data_6ESB
#
_entry.id 6ESB
#
_audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic
_audit_conform.dict_version 5.392
_audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic
#
loop_
_database_2.database_id
_database_2.database_code
_database_2.pdbx_database_accession
_database_2.pdbx_DOI
PDB 6ESB pdb_00006esb 10.2210/pdb6esb/pdb
WWPDB D_1200007124 ? ?
EMDB EMD-3944 ? ?
#
loop_
_pdbx_audit_revision_history.ordinal
_pdbx_audit_revision_history.data_content_type
_pdbx_audit_revision_history.major_revision
_pdbx_audit_revision_history.minor_revision
_pdbx_audit_revision_history.revision_date
1 'Structure model' 1 0 2018-05-02
2 'Structure model' 1 1 2018-05-09
3 'Structure model' 1 2 2018-06-13
4 'Structure model' 2 0 2020-07-29
5 'Structure model' 2 1 2024-05-15
#
loop_
_pdbx_audit_revision_details.ordinal
_pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal
_pdbx_audit_revision_details.data_content_type
_pdbx_audit_revision_details.provider
_pdbx_audit_revision_details.type
_pdbx_audit_revision_details.description
_pdbx_audit_revision_details.details
1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ?
2 4 'Structure model' repository Remediation 'Carbohydrate remediation' ?
#
loop_
_pdbx_audit_revision_group.ordinal
_pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal
_pdbx_audit_revision_group.data_content_type
_pdbx_audit_revision_group.group
1 2 'Structure model' 'Data collection'
2 2 'Structure model' 'Database references'
3 3 'Structure model' 'Data collection'
4 3 'Structure model' 'Database references'
5 4 'Structure model' Advisory
6 4 'Structure model' 'Atomic model'
7 4 'Structure model' 'Data collection'
8 4 'Structure model' 'Derived calculations'
9 4 'Structure model' 'Structure summary'
10 5 'Structure model' 'Data collection'
11 5 'Structure model' 'Database references'
12 5 'Structure model' 'Derived calculations'
13 5 'Structure model' 'Structure summary'
#
loop_
_pdbx_audit_revision_category.ordinal
_pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal
_pdbx_audit_revision_category.data_content_type
_pdbx_audit_revision_category.category
1 2 'Structure model' citation
2 3 'Structure model' citation
3 4 'Structure model' atom_site
4 4 'Structure model' chem_comp
5 4 'Structure model' entity
6 4 'Structure model' pdbx_branch_scheme
7 4 'Structure model' pdbx_chem_comp_identifier
8 4 'Structure model' pdbx_entity_branch
9 4 'Structure model' pdbx_entity_branch_descriptor
10 4 'Structure model' pdbx_entity_branch_link
11 4 'Structure model' pdbx_entity_branch_list
12 4 'Structure model' pdbx_entity_nonpoly
13 4 'Structure model' pdbx_nonpoly_scheme
14 4 'Structure model' pdbx_struct_assembly_gen
15 4 'Structure model' pdbx_struct_conn_angle
16 4 'Structure model' pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
17 4 'Structure model' pdbx_validate_close_contact
18 4 'Structure model' struct_asym
19 4 'Structure model' struct_conn
20 4 'Structure model' struct_conn_type
21 4 'Structure model' struct_site
22 4 'Structure model' struct_site_gen
23 5 'Structure model' chem_comp
24 5 'Structure model' chem_comp_atom
25 5 'Structure model' chem_comp_bond
26 5 'Structure model' database_2
27 5 'Structure model' pdbx_struct_oper_list
28 5 'Structure model' struct_conn
#
loop_
_pdbx_audit_revision_item.ordinal
_pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal
_pdbx_audit_revision_item.data_content_type
_pdbx_audit_revision_item.item
1 2 'Structure model' '_citation.journal_id_ISSN'
2 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed'
3 2 'Structure model' '_citation.title'
4 3 'Structure model' '_citation.journal_volume'
5 3 'Structure model' '_citation.page_first'
6 3 'Structure model' '_citation.page_last'
7 4 'Structure model' '_atom_site.B_iso_or_equiv'
8 4 'Structure model' '_atom_site.Cartn_x'
9 4 'Structure model' '_atom_site.Cartn_y'
10 4 'Structure model' '_atom_site.Cartn_z'
11 4 'Structure model' '_atom_site.auth_asym_id'
12 4 'Structure model' '_atom_site.auth_atom_id'
13 4 'Structure model' '_atom_site.auth_comp_id'
14 4 'Structure model' '_atom_site.auth_seq_id'
15 4 'Structure model' '_atom_site.label_asym_id'
16 4 'Structure model' '_atom_site.label_atom_id'
17 4 'Structure model' '_atom_site.label_comp_id'
18 4 'Structure model' '_atom_site.label_entity_id'
19 4 'Structure model' '_atom_site.type_symbol'
20 4 'Structure model' '_chem_comp.name'
21 4 'Structure model' '_chem_comp.type'
22 4 'Structure model' '_entity.formula_weight'
23 4 'Structure model' '_entity.pdbx_description'
24 4 'Structure model' '_entity.pdbx_number_of_molecules'
25 4 'Structure model' '_entity.type'
26 4 'Structure model' '_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list'
27 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id'
28 4 'Structure model' '_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id'
29 4 'Structure model' '_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id'
30 4 'Structure model' '_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id'
31 4 'Structure model' '_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id'
32 4 'Structure model' '_pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2'
33 4 'Structure model' '_pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2'
34 4 'Structure model' '_struct_conn.conn_type_id'
35 4 'Structure model' '_struct_conn.id'
36 4 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_dist_value'
37 4 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag'
38 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id'
39 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id'
40 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id'
41 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_asym_id'
42 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_atom_id'
43 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_comp_id'
44 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_seq_id'
45 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id'
46 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id'
47 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id'
48 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_asym_id'
49 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_atom_id'
50 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_comp_id'
51 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_seq_id'
52 4 'Structure model' '_struct_conn_type.id'
53 5 'Structure model' '_chem_comp.pdbx_synonyms'
54 5 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI'
55 5 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession'
56 5 'Structure model' '_pdbx_struct_oper_list.name'
57 5 'Structure model' '_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation'
58 5 'Structure model' '_pdbx_struct_oper_list.type'
59 5 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag'
#
_pdbx_database_status.status_code REL
_pdbx_database_status.status_code_sf ?
_pdbx_database_status.status_code_mr ?
_pdbx_database_status.entry_id 6ESB
_pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2017-10-20
_pdbx_database_status.SG_entry N
_pdbx_database_status.deposit_site PDBE
_pdbx_database_status.process_site PDBE
_pdbx_database_status.status_code_cs ?
_pdbx_database_status.methods_development_category ?
_pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y
_pdbx_database_status.status_code_nmr_data ?
#
_pdbx_database_related.db_name EMDB
_pdbx_database_related.details 'BK polyomavirus in complex with GT1b oligosaccharide.'
_pdbx_database_related.db_id EMD-3944
_pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume'
#
loop_
_audit_author.name
_audit_author.pdbx_ordinal
_audit_author.identifier_ORCID
'Hurdiss, D.L.' 1 0000-0003-3834-5808
'Ranson, N.A.' 2 0000-0002-3640-5275
#
_citation.abstract ?
_citation.abstract_id_CAS ?
_citation.book_id_ISBN ?
_citation.book_publisher ?
_citation.book_publisher_city ?
_citation.book_title ?
_citation.coordinate_linkage ?
_citation.country UK
_citation.database_id_Medline ?
_citation.details ?
_citation.id primary
_citation.journal_abbrev Structure
_citation.journal_id_ASTM STRUE6
_citation.journal_id_CSD 2005
_citation.journal_id_ISSN 1878-4186
_citation.journal_full ?
_citation.journal_issue ?
_citation.journal_volume 26
_citation.language ?
_citation.page_first 839
_citation.page_last 847.e3
_citation.title
'The Structure of an Infectious Human Polyomavirus and Its Interactions with Cellular Receptors.'
_citation.year 2018
_citation.database_id_CSD ?
_citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.str.2018.03.019
_citation.pdbx_database_id_PubMed 29706532
_citation.unpublished_flag ?
#
loop_
_citation_author.citation_id
_citation_author.name
_citation_author.ordinal
_citation_author.identifier_ORCID
primary 'Hurdiss, D.L.' 1 ?
primary 'Frank, M.' 2 ?
primary 'Snowden, J.S.' 3 ?
primary 'Macdonald, A.' 4 ?
primary 'Ranson, N.A.' 5 ?
#
loop_
_entity.id
_entity.type
_entity.src_method
_entity.pdbx_description
_entity.formula_weight
_entity.pdbx_number_of_molecules
_entity.pdbx_ec
_entity.pdbx_mutation
_entity.pdbx_fragment
_entity.details
1 polymer nat 'Capsid protein VP1' 40053.449 6 ? ? ? ?
2 polymer nat 'Minor capsid protein VP2' 38252.730 1 ? ? ? ?
3 branched man 'N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid' 600.525 6 ? ? ? ?
4 non-polymer syn 'CALCIUM ION' 40.078 6 ? ? ? ?
#
_entity_name_com.entity_id 2
_entity_name_com.name 'Minor structural protein VP2'
#
loop_
_entity_poly.entity_id
_entity_poly.type
_entity_poly.nstd_linkage
_entity_poly.nstd_monomer
_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code
_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
_entity_poly.pdbx_strand_id
_entity_poly.pdbx_target_identifier
1 'polypeptide(L)' no no
;APTKRKGECPGAAPKKPKEPVQVPKLLIKGGVEVLEVKTGVDAITEVECFLNPEMGDPDENLRGFSLKLSAENDFSSDSP
ERKMLPCYSTARIPLPNLNEDLTCGNLLMWEAVTVQTEVIGITSMLNLHAGSQKVHEHGGGKPIQGSNFHFFAVGGDPLE
MQGVLMNYRTKYPDGTITPKNPTAQSQVMNTDHKAYLDKNNAYPVECWVPDPSRNENTRYFGTFTGGENVPPVLHVTNTA
TTVLLDEQGVGPLCKADSLYVSAADICGLFTNSSGTQQWRGLARYFKIRLRKRSVKNPYPISFLLSDLINRRTQRVDGQP
MYGMESQVEEVRVFDGTERLPGDPDMIRYIDKQGQLQTKML
;
;APTKRKGECPGAAPKKPKEPVQVPKLLIKGGVEVLEVKTGVDAITEVECFLNPEMGDPDENLRGFSLKLSAENDFSSDSP
ERKMLPCYSTARIPLPNLNEDLTCGNLLMWEAVTVQTEVIGITSMLNLHAGSQKVHEHGGGKPIQGSNFHFFAVGGDPLE
MQGVLMNYRTKYPDGTITPKNPTAQSQVMNTDHKAYLDKNNAYPVECWVPDPSRNENTRYFGTFTGGENVPPVLHVTNTA
TTVLLDEQGVGPLCKADSLYVSAADICGLFTNSSGTQQWRGLARYFKIRLRKRSVKNPYPISFLLSDLINRRTQRVDGQP
MYGMESQVEEVRVFDGTERLPGDPDMIRYIDKQGQLQTKML
;
1,2,3,4,5,6 ?
2 'polypeptide(L)' no no
;GAALALLGDLVASVSEAAAATGFSVAEIAAGEAAAAIEVQIASLATVEGITSTSEAIAAIGLTPQTYAVIAGAPGAIAGF
AALIQTVSGISSLAQVGYRFFSDWDHKVSTVGLYQQSGMALELFNPDEYYDILFPGVNTFVNNIQYLDPRHWGPSLFATI
SQALWHVIRDDIPSITSQELQRRTERFFRDSLARFLEETTWTIVNAPINFYNYIQQYYSDLSPIRPSMVRQVAEREGTRV
HFGHTYSIDDADSIEEVTQRMDLRNQQSVHSGEFIEKTIAPGGANQRTAPQWMLPLLLGLYGTVTPALEAYEDGPNQKKR
RVSRGSSQKAKGTRASAKTTNKRRSRSSRS
;
;GAALALLGDLVASVSEAAAATGFSVAEIAAGEAAAAIEVQIASLATVEGITSTSEAIAAIGLTPQTYAVIAGAPGAIAGF
AALIQTVSGISSLAQVGYRFFSDWDHKVSTVGLYQQSGMALELFNPDEYYDILFPGVNTFVNNIQYLDPRHWGPSLFATI
SQALWHVIRDDIPSITSQELQRRTERFFRDSLARFLEETTWTIVNAPINFYNYIQQYYSDLSPIRPSMVRQVAEREGTRV
HFGHTYSIDDADSIEEVTQRMDLRNQQSVHSGEFIEKTIAPGGANQRTAPQWMLPLLLGLYGTVTPALEAYEDGPNQKKR
RVSRGSSQKAKGTRASAKTTNKRRSRSSRS
;
7 ?
#
_pdbx_entity_nonpoly.entity_id 4
_pdbx_entity_nonpoly.name 'CALCIUM ION'
_pdbx_entity_nonpoly.comp_id CA
#
loop_
_entity_poly_seq.entity_id
_entity_poly_seq.num
_entity_poly_seq.mon_id
_entity_poly_seq.hetero
1 1 ALA n
1 2 PRO n
1 3 THR n
1 4 LYS n
1 5 ARG n
1 6 LYS n
1 7 GLY n
1 8 GLU n
1 9 CYS n
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1 11 GLY n
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1 13 ALA n
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1 16 LYS n
1 17 PRO n
1 18 LYS n
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1 24 PRO n
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1 27 LEU n
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1 31 GLY n
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1 33 GLU n
1 34 VAL n
1 35 LEU n
1 36 GLU n
1 37 VAL n
1 38 LYS n
1 39 THR n
1 40 GLY n
1 41 VAL n
1 42 ASP n
1 43 ALA n
1 44 ILE n
1 45 THR n
1 46 GLU n
1 47 VAL n
1 48 GLU n
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1 50 PHE n
1 51 LEU n
1 52 ASN n
1 53 PRO n
1 54 GLU n
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1 56 GLY n
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1 58 PRO n
1 59 ASP n
1 60 GLU n
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1 63 ARG n
1 64 GLY n
1 65 PHE n
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1 71 ALA n
1 72 GLU n
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1 74 ASP n
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1 76 SER n
1 77 SER n
1 78 ASP n
1 79 SER n
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1 81 GLU n
1 82 ARG n
1 83 LYS n
1 84 MET n
1 85 LEU n
1 86 PRO n
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1 89 SER n
1 90 THR n
1 91 ALA n
1 92 ARG n
1 93 ILE n
1 94 PRO n
1 95 LEU n
1 96 PRO n
1 97 ASN n
1 98 LEU n
1 99 ASN n
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1 101 ASP n
1 102 LEU n
1 103 THR n
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1 108 LEU n
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1 112 ALA n
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1 114 THR n
1 115 VAL n
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1 117 THR n
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1 156 GLY n
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#
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1 1 sample 1 361 BKPyV 'BK polyomavirus' 1891762 ? ? ? ? ? ? ? ? Vero ? ? ? ? ? ? ? ?
2 1 sample 1 350 BKPyV 'BK polyomavirus' 1891762 ? ? ? ? ? ? ? ? Vero ? ? ? ? ? ? ? ?
#
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_pdbx_entity_branch.type oligosaccharide
#
loop_
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_pdbx_entity_branch_descriptor.program
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1 3 DNeup5Aca2-8DNeup5Aca2- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0
2 3 'WURCS=2.0/1,2,1/[Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-1/a8-b2' WURCS PDB2Glycan 1.1.0
3 3 '[][<C11N1O7>]{[(1+2)][a-D-Neup5Ac]{}}' LINUCS PDB-CARE ?
#
_pdbx_entity_branch_link.link_id 1
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_pdbx_entity_branch_link.value_order sing
_pdbx_entity_branch_link.details ?
#
loop_
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_chem_comp.type
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_chem_comp.name
_chem_comp.pdbx_synonyms
_chem_comp.formula
_chem_comp.formula_weight
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ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209
ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118
ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103
CA non-polymer . 'CALCIUM ION' ? 'Ca 2' 40.078
CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158
GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144
GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129
GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067
HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162
ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173
LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173
LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195
MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211
PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189
PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130
SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093
SIA 'D-saccharide, alpha linking' . 'N-acetyl-alpha-neuraminic acid'
'N-acetylneuraminic acid; sialic acid; alpha-sialic acid; O-SIALIC ACID' 'C11 H19 N O9' 309.270
THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119
TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225
TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189
VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146
#
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
SIA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DNeup5Aca
SIA 'COMMON NAME' GMML 1.0 'N-acetyl-a-D-neuraminic acid'
SIA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Neup5Ac
SIA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Neu5Ac
#
loop_
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_pdbx_poly_seq_scheme.entity_id
_pdbx_poly_seq_scheme.seq_id
_pdbx_poly_seq_scheme.mon_id
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_pdbx_poly_seq_scheme.hetero
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B 1 8 GLU 8 8 ? ? ? 2 . n
B 1 9 CYS 9 9 ? ? ? 2 . n
B 1 10 PRO 10 10 ? ? ? 2 . n
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B 1 13 ALA 13 13 ? ? ? 2 . n
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B 1 16 LYS 16 16 16 LYS LYS 2 . n
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G 2 271 SER 271 271 ? ? ? 7 . n
G 2 272 GLY 272 272 ? ? ? 7 . n
G 2 273 GLU 273 273 ? ? ? 7 . n
G 2 274 PHE 274 274 ? ? ? 7 . n
G 2 275 ILE 275 275 ? ? ? 7 . n
G 2 276 GLU 276 276 ? ? ? 7 . n
G 2 277 LYS 277 277 ? ? ? 7 . n
G 2 278 THR 278 278 ? ? ? 7 . n
G 2 279 ILE 279 279 ? ? ? 7 . n
G 2 280 ALA 280 280 ? ? ? 7 . n
G 2 281 PRO 281 281 ? ? ? 7 . n
G 2 282 GLY 282 282 ? ? ? 7 . n
G 2 283 GLY 283 283 ? ? ? 7 . n
G 2 284 ALA 284 284 ? ? ? 7 . n
G 2 285 ASN 285 285 ? ? ? 7 . n
G 2 286 GLN 286 286 ? ? ? 7 . n
G 2 287 ARG 287 287 ? ? ? 7 . n
G 2 288 THR 288 288 288 THR THR 7 . n
G 2 289 ALA 289 289 289 ALA ALA 7 . n
G 2 290 PRO 290 290 290 PRO PRO 7 . n
G 2 291 GLN 291 291 291 GLN GLN 7 . n
G 2 292 TRP 292 292 292 TRP TRP 7 . n
G 2 293 MET 293 293 293 MET MET 7 . n
G 2 294 LEU 294 294 294 LEU LEU 7 . n
G 2 295 PRO 295 295 295 PRO PRO 7 . n
G 2 296 LEU 296 296 296 LEU LEU 7 . n
G 2 297 LEU 297 297 297 LEU LEU 7 . n
G 2 298 LEU 298 298 298 LEU LEU 7 . n
G 2 299 GLY 299 299 299 GLY GLY 7 . n
G 2 300 LEU 300 300 300 LEU LEU 7 . n
G 2 301 TYR 301 301 301 TYR TYR 7 . n
G 2 302 GLY 302 302 ? ? ? 7 . n
G 2 303 THR 303 303 ? ? ? 7 . n
G 2 304 VAL 304 304 ? ? ? 7 . n
G 2 305 THR 305 305 ? ? ? 7 . n
G 2 306 PRO 306 306 ? ? ? 7 . n
G 2 307 ALA 307 307 ? ? ? 7 . n
G 2 308 LEU 308 308 ? ? ? 7 . n
G 2 309 GLU 309 309 ? ? ? 7 . n
G 2 310 ALA 310 310 ? ? ? 7 . n
G 2 311 TYR 311 311 ? ? ? 7 . n
G 2 312 GLU 312 312 ? ? ? 7 . n
G 2 313 ASP 313 313 ? ? ? 7 . n
G 2 314 GLY 314 314 ? ? ? 7 . n
G 2 315 PRO 315 315 ? ? ? 7 . n
G 2 316 ASN 316 316 ? ? ? 7 . n
G 2 317 GLN 317 317 ? ? ? 7 . n
G 2 318 LYS 318 318 ? ? ? 7 . n
G 2 319 LYS 319 319 ? ? ? 7 . n
G 2 320 ARG 320 320 ? ? ? 7 . n
G 2 321 ARG 321 321 ? ? ? 7 . n
G 2 322 VAL 322 322 ? ? ? 7 . n
G 2 323 SER 323 323 ? ? ? 7 . n
G 2 324 ARG 324 324 ? ? ? 7 . n
G 2 325 GLY 325 325 ? ? ? 7 . n
G 2 326 SER 326 326 ? ? ? 7 . n
G 2 327 SER 327 327 ? ? ? 7 . n
G 2 328 GLN 328 328 ? ? ? 7 . n
G 2 329 LYS 329 329 ? ? ? 7 . n
G 2 330 ALA 330 330 ? ? ? 7 . n
G 2 331 LYS 331 331 ? ? ? 7 . n
G 2 332 GLY 332 332 ? ? ? 7 . n
G 2 333 THR 333 333 ? ? ? 7 . n
G 2 334 ARG 334 334 ? ? ? 7 . n
G 2 335 ALA 335 335 ? ? ? 7 . n
G 2 336 SER 336 336 ? ? ? 7 . n
G 2 337 ALA 337 337 ? ? ? 7 . n
G 2 338 LYS 338 338 ? ? ? 7 . n
G 2 339 THR 339 339 ? ? ? 7 . n
G 2 340 THR 340 340 ? ? ? 7 . n
G 2 341 ASN 341 341 ? ? ? 7 . n
G 2 342 LYS 342 342 ? ? ? 7 . n
G 2 343 ARG 343 343 ? ? ? 7 . n
G 2 344 ARG 344 344 ? ? ? 7 . n
G 2 345 SER 345 345 ? ? ? 7 . n
G 2 346 ARG 346 346 ? ? ? 7 . n
G 2 347 SER 347 347 ? ? ? 7 . n
G 2 348 SER 348 348 ? ? ? 7 . n
G 2 349 ARG 349 349 ? ? ? 7 . n
G 2 350 SER 350 350 ? ? ? 7 . n
#
loop_
_pdbx_branch_scheme.asym_id
_pdbx_branch_scheme.entity_id
_pdbx_branch_scheme.mon_id
_pdbx_branch_scheme.num
_pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id
_pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_branch_scheme.auth_asym_id
_pdbx_branch_scheme.auth_mon_id
_pdbx_branch_scheme.auth_seq_num
_pdbx_branch_scheme.hetero
H 3 SIA 1 A SIA 1 1 SIA 2 n
H 3 SIA 2 A SIA 2 1 SIA 1 n
I 3 SIA 1 B SIA 1 2 SIA 2 n
I 3 SIA 2 B SIA 2 2 SIA 1 n
J 3 SIA 1 C SIA 1 3 SIA 2 n
J 3 SIA 2 C SIA 2 3 SIA 1 n
K 3 SIA 1 D SIA 1 4 SIA 2 n
K 3 SIA 2 D SIA 2 4 SIA 1 n
L 3 SIA 1 E SIA 1 5 SIA 2 n
L 3 SIA 2 E SIA 2 5 SIA 1 n
M 3 SIA 1 F SIA 1 6 SIA 2 n
M 3 SIA 2 F SIA 2 6 SIA 1 n
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
N 4 CA 1 403 3 CA CA 1 .
O 4 CA 1 404 3 CA CA 1 .
P 4 CA 1 403 3 CA CA 2 .
Q 4 CA 1 403 3 CA CA 3 .
R 4 CA 1 404 3 CA CA 3 .
S 4 CA 1 403 3 CA CA 4 .
#
loop_
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.id
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_model_num
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.polymer_flag
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.occupancy_flag
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_ins_code
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_alt_id
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id
1 1 N 1 A SIA 1 ? O2 ? H SIA 1 O2
2 1 N 1 B SIA 1 ? O2 ? I SIA 1 O2
3 1 N 1 C SIA 1 ? O2 ? J SIA 1 O2
4 1 N 1 D SIA 1 ? O2 ? K SIA 1 O2
5 1 N 1 E SIA 1 ? O2 ? L SIA 1 O2
6 1 N 1 F SIA 1 ? O2 ? M SIA 1 O2
#
_exptl.absorpt_coefficient_mu ?
_exptl.absorpt_correction_T_max ?
_exptl.absorpt_correction_T_min ?
_exptl.absorpt_correction_type ?
_exptl.absorpt_process_details ?
_exptl.entry_id 6ESB
_exptl.crystals_number ?
_exptl.details ?
_exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY'
_exptl.method_details ?
#
_struct.entry_id 6ESB
_struct.title 'BK polyomavirus + 20 mM GT1b oligosaccharide'
_struct.pdbx_model_details ?
_struct.pdbx_formula_weight ?
_struct.pdbx_formula_weight_method ?
_struct.pdbx_model_type_details ?
_struct.pdbx_CASP_flag N
#
_struct_keywords.entry_id 6ESB
_struct_keywords.text 'Polyomavirus, Receptor, Complex, Glycan, VIRUS'
_struct_keywords.pdbx_keywords VIRUS
#
loop_
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.details
A N N 1 ?
B N N 1 ?
C N N 1 ?
D N N 1 ?
E N N 1 ?
F N N 1 ?
G N N 2 ?
H N N 3 ?
I N N 3 ?
J N N 3 ?
K N N 3 ?
L N N 3 ?
M N N 3 ?
N N N 4 ?
O N N 4 ?
P N N 4 ?
Q N N 4 ?
R N N 4 ?
S N N 4 ?
#
loop_
_struct_ref.id
_struct_ref.db_name
_struct_ref.db_code
_struct_ref.pdbx_db_accession
_struct_ref.pdbx_db_isoform
_struct_ref.entity_id
_struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
_struct_ref.pdbx_align_begin
1 UNP Q65613_POVBK Q65613 ? 1
;APTKRKGECPGAAPKKPKEPVQVPKLLIKGGVEVLEVKTGVDAITEVECFLNPEMGDPDENLRGFSLKLSAENDFSSDSP
ERKMLPCYSTARIPLPNLNEDLTCGNLLMWEAVTVQTEVIGITSMLNLHAGSQKVHEHGGGKPIQGSNFHFFAVGGDPLE
MQGVLMNYRTKYPDGTITPKNPTAQSQVMNTDHKAYLDKNNAYPVECWVPDPSRNENTRYFGTFTGGENVPPVLHVTNTA
TTVLLDEQGVGPLCKADSLYVSAADICGLFTNSSGTQQWRGLARYFKIRLRKRSVKNPYPISFLLSDLINRRTQRVDGQP
MYGMESQVEEVRVFDGTERLPGDPDMIRYIDKQGQLQTKML
;
2
2 UNP VP2_POVBK P03094 ? 2
;GAALALLGDLVASVSEAAAATGFSVAEIAAGEAAAAIEVQIASLATVEGITSTSEAIAAIGLTPQTYAVIAGAPGAIAGF
AALIQTVSGISSLAQVGYRFFSDWDHKVSTVGLYQQSGMALELFNPDEYYDILFPGVNTFVNNIQYLDPRHWGPSLFATI
SQALWHVIRDDIPSITSQELQRRTERFFRDSLARFLEETTWTIVNAPINFYNYIQQYYSDLSPIRPSMVRQVAEREGTRV
HFGHTYSIDDADSIEEVTQRMDLRNQQSVHSGEFIEKTIAPGGANQRTAPQWMLPLLLGLYGTVTPALEAYEDGPNQKKR
RVSRGSSQKAKGTRASAKTTNKRRSRSSRS
;
2
#
loop_
_struct_ref_seq.align_id
_struct_ref_seq.ref_id
_struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code
_struct_ref_seq.pdbx_strand_id
_struct_ref_seq.seq_align_beg
_struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code
_struct_ref_seq.seq_align_end
_struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code
_struct_ref_seq.pdbx_db_accession
_struct_ref_seq.db_align_beg
_struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code
_struct_ref_seq.db_align_end
_struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code
_struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg
_struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end
1 1 6ESB 1 1 ? 361 ? Q65613 2 ? 362 ? 1 361
2 1 6ESB 2 1 ? 361 ? Q65613 2 ? 362 ? 1 361
3 1 6ESB 3 1 ? 361 ? Q65613 2 ? 362 ? 1 361
4 1 6ESB 4 1 ? 361 ? Q65613 2 ? 362 ? 1 361
5 1 6ESB 5 1 ? 361 ? Q65613 2 ? 362 ? 1 361
6 1 6ESB 6 1 ? 361 ? Q65613 2 ? 362 ? 1 361
7 2 6ESB 7 1 ? 350 ? P03094 2 ? 351 ? 1 350
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.id
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
1 'complete icosahedral assembly' ? 420-meric 420
2 'icosahedral asymmetric unit' ? heptameric 7
3 'icosahedral pentamer' ? 35-meric 35
4 'icosahedral 23 hexamer' ? 42-meric 42
5 'icosahedral asymmetric unit, std point frame' ? heptameric 7
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
1 '(1-60)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S
2 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S
3 '(1-5)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S
4 '(1,2,6,10,23,24)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S
5 P A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S
#
_pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1
_pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1
_pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support none
_pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ?
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
P 'transform to point frame' ? ? 0.50000000 -0.30901699 -0.80901699 197.15127 -0.30901699 0.80901699 -0.50000000
0.00000 0.80901699 0.50000000 0.30901699 -516.14872
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000
0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000
2 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 0.30901699 0.80901699 -197.15127 0.30901699 0.80901700 -0.50000000
121.84619 -0.80901699 0.50000000 0.30901700 318.99745
3 'point symmetry operation' ? ? -0.30901700 0.80901699 0.50000000 0.00000 0.80901699 0.50000000 -0.30901700
0.00000 -0.50000000 0.30901700 -0.80901699 637.99491
4 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 0.80901699 -0.50000000 318.99745 0.80901700 0.50000000 0.30901699
-197.15127 0.50000000 -0.30901699 -0.80901700 516.14873
5 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 0.30901699 -0.80901700 318.99746 0.30901700 0.80901699 0.50000000
-197.15127 0.80901699 -0.50000000 0.30901699 121.84619
6 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.80901700 0.49999999 -197.15127 0.80901699 -0.50000000 0.30901699
121.84619 0.50000001 0.30901700 -0.80901699 318.99746
7 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000
0.00000 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000
8 'point symmetry operation' ? ? 0.30901700 0.80901699 -0.50000000 121.84618 -0.80901699 0.50000000 0.30901700
318.99745 0.50000000 0.30901700 0.80901699 -197.15127
9 'point symmetry operation' ? ? 0.80901700 0.50000000 -0.30901699 0.00000 -0.50000000 0.30901700 -0.80901699
637.99491 -0.30901699 0.80901699 0.50000000 0.00000
10 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 0.50000000 0.30901699 -197.15127 0.50000000 -0.30901699 -0.80901700
516.14873 -0.30901699 0.80901700 -0.50000000 318.99746
11 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 -0.50000001 0.30901700 637.99490 -0.49999999 0.30901699 -0.80901700
637.99491 0.30901699 -0.80901699 -0.50000000 637.99491
12 'point symmetry operation' ? ? -0.80901700 -0.50000000 -0.30901699 835.14617 0.50000000 -0.30901699 -0.80901699
516.14873 0.30901699 -0.80901700 0.50000000 318.99746
13 'point symmetry operation' ? ? -0.30901700 -0.80901699 -0.50000000 835.14618 0.80901699 -0.50000000 0.30901700
121.84619 -0.50000000 -0.30901700 0.80901699 318.99746
14 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 637.99491 0.00000000 0.00000000 1.00000000
0.00000 -1.00000000 0.00000000 0.00000000 637.99491
15 'point symmetry operation' ? ? -0.30901700 -0.80901700 0.50000000 516.14872 -0.80901700 0.50000000 0.30901699
318.99745 -0.50000000 -0.30901700 -0.80901699 835.14618
16 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.30901699 -0.80901699 835.14617 -0.30901700 -0.80901699 0.50000001
516.14872 -0.80901700 0.49999999 0.30901699 318.99746
17 'point symmetry operation' ? ? 0.30901700 -0.80901699 -0.50000000 637.99491 -0.80901700 -0.50000000 0.30901700
637.99491 -0.50000000 0.30901699 -0.80901700 637.99491
18 'point symmetry operation' ? ? 0.30901700 -0.80901699 0.50000000 318.99745 -0.80901699 -0.50000000 -0.30901700
835.14618 0.50000000 -0.30901700 -0.80901699 516.14873
19 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.30901700 0.80901700 318.99745 -0.30901699 -0.80901700 -0.50000000
835.14618 0.80901699 -0.50000000 0.30901700 121.84619
20 'point symmetry operation' ? ? -1.00000000 0.00000000 0.00000000 637.99490 0.00000000 -1.00000000 0.00000000
637.99491 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000
21 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 -1.00000000
637.99491 -1.00000000 0.00000000 0.00000000 637.99491
22 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.80901700 -0.50000000 121.84618 0.80901699 -0.50000000 -0.30901700
318.99746 -0.50000000 -0.30901699 -0.80901699 835.14618
23 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 0.50000000 -0.30901700 0.00000 0.50000000 -0.30901700 0.80901699
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24 'point symmetry operation' ? ? 0.80901700 0.50000000 0.30901699 -197.15127 -0.50000000 0.30901699 0.80901700
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25 'point symmetry operation' ? ? 0.30901700 0.80901699 0.50000000 -197.15127 -0.80901699 0.50000000 -0.30901699
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26 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 -0.50000000 0.30901699 121.84618 -0.50000001 -0.30901700 0.80901699
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27 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 -1.00000000 0.00000000 0.00000000
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28 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 0.50000000 0.30901700 318.99745 -0.50000000 -0.30901700 -0.80901699
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29 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 0.30901700 -0.80901699 637.99491 0.30901699 -0.80901699 -0.50000000
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31 'point symmetry operation' ? ? -0.49999999 0.30901699 -0.80901700 637.99491 -0.30901699 0.80901699 0.50000000
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33 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 -0.50000000 0.30901700 121.84618 0.50000000 0.30901700 -0.80901699
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34 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 1.00000000 0.00000000 0.00000000
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36 'point symmetry operation' ? ? -0.30901700 -0.80901699 0.50000001 516.14872 0.80901700 -0.49999999 -0.30901699
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37 'point symmetry operation' ? ? -0.80901700 -0.50000000 0.30901700 637.99491 0.50000000 -0.30901699 0.80901700
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38 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 -0.50000000 -0.30901700 835.14618 -0.50000000 0.30901700 0.80901699
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40 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 637.99490 0.00000000 0.00000000 -1.00000000
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43 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.30901700 0.80901699 0.00000 -0.30901700 0.80901699 0.50000000
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46 'point symmetry operation' ? ? -0.50000001 -0.30901700 0.80901699 318.99745 0.30901699 0.80901700 0.49999999
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53 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 0.30901700 -0.80901699 318.99745 -0.30901700 -0.80901699 -0.50000000
835.14618 -0.80901699 0.50000000 -0.30901700 516.14873
54 'point symmetry operation' ? ? 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000
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59 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 0.50000000 -0.30901700 516.14872 -0.50000000 -0.30901700 0.80901700
318.99745 0.30901699 0.80901700 0.50000000 -197.15127
60 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 637.99491 -1.00000000 0.00000000 0.00000000
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HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 31 ? VAL A 37 ? GLY 1 31 VAL 1 37 5 ? 7
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HELX_P HELX_P19 AC1 GLY D 121 ? ASN D 127 ? GLY 4 121 ASN 4 127 5 ? 7
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HELX_P HELX_P29 AD2 GLY F 31 ? LEU F 35 ? GLY 6 31 LEU 6 35 5 ? 5
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HELX_P HELX_P32 AD5 GLY F 121 ? ASN F 127 ? GLY 6 121 ASN 6 127 5 ? 7
HELX_P HELX_P33 AD6 THR F 183 ? VAL F 188 ? THR 6 183 VAL 6 188 5 ? 6
HELX_P HELX_P34 AD7 PRO F 300 ? ARG F 311 ? PRO 6 300 ARG 6 311 1 ? 12
HELX_P HELX_P35 AD8 MET G 293 ? GLY G 299 ? MET 7 293 GLY 7 299 1 ? 7
#
_struct_conf_type.id HELX_P
_struct_conf_type.criteria ?
_struct_conf_type.reference ?
#
loop_
_struct_conn.id
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.details
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
_struct_conn.pdbx_role
covale1 covale both ? H SIA . O8 ? ? ? 1_555 H SIA . C2 ? ? A SIA 1 A SIA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ?
covale2 covale both ? I SIA . O8 ? ? ? 1_555 I SIA . C2 ? ? B SIA 1 B SIA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ?
covale3 covale both ? J SIA . O8 ? ? ? 1_555 J SIA . C2 ? ? C SIA 1 C SIA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ?
covale4 covale both ? K SIA . O8 ? ? ? 1_555 K SIA . C2 ? ? D SIA 1 D SIA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ?
covale5 covale both ? L SIA . O8 ? ? ? 1_555 L SIA . C2 ? ? E SIA 1 E SIA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ?
covale6 covale both ? M SIA . O8 ? ? ? 1_555 M SIA . C2 ? ? F SIA 1 F SIA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ?
metalc1 metalc ? ? A GLU 48 OE1 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? 1 GLU 48 1 CA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.848 ? ?
metalc2 metalc ? ? A GLU 48 OE2 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? 1 GLU 48 1 CA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.642 ? ?
metalc3 metalc ? ? A SER 213 O ? ? ? 1_555 N CA . CA ? ? 1 SER 213 1 CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? ?
metalc4 metalc ? ? A GLU 216 OE2 ? ? ? 1_555 N CA . CA ? ? 1 GLU 216 1 CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? ?
metalc5 metalc ? ? N CA . CA ? ? ? 1_555 E GLU 48 OE1 ? ? 1 CA 403 5 GLU 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.882 ? ?
metalc6 metalc ? ? N CA . CA ? ? ? 1_555 E GLU 48 OE2 ? ? 1 CA 403 5 GLU 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.591 ? ?
metalc7 metalc ? ? O CA . CA ? ? ? 1_555 B SER 213 O ? ? 1 CA 404 2 SER 213 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.461 ? ?
metalc8 metalc ? ? O CA . CA ? ? ? 1_555 B GLU 216 OE2 ? ? 1 CA 404 2 GLU 216 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.623 ? ?
metalc9 metalc ? ? B GLU 48 OE1 ? ? ? 1_555 P CA . CA ? ? 2 GLU 48 2 CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.613 ? ?
metalc10 metalc ? ? B GLU 48 OE2 ? ? ? 1_555 P CA . CA ? ? 2 GLU 48 2 CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.514 ? ?
metalc11 metalc ? ? P CA . CA ? ? ? 1_555 C SER 213 O ? ? 2 CA 403 3 SER 213 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? ?
metalc12 metalc ? ? P CA . CA ? ? ? 1_555 C GLU 216 OE2 ? ? 2 CA 403 3 GLU 216 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.542 ? ?
metalc13 metalc ? ? P CA . CA ? ? ? 1_555 F GLU 330 OE1 ? ? 2 CA 403 6 GLU 330 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.480 ? ?
metalc14 metalc ? ? C GLU 48 OE1 ? ? ? 1_555 Q CA . CA ? ? 3 GLU 48 3 CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.110 ? ?
metalc15 metalc ? ? C GLU 48 OE2 ? ? ? 1_555 Q CA . CA ? ? 3 GLU 48 3 CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.546 ? ?
metalc16 metalc ? ? C GLU 330 OE1 ? ? ? 1_555 R CA . CA ? ? 3 GLU 330 3 CA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.141 ? ?
metalc17 metalc ? ? Q CA . CA ? ? ? 1_555 D SER 213 O ? ? 3 CA 403 4 SER 213 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? ?
metalc18 metalc ? ? Q CA . CA ? ? ? 1_555 D GLU 216 OE2 ? ? 3 CA 403 4 GLU 216 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.744 ? ?
metalc19 metalc ? ? R CA . CA ? ? ? 1_555 F SER 213 O ? ? 3 CA 404 6 SER 213 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? ?
metalc20 metalc ? ? R CA . CA ? ? ? 1_555 F GLU 216 OE2 ? ? 3 CA 404 6 GLU 216 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.564 ? ?
metalc21 metalc ? ? D GLU 48 OE1 ? ? ? 1_555 S CA . CA ? ? 4 GLU 48 4 CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.975 ? ?
metalc22 metalc ? ? D GLU 48 OE2 ? ? ? 1_555 S CA . CA ? ? 4 GLU 48 4 CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.529 ? ?
metalc23 metalc ? ? S CA . CA ? ? ? 1_555 E SER 213 O ? ? 4 CA 403 5 SER 213 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? ?
metalc24 metalc ? ? S CA . CA ? ? ? 1_555 E GLU 216 OE2 ? ? 4 CA 403 5 GLU 216 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.067 ? ?
#
loop_
_struct_conn_type.id
_struct_conn_type.criteria
_struct_conn_type.reference
covale ? ?
metalc ? ?
#
loop_
_pdbx_struct_conn_angle.id
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code
_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry
_pdbx_struct_conn_angle.value
_pdbx_struct_conn_angle.value_esd
1 OE1 ? A GLU 48 ? 1 GLU 48 ? 1_555 CA ? O CA . ? 1 CA 404 ? 1_555 OE2 ? A GLU 48 ? 1 GLU 48 ? 1_555 46.8 ?
2 OE1 ? A GLU 48 ? 1 GLU 48 ? 1_555 CA ? O CA . ? 1 CA 404 ? 1_555 O ? B SER 213 ? 2 SER 213 ? 1_555 76.4 ?
3 OE2 ? A GLU 48 ? 1 GLU 48 ? 1_555 CA ? O CA . ? 1 CA 404 ? 1_555 O ? B SER 213 ? 2 SER 213 ? 1_555 122.0 ?
4 OE1 ? A GLU 48 ? 1 GLU 48 ? 1_555 CA ? O CA . ? 1 CA 404 ? 1_555 OE2 ? B GLU 216 ? 2 GLU 216 ? 1_555 139.0 ?
5 OE2 ? A GLU 48 ? 1 GLU 48 ? 1_555 CA ? O CA . ? 1 CA 404 ? 1_555 OE2 ? B GLU 216 ? 2 GLU 216 ? 1_555 154.1 ?
6 O ? B SER 213 ? 2 SER 213 ? 1_555 CA ? O CA . ? 1 CA 404 ? 1_555 OE2 ? B GLU 216 ? 2 GLU 216 ? 1_555 76.3 ?
7 O ? A SER 213 ? 1 SER 213 ? 1_555 CA ? N CA . ? 1 CA 403 ? 1_555 OE2 ? A GLU 216 ? 1 GLU 216 ? 1_555 93.3 ?
8 O ? A SER 213 ? 1 SER 213 ? 1_555 CA ? N CA . ? 1 CA 403 ? 1_555 OE1 ? E GLU 48 ? 5 GLU 48 ? 1_555 82.7 ?
9 OE2 ? A GLU 216 ? 1 GLU 216 ? 1_555 CA ? N CA . ? 1 CA 403 ? 1_555 OE1 ? E GLU 48 ? 5 GLU 48 ? 1_555 143.8 ?
10 O ? A SER 213 ? 1 SER 213 ? 1_555 CA ? N CA . ? 1 CA 403 ? 1_555 OE2 ? E GLU 48 ? 5 GLU 48 ? 1_555 129.1 ?
11 OE2 ? A GLU 216 ? 1 GLU 216 ? 1_555 CA ? N CA . ? 1 CA 403 ? 1_555 OE2 ? E GLU 48 ? 5 GLU 48 ? 1_555 129.6 ?
12 OE1 ? E GLU 48 ? 5 GLU 48 ? 1_555 CA ? N CA . ? 1 CA 403 ? 1_555 OE2 ? E GLU 48 ? 5 GLU 48 ? 1_555 46.8 ?
13 OE1 ? B GLU 48 ? 2 GLU 48 ? 1_555 CA ? P CA . ? 2 CA 403 ? 1_555 OE2 ? B GLU 48 ? 2 GLU 48 ? 1_555 50.6 ?
14 OE1 ? B GLU 48 ? 2 GLU 48 ? 1_555 CA ? P CA . ? 2 CA 403 ? 1_555 O ? C SER 213 ? 3 SER 213 ? 1_555 95.3 ?
15 OE2 ? B GLU 48 ? 2 GLU 48 ? 1_555 CA ? P CA . ? 2 CA 403 ? 1_555 O ? C SER 213 ? 3 SER 213 ? 1_555 121.1 ?
16 OE1 ? B GLU 48 ? 2 GLU 48 ? 1_555 CA ? P CA . ? 2 CA 403 ? 1_555 OE2 ? C GLU 216 ? 3 GLU 216 ? 1_555 146.1 ?
17 OE2 ? B GLU 48 ? 2 GLU 48 ? 1_555 CA ? P CA . ? 2 CA 403 ? 1_555 OE2 ? C GLU 216 ? 3 GLU 216 ? 1_555 161.6 ?
18 O ? C SER 213 ? 3 SER 213 ? 1_555 CA ? P CA . ? 2 CA 403 ? 1_555 OE2 ? C GLU 216 ? 3 GLU 216 ? 1_555 71.9 ?
19 OE1 ? B GLU 48 ? 2 GLU 48 ? 1_555 CA ? P CA . ? 2 CA 403 ? 1_555 OE1 ? F GLU 330 ? 6 GLU 330 ? 1_555 69.7 ?
20 OE2 ? B GLU 48 ? 2 GLU 48 ? 1_555 CA ? P CA . ? 2 CA 403 ? 1_555 OE1 ? F GLU 330 ? 6 GLU 330 ? 1_555 104.0 ?
21 O ? C SER 213 ? 3 SER 213 ? 1_555 CA ? P CA . ? 2 CA 403 ? 1_555 OE1 ? F GLU 330 ? 6 GLU 330 ? 1_555 104.8 ?
22 OE2 ? C GLU 216 ? 3 GLU 216 ? 1_555 CA ? P CA . ? 2 CA 403 ? 1_555 OE1 ? F GLU 330 ? 6 GLU 330 ? 1_555 83.1 ?
23 OE1 ? C GLU 48 ? 3 GLU 48 ? 1_555 CA ? Q CA . ? 3 CA 403 ? 1_555 OE2 ? C GLU 48 ? 3 GLU 48 ? 1_555 44.1 ?
24 OE1 ? C GLU 48 ? 3 GLU 48 ? 1_555 CA ? Q CA . ? 3 CA 403 ? 1_555 O ? D SER 213 ? 4 SER 213 ? 1_555 71.6 ?
25 OE2 ? C GLU 48 ? 3 GLU 48 ? 1_555 CA ? Q CA . ? 3 CA 403 ? 1_555 O ? D SER 213 ? 4 SER 213 ? 1_555 115.1 ?
26 OE1 ? C GLU 48 ? 3 GLU 48 ? 1_555 CA ? Q CA . ? 3 CA 403 ? 1_555 OE2 ? D GLU 216 ? 4 GLU 216 ? 1_555 133.3 ?
27 OE2 ? C GLU 48 ? 3 GLU 48 ? 1_555 CA ? Q CA . ? 3 CA 403 ? 1_555 OE2 ? D GLU 216 ? 4 GLU 216 ? 1_555 151.8 ?
28 O ? D SER 213 ? 4 SER 213 ? 1_555 CA ? Q CA . ? 3 CA 403 ? 1_555 OE2 ? D GLU 216 ? 4 GLU 216 ? 1_555 76.8 ?
29 OE1 ? C GLU 330 ? 3 GLU 330 ? 1_555 CA ? R CA . ? 3 CA 404 ? 1_555 O ? F SER 213 ? 6 SER 213 ? 1_555 60.0 ?
30 OE1 ? C GLU 330 ? 3 GLU 330 ? 1_555 CA ? R CA . ? 3 CA 404 ? 1_555 OE2 ? F GLU 216 ? 6 GLU 216 ? 1_555 80.4 ?
31 O ? F SER 213 ? 6 SER 213 ? 1_555 CA ? R CA . ? 3 CA 404 ? 1_555 OE2 ? F GLU 216 ? 6 GLU 216 ? 1_555 70.8 ?
32 OE1 ? D GLU 48 ? 4 GLU 48 ? 1_555 CA ? S CA . ? 4 CA 403 ? 1_555 OE2 ? D GLU 48 ? 4 GLU 48 ? 1_555 46.0 ?
33 OE1 ? D GLU 48 ? 4 GLU 48 ? 1_555 CA ? S CA . ? 4 CA 403 ? 1_555 O ? E SER 213 ? 5 SER 213 ? 1_555 78.3 ?
34 OE2 ? D GLU 48 ? 4 GLU 48 ? 1_555 CA ? S CA . ? 4 CA 403 ? 1_555 O ? E SER 213 ? 5 SER 213 ? 1_555 124.1 ?
35 OE1 ? D GLU 48 ? 4 GLU 48 ? 1_555 CA ? S CA . ? 4 CA 403 ? 1_555 OE2 ? E GLU 216 ? 5 GLU 216 ? 1_555 131.2 ?
36 OE2 ? D GLU 48 ? 4 GLU 48 ? 1_555 CA ? S CA . ? 4 CA 403 ? 1_555 OE2 ? E GLU 216 ? 5 GLU 216 ? 1_555 148.0 ?
37 O ? E SER 213 ? 5 SER 213 ? 1_555 CA ? S CA . ? 4 CA 403 ? 1_555 OE2 ? E GLU 216 ? 5 GLU 216 ? 1_555 69.9 ?
#
loop_
_struct_sheet.id
_struct_sheet.type
_struct_sheet.number_strands
_struct_sheet.details
AA1 ? 3 ?
AA2 ? 4 ?
AA3 ? 5 ?
AA4 ? 3 ?
AA5 ? 5 ?
AA6 ? 5 ?
AA7 ? 2 ?
AA8 ? 2 ?
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AB2 ? 3 ?
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AB4 ? 2 ?
AB5 ? 3 ?
AB6 ? 4 ?
AB7 ? 3 ?
AB8 ? 5 ?
AB9 ? 5 ?
AC1 ? 2 ?
AC2 ? 4 ?
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AC5 ? 5 ?
AC6 ? 4 ?
AC7 ? 4 ?
AC8 ? 3 ?
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AD1 ? 2 ?
AD2 ? 4 ?
AD3 ? 5 ?
AD4 ? 4 ?
AD5 ? 3 ?
AD6 ? 3 ?
#
loop_
_struct_sheet_order.sheet_id
_struct_sheet_order.range_id_1
_struct_sheet_order.range_id_2
_struct_sheet_order.offset
_struct_sheet_order.sense
AA1 1 2 ? anti-parallel
AA1 2 3 ? anti-parallel
AA2 1 2 ? anti-parallel
AA2 2 3 ? anti-parallel
AA2 3 4 ? anti-parallel
AA3 1 2 ? anti-parallel
AA3 2 3 ? anti-parallel
AA3 3 4 ? anti-parallel
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AA4 1 2 ? anti-parallel
AA4 2 3 ? anti-parallel
AA5 1 2 ? anti-parallel
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AA6 1 2 ? anti-parallel
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AB6 3 4 ? anti-parallel
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AC2 1 2 ? anti-parallel
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AC7 2 3 ? anti-parallel
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AC8 2 3 ? anti-parallel
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AD1 1 2 ? anti-parallel
AD2 1 2 ? anti-parallel
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AD3 1 2 ? anti-parallel
AD3 2 3 ? anti-parallel
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AD4 2 3 ? anti-parallel
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AD5 1 2 ? anti-parallel
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#
loop_
_struct_sheet_range.sheet_id
_struct_sheet_range.id
_struct_sheet_range.beg_label_comp_id
_struct_sheet_range.beg_label_asym_id
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_struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code
_struct_sheet_range.end_label_comp_id
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_struct_sheet_range.beg_auth_comp_id
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_struct_sheet_range.end_auth_asym_id
_struct_sheet_range.end_auth_seq_id
AA1 1 GLU A 46 ? LEU A 51 ? GLU 1 46 LEU 1 51
AA1 2 ALA A 283 ? VAL A 295 ? ALA 1 283 VAL 1 295
AA1 3 GLU A 118 ? ILE A 120 ? GLU 1 118 ILE 1 120
AA2 1 GLU A 46 ? LEU A 51 ? GLU 1 46 LEU 1 51
AA2 2 ALA A 283 ? VAL A 295 ? ALA 1 283 VAL 1 295
AA2 3 LEU A 107 ? VAL A 115 ? LEU 1 107 VAL 1 115
AA2 4 THR A 242 ? VAL A 243 ? THR 1 242 VAL 1 243
AA3 1 SER A 89 ? ILE A 93 ? SER 1 89 ILE 1 93
AA3 2 LEU A 259 ? ILE A 266 ? LEU 1 259 ILE 1 266
AA3 3 ASN A 148 ? GLY A 155 ? ASN 1 148 GLY 1 155
AA3 4 THR A 218 ? THR A 225 ? THR 1 218 THR 1 225
AA3 5 VAL E 233 ? THR E 237 ? VAL 5 233 THR 5 237
AA4 1 LYS A 194 ? TYR A 196 ? LYS 1 194 TYR 1 196
AA4 2 GLU A 160 ? GLY A 163 ? GLU 1 160 GLY 1 163
AA4 3 TRP A 208 ? PRO A 210 ? TRP 1 208 PRO 1 210
AA5 1 VAL A 233 ? THR A 237 ? VAL 1 233 THR 1 237
AA5 2 THR B 218 ? THR B 225 ? THR 2 218 THR 2 225
AA5 3 ASN B 148 ? GLY B 155 ? ASN 2 148 GLY 2 155
AA5 4 SER B 258 ? THR B 271 ? SER 2 258 THR 2 271
AA5 5 SER B 89 ? PRO B 94 ? SER 2 89 PRO 2 94
AA6 1 VAL A 233 ? THR A 237 ? VAL 1 233 THR 1 237
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AA6 3 ASN B 148 ? GLY B 155 ? ASN 2 148 GLY 2 155
AA6 4 SER B 258 ? THR B 271 ? SER 2 258 THR 2 271
AA6 5 GLN B 277 ? GLY B 281 ? GLN 2 277 GLY 2 281
AA7 1 GLY A 268 ? THR A 271 ? GLY 1 268 THR 1 271
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AA9 4 ALA B 283 ? LYS B 296 ? ALA 2 283 LYS 2 296
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AB3 5 SER C 89 ? PRO C 94 ? SER 3 89 PRO 3 94
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AB8 4 SER D 258 ? THR D 271 ? SER 4 258 THR 4 271
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AC2 1 THR D 45 ? LEU D 51 ? THR 4 45 LEU 4 51
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AC3 1 GLU D 118 ? ILE D 120 ? GLU 4 118 ILE 4 120
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AC3 3 LEU D 107 ? VAL D 115 ? LEU 4 107 VAL 4 115
AC3 4 LEU D 253 ? CYS D 254 ? LEU 4 253 CYS 4 254
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AC6 1 THR E 45 ? LEU E 51 ? THR 5 45 LEU 5 51
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AC7 1 GLU E 118 ? ILE E 120 ? GLU 5 118 ILE 5 120
AC7 2 ALA E 283 ? ARG E 293 ? ALA 5 283 ARG 5 293
AC7 3 MET E 109 ? VAL E 115 ? MET 5 109 VAL 5 115
AC7 4 LEU E 253 ? CYS E 254 ? LEU 5 253 CYS 5 254
AC8 1 LYS E 194 ? ALA E 195 ? LYS 5 194 ALA 5 195
AC8 2 MET E 161 ? GLN E 162 ? MET 5 161 GLN 5 162
AC8 3 VAL E 209 ? PRO E 210 ? VAL 5 209 PRO 5 210
AC9 1 GLY E 268 ? THR E 271 ? GLY 5 268 THR 5 271
AC9 2 GLN E 277 ? ARG E 280 ? GLN 5 277 ARG 5 280
AD1 1 MET E 346 ? ILE E 350 ? MET 5 346 ILE 5 350
AD1 2 GLN E 355 ? LYS E 359 ? GLN 5 355 LYS 5 359
AD2 1 ILE F 44 ? LEU F 51 ? ILE 6 44 LEU 6 51
AD2 2 ARG F 284 ? VAL F 295 ? ARG 6 284 VAL 6 295
AD2 3 LEU F 107 ? VAL F 115 ? LEU 6 107 VAL 6 115
AD2 4 LEU F 253 ? CYS F 254 ? LEU 6 253 CYS 6 254
AD3 1 GLU F 118 ? VAL F 119 ? GLU 6 118 VAL 6 119
AD3 2 ARG F 284 ? VAL F 295 ? ARG 6 284 VAL 6 295
AD3 3 LEU F 107 ? VAL F 115 ? LEU 6 107 VAL 6 115
AD3 4 ALA F 240 ? VAL F 243 ? ALA 6 240 VAL 6 243
AD3 5 ALA G 289 ? PRO G 290 ? ALA 7 289 PRO 7 290
AD4 1 SER F 89 ? PRO F 94 ? SER 6 89 PRO 6 94
AD4 2 SER F 258 ? THR F 271 ? SER 6 258 THR 6 271
AD4 3 PHE F 149 ? GLY F 155 ? PHE 6 149 GLY 6 155
AD4 4 THR F 218 ? THR F 223 ? THR 6 218 THR 6 223
AD5 1 SER F 89 ? PRO F 94 ? SER 6 89 PRO 6 94
AD5 2 SER F 258 ? THR F 271 ? SER 6 258 THR 6 271
AD5 3 GLN F 277 ? GLY F 281 ? GLN 6 277 GLY 6 281
AD6 1 LYS F 194 ? TYR F 196 ? LYS 6 194 TYR 6 196
AD6 2 GLU F 160 ? GLY F 163 ? GLU 6 160 GLY 6 163
AD6 3 TRP F 208 ? PRO F 210 ? TRP 6 208 PRO 6 210
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AA1 1 2 N CYS A 49 ? N CYS 1 49 O PHE A 286 ? O PHE 1 286
AA1 2 3 O TYR A 285 ? O TYR 1 285 N GLU A 118 ? N GLU 1 118
AA2 1 2 N CYS A 49 ? N CYS 1 49 O PHE A 286 ? O PHE 1 286
AA2 2 3 O ARG A 293 ? O ARG 1 293 N MET A 109 ? N MET 1 109
AA2 3 4 N VAL A 115 ? N VAL 1 115 O THR A 242 ? O THR 1 242
AA3 1 2 N ALA A 91 ? N ALA 1 91 O VAL A 261 ? O VAL 1 261
AA3 2 3 O ILE A 266 ? O ILE 1 266 N PHE A 149 ? N PHE 1 149
AA3 3 4 N PHE A 152 ? N PHE 1 152 O PHE A 221 ? O PHE 1 221
AA3 4 5 N PHE A 224 ? N PHE 1 224 O LEU E 234 ? O LEU 5 234
AA4 1 2 O ALA A 195 ? O ALA 1 195 N MET A 161 ? N MET 1 161
AA4 2 3 N GLN A 162 ? N GLN 1 162 O VAL A 209 ? O VAL 1 209
AA5 1 2 N VAL A 236 ? N VAL 1 236 O GLY B 222 ? O GLY 2 222
AA5 2 3 O PHE B 221 ? O PHE 2 221 N PHE B 152 ? N PHE 2 152
AA5 3 4 N PHE B 151 ? N PHE 2 151 O ALA B 264 ? O ALA 2 264
AA5 4 5 O LEU B 259 ? O LEU 2 259 N ILE B 93 ? N ILE 2 93
AA6 1 2 N VAL A 236 ? N VAL 1 236 O GLY B 222 ? O GLY 2 222
AA6 2 3 O PHE B 221 ? O PHE 2 221 N PHE B 152 ? N PHE 2 152
AA6 3 4 N PHE B 151 ? N PHE 2 151 O ALA B 264 ? O ALA 2 264
AA6 4 5 N PHE B 270 ? N PHE 2 270 O GLN B 278 ? O GLN 2 278
AA7 1 2 N PHE A 270 ? N PHE 1 270 O GLN A 278 ? O GLN 1 278
AA8 1 2 N ILE A 347 ? N ILE 1 347 O THR A 358 ? O THR 1 358
AA9 1 2 N VAL B 23 ? N VAL 2 23 O GLU F 338 ? O GLU 6 338
AA9 2 3 O GLU F 330 ? O GLU 6 330 N GLU B 48 ? N GLU 2 48
AA9 3 4 N THR B 45 ? N THR 2 45 O LEU B 290 ? O LEU 2 290
AA9 4 5 O TYR B 285 ? O TYR 2 285 N GLU B 118 ? N GLU 2 118
AB1 1 2 N VAL B 23 ? N VAL 2 23 O GLU F 338 ? O GLU 6 338
AB1 2 3 O GLU F 330 ? O GLU 6 330 N GLU B 48 ? N GLU 2 48
AB1 3 4 N THR B 45 ? N THR 2 45 O LEU B 290 ? O LEU 2 290
AB1 4 5 O ARG B 293 ? O ARG 2 293 N MET B 109 ? N MET 2 109
AB1 5 6 N VAL B 115 ? N VAL 2 115 O THR B 242 ? O THR 2 242
AB2 1 2 O ALA B 195 ? O ALA 2 195 N MET B 161 ? N MET 2 161
AB2 2 3 N GLN B 162 ? N GLN 2 162 O VAL B 209 ? O VAL 2 209
AB3 1 2 N LEU B 234 ? N LEU 2 234 O PHE C 224 ? O PHE 3 224
AB3 2 3 O PHE C 221 ? O PHE 3 221 N PHE C 152 ? N PHE 3 152
AB3 3 4 N GLY C 155 ? N GLY 3 155 O TYR C 260 ? O TYR 3 260
AB3 4 5 O LEU C 259 ? O LEU 3 259 N ILE C 93 ? N ILE 3 93
AB4 1 2 N TYR B 349 ? N TYR 2 349 O LEU B 356 ? O LEU 2 356
AB5 1 2 N THR C 45 ? N THR 3 45 O LEU C 290 ? O LEU 3 290
AB5 2 3 O TYR C 285 ? O TYR 3 285 N GLU C 118 ? N GLU 3 118
AB6 1 2 N THR C 45 ? N THR 3 45 O LEU C 290 ? O LEU 3 290
AB6 2 3 O ARG C 293 ? O ARG 3 293 N MET C 109 ? N MET 3 109
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AB7 1 2 O ALA C 195 ? O ALA 3 195 N MET C 161 ? N MET 3 161
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AB8 1 2 N VAL C 236 ? N VAL 3 236 O GLY D 222 ? O GLY 4 222
AB8 2 3 O PHE D 221 ? O PHE 4 221 N PHE D 152 ? N PHE 4 152
AB8 3 4 N PHE D 149 ? N PHE 4 149 O ILE D 266 ? O ILE 4 266
AB8 4 5 O ALA D 263 ? O ALA 4 263 N SER D 89 ? N SER 4 89
AB9 1 2 N VAL C 236 ? N VAL 3 236 O GLY D 222 ? O GLY 4 222
AB9 2 3 O PHE D 221 ? O PHE 4 221 N PHE D 152 ? N PHE 4 152
AB9 3 4 N PHE D 149 ? N PHE 4 149 O ILE D 266 ? O ILE 4 266
AB9 4 5 N CYS D 267 ? N CYS 4 267 O ARG D 280 ? O ARG 4 280
AC1 1 2 N PHE C 270 ? N PHE 3 270 O GLN C 278 ? O GLN 3 278
AC2 1 2 N VAL D 47 ? N VAL 4 47 O ILE D 288 ? O ILE 4 288
AC2 2 3 O ARG D 289 ? O ARG 4 289 N VAL D 113 ? N VAL 4 113
AC2 3 4 N VAL D 115 ? N VAL 4 115 O THR D 242 ? O THR 4 242
AC3 1 2 N GLU D 118 ? N GLU 4 118 O TYR D 285 ? O TYR 4 285
AC3 2 3 O ARG D 289 ? O ARG 4 289 N VAL D 113 ? N VAL 4 113
AC3 3 4 N TRP D 110 ? N TRP 4 110 O CYS D 254 ? O CYS 4 254
AC4 1 2 O ALA D 195 ? O ALA 4 195 N MET D 161 ? N MET 4 161
AC4 2 3 N GLN D 162 ? N GLN 4 162 O VAL D 209 ? O VAL 4 209
AC5 1 2 N VAL D 236 ? N VAL 4 236 O GLY E 222 ? O GLY 5 222
AC5 2 3 O PHE E 221 ? O PHE 5 221 N PHE E 152 ? N PHE 5 152
AC5 3 4 N ALA E 153 ? N ALA 5 153 O SER E 262 ? O SER 5 262
AC5 4 5 O ALA E 263 ? O ALA 5 263 N SER E 89 ? N SER 5 89
AC6 1 2 N CYS E 49 ? N CYS 5 49 O PHE E 286 ? O PHE 5 286
AC6 2 3 O ARG E 289 ? O ARG 5 289 N THR E 114 ? N THR 5 114
AC6 3 4 N VAL E 115 ? N VAL 5 115 O THR E 242 ? O THR 5 242
AC7 1 2 N GLU E 118 ? N GLU 5 118 O TYR E 285 ? O TYR 5 285
AC7 2 3 O ARG E 289 ? O ARG 5 289 N THR E 114 ? N THR 5 114
AC7 3 4 N TRP E 110 ? N TRP 5 110 O CYS E 254 ? O CYS 5 254
AC8 1 2 O ALA E 195 ? O ALA 5 195 N MET E 161 ? N MET 5 161
AC8 2 3 N GLN E 162 ? N GLN 5 162 O VAL E 209 ? O VAL 5 209
AC9 1 2 N PHE E 270 ? N PHE 5 270 O GLN E 278 ? O GLN 5 278
AD1 1 2 N ILE E 347 ? N ILE 5 347 O THR E 358 ? O THR 5 358
AD2 1 2 N THR F 45 ? N THR 6 45 O LEU F 290 ? O LEU 6 290
AD2 2 3 O ARG F 289 ? O ARG 6 289 N VAL F 113 ? N VAL 6 113
AD2 3 4 N TRP F 110 ? N TRP 6 110 O CYS F 254 ? O CYS 6 254
AD3 1 2 N GLU F 118 ? N GLU 6 118 O TYR F 285 ? O TYR 6 285
AD3 2 3 O ARG F 289 ? O ARG 6 289 N VAL F 113 ? N VAL 6 113
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AD3 4 5 N THR F 241 ? N THR 6 241 O ALA G 289 ? O ALA 7 289
AD4 1 2 N ILE F 93 ? N ILE 6 93 O LEU F 259 ? O LEU 6 259
AD4 2 3 O TYR F 260 ? O TYR 6 260 N GLY F 155 ? N GLY 6 155
AD4 3 4 N PHE F 152 ? N PHE 6 152 O PHE F 221 ? O PHE 6 221
AD5 1 2 N ILE F 93 ? N ILE 6 93 O LEU F 259 ? O LEU 6 259
AD5 2 3 N PHE F 270 ? N PHE 6 270 O GLN F 278 ? O GLN 6 278
AD6 1 2 O ALA F 195 ? O ALA 6 195 N MET F 161 ? N MET 6 161
AD6 2 3 N GLN F 162 ? N GLN 6 162 O VAL F 209 ? O VAL 6 209
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_pdbx_point_symmetry.Schoenflies_symbol I
#
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_em_virus_entity.entity_assembly_id 1
_em_virus_entity.empty NO
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_em_vitrification.citation_id ?
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_em_experiment.entry_id 6ESB
_em_experiment.id 1
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_em_experiment.entity_assembly_id 1
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_pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code
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1 1 Y 1 1 ALA 1 ? A ALA 1
2 1 Y 1 1 PRO 2 ? A PRO 2
3 1 Y 1 1 THR 3 ? A THR 3
4 1 Y 1 1 LYS 4 ? A LYS 4
5 1 Y 1 1 ARG 5 ? A ARG 5
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9 1 Y 1 1 CYS 9 ? A CYS 9
10 1 Y 1 1 PRO 10 ? A PRO 10
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12 1 Y 1 1 ALA 12 ? A ALA 12
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14 1 Y 1 1 LEU 361 ? A LEU 361
15 1 Y 1 2 ALA 1 ? B ALA 1
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28 1 Y 1 2 MET 360 ? B MET 360
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30 1 Y 1 3 ALA 1 ? C ALA 1
31 1 Y 1 3 PRO 2 ? C PRO 2
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46 1 Y 1 3 MET 360 ? C MET 360
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48 1 Y 1 4 ALA 1 ? D ALA 1
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50 1 Y 1 4 THR 3 ? D THR 3
51 1 Y 1 4 LYS 4 ? D LYS 4
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53 1 Y 1 4 LYS 6 ? D LYS 6
54 1 Y 1 4 GLY 7 ? D GLY 7
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57 1 Y 1 4 PRO 10 ? D PRO 10
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67 1 Y 1 4 GLU 338 ? D GLU 338
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92 1 Y 1 5 PRO 2 ? E PRO 2
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96 1 Y 1 5 LYS 6 ? E LYS 6
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99 1 Y 1 5 CYS 9 ? E CYS 9
100 1 Y 1 5 PRO 10 ? E PRO 10
101 1 Y 1 5 GLY 11 ? E GLY 11
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110 1 Y 1 5 PRO 20 ? E PRO 20
111 1 Y 1 5 VAL 21 ? E VAL 21
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114 1 Y 1 6 ALA 1 ? F ALA 1
115 1 Y 1 6 PRO 2 ? F PRO 2
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140 1 Y 1 7 VAL 11 ? G VAL 11
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157 1 Y 1 7 ILE 28 ? G ILE 28
158 1 Y 1 7 ALA 29 ? G ALA 29
159 1 Y 1 7 ALA 30 ? G ALA 30
160 1 Y 1 7 GLY 31 ? G GLY 31
161 1 Y 1 7 GLU 32 ? G GLU 32
162 1 Y 1 7 ALA 33 ? G ALA 33
163 1 Y 1 7 ALA 34 ? G ALA 34
164 1 Y 1 7 ALA 35 ? G ALA 35
165 1 Y 1 7 ALA 36 ? G ALA 36
166 1 Y 1 7 ILE 37 ? G ILE 37
167 1 Y 1 7 GLU 38 ? G GLU 38
168 1 Y 1 7 VAL 39 ? G VAL 39
169 1 Y 1 7 GLN 40 ? G GLN 40
170 1 Y 1 7 ILE 41 ? G ILE 41
171 1 Y 1 7 ALA 42 ? G ALA 42
172 1 Y 1 7 SER 43 ? G SER 43
173 1 Y 1 7 LEU 44 ? G LEU 44
174 1 Y 1 7 ALA 45 ? G ALA 45
175 1 Y 1 7 THR 46 ? G THR 46
176 1 Y 1 7 VAL 47 ? G VAL 47
177 1 Y 1 7 GLU 48 ? G GLU 48
178 1 Y 1 7 GLY 49 ? G GLY 49
179 1 Y 1 7 ILE 50 ? G ILE 50
180 1 Y 1 7 THR 51 ? G THR 51
181 1 Y 1 7 SER 52 ? G SER 52
182 1 Y 1 7 THR 53 ? G THR 53
183 1 Y 1 7 SER 54 ? G SER 54
184 1 Y 1 7 GLU 55 ? G GLU 55
185 1 Y 1 7 ALA 56 ? G ALA 56
186 1 Y 1 7 ILE 57 ? G ILE 57
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191 1 Y 1 7 LEU 62 ? G LEU 62
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194 1 Y 1 7 GLN 65 ? G GLN 65
195 1 Y 1 7 THR 66 ? G THR 66
196 1 Y 1 7 TYR 67 ? G TYR 67
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199 1 Y 1 7 ILE 70 ? G ILE 70
200 1 Y 1 7 ALA 71 ? G ALA 71
201 1 Y 1 7 GLY 72 ? G GLY 72
202 1 Y 1 7 ALA 73 ? G ALA 73
203 1 Y 1 7 PRO 74 ? G PRO 74
204 1 Y 1 7 GLY 75 ? G GLY 75
205 1 Y 1 7 ALA 76 ? G ALA 76
206 1 Y 1 7 ILE 77 ? G ILE 77
207 1 Y 1 7 ALA 78 ? G ALA 78
208 1 Y 1 7 GLY 79 ? G GLY 79
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212 1 Y 1 7 LEU 83 ? G LEU 83
213 1 Y 1 7 ILE 84 ? G ILE 84
214 1 Y 1 7 GLN 85 ? G GLN 85
215 1 Y 1 7 THR 86 ? G THR 86
216 1 Y 1 7 VAL 87 ? G VAL 87
217 1 Y 1 7 SER 88 ? G SER 88
218 1 Y 1 7 GLY 89 ? G GLY 89
219 1 Y 1 7 ILE 90 ? G ILE 90
220 1 Y 1 7 SER 91 ? G SER 91
221 1 Y 1 7 SER 92 ? G SER 92
222 1 Y 1 7 LEU 93 ? G LEU 93
223 1 Y 1 7 ALA 94 ? G ALA 94
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227 1 Y 1 7 TYR 98 ? G TYR 98
228 1 Y 1 7 ARG 99 ? G ARG 99
229 1 Y 1 7 PHE 100 ? G PHE 100
230 1 Y 1 7 PHE 101 ? G PHE 101
231 1 Y 1 7 SER 102 ? G SER 102
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#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
ALA N N N N 1
ALA CA C N S 2
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ALA CB C N N 5
ALA OXT O N N 6
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ALA HB3 H N N 12
ALA HXT H N N 13
ARG N N N N 14
ARG CA C N S 15
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ARG CD C N N 20
ARG NE N N N 21
ARG CZ C N N 22
ARG NH1 N N N 23
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ARG OXT O N N 25
ARG H H N N 26
ARG H2 H N N 27
ARG HA H N N 28
ARG HB2 H N N 29
ARG HB3 H N N 30
ARG HG2 H N N 31
ARG HG3 H N N 32
ARG HD2 H N N 33
ARG HD3 H N N 34
ARG HE H N N 35
ARG HH11 H N N 36
ARG HH12 H N N 37
ARG HH21 H N N 38
ARG HH22 H N N 39
ARG HXT H N N 40
ASN N N N N 41
ASN CA C N S 42
ASN C C N N 43
ASN O O N N 44
ASN CB C N N 45
ASN CG C N N 46
ASN OD1 O N N 47
ASN ND2 N N N 48
ASN OXT O N N 49
ASN H H N N 50
ASN H2 H N N 51
ASN HA H N N 52
ASN HB2 H N N 53
ASN HB3 H N N 54
ASN HD21 H N N 55
ASN HD22 H N N 56
ASN HXT H N N 57
ASP N N N N 58
ASP CA C N S 59
ASP C C N N 60
ASP O O N N 61
ASP CB C N N 62
ASP CG C N N 63
ASP OD1 O N N 64
ASP OD2 O N N 65
ASP OXT O N N 66
ASP H H N N 67
ASP H2 H N N 68
ASP HA H N N 69
ASP HB2 H N N 70
ASP HB3 H N N 71
ASP HD2 H N N 72
ASP HXT H N N 73
CA CA CA N N 74
CYS N N N N 75
CYS CA C N R 76
CYS C C N N 77
CYS O O N N 78
CYS CB C N N 79
CYS SG S N N 80
CYS OXT O N N 81
CYS H H N N 82
CYS H2 H N N 83
CYS HA H N N 84
CYS HB2 H N N 85
CYS HB3 H N N 86
CYS HG H N N 87
CYS HXT H N N 88
GLN N N N N 89
GLN CA C N S 90
GLN C C N N 91
GLN O O N N 92
GLN CB C N N 93
GLN CG C N N 94
GLN CD C N N 95
GLN OE1 O N N 96
GLN NE2 N N N 97
GLN OXT O N N 98
GLN H H N N 99
GLN H2 H N N 100
GLN HA H N N 101
GLN HB2 H N N 102
GLN HB3 H N N 103
GLN HG2 H N N 104
GLN HG3 H N N 105
GLN HE21 H N N 106
GLN HE22 H N N 107
GLN HXT H N N 108
GLU N N N N 109
GLU CA C N S 110
GLU C C N N 111
GLU O O N N 112
GLU CB C N N 113
GLU CG C N N 114
GLU CD C N N 115
GLU OE1 O N N 116
GLU OE2 O N N 117
GLU OXT O N N 118
GLU H H N N 119
GLU H2 H N N 120
GLU HA H N N 121
GLU HB2 H N N 122
GLU HB3 H N N 123
GLU HG2 H N N 124
GLU HG3 H N N 125
GLU HE2 H N N 126
GLU HXT H N N 127
GLY N N N N 128
GLY CA C N N 129
GLY C C N N 130
GLY O O N N 131
GLY OXT O N N 132
GLY H H N N 133
GLY H2 H N N 134
GLY HA2 H N N 135
GLY HA3 H N N 136
GLY HXT H N N 137
HIS N N N N 138
HIS CA C N S 139
HIS C C N N 140
HIS O O N N 141
HIS CB C N N 142
HIS CG C Y N 143
HIS ND1 N Y N 144
HIS CD2 C Y N 145
HIS CE1 C Y N 146
HIS NE2 N Y N 147
HIS OXT O N N 148
HIS H H N N 149
HIS H2 H N N 150
HIS HA H N N 151
HIS HB2 H N N 152
HIS HB3 H N N 153
HIS HD1 H N N 154
HIS HD2 H N N 155
HIS HE1 H N N 156
HIS HE2 H N N 157
HIS HXT H N N 158
ILE N N N N 159
ILE CA C N S 160
ILE C C N N 161
ILE O O N N 162
ILE CB C N S 163
ILE CG1 C N N 164
ILE CG2 C N N 165
ILE CD1 C N N 166
ILE OXT O N N 167
ILE H H N N 168
ILE H2 H N N 169
ILE HA H N N 170
ILE HB H N N 171
ILE HG12 H N N 172
ILE HG13 H N N 173
ILE HG21 H N N 174
ILE HG22 H N N 175
ILE HG23 H N N 176
ILE HD11 H N N 177
ILE HD12 H N N 178
ILE HD13 H N N 179
ILE HXT H N N 180
LEU N N N N 181
LEU CA C N S 182
LEU C C N N 183
LEU O O N N 184
LEU CB C N N 185
LEU CG C N N 186
LEU CD1 C N N 187
LEU CD2 C N N 188
LEU OXT O N N 189
LEU H H N N 190
LEU H2 H N N 191
LEU HA H N N 192
LEU HB2 H N N 193
LEU HB3 H N N 194
LEU HG H N N 195
LEU HD11 H N N 196
LEU HD12 H N N 197
LEU HD13 H N N 198
LEU HD21 H N N 199
LEU HD22 H N N 200
LEU HD23 H N N 201
LEU HXT H N N 202
LYS N N N N 203
LYS CA C N S 204
LYS C C N N 205
LYS O O N N 206
LYS CB C N N 207
LYS CG C N N 208
LYS CD C N N 209
LYS CE C N N 210
LYS NZ N N N 211
LYS OXT O N N 212
LYS H H N N 213
LYS H2 H N N 214
LYS HA H N N 215
LYS HB2 H N N 216
LYS HB3 H N N 217
LYS HG2 H N N 218
LYS HG3 H N N 219
LYS HD2 H N N 220
LYS HD3 H N N 221
LYS HE2 H N N 222
LYS HE3 H N N 223
LYS HZ1 H N N 224
LYS HZ2 H N N 225
LYS HZ3 H N N 226
LYS HXT H N N 227
MET N N N N 228
MET CA C N S 229
MET C C N N 230
MET O O N N 231
MET CB C N N 232
MET CG C N N 233
MET SD S N N 234
MET CE C N N 235
MET OXT O N N 236
MET H H N N 237
MET H2 H N N 238
MET HA H N N 239
MET HB2 H N N 240
MET HB3 H N N 241
MET HG2 H N N 242
MET HG3 H N N 243
MET HE1 H N N 244
MET HE2 H N N 245
MET HE3 H N N 246
MET HXT H N N 247
PHE N N N N 248
PHE CA C N S 249
PHE C C N N 250
PHE O O N N 251
PHE CB C N N 252
PHE CG C Y N 253
PHE CD1 C Y N 254
PHE CD2 C Y N 255
PHE CE1 C Y N 256
PHE CE2 C Y N 257
PHE CZ C Y N 258
PHE OXT O N N 259
PHE H H N N 260
PHE H2 H N N 261
PHE HA H N N 262
PHE HB2 H N N 263
PHE HB3 H N N 264
PHE HD1 H N N 265
PHE HD2 H N N 266
PHE HE1 H N N 267
PHE HE2 H N N 268
PHE HZ H N N 269
PHE HXT H N N 270
PRO N N N N 271
PRO CA C N S 272
PRO C C N N 273
PRO O O N N 274
PRO CB C N N 275
PRO CG C N N 276
PRO CD C N N 277
PRO OXT O N N 278
PRO H H N N 279
PRO HA H N N 280
PRO HB2 H N N 281
PRO HB3 H N N 282
PRO HG2 H N N 283
PRO HG3 H N N 284
PRO HD2 H N N 285
PRO HD3 H N N 286
PRO HXT H N N 287
SER N N N N 288
SER CA C N S 289
SER C C N N 290
SER O O N N 291
SER CB C N N 292
SER OG O N N 293
SER OXT O N N 294
SER H H N N 295
SER H2 H N N 296
SER HA H N N 297
SER HB2 H N N 298
SER HB3 H N N 299
SER HG H N N 300
SER HXT H N N 301
SIA C1 C N N 302
SIA C2 C N R 303
SIA C3 C N N 304
SIA C4 C N S 305
SIA C5 C N R 306
SIA C6 C N R 307
SIA C7 C N R 308
SIA C8 C N R 309
SIA C9 C N N 310
SIA C10 C N N 311
SIA C11 C N N 312
SIA N5 N N N 313
SIA O1A O N N 314
SIA O1B O N N 315
SIA O2 O N N 316
SIA O4 O N N 317
SIA O6 O N N 318
SIA O7 O N N 319
SIA O8 O N N 320
SIA O9 O N N 321
SIA O10 O N N 322
SIA H32 H N N 323
SIA H31 H N N 324
SIA H4 H N N 325
SIA H5 H N N 326
SIA H6 H N N 327
SIA H7 H N N 328
SIA H8 H N N 329
SIA H92 H N N 330
SIA H91 H N N 331
SIA H111 H N N 332
SIA H113 H N N 333
SIA H112 H N N 334
SIA HN5 H N N 335
SIA HO1B H N N 336
SIA HO2 H N N 337
SIA HO4 H N N 338
SIA HO7 H N N 339
SIA HO8 H N N 340
SIA HO9 H N N 341
THR N N N N 342
THR CA C N S 343
THR C C N N 344
THR O O N N 345
THR CB C N R 346
THR OG1 O N N 347
THR CG2 C N N 348
THR OXT O N N 349
THR H H N N 350
THR H2 H N N 351
THR HA H N N 352
THR HB H N N 353
THR HG1 H N N 354
THR HG21 H N N 355
THR HG22 H N N 356
THR HG23 H N N 357
THR HXT H N N 358
TRP N N N N 359
TRP CA C N S 360
TRP C C N N 361
TRP O O N N 362
TRP CB C N N 363
TRP CG C Y N 364
TRP CD1 C Y N 365
TRP CD2 C Y N 366
TRP NE1 N Y N 367
TRP CE2 C Y N 368
TRP CE3 C Y N 369
TRP CZ2 C Y N 370
TRP CZ3 C Y N 371
TRP CH2 C Y N 372
TRP OXT O N N 373
TRP H H N N 374
TRP H2 H N N 375
TRP HA H N N 376
TRP HB2 H N N 377
TRP HB3 H N N 378
TRP HD1 H N N 379
TRP HE1 H N N 380
TRP HE3 H N N 381
TRP HZ2 H N N 382
TRP HZ3 H N N 383
TRP HH2 H N N 384
TRP HXT H N N 385
TYR N N N N 386
TYR CA C N S 387
TYR C C N N 388
TYR O O N N 389
TYR CB C N N 390
TYR CG C Y N 391
TYR CD1 C Y N 392
TYR CD2 C Y N 393
TYR CE1 C Y N 394
TYR CE2 C Y N 395
TYR CZ C Y N 396
TYR OH O N N 397
TYR OXT O N N 398
TYR H H N N 399
TYR H2 H N N 400
TYR HA H N N 401
TYR HB2 H N N 402
TYR HB3 H N N 403
TYR HD1 H N N 404
TYR HD2 H N N 405
TYR HE1 H N N 406
TYR HE2 H N N 407
TYR HH H N N 408
TYR HXT H N N 409
VAL N N N N 410
VAL CA C N S 411
VAL C C N N 412
VAL O O N N 413
VAL CB C N N 414
VAL CG1 C N N 415
VAL CG2 C N N 416
VAL OXT O N N 417
VAL H H N N 418
VAL H2 H N N 419
VAL HA H N N 420
VAL HB H N N 421
VAL HG11 H N N 422
VAL HG12 H N N 423
VAL HG13 H N N 424
VAL HG21 H N N 425
VAL HG22 H N N 426
VAL HG23 H N N 427
VAL HXT H N N 428
#
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
ALA N CA sing N N 1
ALA N H sing N N 2
ALA N H2 sing N N 3
ALA CA C sing N N 4
ALA CA CB sing N N 5
ALA CA HA sing N N 6
ALA C O doub N N 7
ALA C OXT sing N N 8
ALA CB HB1 sing N N 9
ALA CB HB2 sing N N 10
ALA CB HB3 sing N N 11
ALA OXT HXT sing N N 12
ARG N CA sing N N 13
ARG N H sing N N 14
ARG N H2 sing N N 15
ARG CA C sing N N 16
ARG CA CB sing N N 17
ARG CA HA sing N N 18
ARG C O doub N N 19
ARG C OXT sing N N 20
ARG CB CG sing N N 21
ARG CB HB2 sing N N 22
ARG CB HB3 sing N N 23
ARG CG CD sing N N 24
ARG CG HG2 sing N N 25
ARG CG HG3 sing N N 26
ARG CD NE sing N N 27
ARG CD HD2 sing N N 28
ARG CD HD3 sing N N 29
ARG NE CZ sing N N 30
ARG NE HE sing N N 31
ARG CZ NH1 sing N N 32
ARG CZ NH2 doub N N 33
ARG NH1 HH11 sing N N 34
ARG NH1 HH12 sing N N 35
ARG NH2 HH21 sing N N 36
ARG NH2 HH22 sing N N 37
ARG OXT HXT sing N N 38
ASN N CA sing N N 39
ASN N H sing N N 40
ASN N H2 sing N N 41
ASN CA C sing N N 42
ASN CA CB sing N N 43
ASN CA HA sing N N 44
ASN C O doub N N 45
ASN C OXT sing N N 46
ASN CB CG sing N N 47
ASN CB HB2 sing N N 48
ASN CB HB3 sing N N 49
ASN CG OD1 doub N N 50
ASN CG ND2 sing N N 51
ASN ND2 HD21 sing N N 52
ASN ND2 HD22 sing N N 53
ASN OXT HXT sing N N 54
ASP N CA sing N N 55
ASP N H sing N N 56
ASP N H2 sing N N 57
ASP CA C sing N N 58
ASP CA CB sing N N 59
ASP CA HA sing N N 60
ASP C O doub N N 61
ASP C OXT sing N N 62
ASP CB CG sing N N 63
ASP CB HB2 sing N N 64
ASP CB HB3 sing N N 65
ASP CG OD1 doub N N 66
ASP CG OD2 sing N N 67
ASP OD2 HD2 sing N N 68
ASP OXT HXT sing N N 69
CYS N CA sing N N 70
CYS N H sing N N 71
CYS N H2 sing N N 72
CYS CA C sing N N 73
CYS CA CB sing N N 74
CYS CA HA sing N N 75
CYS C O doub N N 76
CYS C OXT sing N N 77
CYS CB SG sing N N 78
CYS CB HB2 sing N N 79
CYS CB HB3 sing N N 80
CYS SG HG sing N N 81
CYS OXT HXT sing N N 82
GLN N CA sing N N 83
GLN N H sing N N 84
GLN N H2 sing N N 85
GLN CA C sing N N 86
GLN CA CB sing N N 87
GLN CA HA sing N N 88
GLN C O doub N N 89
GLN C OXT sing N N 90
GLN CB CG sing N N 91
GLN CB HB2 sing N N 92
GLN CB HB3 sing N N 93
GLN CG CD sing N N 94
GLN CG HG2 sing N N 95
GLN CG HG3 sing N N 96
GLN CD OE1 doub N N 97
GLN CD NE2 sing N N 98
GLN NE2 HE21 sing N N 99
GLN NE2 HE22 sing N N 100
GLN OXT HXT sing N N 101
GLU N CA sing N N 102
GLU N H sing N N 103
GLU N H2 sing N N 104
GLU CA C sing N N 105
GLU CA CB sing N N 106
GLU CA HA sing N N 107
GLU C O doub N N 108
GLU C OXT sing N N 109
GLU CB CG sing N N 110
GLU CB HB2 sing N N 111
GLU CB HB3 sing N N 112
GLU CG CD sing N N 113
GLU CG HG2 sing N N 114
GLU CG HG3 sing N N 115
GLU CD OE1 doub N N 116
GLU CD OE2 sing N N 117
GLU OE2 HE2 sing N N 118
GLU OXT HXT sing N N 119
GLY N CA sing N N 120
GLY N H sing N N 121
GLY N H2 sing N N 122
GLY CA C sing N N 123
GLY CA HA2 sing N N 124
GLY CA HA3 sing N N 125
GLY C O doub N N 126
GLY C OXT sing N N 127
GLY OXT HXT sing N N 128
HIS N CA sing N N 129
HIS N H sing N N 130
HIS N H2 sing N N 131
HIS CA C sing N N 132
HIS CA CB sing N N 133
HIS CA HA sing N N 134
HIS C O doub N N 135
HIS C OXT sing N N 136
HIS CB CG sing N N 137
HIS CB HB2 sing N N 138
HIS CB HB3 sing N N 139
HIS CG ND1 sing Y N 140
HIS CG CD2 doub Y N 141
HIS ND1 CE1 doub Y N 142
HIS ND1 HD1 sing N N 143
HIS CD2 NE2 sing Y N 144
HIS CD2 HD2 sing N N 145
HIS CE1 NE2 sing Y N 146
HIS CE1 HE1 sing N N 147
HIS NE2 HE2 sing N N 148
HIS OXT HXT sing N N 149
ILE N CA sing N N 150
ILE N H sing N N 151
ILE N H2 sing N N 152
ILE CA C sing N N 153
ILE CA CB sing N N 154
ILE CA HA sing N N 155
ILE C O doub N N 156
ILE C OXT sing N N 157
ILE CB CG1 sing N N 158
ILE CB CG2 sing N N 159
ILE CB HB sing N N 160
ILE CG1 CD1 sing N N 161
ILE CG1 HG12 sing N N 162
ILE CG1 HG13 sing N N 163
ILE CG2 HG21 sing N N 164
ILE CG2 HG22 sing N N 165
ILE CG2 HG23 sing N N 166
ILE CD1 HD11 sing N N 167
ILE CD1 HD12 sing N N 168
ILE CD1 HD13 sing N N 169
ILE OXT HXT sing N N 170
LEU N CA sing N N 171
LEU N H sing N N 172
LEU N H2 sing N N 173
LEU CA C sing N N 174
LEU CA CB sing N N 175
LEU CA HA sing N N 176
LEU C O doub N N 177
LEU C OXT sing N N 178
LEU CB CG sing N N 179
LEU CB HB2 sing N N 180
LEU CB HB3 sing N N 181
LEU CG CD1 sing N N 182
LEU CG CD2 sing N N 183
LEU CG HG sing N N 184
LEU CD1 HD11 sing N N 185
LEU CD1 HD12 sing N N 186
LEU CD1 HD13 sing N N 187
LEU CD2 HD21 sing N N 188
LEU CD2 HD22 sing N N 189
LEU CD2 HD23 sing N N 190
LEU OXT HXT sing N N 191
LYS N CA sing N N 192
LYS N H sing N N 193
LYS N H2 sing N N 194
LYS CA C sing N N 195
LYS CA CB sing N N 196
LYS CA HA sing N N 197
LYS C O doub N N 198
LYS C OXT sing N N 199
LYS CB CG sing N N 200
LYS CB HB2 sing N N 201
LYS CB HB3 sing N N 202
LYS CG CD sing N N 203
LYS CG HG2 sing N N 204
LYS CG HG3 sing N N 205
LYS CD CE sing N N 206
LYS CD HD2 sing N N 207
LYS CD HD3 sing N N 208
LYS CE NZ sing N N 209
LYS CE HE2 sing N N 210
LYS CE HE3 sing N N 211
LYS NZ HZ1 sing N N 212
LYS NZ HZ2 sing N N 213
LYS NZ HZ3 sing N N 214
LYS OXT HXT sing N N 215
MET N CA sing N N 216
MET N H sing N N 217
MET N H2 sing N N 218
MET CA C sing N N 219
MET CA CB sing N N 220
MET CA HA sing N N 221
MET C O doub N N 222
MET C OXT sing N N 223
MET CB CG sing N N 224
MET CB HB2 sing N N 225
MET CB HB3 sing N N 226
MET CG SD sing N N 227
MET CG HG2 sing N N 228
MET CG HG3 sing N N 229
MET SD CE sing N N 230
MET CE HE1 sing N N 231
MET CE HE2 sing N N 232
MET CE HE3 sing N N 233
MET OXT HXT sing N N 234
PHE N CA sing N N 235
PHE N H sing N N 236
PHE N H2 sing N N 237
PHE CA C sing N N 238
PHE CA CB sing N N 239
PHE CA HA sing N N 240
PHE C O doub N N 241
PHE C OXT sing N N 242
PHE CB CG sing N N 243
PHE CB HB2 sing N N 244
PHE CB HB3 sing N N 245
PHE CG CD1 doub Y N 246
PHE CG CD2 sing Y N 247
PHE CD1 CE1 sing Y N 248
PHE CD1 HD1 sing N N 249
PHE CD2 CE2 doub Y N 250
PHE CD2 HD2 sing N N 251
PHE CE1 CZ doub Y N 252
PHE CE1 HE1 sing N N 253
PHE CE2 CZ sing Y N 254
PHE CE2 HE2 sing N N 255
PHE CZ HZ sing N N 256
PHE OXT HXT sing N N 257
PRO N CA sing N N 258
PRO N CD sing N N 259
PRO N H sing N N 260
PRO CA C sing N N 261
PRO CA CB sing N N 262
PRO CA HA sing N N 263
PRO C O doub N N 264
PRO C OXT sing N N 265
PRO CB CG sing N N 266
PRO CB HB2 sing N N 267
PRO CB HB3 sing N N 268
PRO CG CD sing N N 269
PRO CG HG2 sing N N 270
PRO CG HG3 sing N N 271
PRO CD HD2 sing N N 272
PRO CD HD3 sing N N 273
PRO OXT HXT sing N N 274
SER N CA sing N N 275
SER N H sing N N 276
SER N H2 sing N N 277
SER CA C sing N N 278
SER CA CB sing N N 279
SER CA HA sing N N 280
SER C O doub N N 281
SER C OXT sing N N 282
SER CB OG sing N N 283
SER CB HB2 sing N N 284
SER CB HB3 sing N N 285
SER OG HG sing N N 286
SER OXT HXT sing N N 287
SIA C1 C2 sing N N 288
SIA C1 O1A doub N N 289
SIA C1 O1B sing N N 290
SIA C2 C3 sing N N 291
SIA C2 O2 sing N N 292
SIA C2 O6 sing N N 293
SIA C3 C4 sing N N 294
SIA C3 H32 sing N N 295
SIA C3 H31 sing N N 296
SIA C4 C5 sing N N 297
SIA C4 O4 sing N N 298
SIA C4 H4 sing N N 299
SIA C5 C6 sing N N 300
SIA C5 N5 sing N N 301
SIA C5 H5 sing N N 302
SIA C6 C7 sing N N 303
SIA C6 O6 sing N N 304
SIA C6 H6 sing N N 305
SIA C7 C8 sing N N 306
SIA C7 O7 sing N N 307
SIA C7 H7 sing N N 308
SIA C8 C9 sing N N 309
SIA C8 O8 sing N N 310
SIA C8 H8 sing N N 311
SIA C9 O9 sing N N 312
SIA C9 H92 sing N N 313
SIA C9 H91 sing N N 314
SIA C10 C11 sing N N 315
SIA C10 N5 sing N N 316
SIA C10 O10 doub N N 317
SIA C11 H111 sing N N 318
SIA C11 H113 sing N N 319
SIA C11 H112 sing N N 320
SIA N5 HN5 sing N N 321
SIA O1B HO1B sing N N 322
SIA O2 HO2 sing N N 323
SIA O4 HO4 sing N N 324
SIA O7 HO7 sing N N 325
SIA O8 HO8 sing N N 326
SIA O9 HO9 sing N N 327
THR N CA sing N N 328
THR N H sing N N 329
THR N H2 sing N N 330
THR CA C sing N N 331
THR CA CB sing N N 332
THR CA HA sing N N 333
THR C O doub N N 334
THR C OXT sing N N 335
THR CB OG1 sing N N 336
THR CB CG2 sing N N 337
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THR OG1 HG1 sing N N 339
THR CG2 HG21 sing N N 340
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TRP N CA sing N N 344
TRP N H sing N N 345
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TRP CA C sing N N 347
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TYR N CA sing N N 372
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TYR N H2 sing N N 374
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VAL N CA sing N N 396
VAL N H sing N N 397
VAL N H2 sing N N 398
VAL CA C sing N N 399
VAL CA CB sing N N 400
VAL CA HA sing N N 401
VAL C O doub N N 402
VAL C OXT sing N N 403
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VAL CG2 HG22 sing N N 411
VAL CG2 HG23 sing N N 412
VAL OXT HXT sing N N 413
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#
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_em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1
_em_entity_assembly_naturalsource.id 1
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_em_entity_assembly_naturalsource.organ ?
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_em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Human polyomavirus 1'
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loop_
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_em_software.details
_em_software.name
_em_software.version
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1 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ?
2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1
3 MASKING ? ? ? ? ? ?
4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ?
5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ?
6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ?
7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ?
8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ?
9 OTHER ? ? ? ? ? ?
10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ?
11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ?
12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ?
13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ?
#
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_em_specimen.embedding_applied NO
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_em_virus_natural_host.organism 'Homo sapiens'
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_em_virus_shell.name Icosahedron
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_pdbx_audit_support.ordinal 1
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3 SIA 2 n
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1 SIA ? ? SIA ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ?
2 CA ? ? CA ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ?
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