data_5Z3V # _entry.id 5Z3V # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.387 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 5Z3V pdb_00005z3v 10.2210/pdb5z3v/pdb WWPDB D_1300006370 ? ? EMDB EMD-6883 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2019-05-22 2 'Structure model' 1 1 2019-11-06 3 'Structure model' 1 2 2024-03-27 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Data collection' 2 2 'Structure model' Other 3 3 'Structure model' 'Data collection' 4 3 'Structure model' 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' atom_sites 2 2 'Structure model' cell 3 3 'Structure model' chem_comp_atom 4 3 'Structure model' chem_comp_bond 5 3 'Structure model' database_2 # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]' 2 2 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]' 3 2 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]' 4 2 'Structure model' '_cell.Z_PDB' 5 3 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 6 3 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 5Z3V _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2018-01-08 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Structure of Snf2-nucleosome complex at shl-2 in ADP BeFx state' _pdbx_database_related.db_id EMD-6883 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Li, M.' 1 ? 'Xia, X.' 2 ? 'Liu, X.' 3 ? 'Li, X.' 4 ? 'Chen, Z.' 5 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nature _citation.journal_id_ASTM NATUAS _citation.journal_id_CSD 0006 _citation.journal_id_ISSN 1476-4687 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 567 _citation.language ? _citation.page_first 409 _citation.page_last 413 _citation.title 'Mechanism of DNA translocation underlying chromatin remodelling by Snf2.' _citation.year 2019 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41586-019-1029-2 _citation.pdbx_database_id_PubMed 30867599 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Li, M.' 1 ? primary 'Xia, X.' 2 ? primary 'Tian, Y.' 3 ? primary 'Jia, Q.' 4 ? primary 'Liu, X.' 5 ? primary 'Lu, Y.' 6 ? primary 'Li, M.' 7 ? primary 'Li, X.' 8 ? primary 'Chen, Z.' 9 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Transcription regulatory protein SNF2' 85802.805 1 3.6.4.- ? ? ? 2 polymer man 'Histone H3.2' 15303.930 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H4' 11263.231 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2A' 13978.241 2 ? ? ? ? 5 polymer man 'Histone H2B 1.1' 13524.752 2 ? ? ? ? 6 polymer syn 'DNA (167-MER)' 51381.758 1 ? ? ? ? 7 polymer syn 'DNA (167-MER)' 51723.949 1 ? ? ? ? 8 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 427.201 1 ? ? ? ? 9 non-polymer syn 'BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION' 66.007 1 ? ? ? ? 10 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 ;ATP-dependent helicase SNF2,Regulatory protein GAM1,Regulatory protein SWI2,SWI/SNF complex component SNF2,Transcription factor TYE3 ; 5 H2B1.1 # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;AYIKLLDQTKDTRITHLLRQTNAFLDSLTRAVKDQQKYTKEMIDSHIKEASEEVDDLSMVPKMKDEEYDDDDDNSNVDYY NVAHRIKEDIKKQPSILVGGTLKDYQIKGLQWMVSLFNNHLNGILADEMGLGKTIQTISLLTYLYEMKNIRGPYLVIVPL STLSNWSSEFAKWAPTLRTISFKGSPNERKAKQAKIRAGEFDVVLTTFEYIIKERALLSKVKWVHMIIDEGHRMKNAQSK LSLTLNTHYHADYRLILTGTPLQNNLPELWALLNFVLPKIFNSVKSFDEWFNTPFANTGGQDKIELSEEETLLVIRRLHK VLRPFLLRRLKKDVEKELPDKVEKVVKCKMSALQQIMYQQMLKYRRLFIGDQNNKKMVGLRGFNNQIMQLKKICNHPFVF EEVEDQINPTRETNDDIWRVAGKFELLDRILPKLKATGHRVLIFFQMTQIMDIMEDFLRYINIKYLRLDGHTKSDERSEL LRLFNAPDSEYLCFILSTRAGGLGLNLQTADTVIIFDTDWNPHQDLQAQDRAHRIGQKNEVRILRLITTNSVEEVILERA YKKLDIDGKVIQAGKFDNKSTSEEQEALLRSLLDAEEERRKKRESGVEEEEELKDSEINEILARNDEEMAVLTRMDEDRS KKEEELGVKSRLLEKSELPDIYSRDIGAELKREESESAAVYNGRGARERKTATYNDNMSEEQWLRQFEVSDDEKNDKQAR KQRTKKEDKSEAIDG ; ;AYIKLLDQTKDTRITHLLRQTNAFLDSLTRAVKDQQKYTKEMIDSHIKEASEEVDDLSMVPKMKDEEYDDDDDNSNVDYY NVAHRIKEDIKKQPSILVGGTLKDYQIKGLQWMVSLFNNHLNGILADEMGLGKTIQTISLLTYLYEMKNIRGPYLVIVPL STLSNWSSEFAKWAPTLRTISFKGSPNERKAKQAKIRAGEFDVVLTTFEYIIKERALLSKVKWVHMIIDEGHRMKNAQSK LSLTLNTHYHADYRLILTGTPLQNNLPELWALLNFVLPKIFNSVKSFDEWFNTPFANTGGQDKIELSEEETLLVIRRLHK VLRPFLLRRLKKDVEKELPDKVEKVVKCKMSALQQIMYQQMLKYRRLFIGDQNNKKMVGLRGFNNQIMQLKKICNHPFVF EEVEDQINPTRETNDDIWRVAGKFELLDRILPKLKATGHRVLIFFQMTQIMDIMEDFLRYINIKYLRLDGHTKSDERSEL LRLFNAPDSEYLCFILSTRAGGLGLNLQTADTVIIFDTDWNPHQDLQAQDRAHRIGQKNEVRILRLITTNSVEEVILERA YKKLDIDGKVIQAGKFDNKSTSEEQEALLRSLLDAEEERRKKRESGVEEEEELKDSEINEILARNDEEMAVLTRMDEDRS KKEEELGVKSRLLEKSELPDIYSRDIGAELKREESESAAVYNGRGARERKTATYNDNMSEEQWLRQFEVSDDEKNDKQAR KQRTKKEDKSEAIDG ; O ? 2 'polypeptide(L)' no no ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 3 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 4 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; C,G ? 5 'polypeptide(L)' no no ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCC CCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGAAGCTTGTCGAGAA GTACGAT ; I ? 7 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT) (DT)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGTACTTCTCGACAAGCTTCAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAA AACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGAT TCTCGAT ; J ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 8 "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ADP 9 'BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION' BEF 10 'MAGNESIUM ION' MG # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 TYR n 1 3 ILE n 1 4 LYS n 1 5 LEU n 1 6 LEU n 1 7 ASP n 1 8 GLN n 1 9 THR n 1 10 LYS n 1 11 ASP n 1 12 THR n 1 13 ARG n 1 14 ILE n 1 15 THR n 1 16 HIS n 1 17 LEU n 1 18 LEU n 1 19 ARG n 1 20 GLN n 1 21 THR n 1 22 ASN n 1 23 ALA n 1 24 PHE n 1 25 LEU n 1 26 ASP n 1 27 SER n 1 28 LEU n 1 29 THR n 1 30 ARG n 1 31 ALA n 1 32 VAL n 1 33 LYS n 1 34 ASP n 1 35 GLN n 1 36 GLN n 1 37 LYS n 1 38 TYR n 1 39 THR n 1 40 LYS n 1 41 GLU n 1 42 MET n 1 43 ILE n 1 44 ASP n 1 45 SER n 1 46 HIS n 1 47 ILE n 1 48 LYS n 1 49 GLU n 1 50 ALA n 1 51 SER n 1 52 GLU n 1 53 GLU n 1 54 VAL n 1 55 ASP n 1 56 ASP n 1 57 LEU n 1 58 SER n 1 59 MET n 1 60 VAL n 1 61 PRO n 1 62 LYS n 1 63 MET n 1 64 LYS n 1 65 ASP n 1 66 GLU n 1 67 GLU n 1 68 TYR n 1 69 ASP n 1 70 ASP n 1 71 ASP n 1 72 ASP n 1 73 ASP n 1 74 ASN n 1 75 SER n 1 76 ASN n 1 77 VAL n 1 78 ASP n 1 79 TYR n 1 80 TYR n 1 81 ASN n 1 82 VAL n 1 83 ALA n 1 84 HIS n 1 85 ARG n 1 86 ILE n 1 87 LYS n 1 88 GLU n 1 89 ASP n 1 90 ILE n 1 91 LYS n 1 92 LYS n 1 93 GLN n 1 94 PRO n 1 95 SER n 1 96 ILE n 1 97 LEU n 1 98 VAL n 1 99 GLY n 1 100 GLY n 1 101 THR n 1 102 LEU n 1 103 LYS n 1 104 ASP n 1 105 TYR n 1 106 GLN n 1 107 ILE n 1 108 LYS n 1 109 GLY n 1 110 LEU n 1 111 GLN n 1 112 TRP n 1 113 MET n 1 114 VAL n 1 115 SER n 1 116 LEU n 1 117 PHE n 1 118 ASN n 1 119 ASN n 1 120 HIS n 1 121 LEU n 1 122 ASN n 1 123 GLY n 1 124 ILE n 1 125 LEU n 1 126 ALA n 1 127 ASP n 1 128 GLU n 1 129 MET n 1 130 GLY n 1 131 LEU n 1 132 GLY n 1 133 LYS n 1 134 THR n 1 135 ILE n 1 136 GLN n 1 137 THR n 1 138 ILE n 1 139 SER n 1 140 LEU n 1 141 LEU n 1 142 THR n 1 143 TYR n 1 144 LEU n 1 145 TYR n 1 146 GLU n 1 147 MET n 1 148 LYS n 1 149 ASN n 1 150 ILE n 1 151 ARG n 1 152 GLY n 1 153 PRO n 1 154 TYR n 1 155 LEU n 1 156 VAL n 1 157 ILE n 1 158 VAL n 1 159 PRO n 1 160 LEU n 1 161 SER n 1 162 THR n 1 163 LEU n 1 164 SER n 1 165 ASN n 1 166 TRP n 1 167 SER n 1 168 SER n 1 169 GLU n 1 170 PHE n 1 171 ALA n 1 172 LYS n 1 173 TRP n 1 174 ALA n 1 175 PRO n 1 176 THR n 1 177 LEU n 1 178 ARG n 1 179 THR n 1 180 ILE n 1 181 SER n 1 182 PHE n 1 183 LYS n 1 184 GLY n 1 185 SER n 1 186 PRO n 1 187 ASN n 1 188 GLU n 1 189 ARG n 1 190 LYS n 1 191 ALA n 1 192 LYS n 1 193 GLN n 1 194 ALA n 1 195 LYS n 1 196 ILE n 1 197 ARG n 1 198 ALA n 1 199 GLY n 1 200 GLU n 1 201 PHE n 1 202 ASP n 1 203 VAL n 1 204 VAL n 1 205 LEU n 1 206 THR n 1 207 THR n 1 208 PHE n 1 209 GLU n 1 210 TYR n 1 211 ILE n 1 212 ILE n 1 213 LYS n 1 214 GLU n 1 215 ARG n 1 216 ALA n 1 217 LEU n 1 218 LEU n 1 219 SER n 1 220 LYS n 1 221 VAL n 1 222 LYS n 1 223 TRP n 1 224 VAL n 1 225 HIS n 1 226 MET n 1 227 ILE n 1 228 ILE n 1 229 ASP n 1 230 GLU n 1 231 GLY n 1 232 HIS n 1 233 ARG n 1 234 MET n 1 235 LYS n 1 236 ASN 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_refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 17640 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.593 ? 25065 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 20.446 ? 9661 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.037 ? 2854 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 2290 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 5Z3V _struct.title 'Structure of Snf2-nucleosome complex at shl-2 in ADP BeFx state' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 5Z3V _struct_keywords.text 'complex, nucleosome, chromatin remodeling, gene regulation, STRUCTURAL PROTEIN-HYDROLASE-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'STRUCTURAL PROTEIN/HYDROLASE/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? L N N 8 ? M N N 9 ? N N N 10 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP SNF2_YEAST P22082 ? 1 ;AYIKLLDQTKDTRITHLLRQTNAFLDSLTRAVKDQQKYTKEMIDSHIKEASEEVDDLSMVPKMKDEEYDDDDDNSNVDYY NVAHRIKEDIKKQPSILVGGTLKDYQIKGLQWMVSLFNNHLNGILADEMGLGKTIQTISLLTYLYEMKNIRGPYLVIVPL STLSNWSSEFAKWAPTLRTISFKGSPNERKAKQAKIRAGEFDVVLTTFEYIIKERALLSKVKWVHMIIDEGHRMKNAQSK LSLTLNTHYHADYRLILTGTPLQNNLPELWALLNFVLPKIFNSVKSFDEWFNTPFANTGGQDKIELSEEETLLVIRRLHK VLRPFLLRRLKKDVEKELPDKVEKVVKCKMSALQQIMYQQMLKYRRLFIGDQNNKKMVGLRGFNNQIMQLKKICNHPFVF EEVEDQINPTRETNDDIWRVAGKFELLDRILPKLKATGHRVLIFFQMTQIMDIMEDFLRYINIKYLRLDGHTKSDERSEL LRLFNAPDSEYLCFILSTRAGGLGLNLQTADTVIIFDTDWNPHQDLQAQDRAHRIGQKNEVRILRLITTNSVEEVILERA YKKLDIDGKVIQAGKFDNKSTSEEQEALLRSLLDAEEERRKKRESGVEEEEELKDSEINEILARNDEEMAVLTRMDEDRS KKEEELGVKSRLLEKSELPDIYSRDIGAELKREESESAAVYNGRGARERKTATYNDNMSEEQWLRQFEVSDDEKNDKQAR KQRTKKEDKSEAIDG ; 666 2 UNP H32_XENLA P84233 ? 2 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 3 UNP H4_XENLA P62799 ? 3 ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 2 4 UNP Q6AZJ8_XENLA Q6AZJ8 ? 4 ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; 2 5 UNP H2B11_XENLA P02281 ? 5 ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 5 6 PDB 5Z3V 5Z3V ? 6 ? 1 7 PDB 5Z3V 5Z3V ? 7 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 5Z3V O 1 ? 735 ? P22082 666 ? 1400 ? 666 1400 2 2 5Z3V A 1 ? 135 ? P84233 2 ? 136 ? 1 135 3 3 5Z3V B 1 ? 102 ? P62799 2 ? 103 ? 1 102 4 4 5Z3V C 1 ? 129 ? Q6AZJ8 2 ? 130 ? 1 129 5 5 5Z3V D 1 ? 122 ? P02281 5 ? 126 ? 1 122 6 2 5Z3V E 1 ? 135 ? P84233 2 ? 136 ? 1 135 7 3 5Z3V F 1 ? 102 ? P62799 2 ? 103 ? 1 102 8 4 5Z3V G 1 ? 129 ? Q6AZJ8 2 ? 130 ? 1 129 9 5 5Z3V H 1 ? 122 ? P02281 5 ? 126 ? 1 122 10 6 5Z3V I 1 ? 167 ? 5Z3V 1 ? 167 ? 1 167 11 7 5Z3V J 1 ? 167 ? 5Z3V -19 ? 147 ? -19 147 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 2 5Z3V ALA A 102 ? UNP P84233 GLY 103 conflict 102 1 5 5Z3V THR D 29 ? UNP P02281 SER 33 'see sequence details' 29 2 6 5Z3V ALA E 102 ? UNP P84233 GLY 103 conflict 102 3 9 5Z3V THR H 29 ? UNP P02281 SER 33 'see sequence details' 29 4 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details undecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 11 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support microscopy _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP A 7 ? PHE A 24 ? ASP O 672 PHE O 689 1 ? 18 HELX_P HELX_P2 AA2 TYR A 79 ? ALA A 83 ? TYR O 744 ALA O 748 1 ? 5 HELX_P HELX_P3 AA3 ASP A 104 ? ASN A 119 ? ASP O 769 ASN O 784 1 ? 16 HELX_P HELX_P4 AA4 GLY A 132 ? LYS A 148 ? GLY O 797 LYS O 813 1 ? 17 HELX_P HELX_P5 AA5 LEU A 163 ? PHE A 170 ? LEU O 828 PHE O 835 1 ? 8 HELX_P HELX_P6 AA6 SER A 185 ? ILE A 196 ? SER O 850 ILE O 861 1 ? 12 HELX_P HELX_P7 AA7 ARG A 197 ? GLY A 199 ? ARG O 862 GLY O 864 5 ? 3 HELX_P HELX_P8 AA8 GLU A 209 ? GLU A 214 ? GLU O 874 GLU O 879 1 ? 6 HELX_P HELX_P9 AA9 GLU A 214 ? SER A 219 ? GLU O 879 SER O 884 1 ? 6 HELX_P HELX_P10 AB1 GLU A 230 ? LYS A 235 ? GLU O 895 LYS O 900 1 ? 6 HELX_P HELX_P11 AB2 SER A 239 ? ASN A 246 ? SER O 904 ASN O 911 1 ? 8 HELX_P HELX_P12 AB3 GLU A 268 ? LEU A 277 ? GLU O 933 LEU O 942 1 ? 10 HELX_P HELX_P13 AB4 LYS A 285 ? GLU A 289 ? LYS O 950 GLU O 954 5 ? 5 HELX_P HELX_P14 AB5 LYS A 303 ? ARG A 323 ? LYS O 968 ARG O 988 1 ? 21 HELX_P HELX_P15 AB6 LEU A 330 ? GLU A 335 ? LEU O 995 GLU O 1000 1 ? 6 HELX_P HELX_P16 AB7 SER A 351 ? ARG A 365 ? SER O 1016 ARG O 1030 1 ? 15 HELX_P HELX_P17 AB8 ASN A 384 ? HIS A 396 ? ASN O 1049 HIS O 1061 1 ? 13 HELX_P HELX_P18 AB9 PHE A 400 ? ASN A 408 ? PHE O 1065 ASN O 1073 1 ? 9 HELX_P HELX_P19 AC1 ASN A 414 ? TRP A 418 ? ASN O 1079 TRP O 1083 5 ? 5 HELX_P HELX_P20 AC2 GLY A 422 ? GLY A 438 ? GLY O 1087 GLY O 1103 1 ? 17 HELX_P HELX_P21 AC3 THR A 448 ? ILE A 461 ? THR O 1113 ILE O 1126 1 ? 14 HELX_P HELX_P22 AC4 SER A 474 ? ASN A 485 ? SER O 1139 ASN O 1150 1 ? 12 HELX_P HELX_P23 AC5 THR A 498 ? GLY A 502 ? THR O 1163 GLY O 1167 1 ? 5 HELX_P HELX_P24 AC6 ASN A 521 ? ASP A 530 ? ASN O 1186 ASP O 1195 1 ? 10 HELX_P HELX_P25 AC7 VAL A 552 ? ASP A 567 ? VAL O 1217 ASP O 1232 1 ? 16 HELX_P HELX_P26 AC8 GLU A 583 ? GLU A 604 ? GLU O 1248 GLU O 1269 1 ? 22 HELX_P HELX_P27 AC9 LYS A 614 ? ARG A 624 ? LYS O 1279 ARG O 1289 1 ? 11 HELX_P HELX_P28 AD1 ASN A 625 ? LEU A 632 ? ASN O 1290 LEU O 1297 1 ? 8 HELX_P HELX_P29 AD2 THR A 633 ? ASP A 636 ? THR O 1298 ASP O 1301 5 ? 4 HELX_P HELX_P30 AD3 GLU A 673 ? ASN A 682 ? GLU O 1338 ASN O 1347 1 ? 10 HELX_P HELX_P31 AD4 GLY B 44 ? SER B 57 ? GLY A 44 SER A 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P32 AD5 ARG B 63 ? ASP B 77 ? ARG A 63 ASP A 77 1 ? 15 HELX_P HELX_P33 AD6 GLN B 85 ? ALA B 114 ? GLN A 85 ALA A 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P34 AD7 MET B 120 ? ARG B 131 ? MET A 120 ARG A 131 1 ? 12 HELX_P HELX_P35 AD8 ASN C 25 ? ILE C 29 ? ASN B 25 ILE B 29 5 ? 5 HELX_P HELX_P36 AD9 THR C 30 ? GLY C 42 ? THR B 30 GLY B 42 1 ? 13 HELX_P HELX_P37 AE1 LEU C 49 ? ALA C 76 ? LEU B 49 ALA B 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P38 AE2 THR C 82 ? GLY C 94 ? THR B 82 GLY B 94 1 ? 13 HELX_P HELX_P39 AE3 THR D 16 ? ALA D 21 ? THR C 16 ALA C 21 1 ? 6 HELX_P HELX_P40 AE4 PRO D 26 ? GLY D 37 ? PRO C 26 GLY C 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P41 AE5 GLY D 46 ? ASN D 73 ? GLY C 46 ASN C 73 1 ? 28 HELX_P HELX_P42 AE6 ILE D 79 ? ASN D 89 ? ILE C 79 ASN C 89 1 ? 11 HELX_P HELX_P43 AE7 ASP D 90 ? GLY D 98 ? ASP C 90 GLY C 98 1 ? 9 HELX_P HELX_P44 AE8 GLN D 112 ? LEU D 116 ? GLN C 112 LEU C 116 5 ? 5 HELX_P HELX_P45 AE9 TYR E 34 ? HIS E 46 ? TYR D 34 HIS D 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P46 AF1 SER E 52 ? ASN E 81 ? SER D 52 ASN D 81 1 ? 30 HELX_P HELX_P47 AF2 THR E 87 ? LEU E 99 ? THR D 87 LEU D 99 1 ? 13 HELX_P HELX_P48 AF3 GLY E 101 ? ALA E 121 ? GLY D 101 ALA D 121 1 ? 21 HELX_P HELX_P49 AF4 GLY F 44 ? SER F 57 ? GLY E 44 SER E 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P50 AF5 ARG F 63 ? ASP F 77 ? ARG E 63 ASP E 77 1 ? 15 HELX_P HELX_P51 AF6 GLN F 85 ? ALA F 114 ? GLN E 85 ALA E 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P52 AF7 MET F 120 ? ARG F 131 ? MET E 120 ARG E 131 1 ? 12 HELX_P HELX_P53 AF8 ASN G 25 ? ILE G 29 ? ASN F 25 ILE F 29 5 ? 5 HELX_P HELX_P54 AF9 THR G 30 ? GLY G 42 ? THR F 30 GLY F 42 1 ? 13 HELX_P HELX_P55 AG1 LEU G 49 ? ALA G 76 ? LEU F 49 ALA F 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P56 AG2 THR G 82 ? GLY G 94 ? 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GLY H 101 ALA H 121 1 ? 21 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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RELION 2.0 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.3 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 5Z3V 'double helix' 5Z3V 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 J DC 3 1_555 K DG 165 1_555 0.200 -0.127 -0.013 -0.803 -0.427 0.808 1 I_DC3:DG145_J I 3 ? 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