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PHE E 655 TYR E 671 1 ? 17 HELX_P HELX_P72 AH9 LEU D 545 ? PHE D 584 ? LEU E 673 PHE E 712 1 ? 40 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PRO 356 A . ? PRO 461 C PRO 357 A ? PRO 462 C 1 -10.15 2 PRO 356 B . ? PRO 461 B PRO 357 B ? PRO 462 B 1 -10.15 3 PRO 356 C . ? PRO 461 D PRO 357 C ? PRO 462 D 1 -10.25 4 PRO 356 D . ? PRO 461 E PRO 357 D ? PRO 462 E 1 -10.20 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 3 ? 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O ARG E 743 # loop_ _struct_site.id _struct_site.pdbx_evidence_code _struct_site.pdbx_auth_asym_id _struct_site.pdbx_auth_comp_id _struct_site.pdbx_auth_seq_id _struct_site.pdbx_auth_ins_code _struct_site.pdbx_num_residues _struct_site.details AC1 Software C 6ET 801 ? 9 'binding site for residue 6ET C 801' AC2 Software B 6ET 801 ? 9 'binding site for residue 6ET B 801' AC3 Software D 6ET 801 ? 9 'binding site for residue 6ET D 801' AC4 Software E 6ET 801 ? 9 'binding site for residue 6ET E 801' # loop_ _struct_site_gen.id _struct_site_gen.site_id _struct_site_gen.pdbx_num_res _struct_site_gen.label_comp_id _struct_site_gen.label_asym_id _struct_site_gen.label_seq_id _struct_site_gen.pdbx_auth_ins_code _struct_site_gen.auth_comp_id _struct_site_gen.auth_asym_id _struct_site_gen.auth_seq_id _struct_site_gen.label_atom_id _struct_site_gen.label_alt_id _struct_site_gen.symmetry _struct_site_gen.details 1 AC1 9 LEU B 541 ? LEU B 669 . ? 1_555 ? 2 AC1 9 TYR A 406 ? 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N 92 ASN C O doub N N 93 ASN C OXT sing N N 94 ASN CB CG sing N N 95 ASN CB HB2 sing N N 96 ASN CB HB3 sing N N 97 ASN CG OD1 doub N N 98 ASN CG ND2 sing N N 99 ASN ND2 HD21 sing N N 100 ASN ND2 HD22 sing N N 101 ASN OXT HXT sing N N 102 ASP N CA sing N N 103 ASP N H sing N N 104 ASP N H2 sing N N 105 ASP CA C sing N N 106 ASP CA CB sing N N 107 ASP CA HA sing N N 108 ASP C O doub N N 109 ASP C OXT sing N N 110 ASP CB CG sing N N 111 ASP CB HB2 sing N N 112 ASP CB HB3 sing N N 113 ASP CG OD1 doub N N 114 ASP CG OD2 sing N N 115 ASP OD2 HD2 sing N N 116 ASP OXT HXT sing N N 117 CYS N CA sing N N 118 CYS N H sing N N 119 CYS N H2 sing N N 120 CYS CA C sing N N 121 CYS CA CB sing N N 122 CYS CA HA sing N N 123 CYS C O doub N N 124 CYS C OXT sing N N 125 CYS CB SG sing N N 126 CYS CB HB2 sing N N 127 CYS CB HB3 sing N N 128 CYS SG HG sing N N 129 CYS OXT HXT sing N N 130 GLN N CA sing N N 131 GLN N H sing N N 132 GLN N H2 sing N N 133 GLN CA C sing N N 134 GLN CA CB sing N N 135 GLN CA HA 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N N 263 MET N CA sing N N 264 MET N H sing N N 265 MET N H2 sing N N 266 MET CA C sing N N 267 MET CA CB sing N N 268 MET CA HA sing N N 269 MET C O doub N N 270 MET C OXT sing N N 271 MET CB CG sing N N 272 MET CB HB2 sing N N 273 MET CB HB3 sing N N 274 MET CG SD sing N N 275 MET CG HG2 sing N N 276 MET CG HG3 sing N N 277 MET SD CE sing N N 278 MET CE HE1 sing N N 279 MET CE HE2 sing N N 280 MET CE HE3 sing N N 281 MET OXT HXT sing N N 282 PHE N CA sing N N 283 PHE N H sing N N 284 PHE N H2 sing N N 285 PHE CA C sing N N 286 PHE CA CB sing N N 287 PHE CA HA sing N N 288 PHE C O doub N N 289 PHE C OXT sing N N 290 PHE CB CG sing N N 291 PHE CB HB2 sing N N 292 PHE CB HB3 sing N N 293 PHE CG CD1 doub Y N 294 PHE CG CD2 sing Y N 295 PHE CD1 CE1 sing Y N 296 PHE CD1 HD1 sing N N 297 PHE CD2 CE2 doub Y N 298 PHE CD2 HD2 sing N N 299 PHE CE1 CZ doub Y N 300 PHE CE1 HE1 sing N N 301 PHE CE2 CZ sing Y N 302 PHE CE2 HE2 sing N N 303 PHE CZ HZ sing N N 304 PHE OXT HXT sing N N 305 PRO N CA 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TYR CG CD2 sing Y N 392 TYR CD1 CE1 sing Y N 393 TYR CD1 HD1 sing N N 394 TYR CD2 CE2 doub Y N 395 TYR CD2 HD2 sing N N 396 TYR CE1 CZ doub Y N 397 TYR CE1 HE1 sing N N 398 TYR CE2 CZ sing Y N 399 TYR CE2 HE2 sing N N 400 TYR CZ OH sing N N 401 TYR OH HH sing N N 402 TYR OXT HXT sing N N 403 VAL N CA sing N N 404 VAL N H sing N N 405 VAL N H2 sing N N 406 VAL CA C sing N N 407 VAL CA CB sing N N 408 VAL CA HA sing N N 409 VAL C O doub N N 410 VAL C OXT sing N N 411 VAL CB CG1 sing N N 412 VAL CB CG2 sing N N 413 VAL CB HB sing N N 414 VAL CG1 HG11 sing N N 415 VAL CG1 HG12 sing N N 416 VAL CG1 HG13 sing N N 417 VAL CG2 HG21 sing N N 418 VAL CG2 HG22 sing N N 419 VAL CG2 HG23 sing N N 420 VAL OXT HXT sing N N 421 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 20 mM C8H18N2O4S HEPES 1 2 150 mM NaCl 'sodium chloride' 1 3 2 mM C9H15O6P TCEP # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details 'CTF correction was performed before classification and refinement.' # _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 10116 _em_entity_assembly_naturalsource.organ . _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Rattus norvegicus' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? # _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.id 1 _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 9606 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Homo sapiens' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid unknown _em_entity_assembly_recombinant.strain ? _em_entity_assembly_recombinant.cell ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ;Each image stack was subjected to whole-frame motion correction, followed by correction at the individual pixel level using program UcsfDfCorr. ; # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 41 _em_image_recording.average_exposure_time 6 _em_image_recording.details 'Images were collected in movie mode at 5 frames per second for 6 seconds.' _em_image_recording.detector_mode SUPER-RESOLUTION _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 1219 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name ? _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ;Initial manual particle picking and automatic particle picking were performed using SamViewer and several python scripts based on SPIDER. ; _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 198831 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' 'operations CA S, CL KM, AP SH' SPIDER ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' 'data was manually collected' UCSFImage4 ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND4 4 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' 'fit in map' 'UCSF Chimera' 1.10 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' 'manual adjustment' Coot ? ? 1 ? 10 'MODEL REFINEMENT' phenix.real_sapce_refine PHENIX ? ? 1 ? 11 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 1.3 1 ? ? 12 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 1.3 1 ? ? 13 CLASSIFICATION ? RELION 1.3 1 ? ? 14 RECONSTRUCTION ? RELION 1.3 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.5 _em_specimen.details 'This sample was monodisperse.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)' 'United States' R01NS047723 1 'National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)' 'United States' R37NS065071 2 'National Institutes of Health/Office of the Director' 'United States' S10OD020054 3 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' R01GM098672 4 # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.type 'experimental model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name PDB _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 3J5P # _atom_sites.entry_id 5IS0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 # loop_ _atom_type.symbol C CL H N O S # loop_