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M1VKK5_CYAM1 M1VKK5 ? 13 ;EQSPALPFLSKPPNLSPDMPGYRGFDPLRFSDAFDVNWLQEGEIKNGRVAMLACLHFFVTEFYQFPFFAGAPKLAGPAHD YFVKSGAMIQILAFIGFLEFLLHRGKVLYSDMEWKGRKPGELGFNPLNLPNDKAMRDREVNNGRLAMLGFAGIIHGEFLN GKMPFEQITNFQPLQ ; 40 14 UNP M1UU36_CYAM1 M1UU36 ? 14 ;TRVPARGLRMQAPSGATMPSMPFLKRPSKLDGSLPGGEGCFDPLGFTEVFSLEWLREAEIKHCRVAMLAVLGVIAQEFGT FDFYNAKSKLQLSPDLHNQFVQNGALQQILLFVCAWEFIVGLPALIESVNGNREPGYFGFDPLKLGGTVGSAQWKRMQAG ELRNGRLAMIAFGGFFHQQLLTKQGIIEQLAHFNAIKPN ; 24 15 PDB 5ZGB 5ZGB ? 15 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 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'C21 H42 O4' 358.556 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BCR non-polymer . BETA-CAROTENE ? 'C40 H56' 536.873 BGC 'D-saccharide, beta linking' . beta-D-glucopyranose ? 'C6 H12 O6' 180.156 CL0 non-polymer . 'CHLOROPHYLL A ISOMER' ? 'C55 H72 Mg N4 O5 2' 893.489 CLA non-polymer . 'CHLOROPHYLL A' ? 'C55 H72 Mg N4 O5 2' 893.489 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DGD saccharide . 'DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)' ? 'C51 H96 O15' 949.299 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LHG non-polymer . 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE ? 'C38 H75 O10 P' 722.970 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PQN non-polymer . PHYLLOQUINONE 'VITAMIN K1; 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE' 'C31 H46 O2' 450.696 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 SF4 non-polymer . 'IRON/SULFUR CLUSTER' ? 'Fe4 S4' 351.640 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZEX non-polymer . ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; ? 'C40 H56 O2' 568.871 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 5ZGB _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean ? _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details ? _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 5ZGB _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? 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VAL E 59 GLU E 60 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N ASP A 14 ? N ASP A 14 O ALA A 181 ? O ALA A 181 AA2 1 2 N THR A 617 ? N THR A 617 O SER A 625 ? O SER A 625 AA3 1 2 O LEU B 452 ? O LEU B 452 N PRO F 93 ? N PRO F 93 AA3 2 3 O HIS F 94 ? O HIS F 94 N LEU F 86 ? N LEU F 86 AA4 1 2 N ASN B 634 ? N ASN B 634 O GLY B 637 ? O GLY B 637 AA5 1 2 N LYS C 6 ? N LYS C 6 O ARG C 66 ? O ARG C 66 AA6 1 2 N GLU C 27 ? N GLU C 27 O SER C 41 ? O SER C 41 AA7 1 2 O LEU D 59 ? O LEU D 59 N TYR D 28 ? N TYR D 28 AA7 2 3 N ALA D 29 ? N ALA D 29 O TYR D 84 ? O TYR D 84 AA8 1 2 O THR E 51 ? O THR E 51 N VAL E 38 ? N VAL E 38 AA8 2 3 O LEU E 37 ? O LEU E 37 N VAL E 25 ? N VAL E 25 AA8 3 4 O GLY E 22 ? O GLY E 22 N VAL E 8 ? N VAL E 8 AA8 4 5 N LYS E 9 ? N LYS E 9 O VAL E 59 ? 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RELION 1.4 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 3.0 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BGC 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpb BGC 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-glucopyranose BGC 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Glcp BGC 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Glc # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 16 'CHLOROPHYLL A ISOMER' CL0 17 'CHLOROPHYLL A' CLA 18 PHYLLOQUINONE PQN 19 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE LHG 20 BETA-CAROTENE BCR 21 'IRON/SULFUR CLUSTER' SF4 22 beta-D-glucopyranose BGC 23 'DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)' DGD 24 '(2S)-2,3-dihydroxypropyl octadecanoate' 3XQ 25 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; ZEX 26 1-DODECANOL 1DO # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'the molecular weight of complex is nearly equal to molecular weight of all subunits' #