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'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 5ABB _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.crystals_number ? # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews ? _exptl_crystal.density_percent_sol ? _exptl_crystal.description ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp ? _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l ? _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol ? _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type ? # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength . _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 5ABB _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high 8.00 _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 2512 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 2512 _refine_hist.d_res_high 8.00 _refine_hist.d_res_low . # _struct.entry_id 5ABB _struct.title 'Visualization of a polytopic membrane protein during SecY-mediated membrane insertion' _struct.pdbx_descriptor 'PROTEIN TRANSLOCASE SUBUNIT SECY, PROTEIN TRANSLOCASE SUBUNIT SECE, GREEN-LIGHT ABSORBING PROTEORHODOPSIN' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 5ABB _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSLATION _struct_keywords.text 'TRANSLATION, RIBOSOME, MEMBRANE PROTEIN, TRANSLOCON' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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LEU A 139 ? GLY A 109 LEU A 139 1 ? 31 HELX_P HELX_P7 7 GLY A 153 ? ARG A 181 ? GLY A 153 ARG A 181 1 ? 29 HELX_P HELX_P8 8 ASN A 185 ? ALA A 197 ? ASN A 185 ALA A 197 1 ? 13 HELX_P HELX_P9 9 GLY A 198 ? ARG A 211 ? GLY A 198 ARG A 211 1 ? 14 HELX_P HELX_P10 10 LEU A 218 ? GLN A 241 ? LEU A 218 GLN A 241 1 ? 24 HELX_P HELX_P11 11 GLY A 273 ? PHE A 294 ? GLY A 273 PHE A 294 1 ? 22 HELX_P HELX_P12 12 GLN A 314 ? LEU A 335 ? GLN A 314 LEU A 335 1 ? 22 HELX_P HELX_P13 13 GLU A 360 ? ALA A 394 ? GLU A 360 ALA A 394 1 ? 35 HELX_P HELX_P14 14 PRO A 398 ? GLY A 402 ? PRO A 398 GLY A 402 5 ? 5 HELX_P HELX_P15 15 GLY A 403 ? MET A 425 ? GLY A 403 MET A 425 1 ? 23 HELX_P HELX_P16 16 ARG B 1 ? ALA B 5 ? ARG B 12 ALA B 16 5 ? 5 HELX_P HELX_P17 17 LYS B 7 ? VAL B 12 ? LYS B 18 VAL B 23 1 ? 6 HELX_P HELX_P18 18 VAL B 12 ? GLY B 21 ? VAL B 23 GLY B 32 1 ? 10 HELX_P HELX_P19 19 PRO B 31 ? VAL B 37 ? PRO B 42 VAL B 48 1 ? 7 HELX_P HELX_P20 20 VAL B 38 ? LEU B 49 ? VAL B 49 LEU B 60 1 ? 12 HELX_P HELX_P21 21 ALA B 64 ? TRP B 73 ? ALA B 75 TRP B 84 1 ? 10 HELX_P HELX_P22 22 THR B 79 ? ALA B 88 ? THR B 90 ALA B 99 1 ? 10 HELX_P HELX_P23 23 VAL B 89 ? LEU B 100 ? VAL B 100 LEU B 111 1 ? 12 HELX_P HELX_P24 24 ILE B 103 ? PHE B 110 ? ILE B 114 PHE B 121 1 ? 8 HELX_P HELX_P25 25 LEU C 5 ? VAL C 31 ? LEU Z 23 VAL Z 49 1 ? 27 HELX_P HELX_P26 26 VAL C 46 ? THR C 66 ? 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TRP 302 A 1 -10.15 5 GLY 313 A . ? GLY 313 A GLN 314 A ? GLN 314 A 1 -0.28 6 GLY 350 A . ? GLY 350 A ALA 351 A ? ALA 351 A 1 -6.97 7 ALA 351 A . ? ALA 351 A PHE 352 A ? PHE 352 A 1 -2.99 8 GLU 430 A . ? GLU 430 A SER 431 A ? SER 431 A 1 10.35 9 LYS 434 A . ? LYS 434 A LYS 435 A ? LYS 435 A 1 -6.93 10 MET 6 B . ? MET 17 B LYS 7 B ? LYS 18 B 1 19.68 11 GLN 77 B . ? GLN 88 B GLU 78 B ? GLU 89 B 1 17.92 12 SER 37 C . ? SER 55 Z ALA 38 C ? ALA 56 Z 1 -2.89 13 TRP 40 C . ? TRP 58 Z LYS 41 C ? LYS 59 Z 1 -28.02 14 THR 66 C . ? THR 84 Z ALA 67 C ? ALA 85 Z 1 -6.43 # _database_PDB_matrix.entry_id 5ABB _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _atom_sites.entry_id 5ABB _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 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