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P03689 1 ? 107 ? 1 107 16 3 6BBM Z 108 ? 233 ? 6BBM 108 ? 233 ? 108 233 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details undecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 11 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 'mass spectrometry' ;Native mass spectrometry of DnaB-LambdaP complexes point to a physiological stoichiometry of DnaB6-LambdaP5, which agrees with the data derived from our cryoEM map. ; 2 1 'mass spectrometry' ;Native mass spectrometry of DnaB-LambdaP in the presence of origin-derived single stranded DNA reveals a single DnaB6-LambdaP5-ssDNA complex, supporting this is the physiologically relevant stoichiometry. ; 3 1 cross-linking ;Cross-linking mass spectrometry experiments validated that the C-terminus of Lambda P interacts with DnaB. This finding was also supplemented with binding studies. ; # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ILE A 31 ? 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ALA B 130 ILE B 142 1 ? 13 HELX_P HELX_P30 AD3 THR B 153 ? PHE B 166 ? THR B 153 PHE B 166 1 ? 14 HELX_P HELX_P31 AD4 ALA B 183 ? ALA B 191 ? ALA B 183 ALA B 191 1 ? 9 HELX_P HELX_P32 AD5 ASP B 213 ? LYS B 217 ? ASP B 213 LYS B 217 5 ? 5 HELX_P HELX_P33 AD6 GLY B 236 ? ALA B 249 ? GLY B 236 ALA B 249 1 ? 14 HELX_P HELX_P34 AD7 ILE B 268 ? SER B 275 ? ILE B 268 SER B 275 1 ? 8 HELX_P HELX_P35 AD8 ASP B 280 ? ILE B 284 ? ASP B 280 ILE B 284 5 ? 5 HELX_P HELX_P36 AD9 ASP B 293 ? THR B 300 ? ASP B 293 THR B 300 1 ? 8 HELX_P HELX_P37 AE1 MET B 301 ? LEU B 305 ? MET B 301 LEU B 305 5 ? 5 HELX_P HELX_P38 AE2 THR B 321 ? HIS B 334 ? THR B 321 HIS B 334 1 ? 14 HELX_P HELX_P39 AE3 LEU B 345 ? MET B 348 ? LEU B 345 MET B 348 5 ? 4 HELX_P HELX_P40 AE4 ARG B 357 ? LEU B 375 ? ARG B 357 LEU B 375 1 ? 19 HELX_P HELX_P41 AE5 ARG B 387 ? ARG B 392 ? ARG B 387 ARG B 392 5 ? 6 HELX_P HELX_P42 AE6 ILE B 408 ? ALA B 412 ? ILE B 408 ALA B 412 5 ? 5 HELX_P HELX_P43 AE7 ILE C 31 ? ASP C 44 ? ILE C 31 ASP C 44 1 ? 14 HELX_P HELX_P44 AE8 ARG C 47 ? ALA C 52 ? ARG C 47 ALA C 52 1 ? 6 HELX_P HELX_P45 AE9 PRO C 64 ? SER C 78 ? PRO C 64 SER C 78 1 ? 15 HELX_P HELX_P46 AF1 ILE C 85 ? GLN C 94 ? ILE C 85 GLN C 94 1 ? 10 HELX_P HELX_P47 AF2 GLN C 96 ? GLY C 101 ? GLN C 96 GLY C 101 1 ? 6 HELX_P HELX_P48 AF3 GLY C 102 ? ALA C 107 ? GLY C 102 ALA C 107 1 ? 6 HELX_P HELX_P49 AF4 GLU C 108 ? SER C 110 ? GLU C 108 SER C 110 5 ? 3 HELX_P HELX_P50 AF5 ASN C 118 ? VAL C 132 ? ASN C 118 VAL C 132 1 ? 15 HELX_P HELX_P51 AF6 ARG C 133 ? ILE C 136 ? ARG C 133 ILE C 136 5 ? 4 HELX_P HELX_P52 AF7 SER C 154 ? ARG C 164 ? SER C 154 ARG C 164 1 ? 11 HELX_P HELX_P53 AF8 ILE C 182 ? ALA C 191 ? ILE C 182 ALA C 191 1 ? 10 HELX_P HELX_P54 AF9 ARG C 192 ? GLU C 194 ? ARG C 192 GLU C 194 5 ? 3 HELX_P HELX_P55 AG1 GLY C 236 ? GLU C 246 ? GLY C 236 GLU C 246 1 ? 11 HELX_P HELX_P56 AG2 PRO C 264 ? SER C 277 ? PRO C 264 SER C 277 1 ? 14 HELX_P HELX_P57 AG3 GLU C 292 ? LEU C 304 ? 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O ASP A 313 N ILE A 258 ? N ILE A 258 AA1 2 3 N PHE A 259 ? N PHE A 259 O MET A 341 ? O MET A 341 AA1 3 4 N ILE A 340 ? N ILE A 340 O VAL A 380 ? O VAL A 380 AA1 4 5 O ALA A 381 ? O ALA A 381 N VAL A 229 ? N VAL A 229 AA1 5 6 N ILE A 228 ? N ILE A 228 O MET A 416 ? O MET A 416 AA1 6 7 N PHE A 417 ? N PHE A 417 O ILE A 437 ? O ILE A 437 AA1 7 8 N ALA A 434 ? N ALA A 434 O LEU A 451 ? O LEU A 451 AA1 8 9 N THR A 452 ? N THR A 452 O ASP A 461 ? O ASP A 461 AA2 1 2 N PHE B 259 ? N PHE B 259 O MET B 341 ? O MET B 341 AA2 2 3 N ILE B 342 ? N ILE B 342 O VAL B 380 ? O VAL B 380 AA2 3 4 O ALA B 381 ? O ALA B 381 N VAL B 229 ? N VAL B 229 AA2 4 5 N ILE B 228 ? N ILE B 228 O LEU B 414 ? O LEU B 414 AA2 5 6 N PHE B 417 ? N PHE B 417 O ILE B 437 ? O ILE B 437 AA2 6 7 N ILE B 436 ? N ILE B 436 O VAL B 449 ? O VAL B 449 AA3 1 2 O ASP C 313 ? O ASP C 313 N ILE C 258 ? N ILE C 258 AA3 2 3 N PHE C 259 ? N PHE C 259 O MET C 341 ? O MET C 341 AA3 3 4 N ILE C 342 ? N ILE C 342 O VAL C 380 ? 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? -64.68 -73.55 95 1 ASN E 309 ? ? 34.67 47.62 96 1 TYR E 344 ? ? 60.06 65.10 97 1 GLN E 346 ? ? -141.44 -2.91 98 1 SER E 383 ? ? -161.15 -161.74 99 1 ASN E 386 ? ? -76.16 -169.23 100 1 SER E 400 ? ? -88.57 31.81 101 1 LEU E 402 ? ? -91.86 51.21 102 1 LEU E 430 ? ? -94.39 31.60 103 1 ASN E 443 ? ? -144.15 39.43 104 1 ALA E 464 ? ? -69.98 98.55 105 1 GLN E 467 ? ? 39.51 65.04 106 1 ALA F 22 ? ? -160.85 -159.11 107 1 SER F 30 ? ? -150.24 87.78 108 1 ASP F 83 ? ? -153.47 -159.68 109 1 LYS F 111 ? ? -92.25 -61.01 110 1 SER F 115 ? ? -134.51 -45.53 111 1 ALA F 116 ? ? -172.81 -178.43 112 1 ILE F 119 ? ? -128.30 -54.43 113 1 ASP F 148 ? ? 53.38 74.97 114 1 SER F 154 ? ? -96.29 -61.26 115 1 LYS F 180 ? ? -66.11 -78.39 116 1 ASN F 181 ? ? 170.59 134.32 117 1 GLN F 199 ? ? 50.68 70.13 118 1 ASP F 202 ? ? -94.03 50.05 119 1 ASP F 225 ? ? -69.86 91.95 120 1 LYS F 254 ? ? 47.54 77.27 121 1 PRO F 255 ? ? -68.14 78.77 122 1 ASN F 309 ? ? -94.45 -62.43 123 1 LEU F 339 ? ? -69.72 84.92 124 1 TYR F 344 ? ? 58.97 72.11 125 1 SER F 383 ? ? -162.44 -166.44 126 1 UNK V 116 ? ? 63.31 68.13 127 1 UNK V 133 ? ? -145.12 20.70 128 1 UNK V 134 ? ? 68.02 -5.28 129 1 UNK V 136 ? ? -151.62 -159.11 130 1 UNK V 140 ? ? 69.92 -4.81 131 1 UNK V 150 ? ? -96.01 41.69 132 1 UNK V 189 ? ? -152.17 -158.46 133 1 UNK V 193 ? ? 56.36 10.15 134 1 UNK V 194 ? ? -143.51 12.27 135 1 UNK V 202 ? ? -94.49 33.91 136 1 UNK V 203 ? ? -140.89 42.85 137 1 UNK V 219 ? ? 58.39 10.31 138 1 UNK W 117 ? ? -69.53 78.04 139 1 UNK W 131 ? ? 33.70 48.62 140 1 UNK W 151 ? ? -74.32 -73.56 141 1 UNK W 152 ? ? 49.33 25.74 142 1 UNK W 164 ? ? -81.16 48.33 143 1 UNK W 174 ? ? -79.38 -162.28 144 1 UNK W 189 ? ? -94.68 35.42 145 1 UNK W 198 ? ? -146.30 28.33 146 1 UNK W 208 ? ? -160.56 -161.23 147 1 UNK W 212 ? ? -109.17 49.27 148 1 UNK W 215 ? ? -68.82 84.34 149 1 UNK W 221 ? ? 37.49 44.87 150 1 UNK X 144 ? ? 65.31 -3.33 151 1 UNK X 145 ? ? -122.81 -51.32 152 1 UNK X 154 ? ? -123.38 -55.44 153 1 UNK X 169 ? ? -152.31 -157.60 154 1 UNK X 170 ? ? 76.13 -6.58 155 1 UNK X 176 ? ? -135.35 -31.99 156 1 UNK X 196 ? ? 80.20 -10.72 157 1 UNK X 207 ? ? -94.44 -60.65 158 1 UNK X 209 ? ? 58.72 71.29 159 1 UNK X 211 ? ? -79.26 -165.56 160 1 UNK X 213 ? ? -113.63 -168.32 161 1 UNK X 218 ? ? -77.40 -168.34 162 1 UNK X 222 ? ? -77.85 -166.83 163 1 UNK Y 120 ? ? -152.15 -151.16 164 1 UNK Y 131 ? ? -92.02 30.81 165 1 UNK Y 148 ? ? -130.16 -31.69 166 1 UNK Y 160 ? ? -140.77 -4.51 167 1 UNK Y 176 ? ? 58.46 16.66 168 1 UNK Y 189 ? ? -101.60 42.94 169 1 UNK Y 193 ? ? 59.49 17.73 170 1 UNK Y 210 ? ? -98.37 33.21 171 1 UNK Y 212 ? ? -131.26 -37.24 172 1 UNK Y 215 ? ? 62.70 70.68 173 1 UNK Y 219 ? ? 71.41 -7.91 174 1 UNK Z 117 ? ? -160.80 -161.87 175 1 UNK Z 149 ? ? -79.72 -70.43 176 1 UNK Z 150 ? ? -127.34 -71.17 177 1 UNK Z 151 ? ? -136.60 -45.75 178 1 UNK Z 152 ? ? -161.78 98.86 179 1 UNK Z 162 ? ? 66.69 -5.17 180 1 UNK Z 173 ? ? 70.38 -17.67 181 1 UNK Z 174 ? ? 52.70 -3.32 182 1 UNK Z 178 ? ? -120.66 -52.50 183 1 UNK Z 220 ? ? 66.86 -1.76 # loop_ _pdbx_validate_peptide_omega.id _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_model_num _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.omega 1 1 TYR A 463 ? ? ALA A 464 ? ? 137.98 2 1 ALA A 464 ? ? GLY A 465 ? ? -146.02 3 1 ALA B 169 ? ? GLU B 170 ? ? 93.00 4 1 PRO B 179 ? ? LYS B 180 ? ? -132.55 5 1 ARG B 192 ? ? ILE B 193 ? ? 145.69 6 1 ARG C 54 ? ? VAL C 55 ? ? 143.66 7 1 GLY C 151 ? ? ARG C 152 ? ? -135.86 8 1 ARG C 192 ? ? ILE C 193 ? ? 149.62 9 1 ALA C 464 ? ? GLY C 465 ? ? -142.94 10 1 PRO D 27 ? ? PRO D 28 ? ? 123.12 11 1 ALA D 169 ? ? GLU D 170 ? ? -147.59 12 1 ASN D 174 ? ? LYS D 175 ? ? -143.39 13 1 ARG D 192 ? ? ILE D 193 ? ? 144.33 14 1 ALA D 464 ? ? GLY D 465 ? ? 149.54 15 1 GLU E 194 ? ? GLN E 195 ? ? 147.73 16 1 LEU E 345 ? ? GLN E 346 ? ? 135.43 17 1 GLU E 360 ? ? ILE E 361 ? ? 145.85 18 1 ALA E 464 ? ? GLY E 465 ? ? -127.82 19 1 PRO E 466 ? ? GLN E 467 ? ? 135.60 20 1 ALA F 169 ? ? GLU F 170 ? ? 138.48 21 1 LYS F 180 ? ? ASN F 181 ? ? 116.20 22 1 ALA F 464 ? ? GLY F 465 ? ? 147.60 23 1 UNK W 130 ? ? UNK W 131 ? ? 141.46 24 1 UNK W 219 ? ? UNK W 220 ? ? 142.46 25 1 UNK Z 133 ? ? UNK Z 134 ? ? -134.95 26 1 UNK Z 151 ? ? UNK Z 152 ? ? 143.84 27 1 UNK Z 173 ? ? UNK Z 174 ? ? 145.98 # loop_ _pdbx_validate_main_chain_plane.id _pdbx_validate_main_chain_plane.PDB_model_num _pdbx_validate_main_chain_plane.auth_comp_id _pdbx_validate_main_chain_plane.auth_asym_id _pdbx_validate_main_chain_plane.auth_seq_id _pdbx_validate_main_chain_plane.PDB_ins_code _pdbx_validate_main_chain_plane.label_alt_id _pdbx_validate_main_chain_plane.improper_torsion_angle 1 1 ALA C 169 ? ? 11.11 2 1 ALA C 464 ? ? 10.71 3 1 ALA D 169 ? ? 11.59 4 1 ALA D 464 ? ? -10.25 5 1 ALA E 464 ? ? 10.67 6 1 ALA F 169 ? ? -10.27 7 1 ALA F 464 ? ? -10.45 # loop_ _pdbx_validate_polymer_linkage.id _pdbx_validate_polymer_linkage.PDB_model_num _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.dist 1 1 C B ASN 181 ? ? N B ILE 182 ? ? 3.21 2 1 C E SER 154 ? ? N E GLU 155 ? ? 4.45 3 1 C E LEU 289 ? ? N E ASP 290 ? ? 5.91 4 1 C F ALA 173 ? ? N F ASN 174 ? ? 4.71 5 1 C W UNK 133 ? ? N W UNK 134 ? ? 8.98 6 1 C W UNK 134 ? ? N W UNK 135 ? ? 3.23 # _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.entry_id 6BBM _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ;The complete sequence of Bacteriophage Lambda P is MKNIAAQMVNFDREQMRRIANNMPEQYDEKPQVQQVAQIINGVFSQLLATFPASLANRDQ NEVNEIRRQWVLAFRENGITTMEQVNAGMRVARRQNRPFLPSPGQFVAWCREEASVTAGL PNVSELVDMVYEYCRKRGLYPDAESYPWKSNAHYWLVTNLYQNMRANALTDAELRRKAAD ELVHMTARINRGEAIPEPVKQLPVMGGRPLNRAQALAKIAEIKAKFGLKGASV ; _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? # _em_3d_fitting.entry_id 6BBM _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ;The initial fitting was done with the 2R5U and 3BH0 models onto which the E. coli amino sequence had been built. The linker segments that connected these segments were built by hand. PHENIX real_space_refine was used to refine the complete model for the B6P5 entity. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code 1 1 ? ? 1-173 2R5U 1 ? ? PDB 'experimental model' 2R5U 1 2 ? ? 203-441 3BH0 2 ? ? PDB 'experimental model' 3BH0 # _em_3d_reconstruction.entry_id 6BBM _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ;Relion was used to independently refine half sets using 0.143 gold-standard to a resolution of 4.1A. A total of 90,883 particles went into this reconstruction. ; _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 90883 _em_3d_reconstruction.resolution 4.1 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type ? _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ;Concentrated BP sample (18mg/mL) was diluted with freshly prepared buffer to desired concentration (~1.5 micromolar) for grid preparation. ; _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.entity_id_list _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 0 ;pET24a containing full-length DnaB was co-expressed with pCDFDuet containing full-length LambdaP in BL21(DE3) cells. The resolution of the LambdaP portion of our EM map did not permit the unambiguous assignment of the amino acid sequence to the structure. As such, the model for LambdaP was built as a poly alanine model. Additionally, only half of LambdaP was observed in our maps due to the intrinsic flexibility of the amino and carboxy terminal domains of LambdaP. Subsequent experiments determined that the observed portion of LambdaP in our maps corresponds to the C-terminal domain. ; 'DnaB helicase - Lambda P helicase loader DNA replication complex' RECOMBINANT COMPLEX '1, 2' ? ? 2 1 ;E coli DnaB helicase is observed as an open-spiral hexamer, in which one of the interfaces is breached. Five ADP molecules are observed at the five intact ATP binding sites. Additionally, clear density is observed for five of six linkers permitting unambiguous assignment of NTD to parent CTD domain. ; 'E coli DnaB helicase' RECOMBINANT COMPLEX 1 ? ? 3 1 ;Five lambda P molecules were observed bound to the five intact DnaB subunit interfaces. Unambiguous assignment of side chain density for lambda P was not possible due to the resolution of this region of the EM map. Instead, a polyalanine model was built for each lambda P molecule. Additionally, density for approximately half of the expected 233 residues of lambda P was observed owing to flexibility between domains. Subsequent experiments confirmed that the observed region of Lambda P is the C-terminal domain, which interacts with DnaB. ; 'Lambda P helicase loader' RECOMBINANT COMPLEX 2 ? ? # _em_image_scans.entry_id 6BBM _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height 3710 _em_image_scans.dimension_width 3838 _em_image_scans.frames_per_image 50 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image 1-50 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 6BBM _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter 70 _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ;Preliminary grid screening was performed prior to Krios data collections. All microscope alignments were completed by the New York Structural Biology SEMC team. ; _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max -3.0 _em_imaging.nominal_defocus_min -1.0 _em_imaging.nominal_magnification 22500 _em_imaging.recording_temperature_maximum 70 _em_imaging.recording_temperature_minimum 70 _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ;The grid was coated with 50 nm of evaporated gold prior to use. All remaining carbon was removed by plasma cleaning for 5 minutes in a Gatan Solarus plasma cleaner. ; _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 400 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R0.6/1' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 277.15 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ;3uL of sample was adhered to a fresh plasma cleaned grid and allowed to adsorb for 30 seconds, blotted for 3 seconds with a blot force of 4 and plunge frozen into liquid nitrogen-cooled ethane. ; _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 6BBM _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 6BBM _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? A MET 1 2 1 Y 1 A ALA 2 ? A ALA 2 3 1 Y 1 A GLY 3 ? A GLY 3 4 1 Y 1 A ASN 4 ? A ASN 4 5 1 Y 1 A LYS 5 ? A LYS 5 6 1 Y 1 A PRO 6 ? A PRO 6 7 1 Y 1 A PHE 7 ? A PHE 7 8 1 Y 1 A ASN 8 ? A ASN 8 9 1 Y 1 A LYS 9 ? A LYS 9 10 1 Y 1 A GLN 10 ? A GLN 10 11 1 Y 1 A GLN 11 ? A GLN 11 12 1 Y 1 A ALA 12 ? A ALA 12 13 1 Y 1 A GLU 13 ? A GLU 13 14 1 Y 1 A PRO 14 ? A PRO 14 15 1 Y 1 A ARG 15 ? A ARG 15 16 1 Y 1 A GLU 16 ? A GLU 16 17 1 Y 1 A ARG 17 ? A ARG 17 18 1 Y 1 A ASP 18 ? A ASP 18 19 1 Y 1 A PRO 19 ? A PRO 19 20 1 Y 1 A GLN 20 ? A GLN 20 21 1 Y 1 A VAL 21 ? A VAL 21 22 1 Y 1 A ALA 22 ? A ALA 22 23 1 Y 1 A GLY 23 ? A GLY 23 24 1 Y 1 A LEU 24 ? A LEU 24 25 1 Y 1 A LYS 25 ? A LYS 25 26 1 Y 1 A VAL 26 ? A VAL 26 27 1 Y 1 A LYS 167 ? A LYS 167 28 1 Y 1 A ILE 168 ? A ILE 168 29 1 Y 1 A ALA 169 ? A ALA 169 30 1 Y 1 A GLU 170 ? A GLU 170 31 1 Y 1 A SER 171 ? A SER 171 32 1 Y 1 A ARG 172 ? A ARG 172 33 1 Y 1 A ALA 173 ? A ALA 173 34 1 Y 1 A ASN 174 ? A ASN 174 35 1 Y 1 A LYS 175 ? 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"H4'" sing N N 18 ADP "O4'" "C1'" sing N N 19 ADP "C3'" "O3'" sing N N 20 ADP "C3'" "C2'" sing N N 21 ADP "C3'" "H3'" sing N N 22 ADP "O3'" "HO3'" sing N N 23 ADP "C2'" "O2'" sing N N 24 ADP "C2'" "C1'" sing N N 25 ADP "C2'" "H2'" sing N N 26 ADP "O2'" "HO2'" sing N N 27 ADP "C1'" N9 sing N N 28 ADP "C1'" "H1'" sing N N 29 ADP N9 C8 sing Y N 30 ADP N9 C4 sing Y N 31 ADP C8 N7 doub Y N 32 ADP C8 H8 sing N N 33 ADP N7 C5 sing Y N 34 ADP C5 C6 sing Y N 35 ADP C5 C4 doub Y N 36 ADP C6 N6 sing N N 37 ADP C6 N1 doub Y N 38 ADP N6 HN61 sing N N 39 ADP N6 HN62 sing N N 40 ADP N1 C2 sing Y N 41 ADP C2 N3 doub Y N 42 ADP C2 H2 sing N N 43 ADP N3 C4 sing Y N 44 ALA N CA sing N N 45 ALA N H sing N N 46 ALA N H2 sing N N 47 ALA CA C sing N N 48 ALA CA CB sing N N 49 ALA CA HA sing N N 50 ALA C O doub N N 51 ALA C OXT sing N N 52 ALA CB HB1 sing N N 53 ALA CB HB2 sing N N 54 ALA CB HB3 sing N N 55 ALA OXT HXT sing N N 56 ARG N CA sing N N 57 ARG N H sing N N 58 ARG N H2 sing N N 59 ARG CA C sing N N 60 ARG CA CB sing N N 61 ARG CA HA sing N N 62 ARG C O doub N N 63 ARG C OXT sing N N 64 ARG CB CG sing N N 65 ARG CB HB2 sing N N 66 ARG CB HB3 sing N N 67 ARG CG CD sing N N 68 ARG CG HG2 sing N N 69 ARG CG HG3 sing N N 70 ARG CD NE sing N N 71 ARG CD HD2 sing N N 72 ARG CD HD3 sing N N 73 ARG NE CZ sing N N 74 ARG NE HE sing N N 75 ARG CZ NH1 sing N N 76 ARG CZ NH2 doub N N 77 ARG NH1 HH11 sing N N 78 ARG NH1 HH12 sing N N 79 ARG NH2 HH21 sing N N 80 ARG NH2 HH22 sing N N 81 ARG OXT HXT sing N N 82 ASN N CA sing N N 83 ASN N H sing N N 84 ASN N H2 sing N N 85 ASN CA C sing N N 86 ASN CA CB sing N N 87 ASN CA HA sing N N 88 ASN C O doub N N 89 ASN C OXT sing N N 90 ASN CB CG sing N N 91 ASN CB HB2 sing N N 92 ASN CB HB3 sing N N 93 ASN CG OD1 doub N N 94 ASN CG ND2 sing N N 95 ASN ND2 HD21 sing N N 96 ASN ND2 HD22 sing N N 97 ASN OXT HXT sing N N 98 ASP N CA sing N N 99 ASP N H sing N N 100 ASP N H2 sing N N 101 ASP CA C sing N N 102 ASP CA CB sing N N 103 ASP CA HA sing N N 104 ASP C O doub N N 105 ASP C OXT sing N N 106 ASP CB CG sing N N 107 ASP CB HB2 sing N N 108 ASP CB HB3 sing N N 109 ASP CG OD1 doub N N 110 ASP CG OD2 sing N N 111 ASP OD2 HD2 sing N N 112 ASP OXT HXT sing N N 113 GLN N CA sing N N 114 GLN N H sing N N 115 GLN N H2 sing N N 116 GLN CA C sing N N 117 GLN CA CB sing N N 118 GLN CA HA sing N N 119 GLN C O doub N N 120 GLN C OXT sing N N 121 GLN CB CG sing N N 122 GLN CB HB2 sing N N 123 GLN CB HB3 sing N N 124 GLN CG CD sing N N 125 GLN CG HG2 sing N N 126 GLN CG HG3 sing N N 127 GLN CD OE1 doub N N 128 GLN CD NE2 sing N N 129 GLN NE2 HE21 sing N N 130 GLN NE2 HE22 sing N N 131 GLN OXT HXT sing N N 132 GLU N CA sing N N 133 GLU N H sing N N 134 GLU N H2 sing N N 135 GLU CA C sing N N 136 GLU CA CB sing N N 137 GLU CA HA sing N N 138 GLU C O doub N N 139 GLU C OXT sing N N 140 GLU CB CG sing N N 141 GLU CB HB2 sing N N 142 GLU CB HB3 sing N N 143 GLU CG CD sing N N 144 GLU CG HG2 sing N N 145 GLU CG HG3 sing N N 146 GLU CD OE1 doub N N 147 GLU CD OE2 sing N N 148 GLU OE2 HE2 sing N N 149 GLU OXT HXT sing N N 150 GLY N CA sing N N 151 GLY N H sing N N 152 GLY N H2 sing N N 153 GLY CA C sing N N 154 GLY CA HA2 sing N N 155 GLY CA HA3 sing N N 156 GLY C O doub N N 157 GLY C OXT sing N N 158 GLY OXT HXT sing N N 159 HIS N CA sing N N 160 HIS N H sing N N 161 HIS N H2 sing N N 162 HIS CA C sing N N 163 HIS CA CB sing N N 164 HIS CA HA sing N N 165 HIS C O doub N N 166 HIS C OXT sing N N 167 HIS CB CG sing N N 168 HIS CB HB2 sing N N 169 HIS CB HB3 sing N N 170 HIS CG ND1 sing Y N 171 HIS CG CD2 doub Y N 172 HIS ND1 CE1 doub Y N 173 HIS ND1 HD1 sing N N 174 HIS CD2 NE2 sing Y N 175 HIS CD2 HD2 sing N N 176 HIS CE1 NE2 sing Y N 177 HIS CE1 HE1 sing N N 178 HIS NE2 HE2 sing N N 179 HIS OXT HXT sing N N 180 ILE N CA sing N N 181 ILE N H sing N N 182 ILE N H2 sing N N 183 ILE CA C sing N N 184 ILE CA CB sing N N 185 ILE CA HA sing N N 186 ILE C O doub N N 187 ILE C OXT sing N N 188 ILE CB CG1 sing N N 189 ILE CB CG2 sing N N 190 ILE CB HB sing N N 191 ILE CG1 CD1 sing N N 192 ILE CG1 HG12 sing N N 193 ILE CG1 HG13 sing N N 194 ILE CG2 HG21 sing N N 195 ILE CG2 HG22 sing N N 196 ILE CG2 HG23 sing N N 197 ILE CD1 HD11 sing N N 198 ILE CD1 HD12 sing N N 199 ILE CD1 HD13 sing N N 200 ILE OXT HXT sing N N 201 LEU N CA sing N N 202 LEU N H sing N N 203 LEU N H2 sing N N 204 LEU CA C sing N N 205 LEU CA CB sing N N 206 LEU CA HA sing N N 207 LEU C O doub N N 208 LEU C OXT sing N N 209 LEU CB CG sing N N 210 LEU CB HB2 sing N N 211 LEU CB HB3 sing N N 212 LEU CG CD1 sing N N 213 LEU CG CD2 sing N N 214 LEU CG HG sing N N 215 LEU CD1 HD11 sing N N 216 LEU CD1 HD12 sing N N 217 LEU CD1 HD13 sing N N 218 LEU CD2 HD21 sing N N 219 LEU CD2 HD22 sing N N 220 LEU CD2 HD23 sing N N 221 LEU OXT HXT sing N N 222 LYS N CA sing N N 223 LYS N H sing N N 224 LYS N H2 sing N N 225 LYS CA C sing N N 226 LYS CA CB sing N N 227 LYS CA HA sing N N 228 LYS C O doub N N 229 LYS C OXT sing N N 230 LYS CB CG sing N N 231 LYS CB HB2 sing N N 232 LYS CB HB3 sing N N 233 LYS CG CD sing N N 234 LYS CG HG2 sing N N 235 LYS CG HG3 sing N N 236 LYS CD CE sing N N 237 LYS CD HD2 sing N N 238 LYS CD HD3 sing N N 239 LYS CE NZ sing N N 240 LYS CE HE2 sing N N 241 LYS CE HE3 sing N N 242 LYS NZ HZ1 sing N N 243 LYS NZ HZ2 sing N N 244 LYS NZ HZ3 sing N N 245 LYS OXT HXT sing N N 246 MET N CA sing N N 247 MET N H sing N N 248 MET N H2 sing N N 249 MET CA C sing N N 250 MET CA CB sing N N 251 MET CA HA sing N N 252 MET C O doub N N 253 MET C OXT sing N N 254 MET CB CG sing N N 255 MET CB HB2 sing N N 256 MET CB HB3 sing N N 257 MET CG SD sing N N 258 MET CG HG2 sing N N 259 MET CG HG3 sing N N 260 MET SD CE sing N N 261 MET CE HE1 sing N N 262 MET CE HE2 sing N N 263 MET CE HE3 sing N N 264 MET OXT HXT sing N N 265 PHE N CA sing N N 266 PHE N H sing N N 267 PHE N H2 sing N N 268 PHE CA C sing N N 269 PHE CA CB sing N N 270 PHE CA HA sing N N 271 PHE C O doub N N 272 PHE C OXT sing N N 273 PHE CB CG sing N N 274 PHE CB HB2 sing N N 275 PHE CB HB3 sing N N 276 PHE CG CD1 doub Y N 277 PHE CG CD2 sing Y N 278 PHE CD1 CE1 sing Y N 279 PHE CD1 HD1 sing N N 280 PHE CD2 CE2 doub Y N 281 PHE CD2 HD2 sing N N 282 PHE CE1 CZ doub Y N 283 PHE CE1 HE1 sing N N 284 PHE CE2 CZ sing Y N 285 PHE CE2 HE2 sing N N 286 PHE CZ HZ sing N N 287 PHE OXT HXT sing N N 288 PRO N CA sing N N 289 PRO N CD sing N N 290 PRO N H sing N N 291 PRO CA C sing N N 292 PRO CA CB sing N N 293 PRO CA HA sing N N 294 PRO C O doub N N 295 PRO C OXT sing N N 296 PRO CB CG sing N N 297 PRO CB HB2 sing N N 298 PRO CB HB3 sing N N 299 PRO CG CD sing N N 300 PRO CG HG2 sing N N 301 PRO CG HG3 sing N N 302 PRO CD HD2 sing N N 303 PRO CD HD3 sing N N 304 PRO OXT HXT sing N N 305 SER N CA sing N N 306 SER N H sing N N 307 SER N H2 sing N N 308 SER CA C sing N N 309 SER CA CB sing N N 310 SER CA HA sing N N 311 SER C O doub N N 312 SER C OXT sing N N 313 SER CB OG sing N N 314 SER CB HB2 sing N N 315 SER CB HB3 sing N N 316 SER OG HG sing N N 317 SER OXT HXT sing N N 318 THR N CA sing N N 319 THR N H sing N N 320 THR N H2 sing N N 321 THR CA C sing N N 322 THR CA CB sing N N 323 THR CA HA sing N N 324 THR C O doub N N 325 THR C OXT sing N N 326 THR CB OG1 sing N N 327 THR CB CG2 sing N N 328 THR CB HB sing N N 329 THR OG1 HG1 sing N N 330 THR CG2 HG21 sing N N 331 THR CG2 HG22 sing N N 332 THR CG2 HG23 sing N N 333 THR OXT HXT sing N N 334 TRP N CA sing N N 335 TRP N H sing N N 336 TRP N H2 sing N N 337 TRP CA C sing N N 338 TRP CA CB sing N N 339 TRP CA HA sing N N 340 TRP C O doub N N 341 TRP C OXT sing N N 342 TRP CB CG sing N N 343 TRP CB HB2 sing N N 344 TRP CB HB3 sing N N 345 TRP CG CD1 doub Y N 346 TRP CG CD2 sing Y N 347 TRP CD1 NE1 sing Y N 348 TRP CD1 HD1 sing N N 349 TRP CD2 CE2 doub Y N 350 TRP CD2 CE3 sing Y N 351 TRP NE1 CE2 sing Y N 352 TRP NE1 HE1 sing N N 353 TRP CE2 CZ2 sing Y N 354 TRP CE3 CZ3 doub Y N 355 TRP CE3 HE3 sing N N 356 TRP CZ2 CH2 doub Y N 357 TRP CZ2 HZ2 sing N N 358 TRP CZ3 CH2 sing Y N 359 TRP CZ3 HZ3 sing N N 360 TRP CH2 HH2 sing N N 361 TRP OXT HXT sing N N 362 TYR N CA sing N N 363 TYR N H sing N N 364 TYR N H2 sing N N 365 TYR CA C sing N N 366 TYR CA CB sing N N 367 TYR CA HA sing N N 368 TYR C O doub N N 369 TYR C OXT sing N N 370 TYR CB CG sing N N 371 TYR CB HB2 sing N N 372 TYR CB HB3 sing N N 373 TYR CG CD1 doub Y N 374 TYR CG CD2 sing Y N 375 TYR CD1 CE1 sing Y N 376 TYR CD1 HD1 sing N N 377 TYR CD2 CE2 doub Y N 378 TYR CD2 HD2 sing N N 379 TYR CE1 CZ doub Y N 380 TYR CE1 HE1 sing N N 381 TYR CE2 CZ sing Y N 382 TYR CE2 HE2 sing N N 383 TYR CZ OH sing N N 384 TYR OH HH sing N N 385 TYR OXT HXT sing N N 386 VAL N CA sing N N 387 VAL N H sing N N 388 VAL N H2 sing N N 389 VAL CA C sing N N 390 VAL CA CB sing N N 391 VAL CA HA sing N N 392 VAL C O doub N N 393 VAL C OXT sing N N 394 VAL CB CG1 sing N N 395 VAL CB CG2 sing N N 396 VAL CB HB sing N N 397 VAL CG1 HG11 sing N N 398 VAL CG1 HG12 sing N N 399 VAL CG1 HG13 sing N N 400 VAL CG2 HG21 sing N N 401 VAL CG2 HG22 sing N N 402 VAL CG2 HG23 sing N N 403 VAL OXT HXT sing N N 404 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 20 mM Na-HEPES 'Sodium HEPES' 1 2 450 mM NaCl 'Sodium Chloride' 1 3 2 mM DTT Dithiothreitol 1 4 0.5 mM MgCl2 'Magnesium Chloride' 1 5 0.5 mM ATP 'Adenosine triphosphate' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details 'CTF correction was performed before data processing on summed micrographs using Gctf.' # loop_ _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id _em_entity_assembly_molwt.id _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag _em_entity_assembly_molwt.units _em_entity_assembly_molwt.value 1 1 YES MEGADALTONS 0.4465 1 2 NO ? ? 1 3 NO ? ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 2 1 ? ? 562 ? ? 'Escherichia coli' ? ? 3 2 ? ? 562 ? ? 'Escherichia coli' ? ? 4 3 ? ? 10710 ? ? 'Enterobacteria phage lambda' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 1 'BL21(DE3)' 562 'Escherichia coli' 'pET24a and pCDFDuet' ? 3 2 'BL21(DE3)' 562 'Escherichia coli' pET24a ? 4 3 'BL21(DE3)' 562 'Escherichia coli' pCDFDuet ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ;Images collected were CTF corrected and selected based on CTF estimates of less than 10 angstrom at a confidence cutoff of 0.8 for subsequent processing. ; # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 8.0 _em_image_recording.average_exposure_time 10 _em_image_recording.details ;Single particle movies were recorded at a pixel size of 1.07 angstroms/pixel. Three 24-hour sessions produced 2,426 micrograph movies. In addition, five tilt series were collected from the same grids bi-directionally over a tilt range of -45 degrees to +45 degrees in 3 degree increments at a dose of 2.57 to 3.3 electrons per angstrom squared (total accumulated dose of 90 electrons per angstrom squared). Tilt series were collected at a pixel size of 1.76 angstroms and at defocus values of -2.8um, -6.1um and -9.3um. ; _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 3 _em_image_recording.num_real_images 2426 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name ? _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width ? _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector 'The Krios this data was collected on has a Cs of 2.7.' # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'IMAGE ACQUISITION' 'Leginon was used for automatic hole targeting during single particle movie collection.' Leginon 0.0 ? ? 1 2 'IMAGE ACQUISITION' 'Single particle micrograph movies were aligned on-the-fly using MotionCorr in Appion.' Appion 0.0 ? ? 1 3 'IMAGE ACQUISITION' 'Tilt angle' Appion 0.0 ? ? 1 4 MASKING ? ? ? ? ? ? 5 'CTF CORRECTION' 'Gctf was used to estimate CTF for summed micrographs.' Gctf ? 1 ? ? 6 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL FITTING' 'Molrep was used to unambiguously assign six DnaB CTD and six DnaB NTD homology models into our BP map.' MOLREP ? ? 1 ? 9 'MODEL FITTING' 'Coot was used to manually build 5 lambda P protomers and five DnaB NTD-CTD linkers' Coot ? ? 1 ? 10 OTHER ? ? ? ? ? ? 11 'SERIES ALIGNMENT' '2D and 3D classifications and auto-refinement were performed in Relion.' RELION ? 1 ? ? 12 'SERIES ALIGNMENT' 'Template-based particle picking was performed with Gautomatch.' Gautomatch ? 1 ? ? 13 'SERIES ALIGNMENT' 'EMAN2 was used to project tomography-derived initial model for templates used in auto picking procedures.' EMAN2 ? 1 ? ? 14 RECONSTRUCTION 'Auto refine and post processing was performed in Relion.' RELION ? 1 ? ? 15 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 16 'SERIES ALIGNMENT' 'Tomo3D was used to reconstruct tomograms from aligned images.' TOMO3D ? 1 ? ? 17 'SERIES ALIGNMENT' 'Dynamo was used to pick and align particles from tomograms.' Dynamo ? 1 ? ? 18 'SERIES ALIGNMENT' 'EMAN2 was used to generate 2D projections of sub-tomogram average.' EMAN2 ? 1 ? ? 19 RECONSTRUCTION 'Dynamo was used to generate sub-tomogram average, later used as initial model.' Dynamo ? 1 ? ? 20 'MODEL REFINEMENT' 'Phenix real_space_refine was used to assess model validity.' PHENIX ? ? 1 ? 21 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 1 1 22 'VOLUME SELECTION' ? ? ? 1 1 1 23 CLASSIFICATION ? ? ? 1 1 1 24 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 1 1 25 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 1 1 26 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? ? ? 1 1 1 27 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? ? ? 1 1 1 28 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 29 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.48 _em_specimen.details ;The sample was monodisperse. Side views were more electron weak than top or bottom views creating challenges for particle picking. This issue was overcome with cryo-electron tomography techniques used for 1) initial model generation and 2) template generation for particle picking. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' 'R01 GM084162' 1 'National Science Foundation (NSF, United States)' 'United States' 'MCB 1818255' 2 'National Institutes of Health/National Institute on Minority Health and Health Disparities (NIH/NIMHD)' 'United States' 5G12MD007603-30 3 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' 'P41 GM109824' 4 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' 'P41 GM103314' 5 'Other government' 'United States' PA200A150068 6 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' F32GM128303 7 'Other private' 'United States' 'SF349247 (Simons Foundation)' 8 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' GM103310 9 'Other private' 'United States' 'F00316 (Agouron Institute)' 10 'National Institutes of Health/Office of the Director' 'United States' OD019994 11 'Other private' 'United States' 'SM-2015-289297 (Silicon Mechanics/Research Cluster Grant program)' 12 # loop_ _pdbx_initial_refinement_model.id _pdbx_initial_refinement_model.type _pdbx_initial_refinement_model.source_name _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 1 'experimental model' PDB 2R5U 2 'experimental model' PDB 3BH0 # _atom_sites.entry_id 6BBM _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 # loop_ _atom_type.symbol C N O P S # loop_