data_5TBY # _entry.id 5TBY # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.321 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code PDB 5TBY WWPDB D_1000223769 # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB '3D-STRUCTURE OF TARANTULA MYOSIN FILAMENT OBTAINED BY CRYO-ELECTRON MICROSCOPY' EMD-1950 'other EM volume' PDB ;TWO INTERACTING-HEADS MOTIFS FLEXIBLE DOCKED INTO TARANTULA THICK FILAMENT 3D-MAP ALLOWS IN DEPTH STUDY OF INTRA- E INTERMOLECULAR INTERACTIONS ; 3jBH unspecified EMDB ;3D structure of myosin filaments isolated from human heart muscles by negative stain electron microscopy and single particle image analysis ; EMD-2240 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 5TBY _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2016-09-13 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'ALAMO, L.' 1 0000-0003-3893-2631 'WARE, J.S.' 2 0000-0002-6110-5880 'PINTO, A.' 3 0000-0002-0665-9872 'GILLILAN, R.E.' 4 0000-0002-7636-3188 'SEIDMAN, J.G.' 5 0000-0002-9082-3566 'SEIDMAN, C.E.' 6 0000-0001-6380-1209 'PADRON, R.' 7 0000-0002-1412-2450 # loop_ _citation.abstract _citation.abstract_id_CAS _citation.book_id_ISBN _citation.book_publisher _citation.book_publisher_city _citation.book_title _citation.coordinate_linkage _citation.country _citation.database_id_Medline _citation.details _citation.id _citation.journal_abbrev _citation.journal_id_ASTM _citation.journal_id_CSD _citation.journal_id_ISSN _citation.journal_full _citation.journal_issue _citation.journal_volume _citation.language _citation.page_first _citation.page_last _citation.title _citation.year _citation.database_id_CSD _citation.pdbx_database_id_DOI _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.unpublished_flag ? ? ? ? ? ? ? US ? ? primary Elife ? ? 2050-084X ? ? 6 ? ? ? 'Effects of myosin variants on interacting-heads motif explain distinct hypertrophic and dilated cardiomyopathy phenotypes.' 2017 ? 10.7554/eLife.24634 28606303 ? ? ? ? ? ? ? ? UK ? ? original_data_1 'J. Mol. Biol.' JMOBAK 0070 1089-8638 ? ? 428 ? 1142 1164 ;Conserved Intramolecular Interactions Maintain Myosin Interacting-Heads Motifs Explaining Tarantula Muscle Super-Relaxed State Structural Basis. ; 2016 ? 10.1016/j.jmb.2016.01.027 26851071 ? ? ? ? ? ? ? ? UK ? ? 1 'J. Mol. Biol.' JMOBAK 0070 1089-8638 ? ? 384 ? 780 797 'Three-dimensional reconstruction of tarantula myosin filaments suggests how phosphorylation may regulate myosin activity.' 2008 ? 10.1016/j.jmb.2008.10.013 18951904 ? ? ? ? ? ? ? ? UK ? ? 2 'J. Mol. Biol.' JMOBAK 0070 1089-8638 ? ? 428 ? 1142 1164 ;Conserved Intramolecular Interactions Maintain Myosin Interacting-Heads Motifs Explaining Tarantula Muscle Super-Relaxed State Structural Basis. ; 2016 ? 10.1016/j.jmb.2016.01.027 26851071 ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 3 'Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.' PNASA6 0040 1091-6490 ? ? 110 ? 318 323 'Atomic model of the human cardiac muscle myosin filament.' 2013 ? 10.1073/pnas.1212708110 23251030 ? ? ? ? ? ? ? ? GE ? ? 4 Electrophoresis ? ? 0173-0835 ? ? 18 ? 2714 2723 'SWISS-MODEL and the Swiss-PdbViewer: an environment for comparative protein modeling.' 1997 ? ? 9504803 ? ? ? ? ? ? ? ? UK ? ? 5 'Nucleic Acids Res.' NARHAD 0389 1362-4962 ? ? 31 ? 3381 3385 'SWISS-MODEL: An automated protein homology-modeling server.' 2003 ? ? 12824332 ? ? ? ? ? ? ? ? UK ? ? 6 Bioinformatics ? ? 1367-4803 ? ? 22 ? 195 201 'The SWISS-MODEL workspace: a web-based environment for protein structure homology modelling.' 2006 ? ? 16301204 ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Alamo, L.' 1 ? primary 'Ware, J.S.' 2 ? primary 'Pinto, A.' 3 ? primary 'Gillilan, R.E.' 4 ? primary 'Seidman, J.G.' 5 ? primary 'Seidman, C.E.' 6 ? primary 'Padron, R.' 7 ? original_data_1 'Alamo, L.' 8 ? original_data_1 'Qi, D.' 9 ? original_data_1 'Wriggers, W.' 10 ? original_data_1 'Pinto, A.' 11 ? original_data_1 'Zhu, J.' 12 ? original_data_1 'Bilbao, A.' 13 ? original_data_1 'Gillilan, R.E.' 14 ? original_data_1 'Hu, S.' 15 ? original_data_1 'Padron, R.' 16 ? 1 'Alamo, L.' 17 ? 1 'Wriggers, W.' 18 ? 1 'Pinto, A.' 19 ? 1 'Bartoli, F.' 20 ? 1 'Salazar, L.' 21 ? 1 'Zhao, F.Q.' 22 ? 1 'Craig, R.' 23 ? 1 'Padron, R.' 24 ? 2 'Alamo, L.' 25 ? 2 'Qi, D.' 26 ? 2 'Wriggers, W.' 27 ? 2 'Pinto, A.' 28 ? 2 'Zhu, J.' 29 ? 2 'Bilbao, A.' 30 ? 2 'Gillilan, R.E.' 31 ? 2 'Hu, S.' 32 ? 2 'Padron, R.' 33 ? 3 'Al-Khayat, H.A.' 34 ? 3 'Kensler, R.W.' 35 ? 3 'Squire, J.M.' 36 ? 3 'Marston, S.B.' 37 ? 3 'Morris, E.P.' 38 ? 4 'Guex, N.' 39 ? 4 'Peitsch, M.C.' 40 ? 5 'Schwede, T.' 41 ? 5 'Kopp, J.' 42 ? 5 'Guex, N.' 43 ? 5 'Peitsch, M.C.' 44 ? 6 'Arnold, K.' 45 ? 6 'Bordoli, L.' 46 ? 6 'Kopp, J.' 47 ? 6 'Schwede, T.' 48 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat Myosin-7 223445.984 2 ? ? 'SUBFRAGMENT 1(S1)' ;MYOSIN 2 HEAVY CHAIN, VENTRICULAR CARDIAC MUSCLE, FREE HEAD HOMOLOGY MODEL OF HUMAN BETA CARDIAC HEAVY MEROMYOSIN INTERACTING-HEADS MOTIF ; 2 polymer nat 'Myosin light chain 3' 21962.068 2 ? ? ? ;MYOSIN 2 ESSENTIAL LIGHT CHAIN, VENTRICULAR CARDIAC MUSCLE, FREE (CHAIN C) AND BLOCKED (CHAIN D) HEAD HOMOLOGY MODEL OF HUMAN BETA CARDIAC HEAVY MEROMYOSIN INTERACTING-HEADS MOTIF ; 3 polymer nat 'Myosin regulatory light chain 2, ventricular/cardiac muscle isoform' 18813.273 2 ? ? ? ;MYOSIN 2 REGULATORY LIGHT CHAIN, VENTRICULAR CARDIAC MUSCLE, FREE (CHAIN E) AND BLOCKED (CHAIN F) HEAD HOMOLOGY MODEL OF HUMAN BETA CARDIAC HEAVY MEROMYOSIN INTERACTING-HEADS MOTIF ; # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Myosin heavy chain 7,Myosin heavy chain slow isoform,MyHC-slow,Myosin heavy chain,cardiac muscle beta isoform,MyHC-beta' 2 ;Cardiac myosin light chain 1,CMLC1,Myosin light chain 1,slow-twitch muscle B/ventricular isoform,MLC1SB,Ventricular myosin alkali light chain,Ventricular myosin light chain 1,VLCl,Ventricular/slow twitch myosin alkali light chain,MLC-lV/sb ; 3 ;MLC-2v,Cardiac myosin light chain 2,Myosin light chain 2,slow skeletal/ventricular muscle isoform,MLC-2s/v,Ventricular myosin light chain 2 ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MGDSEMAVFGAAAPYLRKSEKERLEAQTRPFDLKKDVFVPDDKQEFVKAKIVSREGGKVTAETEYGKTVTVKEDQVMQQN PPKFDKIEDMAMLTFLHEPAVLYNLKDRYGSWMIYTYSGLFCVTVNPYKWLPVYTPEVVAAYRGKKRSEAPPHIFSISDN AYQYMLTDRENQSILITGESGAGKTVNTKRVIQYFAVIAAIGDRSKKDQSPGKGTLEDQIIQANPALEAFGNAKTVRNDN SSRFGKFIRIHFGATGKLASADIETYLLEKSRVIFQLKAERDYHIFYQILSNKKPELLDMLLITNNPYDYAFISQGETTV ASIDDAEELMATDNAFDVLGFTSEEKNSMYKLTGAIMHFGNMKFKLKQREEQAEPDGTEEADKSAYLMGLNSADLLKGLC 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GERLTEDEVEKLMAGQEDSNGCINYEAFVKHIMSS ; C,D ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MAPKKAKKRAGGANSNVFSMFEQTQIQEFKEAFTIMDQNRDGFIDKNDLRDTFAALGRVNVKNEEIDEMIKEAPGPINFT VFLTMFGEKLKGADPEETILNAFKVFDPEGKGVLKADYVREMLTTQAERFSKEEVDQMFAAFPPDVTGNLDYKNLVHIIT HGEEKD ; ;MAPKKAKKRAGGANSNVFSMFEQTQIQEFKEAFTIMDQNRDGFIDKNDLRDTFAALGRVNVKNEEIDEMIKEAPGPINFT VFLTMFGEKLKGADPEETILNAFKVFDPEGKGVLKADYVREMLTTQAERFSKEEVDQMFAAFPPDVTGNLDYKNLVHIIT HGEEKD ; E,F ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 GLY n 1 3 ASP n 1 4 SER n 1 5 GLU n 1 6 MET n 1 7 ALA n 1 8 VAL n 1 9 PHE n 1 10 GLY n 1 11 ALA n 1 12 ALA n 1 13 ALA n 1 14 PRO n 1 15 TYR n 1 16 LEU n 1 17 ARG n 1 18 LYS n 1 19 SER n 1 20 GLU n 1 21 LYS n 1 22 GLU n 1 23 ARG n 1 24 LEU n 1 25 GLU n 1 26 ALA n 1 27 GLN n 1 28 THR n 1 29 ARG n 1 30 PRO n 1 31 PHE n 1 32 ASP n 1 33 LEU n 1 34 LYS n 1 35 LYS n 1 36 ASP n 1 37 VAL n 1 38 PHE n 1 39 VAL n 1 40 PRO n 1 41 ASP n 1 42 ASP n 1 43 LYS n 1 44 GLN n 1 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THR C 47 ASP C 62 1 ? 16 HELX_P HELX_P76 AI4 GLY C 74 ? LEU C 83 ? GLY C 74 LEU C 83 1 ? 10 HELX_P HELX_P77 AI5 THR C 88 ? LEU C 96 ? THR C 88 LEU C 96 1 ? 9 HELX_P HELX_P78 AI6 PHE C 111 ? ASN C 124 ? PHE C 111 ASN C 124 1 ? 14 HELX_P HELX_P79 AI7 THR C 129 ? ARG C 138 ? THR C 129 ARG C 138 1 ? 10 HELX_P HELX_P80 AI8 GLY C 150 ? LEU C 160 ? GLY C 150 LEU C 160 1 ? 11 HELX_P HELX_P81 AI9 THR C 165 ? MET C 173 ? THR C 165 MET C 173 1 ? 9 HELX_P HELX_P82 AJ1 TYR C 185 ? SER C 195 ? TYR C 185 SER C 195 1 ? 11 HELX_P HELX_P83 AJ2 THR D 47 ? ASP D 62 ? THR D 47 ASP D 62 1 ? 16 HELX_P HELX_P84 AJ3 GLN D 75 ? GLY D 84 ? GLN D 75 GLY D 84 1 ? 10 HELX_P HELX_P85 AJ4 THR D 88 ? VAL D 95 ? THR D 88 VAL D 95 1 ? 8 HELX_P HELX_P86 AJ5 ASP D 110 ? SER D 122 ? ASP D 110 SER D 122 1 ? 13 HELX_P HELX_P87 AJ6 TYR D 130 ? VAL D 139 ? TYR D 130 VAL D 139 1 ? 10 HELX_P HELX_P88 AJ7 GLY D 150 ? LEU D 160 ? GLY D 150 LEU D 160 1 ? 11 HELX_P HELX_P89 AJ8 THR D 165 ? MET D 173 ? THR D 165 MET D 173 1 ? 9 HELX_P HELX_P90 AJ9 TYR D 185 ? SER D 195 ? TYR D 185 SER D 195 1 ? 11 HELX_P HELX_P91 AK1 ALA E 32 ? ASP E 37 ? ALA E 32 ASP E 37 1 ? 6 HELX_P HELX_P92 AK2 ASP E 45 ? GLY E 57 ? ASP E 45 GLY E 57 1 ? 13 HELX_P HELX_P93 AK3 LYS E 62 ? ALA E 73 ? LYS E 62 ALA E 73 1 ? 12 HELX_P HELX_P94 AK4 ASN E 78 ? GLU E 88 ? ASN E 78 GLU E 88 1 ? 11 HELX_P HELX_P95 AK5 PRO E 95 ? ASN E 101 ? PRO E 95 ASN E 101 1 ? 7 HELX_P HELX_P96 AK6 PHE E 103 ? ASP E 107 ? PHE E 103 ASP E 107 5 ? 5 HELX_P HELX_P97 AK7 ALA E 116 ? THR E 124 ? ALA E 116 THR E 124 1 ? 9 HELX_P HELX_P98 AK8 SER E 131 ? ALA E 141 ? SER E 131 ALA E 141 1 ? 11 HELX_P HELX_P99 AK9 LEU E 150 ? ILE E 159 ? LEU E 150 ILE E 159 1 ? 10 HELX_P HELX_P100 AL1 GLN F 27 ? PHE F 33 ? GLN F 27 PHE F 33 1 ? 7 HELX_P HELX_P101 AL2 THR F 34 ? MET F 36 ? THR F 34 MET F 36 5 ? 3 HELX_P HELX_P102 AL3 ASP F 48 ? PHE F 53 ? ASP F 48 PHE F 53 1 ? 6 HELX_P HELX_P103 AL4 ALA F 54 ? LEU F 56 ? ALA F 54 LEU F 56 5 ? 3 HELX_P HELX_P104 AL5 LYS F 62 ? GLU F 64 ? LYS F 62 GLU F 64 5 ? 3 HELX_P HELX_P105 AL6 GLU F 65 ? ILE F 70 ? GLU F 65 ILE F 70 1 ? 6 HELX_P HELX_P106 AL7 ASN F 78 ? GLY F 92 ? ASN F 78 GLY F 92 1 ? 15 HELX_P HELX_P107 AL8 PRO F 95 ? LEU F 100 ? PRO F 95 LEU F 100 1 ? 6 HELX_P HELX_P108 AL9 LEU F 100 ? VAL F 105 ? LEU F 100 VAL F 105 1 ? 6 HELX_P HELX_P109 AM1 LYS F 115 ? GLN F 126 ? LYS F 115 GLN F 126 1 ? 12 HELX_P HELX_P110 AM2 SER F 131 ? PHE F 142 ? SER F 131 PHE F 142 1 ? 12 HELX_P HELX_P111 AM3 LEU F 150 ? HIS F 157 ? LEU F 150 HIS F 157 1 ? 8 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale1 covale none ? A GLN 454 CG ? ? ? 1_555 B TYR 410 CE2 ? ? A GLN 454 B TYR 410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.083 ? covale2 covale none ? A GLN 454 CD ? ? ? 1_555 B TYR 410 CE2 ? ? A GLN 454 B TYR 410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.604 ? covale3 covale none ? A ARG 723 NH2 ? ? ? 1_555 C ARG 138 NH2 ? ? A ARG 723 C ARG 138 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.188 ? covale4 covale none ? A HIS 760 CE1 ? ? ? 1_555 B ASP 376 CG ? ? A HIS 760 B ASP 376 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.200 ? covale5 covale none ? A HIS 760 CE1 ? ? ? 1_555 B ASP 376 OD2 ? ? A HIS 760 B ASP 376 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.254 ? covale6 covale none ? A HIS 760 CE1 ? ? ? 1_555 B ASP 376 CB ? ? A HIS 760 B ASP 376 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.582 ? covale7 covale none ? A ARG 787 NE ? ? ? 1_555 C THR 127 O ? ? A ARG 787 C THR 127 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.257 ? covale8 covale one ? A ARG 787 CZ ? ? ? 1_555 C GLY 128 N ? ? A ARG 787 C GLY 128 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.472 ? covale9 covale one ? A ARG 787 CZ ? ? ? 1_555 C THR 127 C ? ? A ARG 787 C THR 127 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.396 ? covale10 covale none ? A ILE 788 CD1 ? ? ? 1_555 C PHE 133 CD1 ? ? A ILE 788 C PHE 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.643 ? covale11 covale none ? A LYS 803 CD ? ? ? 1_555 E PRO 108 CB ? ? A LYS 803 E PRO 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.414 ? covale12 covale none ? A LYS 803 CD ? ? ? 1_555 E PRO 108 CD ? ? A LYS 803 E PRO 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.480 ? covale13 covale none ? A LYS 803 CD ? ? ? 1_555 E PRO 108 CA ? ? A LYS 803 E PRO 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.093 ? covale14 covale one ? A LYS 803 CE ? ? ? 1_555 E PRO 108 C ? ? A LYS 803 E PRO 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.416 ? covale15 covale none ? A LYS 803 CE ? ? ? 1_555 E PRO 108 CB ? ? A LYS 803 E PRO 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.149 ? covale16 covale none ? A LYS 803 NZ ? ? ? 1_555 E PRO 108 CB ? ? A LYS 803 E PRO 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.297 ? covale17 covale none ? A ILE 818 CD1 ? ? ? 1_555 E PHE 130 CE2 ? ? A ILE 818 E PHE 130 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.644 ? covale18 covale none ? A PHE 834 CD2 ? ? ? 1_555 E GLY 162 O ? ? A PHE 834 E GLY 162 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? covale19 covale none ? A ILE 836 CD1 ? ? ? 1_555 E LEU 56 CD2 ? ? A ILE 836 E LEU 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.493 ? covale20 covale none ? A ARG 845 CD ? ? ? 1_555 B ARG 845 NH1 ? ? A ARG 845 B ARG 845 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.387 ? covale21 covale none ? A ARG 845 CZ ? ? ? 1_555 B ARG 845 NE ? ? A ARG 845 B ARG 845 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.465 ? covale22 covale none ? A ARG 845 CZ ? ? ? 1_555 F GLN 23 CD ? ? A ARG 845 F GLN 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.573 ? covale23 covale none ? A ARG 845 NH1 ? ? ? 1_555 F GLN 23 OE1 ? ? A ARG 845 F GLN 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.395 ? covale24 covale none ? A MET 877 CG ? ? ? 1_555 B MET 877 CE ? ? A MET 877 B MET 877 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.643 ? covale25 covale none ? A LEU 908 CD2 ? ? ? 1_555 B LEU 908 CD1 ? ? A LEU 908 B LEU 908 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.573 ? covale26 covale one ? B GLU 732 N ? ? ? 1_555 D GLU 135 OE1 ? ? B GLU 732 D GLU 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.485 ? covale27 covale none ? B GLU 732 CA ? ? ? 1_555 D GLU 135 CB ? ? B GLU 732 D GLU 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.574 ? covale28 covale one ? B GLU 732 C ? ? ? 1_555 D GLU 135 CD ? ? B GLU 732 D GLU 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.516 ? covale29 covale one ? B GLU 732 C ? ? ? 1_555 D GLU 135 CB ? ? B GLU 732 D GLU 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale30 covale none ? B GLU 732 CB ? ? ? 1_555 D GLU 135 CB ? ? B GLU 732 D GLU 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.577 ? covale31 covale one ? B GLY 733 N ? ? ? 1_555 D GLU 135 CG ? ? B GLY 733 D GLU 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.317 ? covale32 covale one ? B ARG 787 NH2 ? ? ? 1_555 D THR 127 C ? ? B ARG 787 D THR 127 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.471 ? covale33 covale none ? B LEU 811 CG ? ? ? 1_555 D PRO 65 CA ? ? B LEU 811 D PRO 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? covale34 covale none ? B LEU 811 CD2 ? ? ? 1_555 D THR 64 O ? ? B LEU 811 D THR 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.503 ? covale35 covale none ? B VAL 824 O ? ? ? 1_555 F ARG 58 NH2 ? ? B VAL 824 F ARG 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.390 ? covale36 covale one ? B LYS 825 C ? ? ? 1_555 F ARG 58 CZ ? ? B LYS 825 F ARG 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.608 ? covale37 covale none ? B LYS 825 O ? ? ? 1_555 F ARG 58 NE ? ? B LYS 825 F ARG 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.254 ? covale38 covale none ? B LYS 825 O ? ? ? 1_555 F ARG 58 CZ ? ? B LYS 825 F ARG 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.539 ? covale39 covale one ? B ASN 826 N ? ? ? 1_555 F ARG 58 NE ? ? B ASN 826 F ARG 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.229 ? covale40 covale none ? B ASN 826 CA ? ? ? 1_555 F ARG 58 NE ? ? B ASN 826 F ARG 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.592 ? covale41 covale none ? B PHE 834 CZ ? ? ? 1_555 F GLU 164 CB ? ? B PHE 834 F GLU 164 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.317 ? # _struct_conn_type.id covale _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLN 209 A . ? GLN 209 A SER 210 A ? SER 210 A 1 -0.56 2 SER 271 A . ? SER 271 A ARG 272 A ? ARG 272 A 1 -3.58 3 GLY 316 A . ? GLY 316 A GLU 317 A ? GLU 317 A 1 9.52 4 LYS 363 A . ? LYS 363 A PHE 364 A ? PHE 364 A 1 -4.43 5 LEU 366 A . ? LEU 366 A LYS 367 A ? LYS 367 A 1 -10.42 6 GLU 370 A . ? GLU 370 A GLU 371 A ? GLU 371 A 1 -6.53 7 GLY 425 A . ? GLY 425 A ALA 426 A ? ALA 426 A 1 1.00 8 GLN 454 A . ? GLN 454 A TYR 455 A ? TYR 455 A 1 -3.01 9 PHE 735 A . ? PHE 735 A ILE 736 A ? ILE 736 A 1 20.59 10 ILE 784 A . ? ILE 784 A ILE 785 A ? ILE 785 A 1 -10.44 11 LEU 33 B . ? LEU 33 B LYS 34 B ? LYS 34 B 1 -11.08 12 LYS 213 B . ? LYS 213 B GLY 214 B ? GLY 214 B 1 6.85 13 MET 531 B . ? MET 531 B SER 532 B ? SER 532 B 1 3.56 14 LYS 635 B . ? LYS 635 B GLY 636 B ? GLY 636 B 1 1.42 15 ALA 638 B . ? ALA 638 B LYS 639 B ? LYS 639 B 1 1.36 16 LYS 639 B . ? LYS 639 B LYS 640 B ? LYS 640 B 1 -3.83 17 CYS 67 C . ? CYS 67 C GLU 68 C ? GLU 68 C 1 -3.30 18 GLY 175 C . ? GLY 175 C GLN 176 C ? GLN 176 C 1 -2.88 19 GLY 175 D . ? GLY 175 D GLN 176 D ? GLN 176 D 1 1.72 20 ASN 180 D . ? ASN 180 D GLY 181 D ? GLY 181 D 1 1.25 21 GLU 109 E . ? GLU 109 E GLY 110 E ? GLY 110 E 1 -1.04 22 GLU 164 E . ? GLU 164 E LYS 165 E ? LYS 165 E 1 8.87 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 7 ? AA3 ? 7 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 3 ? AA6 ? 3 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 7 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 3 ? AB3 ? 3 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? parallel AA2 3 4 ? parallel AA2 4 5 ? parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA2 6 7 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? parallel AA3 3 4 ? parallel AA3 4 5 ? parallel AA3 5 6 ? anti-parallel AA3 6 7 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? parallel AA8 3 4 ? parallel AA8 4 5 ? parallel AA8 5 6 ? anti-parallel AA8 6 7 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 THR A 68 ? 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_pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Database references' 3 4 'Structure model' 'Author supporting evidence' 4 5 'Structure model' 'Derived calculations' 5 6 'Structure model' 'Data collection' 6 7 'Structure model' 'Data collection' 7 7 'Structure model' 'Refinement description' 8 8 'Structure model' 'Author supporting evidence' 9 9 'Structure model' 'Author supporting evidence' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author 3 3 'Structure model' pdbx_related_exp_data_set 4 4 'Structure model' pdbx_audit_support 5 5 'Structure model' pdbx_struct_assembly 6 6 'Structure model' em_software 7 7 'Structure model' refine 8 8 'Structure model' pdbx_audit_support 9 9 'Structure model' pdbx_audit_support # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.country' 2 2 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 3 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 4 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 5 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 6 2 'Structure model' '_citation.title' 7 2 'Structure model' '_citation_author.name' 8 4 'Structure model' '_pdbx_audit_support.funding_organization' 9 5 'Structure model' '_pdbx_struct_assembly.details' 10 5 'Structure model' '_pdbx_struct_assembly.method_details' 11 6 'Structure model' '_em_software.name' 12 7 'Structure model' '_refine.pdbx_refine_id' 13 8 'Structure model' '_pdbx_audit_support.funding_organization' 14 9 'Structure model' '_pdbx_audit_support.funding_organization' # _pdbx_database_remark.id 0 _pdbx_database_remark.text ;This entry reflects an alternative modeling of the original data in 3JBH, determined by ALAMO, L., QI, D., WRIGGERS, W., PINTO, A., ZHU, J., BILBAO, A., GILLILAN, R.E., HU, S., PADRON, R. ; # _em_3d_fitting.entry_id 5TBY _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria 'CORRELATION COEFFICIENT' _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 1 1 ? A 1-962 3JBH 1 2 ? B 1-962 3JBH 1 3 ? C 1-156 3JBH 1 4 ? D 1-156 3JBH 1 5 ? E 1-196 3JBH 1 6 ? F 1-196 3JBH # _em_3d_reconstruction.entry_id 5TBY _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm 'BACK PROJECTION' _em_3d_reconstruction.details ;For projection matching, giving a total of 4,095 projections (13 tilted projections plus-minus 12 deg. every 2deg., 45 reference rotated projections (0-90 degrees, 2deg. rotation angle), and 7 image axial shifts of 2.2 nm. The resulting 3D-map combines about 10,700 out of 15,504 filament segments, a yield of 69 percent of included segments. There are 4 helices of myosin heads, rotated 30 degrees, every 145 Angstroms. The filament segments were selected based on visual judgement of good helical order. ; _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages 4095 _em_3d_reconstruction.num_particles 10700 _em_3d_reconstruction.resolution 20 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.5 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.0 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ;THE ATOMIC MODEL CONSIST OF ONE INTERACTING-HEADS MOTIF, FORMED BY TWO HEAVY MEROMYOSIN (S1 MYOSIN HEAD WITH A SEGMENT OF S2 AND ESSENTIAL AND REGULATORY LIGHT CHAINS) SO CALLED BLOCKED AND FREE HEADS, THE HOMOLOGY MODEL IS BASED ON TARANTULA STRIATED MUSCLE MODEL STRUCTURE 3JBH. THIS MODEL WAS RIGIDLY DOCKED TO A TARANTULA 3D MAP (EMD-1950) AND ALSO AGAINST HUMAN BETA-CARDIAC NEGATIVELY STAINED THICK FILAMENT 2.8 NM RESOLUTION 3D-RECONSTRUCTION (EMD-2240) ; _em_entity_assembly.name 'MYOSIN THICK FILAMENTS TARANTULA STRIATED MUSCLE' _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type TISSUE _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 5TBY _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height 250 _em_image_scans.dimension_width 250 _em_image_scans.frames_per_image ? _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size 8.47 _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 5TBY _em_imaging.accelerating_voltage 120 _em_imaging.alignment_procedure BASIC _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max 1950 _em_imaging.calibrated_defocus_min 1950 _em_imaging.calibrated_magnification 35000 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ;Holey carbon grids Cryopreserved in Liquid ethane were observed in a Philips CM120 electron microscope under low dose conditions. Only filaments on thin carbon over holes were photographed ; _em_imaging.electron_source LAB6 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI/PHILIPS CM120T' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.0 _em_imaging.nominal_defocus_max 1950 _em_imaging.nominal_defocus_min 1950 _em_imaging.nominal_magnification 35000 _em_imaging.recording_temperature_maximum 90 _em_imaging.recording_temperature_minimum 88 _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'GATAN LIQUID NITROGEN' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details 'Holey carbon grids had been rendered hydrophilic by glow discharge in n-amylamine vapor for 3 minutes before use.' _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 400 _em_sample_support.grid_type Quantifoil _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 296 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ;PLUNGING IN A LIQUID ETHANE COOLED BY LIQUID NITROGEN. BLOTTING WAS PERFORMED FROM ONE SIDE OF THE GRID TILL A THIN SAMPLE FILM ON IT USING WHATMAN NO. 42 FILTER PAPER, THEN THE GRID WAS IMMEDIATELY PLUNGED UNDER GRAVITY INTO LIQUID ETHANE COOLED BY LIQUID NITROGEN. GRIDS WERE STORED UNDER LIQUID NITROGEN. ; _em_vitrification.humidity 80 _em_vitrification.instrument 'HOMEMADE PLUNGER' _em_vitrification.entry_id 5TBY _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 5TBY _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state FILAMENT _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 5TBY _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C4 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 NH2 B ARG 787 ? ? O D THR 127 ? ? 0.45 2 1 C B GLU 732 ? ? CG D GLU 135 ? ? 0.60 3 1 O B GLU 732 ? ? CD D GLU 135 ? ? 0.70 4 1 NH2 A ARG 787 ? ? N C GLY 128 ? ? 0.72 5 1 CE1 B PHE 834 ? ? CB F GLU 164 ? ? 0.72 6 1 CG A LEU 908 ? ? CD2 B LEU 908 ? ? 0.80 7 1 NH1 A ARG 845 ? ? CD F GLN 23 ? ? 0.82 8 1 NE A ARG 845 ? ? NE B ARG 845 ? ? 0.82 9 1 CD1 A LEU 908 ? ? CD2 B LEU 908 ? ? 0.88 10 1 NE2 A HIS 760 ? ? OD2 B ASP 376 ? ? 0.89 11 1 CD2 A LEU 859 ? ? CG B LEU 859 ? ? 0.90 12 1 CE A LYS 803 ? ? CA E PRO 108 ? ? 0.90 13 1 CD2 A LEU 859 ? ? CD2 B LEU 859 ? ? 0.91 14 1 CG A LEU 859 ? ? CD2 B LEU 859 ? ? 0.95 15 1 CD2 B LEU 811 ? ? C D THR 64 ? ? 0.99 16 1 O B GLU 732 ? ? CG D GLU 135 ? ? 1.00 17 1 CD1 A LEU 714 ? ? CB B LEU 396 ? ? 1.00 18 1 CD2 A LEU 908 ? ? CG B LEU 908 ? ? 1.01 19 1 CZ B ARG 787 ? ? O D THR 127 ? ? 1.03 20 1 CD A LYS 803 ? ? N E PRO 108 ? ? 1.04 21 1 CD2 B LEU 811 ? ? N D PRO 65 ? ? 1.09 22 1 NH1 A ARG 845 ? ? CG F GLN 23 ? ? 1.09 23 1 NE A ARG 845 ? ? CZ B ARG 845 ? ? 1.11 24 1 NH2 A ARG 787 ? ? C C THR 127 ? ? 1.12 25 1 C B LYS 825 ? ? NE F ARG 58 ? ? 1.13 26 1 O B GLU 732 ? ? OE2 D GLU 135 ? ? 1.53 27 1 CD A ARG 845 ? ? OE1 F GLN 23 ? ? 1.62 28 1 NE A ARG 787 ? ? C C THR 127 ? ? 1.62 29 1 CD2 A HIS 760 ? ? OD2 B ASP 376 ? ? 1.63 30 1 CZ A ARG 845 ? ? OE1 F GLN 23 ? ? 1.66 31 1 CD2 A LEU 908 ? ? CD2 B LEU 908 ? ? 1.66 32 1 CG A GLN 454 ? ? CD2 B TYR 410 ? ? 1.67 33 1 NE A ARG 845 ? ? OE1 F GLN 23 ? ? 1.68 34 1 NH1 B ARG 719 ? ? O D VAL 139 ? ? 1.70 35 1 CB A LEU 859 ? ? CD2 B LEU 859 ? ? 1.71 36 1 N B GLY 733 ? ? CB D GLU 135 ? ? 1.72 37 1 CD2 A LEU 859 ? ? CB B LEU 859 ? ? 1.72 38 1 OE1 A GLN 791 ? ? CZ C PHE 133 ? ? 1.73 39 1 CE1 A TYR 455 ? ? NH1 B ARG 403 ? ? 1.73 40 1 CD A ARG 845 ? ? CZ B ARG 845 ? ? 1.73 41 1 CG D PRO 65 ? ? OE1 F GLN 126 ? ? 1.73 42 1 CD A LYS 803 ? ? CG E PRO 108 ? ? 1.76 43 1 CD1 A ILE 788 ? ? CG C PHE 133 ? ? 1.76 44 1 CE1 B PHE 834 ? ? CG F GLU 164 ? ? 1.76 45 1 O B GLU 732 ? ? OE1 D GLU 135 ? ? 1.77 46 1 NH2 A ARG 787 ? ? CA C THR 127 ? ? 1.78 47 1 NE A ARG 845 ? ? CD B ARG 845 ? ? 1.79 48 1 N B GLY 733 ? ? NH2 D ARG 138 ? ? 1.79 49 1 NE2 A HIS 760 ? ? CG B ASP 376 ? ? 1.79 50 1 CE1 B PHE 834 ? ? CA F GLU 164 ? ? 1.80 51 1 O B LYS 825 ? ? CD F ARG 58 ? ? 1.80 52 1 CD2 B LEU 811 ? ? CA D PRO 65 ? ? 1.80 53 1 CE A MET 822 ? ? CE E MET 138 ? ? 1.82 54 1 CD B ARG 845 ? ? NE2 F GLN 23 ? ? 1.83 55 1 NH1 A ARG 845 ? ? CB F GLN 23 ? ? 1.85 56 1 NZ A LYS 803 ? ? CG E PRO 108 ? ? 1.85 57 1 NE2 B GLN 791 ? ? CE D MET 193 ? ? 1.86 58 1 NH2 A ARG 845 ? ? CB F GLN 23 ? ? 1.87 59 1 CD2 B LEU 804 ? ? CD D ARG 63 ? ? 1.88 60 1 CG A LEU 908 ? ? CG B LEU 908 ? ? 1.88 61 1 CG A LYS 803 ? ? CB E PRO 108 ? ? 1.93 62 1 CD B ARG 869 ? ? OE2 D GLU 177 ? ? 1.93 63 1 NH1 B ARG 787 ? ? O D THR 127 ? ? 1.94 64 1 CD1 A ILE 788 ? ? CE1 C PHE 133 ? ? 1.94 65 1 NE A ARG 845 ? ? NH1 B ARG 845 ? ? 1.94 66 1 OE1 A GLN 791 ? ? CE2 C PHE 133 ? ? 1.95 67 1 N B GLY 733 ? ? CA D GLU 135 ? ? 1.96 68 1 CB E LYS 8 ? ? O F ARG 58 ? ? 1.96 69 1 CD1 B LEU 811 ? ? CA D PRO 65 ? ? 1.96 70 1 O B GLY 733 ? ? NH1 D ARG 138 ? ? 1.97 71 1 CZ B ARG 787 ? ? C D THR 127 ? ? 1.97 72 1 OG A SER 810 ? ? O E ALA 102 ? ? 1.97 73 1 ND1 A HIS 760 ? ? OD2 B ASP 376 ? ? 1.97 74 1 NH2 A ARG 845 ? ? NE B ARG 845 ? ? 1.97 75 1 CB A LEU 908 ? ? CD2 B LEU 908 ? ? 1.98 76 1 N B TRP 827 ? ? NH1 F ARG 58 ? ? 1.98 77 1 NZ B LYS 803 ? ? O F ASP 107 ? ? 2.00 78 1 CG E LYS 8 ? ? O F ARG 58 ? ? 2.00 79 1 N B ASN 826 ? ? CZ F ARG 58 ? ? 2.01 80 1 CD B LYS 831 ? ? CG F GLU 163 ? ? 2.01 81 1 NE2 A GLN 791 ? ? CE C MET 193 ? ? 2.02 82 1 N B GLN 734 ? ? NH2 D ARG 138 ? ? 2.03 83 1 CD E LYS 8 ? ? O F ARG 58 ? ? 2.03 84 1 NH2 A ARG 787 ? ? N C THR 127 ? ? 2.03 85 1 CZ A ARG 787 ? ? O C THR 127 ? ? 2.03 86 1 C B LYS 825 ? ? NH2 F ARG 58 ? ? 2.03 87 1 NZ A LYS 853 ? ? NZ B LYS 841 ? ? 2.04 88 1 CG B LEU 811 ? ? N D PRO 65 ? ? 2.04 89 1 NH1 A ARG 845 ? ? NE2 F GLN 23 ? ? 2.05 90 1 OE1 A GLN 454 ? ? 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C LYS 14 1981 1 Y 1 C ALA 15 ? C ALA 15 1982 1 Y 1 C ALA 16 ? C ALA 16 1983 1 Y 1 C PRO 17 ? C PRO 17 1984 1 Y 1 C LYS 18 ? C LYS 18 1985 1 Y 1 C ALA 19 ? C ALA 19 1986 1 Y 1 C ALA 20 ? C ALA 20 1987 1 Y 1 C PRO 21 ? C PRO 21 1988 1 Y 1 C ALA 22 ? C ALA 22 1989 1 Y 1 C PRO 23 ? C PRO 23 1990 1 Y 1 C ALA 24 ? C ALA 24 1991 1 Y 1 C PRO 25 ? C PRO 25 1992 1 Y 1 C PRO 26 ? C PRO 26 1993 1 Y 1 C PRO 27 ? C PRO 27 1994 1 Y 1 C GLU 28 ? C GLU 28 1995 1 Y 1 C PRO 29 ? C PRO 29 1996 1 Y 1 C GLU 30 ? C GLU 30 1997 1 Y 1 C ARG 31 ? C ARG 31 1998 1 Y 1 C PRO 32 ? C PRO 32 1999 1 Y 1 C LYS 33 ? C LYS 33 2000 1 Y 1 C GLU 34 ? C GLU 34 2001 1 Y 1 C VAL 35 ? C VAL 35 2002 1 Y 1 C GLU 36 ? C GLU 36 2003 1 Y 1 C PHE 37 ? C PHE 37 2004 1 Y 1 C ASP 38 ? C ASP 38 2005 1 Y 1 C ALA 39 ? C ALA 39 2006 1 Y 1 C SER 40 ? C SER 40 2007 1 Y 1 C LYS 41 ? C LYS 41 2008 1 Y 1 C ILE 42 ? C ILE 42 2009 1 Y 1 C LYS 43 ? C LYS 43 2010 1 Y 1 D MET 1 ? D MET 1 2011 1 Y 1 D ALA 2 ? D ALA 2 2012 1 Y 1 D PRO 3 ? D PRO 3 2013 1 Y 1 D LYS 4 ? D LYS 4 2014 1 Y 1 D LYS 5 ? D LYS 5 2015 1 Y 1 D PRO 6 ? D PRO 6 2016 1 Y 1 D GLU 7 ? D GLU 7 2017 1 Y 1 D PRO 8 ? D PRO 8 2018 1 Y 1 D LYS 9 ? D LYS 9 2019 1 Y 1 D LYS 10 ? D LYS 10 2020 1 Y 1 D ASP 11 ? D ASP 11 2021 1 Y 1 D ASP 12 ? D ASP 12 2022 1 Y 1 D ALA 13 ? D ALA 13 2023 1 Y 1 D LYS 14 ? D LYS 14 2024 1 Y 1 D ALA 15 ? D ALA 15 2025 1 Y 1 D ALA 16 ? D ALA 16 2026 1 Y 1 D PRO 17 ? D PRO 17 2027 1 Y 1 D LYS 18 ? D LYS 18 2028 1 Y 1 D ALA 19 ? D ALA 19 2029 1 Y 1 D ALA 20 ? D ALA 20 2030 1 Y 1 D PRO 21 ? D PRO 21 2031 1 Y 1 D ALA 22 ? D ALA 22 2032 1 Y 1 D PRO 23 ? D PRO 23 2033 1 Y 1 D ALA 24 ? D ALA 24 2034 1 Y 1 D PRO 25 ? D PRO 25 2035 1 Y 1 D PRO 26 ? D PRO 26 2036 1 Y 1 D PRO 27 ? D PRO 27 2037 1 Y 1 D GLU 28 ? D GLU 28 2038 1 Y 1 D PRO 29 ? D PRO 29 2039 1 Y 1 D GLU 30 ? D GLU 30 2040 1 Y 1 D ARG 31 ? D ARG 31 2041 1 Y 1 D PRO 32 ? D PRO 32 2042 1 Y 1 D LYS 33 ? D LYS 33 2043 1 Y 1 D GLU 34 ? D GLU 34 2044 1 Y 1 D VAL 35 ? D VAL 35 2045 1 Y 1 D GLU 36 ? D GLU 36 2046 1 Y 1 D PHE 37 ? D PHE 37 2047 1 Y 1 D ASP 38 ? D ASP 38 2048 1 Y 1 D ALA 39 ? D ALA 39 2049 1 Y 1 D SER 40 ? D SER 40 2050 1 Y 1 D LYS 41 ? D LYS 41 2051 1 Y 1 D ILE 42 ? D ILE 42 2052 1 Y 1 D LYS 43 ? D LYS 43 2053 1 Y 1 E MET 1 ? E MET 1 2054 1 Y 1 E ALA 2 ? E ALA 2 2055 1 Y 1 E PRO 3 ? E PRO 3 2056 1 Y 1 E LYS 4 ? E LYS 4 2057 1 Y 1 E LYS 5 ? E LYS 5 2058 1 Y 1 E ALA 6 ? E ALA 6 2059 1 Y 1 F MET 1 ? F MET 1 2060 1 Y 1 F ALA 2 ? F ALA 2 2061 1 Y 1 F PRO 3 ? F PRO 3 2062 1 Y 1 F LYS 4 ? F LYS 4 2063 1 Y 1 F LYS 5 ? F LYS 5 2064 1 Y 1 F ALA 6 ? F ALA 6 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 100 MM NaCl 'Sodium Chloride' 1 2 3 MM MgCl2 'Magnesium Chloride' 1 3 1 MM C14H24N2O10 'Triethylene glycol diamine tetraacetic acid (EGTA)' 1 4 5 MM C8H18N2O6S2 PIPES 1 5 5 MM NAH2PO4 'Sodium dihydrogen phosphate' 1 6 3 MM NAN3 'Sdium Azide' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type NONE _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location SARCOPLASM _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 6896 _em_entity_assembly_naturalsource.organ LEG _em_entity_assembly_naturalsource.organelle 'THICK FILAMENTS' _em_entity_assembly_naturalsource.organism Aphonopelma _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue MUSCLE # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ;Three-dimensional single particle reconstruction was carried out by a modification of the IHRSR method, using SPIDER. Low-dose electron micrographs of 1008 frozen-hydrated thick filaments halves where digitized at 0.248 nm per pixel using a Nikon Super Coolscan 8000 ED scanner. Filaments were aligned with the bare zone at the top, to ensure correct polarity in subsequent steps. ; # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 9 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ;Low-dose electron micrographs of 1008 frozen-hydrated thick filaments halves ere digitized at 0.248 nm per pixel using a Nikon Super Coolscan 8000 ED scanner. ; _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'KODAK SO-163 FILM' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images 500 # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ;A total of 15,504 segments, each 62 nm long, with an overlap of 55.8 nm, and containing aprox. 40,000 unique pairs of interacting myosin heads went into the reconstruction. ; _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 15504 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' HELIXBOXER EMAN 2 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ;THE "FIT IN MAP" TOOL WAS USED WITH DEFAULT OPTIONS ; 'UCSF Chimera' 10 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? 1 ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION 'modification of the IHRSR method' 'ITERATIVE HELICAL REAL SPACE RECONSTRUCTION (EGELMAN, 2000)' 'SPIDER 14' 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details 'A 6 ul aliquot of native purified tarantula thick filaments suspension (Hidalgo et al. 2001).' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Howard Hughes Medical Institute (HHMI)' 'United States' ? 1 'Leducq Foundation' France ? 2 'Wellcome Trust' 'United States' ? 3 'National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)' 'United States' NHLBI-HL084553 4 'National Science Foundation (NSF, United States)' 'United States' DMR-1332208 5 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' GM-103485 6 'Medical Research Council (MRC, United Kingdom)' 'United Kingdom' ? 7 #