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'Refinement description' 3 3 'Structure model' 'Data collection' 4 3 'Structure model' Other # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' refine 2 3 'Structure model' atom_sites 3 3 'Structure model' cell # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 3 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]' 2 3 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]' 3 3 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]' 4 3 'Structure model' '_cell.Z_PDB' # _software.citation_id ? _software.classification refinement _software.compiler_name ? _software.compiler_version ? _software.contact_author ? _software.contact_author_email ? _software.date ? _software.description ? _software.dependencies ? _software.hardware ? _software.language ? _software.location ? _software.mods ? _software.name PHENIX _software.os ? _software.os_version ? _software.type ? _software.version dev_2247: _software.pdbx_ordinal 1 # _pdbx_entry_details.entry_id 5Y81 _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ;The authors know the sequence of the chain D but do not know how the coordinates align with the sequence. Therefore there are currently UNK (unknown residues) in this chain and the residue numbers in the coordinates are meaningless. The authors provide the sequence of the chain D as follows: MSSRPSSAVPNSASLSEDQSSDRSKFPKADDLIDERDRKLTELYCVSRLNQLLELTDENK LRKEIDAFLKKNDIRRGIRFDEASLPKLLHTAATPITKKKLKDVNLINVPNQRLSDSKMS RELPENSENVSVKSESHFVPSHDNSIRENMMDSLRPAEKTGGMWNKRPLESTMGGEEERH EKRQKMQSQSLESSNNSEMASLPISPRPPVPNALAHYTYYENIEYPPADPTEVQPAVKFK DPLIKNIMAKEIDTSDHYNENNVDALETVFLLMNDYIPSKIPQALPLAELKYMSQTLPLI NLIPRAHKALTTNIINNALNEARITVVGSRIEELRRLGLWSLRQPKRFIDPWKQHNTHQN ILLEEAKWMQADFKEGHKYKVAICTAMAQAIKDYWTYGEICCVKRKTLLPGKENKLSDDG RISEKSGRPSDTSRNDSDISIAGKDDIGIIANVDDITEKESAAANDNDENGKNEAGAKSD FDFADGLLSQEGAHDQIISSIDTKLLLKKPSSSSEVVLIQHEVAASSALIETEESKKELA PPFKLSIFVDELNTFEKTLIQDLPLYNGINEERPKKDDSLPFIPISKSVVSLDDNGFYKL LERQLIDEEPSISQLSKRRGMFYGNRRNHYLRPPAVPSLRYLQNRTPTIWLSEDDQELVK NINTYGYNWELISAHMTHRLTYSYLSNIERRTPWQCFERFVQLNERFNFSDLKGPRAHSA QQWLIEAHKFQQRQNRRISPLGVNTESIQRGHRRLRWASMFEAIRKCMKKRENTPRPNPT QPRKPLDCKNMKVPTPAEMSLLKAQRDEALRRDIQLRRTVKNRLQQRQQQSQQAHSSRAQ SPIPSNGKSSSNLARNGQASAPRPNQKQYTEQDIIESYSRKLLEQKPDIGPEMALKAAKN YYRTLREQQQQLKQHQIQQQRQQLQEESSHVQQLQQLQPGSQAPPPKSSPSQSSLSNISN INSAPRIKSPTPQEILQRFQKQ ; _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 5Y81 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 63197 _em_3d_reconstruction.resolution 4.7 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 8.0 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.name 'NuA4 TEEAA sub-complex' _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 5Y81 _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_max ? _em_imaging.nominal_defocus_min ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.instrument ? _em_vitrification.entry_id 5Y81 _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 5Y81 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 O F HIS 444 ? ? 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? -158.07 51.89 200 1 UNK D 88 ? ? -142.27 -157.61 201 1 UNK D 93 ? ? -37.69 136.34 202 1 UNK D 95 ? ? 60.84 78.23 203 1 UNK D 96 ? ? 69.71 70.20 204 1 UNK D 98 ? ? 63.24 64.37 205 1 UNK D 150 ? ? -77.06 -165.04 206 1 UNK D 181 ? ? 63.47 -15.62 207 1 UNK D 182 ? ? -162.33 93.64 208 1 UNK D 185 ? ? 47.25 24.67 209 1 UNK D 193 ? ? -162.36 -163.29 210 1 UNK D 194 ? ? 62.08 64.55 211 1 UNK D 195 ? ? -116.75 -168.42 212 1 UNK D 197 ? ? -128.40 -59.29 213 1 UNK D 198 ? ? -170.21 -162.90 214 1 UNK D 199 ? ? -150.38 -153.29 215 1 UNK D 200 ? ? -71.87 -157.24 216 1 UNK D 201 ? ? 79.08 51.09 217 1 UNK D 206 ? ? -48.04 -70.00 218 1 UNK D 209 ? ? 60.55 66.50 219 1 UNK D 216 ? ? 81.84 17.65 220 1 UNK D 217 ? ? -160.39 -115.73 221 1 UNK D 218 ? ? -94.25 -154.37 222 1 UNK D 219 ? ? 60.32 91.99 223 1 UNK D 220 ? ? -78.65 -95.67 224 1 UNK D 223 ? ? -141.29 44.12 225 1 UNK D 225 ? ? -120.39 -58.33 226 1 UNK D 226 ? ? 34.63 59.35 227 1 UNK D 227 ? ? -76.95 -160.57 228 1 UNK D 228 ? ? -69.86 -144.40 229 1 UNK D 275 ? ? 68.94 -5.14 230 1 UNK D 298 ? ? -99.48 36.28 231 1 UNK D 299 ? ? -38.25 134.89 232 1 UNK D 304 ? ? 35.90 48.46 233 1 UNK D 324 ? ? -98.79 31.30 234 1 UNK D 325 ? ? -54.51 91.04 235 1 UNK D 327 ? ? -159.45 80.74 236 1 UNK D 328 ? ? -161.33 108.34 237 1 UNK D 373 ? ? -162.42 -161.15 238 1 UNK D 376 ? ? -49.91 157.03 239 1 UNK D 379 ? ? -119.60 -162.90 240 1 UNK D 380 ? ? 67.69 84.84 241 1 UNK D 381 ? ? 75.80 73.09 242 1 UNK D 384 ? ? -164.16 -156.99 243 1 UNK D 385 ? ? -57.48 98.64 244 1 UNK D 397 ? ? 63.24 69.54 245 1 UNK D 401 ? ? -101.49 -169.83 246 1 UNK D 402 ? ? -82.20 -152.99 247 1 UNK D 408 ? ? -57.98 104.96 248 1 UNK D 409 ? ? -75.82 -139.47 249 1 UNK D 410 ? ? 58.59 87.38 250 1 UNK D 411 ? ? 7.72 97.43 251 1 UNK D 412 ? ? -35.23 95.09 252 1 UNK D 413 ? ? 15.59 56.62 253 1 UNK D 416 ? ? -148.27 36.30 254 1 UNK D 418 ? ? -120.96 -60.48 255 1 UNK D 421 ? ? -59.98 -2.09 256 1 UNK D 435 ? ? -114.37 -168.62 257 1 UNK D 436 ? ? -77.89 -162.96 258 1 UNK D 452 ? ? 55.55 16.99 259 1 LYS H 123 ? ? -120.21 -52.52 260 1 ILE H 129 ? ? 50.97 -134.11 261 1 MET H 131 ? ? -166.69 -37.32 262 1 MET H 132 ? ? 51.62 -97.95 263 1 LEU A 137 ? ? -161.66 -75.76 264 1 ASP A 138 ? ? 14.58 -55.92 265 1 ARG A 215 ? ? 49.44 -134.45 266 1 SER A 216 ? ? -159.23 -143.48 267 1 SER A 217 ? ? -151.43 -20.86 268 1 MET A 218 ? ? -18.46 -48.66 269 1 MET A 231 ? ? -179.01 28.68 270 1 GLN A 240 ? ? -25.42 -13.96 271 1 SER A 245 ? ? -36.41 -146.86 272 1 LEU A 246 ? ? 71.35 135.40 273 1 SER A 303 ? ? -52.41 48.89 274 1 PHE A 304 ? ? -149.14 -46.12 275 1 ASN A 323 ? ? -147.18 -49.38 276 1 ILE A 411 ? ? -38.23 -11.52 277 1 GLU A 425 ? ? -17.75 -25.98 278 1 SER A 426 ? ? 80.64 -82.75 279 1 LEU A 427 ? ? 49.22 -120.44 280 1 ALA A 428 ? ? -159.65 -145.02 281 1 LEU A 429 ? ? 51.31 -142.89 282 1 VAL A 431 ? ? 2.69 -49.57 283 1 GLU A 516 ? ? -100.52 -98.71 284 1 PHE A 517 ? ? -10.49 -46.13 285 1 ASN A 565 ? ? -161.29 -165.96 286 1 ALA A 567 ? ? -68.70 13.03 287 1 ILE A 569 ? ? -140.23 45.86 288 1 LEU A 637 ? ? -48.11 -73.85 289 1 PHE A 647 ? ? -99.20 30.23 290 1 LYS A 749 ? ? -57.27 -5.74 291 1 LEU A 793 ? ? -105.72 -62.19 292 1 ILE A 812 ? ? -69.99 6.78 293 1 VAL A 867 ? ? -102.56 -63.49 294 1 ARG A 868 ? ? 178.76 177.96 295 1 VAL A 884 ? ? -100.33 -60.19 296 1 GLN A 889 ? ? -159.51 -102.71 297 1 PRO A 891 ? ? -48.62 -12.15 298 1 ASN A 907 ? ? -141.01 -81.02 299 1 VAL A 924 ? ? -60.20 -91.64 300 1 SER A 925 ? ? 32.78 -123.10 301 1 GLN A 958 ? ? 5.36 45.29 302 1 PHE A 959 ? ? -56.02 90.65 303 1 PRO A 963 ? ? 54.17 -62.59 304 1 THR A 964 ? ? 61.18 -162.34 305 1 ASP A 965 ? ? 59.54 -163.52 306 1 LEU A 966 ? ? -164.20 -147.80 307 1 THR A 967 ? ? -173.55 45.23 308 1 GLU A 968 ? ? -33.98 172.55 309 1 THR A 970 ? ? 13.37 -73.44 310 1 LEU A 972 ? ? -100.57 52.85 311 1 ASP A 973 ? ? -44.19 -95.79 312 1 ALA A 976 ? ? 50.21 -85.43 313 1 ILE A 977 ? ? 125.15 -137.84 314 1 ALA A 978 ? ? -156.94 -97.83 315 1 ASP A 979 ? ? -33.79 128.84 316 1 PHE A 980 ? ? -166.24 -101.96 317 1 ILE A 982 ? ? -105.86 -157.16 318 1 ASN A 983 ? ? 66.59 -89.52 319 1 PRO A 986 ? ? -92.05 -146.35 320 1 GLU A 987 ? ? -124.66 -50.93 321 1 LEU A 991 ? ? -161.45 -4.89 322 1 VAL A 993 ? ? -64.80 86.21 323 1 THR A 994 ? ? -166.36 -11.98 324 1 PRO A 995 ? ? -43.02 93.10 325 1 ILE A 997 ? ? 44.71 -55.65 326 1 SER A 1006 ? ? 26.91 51.62 327 1 ILE A 1011 ? ? 49.43 -88.57 328 1 TYR A 1013 ? ? -53.36 -8.26 329 1 ALA A 1033 ? ? 114.44 -11.76 330 1 GLU A 1034 ? ? 60.02 -162.70 331 1 PHE A 1035 ? ? -160.36 -12.83 332 1 PRO A 1036 ? ? -50.20 103.18 333 1 THR A 1037 ? ? -48.97 -3.18 334 1 TYR A 1039 ? ? -29.51 -56.82 335 1 LYS A 1051 ? ? -88.06 -125.17 336 1 LEU A 1052 ? ? 49.62 -136.66 337 1 ILE A 1055 ? ? -35.35 129.78 338 1 ASN A 1060 ? ? 49.59 -105.06 339 1 GLU A 1064 ? ? -52.79 105.04 340 1 VAL A 1067 ? ? -104.40 -144.97 341 1 LYS A 1069 ? ? -53.46 63.97 342 1 ARG A 1070 ? ? -18.78 -64.37 343 1 THR A 1090 ? ? -58.43 -72.77 344 1 SER A 1091 ? ? -48.53 1.75 345 1 GLU A 1094 ? ? -39.56 43.33 346 1 LEU A 1095 ? ? -83.58 -118.18 347 1 LYS A 1096 ? ? -160.46 -61.24 348 1 ASP A 1098 ? ? -11.61 -45.08 349 1 ASN A 1104 ? ? -65.12 38.25 350 1 ASN A 1105 ? ? -164.39 -46.12 351 1 LEU A 1153 ? ? -48.80 40.30 352 1 SER A 1154 ? ? -157.34 -14.91 353 1 TYR A 1156 ? ? 49.09 -132.28 354 1 PRO A 1158 ? ? 53.78 -49.33 355 1 TYR A 1202 ? ? -81.81 31.52 356 1 ASP A 1203 ? ? -86.33 -116.35 357 1 GLU A 1204 ? ? -81.58 -116.11 358 1 TYR A 1206 ? ? 60.37 -176.63 359 1 TYR A 1207 ? ? 48.77 -94.15 360 1 VAL A 1223 ? ? -33.96 -93.05 361 1 SER A 1225 ? ? -168.80 -21.82 362 1 SER A 1226 ? ? -90.47 58.70 363 1 PHE A 1229 ? ? 49.69 -89.51 364 1 THR A 1248 ? ? 97.60 -15.61 365 1 GLN A 1249 ? ? 53.02 -146.67 366 1 SER A 1250 ? ? -58.02 43.67 367 1 VAL A 1293 ? ? -48.37 28.45 368 1 GLU A 1295 ? ? -55.49 93.20 369 1 LEU A 1296 ? ? -160.93 -31.18 370 1 SER A 1297 ? ? -83.57 -156.14 371 1 PRO A 1301 ? ? -41.30 29.28 372 1 LYS A 1302 ? ? -169.09 -54.20 373 1 PRO A 1346 ? ? 42.39 -98.79 374 1 PHE A 1347 ? ? -128.91 -54.03 375 1 LEU A 1361 ? ? -120.37 -59.39 376 1 SER A 1362 ? ? -47.50 67.63 377 1 LEU A 1363 ? 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