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'Steichen, J.M.' 1 ? primary 'Lin, Y.C.' 2 ? primary 'Havenar-Daughton, C.' 3 ? primary 'Pecetta, S.' 4 ? primary 'Ozorowski, G.' 5 ? primary 'Willis, J.R.' 6 ? primary 'Toy, L.' 7 ? primary 'Sok, D.' 8 ? primary 'Liguori, A.' 9 ? primary 'Kratochvil, S.' 10 ? primary 'Torres, J.L.' 11 ? primary 'Kalyuzhniy, O.' 12 ? primary 'Melzi, E.' 13 ? primary 'Kulp, D.W.' 14 ? primary 'Raemisch, S.' 15 ? primary 'Hu, X.' 16 ? primary 'Bernard, S.M.' 17 ? primary 'Georgeson, E.' 18 ? primary 'Phelps, N.' 19 ? primary 'Adachi, Y.' 20 ? primary 'Kubitz, M.' 21 ? primary 'Landais, E.' 22 ? primary 'Umotoy, J.' 23 ? primary 'Robinson, A.' 24 ? primary 'Briney, B.' 25 ? primary 'Wilson, I.A.' 26 ? primary 'Burton, D.R.' 27 ? primary 'Ward, A.B.' 28 ? primary 'Crotty, S.' 29 ? primary 'Batista, F.D.' 30 ? primary 'Schief, W.R.' 31 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6DFH 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.007 ? 3438 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 6DFH _struct.title 'BG505 MD64 N332-GT2 SOSIP trimer in complex with germline-reverted BG18 fragment antigen binding' _struct.pdbx_descriptor ;Envelope glycoprotein gp160, germline-reverted BG18 fragment antigen binding heavy chain, germline-reverted BG18 fragment antigen binding light chain ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6DFH _struct_keywords.text 'HIV-1, HIV Envelope, SOSIP, antibody, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 1 ? J N N 2 ? K N N 3 ? L N N 4 ? M N N 5 ? 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A CYS 469 SG ? ? ? 1_555 B CYS 94 SG ? ? A CYS 501 B CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? ? disulf11 disulf ? ? B CYS 87 SG ? ? ? 1_555 B CYS 93 SG ? ? B CYS 598 B CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf12 disulf ? ? C CYS 22 SG ? ? ? 1_555 C CYS 96 SG ? ? H CYS 22 H CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf13 disulf ? ? D CYS 22 SG ? ? ? 1_555 D CYS 87 SG ? ? L CYS 23 L CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf14 disulf ? ? E CYS 24 SG ? ? ? 1_555 E CYS 44 SG ? ? C CYS 54 C CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf15 disulf ? ? E CYS 89 SG ? ? ? 1_555 E CYS 175 SG ? ? C CYS 119 C CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf16 disulf ? ? E CYS 96 SG ? ? ? 1_555 E CYS 166 SG ? ? C CYS 126 C CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf17 disulf ? ? E CYS 101 SG ? ? ? 1_555 E CYS 119 SG ? ? C CYS 131 C CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf18 disulf ? ? E CYS 188 SG ? ? ? 1_555 E CYS 217 SG ? ? C CYS 218 C CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf19 disulf ? ? E CYS 198 SG ? ? ? 1_555 E CYS 209 SG ? ? C CYS 228 C CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf20 disulf ? ? E CYS 266 SG ? ? ? 1_555 E CYS 300 SG ? ? C CYS 296 C CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf21 disulf ? ? E CYS 347 SG ? ? ? 1_555 E CYS 413 SG ? ? C CYS 378 C CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? ? disulf22 disulf ? ? E CYS 354 SG ? ? ? 1_555 E CYS 386 SG ? ? C CYS 385 C CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf23 disulf ? ? E CYS 469 SG ? ? ? 1_555 F CYS 94 SG ? ? C CYS 501 E CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.080 ? ? disulf24 disulf ? ? F CYS 87 SG ? ? ? 1_555 F CYS 93 SG ? ? E CYS 598 E CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf25 disulf ? ? G CYS 22 SG ? ? ? 1_555 G CYS 96 SG ? ? G CYS 22 G CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf26 disulf ? ? H CYS 22 SG ? ? ? 1_555 H CYS 87 SG ? ? J CYS 23 J CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf27 disulf ? ? I CYS 24 SG ? ? ? 1_555 I CYS 44 SG ? ? D CYS 54 D CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf28 disulf ? ? I CYS 89 SG ? ? ? 1_555 I CYS 175 SG ? ? D CYS 119 D CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf29 disulf ? ? I CYS 96 SG ? ? ? 1_555 I CYS 166 SG ? ? D CYS 126 D CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf30 disulf ? ? I CYS 101 SG ? ? ? 1_555 I CYS 119 SG ? ? D CYS 131 D CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf31 disulf ? ? I CYS 188 SG ? ? ? 1_555 I CYS 217 SG ? ? D CYS 218 D CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf32 disulf ? ? I CYS 198 SG ? ? ? 1_555 I CYS 209 SG ? ? D CYS 228 D CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf33 disulf ? ? I CYS 266 SG ? ? ? 1_555 I CYS 300 SG ? ? D CYS 296 D CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf34 disulf ? ? I CYS 347 SG ? ? ? 1_555 I CYS 413 SG ? ? D CYS 378 D CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? ? disulf35 disulf ? ? I CYS 354 SG ? ? ? 1_555 I CYS 386 SG ? ? D CYS 385 D CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf36 disulf ? ? I CYS 469 SG ? ? ? 1_555 J CYS 94 SG ? ? 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N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 246 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? A ASN 276 N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? A ASN 265 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? A ASN 295 O NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.430 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? A ASN 271 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? A ASN 301 A NAG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? A ASN 301 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? A ASN 332 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.430 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? A ASN 308 ND2 ? ? ? 1_555 NA NAG . C1 ? ? A ASN 339 A NAG 626 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? A ASN 355 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? A ASN 386 P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? A ASN 361 ND2 ? ? ? 1_555 OA NAG . C1 ? ? A ASN 392 A NAG 627 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? A ASN 416 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? A ASN 448 T NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.426 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? B ASN 100 ND2 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? B ASN 611 B NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? E ASN 118 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? C ASN 156 U NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.422 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? E ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 QA NAG . C1 ? ? C ASN 160 C NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? E ASN 167 ND2 ? ? ? 1_555 SA NAG . C1 ? ? C ASN 197 C NAG 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.404 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? E ASN 204 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? C ASN 234 Y NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? E ASN 232 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? C ASN 262 Z NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? E ASN 246 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? C ASN 276 V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? E ASN 265 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? C ASN 295 W NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.424 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? E ASN 271 ND2 ? ? ? 1_555 RA NAG . C1 ? ? C ASN 301 C NAG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.420 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? E ASN 301 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? C ASN 332 a NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.427 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? E ASN 308 ND2 ? ? ? 1_555 TA NAG . C1 ? ? C ASN 339 C NAG 626 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.471 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? E ASN 355 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? C ASN 386 X NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? E ASN 361 ND2 ? ? ? 1_555 UA NAG . C1 ? ? C ASN 392 C NAG 627 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? E ASN 416 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? C ASN 448 b NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.420 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? F ASN 100 ND2 ? ? ? 1_555 VA NAG . C1 ? ? E ASN 611 E NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? 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Coot 0.8.9 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 4.2 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _em_virus_natural_host.entity_assembly_id 1 _em_virus_natural_host.id 1 _em_virus_natural_host.ncbi_tax_id 9606 _em_virus_natural_host.organism 'Homo sapiens' _em_virus_natural_host.strain ? # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' 'UM1 AI100663' 1 'Bill & Melinda Gates Foundation' 'United States' OPP1115782 2 'Bill & Melinda Gates Foundation' 'United States' OPP1084519 3 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero M 5 NAG 1 M NAG 1 A NAG 1156 n M 5 NAG 2 M NAG 2 A NAG 1157 n N 5 NAG 1 N NAG 1 A NAG 1276 n N 5 NAG 2 N NAG 2 A NAG 1277 n O 5 NAG 1 O NAG 1 A NAG 1295 n O 5 NAG 2 O NAG 2 A NAG 1296 n P 5 NAG 1 P NAG 1 A NAG 1386 n P 5 NAG 2 P NAG 2 A NAG 1387 n Q 5 NAG 1 Q NAG 1 A NAG 1234 n Q 5 NAG 2 Q NAG 2 A NAG 1235 n R 6 NAG 1 R NAG 1 A NAG 1262 n R 6 NAG 2 R NAG 2 A NAG 1263 n R 6 BMA 3 R BMA 3 A BMA 1264 n R 6 MAN 4 R MAN 4 A MAN 1265 n R 6 MAN 5 R MAN 5 A MAN 1266 n S 7 NAG 1 S NAG 1 A NAG 1332 n S 7 NAG 2 S NAG 2 A NAG 1333 n S 7 BMA 3 S BMA 3 A BMA 1334 n S 7 MAN 4 S MAN 4 A MAN 1335 n S 7 MAN 5 S MAN 5 A MAN 1336 n S 7 MAN 6 S MAN 6 A MAN 1337 n S 7 MAN 7 S MAN 7 A MAN 1339 n T 5 NAG 1 T NAG 1 A NAG 1448 n T 5 NAG 2 T NAG 2 A NAG 1449 n U 5 NAG 1 U NAG 1 C NAG 1156 n U 5 NAG 2 U NAG 2 C NAG 1157 n V 5 NAG 1 V NAG 1 C NAG 1276 n V 5 NAG 2 V NAG 2 C NAG 1277 n W 5 NAG 1 W NAG 1 C NAG 1295 n W 5 NAG 2 W NAG 2 C NAG 1296 n X 5 NAG 1 X NAG 1 C NAG 1386 n X 5 NAG 2 X NAG 2 C NAG 1387 n Y 5 NAG 1 Y NAG 1 C NAG 1234 n Y 5 NAG 2 Y NAG 2 C NAG 1235 n Z 6 NAG 1 Z NAG 1 C NAG 1262 n Z 6 NAG 2 Z NAG 2 C NAG 1263 n Z 6 BMA 3 Z BMA 3 C BMA 1264 n Z 6 MAN 4 Z MAN 4 C MAN 1265 n Z 6 MAN 5 Z MAN 5 C MAN 1266 n AA 7 NAG 1 a NAG 1 C NAG 1332 n AA 7 NAG 2 a NAG 2 C NAG 1333 n AA 7 BMA 3 a BMA 3 C BMA 1334 n AA 7 MAN 4 a MAN 4 C MAN 1335 n AA 7 MAN 5 a MAN 5 C MAN 1336 n AA 7 MAN 6 a MAN 6 C MAN 1337 n AA 7 MAN 7 a MAN 7 C MAN 1339 n BA 5 NAG 1 b NAG 1 C NAG 1448 n BA 5 NAG 2 b NAG 2 C NAG 1449 n CA 5 NAG 1 c NAG 1 D NAG 1156 n CA 5 NAG 2 c NAG 2 D NAG 1157 n DA 5 NAG 1 d NAG 1 D NAG 1276 n DA 5 NAG 2 d NAG 2 D NAG 1277 n EA 5 NAG 1 e NAG 1 D NAG 1295 n EA 5 NAG 2 e NAG 2 D NAG 1296 n FA 5 NAG 1 f NAG 1 D NAG 1386 n FA 5 NAG 2 f NAG 2 D NAG 1387 n GA 5 NAG 1 g NAG 1 D NAG 1234 n GA 5 NAG 2 g NAG 2 D NAG 1235 n HA 6 NAG 1 h NAG 1 D NAG 1262 n HA 6 NAG 2 h NAG 2 D NAG 1263 n HA 6 BMA 3 h BMA 3 D BMA 1264 n HA 6 MAN 4 h MAN 4 D MAN 1265 n HA 6 MAN 5 h MAN 5 D MAN 1266 n IA 7 NAG 1 i NAG 1 D NAG 1332 n IA 7 NAG 2 i NAG 2 D NAG 1333 n IA 7 BMA 3 i BMA 3 D BMA 1334 n IA 7 MAN 4 i MAN 4 D MAN 1335 n IA 7 MAN 5 i MAN 5 D MAN 1336 n IA 7 MAN 6 i MAN 6 D MAN 1337 n IA 7 MAN 7 i MAN 7 D MAN 1339 n JA 5 NAG 1 j NAG 1 D NAG 1448 n JA 5 NAG 2 j NAG 2 D NAG 1449 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide 7 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 5 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 5 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 5 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 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2 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 3 6 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 4 6 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 5 6 5 MAN C1 O1 4 MAN O2 HO2 sing ? 6 7 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 7 7 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 8 7 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 9 7 5 MAN C1 O1 4 MAN O2 HO2 sing ? 10 7 6 MAN C1 O1 5 MAN O2 HO2 sing ? 11 7 7 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n 6 BMA 3 n 6 MAN 4 n 6 MAN 5 n 7 NAG 1 n 7 NAG 2 n 7 BMA 3 n 7 MAN 4 n 7 MAN 5 n 7 MAN 6 n 7 MAN 7 n # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 8 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'surface plasmon resonance' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #