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structures reveal mechanisms for ATP-hydrolysis-driven translocation.' _citation.year 2018 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1126/science.aav0725 _citation.pdbx_database_id_PubMed 30309908 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'de la Pena, A.H.' 1 0000-0002-2368-6944 primary 'Goodall, E.A.' 2 0000-0001-9876-5973 primary 'Gates, S.N.' 3 0000-0002-4312-2900 primary 'Lander, G.C.' 4 0000-0003-4921-1135 primary 'Martin, A.' 5 0000-0003-0923-3284 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Proteasome subunit alpha type-1' 26801.549 1 3.4.25.1 ? ? ? 2 polymer man 'Proteasome subunit alpha type-2' 27191.828 1 3.4.25.1 ? ? ? 3 polymer man 'Proteasome subunit alpha type-3' 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_entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 ;Macropain subunit C7-alpha,Multicatalytic endopeptidase complex C7,Proteasome component C7-alpha,Proteasome component Y8,Proteinase YSCE subunit 7,SCL1 suppressor protein ; 2 'Macropain subunit Y7,Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y7,Proteasome component Y7,Proteinase YSCE subunit 7' 3 'Macropain subunit Y13,Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y13,Proteasome component Y13,Proteinase YSCE subunit 13' 4 'Macropain subunit PRE6,Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE6,Proteasome component PRE6,Proteinase YSCE subunit PRE6' 5 'Macropain subunit PUP2,Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP2,Proteasome component PUP2,Proteinase YSCE subunit PUP2' 6 'Macropain subunit PRE5,Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE5,Proteasome component PRE5,Proteinase YSCE subunit PRE5' 7 'Macropain subunit C1,Multicatalytic endopeptidase complex subunit C1,Proteasome component C1,Proteinase YSCE subunit 1' 8 'Protein CIM5,Tat-binding homolog 3' 9 'Tat-binding homolog 5' 10 'Protein CIM3,Protein SUG1,Tat-binding protein TBY1' 11 'Protein YNT1,Tat-binding homolog 2' 12 '26S protease subunit SUG2,Proteasomal cap subunit' 13 'Tat-binding protein homolog 1,TBP-1' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GYDRHITIFSPEGRLYQVEYAFKATNQTNINSLAVRGKDCTVVISQKKVPDKLLDPTTVSYIFCISRTIGMVVNGPIPDA RNAALRAKAEAAEFRYKYGYDMPCDVLAKRMANLSQIYTQRAYMRPLGVILTFVSVDEELGPSIYKTDPAGYYVGYKATA TGPKQQEITTNLENHFKKSKIDHINEESWEKVVEFAITHMIDALGTEFSKNDLEVGVATKDKFFTLSAENIEERLVAI ; ;GYDRHITIFSPEGRLYQVEYAFKATNQTNINSLAVRGKDCTVVISQKKVPDKLLDPTTVSYIFCISRTIGMVVNGPIPDA RNAALRAKAEAAEFRYKYGYDMPCDVLAKRMANLSQIYTQRAYMRPLGVILTFVSVDEELGPSIYKTDPAGYYVGYKATA TGPKQQEITTNLENHFKKSKIDHINEESWEKVVEFAITHMIDALGTEFSKNDLEVGVATKDKFFTLSAENIEERLVAI ; A ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MTDRYSFSLTTFSPSGKLGQIDYALTAVKQGVTSLGIKATNGVVIATEKKSSSPLAMSETLSKVSLLTPDIGAVYSGMGP DYRVLVDKSRKVAHTSYKRIYGEYPPTKLLVSEVAKIMQEATQSGGVRPFGVSLLIAGHDEFNGFSLYQVDPSGSYFPWK ATAIGKGSVAAKTFLEKRWNDELELEDAIHIALLTLKESVEGEFNGDTIELAIIGDENPDLLGYTGIPTDKGPRFRKLTS QEINDRLEAL ; ;MTDRYSFSLTTFSPSGKLGQIDYALTAVKQGVTSLGIKATNGVVIATEKKSSSPLAMSETLSKVSLLTPDIGAVYSGMGP DYRVLVDKSRKVAHTSYKRIYGEYPPTKLLVSEVAKIMQEATQSGGVRPFGVSLLIAGHDEFNGFSLYQVDPSGSYFPWK ATAIGKGSVAAKTFLEKRWNDELELEDAIHIALLTLKESVEGEFNGDTIELAIIGDENPDLLGYTGIPTDKGPRFRKLTS QEINDRLEAL ; B ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MGSRRYDSRTTIFSPEGRLYQVEYALESISHAGTAIGIMASDGIVLAAERKVTSTLLEQDTSTEKLYKLNDKIAVAVAGL TADAEILINTARIHAQNYLKTYNEDIPVEILVRRLSDIKQGYTQHGGLRPFGVSFIYAGYDDRYGYQLYTSNPSGNYTGW KAISVGANTSAAQTLLQMDYKDDMKVDDAIELALKTLSKTTDSSALTYDRLEFATIRKGANDGEVYQKIFKPQEIKDILV KTGI ; ;MGSRRYDSRTTIFSPEGRLYQVEYALESISHAGTAIGIMASDGIVLAAERKVTSTLLEQDTSTEKLYKLNDKIAVAVAGL TADAEILINTARIHAQNYLKTYNEDIPVEILVRRLSDIKQGYTQHGGLRPFGVSFIYAGYDDRYGYQLYTSNPSGNYTGW KAISVGANTSAAQTLLQMDYKDDMKVDDAIELALKTLSKTTDSSALTYDRLEFATIRKGANDGEVYQKIFKPQEIKDILV KTGI ; C ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MSGYDRALSIFSPDGHIFQVEYALEAVKRGTCAVGVKGKNCVVLGCERRSTLKLQDTRITPSKVSKIDSHVVLSFSGLNA DSRILIEKARVEAQSHRLTLEDPVTVEYLTRYVAGVQQRYTQSGGVRPFGVSTLIAGFDPRDDEPKLYQTEPSGIYSSWS AQTIGRNSKTVREFLEKNYDRKEPPATVEECVKLTVRSLLEVVQTGAKNIEITVVKPDSDIVALSSEEINQYVTQIEQEK QE ; ;MSGYDRALSIFSPDGHIFQVEYALEAVKRGTCAVGVKGKNCVVLGCERRSTLKLQDTRITPSKVSKIDSHVVLSFSGLNA DSRILIEKARVEAQSHRLTLEDPVTVEYLTRYVAGVQQRYTQSGGVRPFGVSTLIAGFDPRDDEPKLYQTEPSGIYSSWS AQTIGRNSKTVREFLEKNYDRKEPPATVEECVKLTVRSLLEVVQTGAKNIEITVVKPDSDIVALSSEEINQYVTQIEQEK QE ; D ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MFLTRSEYDRGVSTFSPEGRLFQVEYSLEAIKLGSTAIGIATKEGVVLGVEKRATSPLLESDSIEKIVEIDRHIGCAMSG LTADARSMIEHARTAAVTHNLYYDEDINVESLTQSVCDLALRFGEGASGEERLMSRPFGVALLIAGHDADDGYQLFHAEP SGTFYRYNAKAIGSGSEGAQAELLNEWHSSLTLKEAELLVLKILKQVMEEKLDENNAQLSCITKQDGFKIYDNEKTAELI KELKEKEAA ; ;MFLTRSEYDRGVSTFSPEGRLFQVEYSLEAIKLGSTAIGIATKEGVVLGVEKRATSPLLESDSIEKIVEIDRHIGCAMSG LTADARSMIEHARTAAVTHNLYYDEDINVESLTQSVCDLALRFGEGASGEERLMSRPFGVALLIAGHDADDGYQLFHAEP SGTFYRYNAKAIGSGSEGAQAELLNEWHSSLTLKEAELLVLKILKQVMEEKLDENNAQLSCITKQDGFKIYDNEKTAELI KELKEKEAA ; E ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MFRNNYDGDTVTFSPTGRLFQVEYALEAIKQGSVTVGLRSNTHAVLVALKRNADELSSYQKKIIKCDEHMGLSLAGLAPD ARVLSNYLRQQCNYSSLVFNRKLAVERAGHLLCDKAQKNTQSYGGRPYGVGLLIIGYDKSGAHLLEFQPSGNVTELYGTA IGARSQGAKTYLERTLDTFIKIDGNPDELIKAGVEAISQSLRDESLTVDNLSIAIVGKDTPFTIYDGEAVAKYI ; ;MFRNNYDGDTVTFSPTGRLFQVEYALEAIKQGSVTVGLRSNTHAVLVALKRNADELSSYQKKIIKCDEHMGLSLAGLAPD ARVLSNYLRQQCNYSSLVFNRKLAVERAGHLLCDKAQKNTQSYGGRPYGVGLLIIGYDKSGAHLLEFQPSGNVTELYGTA IGARSQGAKTYLERTLDTFIKIDGNPDELIKAGVEAISQSLRDESLTVDNLSIAIVGKDTPFTIYDGEAVAKYI ; F ? 7 'polypeptide(L)' no no ;SIGTGYDLSNSVFSPDGRNFQVEYAVKAVENGTTSIGIKCNDGVVFAVEKLITSKLLVPQKNVKIQVVDRHIGCVYSGLI PDGRHLVNRGREEAASFKKLYKTPIPIPAFADRLGQYVQAHTLYNSVRPFGVSTIFGGVDKNGAHLYMLEPSGSYWGYKG AATGKGRQSAKAELEKLVDHHPEGLSAREAVKQAAKIIYLAHEDNKEKDFELEISWCSLSETNGLHKFVKGDLLQEAIDF AQKEIN ; ;SIGTGYDLSNSVFSPDGRNFQVEYAVKAVENGTTSIGIKCNDGVVFAVEKLITSKLLVPQKNVKIQVVDRHIGCVYSGLI PDGRHLVNRGREEAASFKKLYKTPIPIPAFADRLGQYVQAHTLYNSVRPFGVSTIFGGVDKNGAHLYMLEPSGSYWGYKG AATGKGRQSAKAELEKLVDHHPEGLSAREAVKQAAKIIYLAHEDNKEKDFELEISWCSLSETNGLHKFVKGDLLQEAIDF AQKEIN ; G ? 8 'polypeptide(L)' no no ;EEKPDVTYSDVGGCKDQIEKLREVVELPLLSPERFATLGIDPPKGILLYGPPGTGKTLCARAVANRTDATFIRVIGSELV QKYVGEGARMVRELFEMARTKKACIIFFDEIDAVGGARFDDGAGGDNEVQRTMLELITQLDGFDPRGNIKVMFATNRPNT LDPALLRPGRIDRKVEFSLPDLEGRANIFRIHSKSMSVERGIRWELISRLCPNSTGAELRSVCTEAGMFAIRARRKVATE KDFLKAVDKVISGYKKF ; ;EEKPDVTYSDVGGCKDQIEKLREVVELPLLSPERFATLGIDPPKGILLYGPPGTGKTLCARAVANRTDATFIRVIGSELV QKYVGEGARMVRELFEMARTKKACIIFFDEIDAVGGARFDDGAGGDNEVQRTMLELITQLDGFDPRGNIKVMFATNRPNT LDPALLRPGRIDRKVEFSLPDLEGRANIFRIHSKSMSVERGIRWELISRLCPNSTGAELRSVCTEAGMFAIRARRKVATE KDFLKAVDKVISGYKKF ; H ? 9 'polypeptide(L)' no no ;PMVSVMKMDKSPTESYSDIGGLESQIQEIKESVELPLTHPELYEEMGIKPPKGVILYGAPGTGKTLLAKAVANQTSATFL RIVGSELIQKYLGDGPRLCRQIFKVAGENAPSIVFIDEIDAIGTKRYDSNSGGEREIQRTMLELLNQLDGFDDRGDVKVI MATNKIETLDPALIRPGRIDRKILFENPDLSTKKKILGIHTSKMNLSEDVNLETLVTTKDDLSGADIQAMCTEAGLLALR ERRMQVTAEDFKQAKERVMKNKVEENLEGLY ; ;PMVSVMKMDKSPTESYSDIGGLESQIQEIKESVELPLTHPELYEEMGIKPPKGVILYGAPGTGKTLLAKAVANQTSATFL RIVGSELIQKYLGDGPRLCRQIFKVAGENAPSIVFIDEIDAIGTKRYDSNSGGEREIQRTMLELLNQLDGFDDRGDVKVI MATNKIETLDPALIRPGRIDRKILFENPDLSTKKKILGIHTSKMNLSEDVNLETLVTTKDDLSGADIQAMCTEAGLLALR ERRMQVTAEDFKQAKERVMKNKVEENLEGLY ; I ? 10 'polypeptide(L)' no no ;ADPLVSLMMVEKVPDSTYDMVGGLTKQIKEIKEVIELPVKHPELFESLGIAQPKGVILYGPPGTGKTLLARAVAHHTDCK FIRVSGAELVQKYIGEGSRMVRELFVMAREHAPSIIFMDEIDSIGSTRVEGSGGGDSEVQRTMLELLNQLDGFETSKNIK IIMATNRLDILDPALLRPGRIDRKIEFPPPSVAARAEILRIHSRKMNLTRGINLRKVAEKMNGCSGADVKGVCTEAGMYA LRERRIHVTQEDFELAVGKVMNKNQETAISVAKLFK ; ;ADPLVSLMMVEKVPDSTYDMVGGLTKQIKEIKEVIELPVKHPELFESLGIAQPKGVILYGPPGTGKTLLARAVAHHTDCK FIRVSGAELVQKYIGEGSRMVRELFVMAREHAPSIIFMDEIDSIGSTRVEGSGGGDSEVQRTMLELLNQLDGFETSKNIK IIMATNRLDILDPALLRPGRIDRKIEFPPPSVAARAEILRIHSRKMNLTRGINLRKVAEKMNGCSGADVKGVCTEAGMYA LRERRIHVTQEDFELAVGKVMNKNQETAISVAKLFK ; J ? 11 'polypeptide(L)' no no ;SISVMGENEKPDVTYADVGGLDMQKQEIREAVELPLVQADLYEQIGIDPPRGVLLYGPPGTGKTMLVKAVANSTKAAFIR VNGSEFVHKYLGEGPRMVRDVFRLARENAPSIIFIDEVDSIATKRFDAQTGSDREVQRILIELLTQMDGFDQSTNVKVIM ATNRADTLDPALLRPGRLDRKIEFPSLRDRRERRLIFGTIASKMSLAPEADLDSLIIRNDSLSGAVIAAIMQEAGLRAVR KNRYVILQSDLEEAYATQVKTDNTVDKFDFYK ; ;SISVMGENEKPDVTYADVGGLDMQKQEIREAVELPLVQADLYEQIGIDPPRGVLLYGPPGTGKTMLVKAVANSTKAAFIR VNGSEFVHKYLGEGPRMVRDVFRLARENAPSIIFIDEVDSIATKRFDAQTGSDREVQRILIELLTQMDGFDQSTNVKVIM ATNRADTLDPALLRPGRLDRKIEFPSLRDRRERRLIFGTIASKMSLAPEADLDSLIIRNDSLSGAVIAAIMQEAGLRAVR KNRYVILQSDLEEAYATQVKTDNTVDKFDFYK ; K ? 12 'polypeptide(L)' no no ;DPLVYNMTSFEQGEITFDGIGGLTEQIRELREVIELPLKNPEIFQRVGIKPPKGVLLYGPPGTGKTLLAKAVAATIGANF IFSPASGIVDKYIGESARIIREMFAYAKEHEPCIIFMDEVDAIGGRRFSEGTSADREIQRTLMELLTQMDGFDNLGQTKI IMATNRPDTLDPALLRPGRLDRKVEIPLPNEAGRLEIFKIHTAKVKKTGEFDFEAAVKMSDGFNGADIRNCATEAGFFAI RDDRDHINPDDLMKAVRKVAEVKKLEGTIEYQK ; ;DPLVYNMTSFEQGEITFDGIGGLTEQIRELREVIELPLKNPEIFQRVGIKPPKGVLLYGPPGTGKTLLAKAVAATIGANF IFSPASGIVDKYIGESARIIREMFAYAKEHEPCIIFMDEVDAIGGRRFSEGTSADREIQRTLMELLTQMDGFDNLGQTKI IMATNRPDTLDPALLRPGRLDRKVEIPLPNEAGRLEIFKIHTAKVKKTGEFDFEAAVKMSDGFNGADIRNCATEAGFFAI RDDRDHINPDDLMKAVRKVAEVKKLEGTIEYQK ; L ? 13 'polypeptide(L)' no no ;PTETYSDVGGLDKQIEELVEAIVLPMKRADKFKDMGIRAPKGALMYGPPGTGKTLLARACAAQTNATFLKLAAPQLVQMY IGEGAKLVRDAFALAKEKAPTIIFIDELDAIGTKRFDSEKSGDREVQRTMLELLNQLDGFSSDDRVKVLAATNRVDVLDP ALLRSGRLDRKIEFPLPSEDSRAQILQIHSRKMTTDDDINWQELARSTDEFNGAQLKAVTVEAGMIALRNGQSSVKHEDF VEGISEVQARKSKSVSFY ; ;PTETYSDVGGLDKQIEELVEAIVLPMKRADKFKDMGIRAPKGALMYGPPGTGKTLLARACAAQTNATFLKLAAPQLVQMY IGEGAKLVRDAFALAKEKAPTIIFIDELDAIGTKRFDSEKSGDREVQRTMLELLNQLDGFSSDDRVKVLAATNRVDVLDP ALLRSGRLDRKIEFPLPSEDSRAQILQIHSRKMTTDDDINWQELARSTDEFNGAQLKAVTVEAGMIALRNGQSSVKHEDF VEGISEVQARKSKSVSFY ; M ? 14 'polypeptide(L)' no no SARLGGASIAVQ SARLGGASIAVQ s ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 15 "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ADP 16 "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ATP # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 TYR n 1 3 ASP n 1 4 ARG n 1 5 HIS n 1 6 ILE n 1 7 THR n 1 8 ILE n 1 9 PHE n 1 10 SER n 1 11 PRO n 1 12 GLU n 1 13 GLY n 1 14 ARG n 1 15 LEU n 1 16 TYR n 1 17 GLN n 1 18 VAL n 1 19 GLU n 1 20 TYR n 1 21 ALA n 1 22 PHE n 1 23 LYS n 1 24 ALA n 1 25 THR n 1 26 ASN n 1 27 GLN n 1 28 THR n 1 29 ASN n 1 30 ILE n 1 31 ASN n 1 32 SER n 1 33 LEU n 1 34 ALA n 1 35 VAL n 1 36 ARG n 1 37 GLY n 1 38 LYS n 1 39 ASP n 1 40 CYS n 1 41 THR n 1 42 VAL n 1 43 VAL n 1 44 ILE n 1 45 SER n 1 46 GLN n 1 47 LYS n 1 48 LYS n 1 49 VAL n 1 50 PRO n 1 51 ASP n 1 52 LYS n 1 53 LEU n 1 54 LEU n 1 55 ASP n 1 56 PRO n 1 57 THR n 1 58 THR n 1 59 VAL n 1 60 SER n 1 61 TYR n 1 62 ILE n 1 63 PHE n 1 64 CYS n 1 65 ILE n 1 66 SER n 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'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae W303' 580240 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 12 1 sample 'Biological sequence' 1 273 ;Baker's yeast ; ? 'RPT4, CRL13, PCS1, SUG2, YOR259C' ? 'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae W303' 580240 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 13 1 sample 'Biological sequence' 1 258 ;Baker's yeast ; ? 'RPT5, YTA1, YOR117W, O3258, YOR3258W' ? 'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae W303' 580240 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 14 1 sample 'Biological sequence' 1 12 Human ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli BL21' 511693 ? ? ? ? ? ? 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P33297 176 ? 433 ? 176 433 14 14 6EF0 s 1 ? 12 ? 6EF0 117 ? 128 ? 117 128 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetradecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 14 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 43600 ? 1 MORE -215 ? 1 'SSA (A^2)' 152530 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 'gel filtration' 'purification of holoenzyme' 2 1 microscopy 'EM density' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLN A 17 ? THR A 25 ? GLN A 27 THR A 35 1 ? 9 HELX_P HELX_P2 AA2 ILE A 77 ? GLY A 99 ? ILE A 87 GLY A 109 1 ? 23 HELX_P HELX_P3 AA3 PRO A 103 ? ALA A 108 ? PRO A 113 ALA A 118 1 ? 6 HELX_P HELX_P4 AA4 ALA A 112 ? TYR A 118 ? ALA A 122 TYR A 128 1 ? 7 HELX_P HELX_P5 AA5 LEU A 172 ? LYS A 177 ? LEU A 182 LYS A 187 1 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 GLU A 190 ? GLY A 205 ? GLU A 200 GLY A 215 1 ? 16 HELX_P HELX_P7 AA7 ALA A 228 ? LEU A 235 ? ALA A 238 LEU A 245 5 ? 8 HELX_P HELX_P8 AA8 GLN B 20 ? GLY B 31 ? GLN B 20 GLY B 31 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 AA9 TYR B 82 ? SER B 96 ? TYR B 82 SER B 96 1 ? 15 HELX_P HELX_P10 AB1 TYR B 97 ? GLY B 102 ? TYR B 97 GLY B 102 1 ? 6 HELX_P HELX_P11 AB2 LEU B 109 ? GLU B 120 ? LEU B 109 GLU B 120 1 ? 12 HELX_P HELX_P12 AB3 GLY B 167 ? TRP B 179 ? GLY B 167 TRP B 179 1 ? 13 HELX_P HELX_P13 AB4 GLU B 184 ? GLU B 198 ? GLU B 184 GLU B 198 1 ? 15 HELX_P HELX_P14 AB5 ASN B 205 ? ASP B 207 ? ASN B 205 ASP B 207 5 ? 3 HELX_P HELX_P15 AB6 TYR C 20 ? ILE C 29 ? TYR C 20 ILE C 29 1 ? 10 HELX_P HELX_P16 AB7 SER C 30 ? ALA C 32 ? SER C 30 ALA C 32 5 ? 3 HELX_P HELX_P17 AB8 THR C 81 ? ALA C 84 ? THR C 81 ALA C 84 5 ? 4 HELX_P HELX_P18 AB9 ILE C 86 ? ASN C 103 ? ILE C 86 ASN C 103 1 ? 18 HELX_P HELX_P19 AC1 LEU C 111 ? THR C 123 ? LEU C 111 THR C 123 1 ? 13 HELX_P HELX_P20 AC2 THR C 169 ? GLN C 177 ? THR C 169 GLN C 177 1 ? 9 HELX_P HELX_P21 AC3 ALA C 189 ? SER C 198 ? ALA C 189 SER C 198 1 ? 10 HELX_P HELX_P22 AC4 THR C 207 ? LEU C 211 ? THR C 207 LEU C 211 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 AC5 LYS C 231 ? THR C 242 ? LYS C 231 THR C 242 1 ? 12 HELX_P HELX_P24 AC6 ILE D 17 ? VAL D 27 ? ILE D 17 VAL D 27 1 ? 11 HELX_P HELX_P25 AC7 LYS D 28 ? GLY D 30 ? LYS D 28 GLY D 30 5 ? 3 HELX_P HELX_P26 AC8 ASP D 81 ? LEU D 100 ? ASP D 81 LEU D 100 1 ? 20 HELX_P HELX_P27 AC9 TYR D 108 ? TYR D 120 ? TYR D 108 TYR D 120 1 ? 13 HELX_P HELX_P28 AD1 VAL D 171 ? TYR D 179 ? VAL D 171 TYR D 179 1 ? 9 HELX_P HELX_P29 AD2 THR D 187 ? LEU D 200 ? THR D 187 LEU D 200 1 ? 14 HELX_P HELX_P30 AD3 GLU D 201 ? VAL D 203 ? GLU D 201 VAL D 203 5 ? 3 HELX_P HELX_P31 AD4 LYS D 216 ? ASP D 220 ? LYS D 216 ASP D 220 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 AD5 SER D 225 ? GLU D 239 ? SER D 225 GLU D 239 1 ? 15 HELX_P HELX_P33 AD6 LEU E 21 ? ALA E 30 ? LEU E 21 ALA E 30 1 ? 10 HELX_P HELX_P34 AD7 ALA E 85 ? TYR E 103 ? ALA E 85 TYR E 103 1 ? 19 HELX_P HELX_P35 AD8 VAL E 109 ? ASP E 118 ? VAL E 109 ASP E 118 1 ? 10 HELX_P HELX_P36 AD9 LEU E 119 ? ARG E 122 ? LEU E 119 ARG E 122 5 ? 4 HELX_P HELX_P37 AE1 SER E 176 ? ASN E 185 ? SER E 176 ASN E 185 1 ? 10 HELX_P HELX_P38 AE2 THR E 192 ? MET E 208 ? THR E 192 MET E 208 1 ? 17 HELX_P HELX_P39 AE3 ASP E 213 ? ASN E 215 ? ASP E 213 ASN E 215 5 ? 3 HELX_P HELX_P40 AE4 ASP E 232 ? ILE E 240 ? ASP E 232 ILE E 240 1 ? 9 HELX_P HELX_P41 AE5 LYS E 241 ? ALA E 248 ? LYS E 241 ALA E 248 5 ? 8 HELX_P HELX_P42 AE6 LEU F 19 ? GLY F 32 ? LEU F 19 GLY F 32 1 ? 14 HELX_P HELX_P43 AE7 ALA F 78 ? SER F 95 ? ALA F 78 SER F 95 1 ? 18 HELX_P HELX_P44 AE8 VAL F 105 ? ASN F 119 ? VAL F 105 ASN F 119 1 ? 15 HELX_P HELX_P45 AE9 SER F 165 ? THR F 175 ? SER F 165 THR F 175 1 ? 11 HELX_P HELX_P46 AF1 ASN F 185 ? ALA F 196 ? ASN F 185 ALA F 196 1 ? 12 HELX_P HELX_P47 AF2 ASP F 226 ? ILE F 234 ? ASP F 226 ILE F 234 5 ? 9 HELX_P HELX_P48 AF3 TYR G 24 ? ASN G 31 ? TYR G 26 ASN G 33 1 ? 8 HELX_P HELX_P49 AF4 ILE G 80 ? LYS G 102 ? ILE G 82 LYS G 104 1 ? 23 HELX_P HELX_P50 AF5 PRO G 106 ? VAL G 118 ? PRO G 108 VAL G 120 1 ? 13 HELX_P HELX_P51 AF6 GLN G 119 ? THR G 122 ? GLN G 121 THR G 124 5 ? 4 HELX_P HELX_P52 AF7 THR G 163 ? LYS G 165 ? THR G 165 LYS G 167 5 ? 3 HELX_P HELX_P53 AF8 GLY G 166 ? ASP G 179 ? GLY G 168 ASP G 181 1 ? 14 HELX_P HELX_P54 AF9 SER G 186 ? HIS G 202 ? SER G 188 HIS G 204 1 ? 17 HELX_P HELX_P55 AG1 GLU G 203 ? LYS G 206 ? GLU G 205 LYS G 208 5 ? 4 HELX_P HELX_P56 AG2 LEU G 219 ? ASN G 223 ? LEU G 221 ASN G 225 1 ? 5 HELX_P HELX_P57 AG3 GLY G 231 ? GLU G 244 ? 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OXT HXT sing N N 308 MET N CA sing N N 309 MET N H sing N N 310 MET N H2 sing N N 311 MET CA C sing N N 312 MET CA CB sing N N 313 MET CA HA sing N N 314 MET C O doub N N 315 MET C OXT sing N N 316 MET CB CG sing N N 317 MET CB HB2 sing N N 318 MET CB HB3 sing N N 319 MET CG SD sing N N 320 MET CG HG2 sing N N 321 MET CG HG3 sing N N 322 MET SD CE sing N N 323 MET CE HE1 sing N N 324 MET CE HE2 sing N N 325 MET CE HE3 sing N N 326 MET OXT HXT sing N N 327 PHE N CA sing N N 328 PHE N H sing N N 329 PHE N H2 sing N N 330 PHE CA C sing N N 331 PHE CA CB sing N N 332 PHE CA HA sing N N 333 PHE C O doub N N 334 PHE C OXT sing N N 335 PHE CB CG sing N N 336 PHE CB HB2 sing N N 337 PHE CB HB3 sing N N 338 PHE CG CD1 doub Y N 339 PHE CG CD2 sing Y N 340 PHE CD1 CE1 sing Y N 341 PHE CD1 HD1 sing N N 342 PHE CD2 CE2 doub Y N 343 PHE CD2 HD2 sing N N 344 PHE CE1 CZ doub Y N 345 PHE CE1 HE1 sing N N 346 PHE CE2 CZ sing Y N 347 PHE CE2 HE2 sing N N 348 PHE CZ HZ sing N N 349 PHE OXT HXT sing N N 350 PRO N CA sing N N 351 PRO N CD sing N N 352 PRO N H sing N N 353 PRO CA C sing N N 354 PRO CA CB sing N N 355 PRO CA HA sing N N 356 PRO C O doub N N 357 PRO C OXT sing N N 358 PRO CB CG sing N N 359 PRO CB HB2 sing N N 360 PRO CB HB3 sing N N 361 PRO CG CD sing N N 362 PRO CG HG2 sing N N 363 PRO CG HG3 sing N N 364 PRO CD HD2 sing N N 365 PRO CD HD3 sing N N 366 PRO OXT HXT sing N N 367 SER N CA sing N N 368 SER N H sing N N 369 SER N H2 sing N N 370 SER CA C sing N N 371 SER CA CB sing N N 372 SER CA HA sing N N 373 SER C O doub N N 374 SER C OXT sing N N 375 SER CB OG sing N N 376 SER CB HB2 sing N N 377 SER CB HB3 sing N N 378 SER OG HG sing N N 379 SER OXT HXT sing N N 380 THR N CA sing N N 381 THR N H sing N N 382 THR N H2 sing N N 383 THR CA C sing N N 384 THR CA CB sing N N 385 THR CA HA sing N N 386 THR C O doub N N 387 THR C OXT sing N N 388 THR CB OG1 sing N N 389 THR CB CG2 sing N N 390 THR CB HB sing N N 391 THR OG1 HG1 sing N N 392 THR CG2 HG21 sing N N 393 THR CG2 HG22 sing N N 394 THR CG2 HG23 sing N N 395 THR OXT HXT sing N N 396 TRP N CA sing N N 397 TRP N H sing N N 398 TRP N H2 sing N N 399 TRP CA C sing N N 400 TRP CA CB sing N N 401 TRP CA HA sing N N 402 TRP C O doub N N 403 TRP C OXT sing N N 404 TRP CB CG sing N N 405 TRP CB HB2 sing N N 406 TRP CB HB3 sing N N 407 TRP CG CD1 doub Y N 408 TRP CG CD2 sing Y N 409 TRP CD1 NE1 sing Y N 410 TRP CD1 HD1 sing N N 411 TRP CD2 CE2 doub Y N 412 TRP CD2 CE3 sing Y N 413 TRP NE1 CE2 sing Y N 414 TRP NE1 HE1 sing N N 415 TRP CE2 CZ2 sing Y N 416 TRP CE3 CZ3 doub Y N 417 TRP CE3 HE3 sing N N 418 TRP CZ2 CH2 doub Y N 419 TRP CZ2 HZ2 sing N N 420 TRP CZ3 CH2 sing Y N 421 TRP CZ3 HZ3 sing N N 422 TRP CH2 HH2 sing N N 423 TRP OXT HXT sing N N 424 TYR N CA sing N N 425 TYR N H sing N N 426 TYR N H2 sing N N 427 TYR CA C sing N N 428 TYR CA CB sing N N 429 TYR CA HA sing N N 430 TYR C O doub N N 431 TYR C OXT sing N N 432 TYR CB CG sing N N 433 TYR CB HB2 sing N N 434 TYR CB HB3 sing N N 435 TYR CG CD1 doub Y N 436 TYR CG CD2 sing Y N 437 TYR CD1 CE1 sing Y N 438 TYR CD1 HD1 sing N N 439 TYR CD2 CE2 doub Y N 440 TYR CD2 HD2 sing N N 441 TYR CE1 CZ doub Y N 442 TYR CE1 HE1 sing N N 443 TYR CE2 CZ sing Y N 444 TYR CE2 HE2 sing N N 445 TYR CZ OH sing N N 446 TYR OH HH sing N N 447 TYR OXT HXT sing N N 448 VAL N CA sing N N 449 VAL N H sing N N 450 VAL N H2 sing N N 451 VAL CA C sing N N 452 VAL CA CB sing N N 453 VAL CA HA sing N N 454 VAL C O doub N N 455 VAL C OXT sing N N 456 VAL CB CG1 sing N N 457 VAL CB CG2 sing N N 458 VAL CB HB sing N N 459 VAL CG1 HG11 sing N N 460 VAL CG1 HG12 sing N N 461 VAL CG1 HG13 sing N N 462 VAL CG2 HG21 sing N N 463 VAL CG2 HG22 sing N N 464 VAL CG2 HG23 sing N N 465 VAL OXT HXT sing N N 466 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 20 mM ? HEPES 1 2 25 mM ? NaCl 1 3 25 mM ? KCl 1 4 10 mM ? MgCl2 1 5 1 mM ? TCEP 1 6 5 mM ? ATP 1 7 0.05 '% (w/v)' ? 'Nonidet P-40' 1 8 6 mM ? ortho-phenanthroline # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details 'CTF correction was performed by Relion during reconstruction' # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 1 2 ? ? 559292 ? ? 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 'ATCC 204508 / S288c' ? 2 3 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 1 2 ? 580240 'Saccharomyces cerevisiae W303' ? 'ATCC 204508 / S288c' 2 3 ? 511693 'Escherichia coli BL21' ? BL21 # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details 'Camera was operated in counting mode' # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50 _em_image_recording.average_exposure_time 6.25 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 11656 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name ? _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width ? _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details 'Particles were selected using the Relion template-based particle picker' _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 579361 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? Leginon 3.2 ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? MotionCorr2 2 1 ? ? 5 'CTF CORRECTION' ? RELION 2.1 1 ? ? 6 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND 4 1 ? ? 7 'CTF CORRECTION' ? Gctf ? 1 ? ? 8 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 9 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 10 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' 1.12 ? 1 ? 11 'MODEL FITTING' ? PHENIX 1.11-2580 ? 1 ? 12 OTHER ? ? ? ? ? ? 13 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2.1 1 ? ? 14 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2.1 1 ? ? 15 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 16 RECONSTRUCTION ? RELION 2.1 1 ? ? 17 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.11-2580 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 25 _em_specimen.details ;26S proteasomes were diluted to a concentration of 20 micromolar in a buffer with an ATP regeneration system, and 6 mM ortho-phenanthroline. This solution was mixed with an equal volume of 50 micromolar ubiquitinated model substrate ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' R01-GM094497 1 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' DP2-EB020402 2 # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.type 'experimental model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name PDB _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 5MPC # _atom_sites.entry_id 6EF0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 # loop_ _atom_type.symbol C H N O P S # loop_