? THR C 413 ? ILE C 403 THR C 413 1 ? 11 HELX_P HELX_P41 AE5 ASP C 421 ? PHE C 432 ? ASP C 421 PHE C 432 1 ? 12 HELX_P HELX_P42 AE6 LEU D 138 ? VAL D 149 ? LEU D 138 VAL D 149 1 ? 12 HELX_P HELX_P43 AE7 VAL D 149 ? PHE D 155 ? 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ASN D 418 PHE D 432 1 ? 15 HELX_P HELX_P58 AG4 LEU E 138 ? PHE E 155 ? LEU E 138 PHE E 155 1 ? 18 HELX_P HELX_P59 AG5 PRO E 156 ? LYS E 160 ? PRO E 156 LYS E 160 5 ? 5 HELX_P HELX_P60 AG6 GLY E 178 ? ASN E 191 ? GLY E 178 ASN E 191 1 ? 14 HELX_P HELX_P61 AG7 GLU E 211 ? ASN E 224 ? GLU E 211 ASN E 224 1 ? 14 HELX_P HELX_P62 AG8 GLN E 233 ? LEU E 237 ? GLN E 233 LEU E 237 5 ? 5 HELX_P HELX_P63 AG9 SER E 249 ? GLN E 259 ? SER E 249 GLN E 259 1 ? 11 HELX_P HELX_P64 AH1 ASP E 283 ? PHE E 290 ? ASP E 283 PHE E 290 1 ? 8 HELX_P HELX_P65 AH2 ASP E 300 ? ASN E 311 ? ASP E 300 ASN E 311 1 ? 12 HELX_P HELX_P66 AH3 THR E 320 ? THR E 331 ? THR E 320 THR E 331 1 ? 12 HELX_P HELX_P67 AH4 GLY E 336 ? SER E 356 ? GLY E 336 SER E 356 1 ? 21 HELX_P HELX_P68 AH5 SER E 387 ? ILE E 391 ? SER E 387 ILE E 391 5 ? 5 HELX_P HELX_P69 AH6 THR E 402 ? THR E 413 ? THR E 402 THR E 413 1 ? 12 HELX_P HELX_P70 AH7 ASN E 418 ? ARG E 430 ? ASN E 418 ARG E 430 1 ? 13 HELX_P HELX_P71 AH8 LEU F 138 ? GLU F 147 ? 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N LEU A 124 O SER A 196 ? O SER A 196 AA1 2 3 N PHE A 195 ? N PHE A 195 O PHE A 230 ? O PHE A 230 AA1 3 4 N ILE A 229 ? N ILE A 229 O LEU A 273 ? O LEU A 273 AA1 4 5 O GLY A 274 ? O GLY A 274 N LEU A 171 ? N LEU A 171 AA1 5 6 N TYR A 172 ? N TYR A 172 O ILE A 294 ? O ILE A 294 AA2 1 2 N LYS A 361 ? N LYS A 361 O THR A 374 ? O THR A 374 AA3 1 2 N VAL B 197 ? N VAL B 197 O ASP B 232 ? O ASP B 232 AA3 2 3 N ILE B 229 ? N ILE B 229 O LEU B 271 ? O LEU B 271 AA3 3 4 O GLY B 274 ? O GLY B 274 N ILE B 169 ? N ILE B 169 AA3 4 5 N LEU B 170 ? N LEU B 170 O ILE B 294 ? O ILE B 294 AA4 1 2 O THR B 374 ? O THR B 374 N LYS B 361 ? N LYS B 361 AA4 2 3 N PHE B 360 ? N PHE B 360 O ILE B 384 ? O ILE B 384 AA5 1 2 N VAL C 197 ? N VAL C 197 O PHE C 230 ? O PHE C 230 AA5 2 3 N ILE C 229 ? N ILE C 229 O LEU C 273 ? O LEU C 273 AA5 3 4 O VAL C 272 ? O VAL C 272 N ILE C 169 ? N ILE C 169 AA5 4 5 N LEU C 170 ? N LEU C 170 O ARG C 292 ? O ARG C 292 AA6 1 2 N PHE C 360 ? N PHE C 360 O ILE C 384 ? 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O THR F 374 # loop_ _struct_site.id _struct_site.pdbx_evidence_code _struct_site.pdbx_auth_asym_id _struct_site.pdbx_auth_comp_id _struct_site.pdbx_auth_seq_id _struct_site.pdbx_auth_ins_code _struct_site.pdbx_num_residues _struct_site.details AC1 Software B ATP 501 ? 11 'binding site for residue ATP B 501' AC2 Software C ATP 501 ? 14 'binding site for residue ATP C 501' AC3 Software D ATP 501 ? 15 'binding site for residue ATP D 501' AC4 Software E ATP 501 ? 16 'binding site for residue ATP E 501' AC5 Software F ATP 501 ? 16 'binding site for residue ATP F 501' # loop_ _struct_site_gen.id _struct_site_gen.site_id _struct_site_gen.pdbx_num_res _struct_site_gen.label_comp_id _struct_site_gen.label_asym_id _struct_site_gen.label_seq_id _struct_site_gen.pdbx_auth_ins_code _struct_site_gen.auth_comp_id _struct_site_gen.auth_asym_id _struct_site_gen.auth_seq_id _struct_site_gen.label_atom_id _struct_site_gen.label_alt_id _struct_site_gen.symmetry _struct_site_gen.details 1 AC1 11 ASP B 134 ? 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