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SVGANTSAAQTLLQMDYKDDMKVDDAIELALKTLSKTTDSSALTYDRLEFATIRKGANDGEVYQKIFKPQEIKDILVKTG I ; C ? 4 'polypeptide(L)' no no ;SGYDRALSIFSPDGHIFQVEYALEAVKRGTCAVGVKGKNCVVLGCERRSTLKLQDTRITPSKVSKIDSHVVLSFSGLNAD SRILIEKARVEAQSHRLTLEDPVTVEYLTRYVAGVQQRYTQSGGVRPFGVSTLIAGFDPRDDEPKLYQTEPSGIYSSWSA QTIGRNSKTVREFLEKNYDRKEPPATVEECVKLTVRSLLEVVQTGAKNIEITVVKPDSDIVALSSEEINQYVTQIEQEKQ E ; ;SGYDRALSIFSPDGHIFQVEYALEAVKRGTCAVGVKGKNCVVLGCERRSTLKLQDTRITPSKVSKIDSHVVLSFSGLNAD SRILIEKARVEAQSHRLTLEDPVTVEYLTRYVAGVQQRYTQSGGVRPFGVSTLIAGFDPRDDEPKLYQTEPSGIYSSWSA QTIGRNSKTVREFLEKNYDRKEPPATVEECVKLTVRSLLEVVQTGAKNIEITVVKPDSDIVALSSEEINQYVTQIEQEKQ E ; D ? 5 'polypeptide(L)' no no ;FLTRSEYDRGVSTFSPEGRLFQVEYSLEAIKLGSTAIGIATKEGVVLGVEKRATSPLLESDSIEKIVEIDRHIGCAMSGL TADARSMIEHARTAAVTHNLYYDEDINVESLTQSVCDLALRFGEGASGEERLMSRPFGVALLIAGHDADDGYQLFHAEPS GTFYRYNAKAIGSGSEGAQAELLNEWHSSLTLKEAELLVLKILKQVMEEKLDENNAQLSCITKQDGFKIYDNEKTAELIK ELKEKEA ; ;FLTRSEYDRGVSTFSPEGRLFQVEYSLEAIKLGSTAIGIATKEGVVLGVEKRATSPLLESDSIEKIVEIDRHIGCAMSGL TADARSMIEHARTAAVTHNLYYDEDINVESLTQSVCDLALRFGEGASGEERLMSRPFGVALLIAGHDADDGYQLFHAEPS GTFYRYNAKAIGSGSEGAQAELLNEWHSSLTLKEAELLVLKILKQVMEEKLDENNAQLSCITKQDGFKIYDNEKTAELIK ELKEKEA ; E ? 6 'polypeptide(L)' no no ;RNNYDGDTVTFSPTGRLFQVEYALEAIKQGSVTVGLRSNTHAVLVALKRNADELSSYQKKIIKCDEHMGLSLAGLAPDAR VLSNYLRQQCNYSSLVFNRKLAVERAGHLLCDKAQKNTQSYGGRPYGVGLLIIGYDKSGAHLLEFQPSGNVTELYGTAIG ARSQGAKTYLERTLDTFIKIDGNPDELIKAGVEAISQSLRDESLTVDNLSIAIVGKDTPFTIYDGEAVAKYI ; ;RNNYDGDTVTFSPTGRLFQVEYALEAIKQGSVTVGLRSNTHAVLVALKRNADELSSYQKKIIKCDEHMGLSLAGLAPDAR VLSNYLRQQCNYSSLVFNRKLAVERAGHLLCDKAQKNTQSYGGRPYGVGLLIIGYDKSGAHLLEFQPSGNVTELYGTAIG ARSQGAKTYLERTLDTFIKIDGNPDELIKAGVEAISQSLRDESLTVDNLSIAIVGKDTPFTIYDGEAVAKYI ; F ? 7 'polypeptide(L)' no no ;SIGTGYDLSNSVFSPDGRNFQVEYAVKAVENGTTSIGIKCNDGVVFAVEKLITSKLLVPQKNVKIQVVDRHIGCVYSGLI PDGRHLVNRGREEAASFKKLYKTPIPIPAFADRLGQYVQAHTLYNSVRPFGVSTIFGGVDKNGAHLYMLEPSGSYWGYKG AATGKGRQSAKAELEKLVDHHPEGLSAREAVKQAAKIIYLAHEDNKEKDFELEISWCSLSETNGLHKFVKGDLLQEAIDF AQKEIN ; ;SIGTGYDLSNSVFSPDGRNFQVEYAVKAVENGTTSIGIKCNDGVVFAVEKLITSKLLVPQKNVKIQVVDRHIGCVYSGLI PDGRHLVNRGREEAASFKKLYKTPIPIPAFADRLGQYVQAHTLYNSVRPFGVSTIFGGVDKNGAHLYMLEPSGSYWGYKG AATGKGRQSAKAELEKLVDHHPEGLSAREAVKQAAKIIYLAHEDNKEKDFELEISWCSLSETNGLHKFVKGDLLQEAIDF AQKEIN ; G ? 8 'polypeptide(L)' no no ;SVTMMTVEEKPDVTYSDVGGCKDQIEKLREVVELPLLSPERFATLGIDPPKGILLYGPPGTGKTLCARAVANRTDATFIR VIGSELVQKYVGEGARMVRELFEMARTKKACIIFFDEIDAVGGARFDDGAGGDNEVQRTMLELITQLDGFDPRGNIKVMF ATNRPNTLDPALLRPGRIDRKVEFSLPDLEGRANIFRIHSKSMSVERGIRWELISRLCPNSTGAELRSVCTEAGMFAIRA RRKVATEKDFLKAVDKVISGYKKFSSTSRYMQY ; ;SVTMMTVEEKPDVTYSDVGGCKDQIEKLREVVELPLLSPERFATLGIDPPKGILLYGPPGTGKTLCARAVANRTDATFIR VIGSELVQKYVGEGARMVRELFEMARTKKACIIFFDEIDAVGGARFDDGAGGDNEVQRTMLELITQLDGFDPRGNIKVMF ATNRPNTLDPALLRPGRIDRKVEFSLPDLEGRANIFRIHSKSMSVERGIRWELISRLCPNSTGAELRSVCTEAGMFAIRA RRKVATEKDFLKAVDKVISGYKKFSSTSRYMQY ; H ? 9 'polypeptide(L)' no no ;TESYSDIGGLESQIQEIKESVELPLTHPELYEEMGIKPPKGVILYGAPGTGKTLLAKAVANQTSATFLRIVGSELIQKYL 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LAVGKVMNKNQETAISVAKLFK ; J ? 11 'polypeptide(L)' no no ;TYADVGGLDMQKQEIREAVELPLVQADLYEQIGIDPPRGVLLYGPPGTGKTMLVKAVANSTKAAFIRVNGSEFVHKYLGE GPRMVRDVFRLARENAPSIIFIDEVDSIATKRFDAQTGSDREVQRILIELLTQMDGFDQSTNVKVIMATNRADTLDPALL RPGRLDRKIEFPSLRDRRERRLIFGTIASKMSLAPEADLDSLIIRNDSLSGAVIAAIMQEAGLRAVRKNRYVILQSDLEE AYATQVKTDNTVDKFDFYK ; ;TYADVGGLDMQKQEIREAVELPLVQADLYEQIGIDPPRGVLLYGPPGTGKTMLVKAVANSTKAAFIRVNGSEFVHKYLGE GPRMVRDVFRLARENAPSIIFIDEVDSIATKRFDAQTGSDREVQRILIELLTQMDGFDQSTNVKVIMATNRADTLDPALL RPGRLDRKIEFPSLRDRRERRLIFGTIASKMSLAPEADLDSLIIRNDSLSGAVIAAIMQEAGLRAVRKNRYVILQSDLEE AYATQVKTDNTVDKFDFYK ; K ? 12 'polypeptide(L)' no no ;LVYNMTSFEQGEITFDGIGGLTEQIRELREVIELPLKNPEIFQRVGIKPPKGVLLYGPPGTGKTLLAKAVAATIGANFIF SPASGIVDKYIGESARIIREMFAYAKEHEPCIIFMDEVDAIGGRRFSEGTSADREIQRTLMELLTQMDGFDNLGQTKIIM ATNRPDTLDPALLRPGRLDRKVEIPLPNEAGRLEIFKIHTAKVKKTGEFDFEAAVKMSDGFNGADIRNCATEAGFFAIRD DRDHINPDDLMKAVRKVAEVKKLE ; ;LVYNMTSFEQGEITFDGIGGLTEQIRELREVIELPLKNPEIFQRVGIKPPKGVLLYGPPGTGKTLLAKAVAATIGANFIF SPASGIVDKYIGESARIIREMFAYAKEHEPCIIFMDEVDAIGGRRFSEGTSADREIQRTLMELLTQMDGFDNLGQTKIIM ATNRPDTLDPALLRPGRLDRKVEIPLPNEAGRLEIFKIHTAKVKKTGEFDFEAAVKMSDGFNGADIRNCATEAGFFAIRD DRDHINPDDLMKAVRKVAEVKKLE ; L ? 13 'polypeptide(L)' no no ;SRVKAMEVDEKPTETYSDVGGLDKQIEELVEAIVLPMKRADKFKDMGIRAPKGALMYGPPGTGKTLLARACAAQTNATFL KLAAPQLVQMYIGEGAKLVRDAFALAKEKAPTIIFIDELDAIGTKRFDSEKSGDREVQRTMLELLNQLDGFSSDDRVKVL AATNRVDVLDPALLRSGRLDRKIEFPLPSEDSRAQILQIHSRKMTTDDDINWQELARSTDEFNGAQLKAVTVEAGMIALR NGQSSVKHEDFVEGISEVQARKSKSVSFYA ; ;SRVKAMEVDEKPTETYSDVGGLDKQIEELVEAIVLPMKRADKFKDMGIRAPKGALMYGPPGTGKTLLARACAAQTNATFL KLAAPQLVQMYIGEGAKLVRDAFALAKEKAPTIIFIDELDAIGTKRFDSEKSGDREVQRTMLELLNQLDGFSSDDRVKVL AATNRVDVLDPALLRSGRLDRKIEFPLPSEDSRAQILQIHSRKMTTDDDINWQELARSTDEFNGAQLKAVTVEAGMIALR NGQSSVKHEDFVEGISEVQARKSKSVSFYA ; M ? 14 'polypeptide(L)' no no NNENVSARLGGASIAV NNENVSARLGGASIAV s ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 15 "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ATP 16 "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 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_entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 252 ;Baker's yeast ; ? 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'RPT3, YNT1, YTA2, YDR394W, D9509.14' ? 'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae S288c' 559292 ? ? ? ? ? ? YYS40 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 12 1 sample 'Biological sequence' 1 264 ;Baker's yeast ; ? 'RPT4, CRL13, PCS1, SUG2, YOR259C' ? 'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae S288c' 559292 ? ? ? ? ? ? YYS40 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 13 1 sample 'Biological sequence' 1 270 ;Baker's yeast ; ? 'RPT5, YTA1, YOR117W, O3258, YOR3258W' ? 'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae S288c' 559292 ? ? ? ? ? ? YYS40 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 14 1 sample 'Biological sequence' 1 16 Human ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli BL21' 511693 ? ? ? ? ? ? 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T N N 15 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP PSA1_YEAST P21243 ? 1 ;AGYDRHITIFSPEGRLYQVEYAFKATNQTNINSLAVRGKDCTVVISQKKVPDKLLDPTTVSYIFCISRTIGMVVNGPIPD ARNAALRAKAEAAEFRYKYGYDMPCDVLAKRMANLSQIYTQRAYMRPLGVILTFVSVDEELGPSIYKTDPAGYYVGYKAT ATGPKQQEITTNLENHFKKSKIDHINEESWEKVVEFAITHMIDALGTEFSKNDLEVGVATKDKFFTLSAENIEERLVA ; 10 2 UNP PSA2_YEAST P23639 ? 2 ;MTDRYSFSLTTFSPSGKLGQIDYALTAVKQGVTSLGIKATNGVVIATEKKSSSPLAMSETLSKVSLLTPDIGAVYSGMGP DYRVLVDKSRKVAHTSYKRIYGEYPPTKLLVSEVAKIMQEATQSGGVRPFGVSLLIAGHDEFNGFSLYQVDPSGSYFPWK ATAIGKGSVAAKTFLEKRWNDELELEDAIHIALLTLKESVEGEFNGDTIELAIIGDENPDLLGYTGIPTDKGPRFRKLTS QEINDRLEA ; 1 3 UNP PSA3_YEAST P23638 ? 3 ;RRYDSRTTIFSPEGRLYQVEYALESISHAGTAIGIMASDGIVLAAERKVTSTLLEQDTSTEKLYKLNDKIAVAVAGLTAD AEILINTARIHAQNYLKTYNEDIPVEILVRRLSDIKQGYTQHGGLRPFGVSFIYAGYDDRYGYQLYTSNPSGNYTGWKAI SVGANTSAAQTLLQMDYKDDMKVDDAIELALKTLSKTTDSSALTYDRLEFATIRKGANDGEVYQKIFKPQEIKDILVKTG I ; 4 4 UNP PSA4_YEAST P40303 ? 4 ;SGYDRALSIFSPDGHIFQVEYALEAVKRGTCAVGVKGKNCVVLGCERRSTLKLQDTRITPSKVSKIDSHVVLSFSGLNAD SRILIEKARVEAQSHRLTLEDPVTVEYLTRYVAGVQQRYTQSGGVRPFGVSTLIAGFDPRDDEPKLYQTEPSGIYSSWSA QTIGRNSKTVREFLEKNYDRKEPPATVEECVKLTVRSLLEVVQTGAKNIEITVVKPDSDIVALSSEEINQYVTQIEQEKQ E ; 2 5 UNP PSA5_YEAST P32379 ? 5 ;FLTRSEYDRGVSTFSPEGRLFQVEYSLEAIKLGSTAIGIATKEGVVLGVEKRATSPLLESDSIEKIVEIDRHIGCAMSGL TADARSMIEHARTAAVTHNLYYDEDINVESLTQSVCDLALRFGEGASGEERLMSRPFGVALLIAGHDADDGYQLFHAEPS GTFYRYNAKAIGSGSEGAQAELLNEWHSSLTLKEAELLVLKILKQVMEEKLDENNAQLSCITKQDGFKIYDNEKTAELIK ELKEKEA ; 2 6 UNP PSA6_YEAST P40302 ? 6 ;RNNYDGDTVTFSPTGRLFQVEYALEAIKQGSVTVGLRSNTHAVLVALKRNADELSSYQKKIIKCDEHMGLSLAGLAPDAR VLSNYLRQQCNYSSLVFNRKLAVERAGHLLCDKAQKNTQSYGGRPYGVGLLIIGYDKSGAHLLEFQPSGNVTELYGTAIG ARSQGAKTYLERTLDTFIKIDGNPDELIKAGVEAISQSLRDESLTVDNLSIAIVGKDTPFTIYDGEAVAKYI ; 3 7 UNP PSA7_YEAST P21242 ? 7 ;SIGTGYDLSNSVFSPDGRNFQVEYAVKAVENGTTSIGIKCNDGVVFAVEKLITSKLLVPQKNVKIQVVDRHIGCVYSGLI PDGRHLVNRGREEAASFKKLYKTPIPIPAFADRLGQYVQAHTLYNSVRPFGVSTIFGGVDKNGAHLYMLEPSGSYWGYKG AATGKGRQSAKAELEKLVDHHPEGLSAREAVKQAAKIIYLAHEDNKEKDFELEISWCSLSETNGLHKFVKGDLLQEAIDF AQKEIN ; 3 8 UNP PRS7_YEAST P33299 ? 8 ;SVTMMTVEEKPDVTYSDVGGCKDQIEKLREVVELPLLSPERFATLGIDPPKGILLYGPPGTGKTLCARAVANRTDATFIR VIGSELVQKYVGEGARMVRELFEMARTKKACIIFFDEIDAVGGARFDDGAGGDNEVQRTMLELITQLDGFDPRGNIKVMF ATNRPNTLDPALLRPGRIDRKVEFSLPDLEGRANIFRIHSKSMSVERGIRWELISRLCPNSTGAELRSVCTEAGMFAIRA RRKVATEKDFLKAVDKVISGYKKFSSTSRYMQY ; 194 9 UNP PRS4_YEAST P40327 ? 9 ;TESYSDIGGLESQIQEIKESVELPLTHPELYEEMGIKPPKGVILYGAPGTGKTLLAKAVANQTSATFLRIVGSELIQKYL GDGPRLCRQIFKVAGENAPSIVFIDEIDAIGTKRYDSNSGGEREIQRTMLELLNQLDGFDDRGDVKVIMATNKIETLDPA LIRPGRIDRKILFENPDLSTKKKILGIHTSKMNLSEDVNLETLVTTKDDLSGADIQAMCTEAGLLALRERRMQVTAEDFK QAKERVMKNKVEENLEGLYL ; 178 10 UNP PRS8_YEAST Q01939 ? 10 ;DSTYDMVGGLTKQIKEIKEVIELPVKHPELFESLGIAQPKGVILYGPPGTGKTLLARAVAHHTDCKFIRVSGAELVQKYI GEGSRMVRELFVMAREHAPSIIFMDEIDSIGSTRVEGSGGGDSEVQRTMLELLNQLDGFETSKNIKIIMATNRLDILDPA LLRPGRIDRKIEFPPPSVAARAEILRIHSRKMNLTRGINLRKVAEKMNGCSGADVKGVCTEAGMYALRERRIHVTQEDFE LAVGKVMNKNQETAISVAKLFK ; 144 11 UNP PRS6B_YEAST P33298 ? 11 ;TYADVGGLDMQKQEIREAVELPLVQADLYEQIGIDPPRGVLLYGPPGTGKTMLVKAVANSTKAAFIRVNGSEFVHKYLGE GPRMVRDVFRLARENAPSIIFIDEVDSIATKRFDAQTGSDREVQRILIELLTQMDGFDQSTNVKVIMATNRADTLDPALL RPGRLDRKIEFPSLRDRRERRLIFGTIASKMSLAPEADLDSLIIRNDSLSGAVIAAIMQEAGLRAVRKNRYVILQSDLEE AYATQVKTDNTVDKFDFYK ; 170 12 UNP PRS10_YEAST P53549 ? 12 ;LVYNMTSFEQGEITFDGIGGLTEQIRELREVIELPLKNPEIFQRVGIKPPKGVLLYGPPGTGKTLLAKAVAATIGANFIF SPASGIVDKYIGESARIIREMFAYAKEHEPCIIFMDEVDAIGGRRFSEGTSADREIQRTLMELLTQMDGFDNLGQTKIIM ATNRPDTLDPALLRPGRLDRKVEIPLPNEAGRLEIFKIHTAKVKKTGEFDFEAAVKMSDGFNGADIRNCATEAGFFAIRD DRDHINPDDLMKAVRKVAEVKKLE ; 166 13 UNP PRS6A_YEAST P33297 ? 13 ;SRVKAMEVDEKPTETYSDVGGLDKQIEELVEAIVLPMKRADKFKDMGIRAPKGALMYGPPGTGKTLLARACAAQTNATFL KLAAPQLVQMYIGEGAKLVRDAFALAKEKAPTIIFIDELDAIGTKRFDSEKSGDREVQRTMLELLNQLDGFSSDDRVKVL AATNRVDVLDPALLRSGRLDRKIEFPLPSEDSRAQILQIHSRKMTTDDDINWQELARSTDEFNGAQLKAVTVEAGMIALR NGQSSVKHEDFVEGISEVQARKSKSVSFYA ; 165 14 PDB 6EF2 6EF2 ? 14 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6EF2 A 1 ? 238 ? 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P33297 165 ? 434 ? 165 434 14 14 6EF2 s 1 ? 16 ? 6EF2 112 ? 127 ? 112 127 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetradecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 14 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 48250 ? 1 MORE -226 ? 1 'SSA (A^2)' 142390 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 'gel filtration' 'purification of holoenzyme' 2 1 microscopy 'EM density' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 TYR A 17 ? ALA A 25 ? TYR A 26 ALA A 34 1 ? 9 HELX_P HELX_P2 AA2 PRO A 77 ? GLY A 100 ? PRO A 86 GLY A 109 1 ? 24 HELX_P HELX_P3 AA3 PRO A 104 ? TYR A 119 ? PRO A 113 TYR A 128 1 ? 16 HELX_P HELX_P4 AA4 LYS A 165 ? LYS A 179 ? LYS A 174 LYS A 188 1 ? 15 HELX_P HELX_P5 AA5 SER A 189 ? GLY A 206 ? SER A 198 GLY A 215 1 ? 18 HELX_P HELX_P6 AA6 GLU A 233 ? ALA A 238 ? GLU A 242 ALA A 247 1 ? 6 HELX_P HELX_P7 AA7 GLN B 20 ? GLY B 31 ? GLN B 20 GLY B 31 1 ? 12 HELX_P HELX_P8 AA8 VAL B 84 ? TYR B 97 ? VAL B 84 TYR B 97 1 ? 14 HELX_P HELX_P9 AA9 TYR B 97 ? GLY B 102 ? TYR B 97 GLY B 102 1 ? 6 HELX_P HELX_P10 AB1 THR B 107 ? GLN B 119 ? THR B 107 GLN B 119 1 ? 13 HELX_P HELX_P11 AB2 SER B 168 ? ARG B 178 ? SER B 168 ARG B 178 1 ? 11 HELX_P HELX_P12 AB3 LEU B 185 ? LYS B 197 ? LEU B 185 LYS B 197 1 ? 13 HELX_P HELX_P13 AB4 ASN B 218 ? LEU B 222 ? ASN B 218 LEU B 222 5 ? 5 HELX_P HELX_P14 AB5 THR B 239 ? ASP B 245 ? THR B 239 ASP B 245 1 ? 7 HELX_P HELX_P15 AB6 ARG B 246 ? ALA B 249 ? ARG B 246 ALA B 249 5 ? 4 HELX_P HELX_P16 AB7 LEU C 16 ? GLU C 24 ? LEU C 19 GLU C 27 1 ? 9 HELX_P HELX_P17 AB8 SER C 25 ? ALA C 29 ? SER C 28 ALA C 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P18 AB9 THR C 78 ? ASN C 100 ? THR C 81 ASN C 103 1 ? 23 HELX_P HELX_P19 AC1 PRO C 104 ? ASP C 114 ? PRO C 107 ASP C 117 1 ? 11 HELX_P HELX_P20 AC2 ASN C 165 ? MET C 175 ? ASN C 168 MET C 178 1 ? 11 HELX_P HELX_P21 AC3 VAL C 183 ? THR C 197 ? VAL C 186 THR C 200 1 ? 15 HELX_P HELX_P22 AC4 THR C 204 ? LEU C 208 ? THR C 207 LEU C 211 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 AC5 LYS C 228 ? GLU C 231 ? LYS C 231 GLU C 234 5 ? 4 HELX_P HELX_P24 AC6 ILE C 232 ? LYS C 238 ? ILE C 235 LYS C 241 1 ? 7 HELX_P HELX_P25 AC7 TYR D 21 ? LYS D 27 ? TYR D 22 LYS D 28 1 ? 7 HELX_P HELX_P26 AC8 ASN D 78 ? GLU D 100 ? ASN D 79 GLU D 101 1 ? 23 HELX_P HELX_P27 AC9 THR D 104 ? GLN D 117 ? THR D 105 GLN D 118 1 ? 14 HELX_P HELX_P28 AD1 GLN D 117 ? SER D 122 ? GLN D 118 SER D 123 1 ? 6 HELX_P HELX_P29 AD2 ASN D 166 ? TYR D 178 ? ASN D 167 TYR D 179 1 ? 13 HELX_P HELX_P30 AD3 THR D 186 ? VAL D 195 ? THR D 187 VAL D 196 1 ? 10 HELX_P HELX_P31 AD4 LEU D 198 ? GLN D 203 ? LEU D 199 GLN D 204 1 ? 6 HELX_P HELX_P32 AD5 SER D 225 ? GLN D 230 ? SER D 226 GLN D 231 1 ? 6 HELX_P HELX_P33 AD6 GLN D 230 ? GLU D 238 ? GLN D 231 GLU D 239 1 ? 9 HELX_P HELX_P34 AD7 PHE E 21 ? LYS E 31 ? PHE E 22 LYS E 32 1 ? 11 HELX_P HELX_P35 AD8 GLU E 59 ? ILE E 63 ? GLU E 60 ILE E 64 5 ? 5 HELX_P HELX_P36 AD9 LEU E 80 ? ARG E 92 ? LEU E 81 ARG E 93 1 ? 13 HELX_P HELX_P37 AE1 THR E 93 ? TYR E 102 ? THR E 94 TYR E 103 1 ? 10 HELX_P HELX_P38 AE2 ASN E 107 ? LEU E 120 ? ASN E 108 LEU E 121 1 ? 14 HELX_P HELX_P39 AE3 ARG E 121 ? GLY E 123 ? ARG E 122 GLY E 124 5 ? 3 HELX_P HELX_P40 AE4 GLY E 177 ? LEU E 182 ? GLY E 178 LEU E 183 1 ? 6 HELX_P HELX_P41 AE5 LEU E 183 ? GLU E 185 ? LEU E 184 GLU E 186 5 ? 3 HELX_P HELX_P42 AE6 ALA E 195 ? VAL E 206 ? ALA E 196 VAL E 207 1 ? 12 HELX_P HELX_P43 AE7 ASP E 231 ? ALA E 247 ? ASP E 232 ALA E 248 1 ? 17 HELX_P HELX_P44 AE8 LEU F 17 ? LEU F 24 ? LEU F 19 LEU F 26 1 ? 8 HELX_P HELX_P45 AE9 GLU F 25 ? GLY F 30 ? GLU F 27 GLY F 32 5 ? 6 HELX_P HELX_P46 AF1 ALA F 76 ? CYS F 90 ? ALA F 78 CYS F 92 1 ? 15 HELX_P HELX_P47 AF2 ALA F 102 ? SER F 120 ? ALA F 104 SER F 122 1 ? 19 HELX_P HELX_P48 AF3 SER F 163 ? LEU F 174 ? SER F 165 LEU F 176 1 ? 12 HELX_P HELX_P49 AF4 ASN F 183 ? SER F 196 ? ASN F 185 SER F 198 1 ? 14 HELX_P HELX_P50 AF5 THR F 205 ? LEU F 209 ? THR F 207 LEU F 211 5 ? 5 HELX_P HELX_P51 AF6 ASP F 224 ? VAL F 228 ? ASP F 226 VAL F 230 5 ? 5 HELX_P HELX_P52 AF7 ASN G 19 ? GLU G 30 ? ASN G 21 GLU G 32 1 ? 12 HELX_P HELX_P53 AF8 PRO G 81 ? ALA G 95 ? PRO G 83 ALA G 97 1 ? 15 HELX_P HELX_P54 AF9 PHE G 97 ? LYS G 102 ? PHE G 99 LYS G 104 1 ? 6 HELX_P HELX_P55 AG1 PRO G 106 ? HIS G 121 ? PRO G 108 HIS G 123 1 ? 16 HELX_P HELX_P56 AG2 GLY G 166 ? LEU G 174 ? GLY G 168 LEU G 176 1 ? 9 HELX_P HELX_P57 AG3 LEU G 174 ? HIS G 181 ? LEU G 176 HIS G 183 1 ? 8 HELX_P HELX_P58 AG4 ALA G 187 ? GLU G 203 ? ALA G 189 GLU G 205 1 ? 17 HELX_P HELX_P59 AG5 ASP G 204 ? LYS G 206 ? ASP G 206 LYS G 208 5 ? 3 HELX_P HELX_P60 AG6 LEU G 233 ? ILE G 238 ? LEU G 235 ILE G 240 1 ? 6 HELX_P HELX_P61 AG7 ILE G 238 ? ASN G 246 ? ILE G 240 ASN G 248 1 ? 9 HELX_P HELX_P62 AG8 VAL H 2 ? THR H 6 ? VAL H 195 THR H 199 1 ? 5 HELX_P HELX_P63 AG9 ASP H 23 ? VAL H 32 ? ASP H 216 VAL H 225 1 ? 10 HELX_P HELX_P64 AH1 VAL H 32 ? SER H 38 ? VAL H 225 SER H 231 1 ? 7 HELX_P HELX_P65 AH2 PRO H 39 ? GLY H 46 ? PRO H 232 GLY H 239 1 ? 8 HELX_P HELX_P66 AH3 LYS H 63 ? ASP H 75 ? LYS H 256 ASP H 268 1 ? 13 HELX_P HELX_P67 AH4 GLY H 94 ? LYS H 108 ? GLY H 287 LYS H 301 1 ? 15 HELX_P HELX_P68 AH5 ASN H 134 ? ASP H 148 ? ASN H 327 ASP H 341 1 ? 15 HELX_P HELX_P69 AH6 ARG H 164 ? LEU H 168 ? ARG H 357 LEU H 361 5 ? 5 HELX_P HELX_P70 AH7 ASP H 188 ? ALA H 193 ? ASP H 381 ALA H 386 1 ? 6 HELX_P HELX_P71 AH8 ILE H 195 ? SER H 200 ? 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OXT HXT sing N N 308 MET N CA sing N N 309 MET N H sing N N 310 MET N H2 sing N N 311 MET CA C sing N N 312 MET CA CB sing N N 313 MET CA HA sing N N 314 MET C O doub N N 315 MET C OXT sing N N 316 MET CB CG sing N N 317 MET CB HB2 sing N N 318 MET CB HB3 sing N N 319 MET CG SD sing N N 320 MET CG HG2 sing N N 321 MET CG HG3 sing N N 322 MET SD CE sing N N 323 MET CE HE1 sing N N 324 MET CE HE2 sing N N 325 MET CE HE3 sing N N 326 MET OXT HXT sing N N 327 PHE N CA sing N N 328 PHE N H sing N N 329 PHE N H2 sing N N 330 PHE CA C sing N N 331 PHE CA CB sing N N 332 PHE CA HA sing N N 333 PHE C O doub N N 334 PHE C OXT sing N N 335 PHE CB CG sing N N 336 PHE CB HB2 sing N N 337 PHE CB HB3 sing N N 338 PHE CG CD1 doub Y N 339 PHE CG CD2 sing Y N 340 PHE CD1 CE1 sing Y N 341 PHE CD1 HD1 sing N N 342 PHE CD2 CE2 doub Y N 343 PHE CD2 HD2 sing N N 344 PHE CE1 CZ doub Y N 345 PHE CE1 HE1 sing N N 346 PHE CE2 CZ sing Y N 347 PHE CE2 HE2 sing N N 348 PHE CZ HZ sing N N 349 PHE OXT HXT sing N N 350 PRO N CA sing N N 351 PRO N CD sing N N 352 PRO N H sing N N 353 PRO CA C sing N N 354 PRO CA CB sing N N 355 PRO CA HA sing N N 356 PRO C O doub N N 357 PRO C OXT sing N N 358 PRO CB CG sing N N 359 PRO CB HB2 sing N N 360 PRO CB HB3 sing N N 361 PRO CG CD sing N N 362 PRO CG HG2 sing N N 363 PRO CG HG3 sing N N 364 PRO CD HD2 sing N N 365 PRO CD HD3 sing N N 366 PRO OXT HXT sing N N 367 SER N CA sing N N 368 SER N H sing N N 369 SER N H2 sing N N 370 SER CA C sing N N 371 SER CA CB sing N N 372 SER CA HA sing N N 373 SER C O doub N N 374 SER C OXT sing N N 375 SER CB OG sing N N 376 SER CB HB2 sing N N 377 SER CB HB3 sing N N 378 SER OG HG sing N N 379 SER OXT HXT sing N N 380 THR N CA sing N N 381 THR N H sing N N 382 THR N H2 sing N N 383 THR CA C sing N N 384 THR CA CB sing N N 385 THR CA HA sing N N 386 THR C O doub N N 387 THR C OXT sing N N 388 THR CB OG1 sing N N 389 THR CB CG2 sing N N 390 THR CB HB sing N N 391 THR OG1 HG1 sing N N 392 THR CG2 HG21 sing N N 393 THR CG2 HG22 sing N N 394 THR CG2 HG23 sing N N 395 THR OXT HXT sing N N 396 TRP N CA sing N N 397 TRP N H sing N N 398 TRP N H2 sing N N 399 TRP CA C sing N N 400 TRP CA CB sing N N 401 TRP CA HA sing N N 402 TRP C O doub N N 403 TRP C OXT sing N N 404 TRP CB CG sing N N 405 TRP CB HB2 sing N N 406 TRP CB HB3 sing N N 407 TRP CG CD1 doub Y N 408 TRP CG CD2 sing Y N 409 TRP CD1 NE1 sing Y N 410 TRP CD1 HD1 sing N N 411 TRP CD2 CE2 doub Y N 412 TRP CD2 CE3 sing Y N 413 TRP NE1 CE2 sing Y N 414 TRP NE1 HE1 sing N N 415 TRP CE2 CZ2 sing Y N 416 TRP CE3 CZ3 doub Y N 417 TRP CE3 HE3 sing N N 418 TRP CZ2 CH2 doub Y N 419 TRP CZ2 HZ2 sing N N 420 TRP CZ3 CH2 sing Y N 421 TRP CZ3 HZ3 sing N N 422 TRP CH2 HH2 sing N N 423 TRP OXT HXT sing N N 424 TYR N CA sing N N 425 TYR N H sing N N 426 TYR N H2 sing N N 427 TYR CA C sing N N 428 TYR CA CB sing N N 429 TYR CA HA sing N N 430 TYR C O doub N N 431 TYR C OXT sing N N 432 TYR CB CG sing N N 433 TYR CB HB2 sing N N 434 TYR CB HB3 sing N N 435 TYR CG CD1 doub Y N 436 TYR CG CD2 sing Y N 437 TYR CD1 CE1 sing Y N 438 TYR CD1 HD1 sing N N 439 TYR CD2 CE2 doub Y N 440 TYR CD2 HD2 sing N N 441 TYR CE1 CZ doub Y N 442 TYR CE1 HE1 sing N N 443 TYR CE2 CZ sing Y N 444 TYR CE2 HE2 sing N N 445 TYR CZ OH sing N N 446 TYR OH HH sing N N 447 TYR OXT HXT sing N N 448 VAL N CA sing N N 449 VAL N H sing N N 450 VAL N H2 sing N N 451 VAL CA C sing N N 452 VAL CA CB sing N N 453 VAL CA HA sing N N 454 VAL C O doub N N 455 VAL C OXT sing N N 456 VAL CB CG1 sing N N 457 VAL CB CG2 sing N N 458 VAL CB HB sing N N 459 VAL CG1 HG11 sing N N 460 VAL CG1 HG12 sing N N 461 VAL CG1 HG13 sing N N 462 VAL CG2 HG21 sing N N 463 VAL CG2 HG22 sing N N 464 VAL CG2 HG23 sing N N 465 VAL OXT HXT sing N N 466 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 20 mM ? HEPES 1 2 25 mM ? NaCl 1 3 25 mM ? KCl 1 4 10 mM ? MgCl2 1 5 1 mM ? TCEP 1 6 5 mM ? ATP 1 7 0.05 '% (w/v)' ? 'Nonidet P-40' 1 8 6 mM ? ortho-phenanthroline # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details 'CTF correction was performed by Relion during reconstruction' # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 1 2 ? ? 559292 ? ? 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 'ATCC 204508 / S288c' ? 2 3 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 2 ? 580240 'Saccharomyces cerevisiae W303' ? ? 3 3 ? 511693 'Escherichia coli BL21' ? BL21 # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details 'Camera was operated in counting mode' # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50 _em_image_recording.average_exposure_time 6.25 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 11656 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name ? _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width ? _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details 'Particles were selected using the Relion template-based particle picker' _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 579361 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? Leginon 3.2 ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? MotionCorr2 2 1 ? ? 5 'CTF CORRECTION' ? RELION 2.1 1 ? ? 6 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND 4 1 ? ? 7 'CTF CORRECTION' ? Gctf ? 1 ? ? 8 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 9 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 10 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' 1.12 ? 1 ? 11 'MODEL FITTING' ? PHENIX 1.11-2580 ? 1 ? 12 OTHER ? ? ? ? ? ? 13 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2.1 1 ? ? 14 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2.1 1 ? ? 15 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 16 RECONSTRUCTION ? RELION 2.1 1 ? ? 17 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.11-2580 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 25 _em_specimen.details ;26S proteasomes were diluted to a concentration of 20 micromolar in a buffer with an ATP regeneration system, and 6 mM ortho-phenanthroline. This solution was mixed with an equal volume of 50 micromolar ubiquitinated model substrate ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' R01-GM094497 1 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' DP2-EB020402 2 # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.type 'experimental model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name PDB _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 5MPC # _atom_sites.entry_id 6EF2 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 # loop_ _atom_type.symbol C N O P S # loop_