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(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ; ;SSVAKSTANKLDWTKIVSKLGLSGQTAAALTSFKKRNDEAKRILFELKQQPSNVDFAFYKSTLKNTAIVDKIQSDVSKFT PSKANLSKQLNLIESFEAKALENAKETESVVLAELTDLEKTLENIESXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX ; W ? 15 'polypeptide(L)' no no ;(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ; XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX X ? 16 'polypeptide(L)' no no ;SPLDQFIINNLLEINSPFLNLSTLNFSTFSLYTLFVVLVISLTFILSIGGESNNLVKGSNWLIAIEAIFDTILNMVKGQI GGSVYGRYVPLVYTLFTFILVANLIGMVPYNFALSASLIYIIGISVSLWIGLTILGLFLNKAVFFSLFVPSGTPLPLVPV LVLIELLSYTARAISLGLRLAANTLSGHLLMSILGNLVKNLMSINYFTFIFGLIPLAGIFAIVILEFAIACIQAYVFAIL TSSYLKDSIYLH ; ;SPLDQFIINNLLEINSPFLNLSTLNFSTFSLYTLFVVLVISLTFILSIGGESNNLVKGSNWLIAIEAIFDTILNMVKGQI GGSVYGRYVPLVYTLFTFILVANLIGMVPYNFALSASLIYIIGISVSLWIGLTILGLFLNKAVFFSLFVPSGTPLPLVPV LVLIELLSYTARAISLGLRLAANTLSGHLLMSILGNLVKNLMSINYFTFIFGLIPLAGIFAIVILEFAIACIQAYVFAIL TSSYLKDSIYLH ; Y ? 17 'polypeptide(L)' no no ;(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ; XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX Z ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 18 "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ATP 19 'MAGNESIUM ION' MG 20 "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ADP # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 UNK n 1 2 UNK n 1 3 UNK n 1 4 UNK n 1 5 UNK n 1 6 UNK n 1 7 UNK n 1 8 UNK n 1 9 UNK n 1 10 UNK n 1 11 UNK n 1 12 UNK n 1 13 UNK n 1 14 UNK n 1 15 UNK n 1 16 UNK n 1 17 UNK n 1 18 UNK n 1 19 UNK n 1 20 UNK n 1 21 UNK n 1 22 UNK n 1 23 UNK n 1 24 UNK n 1 25 UNK n 1 26 UNK n 1 27 UNK n 1 28 UNK n 1 29 UNK n 1 30 UNK n 2 1 UNK n 2 2 UNK n 2 3 UNK n 2 4 UNK n 2 5 UNK n 2 6 UNK n 2 7 UNK n 2 8 UNK n 2 9 UNK n 2 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CA TYR 250 OH # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 5LQZ _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.000 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.000 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.000 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB 1 _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5LQZ _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 5LQZ _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 5LQZ _struct.title 'Structure of F-ATPase from Pichia angusta, state1' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 5LQZ _struct_keywords.text 'ATP synthase, hydrolase' _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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VAL B 73 LEU B 77 AA5 4 LYS F 62 ? LEU F 68 ? LYS B 62 LEU B 68 AA5 5 GLU F 53 ? GLU F 56 ? GLU B 53 GLU B 56 AA5 6 ILE F 89 ? ILE F 96 ? ILE B 89 ILE B 96 AA5 7 THR F 30 ? GLY F 37 ? THR B 30 GLY B 37 AA6 1 ASP F 98 ? ILE F 101 ? ASP B 98 ILE B 101 AA6 2 GLY F 127 ? ILE F 130 ? GLY B 127 ILE B 130 AA7 1 VAL F 109 ? VAL F 110 ? VAL B 109 VAL B 110 AA7 2 SER F 231 ? ALA F 236 ? SER B 231 ALA B 236 AA7 3 LEU F 201 ? VAL F 208 ? LEU B 201 VAL B 208 AA7 4 HIS F 265 ? ASP F 271 ? HIS B 265 ASP B 271 AA7 5 SER F 322 ? GLU F 330 ? SER B 322 GLU B 330 AA7 6 ILE F 169 ? GLY F 171 ? ILE B 169 GLY B 171 AA8 1 PRO F 147 ? MET F 148 ? PRO B 147 MET B 148 AA8 2 ILE F 161 ? GLY F 162 ? ILE B 161 GLY B 162 AA9 1 GLY F 350 ? GLN F 351 ? GLY B 350 GLN B 351 AA9 2 VAL F 373 ? SER F 374 ? VAL B 373 SER B 374 AB1 1 ARG G 32 ? GLY G 37 ? ARG C 32 GLY C 37 AB1 2 ILE G 40 ? PHE G 44 ? ILE C 40 PHE C 44 AB1 3 VAL G 73 ? LEU G 77 ? VAL C 73 LEU C 77 AB1 4 LYS G 62 ? LEU G 68 ? 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The map was scaled to 1.75 A after comparison with the model.' _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 5LQZ _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages 4 _em_3d_reconstruction.num_particles 42771 _em_3d_reconstruction.resolution 7 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details 'The complex comprises of the catalytic domain, membrane domain and peripheral stalk of the yeast ATP synthase.' _em_entity_assembly.name 'Yeast F1FO ATP Synthase' _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 5LQZ _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height 4096 _em_image_scans.dimension_width 4096 _em_image_scans.frames_per_image 69 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size 14 _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image 1-32 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 5LQZ _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter 70 _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification 81395 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max 5000 _em_imaging.nominal_defocus_min 1800 _em_imaging.nominal_magnification 47000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum 87.5 _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R0.6/1' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 277.15 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details 'Grids were blotted for 12-14 seconds before plunging.' _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'HOMEMADE PLUNGER' _em_vitrification.entry_id 5LQZ _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 5LQZ _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 5LQZ _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A ALA 1 ? 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N 13 ADP "C5'" "H5'1" sing N N 14 ADP "C5'" "H5'2" sing N N 15 ADP "C4'" "O4'" sing N N 16 ADP "C4'" "C3'" sing N N 17 ADP "C4'" "H4'" sing N N 18 ADP "O4'" "C1'" sing N N 19 ADP "C3'" "O3'" sing N N 20 ADP "C3'" "C2'" sing N N 21 ADP "C3'" "H3'" sing N N 22 ADP "O3'" "HO3'" sing N N 23 ADP "C2'" "O2'" sing N N 24 ADP "C2'" "C1'" sing N N 25 ADP "C2'" "H2'" sing N N 26 ADP "O2'" "HO2'" sing N N 27 ADP "C1'" N9 sing N N 28 ADP "C1'" "H1'" sing N N 29 ADP N9 C8 sing Y N 30 ADP N9 C4 sing Y N 31 ADP C8 N7 doub Y N 32 ADP C8 H8 sing N N 33 ADP N7 C5 sing Y N 34 ADP C5 C6 sing Y N 35 ADP C5 C4 doub Y N 36 ADP C6 N6 sing N N 37 ADP C6 N1 doub Y N 38 ADP N6 HN61 sing N N 39 ADP N6 HN62 sing N N 40 ADP N1 C2 sing Y N 41 ADP C2 N3 doub Y N 42 ADP C2 H2 sing N N 43 ADP N3 C4 sing Y N 44 ALA N CA sing N N 45 ALA N H sing N N 46 ALA N H2 sing N N 47 ALA CA C sing N N 48 ALA CA CB sing N N 49 ALA CA HA sing N N 50 ALA C O doub N N 51 ALA C OXT sing N N 52 ALA CB HB1 sing N N 53 ALA CB HB2 sing N N 54 ALA CB HB3 sing N N 55 ALA OXT HXT sing N N 56 ARG N CA sing N N 57 ARG N H sing N N 58 ARG N H2 sing N N 59 ARG CA C sing N N 60 ARG CA CB sing N N 61 ARG CA HA sing N N 62 ARG C O doub N N 63 ARG C OXT sing N N 64 ARG CB CG sing N N 65 ARG CB HB2 sing N N 66 ARG CB HB3 sing N N 67 ARG CG CD sing N N 68 ARG CG HG2 sing N N 69 ARG CG HG3 sing N N 70 ARG CD NE sing N N 71 ARG CD HD2 sing N N 72 ARG CD HD3 sing N N 73 ARG NE CZ sing N N 74 ARG NE HE sing N N 75 ARG CZ NH1 sing N N 76 ARG CZ NH2 doub N N 77 ARG NH1 HH11 sing N N 78 ARG NH1 HH12 sing N N 79 ARG NH2 HH21 sing N N 80 ARG NH2 HH22 sing N N 81 ARG OXT HXT sing N N 82 ASN N CA sing N N 83 ASN N H sing N N 84 ASN N H2 sing N N 85 ASN CA C sing N N 86 ASN CA CB sing N N 87 ASN CA HA sing N N 88 ASN C O doub N N 89 ASN C OXT sing N N 90 ASN CB CG sing N N 91 ASN CB HB2 sing N N 92 ASN CB HB3 sing N N 93 ASN CG OD1 doub N N 94 ASN CG ND2 sing N N 95 ASN ND2 HD21 sing N N 96 ASN ND2 HD22 sing N N 97 ASN OXT HXT sing N N 98 ASP N CA sing N N 99 ASP N H sing N N 100 ASP N H2 sing N N 101 ASP CA C sing N N 102 ASP CA CB sing N N 103 ASP CA HA sing N N 104 ASP C O doub N N 105 ASP C OXT sing N N 106 ASP CB CG sing N N 107 ASP CB HB2 sing N N 108 ASP CB HB3 sing N N 109 ASP CG OD1 doub N N 110 ASP CG OD2 sing N N 111 ASP OD2 HD2 sing N N 112 ASP OXT HXT sing N N 113 ATP PG O1G doub N N 114 ATP PG O2G sing N N 115 ATP PG O3G sing N N 116 ATP PG O3B sing N N 117 ATP O2G HOG2 sing N N 118 ATP O3G HOG3 sing N N 119 ATP PB O1B doub N N 120 ATP PB O2B sing N N 121 ATP PB O3B sing N N 122 ATP PB O3A sing N N 123 ATP O2B HOB2 sing N N 124 ATP PA O1A doub N N 125 ATP PA O2A sing N N 126 ATP PA O3A sing N N 127 ATP PA "O5'" sing N N 128 ATP O2A HOA2 sing N N 129 ATP "O5'" "C5'" sing N N 130 ATP "C5'" "C4'" sing N N 131 ATP "C5'" "H5'1" sing N N 132 ATP "C5'" "H5'2" sing N N 133 ATP "C4'" "O4'" sing N N 134 ATP "C4'" "C3'" sing N N 135 ATP "C4'" "H4'" sing N N 136 ATP "O4'" "C1'" sing N N 137 ATP "C3'" "O3'" sing N N 138 ATP "C3'" "C2'" sing N N 139 ATP "C3'" "H3'" sing N N 140 ATP "O3'" "HO3'" sing N N 141 ATP "C2'" "O2'" sing N N 142 ATP "C2'" "C1'" sing N N 143 ATP "C2'" "H2'" sing N N 144 ATP "O2'" "HO2'" sing N N 145 ATP "C1'" N9 sing N N 146 ATP "C1'" "H1'" sing N N 147 ATP N9 C8 sing Y N 148 ATP N9 C4 sing Y N 149 ATP C8 N7 doub Y N 150 ATP C8 H8 sing N N 151 ATP N7 C5 sing Y N 152 ATP C5 C6 sing Y N 153 ATP C5 C4 doub Y N 154 ATP C6 N6 sing N N 155 ATP C6 N1 doub Y N 156 ATP N6 HN61 sing N N 157 ATP N6 HN62 sing N N 158 ATP N1 C2 sing Y N 159 ATP C2 N3 doub Y N 160 ATP C2 H2 sing N N 161 ATP N3 C4 sing Y N 162 CYS N CA sing N N 163 CYS N H sing N N 164 CYS N H2 sing N N 165 CYS CA C sing N N 166 CYS CA CB sing N N 167 CYS CA HA sing N N 168 CYS C O doub N N 169 CYS C OXT sing N N 170 CYS CB SG sing N N 171 CYS CB HB2 sing N N 172 CYS CB HB3 sing N N 173 CYS SG HG sing N N 174 CYS OXT HXT sing N N 175 GLN N CA sing N N 176 GLN N H sing N N 177 GLN N H2 sing N N 178 GLN CA C sing N N 179 GLN CA CB sing N N 180 GLN CA HA sing N N 181 GLN C O doub N N 182 GLN C OXT sing N N 183 GLN CB CG sing N N 184 GLN CB HB2 sing N N 185 GLN CB HB3 sing N N 186 GLN CG CD sing N N 187 GLN CG HG2 sing N N 188 GLN CG HG3 sing N N 189 GLN CD OE1 doub N N 190 GLN CD NE2 sing N N 191 GLN NE2 HE21 sing N N 192 GLN NE2 HE22 sing N N 193 GLN OXT HXT sing N N 194 GLU N CA sing N N 195 GLU N H sing N N 196 GLU N H2 sing N N 197 GLU CA C sing N N 198 GLU CA CB sing N N 199 GLU CA HA sing N N 200 GLU C O doub N N 201 GLU C OXT sing N N 202 GLU CB CG sing N N 203 GLU CB HB2 sing N N 204 GLU CB HB3 sing N N 205 GLU CG CD sing N N 206 GLU CG HG2 sing N N 207 GLU CG HG3 sing N N 208 GLU CD OE1 doub N N 209 GLU CD OE2 sing N N 210 GLU OE2 HE2 sing N N 211 GLU OXT HXT sing N N 212 GLY N CA sing N N 213 GLY N H sing N N 214 GLY N H2 sing N N 215 GLY CA C sing N N 216 GLY CA HA2 sing N N 217 GLY CA HA3 sing N N 218 GLY C O doub N N 219 GLY C OXT sing N N 220 GLY OXT HXT sing N N 221 HIS N CA sing N N 222 HIS N H sing N N 223 HIS N H2 sing N N 224 HIS CA C sing N N 225 HIS CA CB sing N N 226 HIS CA HA sing N N 227 HIS C O doub N N 228 HIS C OXT sing N N 229 HIS CB CG sing N N 230 HIS CB HB2 sing N N 231 HIS CB HB3 sing N N 232 HIS CG ND1 sing Y N 233 HIS CG CD2 doub Y N 234 HIS ND1 CE1 doub Y N 235 HIS ND1 HD1 sing N N 236 HIS CD2 NE2 sing Y N 237 HIS CD2 HD2 sing N N 238 HIS CE1 NE2 sing Y N 239 HIS CE1 HE1 sing N N 240 HIS NE2 HE2 sing N N 241 HIS OXT HXT sing N N 242 ILE N CA sing N N 243 ILE N H sing N N 244 ILE N H2 sing N N 245 ILE CA C sing N N 246 ILE CA CB sing N N 247 ILE CA HA sing N N 248 ILE C O doub N N 249 ILE C OXT sing N N 250 ILE CB CG1 sing N N 251 ILE CB CG2 sing N N 252 ILE CB HB sing N N 253 ILE CG1 CD1 sing N N 254 ILE CG1 HG12 sing N N 255 ILE CG1 HG13 sing N N 256 ILE CG2 HG21 sing N N 257 ILE CG2 HG22 sing N N 258 ILE CG2 HG23 sing N N 259 ILE CD1 HD11 sing N N 260 ILE CD1 HD12 sing N N 261 ILE CD1 HD13 sing N N 262 ILE OXT HXT sing N N 263 LEU N CA sing N N 264 LEU N H sing N N 265 LEU N H2 sing N N 266 LEU CA C sing N N 267 LEU CA CB sing N N 268 LEU CA HA sing N N 269 LEU C O doub N N 270 LEU C OXT sing N N 271 LEU CB CG sing N N 272 LEU CB HB2 sing N N 273 LEU CB HB3 sing N N 274 LEU CG CD1 sing N N 275 LEU CG CD2 sing N N 276 LEU CG HG sing N N 277 LEU CD1 HD11 sing N N 278 LEU CD1 HD12 sing N N 279 LEU CD1 HD13 sing N N 280 LEU CD2 HD21 sing N N 281 LEU CD2 HD22 sing N N 282 LEU CD2 HD23 sing N N 283 LEU OXT HXT sing N N 284 LYS N CA sing N N 285 LYS N H sing N N 286 LYS N H2 sing N N 287 LYS CA C sing N N 288 LYS CA CB sing N N 289 LYS CA HA sing N N 290 LYS C O doub N N 291 LYS C OXT sing N N 292 LYS CB CG sing N N 293 LYS CB HB2 sing N N 294 LYS CB HB3 sing N N 295 LYS CG CD sing N N 296 LYS CG HG2 sing N N 297 LYS CG HG3 sing N N 298 LYS CD CE sing N N 299 LYS CD HD2 sing N N 300 LYS CD HD3 sing N N 301 LYS CE NZ sing N N 302 LYS CE HE2 sing N N 303 LYS CE HE3 sing N N 304 LYS NZ HZ1 sing N N 305 LYS NZ HZ2 sing N N 306 LYS NZ HZ3 sing N N 307 LYS OXT HXT sing N N 308 MET N CA sing N N 309 MET N H sing N N 310 MET N H2 sing N N 311 MET CA C sing N N 312 MET CA CB sing N N 313 MET CA HA sing N N 314 MET C O doub N N 315 MET C OXT sing N N 316 MET CB CG sing N N 317 MET CB HB2 sing N N 318 MET CB HB3 sing N N 319 MET CG SD sing N N 320 MET CG HG2 sing N N 321 MET CG HG3 sing N N 322 MET SD CE sing N N 323 MET CE HE1 sing N N 324 MET CE HE2 sing N N 325 MET CE HE3 sing N N 326 MET OXT HXT sing N N 327 PHE N CA sing N N 328 PHE N H sing N N 329 PHE N H2 sing N N 330 PHE CA C sing N N 331 PHE CA CB sing N N 332 PHE CA HA sing N N 333 PHE C O doub N N 334 PHE C OXT sing N N 335 PHE CB CG sing N N 336 PHE CB HB2 sing N N 337 PHE CB HB3 sing N N 338 PHE CG CD1 doub Y N 339 PHE CG CD2 sing Y N 340 PHE CD1 CE1 sing Y N 341 PHE CD1 HD1 sing N N 342 PHE CD2 CE2 doub Y N 343 PHE CD2 HD2 sing N N 344 PHE CE1 CZ doub Y N 345 PHE CE1 HE1 sing N N 346 PHE CE2 CZ sing Y N 347 PHE CE2 HE2 sing N N 348 PHE CZ HZ sing N N 349 PHE OXT HXT sing N N 350 PRO N CA sing N N 351 PRO N CD sing N N 352 PRO N H sing N N 353 PRO CA C sing N N 354 PRO CA CB sing N N 355 PRO CA HA sing N N 356 PRO C O doub N N 357 PRO C OXT sing N N 358 PRO CB CG sing N N 359 PRO CB HB2 sing N N 360 PRO CB HB3 sing N N 361 PRO CG CD sing N N 362 PRO CG HG2 sing N N 363 PRO CG HG3 sing N N 364 PRO CD HD2 sing N N 365 PRO CD HD3 sing N N 366 PRO OXT HXT sing N N 367 SER N CA sing N N 368 SER N H sing N N 369 SER N H2 sing N N 370 SER CA C sing N N 371 SER CA CB sing N N 372 SER CA HA sing N N 373 SER C O doub N N 374 SER C OXT sing N N 375 SER CB OG sing N N 376 SER CB HB2 sing N N 377 SER CB HB3 sing N N 378 SER OG HG sing N N 379 SER OXT HXT sing N N 380 THR N CA sing N N 381 THR N H sing N N 382 THR N H2 sing N N 383 THR CA C sing N N 384 THR CA CB sing N N 385 THR CA HA sing N N 386 THR C O doub N N 387 THR C OXT sing N N 388 THR CB OG1 sing N N 389 THR CB CG2 sing N N 390 THR CB HB sing N N 391 THR OG1 HG1 sing N N 392 THR CG2 HG21 sing N N 393 THR CG2 HG22 sing N N 394 THR CG2 HG23 sing N N 395 THR OXT HXT sing N N 396 TRP N CA sing N N 397 TRP N H sing N N 398 TRP N H2 sing N N 399 TRP CA C sing N N 400 TRP CA CB sing N N 401 TRP CA HA sing N N 402 TRP C O doub N N 403 TRP C OXT sing N N 404 TRP CB CG sing N N 405 TRP CB HB2 sing N N 406 TRP CB HB3 sing N N 407 TRP CG CD1 doub Y N 408 TRP CG CD2 sing Y N 409 TRP CD1 NE1 sing Y N 410 TRP CD1 HD1 sing N N 411 TRP CD2 CE2 doub Y N 412 TRP CD2 CE3 sing Y N 413 TRP NE1 CE2 sing Y N 414 TRP NE1 HE1 sing N N 415 TRP CE2 CZ2 sing Y N 416 TRP CE3 CZ3 doub Y N 417 TRP CE3 HE3 sing N N 418 TRP CZ2 CH2 doub Y N 419 TRP CZ2 HZ2 sing N N 420 TRP CZ3 CH2 sing Y N 421 TRP CZ3 HZ3 sing N N 422 TRP CH2 HH2 sing N N 423 TRP OXT HXT sing N N 424 TYR N CA sing N N 425 TYR N H sing N N 426 TYR N H2 sing N N 427 TYR CA C sing N N 428 TYR CA CB sing N N 429 TYR CA HA sing N N 430 TYR C O doub N N 431 TYR C OXT sing N N 432 TYR CB CG sing N N 433 TYR CB HB2 sing N N 434 TYR CB HB3 sing N N 435 TYR CG CD1 doub Y N 436 TYR CG CD2 sing Y N 437 TYR CD1 CE1 sing Y N 438 TYR CD1 HD1 sing N N 439 TYR CD2 CE2 doub Y N 440 TYR CD2 HD2 sing N N 441 TYR CE1 CZ doub Y N 442 TYR CE1 HE1 sing N N 443 TYR CE2 CZ sing Y N 444 TYR CE2 HE2 sing N N 445 TYR CZ OH sing N N 446 TYR OH HH sing N N 447 TYR OXT HXT sing N N 448 VAL N CA sing N N 449 VAL N H sing N N 450 VAL N H2 sing N N 451 VAL CA C sing N N 452 VAL CA CB sing N N 453 VAL CA HA sing N N 454 VAL C O doub N N 455 VAL C OXT sing N N 456 VAL CB CG1 sing N N 457 VAL CB CG2 sing N N 458 VAL CB HB sing N N 459 VAL CG1 HG11 sing N N 460 VAL CG1 HG12 sing N N 461 VAL CG1 HG13 sing N N 462 VAL CG2 HG21 sing N N 463 VAL CG2 HG22 sing N N 464 VAL CG2 HG23 sing N N 465 VAL OXT HXT sing N N 466 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 20 mM ? Tris-HCl 1 2 100 mM ? 'sodium chloride' 1 3 2 mM ? 'Magnesium sulphate' 1 4 1 mM ? ATP 1 5 0.05 % ? Cymal-7 # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type NONE _em_ctf_correction.details ;CTF was estimated using the whole micrograph using all the frames. CTF was corrected per particle in RELION. ; # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.55 # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 870730 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Ogataea angusta' _em_entity_assembly_naturalsource.strain A16 _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ;The total exposure was 4 seconds resulting in 69 frames and a total dose of 64 e/A2. Frames were captured with an in-house protocol. For processing frames 1-32 were used. ; # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 64 _em_image_recording.average_exposure_time 4 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode INTEGRATING _em_image_recording.film_or_detector_model 'FEI FALCON II (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ;After 2D classification, the number of particles used for orientation determination and reconstruction was 100724 particles followed by per-particle motion correction and B-factor weighting. ; _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 123683 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ;Using template generated with a subset of data, particles were automatically picked, followed by manual inspection and deletion of aggregates and non-particles. ; RELION 1.4 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' 'One image was collected for each hole' EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' 'CTF was corrected per particle in RELION' CTFFIND 3 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? Coot 0.8.3 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? RELION 1.4 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? RELION 1.4 1 ? ? 13 'VOLUME SELECTION' ? ? ? 1 1 1 14 'SERIES ALIGNMENT' ? ? ? 1 1 1 15 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? ? ? 1 1 1 16 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? ? ? 1 1 1 17 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 18 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 19 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 3.5 _em_specimen.details 'The enzyme with bound inhibitor protein extracted and purified in Cymal-7.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Medical Research Council (United Kingdom)' 'United Kingdom' MR/M009858/1 1 'Medical Research Council (United Kingdom)' 'United Kingdom' MC_U105663150 2 'Medical Research Council (United Kingdom)' 'United Kingdom' MC_U105184322 3 # _atom_sites.entry_id 5LQZ _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 # loop_ _atom_type.symbol C MG N O P # loop_