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E . n # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 5LKH _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.000 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.000 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.000 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB 1 _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 5LKH _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 5LKH _struct.title 'Cryo-EM structure of the Tc toxin TcdA1 in its pore state (obtained by flexible fitting)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 5LKH _struct_keywords.text 'nanodisc, toxin, injection, pore-forming' _struct_keywords.pdbx_keywords TOXIN # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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THR E 1512 VAL E 1517 1 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLY 417 A . ? GLY 417 A SER 418 A ? SER 418 A 1 -3.15 2 SER 1540 A . ? SER 1540 A GLY 1541 A ? GLY 1541 A 1 8.34 3 GLY 417 B . ? GLY 417 B SER 418 B ? SER 418 B 1 -3.02 4 SER 1540 B . ? SER 1540 B GLY 1541 B ? GLY 1541 B 1 8.35 5 GLY 417 C . ? GLY 417 C SER 418 C ? SER 418 C 1 -3.10 6 SER 1540 C . ? SER 1540 C GLY 1541 C ? GLY 1541 C 1 8.41 7 GLY 417 D . ? GLY 417 D SER 418 D ? SER 418 D 1 -3.18 8 SER 1540 D . ? SER 1540 D GLY 1541 D ? GLY 1541 D 1 8.35 9 GLY 417 E . ? GLY 417 E SER 418 E ? SER 418 E 1 -3.12 10 SER 1540 E . ? SER 1540 E GLY 1541 E ? GLY 1541 E 1 8.47 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 6 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 5 ? AA5 ? 3 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 8 ? AA8 ? 6 ? AA9 ? 3 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 5 ? AB3 ? 3 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 8 ? AB6 ? 6 ? AB7 ? 3 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 5 ? AC1 ? 3 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 8 ? AC4 ? 6 ? AC5 ? 3 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 5 ? AC8 ? 3 ? AC9 ? 2 ? AD1 ? 8 ? AD2 ? 6 ? AD3 ? 3 ? AD4 ? 2 ? AD5 ? 5 ? AD6 ? 3 ? AD7 ? 2 ? AD8 ? 8 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA1 5 6 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA7 5 6 ? anti-parallel AA7 6 7 ? anti-parallel AA7 7 8 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA8 4 5 ? anti-parallel AA8 5 6 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? anti-parallel AB5 5 6 ? anti-parallel AB5 6 7 ? anti-parallel AB5 7 8 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB6 4 5 ? anti-parallel AB6 5 6 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AB9 4 5 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC3 4 5 ? anti-parallel AC3 5 6 ? anti-parallel AC3 6 7 ? anti-parallel AC3 7 8 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC4 4 5 ? anti-parallel AC4 5 6 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC7 4 5 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD1 4 5 ? anti-parallel AD1 5 6 ? anti-parallel AD1 6 7 ? anti-parallel AD1 7 8 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD2 4 5 ? anti-parallel AD2 5 6 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD5 4 5 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD8 3 4 ? anti-parallel AD8 4 5 ? anti-parallel AD8 5 6 ? anti-parallel AD8 6 7 ? anti-parallel AD8 7 8 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LEU A 313 ? 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ILE B 536 ASP B 537 AB1 2 LYS B 577 ? ILE B 578 ? LYS B 577 ILE B 578 AB2 1 ARG B 1319 ? TRP B 1324 ? ARG B 1319 TRP B 1324 AB2 2 LYS B 1564 ? THR B 1575 ? LYS B 1564 THR B 1575 AB2 3 SER B 1548 ? PHE B 1558 ? SER B 1548 PHE B 1558 AB2 4 GLN B 1499 ? ALA B 1504 ? GLN B 1499 ALA B 1504 AB2 5 LYS B 1507 ? PHE B 1511 ? LYS B 1507 PHE B 1511 AB3 1 ILE B 1340 ? ALA B 1344 ? ILE B 1340 ALA B 1344 AB3 2 LEU B 1349 ? ILE B 1353 ? LEU B 1349 ILE B 1353 AB3 3 LEU B 1535 ? ILE B 1537 ? LEU B 1535 ILE B 1537 AB4 1 LEU B 1357 ? ILE B 1359 ? LEU B 1357 ILE B 1359 AB4 2 MET B 1528 ? TYR B 1530 ? MET B 1528 TYR B 1530 AB5 1 SER B 1444 ? ALA B 1450 ? SER B 1444 ALA B 1450 AB5 2 SER B 1432 ? TRP B 1437 ? SER B 1432 TRP B 1437 AB5 3 ILE B 1471 ? ASP B 1475 ? ILE B 1471 ASP B 1475 AB5 4 ALA B 1480 ? ASN B 1490 ? ALA B 1480 ASN B 1490 AB5 5 LYS B 1384 ? GLY B 1392 ? LYS B 1384 GLY B 1392 AB5 6 TYR B 1405 ? TYR B 1410 ? TYR B 1405 TYR B 1410 AB5 7 GLY B 1420 ? HIS B 1425 ? GLY B 1420 HIS B 1425 AB5 8 ASP B 1454 ? THR B 1458 ? ASP B 1454 THR B 1458 AB6 1 LEU C 313 ? ASN C 319 ? LEU C 313 ASN C 319 AB6 2 THR C 324 ? TYR C 334 ? THR C 324 TYR C 334 AB6 3 SER C 418 ? TYR C 431 ? SER C 418 TYR C 431 AB6 4 PHE C 406 ? LEU C 414 ? PHE C 406 LEU C 414 AB6 5 TYR C 367 ? LYS C 371 ? TYR C 367 LYS C 371 AB6 6 GLU C 377 ? THR C 381 ? GLU C 377 THR C 381 AB7 1 ASP C 342 ? GLY C 349 ? ASP C 342 GLY C 349 AB7 2 ASN C 352 ? LYS C 358 ? ASN C 352 LYS C 358 AB7 3 GLU C 390 ? THR C 396 ? GLU C 390 THR C 396 AB8 1 ILE C 536 ? ASP C 537 ? ILE C 536 ASP C 537 AB8 2 LYS C 577 ? ILE C 578 ? LYS C 577 ILE C 578 AB9 1 ARG C 1319 ? TRP C 1324 ? ARG C 1319 TRP C 1324 AB9 2 LYS C 1564 ? THR C 1575 ? LYS C 1564 THR C 1575 AB9 3 SER C 1548 ? PHE C 1558 ? SER C 1548 PHE C 1558 AB9 4 GLN C 1499 ? ALA C 1504 ? GLN C 1499 ALA C 1504 AB9 5 LYS C 1507 ? PHE C 1511 ? LYS C 1507 PHE C 1511 AC1 1 ILE C 1340 ? ALA C 1344 ? ILE C 1340 ALA C 1344 AC1 2 LEU C 1349 ? ILE C 1353 ? 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CA C LEU 1542 ? ? 145.55 121.70 23.85 2.50 Y 13 1 CB D LEU 670 ? ? CA D LEU 670 ? ? C D LEU 670 ? ? 96.84 110.20 -13.36 1.90 N 14 1 CA D VAL 1316 ? ? CB D VAL 1316 ? ? CG1 D VAL 1316 ? ? 100.07 110.90 -10.83 1.50 N 15 1 CA D TYR 1327 ? ? CB D TYR 1327 ? ? CG D TYR 1327 ? ? 101.70 113.40 -11.70 1.90 N 16 1 C D GLY 1541 ? ? N D LEU 1542 ? ? CA D LEU 1542 ? ? 145.47 121.70 23.77 2.50 Y 17 1 CB E LEU 670 ? ? CA E LEU 670 ? ? C E LEU 670 ? ? 96.86 110.20 -13.34 1.90 N 18 1 CA E VAL 1316 ? ? CB E VAL 1316 ? ? CG1 E VAL 1316 ? ? 100.10 110.90 -10.80 1.50 N 19 1 CA E TYR 1327 ? ? CB E TYR 1327 ? ? CG E TYR 1327 ? ? 101.66 113.40 -11.74 1.90 N 20 1 C E GLY 1541 ? ? N E LEU 1542 ? ? CA E LEU 1542 ? ? 145.49 121.70 23.79 2.50 Y # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ASN A 337 ? ? 86.46 -100.96 2 1 ALA A 338 ? ? 80.61 -13.71 3 1 MET A 341 ? ? -174.13 144.12 4 1 ASN A 361 ? ? 79.48 174.16 5 1 ARG A 376 ? ? 120.77 89.48 6 1 ILE A 490 ? ? -22.44 137.21 7 1 ASN A 500 ? ? 90.00 9.40 8 1 ASN A 525 ? ? 150.82 44.76 9 1 ASN A 573 ? ? -59.87 106.03 10 1 SER A 620 ? ? 32.71 -128.21 11 1 LYS A 645 ? ? 73.31 32.93 12 1 SER A 658 ? ? -49.94 -72.03 13 1 TYR A 659 ? ? 54.68 70.69 14 1 GLU A 833 ? ? 74.93 -22.34 15 1 GLU A 1308 ? ? -165.02 8.13 16 1 SER A 1315 ? ? 166.05 171.70 17 1 VAL A 1316 ? ? -165.82 102.08 18 1 TYR A 1328 ? ? 83.75 7.76 19 1 SER A 1346 ? ? -48.58 -88.80 20 1 GLU A 1365 ? ? 176.80 152.30 21 1 LEU A 1381 ? ? -33.45 -98.64 22 1 ASN A 1396 ? ? 69.05 141.68 23 1 SER A 1540 ? ? 46.56 80.52 24 1 LEU A 1542 ? ? 150.57 110.20 25 1 TYR A 1567 ? ? -171.99 146.16 26 1 LEU A 1576 ? ? -119.01 -138.29 27 1 ASN B 337 ? ? 86.43 -100.97 28 1 ALA B 338 ? ? 80.73 -13.75 29 1 MET B 341 ? ? -174.13 144.18 30 1 ASN B 361 ? ? 79.50 174.15 31 1 ARG B 376 ? ? 120.77 89.50 32 1 ILE B 490 ? ? -22.49 137.18 33 1 ASN B 500 ? ? 89.96 9.43 34 1 ASN B 525 ? ? 150.79 44.72 35 1 ASN B 573 ? ? -59.77 105.92 36 1 SER B 620 ? ? 32.67 -128.20 37 1 LYS B 645 ? ? 73.40 32.87 38 1 SER B 658 ? ? -49.85 -72.14 39 1 TYR B 659 ? ? 54.78 70.69 40 1 GLU B 833 ? ? 74.87 -22.30 41 1 GLU B 1308 ? ? -165.04 8.06 42 1 SER B 1315 ? ? 166.05 171.72 43 1 VAL B 1316 ? ? -165.83 102.04 44 1 TYR B 1328 ? ? 83.79 7.74 45 1 SER B 1346 ? ? -48.53 -88.77 46 1 GLU B 1365 ? ? 176.81 152.27 47 1 LEU B 1381 ? ? -33.50 -98.65 48 1 ASN B 1396 ? ? 69.01 141.60 49 1 SER B 1540 ? ? 46.58 80.50 50 1 LEU B 1542 ? ? 150.59 110.18 51 1 TYR B 1567 ? ? -171.99 146.13 52 1 LEU B 1576 ? ? -118.99 -138.24 53 1 ASN C 337 ? ? 86.52 -100.93 54 1 ALA C 338 ? ? 80.65 -13.73 55 1 MET C 341 ? ? -174.11 144.16 56 1 ASN C 361 ? ? 79.47 174.12 57 1 ARG C 376 ? ? 120.79 89.51 58 1 ILE C 490 ? ? -22.55 137.22 59 1 ASN C 500 ? ? 90.04 9.36 60 1 ASN C 525 ? ? 150.84 44.78 61 1 ASN C 573 ? ? -59.81 105.94 62 1 SER C 620 ? ? 32.63 -128.19 63 1 LYS C 645 ? ? 73.33 32.93 64 1 SER C 658 ? ? -49.97 -72.05 65 1 TYR C 659 ? ? 54.77 70.65 66 1 GLU C 833 ? ? 74.83 -22.30 67 1 GLU C 1308 ? ? -165.07 8.16 68 1 SER C 1315 ? ? 166.07 171.73 69 1 VAL C 1316 ? ? -165.82 102.02 70 1 TYR C 1328 ? ? 83.80 7.72 71 1 SER C 1346 ? ? -48.57 -88.75 72 1 GLU C 1365 ? ? 176.81 152.27 73 1 LEU C 1381 ? ? -33.48 -98.66 74 1 ASN C 1396 ? ? 69.00 141.64 75 1 SER C 1540 ? ? 46.48 80.49 76 1 LEU C 1542 ? ? 150.56 110.19 77 1 TYR C 1567 ? ? -172.01 146.16 78 1 LEU C 1576 ? ? -118.97 -138.28 79 1 ASN D 337 ? ? 86.49 -100.92 80 1 ALA D 338 ? ? 80.64 -13.75 81 1 MET D 341 ? ? -174.14 144.12 82 1 ASN D 361 ? ? 79.56 174.13 83 1 ARG D 376 ? ? 120.69 89.46 84 1 ILE D 490 ? ? -22.33 137.15 85 1 ASN D 500 ? ? 89.97 9.44 86 1 ASN D 525 ? ? 150.77 44.74 87 1 ASN D 573 ? ? -59.83 105.98 88 1 SER D 620 ? ? 32.65 -128.16 89 1 LYS D 645 ? ? 73.35 32.92 90 1 SER D 658 ? ? -49.89 -72.10 91 1 TYR D 659 ? ? 54.76 70.65 92 1 GLU D 833 ? ? 74.90 -22.31 93 1 GLU D 1308 ? ? -165.03 8.08 94 1 SER D 1315 ? ? 166.08 171.76 95 1 VAL D 1316 ? ? -165.84 102.17 96 1 TYR D 1328 ? ? 83.78 7.79 97 1 SER D 1346 ? ? -48.57 -88.78 98 1 GLU D 1365 ? ? 176.79 152.25 99 1 LEU D 1381 ? ? -33.47 -98.64 100 1 ASN D 1396 ? ? 69.01 141.66 101 1 SER D 1540 ? ? 46.59 80.46 102 1 LEU D 1542 ? ? 150.57 110.12 103 1 TYR D 1567 ? ? -171.91 146.16 104 1 LEU D 1576 ? ? -119.00 -138.28 105 1 ASN E 337 ? ? 86.42 -100.90 106 1 ALA E 338 ? ? 80.56 -13.68 107 1 MET E 341 ? ? -174.14 144.18 108 1 ASN E 361 ? ? 79.51 174.14 109 1 ARG E 376 ? ? 120.75 89.50 110 1 ILE E 490 ? ? -22.45 137.21 111 1 ASN E 500 ? ? 89.95 9.42 112 1 ASN E 525 ? ? 150.83 44.71 113 1 ASN E 573 ? ? -59.90 106.04 114 1 SER E 620 ? ? 32.65 -128.20 115 1 LYS E 645 ? ? 73.33 32.90 116 1 SER E 658 ? ? -49.90 -72.08 117 1 TYR E 659 ? ? 54.79 70.58 118 1 GLU E 833 ? ? 74.90 -22.34 119 1 GLU E 1308 ? ? -165.03 8.10 120 1 SER E 1315 ? ? 166.09 171.73 121 1 VAL E 1316 ? ? -165.84 102.07 122 1 TYR E 1328 ? ? 83.76 7.72 123 1 SER E 1346 ? ? -48.59 -88.85 124 1 GLU E 1365 ? ? 176.78 152.24 125 1 LEU E 1381 ? ? -33.44 -98.63 126 1 ASN E 1396 ? ? 69.10 141.63 127 1 SER E 1540 ? ? 46.57 80.41 128 1 LEU E 1542 ? ? 150.54 110.17 129 1 TYR E 1567 ? ? -171.96 146.15 130 1 LEU E 1576 ? ? -119.00 -138.25 # loop_ _pdbx_validate_peptide_omega.id _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_model_num _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.omega 1 1 GLY A 615 ? ? LYS A 616 ? ? 138.63 2 1 GLY B 615 ? ? LYS B 616 ? ? 138.66 3 1 GLY C 615 ? ? LYS C 616 ? ? 138.64 4 1 GLY D 615 ? ? LYS D 616 ? ? 138.60 5 1 GLY E 615 ? ? LYS E 616 ? ? 138.66 # _em_3d_fitting.entry_id 5LKH _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details 'Pseudoatomic model was obtained by flexible fitting after initial rigid body fitting of individual domains in Chimera.' _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 5LKH _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ;The density was filtered to its local resolution using localfilt (SPARX) and Remap. Although the density map has an average resolution of 3.46 A, the present rough model was obtained by flexible fitting within local densities of <9 A resolution. ; _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 13000 _em_3d_reconstruction.resolution 3.46 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 11 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.name 'Structure of TcdA1 in pore state, determined in lipid nanodiscs' _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list 1 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 5LKH _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height ? _em_image_scans.dimension_width ? _em_image_scans.frames_per_image 7 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.details ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 5LKH _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details 'Cs corrected microscope' _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode OTHER _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_max ? _em_imaging.nominal_defocus_min ? _em_imaging.nominal_magnification 59000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 400 _em_sample_support.grid_type C-flat-2/1 _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ? _em_vitrification.humidity 90 _em_vitrification.instrument 'GATAN CRYOPLUNGE 3' _em_vitrification.entry_id 5LKH _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 5LKH _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 5LKH _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C5 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? A MET 1 2 1 Y 1 A ASN 2 ? A ASN 2 3 1 Y 1 A GLU 3 ? A GLU 3 4 1 Y 1 A SER 4 ? A SER 4 5 1 Y 1 A VAL 5 ? A VAL 5 6 1 Y 1 A LYS 6 ? A LYS 6 7 1 Y 1 A GLU 7 ? A GLU 7 8 1 Y 1 A ILE 8 ? A ILE 8 9 1 Y 1 A PRO 9 ? A PRO 9 10 1 Y 1 A ASP 10 ? A ASP 10 11 1 Y 1 A VAL 11 ? A VAL 11 12 1 Y 1 A LEU 12 ? A LEU 12 13 1 Y 1 A LYS 13 ? A LYS 13 14 1 Y 1 A SER 14 ? A SER 14 15 1 Y 1 A GLN 15 ? A GLN 15 16 1 Y 1 A CYS 16 ? A CYS 16 17 1 Y 1 A GLY 17 ? A GLY 17 18 1 Y 1 A PHE 18 ? A PHE 18 19 1 Y 1 A ASN 19 ? A ASN 19 20 1 Y 1 A CYS 20 ? A CYS 20 21 1 Y 1 A LEU 21 ? A LEU 21 22 1 Y 1 A THR 22 ? A THR 22 23 1 Y 1 A ASP 23 ? A ASP 23 24 1 Y 1 A ILE 24 ? A ILE 24 25 1 Y 1 A SER 25 ? A SER 25 26 1 Y 1 A HIS 26 ? A HIS 26 27 1 Y 1 A SER 27 ? A SER 27 28 1 Y 1 A SER 28 ? A SER 28 29 1 Y 1 A PHE 29 ? A PHE 29 30 1 Y 1 A ASN 30 ? A ASN 30 31 1 Y 1 A GLU 31 ? A GLU 31 32 1 Y 1 A PHE 32 ? A PHE 32 33 1 Y 1 A ARG 33 ? A ARG 33 34 1 Y 1 A GLN 34 ? A GLN 34 35 1 Y 1 A GLN 35 ? A GLN 35 36 1 Y 1 A VAL 36 ? 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A ALA 70 71 1 Y 1 A ASN 71 ? A ASN 71 72 1 Y 1 A PRO 72 ? A PRO 72 73 1 Y 1 A GLN 73 ? A GLN 73 74 1 Y 1 A LEU 74 ? A LEU 74 75 1 Y 1 A GLN 75 ? A GLN 75 76 1 Y 1 A ASN 76 ? A ASN 76 77 1 Y 1 A ALA 77 ? A ALA 77 78 1 Y 1 A VAL 78 ? A VAL 78 79 1 Y 1 A HIS 79 ? A HIS 79 80 1 Y 1 A LEU 80 ? A LEU 80 81 1 Y 1 A ALA 81 ? A ALA 81 82 1 Y 1 A ILE 82 ? A ILE 82 83 1 Y 1 A LEU 83 ? A LEU 83 84 1 Y 1 A ALA 84 ? A ALA 84 85 1 Y 1 A PRO 85 ? A PRO 85 86 1 Y 1 A ASN 86 ? A ASN 86 87 1 Y 1 A ALA 87 ? A ALA 87 88 1 Y 1 A GLU 88 ? A GLU 88 89 1 Y 1 A LEU 89 ? A LEU 89 90 1 Y 1 A ILE 90 ? A ILE 90 91 1 Y 1 A GLY 91 ? A GLY 91 92 1 Y 1 A TYR 92 ? A TYR 92 93 1 Y 1 A ASN 93 ? A ASN 93 94 1 Y 1 A ASN 94 ? A ASN 94 95 1 Y 1 A GLN 95 ? A GLN 95 96 1 Y 1 A PHE 96 ? A PHE 96 97 1 Y 1 A SER 97 ? A SER 97 98 1 Y 1 A GLY 98 ? A GLY 98 99 1 Y 1 A ARG 99 ? A ARG 99 100 1 Y 1 A ALA 100 ? A ALA 100 101 1 Y 1 A SER 101 ? A SER 101 102 1 Y 1 A GLN 102 ? A GLN 102 103 1 Y 1 A TYR 103 ? A TYR 103 104 1 Y 1 A VAL 104 ? A VAL 104 105 1 Y 1 A ALA 105 ? A ALA 105 106 1 Y 1 A PRO 106 ? A PRO 106 107 1 Y 1 A GLY 107 ? A GLY 107 108 1 Y 1 A THR 108 ? A THR 108 109 1 Y 1 A VAL 109 ? A VAL 109 110 1 Y 1 A SER 110 ? A SER 110 111 1 Y 1 A SER 111 ? A SER 111 112 1 Y 1 A MET 112 ? A MET 112 113 1 Y 1 A PHE 113 ? A PHE 113 114 1 Y 1 A SER 114 ? A SER 114 115 1 Y 1 A PRO 115 ? A PRO 115 116 1 Y 1 A ALA 116 ? A ALA 116 117 1 Y 1 A ALA 117 ? A ALA 117 118 1 Y 1 A TYR 118 ? A TYR 118 119 1 Y 1 A LEU 119 ? A LEU 119 120 1 Y 1 A THR 120 ? A THR 120 121 1 Y 1 A GLU 121 ? A GLU 121 122 1 Y 1 A LEU 122 ? A LEU 122 123 1 Y 1 A TYR 123 ? A TYR 123 124 1 Y 1 A ARG 124 ? A ARG 124 125 1 Y 1 A GLU 125 ? A GLU 125 126 1 Y 1 A ALA 126 ? A ALA 126 127 1 Y 1 A ARG 127 ? A ARG 127 128 1 Y 1 A ASN 128 ? A ASN 128 129 1 Y 1 A LEU 129 ? A LEU 129 130 1 Y 1 A HIS 130 ? A HIS 130 131 1 Y 1 A ALA 131 ? A ALA 131 132 1 Y 1 A SER 132 ? A SER 132 133 1 Y 1 A ASP 133 ? A ASP 133 134 1 Y 1 A SER 134 ? A SER 134 135 1 Y 1 A VAL 135 ? A VAL 135 136 1 Y 1 A TYR 136 ? A TYR 136 137 1 Y 1 A TYR 137 ? A TYR 137 138 1 Y 1 A LEU 138 ? A LEU 138 139 1 Y 1 A ASP 139 ? A ASP 139 140 1 Y 1 A THR 140 ? A THR 140 141 1 Y 1 A ARG 141 ? A ARG 141 142 1 Y 1 A ARG 142 ? A ARG 142 143 1 Y 1 A PRO 143 ? A PRO 143 144 1 Y 1 A ASP 144 ? A ASP 144 145 1 Y 1 A LEU 145 ? A LEU 145 146 1 Y 1 A LYS 146 ? A LYS 146 147 1 Y 1 A SER 147 ? A SER 147 148 1 Y 1 A MET 148 ? A MET 148 149 1 Y 1 A ALA 149 ? A ALA 149 150 1 Y 1 A LEU 150 ? A LEU 150 151 1 Y 1 A SER 151 ? A SER 151 152 1 Y 1 A GLN 152 ? A GLN 152 153 1 Y 1 A GLN 153 ? A GLN 153 154 1 Y 1 A ASN 154 ? A ASN 154 155 1 Y 1 A MET 155 ? A MET 155 156 1 Y 1 A ASP 156 ? A ASP 156 157 1 Y 1 A ILE 157 ? A ILE 157 158 1 Y 1 A GLU 158 ? A GLU 158 159 1 Y 1 A LEU 159 ? A LEU 159 160 1 Y 1 A SER 160 ? A SER 160 161 1 Y 1 A THR 161 ? A THR 161 162 1 Y 1 A LEU 162 ? A LEU 162 163 1 Y 1 A SER 163 ? A SER 163 164 1 Y 1 A LEU 164 ? A LEU 164 165 1 Y 1 A SER 165 ? A SER 165 166 1 Y 1 A ASN 166 ? A ASN 166 167 1 Y 1 A GLU 167 ? A GLU 167 168 1 Y 1 A LEU 168 ? A LEU 168 169 1 Y 1 A LEU 169 ? A LEU 169 170 1 Y 1 A LEU 170 ? A LEU 170 171 1 Y 1 A GLU 171 ? A GLU 171 172 1 Y 1 A SER 172 ? A SER 172 173 1 Y 1 A ILE 173 ? A ILE 173 174 1 Y 1 A LYS 174 ? A LYS 174 175 1 Y 1 A THR 175 ? A THR 175 176 1 Y 1 A GLU 176 ? A GLU 176 177 1 Y 1 A SER 177 ? A SER 177 178 1 Y 1 A LYS 178 ? A LYS 178 179 1 Y 1 A LEU 179 ? A LEU 179 180 1 Y 1 A GLU 180 ? A GLU 180 181 1 Y 1 A ASN 181 ? A ASN 181 182 1 Y 1 A TYR 182 ? A TYR 182 183 1 Y 1 A THR 183 ? A THR 183 184 1 Y 1 A LYS 184 ? A LYS 184 185 1 Y 1 A VAL 185 ? A VAL 185 186 1 Y 1 A MET 186 ? A MET 186 187 1 Y 1 A GLU 187 ? A GLU 187 188 1 Y 1 A MET 188 ? A MET 188 189 1 Y 1 A LEU 189 ? A LEU 189 190 1 Y 1 A SER 190 ? A SER 190 191 1 Y 1 A THR 191 ? A THR 191 192 1 Y 1 A PHE 192 ? A PHE 192 193 1 Y 1 A ARG 193 ? A ARG 193 194 1 Y 1 A PRO 194 ? A PRO 194 195 1 Y 1 A SER 195 ? A SER 195 196 1 Y 1 A GLY 196 ? A GLY 196 197 1 Y 1 A ALA 197 ? A ALA 197 198 1 Y 1 A THR 198 ? A THR 198 199 1 Y 1 A PRO 199 ? A PRO 199 200 1 Y 1 A TYR 200 ? A TYR 200 201 1 Y 1 A HIS 201 ? A HIS 201 202 1 Y 1 A ASP 202 ? A ASP 202 203 1 Y 1 A ALA 203 ? A ALA 203 204 1 Y 1 A TYR 204 ? A TYR 204 205 1 Y 1 A GLU 205 ? A GLU 205 206 1 Y 1 A ASN 206 ? A ASN 206 207 1 Y 1 A VAL 207 ? A VAL 207 208 1 Y 1 A ARG 208 ? A ARG 208 209 1 Y 1 A GLU 209 ? A GLU 209 210 1 Y 1 A VAL 210 ? A VAL 210 211 1 Y 1 A ILE 211 ? A ILE 211 212 1 Y 1 A GLN 212 ? A GLN 212 213 1 Y 1 A LEU 213 ? A LEU 213 214 1 Y 1 A GLN 214 ? A GLN 214 215 1 Y 1 A ASP 215 ? A ASP 215 216 1 Y 1 A ALA 890 ? A ALA 890 217 1 Y 1 A PRO 891 ? A PRO 891 218 1 Y 1 A GLN 892 ? A GLN 892 219 1 Y 1 A GLY 893 ? A GLY 893 220 1 Y 1 A VAL 894 ? A VAL 894 221 1 Y 1 A SER 895 ? A SER 895 222 1 Y 1 A ALA 896 ? A ALA 896 223 1 Y 1 A LEU 897 ? A LEU 897 224 1 Y 1 A VAL 898 ? A VAL 898 225 1 Y 1 A GLY 899 ? A GLY 899 226 1 Y 1 A LEU 900 ? A LEU 900 227 1 Y 1 A ASP 901 ? A ASP 901 228 1 Y 1 A TYR 902 ? 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