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CG ? D GLU 778 CG 172 1 Y 1 D GLU 1114 ? CD ? D GLU 778 CD 173 1 Y 1 D GLU 1114 ? OE1 ? D GLU 778 OE1 174 1 Y 1 D GLU 1114 ? OE2 ? D GLU 778 OE2 175 1 Y 1 D GLU 1118 ? CG ? D GLU 782 CG 176 1 Y 1 D GLU 1118 ? CD ? D GLU 782 CD 177 1 Y 1 D GLU 1118 ? OE1 ? D GLU 782 OE1 178 1 Y 1 D GLU 1118 ? OE2 ? D GLU 782 OE2 179 1 Y 1 D ARG 1122 ? CG ? D ARG 786 CG 180 1 Y 1 D ARG 1122 ? CD ? D ARG 786 CD 181 1 Y 1 D ARG 1122 ? NE ? D ARG 786 NE 182 1 Y 1 D ARG 1122 ? CZ ? D ARG 786 CZ 183 1 Y 1 D ARG 1122 ? NH1 ? D ARG 786 NH1 184 1 Y 1 D ARG 1122 ? NH2 ? D ARG 786 NH2 185 1 Y 1 D THR 1123 ? OG1 ? D THR 787 OG1 186 1 Y 1 D THR 1123 ? CG2 ? D THR 787 CG2 187 1 Y 1 D ILE 1125 ? CG1 ? D ILE 789 CG1 188 1 Y 1 D ILE 1125 ? CG2 ? D ILE 789 CG2 189 1 Y 1 D ILE 1125 ? CD1 ? D ILE 789 CD1 # loop_ _software.name _software.classification _software.version _software.citation_id _software.pdbx_ordinal REFMAC refinement 5.8.0107 ? 1 iMOSFLM 'data reduction' . ? 2 SCALA 'data scaling' . ? 3 MOLREP phasing . ? 4 # _cell.entry_id 5A0Z _cell.length_a 103.600 _cell.length_b 154.550 _cell.length_c 120.780 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 96.85 _cell.angle_gamma 90.00 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5A0Z _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 # _exptl.entry_id 5A0Z _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 2.64 _exptl_crystal.density_percent_sol 53.39 _exptl_crystal.description NONE # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method ? _exptl_crystal_grow.temp ? _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 6.5 _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? _exptl_crystal_grow.pdbx_details '20% PEG 3350, 100-160 MM K/NA TARTRATE, 100 MM BIS-TRIS, PH 6.5' # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'RAYONIX BONDED TO FIBER-OPTIC TAPERS' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2015-02-09 _diffrn_detector.details MIRRORS # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator 'DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR, SI(111)' _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 0.984 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'MAX II BEAMLINE I911-3' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site 'MAX II' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline I911-3 _diffrn_source.pdbx_wavelength 0.984 _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ? # _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.entry_id 5A0Z _reflns.observed_criterion_sigma_I 2.0 _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 61.78 _reflns.d_resolution_high 3.00 _reflns.number_obs 66881 _reflns.number_all ? _reflns.percent_possible_obs 89.3 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.11 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 5.20 _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.pdbx_redundancy 1.8 # _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 1 _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 _reflns_shell.d_res_high 3.00 _reflns_shell.d_res_low 3.16 _reflns_shell.percent_possible_all 76.2 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.38 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 1.90 _reflns_shell.pdbx_redundancy 1.8 # _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.entry_id 5A0Z _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs 63518 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 119.92 _refine.ls_d_res_high 3.00 _refine.ls_percent_reflns_obs 88.47 _refine.ls_R_factor_obs 0.23501 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.23232 _refine.ls_R_factor_R_free 0.28598 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 5.0 _refine.ls_number_reflns_R_free 3342 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc 0.849 _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free 0.771 _refine.B_iso_mean 37.544 _refine.aniso_B[1][1] -1.00 _refine.aniso_B[2][2] 1.48 _refine.aniso_B[3][3] -0.38 _refine.aniso_B[1][2] 0.00 _refine.aniso_B[1][3] -0.39 _refine.aniso_B[2][3] 0.00 _refine.solvent_model_details MASK _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii 1.20 _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii 0.80 _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii 0.80 _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.details ;HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 937A-946A, 980A-984A, 1004A-1017A, 1027A-1039A, 909B- 916B, 939B-946B, 981B-984B, 1006B-1015B, 1026B-1041B, , 905C- 913C, 938C-944C, 980C-986C, 1007C-1016C, 1029C- -1041C, 902D- 946D, 983D-985D, 997D-1017D, 1029D-1041D ARE EXCLUDED DUE TO INSUFFICIENT ELECTRON DENSITY, SIDE CHAINS OF RESIDUES 662D, 675D, 769C, 773C, 771D, 799D, 803C, 804D, 808D, 821D, 822A, 822B, 822D, 892D, 897A, 898A, 900B, 901C, 918C, 923C, 934C, 935C, 948A, 950A, 952B, 952 D, 953B, 955A, 1000B, 1000C, 1025A, 1054B, 1054C, 1076D, 1079B,1083B, 1088D, 1089A, 1089D, 1093B, 1100D, 1113D, 1114D, 1118D, 1122D, 1122B ARE MUTATED TO ALANINE DUE TO INSUFFICIENT ELECTRON DENSITY ; _refine.pdbx_starting_model 'PDB ENTRY 5A0U' _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'MAXIMUM LIKELIHOOD' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free 0.549 _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 23177 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 23177 _refine_hist.d_res_high 3.00 _refine_hist.d_res_low 119.92 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function r_bond_refined_d 0.014 0.019 ? 23654 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_bond_other_d 0.000 0.020 ? 22320 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_angle_refined_deg 1.721 1.956 ? 31992 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_angle_other_deg 3.821 3.000 ? 51293 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_dihedral_angle_1_deg 8.765 5.000 ? 2930 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_dihedral_angle_2_deg 38.636 23.885 ? 1112 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_dihedral_angle_3_deg 21.734 15.000 ? 4028 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_dihedral_angle_4_deg 20.047 15.000 ? 173 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_chiral_restr 0.110 0.200 ? 3515 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_gen_planes_refined 0.007 0.020 ? 26785 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_gen_planes_other 0.005 0.020 ? 5450 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_nbd_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_nbd_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_nbtor_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_nbtor_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_xyhbond_nbd_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_xyhbond_nbd_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_metal_ion_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_metal_ion_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_vdw_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_vdw_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_hbond_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_hbond_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_metal_ion_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_metal_ion_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_mcbond_it 1.819 3.812 ? 11786 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_mcbond_other 1.819 3.812 ? 11785 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_mcangle_it 3.138 5.706 ? 14694 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_mcangle_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_scbond_it 1.334 3.830 ? 11868 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_scbond_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_scangle_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_scangle_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_long_range_B_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_long_range_B_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_rigid_bond_restr ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_sphericity_free ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_sphericity_bonded ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.d_res_high 3.000 _refine_ls_shell.d_res_low 3.078 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 3969 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.312 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 74.82 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.335 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 203 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? # _database_PDB_matrix.entry_id 5A0Z _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 5A0Z _struct.title 'STRUCTURE OF CUTC CHOLINE LYASE CHOLINE FREE FORM FROM KLEBSIELLA PNEUMONIAE' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 5A0Z _struct_keywords.pdbx_keywords LYASE _struct_keywords.text 'LYASE, CUTC, CHOLINE TMA LYASE, GLYCYL RADICAL ENZYME' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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D N N 1 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name PDB _struct_ref.db_code 5A0Z _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ? _struct_ref.pdbx_align_begin ? _struct_ref.pdbx_db_accession 5A0Z _struct_ref.pdbx_db_isoform ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 5A0Z A 1 ? 792 ? 5A0Z 337 ? 1128 ? 337 1128 2 1 5A0Z B 1 ? 792 ? 5A0Z 337 ? 1128 ? 337 1128 3 1 5A0Z C 1 ? 792 ? 5A0Z 337 ? 1128 ? 337 1128 4 1 5A0Z D 1 ? 792 ? 5A0Z 337 ? 1128 ? 337 1128 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_and_software_defined_assembly PISA dimeric 2 2 author_and_software_defined_assembly PISA dimeric 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 2400 ? 1 MORE -10.3 ? 1 'SSA (A^2)' 55360 ? 2 'ABSA (A^2)' 2660 ? 2 MORE -8.4 ? 2 'SSA (A^2)' 54430 ? # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,B 2 1 C,D # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # _struct_biol.id 1 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 THR A 5 ? 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