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_refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error 26.32 _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 9617 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 5 _refine_hist.number_atoms_solvent 3 _refine_hist.number_atoms_total 9625 _refine_hist.d_res_high 3.70 _refine_hist.d_res_low 48.222 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function f_bond_d 0.007 ? ? 9771 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_angle_d 1.477 ? ? 13449 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_dihedral_angle_d 13.075 ? ? 3027 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_chiral_restr 0.057 ? ? 1691 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_plane_restr 0.009 ? ? 1771 'X-RAY DIFFRACTION' ? # loop_ _refine_ls_shell.pdbx_refine_id _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used _refine_ls_shell.d_res_high _refine_ls_shell.d_res_low _refine_ls_shell.number_reflns_R_work _refine_ls_shell.R_factor_R_work _refine_ls_shell.percent_reflns_obs _refine_ls_shell.R_factor_R_free _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_all _refine_ls_shell.R_factor_all 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.7001 3.7638 1450 0.2723 90.00 0.3501 . . 164 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.7638 3.8322 1433 0.2813 90.00 0.3115 . . 159 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.8322 3.9059 1513 0.2667 90.00 0.3588 . . 162 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.9059 3.9856 1474 0.2750 90.00 0.3088 . . 160 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.9856 4.0722 1438 0.2593 90.00 0.3247 . . 160 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.0722 4.1668 1496 0.2575 90.00 0.3039 . . 170 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.1668 4.2709 1501 0.2587 90.00 0.3347 . . 172 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.2709 4.3863 1438 0.2506 90.00 0.3006 . . 162 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.3863 4.5152 1459 0.2325 90.00 0.2989 . . 160 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.5152 4.6608 1456 0.2290 90.00 0.3062 . . 166 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.6608 4.8272 1477 0.2484 90.00 0.3046 . . 170 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.8272 5.0202 1498 0.2476 90.00 0.3200 . . 160 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 5.0202 5.2483 1461 0.2566 90.00 0.3849 . . 158 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 5.2483 5.5244 1468 0.2343 90.00 0.3030 . . 164 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 5.5244 5.8698 1454 0.2336 90.00 0.2670 . . 167 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 5.8698 6.3217 1483 0.2423 90.00 0.2369 . . 162 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 6.3217 6.9555 1467 0.2235 89.00 0.2216 . . 174 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 6.9555 7.9564 1480 0.2155 90.00 0.2876 . . 164 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 7.9564 10.0035 1474 0.1853 90.00 0.1742 . . 158 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 10.0035 43.0562 1479 0.1980 90.00 0.2206 . . 165 . . # _struct_ncs_dom.id 1 _struct_ncs_dom.details ? _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id 1 # _struct_ncs_ens.id 1 _struct_ncs_ens.details ? # _database_PDB_matrix.entry_id 5FVA _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 5FVA _struct.title 'Toscana Virus Nucleocapsid Protein' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 5FVA _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.text 'VIRAL PROTEIN, TOSCANA VIRUS, NUCLEOCAPSIDE, NUCLEOPROTEIN, PHLEBOVIRUS, RNA VIRUS, BUNYAVIRIDAE' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 2 ? J N N 2 ? K N N 2 ? L N N 3 ? M N N 3 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code NCAP_TOSV _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ? _struct_ref.pdbx_align_begin ? _struct_ref.pdbx_db_accession P21701 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 5FVA A 2 ? 253 ? P21701 2 ? 253 ? 2 253 2 1 5FVA B 2 ? 253 ? P21701 2 ? 253 ? 2 253 3 1 5FVA C 2 ? 253 ? P21701 2 ? 253 ? 2 253 4 1 5FVA D 2 ? 253 ? P21701 2 ? 253 ? 2 253 5 1 5FVA E 2 ? 253 ? P21701 2 ? 253 ? 2 253 6 1 5FVA F 2 ? 253 ? P21701 2 ? 253 ? 2 253 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 5FVA GLY A 1 ? UNP P21701 ? ? 'expression tag' 1 1 2 5FVA GLY B 1 ? UNP P21701 ? ? 'expression tag' 1 2 3 5FVA GLY C 1 ? UNP P21701 ? ? 'expression tag' 1 3 4 5FVA GLY D 1 ? UNP P21701 ? ? 'expression tag' 1 4 5 5FVA GLY E 1 ? UNP P21701 ? ? 'expression tag' 1 5 6 5FVA GLY F 1 ? UNP P21701 ? ? 'expression tag' 1 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_and_software_defined_assembly PISA hexameric 6 2 author_and_software_defined_assembly PISA hexameric 6 3 author_and_software_defined_assembly PISA hexameric 6 4 author_and_software_defined_assembly PISA hexameric 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 20010 ? 1 MORE -171.4 ? 1 'SSA (A^2)' 72570 ? 2 'ABSA (A^2)' 14270 ? 2 MORE -142.8 ? 2 'SSA (A^2)' 71690 ? 3 'ABSA (A^2)' 9030 ? 3 MORE -85.4 ? 3 'SSA (A^2)' 73820 ? 4 'ABSA (A^2)' 9530 ? 4 MORE -103.2 ? 4 'SSA (A^2)' 75670 ? # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1,2,3,4,5,6 C,H 2 1,7,8 A,B,G,L 3 1,2,4,3,5,6 D,I 4 1,7,8 E,F,J,K,M # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 2 'crystal symmetry operation' 3_255 -x+y-3,-x,z -0.5000000000 0.8660254038 0.0000000000 -523.8450000000 -0.8660254038 -0.5000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 3 'crystal symmetry operation' 6_675 x-y+1,x+2,z 0.5000000000 -0.8660254038 0.0000000000 0.0000000000 0.8660254038 0.5000000000 0.0000000000 302.4420517636 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 4 'crystal symmetry operation' 4_375 -x-2,-y+2,z -1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 -523.8450000000 0.0000000000 -1.0000000000 0.0000000000 302.4420517636 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 5 'crystal symmetry operation' 2_585 -y,x-y+3,z -0.5000000000 -0.8660254038 0.0000000000 -261.9225000000 0.8660254038 -0.5000000000 0.0000000000 453.6630776455 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 6 'crystal symmetry operation' 5_345 y-2,-x+y-1,z 0.5000000000 0.8660254038 0.0000000000 -261.9225000000 -0.8660254038 0.5000000000 0.0000000000 -151.2210258818 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 7 'crystal symmetry operation' 2_695 -y+1,x-y+4,z -0.5000000000 -0.8660254038 0.0000000000 -174.6150000000 0.8660254038 -0.5000000000 0.0000000000 604.8841035273 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 8 'crystal symmetry operation' 3_265 -x+y-3,-x+1,z -0.5000000000 0.8660254038 0.0000000000 -611.1525000000 -0.8660254038 -0.5000000000 0.0000000000 151.2210258818 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 # _struct_biol.id 1 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 TYR A 6 ? 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