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I LEU 6 CD2 # _cell.entry_id 5A8L _cell.length_a 1.000 _cell.length_b 1.000 _cell.length_c 1.000 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_gamma 90.00 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5A8L _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 # _exptl.entry_id 5A8L _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.crystals_number ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 5A8L _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high 3.80 _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 4868 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 7396 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 12264 _refine_hist.d_res_high 3.80 _refine_hist.d_res_low . # _database_PDB_matrix.entry_id 5A8L _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 5A8L _struct.title 'Human eRF1 and the hCMV nascent peptide in the translation termination complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 5A8L _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSLATION _struct_keywords.text 'HUMAN, 80S, RIBOSOME, ERF1, TRANSLATION' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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GLY Q 259 GLN Q 296 1 ? 38 HELX_P HELX_P16 16 GLU G 300 ? MET G 308 ? GLU Q 306 MET Q 314 1 ? 9 HELX_P HELX_P17 17 THR G 341 ? LYS G 348 ? THR Q 347 LYS Q 354 1 ? 8 HELX_P HELX_P18 18 SER G 349 ? PHE G 351 ? SER Q 355 PHE Q 357 5 ? 3 HELX_P HELX_P19 19 PRO G 367 ? ASN G 374 ? PRO Q 373 ASN Q 380 1 ? 8 HELX_P HELX_P20 20 SER G 390 ? GLY G 399 ? SER Q 396 GLY Q 405 1 ? 10 HELX_P HELX_P21 21 GLY G 415 ? ASP G 430 ? GLY Q 421 ASP Q 436 1 ? 16 HELX_P HELX_P22 22 LYS I 10 ? ILE I 20 ? LYS Z 10 ILE Z 20 1 ? 11 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role hydrog1 hydrog ? ? A G 1571 N1 ? ? ? 1_555 A C 1582 N3 ? ? A G 1574 A C 1585 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? A G 1571 N2 ? ? ? 1_555 A C 1582 O2 ? ? A G 1574 A C 1585 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? A G 1571 O6 ? ? ? 1_555 A C 1582 N4 ? ? A G 1574 A C 1585 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? A A 1572 N1 ? ? ? 1_555 A U 1581 N3 ? ? A A 1575 A U 1584 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? A A 1572 N6 ? ? ? 1_555 A U 1581 O4 ? ? A A 1575 A U 1584 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? A U 1575 N3 ? ? ? 1_555 A A 3830 N3 ? ? A U 1578 A A 3833 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-A PAIR' ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? A C 1577 N4 ? ? ? 1_555 A U 1581 O2 ? ? A C 1580 A U 1584 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-U MISPAIR' ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? A A 1580 N1 ? ? ? 1_555 A U 4515 N3 ? ? A A 1583 A U 4518 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? A A 1580 N6 ? ? ? 1_555 A U 4515 O4 ? ? A A 1583 A U 4518 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? A G 1943 N1 ? ? ? 1_555 A C 2000 N3 ? ? A G 1946 A C 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? A G 1943 N2 ? ? ? 1_555 A C 2000 O2 ? ? A G 1946 A C 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? A G 1943 O6 ? ? ? 1_555 A C 2000 N4 ? ? A G 1946 A C 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? A C 1944 N3 ? ? ? 1_555 A G 1999 N1 ? ? A C 1947 A G 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? A C 1944 N4 ? ? ? 1_555 A G 1999 O6 ? ? A C 1947 A G 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? A C 1944 O2 ? ? ? 1_555 A G 1999 N2 ? ? A C 1947 A G 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog16 hydrog ? ? A A 1945 N1 ? ? ? 1_555 A U 1998 N3 ? ? A A 1948 A U 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog17 hydrog ? ? A A 1945 N6 ? ? ? 1_555 A U 1998 O4 ? ? A A 1948 A U 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog18 hydrog ? ? A G 1946 N1 ? ? ? 1_555 A C 1997 N3 ? ? A G 1949 A C 2000 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog19 hydrog ? ? A G 1946 N2 ? ? ? 1_555 A C 1997 O2 ? ? A G 1949 A C 2000 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog20 hydrog ? ? A G 1946 O6 ? ? ? 1_555 A C 1997 N4 ? ? A G 1949 A C 2000 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog21 hydrog ? ? A G 1947 N1 ? ? ? 1_555 A C 1996 N3 ? ? A G 1950 A C 1999 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog22 hydrog ? ? A G 1947 N2 ? ? ? 1_555 A C 1996 O2 ? ? A G 1950 A C 1999 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog23 hydrog ? ? A G 1947 O6 ? ? ? 1_555 A C 1996 N4 ? ? A G 1950 A C 1999 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog24 hydrog ? ? A A 1949 N1 ? ? ? 1_555 A G 1973 N1 ? ? A A 1952 A G 1976 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-G MISPAIR' ? ? ? hydrog25 hydrog ? ? A G 1950 N1 ? ? ? 1_555 A C 1972 O2 ? ? A G 1953 A C 1975 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? ? hydrog26 hydrog ? ? A G 1954 N1 ? ? ? 1_555 A A 1968 N1 ? ? A G 1957 A A 1971 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_8_PAIR ? ? ? hydrog27 hydrog ? ? A G 1954 O6 ? ? ? 1_555 A A 1968 N6 ? ? A G 1957 A A 1971 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_8_PAIR ? ? ? hydrog28 hydrog ? ? A C 1955 N3 ? ? ? 1_555 A G 1967 N1 ? ? A C 1958 A G 1970 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog29 hydrog ? ? A C 1955 N4 ? ? ? 1_555 A G 1967 O6 ? ? A C 1958 A G 1970 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog30 hydrog ? ? A C 1955 O2 ? ? ? 1_555 A G 1967 N2 ? ? A C 1958 A G 1970 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog31 hydrog ? ? A C 1956 O2 ? ? ? 1_555 A G 1966 N2 ? ? A C 1959 A G 1969 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-G PAIR' ? ? ? hydrog32 hydrog ? ? A A 1957 N1 ? ? ? 1_555 A C 1965 N4 ? ? A A 1960 A C 1968 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-C MISPAIR' ? ? ? hydrog33 hydrog ? ? A A 1962 N6 ? ? ? 1_555 A A 1988 N3 ? ? A A 1965 A A 1991 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-A MISPAIR' ? ? ? hydrog34 hydrog ? ? A G 1963 O6 ? ? ? 1_555 A A 1991 N6 ? ? A G 1966 A A 1994 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-A MISPAIR' ? ? ? hydrog35 hydrog ? ? A G 1963 O6 ? ? ? 1_555 A C 1992 N4 ? ? A G 1966 A C 1995 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? ? hydrog36 hydrog ? ? A U 1964 N3 ? ? ? 1_555 A U 1984 O4 ? ? A U 1967 A U 1987 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-U MISPAIR' ? ? ? hydrog37 hydrog ? ? A U 1964 O4 ? ? ? 1_555 A A 1991 N6 ? ? A U 1967 A A 1994 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-A PAIR' ? ? ? hydrog38 hydrog ? ? A G 1973 O6 ? ? ? 1_555 A G 1978 N2 ? ? A G 1976 A G 1981 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-G MISPAIR' ? ? ? hydrog39 hydrog ? ? A C 1974 N3 ? ? ? 1_555 A G 1978 N2 ? ? A C 1977 A G 1981 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-G PAIR' ? ? ? hydrog40 hydrog ? ? A G 1979 N2 ? ? ? 1_555 A C 1994 N3 ? ? A G 1982 A C 1997 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? ? hydrog41 hydrog ? ? A G 1981 N2 ? ? ? 1_555 A U 1993 O4 ? ? A G 1984 A U 1996 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-U MISPAIR' ? ? ? hydrog42 hydrog ? ? A U 1982 N3 ? ? ? 1_555 A C 1994 O2 ? ? A U 1985 A C 1997 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-C MISPAIR' ? ? ? hydrog43 hydrog ? ? A U 1984 N3 ? ? ? 1_555 A A 1991 N1 ? ? A U 1987 A A 1994 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog44 hydrog ? ? A U 1984 O4 ? ? ? 1_555 A A 1991 N6 ? ? 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OXT O N N 520 VAL H H N N 521 VAL H2 H N N 522 VAL HA H N N 523 VAL HB H N N 524 VAL HG11 H N N 525 VAL HG12 H N N 526 VAL HG13 H N N 527 VAL HG21 H N N 528 VAL HG22 H N N 529 VAL HG23 H N N 530 VAL HXT H N N 531 # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal A OP3 P sing N N 1 A OP3 HOP3 sing N N 2 A P OP1 doub N N 3 A P OP2 sing N N 4 A P "O5'" sing N N 5 A OP2 HOP2 sing N N 6 A "O5'" "C5'" sing N N 7 A "C5'" "C4'" sing N N 8 A "C5'" "H5'" sing N N 9 A "C5'" "H5''" sing N N 10 A "C4'" "O4'" sing N N 11 A "C4'" "C3'" sing N N 12 A "C4'" "H4'" sing N N 13 A "O4'" "C1'" sing N N 14 A "C3'" "O3'" sing N N 15 A "C3'" "C2'" sing N N 16 A "C3'" "H3'" sing N N 17 A "O3'" "HO3'" sing N N 18 A "C2'" "O2'" sing N N 19 A "C2'" "C1'" sing N N 20 A "C2'" "H2'" sing N N 21 A "O2'" "HO2'" sing N N 22 A "C1'" N9 sing N N 23 A "C1'" "H1'" 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