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US ? ? 1 'Acta Crystallogr F Struct Biol Commun' ACSFEN ? 2053-230X ? ? 73 ? 286 293 ;Camelid nanobodies used as crystallization chaperones for different constructs of PorM, a component of the type IX secretion system from Porphyromonas gingivalis. ; 2017 ? 10.1107/S2053230X17005969 28471361 ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Leone, P.' 1 ? primary 'Roche, J.' 2 ? primary 'Vincent, M.S.' 3 ? primary 'Tran, Q.H.' 4 ? primary 'Desmyter, A.' 5 ? primary 'Cascales, E.' 6 ? primary 'Kellenberger, C.' 7 ? primary 'Cambillau, C.' 8 ? primary 'Roussel, A.' 9 ? 1 'Duhoo, Y.' 10 ? 1 'Roche, J.' 11 ? 1 'Trinh, T.T.N.' 12 ? 1 'Desmyter, A.' 13 ? 1 'Gaubert, A.' 14 ? 1 'Kellenberger, C.' 15 ? 1 'Cambillau, C.' 16 ? 1 'Roussel, A.' 17 ? 1 'Leone, P.' 18 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec 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'expression tag' 224 184 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_defined_assembly ? tetrameric 4 2 author_defined_assembly ? tetrameric 4 3 author_defined_assembly ? tetrameric 4 4 author_defined_assembly ? tetrameric 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,B,I,J,Q,R,Y,Z 2 1 C,D,K,L,S,T,AA,BA 3 1 E,F,M,N,U,V,CA,DA 4 1 G,H,O,P,W,X,EA,FA # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 'gel filtration' 'dimerization of PorM confirmed by SEC-MALS and bacterial two-hybrid on isolated domains, and interaction with nb130 analyzed by BLI' 2 2 'gel filtration' 'dimerization of PorM confirmed by SEC-MALS and bacterial two-hybrid on isolated domains, and interaction with nb130 analyzed by BLI' 3 3 'gel filtration' 'dimerization of PorM confirmed by SEC-MALS and bacterial two-hybrid on isolated domains, and interaction with nb130 analyzed by BLI' 4 4 'gel filtration' 'dimerization of PorM confirmed by SEC-MALS and bacterial two-hybrid on isolated domains, and interaction with nb130 analyzed by BLI' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ALA A 143 ? 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LYS I 83 THR I 87 5 ? 5 HELX_P HELX_P28 AD1 THR I 109 C ARG I 114 H THR I 100 ARG I 100 1 ? 6 HELX_P HELX_P29 AD2 ASP I 115 I TYR I 119 M ASP I 100 TYR I 100 5 ? 5 HELX_P HELX_P30 AD3 THR J 30 ? TYR J 34 ? THR J 28 TYR J 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P31 AD4 ASN J 76 ? LYS J 78 ? ASN J 73 LYS J 75 5 ? 3 HELX_P HELX_P32 AD5 LYS J 89 ? THR J 93 ? LYS J 83 THR J 87 5 ? 5 HELX_P HELX_P33 AD6 THR J 109 C ARG J 114 H THR J 100 ARG J 100 1 ? 6 HELX_P HELX_P34 AD7 ASP J 115 I TYR J 119 M ASP J 100 TYR J 100 5 ? 5 HELX_P HELX_P35 AD8 THR K 30 ? TYR K 34 ? THR K 28 TYR K 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P36 AD9 ASN K 76 ? LYS K 78 ? ASN K 73 LYS K 75 5 ? 3 HELX_P HELX_P37 AE1 LYS K 89 ? THR K 93 ? LYS K 83 THR K 87 5 ? 5 HELX_P HELX_P38 AE2 THR K 109 C ARG K 114 H THR K 100 ARG K 100 1 ? 6 HELX_P HELX_P39 AE3 ASP K 115 I TYR K 119 M ASP K 100 TYR K 100 5 ? 5 HELX_P HELX_P40 AE4 THR L 30 ? TYR L 34 ? THR L 28 TYR L 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P41 AE5 ASN L 76 ? LYS L 78 ? ASN L 73 LYS L 75 5 ? 3 HELX_P HELX_P42 AE6 LYS L 89 ? THR L 93 ? LYS L 83 THR L 87 5 ? 5 HELX_P HELX_P43 AE7 THR L 109 C ARG L 114 H THR L 100 ARG L 100 1 ? 6 HELX_P HELX_P44 AE8 ASP L 115 I ASP L 117 K ASP L 100 ASP L 100 5 ? 3 HELX_P HELX_P45 AE9 THR M 30 ? TYR M 34 ? THR M 28 TYR M 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P46 AF1 ASN M 76 ? LYS M 78 ? ASN M 73 LYS M 75 5 ? 3 HELX_P HELX_P47 AF2 LYS M 89 ? THR M 93 ? LYS M 83 THR M 87 5 ? 5 HELX_P HELX_P48 AF3 THR M 109 C ASP M 115 I THR M 100 ASP M 100 1 ? 7 HELX_P HELX_P49 AF4 SER M 116 J TYR M 119 M SER M 100 TYR M 100 5 ? 4 HELX_P HELX_P50 AF5 THR N 30 ? TYR N 34 ? THR N 28 TYR N 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P51 AF6 ASN N 76 ? LYS N 78 ? ASN N 73 LYS N 75 5 ? 3 HELX_P HELX_P52 AF7 LYS N 89 ? THR N 93 ? LYS N 83 THR N 87 5 ? 5 HELX_P HELX_P53 AF8 THR N 109 C ARG N 114 H THR N 100 ARG N 100 1 ? 6 HELX_P HELX_P54 AF9 ASP N 115 I TYR N 119 M ASP N 100 TYR N 100 5 ? 5 HELX_P HELX_P55 AG1 ARG O 29 ? TYR O 34 ? 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P CYS 22 P CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 LEU 242 A . ? LEU 443 A LEU 243 A ? LEU 444 A 1 0.88 2 ALA 190 B . ? ALA 391 B LYS 191 B ? LYS 392 B 1 20.24 3 ASP 240 B . ? ASP 441 B ASP 241 B ? 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anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB5 1 2 ? parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB6 1 2 ? parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB9 1 2 ? parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AB9 4 5 ? anti-parallel AC1 1 2 ? parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC1 4 5 ? anti-parallel AC2 1 2 ? parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC3 1 2 ? parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC5 1 2 ? parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC5 4 5 ? anti-parallel AC6 1 2 ? parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC6 4 5 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC8 1 2 ? parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC9 1 2 ? parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD3 1 2 ? parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD3 4 5 ? anti-parallel AD4 1 2 ? parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD4 4 5 ? anti-parallel AD5 1 2 ? parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD6 1 2 ? parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD8 1 2 ? parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD8 3 4 ? anti-parallel AD8 4 5 ? anti-parallel AD9 1 2 ? parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AD9 3 4 ? anti-parallel AD9 4 5 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE2 1 2 ? parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE2 3 4 ? anti-parallel AE3 1 2 ? parallel AE3 2 3 ? anti-parallel AE3 3 4 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE4 2 3 ? anti-parallel AE4 3 4 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE5 2 3 ? anti-parallel AE6 1 2 ? parallel AE6 2 3 ? anti-parallel AE6 3 4 ? anti-parallel AE6 4 5 ? anti-parallel AE7 1 2 ? parallel AE7 2 3 ? anti-parallel AE7 3 4 ? anti-parallel AE7 4 5 ? anti-parallel AE8 1 2 ? parallel AE8 2 3 ? anti-parallel AE8 3 4 ? anti-parallel AE9 1 2 ? parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AE9 3 4 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF1 2 3 ? anti-parallel AF2 1 2 ? parallel AF2 2 3 ? anti-parallel AF2 3 4 ? anti-parallel AF2 4 5 ? anti-parallel AF3 1 2 ? parallel AF3 2 3 ? anti-parallel AF3 3 4 ? anti-parallel AF3 4 5 ? anti-parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF4 2 3 ? anti-parallel AF4 3 4 ? anti-parallel AF5 1 2 ? parallel AF5 2 3 ? anti-parallel AF5 3 4 ? anti-parallel AF5 4 5 ? anti-parallel AF5 5 6 ? anti-parallel AF6 1 2 ? parallel AF6 2 3 ? anti-parallel AF6 3 4 ? anti-parallel AF7 1 2 ? anti-parallel AF7 2 3 ? anti-parallel AF7 3 4 ? anti-parallel AF8 1 2 ? parallel AF8 2 3 ? anti-parallel AF8 3 4 ? anti-parallel AF8 4 5 ? anti-parallel AF8 5 6 ? anti-parallel AF9 1 2 ? parallel AF9 2 3 ? anti-parallel AF9 3 4 ? anti-parallel AG1 1 2 ? anti-parallel AG1 2 3 ? anti-parallel AG1 3 4 ? anti-parallel AG2 1 2 ? parallel AG2 2 3 ? anti-parallel AG2 3 4 ? anti-parallel AG2 4 5 ? anti-parallel AG2 5 6 ? anti-parallel AG3 1 2 ? parallel AG3 2 3 ? anti-parallel AG3 3 4 ? anti-parallel AG4 1 2 ? anti-parallel AG4 2 3 ? anti-parallel AG4 3 4 ? anti-parallel AG5 1 2 ? parallel AG5 2 3 ? anti-parallel AG5 3 4 ? anti-parallel AG5 4 5 ? anti-parallel AG5 5 6 ? anti-parallel AG6 1 2 ? parallel AG6 2 3 ? anti-parallel AG6 3 4 ? anti-parallel AG7 1 2 ? anti-parallel AG7 2 3 ? anti-parallel AG7 3 4 ? anti-parallel AG8 1 2 ? parallel AG8 2 3 ? anti-parallel AG8 3 4 ? anti-parallel AG8 4 5 ? anti-parallel AG8 5 6 ? anti-parallel AG9 1 2 ? parallel AG9 2 3 ? anti-parallel AG9 3 4 ? anti-parallel AH1 1 2 ? anti-parallel AH1 2 3 ? anti-parallel AH1 3 4 ? anti-parallel AH2 1 2 ? parallel AH2 2 3 ? anti-parallel AH2 3 4 ? anti-parallel AH2 4 5 ? 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? 84.81 32.51 22 1 ASP D 470 ? ? -118.22 79.21 23 1 MET E 390 ? ? -113.31 -168.35 24 1 ASP E 441 ? ? -56.96 -85.20 25 1 ASP E 442 ? ? 150.17 104.81 26 1 GLU E 445 ? ? 22.24 36.75 27 1 VAL E 446 ? ? -166.21 114.60 28 1 ASN F 326 ? ? -65.50 48.03 29 1 ASP F 442 ? ? 37.73 -71.11 30 1 LEU F 443 ? ? 68.10 -82.54 31 1 LEU F 444 ? ? -158.29 -84.30 32 1 GLU F 445 ? ? 17.98 -40.06 33 1 ASP F 470 ? ? -116.46 76.11 34 1 SER G 383 ? ? -116.87 53.29 35 1 ASP G 441 ? ? 167.25 117.41 36 1 LEU G 443 ? ? -144.16 -57.13 37 1 ASP G 470 ? ? -116.91 79.04 38 1 MET H 317 ? ? -172.19 122.25 39 1 SER H 383 ? ? -83.12 -117.79 40 1 ASP H 441 ? ? -167.61 -57.69 41 1 ASP H 442 ? ? 122.26 -98.50 42 1 GLU H 445 ? ? 86.25 19.52 43 1 ASP H 470 ? ? -116.88 79.99 44 1 VAL I 48 ? ? -107.92 -60.69 45 1 VAL J 48 ? ? -109.84 -61.51 46 1 VAL K 48 ? ? -109.82 -61.29 47 1 VAL L 48 ? ? -108.39 -61.47 48 1 VAL M 48 ? ? -105.01 -63.29 49 1 VAL N 48 ? ? -108.18 -61.91 # loop_ _pdbx_refine_tls.pdbx_refine_id _pdbx_refine_tls.id _pdbx_refine_tls.details _pdbx_refine_tls.method _pdbx_refine_tls.origin_x _pdbx_refine_tls.origin_y _pdbx_refine_tls.origin_z _pdbx_refine_tls.T[1][1] _pdbx_refine_tls.T[2][2] _pdbx_refine_tls.T[3][3] _pdbx_refine_tls.T[1][2] _pdbx_refine_tls.T[1][3] _pdbx_refine_tls.T[2][3] _pdbx_refine_tls.L[1][1] _pdbx_refine_tls.L[2][2] _pdbx_refine_tls.L[3][3] _pdbx_refine_tls.L[1][2] _pdbx_refine_tls.L[1][3] _pdbx_refine_tls.L[2][3] _pdbx_refine_tls.S[1][1] _pdbx_refine_tls.S[1][2] _pdbx_refine_tls.S[1][3] _pdbx_refine_tls.S[2][1] _pdbx_refine_tls.S[2][2] _pdbx_refine_tls.S[2][3] _pdbx_refine_tls.S[3][1] _pdbx_refine_tls.S[3][2] _pdbx_refine_tls.S[3][3] 'X-RAY DIFFRACTION' 1 ? 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