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A GLN 583 . A GLN 6 A GLN 583 0 ? 1 2 0 E GLN 6 . E GLN 583 . E GLN 6 E GLN 583 0 ? 2 1 0 B ALA 9 . B THR 242 . B ALA 9 B THR 242 0 ? 2 2 0 F ALA 9 . F THR 242 . F ALA 9 F THR 242 0 ? 3 1 0 C ARG 12 . C ASP 189 . C ARG 12 C ASP 189 0 ? 3 2 0 G ARG 12 . G ASP 189 . G ARG 12 G ASP 189 0 ? 4 1 0 D ASN 18 . D THR 467 . D ASN 18 D THR 467 0 ? 4 2 0 H ASN 18 . H THR 467 . H ASN 18 H THR 467 0 ? # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details 1 ? 2 ? 3 ? 4 ? # _struct.entry_id 5XFA _struct.title 'Crystal structure of NAD+-reducing [NiFe]-hydrogenase in the H2-reduced state' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 5XFA _struct_keywords.text 'hydrogenase, Ni-Fe, Fe-S, OXIDOREDUCTASE' _struct_keywords.pdbx_keywords OXIDOREDUCTASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 5 ? K N N 5 ? L N N 6 ? M N N 5 ? N N N 7 ? O N N 8 ? P N N 9 ? Q N N 5 ? R N N 5 ? S N N 5 ? T N N 6 ? U N N 5 ? V N N 7 ? W N N 8 ? X N N 9 ? Y N N 10 ? Z N N 10 ? AA N N 10 ? BA N N 10 ? CA N N 10 ? DA N N 10 ? EA N N 10 ? 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C CYS 95 SG ? ? ? 1_555 M SF4 . FE1 ? ? C CYS 95 C SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? ? metalc20 metalc ? ? C CYS 159 SG ? ? ? 1_555 M SF4 . FE2 ? ? C CYS 159 C SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? ? metalc21 metalc ? ? D GLU 61 OE2 ? ? ? 1_555 P MG . MG ? ? D GLU 61 D MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? ? metalc22 metalc ? ? D CYS 80 SG ? ? ? 1_555 O NI . NI ? ? D CYS 80 D NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? ? metalc23 metalc ? ? D CYS 83 SG ? ? ? 1_555 N FCO . FE ? ? D CYS 83 D FCO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? ? metalc24 metalc ? ? D CYS 83 SG ? ? ? 1_555 O NI . NI ? ? D CYS 83 D NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? ? metalc25 metalc ? ? D LEU 416 O ? ? ? 1_555 P MG . MG ? ? D LEU 416 D MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.091 ? ? metalc26 metalc ? ? D CYS 462 SG ? ? ? 1_555 O NI . NI ? ? D CYS 462 D NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.340 ? ? metalc27 metalc ? ? D CYS 465 SG ? ? ? 1_555 N FCO . FE ? ? D CYS 465 D FCO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? ? metalc28 metalc ? ? D CYS 465 SG ? ? ? 1_555 O NI . NI ? ? D CYS 465 D NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? ? metalc29 metalc ? ? P MG . MG ? ? ? 1_555 BA HOH . O ? ? D MG 503 D HOH 623 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? ? metalc30 metalc ? ? P MG . MG ? ? ? 1_555 BA HOH . O ? ? D MG 503 D HOH 628 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? ? metalc31 metalc ? ? P MG . MG ? ? ? 1_555 BA HOH . O ? ? D MG 503 D HOH 629 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.110 ? ? metalc32 metalc ? ? E CYS 479 SG ? ? ? 1_555 Q SF4 . FE2 ? ? E CYS 479 E SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? ? metalc33 metalc ? ? E CYS 482 SG ? ? ? 1_555 Q SF4 . FE3 ? ? E CYS 482 E SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? ? metalc34 metalc ? ? E CYS 485 SG ? ? ? 1_555 Q SF4 . FE1 ? ? E CYS 485 E SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? ? metalc35 metalc ? ? E CYS 525 SG ? ? ? 1_555 Q SF4 . FE4 ? ? E CYS 525 E SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? ? metalc36 metalc ? ? F CYS 43 SG ? ? ? 1_555 T FES . FE1 ? ? F CYS 43 F FES 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? ? metalc37 metalc ? ? F CYS 54 SG ? ? ? 1_555 T FES . FE1 ? ? F CYS 54 F FES 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? ? metalc38 metalc ? ? F CYS 57 SG ? ? ? 1_555 T FES . FE2 ? ? F CYS 57 F FES 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? ? metalc39 metalc ? ? F CYS 69 SG ? ? ? 1_555 T FES . FE2 ? ? F CYS 69 F FES 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? ? metalc40 metalc ? ? F HIS 103 ND1 ? ? ? 1_555 R SF4 . FE4 ? ? F HIS 103 F SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? ? metalc41 metalc ? ? F CYS 105 SG ? ? ? 1_555 R SF4 . FE1 ? ? F CYS 105 F SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? ? metalc42 metalc ? ? F CYS 108 SG ? ? ? 1_555 R SF4 . FE2 ? ? F CYS 108 F SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? ? metalc43 metalc ? ? F CYS 114 SG ? ? ? 1_555 R SF4 . FE3 ? ? F CYS 114 F SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.260 ? ? metalc44 metalc ? ? F CYS 153 SG ? ? ? 1_555 S SF4 . FE1 ? ? F CYS 153 F SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? ? metalc45 metalc ? ? F CYS 156 SG ? ? ? 1_555 S SF4 . FE4 ? ? F CYS 156 F SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? ? metalc46 metalc ? ? F CYS 159 SG ? ? ? 1_555 S SF4 . FE2 ? ? F CYS 159 F SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.300 ? ? metalc47 metalc ? ? F CYS 206 SG ? ? ? 1_555 S SF4 . FE3 ? ? F CYS 206 F SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? ? metalc48 metalc ? ? G CYS 24 SG ? ? ? 1_555 U SF4 . FE3 ? ? G CYS 24 G SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? ? metalc49 metalc ? ? G CYS 27 SG ? ? ? 1_555 U SF4 . FE4 ? ? G CYS 27 G SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? ? metalc50 metalc ? ? G CYS 95 SG ? ? ? 1_555 U SF4 . FE1 ? ? G CYS 95 G SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? ? metalc51 metalc ? ? G CYS 159 SG ? ? ? 1_555 U SF4 . FE2 ? ? G CYS 159 G SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? ? metalc52 metalc ? ? U SF4 . FE4 ? ? ? 1_555 EA HOH . O ? ? G SF4 201 G HOH 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.740 ? ? metalc53 metalc ? ? H GLU 61 OE2 ? ? ? 1_555 X MG . MG ? ? H GLU 61 H MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? ? metalc54 metalc ? ? H CYS 80 SG ? ? ? 1_555 W NI . NI ? ? H CYS 80 H NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? ? metalc55 metalc ? ? H CYS 83 SG ? ? ? 1_555 V FCO . FE ? ? H CYS 83 H FCO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? ? metalc56 metalc ? ? H CYS 83 SG ? ? ? 1_555 W NI . NI ? ? H CYS 83 H NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? ? metalc57 metalc ? ? H LEU 416 O ? ? ? 1_555 X MG . MG ? ? H LEU 416 H MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? ? metalc58 metalc ? ? H CYS 462 SG ? ? ? 1_555 W NI . NI ? ? H CYS 462 H NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? ? metalc59 metalc ? ? H CYS 465 SG ? ? ? 1_555 V FCO . FE ? ? H CYS 465 H FCO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? ? metalc60 metalc ? ? H CYS 465 SG ? ? ? 1_555 W NI . NI ? ? H CYS 465 H NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? ? metalc61 metalc ? ? X MG . MG ? ? ? 1_555 FA HOH . O ? ? H MG 503 H HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? ? metalc62 metalc ? ? X MG . MG ? ? ? 1_555 FA HOH . O ? ? H MG 503 H HOH 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.103 ? ? metalc63 metalc ? ? X MG . MG ? ? ? 1_555 FA HOH . O ? ? H MG 503 H HOH 628 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.109 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ALA 116 A . ? ALA 116 A PRO 117 A ? PRO 117 A 1 0.77 2 ARG 336 A . ? ARG 336 A PRO 337 A ? PRO 337 A 1 4.72 3 PRO 337 A . ? PRO 337 A PRO 338 A ? PRO 338 A 1 5.15 4 ASP 562 A . ? ASP 562 A ALA 563 A ? ALA 563 A 1 -23.62 5 PRO 24 B . ? PRO 24 B GLY 25 B ? GLY 25 B 1 -13.20 6 ASN 62 B . ? ASN 62 B GLY 63 B ? GLY 63 B 1 -20.37 7 GLY 59 C . ? GLY 59 C GLU 60 C ? GLU 60 C 1 -8.60 8 CYS 159 C . ? CYS 159 C PRO 160 C ? PRO 160 C 1 1.78 9 ASP 26 D . ? ASP 26 D PRO 27 D ? PRO 27 D 1 2.39 10 ASP 250 D . ? ASP 250 D GLY 251 D ? GLY 251 D 1 -27.04 11 GLY 267 D . ? GLY 267 D ALA 268 D ? ALA 268 D 1 15.22 12 GLU 303 D . ? GLU 303 D PRO 304 D ? PRO 304 D 1 10.36 13 ASP 338 D . ? ASP 338 D GLN 339 D ? GLN 339 D 1 -16.24 14 VAL 442 D . ? VAL 442 D THR 443 D ? THR 443 D 1 12.38 15 ALA 116 E . ? ALA 116 E PRO 117 E ? PRO 117 E 1 -1.95 16 ARG 336 E . ? ARG 336 E PRO 337 E ? PRO 337 E 1 3.70 17 PRO 337 E . ? PRO 337 E PRO 338 E ? PRO 338 E 1 3.06 18 ASP 562 E . ? ASP 562 E ALA 563 E ? ALA 563 E 1 -23.82 19 PRO 24 F . ? PRO 24 F GLY 25 F ? GLY 25 F 1 -12.00 20 ASN 62 F . ? ASN 62 F GLY 63 F ? GLY 63 F 1 -21.07 21 GLY 59 G . ? GLY 59 G GLU 60 G ? GLU 60 G 1 -8.59 22 CYS 159 G . ? CYS 159 G PRO 160 G ? PRO 160 G 1 4.18 23 ASP 26 H . ? ASP 26 H PRO 27 H ? PRO 27 H 1 0.99 24 ASP 250 H . ? ASP 250 H GLY 251 H ? GLY 251 H 1 -27.62 25 GLY 267 H . ? GLY 267 H ALA 268 H ? ALA 268 H 1 14.75 26 GLU 303 H . ? GLU 303 H PRO 304 H ? PRO 304 H 1 7.73 27 ASP 338 H . ? ASP 338 H GLN 339 H ? GLN 339 H 1 -15.65 28 VAL 442 H . ? VAL 442 H THR 443 H ? THR 443 H 1 11.94 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 3 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 5 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 3 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 5 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 5 ? AC1 ? 3 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 5 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 3 ? AC8 ? 2 ? AC9 ? 4 ? AD1 ? 2 ? AD2 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? parallel AA2 3 4 ? parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? parallel AA8 2 3 ? parallel AA8 3 4 ? parallel AA8 4 5 ? parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB7 4 5 ? anti-parallel AB8 1 2 ? parallel AB8 2 3 ? parallel AB8 3 4 ? parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AB9 4 5 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC5 1 2 ? parallel AC5 2 3 ? parallel AC5 3 4 ? parallel AC5 4 5 ? parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 GLN A 95 ? 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D FCO 501 ? 1_555 C1 ? N FCO . ? D FCO 501 ? 1_555 146.7 ? 126 SG ? D CYS 83 ? D CYS 83 ? 1_555 FE ? N FCO . ? D FCO 501 ? 1_555 C2 ? N FCO . ? D FCO 501 ? 1_555 87.9 ? 127 C1 ? N FCO . ? D FCO 501 ? 1_555 FE ? N FCO . ? D FCO 501 ? 1_555 C2 ? N FCO . ? D FCO 501 ? 1_555 72.1 ? 128 SG ? D CYS 83 ? D CYS 83 ? 1_555 FE ? N FCO . ? D FCO 501 ? 1_555 C3 ? N FCO . ? D FCO 501 ? 1_555 110.4 ? 129 C1 ? N FCO . ? D FCO 501 ? 1_555 FE ? N FCO . ? D FCO 501 ? 1_555 C3 ? N FCO . ? D FCO 501 ? 1_555 97.7 ? 130 C2 ? N FCO . ? D FCO 501 ? 1_555 FE ? N FCO . ? D FCO 501 ? 1_555 C3 ? N FCO . ? D FCO 501 ? 1_555 94.3 ? 131 SG ? D CYS 83 ? D CYS 83 ? 1_555 FE ? N FCO . ? D FCO 501 ? 1_555 SG ? D CYS 465 ? D CYS 465 ? 1_555 90.5 ? 132 C1 ? N FCO . ? D FCO 501 ? 1_555 FE ? N FCO . ? D FCO 501 ? 1_555 SG ? D CYS 465 ? D CYS 465 ? 1_555 98.6 ? 133 C2 ? N FCO . ? D FCO 501 ? 1_555 FE ? N FCO . ? D FCO 501 ? 1_555 SG ? D CYS 465 ? D CYS 465 ? 1_555 158.5 ? 134 C3 ? N FCO . ? D FCO 501 ? 1_555 FE ? N FCO . ? 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