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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.589 ? 29247 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 19.498 ? 11833 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.135 ? 3212 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 3029 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 6CG0 _struct.title 'Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 HFC complex (3.17 A)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6CG0 _struct_keywords.text 'V(D)J recombination, RAG1/2, RSS, Immunity, RECOMBINATION' _struct_keywords.pdbx_keywords RECOMBINATION # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 4 ? G N N 5 ? H N N 6 ? I N N 7 ? J N N 8 ? K N N 9 ? L N N 10 ? M N N 11 ? N N N 10 ? O N N 11 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP RAG1_MOUSE P15919 ? 1 ;NCSKIHLSTKLLAVDFPAHFVKSISCQICEHILADPVETSCKHLFCRICILRCLKVMGSYCPSCRYPCFPTDLESPVKSF LNILNSLMVKCPAQDCNEEVSLEKYNHHVSSHKESKETLVHINKGGRPRQHLLSLTRRAQKHRLRELKIQVKEFADKEEG GDVKAVCLTLFLLALRARNEHRQADELEAIMQGRGSGLQPAVCLAIRVNTFLSCSQYHKMYRTVKAITGRQIFQPLHALR NAEKVLLPGYHPFEWQPPLKNVSSRTDVGIIDGLSGLASSVDEYPVDTIAKRFRYDSALVSALMDMEEDILEGMRSQDLD DYLNGPFTVVVKESCDGMGDVSEKHGSGPAVPEKAVRFSFTVMRITIEHGSQNVKVFEEPKPNSELCCKPLCLMLADESD HETLTAILSPLIAEREAMKSSELTLEMGGIPRTFKFIFRGTGYDEKLVREVEGLEASGSVYICTLCDTTRLEASQNLVFH SITRSHAENLQRYEVWRSNPYHESVEELRDRVKGVSAKPFIETVPSIDALHCDIGNAAEFYKIFQLEIGEVYKHPNASKE ERKRWQATLDKHLRKRMNLKPIMRMNGNFARKLMTQETVDAVCELIPSEERHEALRELMDLYLKMKPVWRSSCPAKECPE SLCQYSFNSQRFAELLSTKFKYRYEGKITNYFHKTLAHVPEIIERDGSIGAWASEGNESGNKLFRRFRKMNARQSKCYEM EDVLKHHWLYTSKYLQKFMNAHNALKSSGFTMNSKETLGDPLGIEDSLESQDSME ; 265 2 UNP RAG2_MOUSE P21784 ? 2 ;MSLQMVTVGHNIALIQPGFSLMNFDGQVFFFGQKGWPKRSCPTGVFHFDIKQNHLKLKPAIFSKDSCYLPPLRYPATCSY KGSIDSDKHQYIIHGGKTPNNELSDKIYIMSVACKNNKKVTFRCTEKDLVGDVPEPRYGHSIDVVYSRGKSMGVLFGGRS YMPSTQRTTEKWNSVADCLPHVFLIDFEFGCATSYILPELQDGLSFHVSIARNDTVYILGGHSLASNIRPANLYRIRVDL PLGTPAVNCTVLPGGISVSSAILTQTNNDEFVIVGGYQLENQKRMVCSLVSLGDNTIEISEMETPDWTSDIKHSKIWFGS NMGNGTIFLGIPGDNKQAMSEAFYFYTLRCSEEDLSEDQKIVSNSQTSTEDPGDSTPFEDSEEFCFSAEATSFDGDDEFD TYNEDDEDDESVTGYWITCCPTCDVDINTWVPFYSTELNKPAMIYCSHGDGHWVHAQCMDLEERTLIHLSEGSNKYYCNE HVQIARALQTPKRNPPLQKPPMKSLHKKGSGKVLTPAKKS ; 1 3 PDB 6CG0 6CG0 ? 3 ? 1 4 PDB 6CG0 6CG0 ? 4 ? 1 5 PDB 6CG0 6CG0 ? 5 ? 1 6 PDB 6CG0 6CG0 ? 6 ? 1 7 PDB 6CG0 6CG0 ? 7 ? 1 8 PDB 6CG0 6CG0 ? 8 ? 1 9 UNP HMGB1_HUMAN P09429 ? 9 ;SYAFFVQTCREEHKKKHPDASVNFSEFSKKCSERWKTMSAKEKGKFEDMAKADKARYEREMKTYIPPKGETKKKFKDPNA PKRPPSAFFLFCSEYRPKIKGEHPGLSIGDVAKKLGEMWNNTAADD ; 15 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6CG0 A 1 ? 775 ? P15919 265 ? 1039 ? 265 1039 2 1 6CG0 C 1 ? 775 ? P15919 265 ? 1039 ? 265 1039 3 2 6CG0 D 1 ? 520 ? P21784 1 ? 520 ? 1 520 4 2 6CG0 B 1 ? 520 ? P21784 1 ? 520 ? 1 520 5 3 6CG0 F 1 ? 46 ? 6CG0 1 ? 46 ? 1 46 6 4 6CG0 I 1 ? 16 ? 6CG0 1 ? 16 ? 1 16 7 5 6CG0 J 1 ? 19 ? 6CG0 -2 ? 16 ? -2 16 8 6 6CG0 G 1 ? 60 ? 6CG0 1 ? 60 ? 1 60 9 7 6CG0 L 1 ? 30 ? 6CG0 17 ? 46 ? 17 46 10 8 6CG0 M 1 ? 41 ? 6CG0 17 ? 57 ? 17 57 11 9 6CG0 N 1 ? 126 ? P09429 15 ? 140 ? 15 140 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 6CG0 GLN A 698 ? UNP P15919 GLU 962 conflict 962 1 2 6CG0 GLN C 698 ? UNP P15919 GLU 962 conflict 962 2 3 6CG0 ALA D 490 ? UNP P21784 THR 490 conflict 490 3 4 6CG0 ALA B 490 ? UNP P21784 THR 490 conflict 490 4 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details undecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 11 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLN A 140 ? GLU A 158 ? GLN A 404 GLU A 422 1 ? 19 HELX_P HELX_P2 AA2 ASP A 162 ? ARG A 178 ? ASP A 426 ARG A 442 1 ? 17 HELX_P HELX_P3 AA3 GLU A 180 ? MET A 191 ? GLU A 444 MET A 455 1 ? 12 HELX_P HELX_P4 AA4 GLN A 199 ? ASN A 209 ? GLN A 463 ASN A 473 1 ? 11 HELX_P HELX_P5 AA5 SER A 213 ? GLY A 229 ? SER A 477 GLY A 493 1 ? 17 HELX_P HELX_P6 AA6 PRO A 235 ? LYS A 244 ? PRO A 499 LYS A 508 1 ? 10 HELX_P HELX_P7 AA7 ARG A 294 ? MET A 306 ? ARG A 558 MET A 570 1 ? 13 HELX_P HELX_P8 AA8 MET A 306 ? GLN A 317 ? MET A 570 GLN A 581 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 AA9 SER A 384 ? CYS A 388 ? SER A 648 CYS A 652 5 ? 5 HELX_P HELX_P10 AB1 ASP A 400 ? LYS A 419 ? ASP A 664 LYS A 683 1 ? 20 HELX_P HELX_P11 AB2 ASP A 444 ? GLY A 453 ? ASP A 708 GLY A 717 1 ? 10 HELX_P HELX_P12 AB3 THR A 469 ? ASN A 476 ? THR A 733 ASN A 740 1 ? 8 HELX_P HELX_P13 AB4 SER A 485 ? ASN A 499 ? SER A 749 ASN A 763 1 ? 15 HELX_P HELX_P14 AB5 SER A 504 ? LYS A 513 ? SER A 768 LYS A 777 1 ? 10 HELX_P HELX_P15 AB6 ASP A 528 ? GLY A 549 ? ASP A 792 GLY A 813 1 ? 22 HELX_P HELX_P16 AB7 SER A 558 ? MET A 577 ? SER A 822 MET A 841 1 ? 20 HELX_P HELX_P17 AB8 GLY A 587 ? MET A 594 ? GLY A 851 MET A 858 1 ? 8 HELX_P HELX_P18 AB9 THR A 595 ? CYS A 603 ? THR A 859 CYS A 867 1 ? 9 HELX_P HELX_P19 AC1 GLU A 609 ? SER A 631 ? GLU A 873 SER A 895 1 ? 23 HELX_P HELX_P20 AC2 CYS A 633 ? CYS A 638 ? CYS A 897 CYS A 902 1 ? 6 HELX_P HELX_P21 AC3 CYS A 638 ? GLN A 644 ? CYS A 902 GLN A 908 1 ? 7 HELX_P HELX_P22 AC4 GLN A 644 ? PHE A 660 ? GLN A 908 PHE A 924 1 ? 17 HELX_P HELX_P23 AC5 PHE A 660 ? GLU A 665 ? PHE A 924 GLU A 929 1 ? 6 HELX_P HELX_P24 AC6 ASN A 670 ? HIS A 678 ? ASN A 934 HIS A 942 1 ? 9 HELX_P HELX_P25 AC7 HIS A 678 ? GLY A 687 ? HIS A 942 GLY A 951 1 ? 10 HELX_P HELX_P26 AC8 SER A 694 ? ASN A 711 ? SER A 958 ASN A 975 1 ? 18 HELX_P HELX_P27 AC9 TYR A 718 ? THR A 731 ? TYR A 982 THR A 995 1 ? 14 HELX_P HELX_P28 AD1 SER A 732 ? ASN A 740 ? SER A 996 ASN A 1004 1 ? 9 HELX_P HELX_P29 AD2 THR B 136 ? ASP B 156 ? THR C 400 ASP C 420 1 ? 21 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP B 162 ? ARG B 178 ? ASP C 426 ARG C 442 1 ? 17 HELX_P HELX_P31 AD4 HIS B 181 ? GLY B 193 ? HIS C 445 GLY C 457 1 ? 13 HELX_P HELX_P32 AD5 GLN B 199 ? THR B 210 ? GLN C 463 THR C 474 1 ? 12 HELX_P HELX_P33 AD6 SER B 213 ? GLY B 229 ? SER C 477 GLY C 493 1 ? 17 HELX_P HELX_P34 AD7 PRO B 235 ? LEU B 247 ? PRO C 499 LEU C 511 1 ? 13 HELX_P HELX_P35 AD8 ARG B 294 ? GLN B 317 ? ARG C 558 GLN C 581 1 ? 24 HELX_P HELX_P36 AD9 SER B 384 ? CYS B 388 ? SER C 648 CYS C 652 5 ? 5 HELX_P HELX_P37 AE1 ASP B 400 ? LYS B 419 ? ASP C 664 LYS C 683 1 ? 20 HELX_P HELX_P38 AE2 ASP B 444 ? GLU B 452 ? ASP C 708 GLU C 716 1 ? 9 HELX_P HELX_P39 AE3 THR B 469 ? SER B 474 ? THR C 733 SER C 738 1 ? 6 HELX_P HELX_P40 AE4 SER B 485 ? ASN B 499 ? SER C 749 ASN C 763 1 ? 15 HELX_P HELX_P41 AE5 SER B 504 ? LYS B 513 ? SER C 768 LYS C 777 1 ? 10 HELX_P HELX_P42 AE6 ASP B 528 ? ILE B 548 ? ASP C 792 ILE C 812 1 ? 21 HELX_P HELX_P43 AE7 SER B 558 ? ASN B 578 ? SER C 822 ASN C 842 1 ? 21 HELX_P HELX_P44 AE8 ASN B 586 ? MET B 594 ? ASN C 850 MET C 858 1 ? 9 HELX_P HELX_P45 AE9 THR B 595 ? GLU B 604 ? THR C 859 GLU C 868 1 ? 10 HELX_P HELX_P46 AF1 GLU B 609 ? SER B 631 ? GLU C 873 SER C 895 1 ? 23 HELX_P HELX_P47 AF2 CYS B 633 ? CYS B 638 ? CYS C 897 CYS C 902 1 ? 6 HELX_P HELX_P48 AF3 CYS B 638 ? GLN B 644 ? CYS C 902 GLN C 908 1 ? 7 HELX_P HELX_P49 AF4 GLN B 644 ? LYS B 659 ? GLN C 908 LYS C 923 1 ? 16 HELX_P HELX_P50 AF5 PHE B 660 ? ARG B 663 ? PHE C 924 ARG C 927 5 ? 4 HELX_P HELX_P51 AF6 THR B 669 ? HIS B 678 ? THR C 933 HIS C 942 1 ? 10 HELX_P HELX_P52 AF7 HIS B 678 ? ASP B 686 ? HIS C 942 ASP C 950 1 ? 9 HELX_P HELX_P53 AF8 ILE B 689 ? ALA B 693 ? ILE C 953 ALA C 957 5 ? 5 HELX_P HELX_P54 AF9 SER B 694 ? ASN B 711 ? SER C 958 ASN C 975 1 ? 18 HELX_P HELX_P55 AG1 TYR B 718 ? SER B 732 ? TYR C 982 SER C 996 1 ? 15 HELX_P HELX_P56 AG2 LEU B 735 ? ASN B 740 ? LEU C 999 ASN C 1004 5 ? 6 HELX_P HELX_P57 AG3 ASN C 11 ? ILE C 15 ? ASN D 11 ILE D 15 5 ? 5 HELX_P HELX_P58 AG4 THR C 168 ? TRP C 172 ? THR D 168 TRP D 172 5 ? 5 HELX_P HELX_P59 AG5 ASN D 11 ? ILE D 15 ? ASN B 11 ILE B 15 5 ? 5 HELX_P HELX_P60 AG6 THR D 168 ? TRP D 172 ? THR B 168 TRP B 172 5 ? 5 HELX_P HELX_P61 AG7 THR D 308 ? SER D 314 ? THR B 308 SER B 314 1 ? 7 HELX_P HELX_P62 AG8 ALA K 3 ? HIS K 13 ? ALA N 17 HIS N 27 1 ? 11 HELX_P HELX_P63 AG9 PHE K 27 ? ARG K 34 ? PHE N 41 ARG N 48 5 ? 8 HELX_P HELX_P64 AH1 SER K 86 ? HIS K 103 ? SER N 100 HIS N 117 1 ? 18 HELX_P HELX_P65 AH2 SER K 107 ? THR K 122 ? SER N 121 THR N 136 1 ? 16 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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B GLY 337 O ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? C GLY 601 C CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? ? metalc11 metalc ? ? B CYS 463 SG ? ? ? 1_555 N ZN . ZN ? ? C CYS 727 C ZN 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? ? metalc12 metalc ? ? B CYS 466 SG ? ? ? 1_555 N ZN . ZN ? ? C CYS 730 C ZN 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? ? metalc13 metalc ? ? B HIS 673 NE2 ? ? ? 1_555 N ZN . ZN ? ? C HIS 937 C ZN 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.110 ? ? metalc14 metalc ? ? B HIS 678 NE2 ? ? ? 1_555 N ZN . ZN ? ? C HIS 942 C ZN 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? ? metalc15 metalc ? ? O CA . CA ? ? ? 1_555 H DT 42 OP2 ? ? C CA 1102 G DT 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.450 ? ? hydrog1 hydrog ? ? E DC 1 N3 ? ? ? 1_555 I DG 30 N1 ? ? F DC 1 L DG 46 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? E DC 1 N4 ? ? ? 1_555 I DG 30 O6 ? ? F DC 1 L DG 46 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? E DC 1 O2 ? ? ? 1_555 I DG 30 N2 ? ? F DC 1 L DG 46 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? 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