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VAL D 655 GLN D 693 1 ? 39 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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C ASN 328 C NAG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.223 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? C ASN 362 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? C ASN 362 C NAG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.549 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? D ASN 328 ND2 ? ? ? 1_555 OA NAG . C1 ? ? D ASN 328 D NAG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.248 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? D ASN 362 ND2 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? D ASN 362 D NAG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.563 ? N-Glycosylation covale9 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? E NAG 1 E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.473 ? ? covale10 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.473 ? ? covale11 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.473 ? ? covale12 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.473 ? ? metalc1 metalc ? ? A ASN 681 OD1 ? ? ? 1_555 R CA . CA ? ? A ASN 681 A CA 1012 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.575 ? ? metalc2 metalc ? ? R CA . CA ? ? ? 1_555 B ASN 681 OD1 ? ? A CA 1012 B ASN 681 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.531 ? ? metalc3 metalc ? ? R CA . CA ? ? ? 1_555 C ASN 681 OD1 ? ? A CA 1012 C ASN 681 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.565 ? ? metalc4 metalc ? ? R CA . CA ? ? ? 1_555 D ASN 681 OD1 ? ? A CA 1012 D ASN 681 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.540 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 5 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 TYR A 391 ? 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ILE D 452 LEU D 460 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 O LEU A 393 ? O LEU A 393 N ILE A 321 ? N ILE A 321 AA1 2 3 N ARG A 322 ? N ARG A 322 O PHE A 423 ? O PHE A 423 AA1 3 4 N VAL A 428 ? N VAL A 428 O CYS A 437 ? O CYS A 437 AA1 4 5 N PHE A 436 ? N PHE A 436 O LEU A 460 ? O LEU A 460 AA2 1 2 O LEU B 393 ? O LEU B 393 N ILE B 321 ? N ILE B 321 AA2 2 3 N ARG B 322 ? N ARG B 322 O PHE B 423 ? O PHE B 423 AA2 3 4 N VAL B 428 ? N VAL B 428 O CYS B 437 ? O CYS B 437 AA2 4 5 N PHE B 436 ? N PHE B 436 O LEU B 460 ? O LEU B 460 AA3 1 2 O LEU C 393 ? O LEU C 393 N ILE C 321 ? N ILE C 321 AA3 2 3 N ARG C 322 ? N ARG C 322 O PHE C 423 ? O PHE C 423 AA3 3 4 N VAL C 428 ? N VAL C 428 O CYS C 437 ? O CYS C 437 AA3 4 5 N PHE C 436 ? N PHE C 436 O LEU C 460 ? O LEU C 460 AA4 1 2 O LEU D 393 ? O LEU D 393 N ILE D 321 ? N ILE D 321 AA4 2 3 N ARG D 322 ? N ARG D 322 O PHE D 423 ? O PHE D 423 AA4 3 4 N VAL D 428 ? N VAL D 428 O CYS D 437 ? O CYS D 437 AA4 4 5 N PHE D 436 ? N PHE D 436 O LEU D 460 ? O LEU D 460 # _atom_sites.entry_id 5MKF _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 # loop_ _atom_type.symbol C CA N O P S # loop_ _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code _pdbx_poly_seq_scheme.hetero A 1 1 MET 1 1 ? ? ? 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A . n A 1 37 GLY 37 37 ? ? ? A . n A 1 38 ALA 38 38 ? ? ? A . n A 1 39 SER 39 39 ? ? ? A . n A 1 40 LEU 40 40 ? ? ? A . n A 1 41 ALA 41 41 ? ? ? A . n A 1 42 ALA 42 42 ? ? ? A . n A 1 43 PRO 43 43 ? ? ? A . n A 1 44 GLY 44 44 ? ? ? A . n A 1 45 GLY 45 45 ? ? ? A . n A 1 46 LEU 46 46 ? ? ? A . n A 1 47 CYS 47 47 ? ? ? A . n A 1 48 GLU 48 48 ? ? ? A . n A 1 49 GLN 49 49 ? ? ? A . n A 1 50 ARG 50 50 ? ? ? A . n A 1 51 GLY 51 51 ? ? ? A . n A 1 52 LEU 52 52 ? ? ? A . n A 1 53 GLU 53 53 ? ? ? A . n A 1 54 ILE 54 54 ? ? ? A . n A 1 55 GLU 55 55 ? ? ? A . n A 1 56 MET 56 56 ? ? ? A . n A 1 57 GLN 57 57 ? ? ? A . n A 1 58 ARG 58 58 ? ? ? A . n A 1 59 ILE 59 59 ? ? ? A . n A 1 60 ARG 60 60 ? ? ? A . n A 1 61 GLN 61 61 ? ? ? A . n A 1 62 ALA 62 62 ? ? ? A . n A 1 63 ALA 63 63 ? ? ? A . n A 1 64 ALA 64 64 ? ? ? A . n A 1 65 ARG 65 65 ? ? ? A . n A 1 66 ASP 66 66 ? ? ? A . n A 1 67 PRO 67 67 ? ? ? A . n A 1 68 PRO 68 68 ? ? ? A . n A 1 69 ALA 69 69 ? ? ? A . n A 1 70 GLY 70 70 ? ? ? 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D . n D 1 945 ARG 945 945 ? ? ? D . n D 1 946 PRO 946 946 ? ? ? D . n D 1 947 SER 947 947 ? ? ? D . n D 1 948 SER 948 948 ? ? ? D . n D 1 949 SER 949 949 ? ? ? D . n D 1 950 GLN 950 950 ? ? ? D . n D 1 951 SER 951 951 ? ? ? D . n D 1 952 THR 952 952 ? ? ? D . n D 1 953 GLU 953 953 ? ? ? D . n D 1 954 GLY 954 954 ? ? ? D . n D 1 955 MET 955 955 ? ? ? D . n D 1 956 GLU 956 956 ? ? ? D . n D 1 957 GLY 957 957 ? ? ? D . n D 1 958 ALA 958 958 ? ? ? D . n D 1 959 GLY 959 959 ? ? ? D . n D 1 960 GLY 960 960 ? ? ? D . n D 1 961 ASN 961 961 ? ? ? D . n D 1 962 GLY 962 962 ? ? ? D . n D 1 963 SER 963 963 ? ? ? D . n D 1 964 SER 964 964 ? ? ? D . n D 1 965 ASN 965 965 ? ? ? D . n D 1 966 VAL 966 966 ? ? ? D . n D 1 967 HIS 967 967 ? ? ? D . n D 1 968 VAL 968 968 ? ? ? D . n # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 3 NAG 1 1001 801 NAG NAG A . J 3 NAG 1 1002 802 NAG NAG A . K 3 NAG 1 1005 800 NAG NAG A . L 4 PX6 1 1006 7 PX6 PX6 A . M 5 PLM 1 1007 4 PLM PLM A . N 5 PLM 1 1008 5 PLM PLM A . O 5 PLM 1 1009 6 PLM PLM A . P 6 CHS 1 1010 5 CHS CHS A . Q 6 CHS 1 1011 6 CHS CHS A . R 7 CA 1 1012 4 CA CA A . S 7 CA 1 1013 5 CA CA A . T 7 CA 1 1014 6 CA CA A . U 7 CA 1 1015 7 CA CA A . V 3 NAG 1 1001 801 NAG NAG B . W 3 NAG 1 1002 802 NAG NAG B . X 3 NAG 1 1005 800 NAG NAG B . Y 4 PX6 1 1006 8 PX6 PX6 B . Z 5 PLM 1 1007 7 PLM PLM B . AA 5 PLM 1 1008 8 PLM PLM B . BA 5 PLM 1 1009 9 PLM PLM B . CA 6 CHS 1 1010 7 CHS CHS B . DA 6 CHS 1 1011 8 CHS CHS B . EA 7 CA 1 1012 2 CA CA B . FA 3 NAG 1 1001 801 NAG NAG C . GA 3 NAG 1 1002 802 NAG NAG C . HA 3 NAG 1 1005 800 NAG NAG C . IA 4 PX6 1 1006 9 PX6 PX6 C . JA 5 PLM 1 1007 10 PLM PLM C . KA 5 PLM 1 1008 11 PLM PLM C . LA 5 PLM 1 1009 12 PLM PLM C . MA 6 CHS 1 1010 9 CHS CHS C . NA 6 CHS 1 1011 10 CHS CHS C . OA 3 NAG 1 1001 801 NAG NAG D . PA 3 NAG 1 1002 802 NAG NAG D . QA 3 NAG 1 1005 800 NAG NAG D . RA 4 PX6 1 1006 10 PX6 PX6 D . SA 5 PLM 1 1007 13 PLM PLM D . TA 5 PLM 1 1008 14 PLM PLM D . UA 5 PLM 1 1009 15 PLM PLM D . VA 6 CHS 1 1010 3 CHS CHS D . WA 6 CHS 1 1011 4 CHS CHS D . # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 42730 ? 1 MORE -187 ? 1 'SSA (A^2)' 94350 ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 OD1 ? A ASN 681 ? A ASN 681 ? 1_555 CA ? R CA . ? A CA 1012 ? 1_555 OD1 ? B ASN 681 ? B ASN 681 ? 1_555 72.1 ? 2 OD1 ? A ASN 681 ? A ASN 681 ? 1_555 CA ? R CA . ? A CA 1012 ? 1_555 OD1 ? C ASN 681 ? C ASN 681 ? 1_555 117.7 ? 3 OD1 ? B ASN 681 ? B ASN 681 ? 1_555 CA ? R CA . ? A CA 1012 ? 1_555 OD1 ? C ASN 681 ? C ASN 681 ? 1_555 74.5 ? 4 OD1 ? A ASN 681 ? A ASN 681 ? 1_555 CA ? R CA . ? A CA 1012 ? 1_555 OD1 ? D ASN 681 ? D ASN 681 ? 1_555 74.9 ? 5 OD1 ? B ASN 681 ? B ASN 681 ? 1_555 CA ? R CA . ? A CA 1012 ? 1_555 OD1 ? D ASN 681 ? D ASN 681 ? 1_555 115.7 ? 6 OD1 ? C ASN 681 ? C ASN 681 ? 1_555 CA ? R CA . ? A CA 1012 ? 1_555 OD1 ? D ASN 681 ? D ASN 681 ? 1_555 74.6 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2017-01-18 2 'Structure model' 1 1 2017-01-25 3 'Structure model' 1 2 2017-02-15 4 'Structure model' 1 3 2019-12-11 5 'Structure model' 2 0 2020-07-29 # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 5 'Structure model' repository Remediation 'Carbohydrate remediation' ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Database references' 3 4 'Structure model' 'Data collection' 4 4 'Structure model' Other 5 5 'Structure model' Advisory 6 5 'Structure model' 'Atomic model' 7 5 'Structure model' 'Data collection' 8 5 'Structure model' 'Derived calculations' 9 5 'Structure model' 'Structure summary' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 4 'Structure model' atom_sites 2 4 'Structure model' cell 3 4 'Structure model' em_image_scans 4 5 'Structure model' atom_site 5 5 'Structure model' chem_comp 6 5 'Structure model' entity 7 5 'Structure model' pdbx_branch_scheme 8 5 'Structure model' pdbx_chem_comp_identifier 9 5 'Structure model' pdbx_entity_branch 10 5 'Structure model' pdbx_entity_branch_descriptor 11 5 'Structure model' pdbx_entity_branch_link 12 5 'Structure model' pdbx_entity_branch_list 13 5 'Structure model' pdbx_entity_nonpoly 14 5 'Structure model' pdbx_nonpoly_scheme 15 5 'Structure model' pdbx_struct_assembly_gen 16 5 'Structure model' pdbx_struct_conn_angle 17 5 'Structure model' pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms 18 5 'Structure model' pdbx_validate_close_contact 19 5 'Structure model' struct_asym 20 5 'Structure model' struct_conn 21 5 'Structure model' struct_site 22 5 'Structure model' struct_site_gen # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 4 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]' 2 4 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]' 3 4 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]' 4 4 'Structure model' '_cell.Z_PDB' 5 5 'Structure model' '_atom_site.B_iso_or_equiv' 6 5 'Structure model' '_atom_site.Cartn_x' 7 5 'Structure model' '_atom_site.Cartn_y' 8 5 'Structure model' '_atom_site.Cartn_z' 9 5 'Structure model' '_atom_site.auth_asym_id' 10 5 'Structure model' '_atom_site.auth_atom_id' 11 5 'Structure model' '_atom_site.auth_comp_id' 12 5 'Structure model' '_atom_site.auth_seq_id' 13 5 'Structure model' '_atom_site.label_asym_id' 14 5 'Structure model' '_atom_site.label_atom_id' 15 5 'Structure model' '_atom_site.label_comp_id' 16 5 'Structure model' '_atom_site.label_entity_id' 17 5 'Structure model' '_atom_site.type_symbol' 18 5 'Structure model' '_chem_comp.name' 19 5 'Structure model' '_chem_comp.type' 20 5 'Structure model' '_pdbx_entity_nonpoly.entity_id' 21 5 'Structure model' '_pdbx_entity_nonpoly.name' 22 5 'Structure model' '_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list' 23 5 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id' 24 5 'Structure model' '_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id' 25 5 'Structure model' '_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id' 26 5 'Structure model' '_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id' 27 5 'Structure model' '_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id' 28 5 'Structure model' '_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id' 29 5 'Structure model' '_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id' 30 5 'Structure model' '_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id' 31 5 'Structure model' '_pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2' 32 5 'Structure model' '_pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2' 33 5 'Structure model' '_struct_conn.conn_type_id' 34 5 'Structure model' '_struct_conn.id' 35 5 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_dist_value' 36 5 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag' 37 5 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_role' 38 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id' 39 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id' 40 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id' 41 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_asym_id' 42 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_atom_id' 43 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_comp_id' 44 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_seq_id' 45 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id' 46 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id' 47 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id' 48 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_asym_id' 49 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_atom_id' 50 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_comp_id' 51 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_seq_id' # _software.citation_id ? _software.classification refinement _software.compiler_name ? _software.compiler_version ? _software.contact_author ? _software.contact_author_email ? _software.date ? _software.description ? _software.dependencies ? _software.hardware ? _software.language ? _software.location ? _software.mods ? _software.name PHENIX _software.os ? _software.os_version ? _software.type ? _software.version 1.10.1_2155: _software.pdbx_ordinal 1 # _em_3d_fitting.entry_id 5MKF _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ;we used for comparative structure modeling TRPA1 (pdb entry code 3J9P) as template for S1 and S3-S5, TRPV1 (pdb entry code 3J5Q) for S5-S6, and the TRPV2 (pdb entry code 5AN8) fitted best for S2-S3 to obtain an initial model. The soluble domain was build based on pdbID: 5K47. But we had no search model for molecular replacement. Although we had a good idea what the architecture would be like, we build the model de novo with COOT. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 5MKF _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 35318 _em_3d_reconstruction.resolution 4.2 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.name Polycystin-2 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list 1 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 5MKF _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'JEOL 3200FSC' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 4.1 _em_imaging.nominal_defocus_max ? _em_imaging.nominal_defocus_min ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.instrument ? _em_vitrification.entry_id 5MKF _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 5MKF _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 5MKF _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C4 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 ND2 D ASN 375 ? ? 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