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LAAMAVLESHWKQDLTKEEAIKLASDAIQAGIWNDLGSGSNVDVCVMEIGKDAEYLRNYLTPNVREEKQKSYKFPRGTTA VLKESIVNICDIQEEQVDITA ; 2 ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSDPSSINGGIVVAMTGKDCVAIACDLRLGSQSLGVSNKFEKIFHYGHVFLGITGLATDVTTLNEMFRYKTNLYKLKEER AIEPETFTQLVSSSLYERRFGPYFVGPVVAGINSKSGKPFIAGFDLIGCIDEAKDFIVSGTASDQLFGMCESLYEPNLEP EDLFETISQALLNAADRDALSGWGAVVYIIKKDEVVKRYLKMRQD ; ;MSDPSSINGGIVVAMTGKDCVAIACDLRLGSQSLGVSNKFEKIFHYGHVFLGITGLATDVTTLNEMFRYKTNLYKLKEER AIEPETFTQLVSSSLYERRFGPYFVGPVVAGINSKSGKPFIAGFDLIGCIDEAKDFIVSGTASDQLFGMCESLYEPNLEP EDLFETISQALLNAADRDALSGWGAVVYIIKKDEVVKRYLKMRQD ; 3 ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MDIILGIRVQDSVILASSKAVTRGISVLKDSDDKTRQLSPHTLMSFAGEAGDTVQFAEYIQANIQLYSIREDYELSPQAV SSFVRQELAKSIRSRRPYQVNVLIGGYDKKKNKPELYQIDYLGTKVELPYGAHGYSGFYTFSLLDHHYRPDMTTEEGLDL LKLCVQELEKRMPMDFKGVIVKIVDKDGIRQVDDFQAQ ; ;MDIILGIRVQDSVILASSKAVTRGISVLKDSDDKTRQLSPHTLMSFAGEAGDTVQFAEYIQANIQLYSIREDYELSPQAV SSFVRQELAKSIRSRRPYQVNVLIGGYDKKKNKPELYQIDYLGTKVELPYGAHGYSGFYTFSLLDHHYRPDMTTEEGLDL LKLCVQELEKRMPMDFKGVIVKIVDKDGIRQVDDFQAQ ; 4 ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MQAIADSFSVPNRLVKELQYDNEQNLESDFVTGASQFQRLAPSLTVPPIASPQQFLRAHTDDSRNPDCKIKIAHGTTTLA FRFQGGIIVAVDSRATAGNWVASQTVKKVIEINPFLLGTMAGGAADCQFWETWLGSQCRLHELREKERISVAAASKILSN LVYQYKGAGLSMGTMICGYTRKEGPTIYYVDSDGTRLKGDIFCVGSGQTFAYGVLDSNYKWDLSVEDALYLGKRSILAAA HRDAYSGGSVNLYHVTEDGWIYHGNHDVGELFWKVKEEEGSFNNVIG ; ;MQAIADSFSVPNRLVKELQYDNEQNLESDFVTGASQFQRLAPSLTVPPIASPQQFLRAHTDDSRNPDCKIKIAHGTTTLA FRFQGGIIVAVDSRATAGNWVASQTVKKVIEINPFLLGTMAGGAADCQFWETWLGSQCRLHELREKERISVAAASKILSN LVYQYKGAGLSMGTMICGYTRKEGPTIYYVDSDGTRLKGDIFCVGSGQTFAYGVLDSNYKWDLSVEDALYLGKRSILAAA HRDAYSGGSVNLYHVTEDGWIYHGNHDVGELFWKVKEEEGSFNNVIG ; 5 ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MATIASEYSSEASNTPIEHQFNPYGDNGGTILGIAGEDFAVLAGDTRNITDYSINSRYEPKVFDCGDNIVMSANGFAADG DALVKRFKNSVKWYHFDHNDKKLSINSAARNIQHLLYGKRFFPYYVHTIIAGLDEDGKGAVYSFDPVGSYEREQCRAGGA AASLIMPFLDNQVNFKNQYEPGTNGKVKKPLKYLSVEEVIKLVRDSFTSATERHIQVGDGLEILIVTKDGVRKEFYELKR D ; ;MATIASEYSSEASNTPIEHQFNPYGDNGGTILGIAGEDFAVLAGDTRNITDYSINSRYEPKVFDCGDNIVMSANGFAADG DALVKRFKNSVKWYHFDHNDKKLSINSAARNIQHLLYGKRFFPYYVHTIIAGLDEDGKGAVYSFDPVGSYEREQCRAGGA AASLIMPFLDNQVNFKNQYEPGTNGKVKKPLKYLSVEEVIKLVRDSFTSATERHIQVGDGLEILIVTKDGVRKEFYELKR D ; 6 ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MNHDPFSWGRPADSTYGAYNTQIANAGASPMVNTQQPIVTGTSVISMKYDNGVIIAADNLGSYGSLLRFNGVERLIPVGD NTVVGISGDISDMQHIERLLKDLVTENAYDNPLADAEEALEPSYIFEYLATVMYQRRSKMNPLWNAIIVAGVQSNGDQFL RYVNLLGVTYSSPTLATGFGAHMANPLLRKVVDRESDIPKTTVQVAEEAIVNAMRVLYYRDARSSRNFSLAIIDKNTGLT FKKNLQVENMKWDFAKDIKGYGTQKI ; ;MNHDPFSWGRPADSTYGAYNTQIANAGASPMVNTQQPIVTGTSVISMKYDNGVIIAADNLGSYGSLLRFNGVERLIPVGD NTVVGISGDISDMQHIERLLKDLVTENAYDNPLADAEEALEPSYIFEYLATVMYQRRSKMNPLWNAIIVAGVQSNGDQFL RYVNLLGVTYSSPTLATGFGAHMANPLLRKVVDRESDIPKTTVQVAEEAIVNAMRVLYYRDARSSRNFSLAIIDKNTGLT FKKNLQVENMKWDFAKDIKGYGTQKI ; 7 ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MSGAAAASAAGYDRHITIFSPEGRLYQVEYAFKATNQTNINSLAVRGKDCTVVISQKKVPDKLLDPTTVSYIFCISRTIG MVVNGPIPDARNAALRAKAEAAEFRYKYGYDMPCDVLAKRMANLSQIYTQRAYMRPLGVILTFVSVDEELGPSIYKTDPA 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BL21 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 24 1 sample 'Biological sequence' 1 128 ;Baker's yeast ; ? 'RPL40A, UBI1, YIL148W' ? 'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae S288c' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli B' 37762 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ADP non-polymer n "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N5 O10 P2' 427.201 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 ATP non-polymer . "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N5 O13 P3' 507.181 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 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4 ;MDIILGIRVQDSVILASSKAVTRGISVLKDSDDKTRQLSPHTLMSFAGEAGDTVQFAEYIQANIQLYSIREDYELSPQAV SSFVRQELAKSIRSRRPYQVNVLIGGYDKKKNKPELYQIDYLGTKVELPYGAHGYSGFYTFSLLDHHYRPDMTTEEGLDL LKLCVQELEKRMPMDFKGVIVKIVDKDGIRQVDDFQAQ ; 1 5 UNP PSB5_YEAST P30656 ? 5 ;MQAIADSFSVPNRLVKELQYDNEQNLESDFVTGASQFQRLAPSLTVPPIASPQQFLRAHTDDSRNPDCKIKIAHGTTTLA FRFQGGIIVAVDSRATAGNWVASQTVKKVIEINPFLLGTMAGGAADCQFWETWLGSQCRLHELREKERISVAAASKILSN LVYQYKGAGLSMGTMICGYTRKEGPTIYYVDSDGTRLKGDIFCVGSGQTFAYGVLDSNYKWDLSVEDALYLGKRSILAAA HRDAYSGGSVNLYHVTEDGWIYHGNHDVGELFWKVKEEEGSFNNVIG ; 1 6 UNP PSB6_YEAST P23724 ? 6 ;MATIASEYSSEASNTPIEHQFNPYGDNGGTILGIAGEDFAVLAGDTRNITDYSINSRYEPKVFDCGDNIVMSANGFAADG DALVKRFKNSVKWYHFDHNDKKLSINSAARNIQHLLYGKRFFPYYVHTIIAGLDEDGKGAVYSFDPVGSYEREQCRAGGA AASLIMPFLDNQVNFKNQYEPGTNGKVKKPLKYLSVEEVIKLVRDSFTSATERHIQVGDGLEILIVTKDGVRKEFYELKR D ; 1 7 UNP PSB7_YEAST P30657 ? 7 ;MNHDPFSWGRPADSTYGAYNTQIANAGASPMVNTQQPIVTGTSVISMKYDNGVIIAADNLGSYGSLLRFNGVERLIPVGD NTVVGISGDISDMQHIERLLKDLVTENAYDNPLADAEEALEPSYIFEYLATVMYQRRSKMNPLWNAIIVAGVQSNGDQFL RYVNLLGVTYSSPTLATGFGAHMANPLLRKVVDRESDIPKTTVQVAEEAIVNAMRVLYYRDARSSRNFSLAIIDKNTGLT FKKNLQVENMKWDFAKDIKGYGTQKI ; 1 8 UNP PSA1_YEAST P21243 ? 8 ;MSGAAAASAAGYDRHITIFSPEGRLYQVEYAFKATNQTNINSLAVRGKDCTVVISQKKVPDKLLDPTTVSYIFCISRTIG MVVNGPIPDARNAALRAKAEAAEFRYKYGYDMPCDVLAKRMANLSQIYTQRAYMRPLGVILTFVSVDEELGPSIYKTDPA GYYVGYKATATGPKQQEITTNLENHFKKSKIDHINEESWEKVVEFAITHMIDALGTEFSKNDLEVGVATKDKFFTLSAEN IEERLVAIAEQD ; 1 9 UNP PSA2_YEAST P23639 ? 9 ;MTDRYSFSLTTFSPSGKLGQIDYALTAVKQGVTSLGIKATNGVVIATEKKSSSPLAMSETLSKVSLLTPDIGAVYSGMGP DYRVLVDKSRKVAHTSYKRIYGEYPPTKLLVSEVAKIMQEATQSGGVRPFGVSLLIAGHDEFNGFSLYQVDPSGSYFPWK ATAIGKGSVAAKTFLEKRWNDELELEDAIHIALLTLKESVEGEFNGDTIELAIIGDENPDLLGYTGIPTDKGPRFRKLTS QEINDRLEAL ; 1 10 UNP PSA3_YEAST P23638 ? 10 ;MGSRRYDSRTTIFSPEGRLYQVEYALESISHAGTAIGIMASDGIVLAAERKVTSTLLEQDTSTEKLYKLNDKIAVAVAGL TADAEILINTARIHAQNYLKTYNEDIPVEILVRRLSDIKQGYTQHGGLRPFGVSFIYAGYDDRYGYQLYTSNPSGNYTGW KAISVGANTSAAQTLLQMDYKDDMKVDDAIELALKTLSKTTDSSALTYDRLEFATIRKGANDGEVYQKIFKPQEIKDILV KTGITKKDEDEEADEDMK ; 1 11 UNP PSA4_YEAST P40303 ? 11 ;MSGYDRALSIFSPDGHIFQVEYALEAVKRGTCAVGVKGKNCVVLGCERRSTLKLQDTRITPSKVSKIDSHVVLSFSGLNA DSRILIEKARVEAQSHRLTLEDPVTVEYLTRYVAGVQQRYTQSGGVRPFGVSTLIAGFDPRDDEPKLYQTEPSGIYSSWS AQTIGRNSKTVREFLEKNYDRKEPPATVEECVKLTVRSLLEVVQTGAKNIEITVVKPDSDIVALSSEEINQYVTQIEQEK QEQQEQDKKKKSNH ; 1 12 UNP PSA5_YEAST P32379 ? 12 ;MFLTRSEYDRGVSTFSPEGRLFQVEYSLEAIKLGSTAIGIATKEGVVLGVEKRATSPLLESDSIEKIVEIDRHIGCAMSG LTADARSMIEHARTAAVTHNLYYDEDINVESLTQSVCDLALRFGEGASGEERLMSRPFGVALLIAGHDADDGYQLFHAEP SGTFYRYNAKAIGSGSEGAQAELLNEWHSSLTLKEAELLVLKILKQVMEEKLDENNAQLSCITKQDGFKIYDNEKTAELI KELKEKEAAESPEEADVEMS ; 1 13 UNP PSA6_YEAST P40302 ? 13 ;MFRNNYDGDTVTFSPTGRLFQVEYALEAIKQGSVTVGLRSNTHAVLVALKRNADELSSYQKKIIKCDEHMGLSLAGLAPD ARVLSNYLRQQCNYSSLVFNRKLAVERAGHLLCDKAQKNTQSYGGRPYGVGLLIIGYDKSGAHLLEFQPSGNVTELYGTA IGARSQGAKTYLERTLDTFIKIDGNPDELIKAGVEAISQSLRDESLTVDNLSIAIVGKDTPFTIYDGEAVAKYI ; 1 14 UNP PSA7_YEAST P21242 ? 14 ;MTSIGTGYDLSNSVFSPDGRNFQVEYAVKAVENGTTSIGIKCNDGVVFAVEKLITSKLLVPQKNVKIQVVDRHIGCVYSG LIPDGRHLVNRGREEAASFKKLYKTPIPIPAFADRLGQYVQAHTLYNSVRPFGVSTIFGGVDKNGAHLYMLEPSGSYWGY KGAATGKGRQSAKAELEKLVDHHPEGLSAREAVKQAAKIIYLAHEDNKEKDFELEISWCSLSETNGLHKFVKGDLLQEAI DFAQKEINGDDDEDEDDSDNVMSSDDENAPVATNANATTDQEGDIHLE ; 1 15 UNP PRS7_YEAST P33299 ? 15 ;MPPKEDWEKYKAPLEDDDKKPDDDKIVPLTEGDIQVLKSYGAAPYAAKLKQTENDLKDIEARIKEKAGVKESDTGLAPSH LWDIMGDRQRLGEEHPLQVARCTKIIKGNGESDETTTDNNNSGNSNSNSNQQSTDADEDDEDAKYVINLKQIAKFVVGLG ERVSPTDIEEGMRVGVDRSKYNIELPLPPRIDPSVTMMTVEEKPDVTYSDVGGCKDQIEKLREVVELPLLSPERFATLGI DPPKGILLYGPPGTGKTLCARAVANRTDATFIRVIGSELVQKYVGEGARMVRELFEMARTKKACIIFFDEIDAVGGARFD DGAGGDNEVQRTMLELITQLDGFDPRGNIKVMFATNRPNTLDPALLRPGRIDRKVEFSLPDLEGRANIFRIHSKSMSVER GIRWELISRLCPNSTGAELRSVCTEAGMFAIRARRKVATEKDFLKAVDKVISGYKKFSSTSRYMQYN ; 1 16 UNP PRS4_YEAST P40327 ? 16 ;MGQGVSSGQDKKKKKGSNQKPKYEPPVQSKFGRKKRKGGPATAEKLPNIYPSTRCKLKLLRMERIKDHLLLEEEFVSNSE ILKPFEKKQEEEKKQLEEIRGNPLSIGTLEEIIDDDHAIVTSPTMPDYYVSILSFVDKELLEPGCSVLLHHKTMSIVGVL QDDADPMVSVMKMDKSPTESYSDIGGLESQIQEIKESVELPLTHPELYEEMGIKPPKGVILYGAPGTGKTLLAKAVANQT SATFLRIVGSELIQKYLGDGPRLCRQIFKVAGENAPSIVFIDEIDAIGTKRYDSNSGGEREIQRTMLELLNQLDGFDDRG DVKVIMATNKIETLDPALIRPGRIDRKILFENPDLSTKKKILGIHTSKMNLSEDVNLETLVTTKDDLSGADIQAMCTEAG LLALRERRMQVTAEDFKQAKERVMKNKVEENLEGLYL ; 1 17 UNP PRS8_YEAST Q01939 ? 17 ;MTAAVTSSNIVLETHESGIKPYFEQKIQETELKIRSKTENVRRLEAQRNALNDKVRFIKDELRLLQEPGSYVGEVIKIVS DKKVLVKVQPEGKYIVDVAKDINVKDLKASQRVCLRSDSYMLHKVLENKADPLVSLMMVEKVPDSTYDMVGGLTKQIKEI KEVIELPVKHPELFESLGIAQPKGVILYGPPGTGKTLLARAVAHHTDCKFIRVSGAELVQKYIGEGSRMVRELFVMAREH APSIIFMDEIDSIGSTRVEGSGGGDSEVQRTMLELLNQLDGFETSKNIKIIMATNRLDILDPALLRPGRIDRKIEFPPPS VAARAEILRIHSRKMNLTRGINLRKVAEKMNGCSGADVKGVCTEAGMYALRERRIHVTQEDFELAVGKVMNKNQETAISV AKLFK ; 1 18 UNP PRS6B_YEAST P33298 ? 18 ;MEELGIVTPVEKAVEEKPAVKSYASLLAQLNGTVNNNSALSNVNSDIYFKLKKLEKEYELLTLQEDYIKDEQRHLKRELK RAQEEVKRIQSVPLVIGQFLEPIDQNTGIVSSTTGMSYVVRILSTLDRELLKPSMSVALHRHSNALVDILPPDSDSSISV MGENEKPDVTYADVGGLDMQKQEIREAVELPLVQADLYEQIGIDPPRGVLLYGPPGTGKTMLVKAVANSTKAAFIRVNGS EFVHKYLGEGPRMVRDVFRLARENAPSIIFIDEVDSIATKRFDAQTGSDREVQRILIELLTQMDGFDQSTNVKVIMATNR ADTLDPALLRPGRLDRKIEFPSLRDRRERRLIFGTIASKMSLAPEADLDSLIIRNDSLSGAVIAAIMQEAGLRAVRKNRY VILQSDLEEAYATQVKTDNTVDKFDFYK ; 1 19 UNP PRS10_YEAST P53549 ? 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23 ? 1 24 UNP RL40A_YEAST P0CH08 ? 24 ;MQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKSKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGGIIEP SLKALASKYNCDKSVCRKCYARLPPRATNCRKRKCGHTNQLRPKKKLK ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6EF3 1 1 ? 215 ? 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ASP L 298 GLY L 314 1 ? 17 HELX_P HELX_P170 AS8 ARG S 329 ? LEU S 333 ? ARG L 329 LEU L 333 5 ? 5 HELX_P HELX_P171 AS9 ALA S 355 ? THR S 365 ? ALA L 355 THR L 365 1 ? 11 HELX_P HELX_P172 AT1 ALA S 366 ? VAL S 368 ? ALA L 366 VAL L 368 5 ? 3 HELX_P HELX_P173 AT2 PHE S 374 ? LYS S 381 ? PHE L 374 LYS L 381 1 ? 8 HELX_P HELX_P174 AT3 ASP S 390 ? ILE S 403 ? ASP L 390 ILE L 403 1 ? 14 HELX_P HELX_P175 AT4 ASN S 411 ? LYS S 417 ? ASN L 411 LYS L 417 1 ? 7 HELX_P HELX_P176 AT5 LYS S 417 ? LYS S 426 ? LYS L 417 LYS L 426 1 ? 10 HELX_P HELX_P177 AT6 ASP T 38 ? ARG T 45 ? ASP M 38 ARG M 45 1 ? 8 HELX_P HELX_P178 AT7 ARG T 45 ? ASN T 72 ? ARG M 45 ASN M 72 1 ? 28 HELX_P HELX_P179 AT8 ASP T 136 ? LEU T 140 ? ASP M 136 LEU M 140 5 ? 5 HELX_P HELX_P180 AT9 ASP T 164 ? ALA T 169 ? ASP M 164 ALA M 169 1 ? 6 HELX_P HELX_P181 AU1 LEU T 186 ? GLU T 195 ? LEU M 186 GLU M 195 1 ? 10 HELX_P HELX_P182 AU2 ILE T 197 ? ARG T 203 ? ILE M 197 ARG M 203 1 ? 7 HELX_P HELX_P183 AU3 ALA T 204 ? ASP T 209 ? ALA M 204 ASP M 209 1 ? 6 HELX_P HELX_P184 AU4 LYS T 228 ? THR T 239 ? LYS M 228 THR M 239 1 ? 12 HELX_P HELX_P185 AU5 GLY T 259 ? GLU T 272 ? GLY M 259 GLU M 272 1 ? 14 HELX_P HELX_P186 AU6 LYS T 295 ? ASP T 313 ? LYS M 295 ASP M 313 1 ? 19 HELX_P HELX_P187 AU7 ASP T 334 ? ARG T 339 ? ASP M 334 ARG M 339 5 ? 6 HELX_P HELX_P188 AU8 SER T 353 ? SER T 365 ? SER M 353 SER M 365 1 ? 13 HELX_P HELX_P189 AU9 ARG T 366 ? MET T 368 ? ARG M 366 MET M 368 5 ? 3 HELX_P HELX_P190 AV1 ASN T 375 ? SER T 382 ? ASN M 375 SER M 382 1 ? 8 HELX_P HELX_P191 AV2 ASN T 387 ? GLY T 406 ? ASN M 387 GLY M 406 1 ? 20 HELX_P HELX_P192 AV3 HIS T 412 ? GLN T 423 ? HIS M 412 GLN M 423 1 ? 12 HELX_P HELX_P193 AV4 SER V 30 ? GLY V 44 ? SER r 30 GLY r 44 1 ? 15 HELX_P HELX_P194 AV5 GLN V 88 ? LYS V 96 ? GLN r 88 LYS r 96 1 ? 9 HELX_P HELX_P195 AV6 SER V 119 ? ASN V 133 ? SER r 119 ASN r 133 1 ? 15 HELX_P HELX_P196 AV7 ASP V 160 ? ASN V 167 ? ASP r 160 ASN r 167 1 ? 8 HELX_P HELX_P197 AV8 ASN V 184 ? LEU V 188 ? ASN r 184 LEU r 188 5 ? 5 HELX_P HELX_P198 AV9 THR V 206 ? MET V 214 ? THR r 206 MET r 214 1 ? 9 HELX_P HELX_P199 AW1 ASN V 215 ? HIS V 217 ? ASN r 215 HIS r 217 5 ? 3 HELX_P HELX_P200 AW2 GLU V 232 ? SER V 252 ? GLU r 232 SER r 252 1 ? 21 HELX_P HELX_P201 AW3 LYS V 253 ? GLU V 256 ? LYS r 253 GLU r 256 5 ? 4 HELX_P HELX_P202 AW4 ASP V 275 ? VAL V 303 ? ASP r 275 VAL r 303 1 ? 29 HELX_P HELX_P203 AW5 THR X 22 ? GLU X 34 ? THR u 22 GLU u 34 1 ? 13 HELX_P HELX_P204 AW6 PRO X 37 ? ASP X 39 ? PRO u 37 ASP u 39 5 ? 3 HELX_P HELX_P205 AW7 THR X 55 ? TYR X 59 ? THR u 55 TYR u 59 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale one ? W LYS 3 NZ ? ? ? 1_555 X GLY 76 C ? ? s LYS 108 u GLY 76 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.340 ? ? covale2 covale none ? W LYS 3 NZ ? ? ? 1_555 X GLY 76 O ? ? s LYS 108 u GLY 76 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.405 ? ? # _struct_conn_type.id covale _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 LYS W 3 ? GLY X 76 ? LYS s 108 ? 1_555 GLY u 76 ? 1_555 NZ C . . . None 'Isopeptide bond' 2 LYS W 3 ? GLY X 76 ? LYS s 108 ? 1_555 GLY u 76 ? 1_555 NZ O . . . None 'Non-standard linkage' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ALA 275 P . ? ALA 275 I PRO 276 P ? PRO 276 I 1 -10.82 2 ALA 241 Q . ? ALA 241 J PRO 242 Q ? PRO 242 J 1 -4.22 3 VAL 92 R . ? VAL 92 K PRO 93 R ? PRO 93 K 1 -11.67 4 ALA 265 R . ? ALA 265 K PRO 266 R ? PRO 266 K 1 -5.59 5 GLU 274 S . ? GLU 274 L PRO 275 S ? PRO 275 L 1 -9.55 6 ALA 274 T . ? ALA 274 M PRO 275 T ? PRO 275 M 1 -2.33 7 VAL 45 V . ? VAL 45 r PRO 46 V ? PRO 46 r 1 5.72 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 6 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 5 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 5 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 4 ? AC2 ? 5 ? AC3 ? 4 ? AC4 ? 4 ? AC5 ? 4 ? AC6 ? 4 ? AC7 ? 3 ? AC8 ? 2 ? AC9 ? 3 ? AD1 ? 2 ? AD2 ? 5 ? AD3 ? 3 ? AD4 ? 2 ? AD5 ? 4 ? AD6 ? 4 ? AD7 ? 3 ? AD8 ? 5 ? AD9 ? 4 ? AE1 ? 5 ? AE2 ? 5 ? AE3 ? 2 ? AE4 ? 4 ? AE5 ? 2 ? AE6 ? 2 ? AE7 ? 2 ? AE8 ? 3 ? AE9 ? 3 ? AF1 ? 3 ? AF2 ? 4 ? AF3 ? 2 ? AF4 ? 3 ? AF5 ? 3 ? AF6 ? 3 ? AF7 ? 2 ? AF8 ? 2 ? AF9 ? 7 ? AG1 ? 3 ? AG2 ? 3 ? AG3 ? 2 ? AG4 ? 2 ? AG5 ? 5 ? AG6 ? 3 ? AG7 ? 2 ? AG8 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA5 5 6 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB1 4 5 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB4 4 5 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB6 4 5 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC2 4 5 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD2 4 5 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD8 3 4 ? anti-parallel AD8 4 5 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AD9 3 4 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE1 4 5 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE2 3 4 ? anti-parallel AE2 4 5 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE4 2 3 ? anti-parallel AE4 3 4 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE6 1 2 ? parallel AE7 1 2 ? parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE8 2 3 ? anti-parallel AE9 1 2 ? anti-parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AF1 1 2 ? parallel AF1 2 3 ? parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF2 2 3 ? anti-parallel AF2 3 4 ? anti-parallel AF3 1 2 ? parallel AF4 1 2 ? parallel AF4 2 3 ? parallel AF5 1 2 ? anti-parallel AF5 2 3 ? anti-parallel AF6 1 2 ? anti-parallel AF6 2 3 ? anti-parallel AF7 1 2 ? parallel AF8 1 2 ? parallel AF9 1 2 ? anti-parallel AF9 2 3 ? anti-parallel AF9 3 4 ? parallel AF9 4 5 ? anti-parallel AF9 5 6 ? anti-parallel AF9 6 7 ? anti-parallel AG1 1 2 ? anti-parallel AG1 2 3 ? parallel AG2 1 2 ? parallel AG2 2 3 ? parallel AG3 1 2 ? anti-parallel AG4 1 2 ? parallel AG5 1 2 ? anti-parallel AG5 2 3 ? anti-parallel AG5 3 4 ? parallel AG5 4 5 ? anti-parallel AG6 1 2 ? anti-parallel AG6 2 3 ? anti-parallel AG7 1 2 ? anti-parallel AG8 1 2 ? anti-parallel AG8 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 TYR A 143 ? 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Leginon 3.2 ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? MotionCorr2 2 1 ? ? 5 'CTF CORRECTION' ? RELION 2.1 1 ? ? 6 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND 4 1 ? ? 7 'CTF CORRECTION' ? Gctf ? 1 ? ? 8 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 9 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 10 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' 1.12 ? 1 ? 11 'MODEL FITTING' ? PHENIX 1.11-2580 ? 1 ? 12 OTHER ? ? ? ? ? ? 13 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2.1 1 ? ? 14 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2.1 1 ? ? 15 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 16 RECONSTRUCTION ? RELION 2.1 1 ? ? 17 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.11-2580 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 25 _em_specimen.details ;26S proteasomes were diluted to a concentration of 20 micromolar in a buffer with an ATP regeneration system, and 6 mM ortho-phenanthroline. This solution was mixed with an equal volume of 50 micromolar ubiquitinated model substrate ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' R01-GM094497 1 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' DP2-EB020402 2 # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.type 'experimental model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name PDB _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 5MPC # _atom_sites.entry_id 6EF3 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 # loop_ _atom_type.symbol C N O P S # loop_