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'Zika virus' 64320 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 1 75 ? 'Zika virus' 64320 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A060H177_9FLAV A0A060H177 ? 1 ;IRCIGVSNRDFVEGMSGGTWVDVVLEHGGCVTVMAQDKPTVDIELVTTTVSNMAEVRSYCYEASISDMASDSRCPTQGEA YLDKQSDTQYVCKRTLVDRGWGNGCGLFGKGSLVTCAKFACSKKMTGKSIQPENLEYRIMLSVHGSQHSGMIVNDTGHET DENRAKVEITPNSPRAEATLGGFGSLGLDCEPRTGLDFSDLYYLTMNNKHWLVHKEWFHDIPLPWHAGADTGTPHWNNKE ALVEFKDAHAKRQTVVVLGSQEGAVHTALAGALEAEMDGAKGRLSSGHLKCRLKMDKLRLKGVSYSLCTAAFTFTKIPAE TLHGTVTVEVQYAGTDGPCKVPAQMAVDMQTLTPVGRLITANPVITESTENSKMMLELDPPFGDSYIVIGVGEKKITHHW HRSGSTIGKAFEATVRGAKRMAVLGDTAWDFGSVGGALNSLGKGIHQIFGAAFKSLFGGMSWFSQILIGTLLMWLGLNTK NGSISLMCLALGGVLIFLSTAVSA ; 1 2 UNP A0A096XFQ2_9FLAV A0A096XFQ2 ? 2 AVTLPSHSTRKLQTRSQTWLESREYTKHLIRVENWIFRNPGFALAAAAIAWLLGSSTSQKVIYLVMILLIAPAYS 179 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 5IRE A 1 ? 504 ? A0A060H177 1 ? 504 ? 1 504 2 2 5IRE B 1 ? 75 ? A0A096XFQ2 179 ? 253 ? 1 75 3 1 5IRE C 1 ? 504 ? A0A060H177 1 ? 504 ? 1 504 4 2 5IRE D 1 ? 75 ? A0A096XFQ2 179 ? 253 ? 1 75 5 1 5IRE E 1 ? 504 ? A0A060H177 1 ? 504 ? 1 504 6 2 5IRE F 1 ? 75 ? A0A096XFQ2 179 ? 253 ? 1 75 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ? 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 5IRE _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 5IRE _struct.title 'The cryo-EM structure of Zika Virus' _struct.pdbx_descriptor 'E protein, M protein' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? # _struct_keywords.entry_id 5IRE _struct_keywords.text 'Zika virus, VIRUS' _struct_keywords.pdbx_keywords VIRUS # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 3 ? I N N 3 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 LEU A 82 ? SER A 86 ? LEU A 82 SER A 86 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 AA2 GLY A 100 ? GLY A 104 ? GLY A 100 GLY A 104 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 AA3 HIS A 148 ? ILE A 152 ? HIS A 148 ILE A 152 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 AA4 GLU A 191 ? LEU A 196 ? GLU A 191 LEU A 196 1 ? 6 HELX_P HELX_P5 AA5 GLN A 261 ? LEU A 269 ? GLN A 261 LEU A 269 1 ? 9 HELX_P HELX_P6 AA6 THR A 406 ? LEU A 424 ? THR A 406 LEU A 424 1 ? 19 HELX_P HELX_P7 AA7 GLY A 425 ? ASP A 430 ? GLY A 425 ASP A 430 5 ? 6 HELX_P HELX_P8 AA8 GLY A 436 ? LYS A 454 ? GLY A 436 LYS A 454 1 ? 19 HELX_P HELX_P9 AA9 TRP A 462 ? ASN A 478 ? TRP A 462 ASN A 478 1 ? 17 HELX_P HELX_P10 AB1 SER A 483 ? SER A 499 ? SER A 483 SER A 499 1 ? 17 HELX_P HELX_P11 AB2 SER B 6 ? ARG B 10 ? SER B 6 ARG B 10 5 ? 5 HELX_P HELX_P12 AB3 GLU B 21 ? ASN B 39 ? GLU B 21 ASN B 39 1 ? 19 HELX_P HELX_P13 AB4 PRO B 40 ? LEU B 52 ? PRO B 40 LEU B 52 1 ? 13 HELX_P HELX_P14 AB5 SER B 56 ? ALA B 71 ? SER B 56 ALA B 71 1 ? 16 HELX_P HELX_P15 AB6 LEU C 82 ? SER C 86 ? LEU C 82 SER C 86 5 ? 5 HELX_P HELX_P16 AB7 GLY C 100 ? GLY C 104 ? GLY C 100 GLY C 104 5 ? 5 HELX_P HELX_P17 AB8 HIS C 148 ? ILE C 152 ? HIS C 148 ILE C 152 5 ? 5 HELX_P HELX_P18 AB9 GLU C 191 ? LEU C 196 ? GLU C 191 LEU C 196 1 ? 6 HELX_P HELX_P19 AC1 GLN C 261 ? LEU C 269 ? GLN C 261 LEU C 269 1 ? 9 HELX_P HELX_P20 AC2 THR C 406 ? VAL C 423 ? THR C 406 VAL C 423 1 ? 18 HELX_P HELX_P21 AC3 GLY C 425 ? ASP C 430 ? GLY C 425 ASP C 430 5 ? 6 HELX_P HELX_P22 AC4 GLY C 436 ? LYS C 454 ? GLY C 436 LYS C 454 1 ? 19 HELX_P HELX_P23 AC5 TRP C 462 ? ASN C 478 ? TRP C 462 ASN C 478 1 ? 17 HELX_P HELX_P24 AC6 GLY C 482 ? SER C 499 ? GLY C 482 SER C 499 1 ? 18 HELX_P HELX_P25 AC7 SER D 6 ? ARG D 10 ? SER D 6 ARG D 10 5 ? 5 HELX_P HELX_P26 AC8 GLU D 21 ? ASN D 39 ? GLU D 21 ASN D 39 1 ? 19 HELX_P HELX_P27 AC9 PRO D 40 ? LEU D 52 ? PRO D 40 LEU D 52 1 ? 13 HELX_P HELX_P28 AD1 SER D 56 ? ALA D 71 ? SER D 56 ALA D 71 1 ? 16 HELX_P HELX_P29 AD2 LEU E 82 ? SER E 86 ? LEU E 82 SER E 86 5 ? 5 HELX_P HELX_P30 AD3 GLY E 100 ? GLY E 104 ? GLY E 100 GLY E 104 5 ? 5 HELX_P HELX_P31 AD4 HIS E 148 ? ILE E 152 ? HIS E 148 ILE E 152 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 AD5 GLU E 191 ? LEU E 196 ? GLU E 191 LEU E 196 1 ? 6 HELX_P HELX_P33 AD6 GLN E 261 ? LEU E 269 ? GLN E 261 LEU E 269 1 ? 9 HELX_P HELX_P34 AD7 THR E 406 ? LEU E 424 ? THR E 406 LEU E 424 1 ? 19 HELX_P HELX_P35 AD8 GLY E 425 ? ASP E 430 ? GLY E 425 ASP E 430 5 ? 6 HELX_P HELX_P36 AD9 GLY E 436 ? LYS E 454 ? GLY E 436 LYS E 454 1 ? 19 HELX_P HELX_P37 AE1 TRP E 462 ? ASN E 478 ? TRP E 462 ASN E 478 1 ? 17 HELX_P HELX_P38 AE2 SER E 483 ? SER E 499 ? SER E 483 SER E 499 1 ? 17 HELX_P HELX_P39 AE3 SER F 6 ? ARG F 10 ? SER F 6 ARG F 10 5 ? 5 HELX_P HELX_P40 AE4 GLU F 21 ? ASN F 39 ? GLU F 21 ASN F 39 1 ? 19 HELX_P HELX_P41 AE5 PRO F 40 ? LEU F 52 ? PRO F 40 LEU F 52 1 ? 13 HELX_P HELX_P42 AE6 SER F 56 ? ALA F 71 ? SER F 56 ALA F 71 1 ? 16 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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N-Glycosylation covale4 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.390 ? ? covale5 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.385 ? ? covale6 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.402 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 3 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 3 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 3 ? AB2 ? 5 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 3 ? AB5 ? 4 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 3 ? AB9 ? 3 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 3 ? AC3 ? 5 ? AC4 ? 4 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 4 ? AC7 ? 3 ? AC8 ? 2 ? AC9 ? 3 ? AD1 ? 2 ? AD2 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB2 1 2 ? parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC3 1 2 ? parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC3 4 5 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ARG A 9 ? 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E . n E 1 503 SER 503 503 ? ? ? E . n E 1 504 ALA 504 504 ? ? ? E . n F 2 1 ALA 1 1 1 ALA ALA F . n F 2 2 VAL 2 2 2 VAL VAL F . n F 2 3 THR 3 3 3 THR THR F . n F 2 4 LEU 4 4 4 LEU LEU F . n F 2 5 PRO 5 5 5 PRO PRO F . n F 2 6 SER 6 6 6 SER SER F . n F 2 7 HIS 7 7 7 HIS HIS F . n F 2 8 SER 8 8 8 SER SER F . n F 2 9 THR 9 9 9 THR THR F . n F 2 10 ARG 10 10 10 ARG ARG F . n F 2 11 LYS 11 11 11 LYS LYS F . n F 2 12 LEU 12 12 12 LEU LEU F . n F 2 13 GLN 13 13 13 GLN GLN F . n F 2 14 THR 14 14 14 THR THR F . n F 2 15 ARG 15 15 15 ARG ARG F . n F 2 16 SER 16 16 16 SER SER F . n F 2 17 GLN 17 17 17 GLN GLN F . n F 2 18 THR 18 18 18 THR THR F . n F 2 19 TRP 19 19 19 TRP TRP F . n F 2 20 LEU 20 20 20 LEU LEU F . n F 2 21 GLU 21 21 21 GLU GLU F . n F 2 22 SER 22 22 22 SER SER F . n F 2 23 ARG 23 23 23 ARG ARG F . n F 2 24 GLU 24 24 24 GLU GLU F . n F 2 25 TYR 25 25 25 TYR TYR F . n F 2 26 THR 26 26 26 THR THR F . n F 2 27 LYS 27 27 27 LYS LYS F . n F 2 28 HIS 28 28 28 HIS HIS F . n F 2 29 LEU 29 29 29 LEU LEU F . n F 2 30 ILE 30 30 30 ILE ILE F . n F 2 31 ARG 31 31 31 ARG ARG F . n F 2 32 VAL 32 32 32 VAL VAL F . n F 2 33 GLU 33 33 33 GLU GLU F . n F 2 34 ASN 34 34 34 ASN ASN F . n F 2 35 TRP 35 35 35 TRP TRP F . n F 2 36 ILE 36 36 36 ILE ILE F . n F 2 37 PHE 37 37 37 PHE PHE F . n F 2 38 ARG 38 38 38 ARG ARG F . n F 2 39 ASN 39 39 39 ASN ASN F . n F 2 40 PRO 40 40 40 PRO PRO F . n F 2 41 GLY 41 41 41 GLY GLY F . n F 2 42 PHE 42 42 42 PHE PHE F . n F 2 43 ALA 43 43 43 ALA ALA F . n F 2 44 LEU 44 44 44 LEU LEU F . n F 2 45 ALA 45 45 45 ALA ALA F . n F 2 46 ALA 46 46 46 ALA ALA F . n F 2 47 ALA 47 47 47 ALA ALA F . n F 2 48 ALA 48 48 48 ALA ALA F . n F 2 49 ILE 49 49 49 ILE ILE F . n F 2 50 ALA 50 50 50 ALA ALA F . n F 2 51 TRP 51 51 51 TRP TRP F . n F 2 52 LEU 52 52 52 LEU LEU F . n F 2 53 LEU 53 53 53 LEU LEU F . n F 2 54 GLY 54 54 54 GLY GLY F . n F 2 55 SER 55 55 55 SER SER F . n F 2 56 SER 56 56 56 SER SER F . n F 2 57 THR 57 57 57 THR THR F . n F 2 58 SER 58 58 58 SER SER F . n F 2 59 GLN 59 59 59 GLN GLN F . n F 2 60 LYS 60 60 60 LYS LYS F . n F 2 61 VAL 61 61 61 VAL VAL F . n F 2 62 ILE 62 62 62 ILE ILE F . n F 2 63 TYR 63 63 63 TYR TYR F . n F 2 64 LEU 64 64 64 LEU LEU F . n F 2 65 VAL 65 65 65 VAL VAL F . n F 2 66 MET 66 66 66 MET MET F . n F 2 67 ILE 67 67 67 ILE ILE F . n F 2 68 LEU 68 68 68 LEU LEU F . n F 2 69 LEU 69 69 69 LEU LEU F . n F 2 70 ILE 70 70 70 ILE ILE F . n F 2 71 ALA 71 71 71 ALA ALA F . n F 2 72 PRO 72 72 72 PRO PRO F . n F 2 73 ALA 73 73 73 ALA ALA F . n F 2 74 TYR 74 74 74 TYR TYR F . n F 2 75 SER 75 75 75 SER SER F . n # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 'complete icosahedral assembly' ? 360-meric 360 2 'icosahedral asymmetric unit' ? hexameric 6 3 'icosahedral pentamer' ? 30-meric 30 4 'icosahedral 23 hexamer' ? 36-meric 36 5 'icosahedral asymmetric unit, std point frame' ? hexameric 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 '(1-60)' A,B,C,D,E,F,G,H,I 2 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I 3 '(1-5)' A,B,C,D,E,F,G,H,I 4 '(1,2,6,10,23,24)' A,B,C,D,E,F,G,H,I 5 P A,B,C,D,E,F,G,H,I # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] P 'transform to point frame' ? ? 0.42532548 0.30901701 -0.85065077 0.00000 0.58778531 -0.80901696 0.00000008 -0.00001 -0.68819087 -0.50000006 -0.52573118 0.00000 1 'point symmetry operation' ? ? 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 2 'point symmetry operation' ? ? 0.36180336 0.58778521 -0.72360685 0.00000 -0.26286563 0.80901703 0.52573102 0.00000 0.89442719 0.00000012 0.44721360 0.00000 3 'point symmetry operation' ? ? -0.67082050 0.68819082 -0.27639330 0.00002 0.16245969 0.50000008 0.85065079 0.00000 0.72360673 0.52573122 -0.44721357 0.00000 4 'point symmetry operation' ? ? -0.67082050 0.16245969 0.72360673 0.00001 0.68819081 0.50000008 0.52573122 0.00000 -0.27639330 0.85065079 -0.44721357 0.00000 5 'point symmetry operation' ? ? 0.36180336 -0.26286563 0.89442719 0.00000 0.58778521 0.80901703 0.00000012 0.00000 -0.72360685 0.52573103 0.44721361 0.00000 6 'point symmetry operation' ? ? -0.05278666 0.68819095 0.72360679 0.00001 0.68819094 -0.49999989 0.52573124 -0.00002 0.72360679 0.52573124 -0.44721345 0.00000 7 'point symmetry operation' ? ? 0.44721345 0.52573106 0.72360692 0.00000 0.85065089 0.00000010 -0.52573098 -0.00001 -0.27639318 0.85065084 -0.44721355 0.00000 8 'point symmetry operation' ? ? 0.67082041 0.68819092 0.27639327 0.00000 -0.16245975 0.50000003 -0.85065080 0.00000 -0.72360681 0.52573114 0.44721355 0.00000 9 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.95105652 -0.00000009 0.00001 -0.95105651 0.30901699 -0.00000009 0.00000 -0.00000006 0.00000012 1.00000000 0.00000 10 'point symmetry operation' ? ? -0.13819677 0.95105654 0.27639306 0.00001 -0.42532547 -0.30901694 0.85065079 0.00000 0.89442713 0.00000018 0.44721371 0.00000 11 'point symmetry operation' ? ? -0.30901686 -0.95105656 0.00000009 0.00000 -0.95105656 0.30901686 -0.00000013 0.00000 0.00000009 -0.00000013 -1.00000000 0.00000 12 'point symmetry operation' ? ? 0.13819682 -0.95105649 -0.27639318 0.00000 -0.42532548 -0.30901707 0.85065074 0.00000 -0.89442712 -0.00000017 -0.44721374 0.00000 13 'point symmetry operation' ? ? 0.05278657 -0.68819088 -0.72360686 0.00000 0.68819092 -0.50000000 0.52573115 -0.00002 -0.72360682 -0.52573122 0.44721344 0.00000 14 'point symmetry operation' ? ? -0.44721357 -0.52573106 -0.72360685 0.00000 0.85065084 0.00000000 -0.52573106 -0.00001 0.27639315 -0.85065084 0.44721357 0.00000 15 'point symmetry operation' ? ? -0.67082038 -0.68819099 -0.27639316 0.00000 -0.16245982 0.49999992 -0.85065086 0.00000 0.72360681 -0.52573116 -0.44721352 0.00000 16 'point symmetry operation' ? ? -0.63819648 0.26286561 -0.72360689 0.00001 0.26286561 -0.80901698 -0.52573111 -0.00002 -0.72360689 -0.52573111 0.44721345 0.00000 17 'point symmetry operation' ? ? -0.94721363 -0.16245978 0.27639311 0.00001 -0.16245978 -0.50000005 -0.85065079 -0.00001 0.27639311 -0.85065079 0.44721369 0.00000 18 'point symmetry operation' ? ? -0.05278647 -0.68819086 0.72360689 0.00000 -0.68819086 -0.50000011 -0.52573114 0.00000 0.72360689 -0.52573114 -0.44721342 0.00000 19 'point symmetry operation' ? ? 0.80901707 -0.58778514 0.00000021 0.00000 -0.58778514 -0.80901707 -0.00000007 -0.00001 0.00000021 -0.00000007 -1.00000000 0.00000 20 'point symmetry operation' ? ? 0.44721379 0.00000008 -0.89442709 0.00000 0.00000008 -1.00000000 -0.00000005 -0.00002 -0.89442709 -0.00000005 -0.44721379 0.00000 21 'point symmetry operation' ? ? -0.44721352 0.52573098 -0.72360694 0.00001 -0.85065089 0.00000000 0.52573098 0.00000 0.27639306 0.85065090 0.44721352 0.00000 22 'point symmetry operation' ? ? -0.94721368 0.16245973 0.27639299 0.00001 0.16245973 -0.49999995 0.85065086 -0.00001 0.27639299 0.85065087 0.44721363 0.00000 23 'point symmetry operation' ? ? -0.13819677 -0.42532547 0.89442713 0.00000 0.95105653 -0.30901694 0.00000018 -0.00002 0.27639306 0.85065080 0.44721371 0.00000 24 'point symmetry operation' ? ? 0.86180334 -0.42532546 0.27639331 0.00000 0.42532554 0.30901699 -0.85065074 0.00000 0.27639318 0.85065079 0.44721366 0.00000 25 'point symmetry operation' ? ? 0.67082048 0.16245975 -0.72360674 0.00000 -0.68819088 0.49999997 -0.52573124 0.00000 0.27639318 0.85065085 0.44721354 0.00000 26 'point symmetry operation' ? ? -0.13819669 -0.95105650 0.27639321 0.00000 0.42532553 -0.30901705 -0.85065072 -0.00001 0.89442712 -0.00000003 0.44721374 0.00000 27 'point symmetry operation' ? ? 0.44721364 -0.85065084 -0.27639303 0.00000 -0.52573097 -0.00000010 -0.85065089 0.00000 0.72360687 0.52573106 -0.44721354 0.00000 28 'point symmetry operation' ? 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? -0.30901712 0.95105648 0.00000006 0.00002 0.95105647 0.30901712 0.00000008 -0.00001 0.00000006 0.00000008 -1.00000000 0.00000 36 'point symmetry operation' ? ? 0.94721366 -0.16245966 -0.27639310 0.00000 0.16245985 -0.50000000 0.85065080 -0.00001 -0.27639299 -0.85065085 -0.44721366 0.00000 37 'point symmetry operation' ? ? 0.13819664 0.42532551 -0.89442713 0.00000 0.95105654 -0.30901692 0.00000004 -0.00002 -0.27639310 -0.85065079 -0.44721371 0.00000 38 'point symmetry operation' ? ? -0.86180340 0.42532541 -0.27639320 0.00001 0.42532541 0.30901702 -0.85065079 0.00000 -0.27639320 -0.85065080 -0.44721363 0.00000 39 'point symmetry operation' ? ? -0.67082039 -0.16245982 0.72360681 0.00000 -0.68819098 0.49999992 -0.52573115 0.00000 -0.27639316 -0.85065087 -0.44721352 0.00000 40 'point symmetry operation' ? ? 0.44721364 -0.52573098 0.72360687 0.00000 -0.85065084 -0.00000010 0.52573106 0.00000 -0.27639303 -0.85065090 -0.44721354 0.00000 41 'point symmetry operation' ? ? -0.44721352 -0.85065089 0.27639306 0.00000 0.52573097 0.00000000 0.85065089 -0.00001 -0.72360694 0.52573098 0.44721352 0.00000 42 'point symmetry operation' ? 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F LEU 12 CG 2100 1 Y 1 F LEU 12 ? CD1 ? F LEU 12 CD1 2101 1 Y 1 F LEU 12 ? CD2 ? F LEU 12 CD2 2102 1 Y 1 F GLN 13 ? CG ? F GLN 13 CG 2103 1 Y 1 F GLN 13 ? CD ? F GLN 13 CD 2104 1 Y 1 F GLN 13 ? OE1 ? F GLN 13 OE1 2105 1 Y 1 F GLN 13 ? NE2 ? F GLN 13 NE2 2106 1 Y 1 F THR 14 ? OG1 ? F THR 14 OG1 2107 1 Y 1 F THR 14 ? CG2 ? F THR 14 CG2 2108 1 Y 1 F ARG 15 ? CG ? F ARG 15 CG 2109 1 Y 1 F ARG 15 ? CD ? F ARG 15 CD 2110 1 Y 1 F ARG 15 ? NE ? F ARG 15 NE 2111 1 Y 1 F ARG 15 ? CZ ? F ARG 15 CZ 2112 1 Y 1 F ARG 15 ? NH1 ? F ARG 15 NH1 2113 1 Y 1 F ARG 15 ? NH2 ? F ARG 15 NH2 2114 1 Y 1 F SER 16 ? OG ? F SER 16 OG 2115 1 Y 1 F GLN 17 ? CG ? F GLN 17 CG 2116 1 Y 1 F GLN 17 ? CD ? F GLN 17 CD 2117 1 Y 1 F GLN 17 ? OE1 ? F GLN 17 OE1 2118 1 Y 1 F GLN 17 ? NE2 ? F GLN 17 NE2 2119 1 Y 1 F GLU 21 ? CG ? F GLU 21 CG 2120 1 Y 1 F GLU 21 ? CD ? F GLU 21 CD 2121 1 Y 1 F GLU 21 ? OE1 ? F GLU 21 OE1 2122 1 Y 1 F GLU 21 ? OE2 ? F GLU 21 OE2 2123 1 Y 1 F ARG 23 ? CG ? F ARG 23 CG 2124 1 Y 1 F ARG 23 ? CD ? F ARG 23 CD 2125 1 Y 1 F ARG 23 ? NE ? F ARG 23 NE 2126 1 Y 1 F ARG 23 ? CZ ? F ARG 23 CZ 2127 1 Y 1 F ARG 23 ? NH1 ? F ARG 23 NH1 2128 1 Y 1 F ARG 23 ? NH2 ? F ARG 23 NH2 2129 1 Y 1 F GLU 24 ? CG ? F GLU 24 CG 2130 1 Y 1 F GLU 24 ? CD ? F GLU 24 CD 2131 1 Y 1 F GLU 24 ? OE1 ? F GLU 24 OE1 2132 1 Y 1 F GLU 24 ? OE2 ? F GLU 24 OE2 2133 1 Y 1 F TYR 25 ? CG ? F TYR 25 CG 2134 1 Y 1 F TYR 25 ? CD1 ? F TYR 25 CD1 2135 1 Y 1 F TYR 25 ? CD2 ? F TYR 25 CD2 2136 1 Y 1 F TYR 25 ? CE1 ? F TYR 25 CE1 2137 1 Y 1 F TYR 25 ? CE2 ? F TYR 25 CE2 2138 1 Y 1 F TYR 25 ? CZ ? F TYR 25 CZ 2139 1 Y 1 F TYR 25 ? OH ? F TYR 25 OH 2140 1 Y 1 F THR 26 ? OG1 ? F THR 26 OG1 2141 1 Y 1 F THR 26 ? CG2 ? F THR 26 CG2 2142 1 Y 1 F LYS 27 ? CG ? F LYS 27 CG 2143 1 Y 1 F LYS 27 ? CD ? F LYS 27 CD 2144 1 Y 1 F LYS 27 ? CE ? F LYS 27 CE 2145 1 Y 1 F LYS 27 ? NZ ? F LYS 27 NZ 2146 1 Y 1 F HIS 28 ? CG ? F HIS 28 CG 2147 1 Y 1 F HIS 28 ? ND1 ? F HIS 28 ND1 2148 1 Y 1 F HIS 28 ? CD2 ? F HIS 28 CD2 2149 1 Y 1 F HIS 28 ? CE1 ? F HIS 28 CE1 2150 1 Y 1 F HIS 28 ? NE2 ? F HIS 28 NE2 2151 1 Y 1 F LEU 29 ? CG ? F LEU 29 CG 2152 1 Y 1 F LEU 29 ? CD1 ? F LEU 29 CD1 2153 1 Y 1 F LEU 29 ? CD2 ? F LEU 29 CD2 2154 1 Y 1 F ILE 30 ? CG1 ? F ILE 30 CG1 2155 1 Y 1 F ILE 30 ? CG2 ? F ILE 30 CG2 2156 1 Y 1 F ILE 30 ? CD1 ? F ILE 30 CD1 2157 1 Y 1 F ARG 31 ? CG ? F ARG 31 CG 2158 1 Y 1 F ARG 31 ? CD ? F ARG 31 CD 2159 1 Y 1 F ARG 31 ? NE ? F ARG 31 NE 2160 1 Y 1 F ARG 31 ? CZ ? F ARG 31 CZ 2161 1 Y 1 F ARG 31 ? NH1 ? F ARG 31 NH1 2162 1 Y 1 F ARG 31 ? NH2 ? F ARG 31 NH2 2163 1 Y 1 F GLU 33 ? CG ? F GLU 33 CG 2164 1 Y 1 F GLU 33 ? CD ? F GLU 33 CD 2165 1 Y 1 F GLU 33 ? OE1 ? F GLU 33 OE1 2166 1 Y 1 F GLU 33 ? OE2 ? F GLU 33 OE2 2167 1 Y 1 F PHE 37 ? CG ? F PHE 37 CG 2168 1 Y 1 F PHE 37 ? CD1 ? F PHE 37 CD1 2169 1 Y 1 F PHE 37 ? CD2 ? F PHE 37 CD2 2170 1 Y 1 F PHE 37 ? CE1 ? F PHE 37 CE1 2171 1 Y 1 F PHE 37 ? CE2 ? F PHE 37 CE2 2172 1 Y 1 F PHE 37 ? CZ ? F PHE 37 CZ 2173 1 Y 1 F ARG 38 ? CG ? F ARG 38 CG 2174 1 Y 1 F ARG 38 ? CD ? F ARG 38 CD 2175 1 Y 1 F ARG 38 ? NE ? F ARG 38 NE 2176 1 Y 1 F ARG 38 ? CZ ? F ARG 38 CZ 2177 1 Y 1 F ARG 38 ? NH1 ? F ARG 38 NH1 2178 1 Y 1 F ARG 38 ? NH2 ? F ARG 38 NH2 2179 1 Y 1 F PHE 42 ? CG ? F PHE 42 CG 2180 1 Y 1 F PHE 42 ? CD1 ? F PHE 42 CD1 2181 1 Y 1 F PHE 42 ? CD2 ? F PHE 42 CD2 2182 1 Y 1 F PHE 42 ? CE1 ? F PHE 42 CE1 2183 1 Y 1 F PHE 42 ? CE2 ? F PHE 42 CE2 2184 1 Y 1 F PHE 42 ? CZ ? F PHE 42 CZ 2185 1 Y 1 F LEU 44 ? CG ? F LEU 44 CG 2186 1 Y 1 F LEU 44 ? CD1 ? F LEU 44 CD1 2187 1 Y 1 F LEU 44 ? CD2 ? F LEU 44 CD2 2188 1 Y 1 F ILE 49 ? CG1 ? F ILE 49 CG1 2189 1 Y 1 F ILE 49 ? CG2 ? F ILE 49 CG2 2190 1 Y 1 F ILE 49 ? CD1 ? F ILE 49 CD1 2191 1 Y 1 F LEU 52 ? CG ? F LEU 52 CG 2192 1 Y 1 F LEU 52 ? CD1 ? F LEU 52 CD1 2193 1 Y 1 F LEU 52 ? CD2 ? F LEU 52 CD2 2194 1 Y 1 F LEU 53 ? CG ? F LEU 53 CG 2195 1 Y 1 F LEU 53 ? CD1 ? F LEU 53 CD1 2196 1 Y 1 F LEU 53 ? CD2 ? F LEU 53 CD2 2197 1 Y 1 F SER 58 ? OG ? F SER 58 OG 2198 1 Y 1 F GLN 59 ? CG ? F GLN 59 CG 2199 1 Y 1 F GLN 59 ? CD ? F GLN 59 CD 2200 1 Y 1 F GLN 59 ? OE1 ? F GLN 59 OE1 2201 1 Y 1 F GLN 59 ? NE2 ? F GLN 59 NE2 2202 1 Y 1 F LYS 60 ? CG ? F LYS 60 CG 2203 1 Y 1 F LYS 60 ? CD ? F LYS 60 CD 2204 1 Y 1 F LYS 60 ? CE ? F LYS 60 CE 2205 1 Y 1 F LYS 60 ? NZ ? F LYS 60 NZ 2206 1 Y 1 F ILE 62 ? CG1 ? F ILE 62 CG1 2207 1 Y 1 F ILE 62 ? CG2 ? F ILE 62 CG2 2208 1 Y 1 F ILE 62 ? CD1 ? F ILE 62 CD1 2209 1 Y 1 F LEU 64 ? CG ? F LEU 64 CG 2210 1 Y 1 F LEU 64 ? CD1 ? F LEU 64 CD1 2211 1 Y 1 F LEU 64 ? CD2 ? F LEU 64 CD2 2212 1 Y 1 F MET 66 ? CG ? F MET 66 CG 2213 1 Y 1 F MET 66 ? SD ? F MET 66 SD 2214 1 Y 1 F MET 66 ? CE ? F MET 66 CE 2215 1 Y 1 F ILE 67 ? CG1 ? F ILE 67 CG1 2216 1 Y 1 F ILE 67 ? CG2 ? F ILE 67 CG2 2217 1 Y 1 F ILE 67 ? CD1 ? F ILE 67 CD1 2218 1 Y 1 F LEU 68 ? CG ? F LEU 68 CG 2219 1 Y 1 F LEU 68 ? CD1 ? F LEU 68 CD1 2220 1 Y 1 F LEU 68 ? CD2 ? F LEU 68 CD2 2221 1 Y 1 F ILE 70 ? CG1 ? F ILE 70 CG1 2222 1 Y 1 F ILE 70 ? CG2 ? F ILE 70 CG2 2223 1 Y 1 F ILE 70 ? CD1 ? F ILE 70 CD1 2224 1 Y 1 F TYR 74 ? CG ? F TYR 74 CG 2225 1 Y 1 F TYR 74 ? CD1 ? F TYR 74 CD1 2226 1 Y 1 F TYR 74 ? CD2 ? F TYR 74 CD2 2227 1 Y 1 F TYR 74 ? CE1 ? F TYR 74 CE1 2228 1 Y 1 F TYR 74 ? CE2 ? F TYR 74 CE2 2229 1 Y 1 F TYR 74 ? CZ ? F TYR 74 CZ 2230 1 Y 1 F TYR 74 ? OH ? F TYR 74 OH # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A VAL 502 ? A VAL 502 2 1 Y 1 A SER 503 ? A SER 503 3 1 Y 1 A ALA 504 ? A ALA 504 4 1 Y 1 C VAL 502 ? C VAL 502 5 1 Y 1 C SER 503 ? C SER 503 6 1 Y 1 C ALA 504 ? C ALA 504 7 1 Y 1 E VAL 502 ? E VAL 502 8 1 Y 1 E SER 503 ? E SER 503 9 1 Y 1 E ALA 504 ? E ALA 504 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 100 mM Nacl 'sodium chloride' 1 2 20 MM Tris Tris # _em_crystal_formation.id 1 _em_crystal_formation.specimen_id 1 _em_crystal_formation.atmosphere ? _em_crystal_formation.details ? _em_crystal_formation.instrument ? _em_crystal_formation.lipid_mixture ? _em_crystal_formation.lipid_protein_ratio ? _em_crystal_formation.temperature ? _em_crystal_formation.time ? _em_crystal_formation.time_unit ? # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING ONLY' _em_ctf_correction.details 'Phase flipping was performed during 3D reconstruction.' # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 64320 _em_entity_assembly_naturalsource.organ . _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Zika virus' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details 'The images were normalized.' # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 23 _em_image_recording.average_exposure_time 14 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode SUPER-RESOLUTION _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 2974 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name ? _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details 'Particles were picked from 2-binned images using the template-picking method from Appion.' _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 64518 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? Appion 3.2 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? Leginon ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND 3 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.10.1-2155 ? 1 ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? jspr 2015 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? jspr 2015 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? jspr 2015 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? jspr 2015 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _em_virus_natural_host.id 1 _em_virus_natural_host.entity_assembly_id 1 _em_virus_natural_host.ncbi_tax_id 9606 _em_virus_natural_host.organism 'Homo sapiens' _em_virus_natural_host.strain ? # _em_virus_shell.id 1 _em_virus_shell.entity_assembly_id 1 _em_virus_shell.diameter 490 _em_virus_shell.name 'capsid shell' _em_virus_shell.triangulation 3 # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' R01AI073755 1 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' R01AI07633 2 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero G 3 NAG 1 G NAG 1 A NAG 600 n G 3 NAG 2 G NAG 2 A NAG 601 n H 3 NAG 1 H NAG 1 C NAG 600 n H 3 NAG 2 H NAG 2 C NAG 601 n I 3 NAG 1 I NAG 1 E NAG 600 n I 3 NAG 2 I NAG 2 E NAG 601 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # _pdbx_entity_branch.entity_id 3 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 3 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 3 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 3 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? # _pdbx_entity_branch_link.link_id 1 _pdbx_entity_branch_link.entity_id 3 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 C1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 O1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 O4 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 HO4 _pdbx_entity_branch_link.value_order sing _pdbx_entity_branch_link.details ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 3 NAG 1 n 3 NAG 2 n #