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PA 6 PLM 1 1009 1009 PLM PLM D . QA 6 PLM 1 1010 1010 PLM PLM D . # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_alt_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id 1 1 Y 1 A SER 219 ? OG ? A SER 219 OG 2 1 Y 1 A VAL 623 ? O ? A VAL 623 O 3 1 Y 1 A MET 668 ? CG ? A MET 668 CG 4 1 Y 1 A MET 668 ? SD ? A MET 668 SD 5 1 Y 1 A MET 668 ? CE ? A MET 668 CE 6 1 Y 1 B SER 219 ? OG ? B SER 219 OG 7 1 Y 1 B VAL 623 ? O ? B VAL 623 O 8 1 Y 1 B MET 668 ? CG ? B MET 668 CG 9 1 Y 1 B MET 668 ? SD ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.155 ? 22648 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 12.407 ? 13180 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.069 ? 2528 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.007 ? 2768 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 5MKE _struct.title 'cryoEM Structure of Polycystin-2 in complex with cations and lipids' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 5MKE _struct_keywords.text 'Ca2+ signaling, cryoEM, membrane protein structure, Polycystin-2, TRP channel, Transport protein' _struct_keywords.pdbx_keywords 'TRANSPORT PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 3 ? I N N 3 ? J N N 4 ? K N N 4 ? L N N 5 ? M N N 6 ? N N N 6 ? O N N 6 ? P N N 7 ? 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PRO D 658 GLN D 693 1 ? 36 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale one ? 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N-Glycosylation covale9 covale one ? C ASN 375 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? C ASN 375 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.467 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? D ASN 305 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? D ASN 305 D NAG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.458 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? D ASN 362 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? D ASN 362 D NAG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.413 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? D ASN 375 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? D ASN 375 D NAG 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.466 ? N-Glycosylation covale13 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? E NAG 1 E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.535 ? ? covale14 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.534 ? ? covale15 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.550 ? ? # _struct_conn_type.id covale _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 NAG AA . ? 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? -63.39 -71.95 85 1 PHE B 667 ? ? -57.92 -72.45 86 1 LEU B 673 ? ? -56.55 -71.11 87 1 THR C 250 ? ? -73.94 -72.00 88 1 SER C 254 ? ? -88.61 -72.81 89 1 PHE C 257 ? ? -121.60 -61.60 90 1 LEU C 258 ? ? -52.96 -74.95 91 1 LYS C 267 ? ? -50.57 -72.17 92 1 SER C 274 ? ? -133.44 -69.28 93 1 THR C 283 ? ? -57.35 -71.62 94 1 SER C 286 ? ? -123.38 -82.04 95 1 ARG C 306 ? ? -160.76 109.50 96 1 PHE C 308 ? ? -110.38 -151.77 97 1 PHE C 310 ? ? 47.23 26.53 98 1 TYR C 311 ? ? 69.42 -3.10 99 1 GLU C 312 ? ? -107.67 -76.25 100 1 VAL C 318 ? ? -175.76 142.93 101 1 GLN C 323 ? ? -172.79 -177.18 102 1 ARG C 325 ? ? 178.72 160.53 103 1 SER C 332 ? ? 65.63 68.59 104 1 SER C 352 ? ? -60.72 -74.90 105 1 GLU C 353 ? ? 33.00 60.70 106 1 ASN C 375 ? ? -99.95 -64.11 107 1 TRP C 380 ? ? -81.72 -74.67 108 1 THR C 385 ? ? 58.38 75.76 109 1 GLU C 400 ? ? -60.12 -74.13 110 1 TRP C 414 ? ? 51.88 -155.22 111 1 ARG C 417 ? ? -132.93 -71.16 112 1 PHE C 426 ? ? -170.99 -173.65 113 1 SER C 454 ? ? -171.38 -167.58 114 1 THR C 468 ? ? -118.99 -70.47 115 1 LYS C 499 ? ? -105.38 -74.57 116 1 ARG C 504 ? ? 65.31 -6.77 117 1 PHE C 506 ? ? 65.77 -6.07 118 1 ASN C 508 ? ? -93.55 -73.22 119 1 ASN C 525 ? ? -57.35 -71.33 120 1 ASN C 531 ? ? -57.87 -70.36 121 1 VAL C 534 ? ? -57.65 -71.07 122 1 PHE C 538 ? ? -96.68 -64.36 123 1 PHE C 567 ? ? -51.10 -70.99 124 1 ALA C 610 ? ? -51.14 -70.75 125 1 VAL C 623 ? ? 178.30 155.55 126 1 ASP C 625 ? ? 65.54 -8.70 127 1 ASP C 643 ? ? 65.28 -3.46 128 1 ALA C 652 ? ? -55.62 -72.34 129 1 PHE C 666 ? ? -63.35 -71.98 130 1 PHE C 667 ? ? -57.83 -72.52 131 1 LEU C 673 ? ? -56.58 -71.15 132 1 THR D 250 ? ? -73.95 -72.04 133 1 SER D 254 ? ? -88.65 -72.85 134 1 PHE D 257 ? ? -121.64 -61.67 135 1 LEU D 258 ? ? -52.95 -74.96 136 1 LYS D 267 ? ? -50.60 -72.21 137 1 SER D 274 ? ? -133.39 -69.30 138 1 THR D 283 ? ? -57.34 -71.63 139 1 SER D 286 ? ? -123.41 -82.00 140 1 ARG D 306 ? ? -160.70 109.54 141 1 PHE D 308 ? ? -104.04 -167.70 142 1 TYR D 311 ? ? 45.62 6.49 143 1 GLU D 312 ? ? -115.60 -77.50 144 1 VAL D 318 ? ? -175.72 142.89 145 1 GLN D 323 ? ? -172.81 -177.17 146 1 ARG D 325 ? ? 178.69 160.46 147 1 SER D 332 ? ? 65.70 68.56 148 1 SER D 352 ? ? -60.76 -74.90 149 1 GLU D 353 ? ? 33.11 60.57 150 1 ASN D 375 ? ? -99.96 -64.07 151 1 TRP D 380 ? ? -81.69 -74.76 152 1 THR D 385 ? ? 58.25 75.77 153 1 GLU D 400 ? ? -60.13 -74.06 154 1 TRP D 414 ? ? 51.91 -155.22 155 1 ARG D 417 ? ? -132.89 -71.12 156 1 PHE D 426 ? ? -170.95 -173.60 157 1 SER D 454 ? ? -171.41 -167.60 158 1 THR D 468 ? ? -119.06 -70.41 159 1 LYS D 499 ? ? -105.38 -74.56 160 1 ARG D 504 ? ? 65.21 -6.71 161 1 PHE D 506 ? ? 65.92 -6.11 162 1 ASN D 508 ? ? -93.65 -73.15 163 1 ASN D 525 ? ? -57.42 -71.30 164 1 ASN D 531 ? ? -57.90 -70.34 165 1 VAL D 534 ? ? -57.64 -71.05 166 1 PHE D 538 ? ? -96.64 -64.40 167 1 PHE D 567 ? ? -51.03 -71.01 168 1 ALA D 610 ? ? -51.02 -70.85 169 1 VAL D 623 ? ? 178.26 155.52 170 1 ASP D 625 ? ? 65.54 -8.67 171 1 ASP D 643 ? ? 65.23 -3.47 172 1 ALA D 652 ? ? -55.69 -72.40 173 1 PHE D 666 ? ? -63.44 -71.85 174 1 PHE D 667 ? ? -58.00 -72.43 175 1 LEU D 673 ? ? -56.61 -71.05 # loop_ _pdbx_validate_peptide_omega.id _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_model_num _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.omega 1 1 LEU A 291 ? ? TYR A 292 ? ? -140.44 2 1 ASP A 354 ? ? ARG A 355 ? ? -149.72 3 1 ARG A 361 ? ? ASN A 362 ? ? 148.28 4 1 ASN A 578 ? ? PHE A 579 ? ? 146.20 5 1 SER A 627 ? ? THR A 628 ? ? 137.09 6 1 LEU B 291 ? ? TYR B 292 ? ? -140.52 7 1 ASP B 354 ? ? ARG B 355 ? ? -149.72 8 1 ARG B 361 ? ? ASN B 362 ? ? 148.31 9 1 ASN B 578 ? ? PHE B 579 ? ? 146.25 10 1 SER B 627 ? ? THR B 628 ? ? 137.11 11 1 LEU C 291 ? ? TYR C 292 ? ? -140.53 12 1 ASP C 354 ? ? ARG C 355 ? ? -149.75 13 1 ARG C 361 ? ? ASN C 362 ? ? 148.28 14 1 ASN C 578 ? ? PHE C 579 ? ? 146.21 15 1 SER C 627 ? ? THR C 628 ? ? 137.07 16 1 LEU D 291 ? ? TYR D 292 ? ? -140.47 17 1 ASP D 354 ? ? ARG D 355 ? ? -149.68 18 1 ARG D 361 ? ? ASN D 362 ? ? 148.29 19 1 ASN D 578 ? ? PHE D 579 ? ? 146.23 20 1 SER D 627 ? ? THR D 628 ? ? 137.07 # _em_3d_fitting.details ;We used for comparative structure modeling TRPA1 (pdb entry code 3J9P) as template for S1 and S3-S5, TRPV1 (pdb entry code 3J5Q) for S5-S6, and the TRPV2 (pdb entry code 5AN8) fitted best for S2-S3 to obtain an initial model. The soluble domain was build based on pdbID: 5K47. But we had no search model for molecular replacement. Although we had a good idea what the architecture would be like, we build the model de novo with COOT. ; _em_3d_fitting.entry_id 5MKE _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.target_criteria ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 5MKE _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 42268 _em_3d_reconstruction.resolution 4.3 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.name Polycystin-2 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list 1 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 5MKE _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'JEOL 3200FSC' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 4.1 _em_imaging.nominal_defocus_max ? _em_imaging.nominal_defocus_min ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.instrument ? _em_vitrification.entry_id 5MKE _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 5MKE _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 5MKE _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C4 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? 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A VAL 36 37 1 Y 1 A GLY 37 ? A GLY 37 38 1 Y 1 A ALA 38 ? A ALA 38 39 1 Y 1 A SER 39 ? A SER 39 40 1 Y 1 A LEU 40 ? A LEU 40 41 1 Y 1 A ALA 41 ? A ALA 41 42 1 Y 1 A ALA 42 ? A ALA 42 43 1 Y 1 A PRO 43 ? A PRO 43 44 1 Y 1 A GLY 44 ? A GLY 44 45 1 Y 1 A GLY 45 ? A GLY 45 46 1 Y 1 A LEU 46 ? A LEU 46 47 1 Y 1 A CYS 47 ? A CYS 47 48 1 Y 1 A GLU 48 ? A GLU 48 49 1 Y 1 A GLN 49 ? A GLN 49 50 1 Y 1 A ARG 50 ? A ARG 50 51 1 Y 1 A GLY 51 ? A GLY 51 52 1 Y 1 A LEU 52 ? A LEU 52 53 1 Y 1 A GLU 53 ? A GLU 53 54 1 Y 1 A ILE 54 ? A ILE 54 55 1 Y 1 A GLU 55 ? A GLU 55 56 1 Y 1 A MET 56 ? A MET 56 57 1 Y 1 A GLN 57 ? A GLN 57 58 1 Y 1 A ARG 58 ? A ARG 58 59 1 Y 1 A ILE 59 ? A ILE 59 60 1 Y 1 A ARG 60 ? A ARG 60 61 1 Y 1 A GLN 61 ? A GLN 61 62 1 Y 1 A ALA 62 ? A ALA 62 63 1 Y 1 A ALA 63 ? A ALA 63 64 1 Y 1 A ALA 64 ? A ALA 64 65 1 Y 1 A ARG 65 ? A ARG 65 66 1 Y 1 A ASP 66 ? A ASP 66 67 1 Y 1 A PRO 67 ? A PRO 67 68 1 Y 1 A PRO 68 ? A PRO 68 69 1 Y 1 A ALA 69 ? A ALA 69 70 1 Y 1 A GLY 70 ? 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