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UK ? ? primary Nature NATUAS 0006 1476-4687 ? ? 530 ? 298 302 'Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Angstrom resolution' 2016 ? 10.1038/nature16940 26829225 ? ? ? ? ? ? ? ? UK ? ? 1 Nature NATUAS 0006 1476-4687 ? ? 523 ? 47 52 'The architecture of the spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP.' 2015 ? 10.1038/nature14548 26106855 ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Nguyen, T.H.D.' 1 ? primary 'Galej, W.P.' 2 ? primary 'Bai, X.C.' 3 ? primary 'Oubridge, C.' 4 ? primary 'Scheres, S.H.W.' 5 ? primary 'Newman, A.J.' 6 ? primary 'Nagai, K.' 7 ? 1 'Nguyen, T.H.D.' 8 ? 1 'Galej, W.' 9 ? 1 'Bai, X.C.' 10 ? 1 'Savva, C.G.' 11 ? 1 'Newman, A.J.' 12 ? 1 'Scheres, S.H.W.' 13 ? 1 'Nagai, K.' 14 ? # _cell.angle_alpha 90.0 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.0 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.0 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 5GAM _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.0 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.0 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.0 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB 1 _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5GAM _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'U5 snRNA' 57138.711 1 ? ? ? 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'The SmD3 protein from the U5 snRNP Sm protein ring.' 11 polymer nat 'Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1' 16296.798 1 ? ? ? 'The SmD1 protein from the U5 snRNP Sm protein ring.' 12 polymer nat 'Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2' 12876.066 1 ? ? ? 'The SmD2 protein from the U5 snRNP Sm protein ring.' 13 non-polymer syn "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 523.180 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 2 'Prp8, N-terminal domain' 3 '114 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component,Growth inhibitory protein 10,Snu114' 5 'snRNP-B,Sm protein B,SmB, U5 SmB' 6 'snRNP-E,Sm protein E,SmE, U5 SmE' 7 'snRNP-F,Sm protein F,SmF' 8 'snRNP-G,Sm protein G,SmG' 10 'Sm-D3,snRNP core protein D3, U5 SmD3' 11 'Sm-D1,snRNP core protein D1, U5 SmD1' 12 'Sm-D2,snRNP core protein D2, SmD2' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 polyribonucleotide no no ;AAGCAGCUUUACAGAUCAAUGGCGGAGGGAGGUCAACAUCAAGAACUGUGGGCCUUUUAUUGCCUAUAGAACUUAUAACG AACAUGGUUCUUGCCUUUUACCAGAACCAUCCGGGUGUUGUCUCCAUAGAAACAGGUAAAGCUGUCCGUUACUGUGGGCU 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;MSGLPPPPPGFEEDSDLALPPPPPPPPGYEIEELDNPMVPSSVNEDTFLPPPPPPPSNFEINAEEIVDFTLPPPPPPPGL DELETKAEKKVELHGKRKLDIGKDTFVTRKSRKRAKKMTKKAKRSNLYTPKAEMPPEHLRKIINTHSDMASKMYNTDKKA FLGALKYLPHAILKLLENMPHPWEQAKEVKVLYHTSGAITFVNETPRVIEPVYTAQWSATWIAMRREKRDRTHFKRMRFP PFDDDEPPLSYEQHIENIEPLDPINLPLDSQDDEYVKDWLYDSRPLEEDSKKVNGTSYKKWSFDLPEMSNLYRLSTPLRD EVTDKNYYYLFDKKSFFNGKALNNAIPGGPKFEPLYPREEEEDYNEFNSIDRVIFRVPIRSEYKVAFPHLYNSRPRSVRI PWYNNPVSCIIQNDEEYDTPALFFDPSLNPIPHFIDNNSSLNVSNTKENGDFTLPEDFAPLLAEEEELILPNTKDAMSLY HSPFPFNRTKGKMVRAQDVALAKKWFLQHPDEEYPVKVKVSYQKLLKNYVLNELHPTLPTNHNKTKLLKSLKNTKYFQQT TIDWVEAGLQLCRQGHNMLNLLIHRKGLTYLHLDYNFNLKPTKTLTTKERKKSRLGNSFHLMRELLKMMKLIVDTHVQFR LGNVDAFQLADGIHYILNHIGQLTGIYRYKYKVMHQIRACKDLKHIIYYKFNKNLGKGPGCGFWQPAWRVWLNFLRGTIP LLERYIGNLITRQFE ; A ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MEGDDLFDEFGNLIGVDPFDSDEEESVLDEQEQYQTNTFEGSGNNNEIESRQLTSLGSKKELGISLEHPYGKEVEVLMET KNTQSPQTPLVEPVTERTKLQEHTIFTQLKKNIPKTRYNRDYMLSMANIPERIINVGVIGPLHSGKTSLMDLLVIDSHKR 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GKNVINRERFISKLFLRGDSVIVVLKTPVE ; ;MSSQIIDRPKHELSRAELEELEEFEFKHGPMSLINDAMVTRTPVIISLRNNHKIIARVKAFDRHCNMVLENVKELWTEKK GKNVINRERFISKLFLRGDSVIVVLKTPVE ; j ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 A n 1 2 A n 1 3 G n 1 4 C n 1 5 A n 1 6 G n 1 7 C n 1 8 U n 1 9 U n 1 10 U n 1 11 A n 1 12 C n 1 13 A n 1 14 G n 1 15 A n 1 16 U n 1 17 C n 1 18 A n 1 19 A n 1 20 U n 1 21 G n 1 22 G n 1 23 C n 1 24 G n 1 25 G n 1 26 A n 1 27 G n 1 28 G n 1 29 G n 1 30 A n 1 31 G n 1 32 G n 1 33 U n 1 34 C n 1 35 A n 1 36 A n 1 37 C n 1 38 A n 1 39 U n 1 40 C n 1 41 A n 1 42 A n 1 43 G n 1 44 A n 1 45 A n 1 46 C n 1 47 U n 1 48 G n 1 49 U n 1 50 G n 1 51 G n 1 52 G n 1 53 C n 1 54 C n 1 55 U n 1 56 U n 1 57 U n 1 58 U n 1 59 A n 1 60 U n 1 61 U n 1 62 G n 1 63 C n 1 64 C n 1 65 U n 1 66 A n 1 67 U n 1 68 A n 1 69 G n 1 70 A n 1 71 A n 1 72 C n 1 73 U n 1 74 U n 1 75 A n 1 76 U n 1 77 A n 1 78 A n 1 79 C n 1 80 G n 1 81 A n 1 82 A n 1 83 C n 1 84 A 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n 11 137 PRO n 11 138 ALA n 11 139 ASN n 11 140 LYS n 11 141 ARG n 11 142 PRO n 11 143 ARG n 11 144 ARG n 11 145 GLY n 11 146 LEU n 12 1 MET n 12 2 SER n 12 3 SER n 12 4 GLN n 12 5 ILE n 12 6 ILE n 12 7 ASP n 12 8 ARG n 12 9 PRO n 12 10 LYS n 12 11 HIS n 12 12 GLU n 12 13 LEU n 12 14 SER n 12 15 ARG n 12 16 ALA n 12 17 GLU n 12 18 LEU n 12 19 GLU n 12 20 GLU n 12 21 LEU n 12 22 GLU n 12 23 GLU n 12 24 PHE n 12 25 GLU n 12 26 PHE n 12 27 LYS n 12 28 HIS n 12 29 GLY n 12 30 PRO n 12 31 MET n 12 32 SER n 12 33 LEU n 12 34 ILE n 12 35 ASN n 12 36 ASP n 12 37 ALA n 12 38 MET n 12 39 VAL n 12 40 THR n 12 41 ARG n 12 42 THR n 12 43 PRO n 12 44 VAL n 12 45 ILE n 12 46 ILE n 12 47 SER n 12 48 LEU n 12 49 ARG n 12 50 ASN n 12 51 ASN n 12 52 HIS n 12 53 LYS n 12 54 ILE n 12 55 ILE n 12 56 ALA n 12 57 ARG n 12 58 VAL n 12 59 LYS n 12 60 ALA n 12 61 PHE n 12 62 ASP n 12 63 ARG n 12 64 HIS n 12 65 CYS n 12 66 ASN n 12 67 MET n 12 68 VAL n 12 69 LEU n 12 70 GLU n 12 71 ASN n 12 72 VAL n 12 73 LYS n 12 74 GLU n 12 75 LEU n 12 76 TRP n 12 77 THR n 12 78 GLU n 12 79 LYS n 12 80 LYS n 12 81 GLY n 12 82 LYS n 12 83 ASN n 12 84 VAL n 12 85 ILE n 12 86 ASN n 12 87 ARG n 12 88 GLU n 12 89 ARG n 12 90 PHE n 12 91 ILE n 12 92 SER n 12 93 LYS n 12 94 LEU n 12 95 PHE n 12 96 LEU n 12 97 ARG n 12 98 GLY n 12 99 ASP n 12 100 SER n 12 101 VAL n 12 102 ILE n 12 103 VAL n 12 104 VAL n 12 105 LEU n 12 106 LYS n 12 107 THR n 12 108 PRO n 12 109 VAL n 12 110 GLU n # loop_ _entity_src_nat.entity_id _entity_src_nat.pdbx_src_id _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num _entity_src_nat.common_name _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id _entity_src_nat.genus _entity_src_nat.species _entity_src_nat.strain _entity_src_nat.tissue _entity_src_nat.tissue_fraction _entity_src_nat.pdbx_secretion _entity_src_nat.pdbx_fragment _entity_src_nat.pdbx_variant _entity_src_nat.pdbx_cell_line _entity_src_nat.pdbx_atcc _entity_src_nat.pdbx_cellular_location _entity_src_nat.pdbx_organ _entity_src_nat.pdbx_organelle _entity_src_nat.pdbx_cell _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details _entity_src_nat.details 1 1 sample 1 178 ;Baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? BCY123 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 1 735 ;Baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? BCY123 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 1 1008 ;Baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? BCY123 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 1 31 ;Baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? BCY123 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 5 1 sample 1 196 ;Baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? BCY123 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 6 1 sample 1 94 ;Baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? BCY123 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 7 1 sample 1 86 ;Baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? BCY123 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 8 1 sample 1 77 ;Baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? BCY123 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 9 1 sample 1 18 ;Baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? BCY123 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10 1 sample 1 101 ;Baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? BCY123 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 11 1 sample 1 146 ;Baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? BCY123 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 12 1 sample 1 110 ;Baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? BCY123 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 GB CP011085.1 807071959 ? 1 ;AAGCAGCUUUACAGAUCAAUGGCGGAGGGAGGUCAACAUCAAGAACUGUGGGCCUUUUAUUGCCUAUAGAACUUAUAACG AACAUGGUUCUUGCCUUUUACCAGAACCAUCCGGGUGUUGUCUCCAUAGAAACAGGUAAAGCUGUCCGUUACUGUGGGCU UGCCAUAUUUUUUGGAAC ; 909079 2 UNP PRP8_YEAST P33334 ? 2 ;MSGLPPPPPGFEEDSDLALPPPPPPPPGYEIEELDNPMVPSSVNEDTFLPPPPPPPSNFEINAEEIVDFTLPPPPPPPGL DELETKAEKKVELHGKRKLDIGKDTFVTRKSRKRAKKMTKKAKRSNLYTPKAEMPPEHLRKIINTHSDMASKMYNTDKKA FLGALKYLPHAILKLLENMPHPWEQAKEVKVLYHTSGAITFVNETPRVIEPVYTAQWSATWIAMRREKRDRTHFKRMRFP PFDDDEPPLSYEQHIENIEPLDPINLPLDSQDDEYVKDWLYDSRPLEEDSKKVNGTSYKKWSFDLPEMSNLYRLSTPLRD EVTDKNYYYLFDKKSFFNGKALNNAIPGGPKFEPLYPREEEEDYNEFNSIDRVIFRVPIRSEYKVAFPHLYNSRPRSVRI PWYNNPVSCIIQNDEEYDTPALFFDPSLNPIPHFIDNNSSLNVSNTKENGDFTLPEDFAPLLAEEEELILPNTKDAMSLY HSPFPFNRTKGKMVRAQDVALAKKWFLQHPDEEYPVKVKVSYQKLLKNYVLNELHPTLPTNHNKTKLLKSLKNTKYFQQT TIDWVEAGLQLCRQGHNMLNLLIHRKGLTYLHLDYNFNLKPTKTLTTKERKKSRLGNSFHLMRELLKMMKLIVDTHVQFR LGNVDAFQLADGIHYILNHIGQLTGIYRYKYKVMHQIRACKDLKHIIYYKFNKNLGKGPGCGFWQPAWRVWLNFLRGTIP LLERYIGNLITRQFE ; 1 3 UNP SN114_YEAST P36048 ? 3 ;MEGDDLFDEFGNLIGVDPFDSDEEESVLDEQEQYQTNTFEGSGNNNEIESRQLTSLGSKKELGISLEHPYGKEVEVLMET KNTQSPQTPLVEPVTERTKLQEHTIFTQLKKNIPKTRYNRDYMLSMANIPERIINVGVIGPLHSGKTSLMDLLVIDSHKR IPDMSKNVELGWKPLRYLDNLKQEIDRGLSIKLNGSTLLCTDLESKSRMINFLDAPGHVNFMDETAVALAASDLVLIVID VVEGVTFVVEQLIKQSIKNNVAMCFVINKLDRLILDLKLPPMDAYLKLNHIIANINSFTKGNVFSPIDNNIIFASTKLGF TFTIKEFVSYYYAHSIPSSKIDDFTTRLWGSVYYHKGNFRTKPFENVEKYPTFVEFILIPLYKIFSYALSMEKDKLKNLL RSNFRVNLSQEALQYDPQPFLKHVLQLIFRQQTGLVDAITRCYQPFELFDNKTAHLSIPGKSTPEGTLWAHVLKTVDYGG AEWSLVRIYSGLLKRGDTVRILDTSQSESRQKRQLHDISKTETSNEDEDEDDETPSCEVEEIGLLGGRYVYPVHEAHKGQ IVLIKGISSAYIKSATLYSVKSKEDMKQLKFFKPLDYITEAVFKIVLQPLLPRELPKLLDALNKISKYYPGVIIKVEESG EHVILGNGELYMDCLLYDLRASYAKIEIKISDPLTVFSESCSNESFASIPVSNSISRLGEENLPGLSISVAAEPMDSKMI QDLSRNTLGKGQNCLDIDGIMDNPRKLSKILRTEYGWDSLASRNVWSFYNGNVLINDTLPDEISPELLSKYKEQIIQGFY WAVKEGPLAEEPIYGVQYKLLSISVPSDVNIDVMKSQIIPLMKKACYVGLLTAIPILLEPIYEVDITVHAPLLPIVEELM KKRRGSRIYKTIKVAGTPLLEVRGQVPVIESAGFETDLRLSTNGLGMCQLYFWHKIWRKVPGDVLDKDAFIPKLKPAPIN SLSRDFVMKTRRRKGISTGGFMSNDGPTLEKYISAELYAQLRENGLVP ; 1 4 PDB 5GAM 5GAM ? 4 ? 1 5 UNP RSMB_YEAST P40018 ? 5 ;MSKIQVAHSSRLANLIDYKLRVLTQDGRVYIGQLMAFDKHMNLVLNECIEERVPKTQLDKLRPRKDSKDGTTLNIKVEKR VLGLTILRGEQILSTVVEDKPLLSKKERLVRDKKEKKQAQKQTKLRKEKEKKPGKIAKPNTANAKHTSSNSREIAQPSSS RYNGGNDNIGANRSRFNNEAPPQTRKFQPPPGFKRK ; 1 6 UNP RUXE_YEAST Q12330 ? 6 ;MSNKVKTKAMVPPINCIFNFLQQQTPVTIWLFEQIGIRIKGKIVGFDEFMNVVIDEAVEIPVNSADGKEDVEKGTPLGKI LLKGDNITLITSAD ; 1 7 UNP RUXF_YEAST P54999 ? 7 ;MSESSDISAMQPVNPKPFLKGLVNHRVGVKLKFNSTEYRGTLVSTDNYFNLQLNEAEEFVAGVSHGTLGEIFIRCNNVLY IRELPN ; 1 8 UNP RUXG_YEAST P40204 ? 8 MVSTPELKKYMDKKILLNINGSRKVAGILRGYDIFLNVVLDDAMEINGEDPANNHQLGLQTVIRGNSIISLEALDAI 1 9 PDB 5GAM 5GAM ? 9 ? 1 10 UNP SMD3_YEAST P43321 ? 10 ;MTMNGIPVKLLNEAQGHIVSLELTTGATYRGKLVESEDSMNVQLRDVIATEPQGAVTHMDQIFVRGSQIKFIVVPDLLKN APLFKKNSSRPMPPIRGPKRR ; 1 11 UNP SMD1_YEAST Q02260 ? 11 ;MKLVNFLKKLRNEQVTIELKNGTTVWGTLQSVSPQMNAILTDVKLTLPQPRLNKLNSNGIAMASLYLTGGQQPTASDNIA SLQYINIRGNTIRQIILPDSLNLDSLLVDQKQLNSLRRSGQIANDPSKKRRRDFGAPANKRPRRGL ; 1 12 UNP SMD2_YEAST Q06217 ? 12 ;MSSQIIDRPKHELSRAELEELEEFEFKHGPMSLINDAMVTRTPVIISLRNNHKIIARVKAFDRHCNMVLENVKELWTEKK GKNVINRERFISKLFLRGDSVIVVLKTPVE ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 5GAM U 1 ? 178 ? 807071959 909079 ? 908902 ? 1 178 2 2 5GAM A 1 ? 735 ? P33334 1 ? 735 ? 1 735 3 3 5GAM C 1 ? 1008 ? P36048 1 ? 1008 ? 1 1008 4 4 5GAM W 1 ? 31 ? 5GAM 1 ? 31 ? 1 31 5 5 5GAM b 1 ? 196 ? P40018 1 ? 196 ? 1 196 6 6 5GAM e 1 ? 94 ? Q12330 1 ? 94 ? 1 94 7 7 5GAM f 1 ? 86 ? P54999 1 ? 86 ? 1 86 8 8 5GAM g 1 ? 77 ? P40204 1 ? 77 ? 1 77 9 9 5GAM x 1 ? 18 ? 5GAM 201 ? 218 ? 201 218 10 10 5GAM d 1 ? 101 ? P43321 1 ? 101 ? 1 101 11 11 5GAM h 1 ? 146 ? Q02260 1 ? 146 ? 1 146 12 12 5GAM j 1 ? 110 ? Q06217 1 ? 110 ? 1 110 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 3 5GAM SER C 530 ? UNP P36048 GLU 530 conflict 530 1 3 5GAM LYS C 531 ? UNP P36048 ASP 531 conflict 531 2 3 5GAM THR C 532 ? UNP P36048 ASP 532 conflict 532 3 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 GTP non-polymer n "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N5 O14 P3' 523.180 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 UNK 'L-peptide linking' . UNKNOWN ? 'C4 H9 N O2' 103.120 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 5GAM _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] 1.74 _refine.aniso_B[1][2] 6.37 _refine.aniso_B[1][3] 0.49 _refine.aniso_B[2][2] 2.07 _refine.aniso_B[2][3] 1.88 _refine.aniso_B[3][3] -3.80 _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean 382.847 _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc 0.971 _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details 'HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS' _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 5GAM _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? _refine.ls_d_res_high 3.70 _refine.ls_d_res_low 154.44 _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs 122835 _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs 100.00 _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs 0.28700 _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.28700 _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? _refine.ls_restrained_S_obs ? _refine.ls_shift_over_esd_max ? _refine.ls_shift_over_esd_mean ? _refine.ls_structure_factor_coef ? _refine.ls_weighting_details ? _refine.ls_weighting_scheme ? _refine.ls_wR_factor_all ? _refine.ls_wR_factor_obs ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.solvent_model_details 'PARAMETERS FOR MASK CACLULATION' _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.ls_R_factor_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_ref ? _refine.ls_shift_over_su_max ? _refine.ls_shift_over_su_max_lt ? _refine.ls_shift_over_su_mean ? _refine.ls_shift_over_su_mean_lt ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_ls_sigma_Fsqd ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R 0.682 _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B 29.010 _refine.overall_SU_ML 0.411 _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.007 0.018 19995 ? r_bond_refined_d ? ? 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WATSON-CRICK ? ? hydrog104 hydrog ? ? A U 85 O4 ? ? ? 1_555 A A 109 N6 ? ? U U 85 U A 109 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog105 hydrog ? ? A G 86 N1 ? ? ? 1_555 A C 108 N3 ? ? U G 86 U C 108 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog106 hydrog ? ? A G 86 N2 ? ? ? 1_555 A C 108 O2 ? ? U G 86 U C 108 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog107 hydrog ? ? A G 86 O6 ? ? ? 1_555 A C 108 N4 ? ? U G 86 U C 108 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog108 hydrog ? ? A G 87 N1 ? ? ? 1_555 A C 107 N3 ? ? U G 87 U C 107 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog109 hydrog ? ? A G 87 N2 ? ? ? 1_555 A C 107 O2 ? ? U G 87 U C 107 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog110 hydrog ? ? A G 87 O6 ? ? ? 1_555 A C 107 N4 ? ? U G 87 U C 107 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog111 hydrog ? ? A U 88 N3 ? ? ? 1_555 A A 106 N1 ? ? U U 88 U A 106 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog112 hydrog ? ? A U 88 O4 ? ? ? 1_555 A A 106 N6 ? ? U U 88 U A 106 1_555 ? ? ? ? ? ? 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WATSON-CRICK ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PHE 239 B . ? PHE 239 A PRO 240 B ? PRO 240 A 1 -4.28 2 ARG 284 B . ? ARG 284 A PRO 285 B ? PRO 285 A 1 2.50 3 THR 554 B . ? THR 554 A LYS 555 B ? LYS 555 A 1 28.63 4 ASN 259 C . ? ASN 259 C ASN 260 C ? 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RELION ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.2 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied NO # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 5GAM 'double helix' 5GAM 'a-form double helix' 5GAM 'hairpin loop' 5GAM 'bulge loop' 5GAM 'mismatched base pair' 5GAM 'internal loop' 5GAM 'three-way junction' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A C 4 1_555 A G 144 1_555 0.891 -0.293 -0.243 14.578 5.902 -0.919 1 U_C4:G144_U U 4 ? 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U 135 ? 8 1 1 A G 14 1_555 A A 134 1_555 0.848 1.693 0.691 -1.587 1.832 -9.588 11 U_G14:A134_U U 14 ? U 134 ? 8 1 1 A A 15 1_555 A C 133 1_555 -4.867 -1.985 -0.339 7.415 8.954 -95.360 12 U_A15:C133_U U 15 ? U 133 ? ? ? 1 A U 20 1_555 A A 132 1_555 -1.054 -0.122 -0.131 19.130 -10.787 -0.673 13 U_U20:A132_U U 20 ? U 132 ? 20 1 1 A G 21 1_555 A A 131 1_555 -0.367 1.204 -0.402 18.985 -12.111 -11.207 14 U_G21:A131_U U 21 ? U 131 ? 8 1 1 A G 22 1_555 A A 130 1_555 -0.045 1.070 -0.811 9.230 -6.005 -22.263 15 U_G22:A130_U U 22 ? U 130 ? 8 1 1 A G 28 1_555 A C 125 1_555 -0.711 -0.248 0.243 7.286 -10.506 -1.635 16 U_G28:C125_U U 28 ? U 125 ? 19 1 1 A G 29 1_555 A C 124 1_555 -0.121 -0.088 -0.251 -0.589 -4.114 -0.752 17 U_G29:C124_U U 29 ? U 124 ? 19 1 1 A A 30 1_555 A U 123 1_555 0.124 -0.102 -0.254 -1.515 -6.290 0.326 18 U_A30:U123_U U 30 ? U 123 ? 20 1 1 A G 31 1_555 A C 122 1_555 -0.373 -0.181 0.387 -5.131 -15.386 -2.421 19 U_G31:C122_U U 31 ? U 122 ? 19 1 1 A G 32 1_555 A U 121 1_555 -0.278 -0.155 1.633 8.651 -12.256 -3.091 20 U_G32:U121_U U 32 ? U 121 ? ? 1 1 A C 34 1_555 A G 120 1_555 0.790 -0.433 0.696 6.219 -21.423 -5.110 21 U_C34:G120_U U 34 ? U 120 ? 19 1 1 A A 35 1_555 A U 119 1_555 -0.316 -0.277 0.617 0.048 -19.847 -5.561 22 U_A35:U119_U U 35 ? U 119 ? 20 1 1 A A 36 1_555 A U 118 1_555 -0.188 -0.141 -0.225 -6.487 -16.910 0.459 23 U_A36:U118_U U 36 ? U 118 ? 20 1 1 A C 37 1_555 A G 117 1_555 -0.005 -0.060 0.042 -11.627 -9.631 -0.335 24 U_C37:G117_U U 37 ? U 117 ? 19 1 1 A A 38 1_555 A U 116 1_555 -0.295 -0.187 -0.520 -5.018 -8.420 1.621 25 U_A38:U116_U U 38 ? U 116 ? 20 1 1 A U 39 1_555 A G 115 1_555 2.666 -0.777 -1.307 10.746 0.737 -5.826 26 U_U39:G115_U U 39 ? U 115 ? 28 1 1 A C 40 1_555 A G 114 1_555 -0.383 -0.353 -1.550 14.189 1.508 -3.433 27 U_C40:G114_U U 40 ? U 114 ? 19 1 1 A A 41 1_555 A U 74 1_555 0.210 -0.266 0.766 -26.804 2.501 4.290 28 U_A41:U74_U U 41 ? 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