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UNP Q6B856 ILE 316 conflict 318 7 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GDP 'RNA linking' n "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N5 O11 P2' 443.201 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 GTP non-polymer n "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N5 O14 P3' 523.180 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 TA1 non-polymer . TAXOL ? 'C47 H51 N O14' 853.906 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 5ND3 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 5ND3 _struct.title 'Microtubule-bound MKLP2 motor domain in the with no nucleotide' _struct.pdbx_descriptor 'Kinesin-like protein KIF20A, Tubulin alpha chain, Tubulin beta-2B chain' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 5ND3 _struct_keywords.text 'Kinesin Mitosis Microtubules, Motor protein' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MOTOR PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 LEU A 54 ? GLN A 61 ? LEU C 74 GLN C 81 1 ? 8 HELX_P HELX_P2 AA2 GLY A 111 ? THR A 119 ? GLY C 131 THR C 139 1 ? 9 HELX_P HELX_P3 AA3 THR A 119 ? LYS A 129 ? THR C 139 LYS C 149 1 ? 11 HELX_P HELX_P4 AA4 GLY A 144 ? GLN A 150 ? GLY C 164 GLN C 170 1 ? 7 HELX_P HELX_P5 AA5 GLY A 157 ? SER A 169 ? GLY C 177 SER C 189 1 ? 13 HELX_P HELX_P6 AA6 ASP A 330 ? ASN A 344 ? ASP C 350 ASN C 364 1 ? 15 HELX_P HELX_P7 AA7 LYS A 404 ? ASN A 429 ? LYS C 424 ASN C 449 1 ? 26 HELX_P HELX_P8 AA8 ILE A 436 ? ASP A 440 ? ILE C 456 ASP C 460 5 ? 5 HELX_P HELX_P9 AA9 SER A 441 ? GLY A 453 ? SER C 461 GLY C 473 1 ? 13 HELX_P HELX_P10 AB1 THR A 469 ? ALA A 481 ? THR C 489 ALA C 501 1 ? 13 HELX_P HELX_P11 AB2 GLY B 10 ? HIS B 28 ? GLY A 10 HIS A 28 1 ? 19 HELX_P HELX_P12 AB3 GLU B 71 ? ARG B 79 ? GLU A 71 ARG A 79 1 ? 9 HELX_P HELX_P13 AB4 HIS B 88 ? GLU B 90 ? HIS A 88 GLU A 90 5 ? 3 HELX_P HELX_P14 AB5 ILE B 110 ? CYS B 129 ? ILE A 110 CYS A 129 1 ? 20 HELX_P HELX_P15 AB6 GLY B 144 ? TYR B 161 ? GLY A 144 TYR A 161 1 ? 18 HELX_P HELX_P16 AB7 VAL B 182 ? THR B 194 ? VAL A 182 THR A 194 1 ? 13 HELX_P HELX_P17 AB8 LEU B 195 ? HIS B 197 ? LEU A 195 HIS A 197 5 ? 3 HELX_P HELX_P18 AB9 ASN B 206 ? ASN B 216 ? ASN A 206 ASN A 216 1 ? 11 HELX_P HELX_P19 AC1 THR B 223 ? THR B 239 ? THR A 223 THR A 239 1 ? 17 HELX_P HELX_P20 AC2 ASP B 251 ? VAL B 260 ? ASP A 251 VAL A 260 1 ? 10 HELX_P HELX_P21 AC3 SER B 287 ? ALA B 294 ? SER A 287 ALA A 294 1 ? 8 HELX_P HELX_P22 AC4 CYS B 295 ? GLN B 301 ? CYS A 295 GLN A 301 5 ? 7 HELX_P HELX_P23 AC5 VAL B 324 ? THR B 337 ? VAL A 324 THR A 337 1 ? 14 HELX_P HELX_P24 AC6 ALA B 383 ? LYS B 401 ? ALA A 383 LYS A 401 1 ? 19 HELX_P HELX_P25 AC7 ARG B 402 ? PHE B 404 ? ARG A 402 PHE A 404 5 ? 3 HELX_P HELX_P26 AC8 VAL B 405 ? GLY B 410 ? VAL A 405 GLY A 410 1 ? 6 HELX_P HELX_P27 AC9 GLU B 414 ? GLY B 436 ? GLU A 414 GLY A 436 1 ? 23 HELX_P HELX_P28 AD1 GLY C 10 ? GLY C 29 ? GLY B 10 GLY B 29 1 ? 20 HELX_P HELX_P29 AD2 GLN C 43 ? VAL C 49 ? GLN B 43 VAL B 51 5 ? 7 HELX_P HELX_P30 AD3 GLU C 69 ? ARG C 77 ? GLU B 71 ARG B 79 1 ? 9 HELX_P HELX_P31 AD4 THR C 107 ? GLU C 125 ? THR B 109 GLU B 127 1 ? 19 HELX_P HELX_P32 AD5 GLY C 141 ? TYR C 159 ? GLY B 143 TYR B 161 1 ? 19 HELX_P HELX_P33 AD6 VAL C 180 ? THR C 196 ? 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ASP B 414 ASP B 437 1 ? 24 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale1 covale none ? B ASN 101 ND2 ? ? ? 1_555 D GTP . O3G ? ? A ASN 101 A GTP 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.219 ? metalc1 metalc ? ? D GTP . O2G ? ? ? 1_555 E MG . MG ? ? A GTP 500 A MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLY 107 A . ? GLY 127 C PRO 108 A ? PRO 128 C 1 -0.37 2 GLY 107 A . ? GLY 127 C PRO 108 A ? PRO 128 C 2 -0.26 3 GLY 107 A . ? GLY 127 C PRO 108 A ? PRO 128 C 3 -0.26 4 GLY 107 A . ? GLY 127 C PRO 108 A ? PRO 128 C 4 -0.30 5 GLY 107 A . ? GLY 127 C PRO 108 A ? PRO 128 C 5 -0.27 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 8 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 6 ? AA5 ? 6 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 6 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA1 2 3 ? parallel AA1 3 4 ? parallel AA1 4 5 ? parallel AA1 5 6 ? anti-parallel AA1 6 7 ? anti-parallel AA1 7 8 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? parallel AA4 2 3 ? parallel AA4 3 4 ? parallel AA4 4 5 ? parallel AA4 5 6 ? parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? parallel AA5 3 4 ? parallel AA5 4 5 ? parallel AA5 5 6 ? parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? parallel AA7 1 2 ? parallel AA7 2 3 ? parallel AA7 3 4 ? parallel AA7 4 5 ? parallel AA7 5 6 ? parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 GLN A 104 ? 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ALA A 65 ASP A 69 AA5 3 CYS B 4 ? VAL B 9 ? CYS A 4 VAL A 9 AA5 4 GLY B 134 ? SER B 140 ? GLY A 134 SER A 140 AA5 5 SER B 165 ? TYR B 172 ? SER A 165 TYR A 172 AA5 6 VAL B 204 ? ASP B 205 ? VAL A 204 ASP A 205 AA6 1 LEU B 269 ? THR B 271 ? LEU A 269 THR A 271 AA6 2 ARG B 373 ? ASN B 380 ? ARG A 373 ASN A 380 AA6 3 ALA B 314 ? GLY B 321 ? ALA A 314 GLY A 321 AA6 4 PHE B 351 ? ILE B 355 ? PHE A 351 ILE A 355 AA7 1 PHE C 90 ? PHE C 92 ? PHE B 92 PHE B 94 AA7 2 ALA C 63 ? ASP C 67 ? ALA B 65 ASP B 69 AA7 3 GLU C 3 ? ALA C 9 ? GLU B 3 ALA B 9 AA7 4 LEU C 130 ? SER C 138 ? LEU B 132 SER B 140 AA7 5 ILE C 163 ? VAL C 170 ? ILE B 165 VAL B 172 AA7 6 GLU C 198 ? ASP C 203 ? GLU B 200 ASP B 205 AA8 1 TYR C 51 ? ASN C 52 ? TYR B 53 ASN B 54 AA8 2 VAL C 60 ? PRO C 61 ? VAL B 62 PRO B 63 AA9 1 MET C 267 ? PHE C 270 ? MET B 269 PHE B 272 AA9 2 ALA C 365 ? SER C 371 ? ALA B 375 SER B 381 AA9 3 TYR C 310 ? ARG C 318 ? TYR B 312 ARG B 320 AA9 4 VAL C 349 ? CYS C 354 ? VAL B 351 CYS B 356 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 O PHE A 106 ? O PHE C 126 N LEU A 48 ? N LEU C 68 AA1 2 3 N TYR A 47 ? N TYR C 67 O MET A 459 ? O MET C 479 AA1 3 4 O CYS A 458 ? O CYS C 478 N TYR A 136 ? N TYR C 156 AA1 4 5 N ILE A 135 ? N ILE C 155 O SER A 384 ? O SER C 404 AA1 5 6 O LEU A 383 ? O LEU C 403 N ILE A 365 ? N ILE C 385 AA1 6 7 O ARG A 366 ? O ARG C 386 N TRP A 281 ? N TRP C 301 AA1 7 8 N TYR A 288 ? N TYR C 308 O LEU A 291 ? O LEU C 311 AA2 1 2 N CYS A 68 ? N CYS C 88 O VAL A 76 ? O VAL C 96 AA2 2 3 N LEU A 75 ? N LEU C 95 O PHE A 100 ? O PHE C 120 AA3 1 2 N CYS A 311 ? N CYS C 331 O TYR A 319 ? O TYR C 339 AA4 1 2 O ILE B 93 ? O ILE A 93 N PHE B 67 ? N PHE A 67 AA4 2 3 O VAL B 66 ? O VAL A 66 N SER B 6 ? N SER A 6 AA4 3 4 N VAL B 9 ? N VAL A 9 O PHE B 138 ? O PHE A 138 AA4 4 5 N HIS B 139 ? N HIS A 139 O ILE B 171 ? O ILE A 171 AA4 5 6 N GLU B 168 ? N GLU A 168 O CYS B 200 ? O CYS A 200 AA5 1 2 O ILE B 93 ? O ILE A 93 N PHE B 67 ? N PHE A 67 AA5 2 3 O VAL B 66 ? O VAL A 66 N SER B 6 ? N SER A 6 AA5 3 4 N VAL B 9 ? N VAL A 9 O PHE B 138 ? O PHE A 138 AA5 4 5 N HIS B 139 ? N HIS A 139 O ILE B 171 ? O ILE A 171 AA5 5 6 N TYR B 172 ? N TYR A 172 O VAL B 204 ? O VAL A 204 AA6 1 2 N THR B 271 ? N THR A 271 O MET B 377 ? O MET A 377 AA6 2 3 O LEU B 378 ? O LEU A 378 N CYS B 316 ? N CYS A 316 AA6 3 4 N TYR B 319 ? N TYR A 319 O GLY B 354 ? O GLY A 354 AA7 1 2 O VAL C 91 ? O VAL B 93 N LEU C 65 ? N LEU B 67 AA7 2 3 O ILE C 64 ? O ILE B 66 N GLN C 8 ? N GLN B 8 AA7 3 4 N ILE C 7 ? N ILE B 7 O GLN C 134 ? O GLN B 136 AA7 4 5 N LEU C 135 ? N LEU B 137 O PHE C 167 ? O PHE B 169 AA7 5 6 N THR C 166 ? N THR B 168 O GLU C 198 ? O GLU B 200 AA8 1 2 N ASN C 52 ? N ASN B 54 O VAL C 60 ? O VAL B 62 AA9 1 2 N MET C 267 ? N MET B 269 O GLY C 369 ? O GLY B 379 AA9 2 3 O ILE C 368 ? O ILE B 378 N ALA C 314 ? N ALA B 316 AA9 3 4 N PHE C 317 ? N PHE B 319 O CYS C 354 ? O CYS B 356 # loop_ _struct_site.id _struct_site.pdbx_evidence_code _struct_site.pdbx_auth_asym_id _struct_site.pdbx_auth_comp_id _struct_site.pdbx_auth_seq_id _struct_site.pdbx_auth_ins_code _struct_site.pdbx_num_residues _struct_site.details AC1 Software A GTP 500 ? 20 'binding site for residue GTP A 500' AC2 Software A MG 501 ? 2 'binding site for residue MG A 501' AC3 Software B GDP 600 ? 14 'binding site for residue GDP B 600' AC4 Software B TA1 601 ? 17 'binding site for residue TA1 B 601' # loop_ _struct_site_gen.id _struct_site_gen.site_id _struct_site_gen.pdbx_num_res _struct_site_gen.label_comp_id _struct_site_gen.label_asym_id _struct_site_gen.label_seq_id _struct_site_gen.pdbx_auth_ins_code _struct_site_gen.auth_comp_id _struct_site_gen.auth_asym_id _struct_site_gen.auth_seq_id _struct_site_gen.label_atom_id _struct_site_gen.label_alt_id _struct_site_gen.symmetry _struct_site_gen.details 1 AC1 20 GLN B 11 ? GLN A 11 . ? 1_555 ? 2 AC1 20 ALA B 12 ? 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