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U.S.A.' _citation.journal_id_ASTM PNASA6 _citation.journal_id_CSD 0040 _citation.journal_id_ISSN 1091-6490 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 115 _citation.language ? _citation.page_first 2102 _citation.page_last 2107 _citation.title 'ATP synthase fromTrypanosoma bruceihas an elaborated canonical F1-domain and conventional catalytic sites.' _citation.year 2018 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1073/pnas.1720940115 _citation.pdbx_database_id_PubMed 29440423 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Montgomery, M.G.' 1 ? primary 'Gahura, O.' 2 ? primary 'Leslie, A.G.W.' 3 ? primary 'Zikova, A.' 4 ? primary 'Walker, J.E.' 5 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation 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;ASTAPVADHKGRVGHVSQVIGAVVDVHFADGVPPVLTALDVVDKLGRDEPLTLEIVQHLDAHTGRCIAMQTTDLLKLKAK VVSTGGNISVPVGRETLGRIFNVLGDAIDQRGPVGEKLRMPIHAVAPKLADQAAEDAVLTTGIKVIDLILPYCKGGKIGL FGGAGVGKTVIIMELINNVAKGHGGFSVFAGVGERTREGTDLYLEMMQSKVIDLKGESKCVLVYGQMNEPPGARARVAQS ALTMAEYFRDVEGQDVLLFIDNIFRFTQANSEVSALLGRIPAAVGYQPTLAEDLGQLQERITSTTKGSITSVQAVYVPAD DITDPAPATTFSHLDATTVLDRAVAESGIYPAVNPLECASRIMDPDVISVDHYNVAQDVVQMLTKYRELQDIIAVLGIDE LSEEDKLIVDRARKLVKFLSQPFQVAEVFTGMTGHYVQLDDTIDSFSGLLMGTYDQVPEMAFYMVGGINSVLEKAKKMAE EAAELEKMRRARVAQASS ; D,E,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;SGKLRLYKEKLEGYNRFYSIVKTIKMVTLAKYRAAQGRIRTRDFSLRYTELAFSKPQASRDAVAAAKNALVYIPITTNRG SCGALNSNIVRCIDSVVSSKMVLMPVGKRGIDSFSKLYPDEFRYGIINDMKESMHFGYATFVIENAYEVSKDADRYQVIF NRFVSAGVQRNAVYNIPSYEKWKEDLADAASSDNQKNRYLFANALQNEEEQLIRDFFDFHAALAVLNAVGENELSEQAAR LVAVEGQLTNISSLQQRTSSLYNKTRQFGITAALIEILSAMSSLEGNAMKGVRRNKFWEGAVTK ; ;SGKLRLYKEKLEGYNRFYSIVKTIKMVTLAKYRAAQGRIRTRDFSLRYTELAFSKPQASRDAVAAAKNALVYIPITTNRG SCGALNSNIVRCIDSVVSSKMVLMPVGKRGIDSFSKLYPDEFRYGIINDMKESMHFGYATFVIENAYEVSKDADRYQVIF NRFVSAGVQRNAVYNIPSYEKWKEDLADAASSDNQKNRYLFANALQNEEEQLIRDFFDFHAALAVLNAVGENELSEQAAR LVAVEGQLTNISSLQQRTSSLYNKTRQFGITAALIEILSAMSSLEGNAMKGVRRNKFWEGAVTK ; G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;QSAPHDLPEGFEFMEHKVVNKDIHAPHENLETLRLTLTRQDEFLLREEPVKCVTVTGTNGEYGIYPGHAYKIVQLNPSPL TVEYTDGTTKKYFVSGGFAHINNEGSCDVNTVECTLLDDLDLAIAEKELAAQQAALGSAKDDKAKSVVEIRISVIEAVIA ALKHH ; ;QSAPHDLPEGFEFMEHKVVNKDIHAPHENLETLRLTLTRQDEFLLREEPVKCVTVTGTNGEYGIYPGHAYKIVQLNPSPL TVEYTDGTTKKYFVSGGFAHINNEGSCDVNTVECTLLDDLDLAIAEKELAAQQAALGSAKDDKAKSVVEIRISVIEAVIA ALKHH ; H ? 5 'polypeptide(L)' no no SSSWRDHGISYLKYLNVCTETLHSTVKESRRAKYERWSKPCYTAQRPDGAGGQETIDKVPIHTKDY SSSWRDHGISYLKYLNVCTETLHSTVKESRRAKYERWSKPCYTAQRPDGAGGQETIDKVPIHTKDY I ? 6 'polypeptide(L)' no no ;AATSAAKKYDLFGYEVDTNTAPWIEKIKKCKYYDEAGEVLVNMNVSNCPPDIATYNATLQCIYQSPSKQSTPVDNESKFC AMMDLLEEMQHRNRLKPNEESWTWVMKECVKSGQFRLGYCIQQVMETECKGCPADLVKANEANAQKAKTEGKEHPGHLSQ QAGLFDVKVE ; ;AATSAAKKYDLFGYEVDTNTAPWIEKIKKCKYYDEAGEVLVNMNVSNCPPDIATYNATLQCIYQSPSKQSTPVDNESKFC AMMDLLEEMQHRNRLKPNEESWTWVMKECVKSGQFRLGYCIQQVMETECKGCPADLVKANEANAQKAKTEGKEHPGHLSQ QAGLFDVKVE ; J,K,L ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 7 "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ADP 8 'MAGNESIUM ION' MG 9 water HOH # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 ALA n 1 3 THR n 1 4 ALA n 1 5 PRO n 1 6 ALA n 1 7 GLY n 1 8 ALA n 1 9 SER n 1 10 THR n 1 11 THR n 1 12 SER n 1 13 SER n 1 14 THR n 1 15 SER n 1 16 SER n 1 17 ALA n 1 18 GLN n 1 19 LYS n 1 20 SER n 1 21 PHE n 1 22 PHE n 1 23 LYS n 1 24 THR n 1 25 THR n 1 26 GLU n 1 27 MET n 1 28 ILE n 1 29 GLY n 1 30 TYR n 1 31 VAL n 1 32 HIS n 1 33 SER n 1 34 ILE n 1 35 ASP n 1 36 GLY n 1 37 THR n 1 38 ILE n 1 39 ALA n 1 40 THR n 1 41 LEU n 1 42 ILE n 1 43 PRO n 1 44 ALA n 1 45 PRO n 1 46 GLY n 1 47 ASN n 1 48 PRO n 1 49 GLY n 1 50 VAL n 1 51 ALA n 1 52 TYR n 1 53 ASN n 1 54 THR n 1 55 ILE n 1 56 ILE n 1 57 GLN n 1 58 ILE n 1 59 GLN n 1 60 VAL n 1 61 SER n 1 62 PRO n 1 63 THR n 1 64 THR n 1 65 PHE n 1 66 ALA n 1 67 ALA n 1 68 GLY n 1 69 LEU n 1 70 VAL n 1 71 PHE n 1 72 ASN n 1 73 LEU n 1 74 GLU n 1 75 LYS n 1 76 ASP n 1 77 GLY n 1 78 ARG n 1 79 ILE n 1 80 GLY n 1 81 ILE n 1 82 ILE n 1 83 LEU n 1 84 MET n 1 85 ASP n 1 86 ASN n 1 87 ILE n 1 88 THR n 1 89 GLU n 1 90 VAL n 1 91 GLN n 1 92 SER n 1 93 GLY n 1 94 GLN n 1 95 LYS n 1 96 VAL n 1 97 MET n 1 98 ALA n 1 99 THR n 1 100 GLY n 1 101 GLN n 1 102 LEU n 1 103 LEU n 1 104 HIS n 1 105 ILE n 1 106 PRO n 1 107 VAL n 1 108 GLY n 1 109 ALA n 1 110 GLY n 1 111 VAL n 1 112 LEU n 1 113 GLY n 1 114 LYS n 1 115 VAL n 1 116 VAL n 1 117 ASN n 1 118 PRO n 1 119 LEU n 1 120 GLY n 1 121 HIS n 1 122 GLU n 1 123 VAL n 1 124 PRO n 1 125 VAL n 1 126 GLY n 1 127 LEU n 1 128 VAL n 1 129 THR n 1 130 ARG n 1 131 SER n 1 132 ARG n 1 133 ARG n 1 134 LEU n 1 135 LEU n 1 136 ASP n 1 137 SER n 1 138 THR n 1 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'X-RAY DIFFRACTION' ? # loop_ _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id _refine_ls_restr_ncs.dom_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position _refine_ls_restr_ncs.weight_position _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type _refine_ls_restr_ncs.pdbx_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_rms _refine_ls_restr_ncs.pdbx_weight 'X-RAY DIFFRACTION' 1 1 1 ? 0.09 0.05 ? ? A 31060 'interatomic distance' ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' 2 1 2 ? 0.09 0.05 ? ? B 31060 'interatomic distance' ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' 1 2 3 ? 0.08 0.05 ? ? A 31172 'interatomic distance' ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' 2 2 4 ? 0.08 0.05 ? ? C 31172 'interatomic distance' ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' 1 3 5 ? 0.09 0.05 ? ? B 30984 'interatomic distance' ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' 2 3 6 ? 0.09 0.05 ? ? 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L 8858 'interatomic distance' ? ? ? # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.d_res_high 3.200 _refine_ls_shell.d_res_low 3.283 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 5503 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.397 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 75.68 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.433 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 302 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? # loop_ _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id 1 A 1 2 B 1 1 A 2 2 C 2 1 B 3 2 C 3 1 D 4 2 E 4 1 D 5 2 F 5 1 E 6 2 F 6 1 J 7 2 K 7 1 J 8 2 L 8 1 K 9 2 L 9 # loop_ _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.selection_details 1 1 0 A PHE 22 . A VAL 560 . A PHE 22 A VAL 560 0 ? 1 2 0 B PHE 22 . B VAL 560 . B PHE 22 B VAL 560 0 ? 2 1 0 A PHE 22 . A ALA 559 . A PHE 22 A ALA 559 0 ? 2 2 0 C PHE 22 . C ALA 559 . C PHE 22 C ALA 559 0 ? 3 1 0 B PHE 22 . B VAL 560 . B PHE 22 B VAL 560 0 ? 3 2 0 C PHE 22 . C VAL 560 . C PHE 22 C VAL 560 0 ? 4 1 0 D ASP 8 . D LYS 487 . D ASP 8 D LYS 487 0 ? 4 2 0 E ASP 8 . E LYS 487 . E ASP 8 E LYS 487 0 ? 5 1 0 D ASP 8 . D LYS 487 . D ASP 8 D LYS 487 0 ? 5 2 0 F ASP 8 . F LYS 487 . F ASP 8 F LYS 487 0 ? 6 1 0 E ALA 7 . E ALA 491 . E ALA 7 E ALA 491 0 ? 6 2 0 F ALA 7 . F ALA 491 . F ALA 7 F ALA 491 0 ? 7 1 0 J ALA 6 . J ASP 166 . J ALA 6 J ASP 166 0 ? 7 2 0 K ALA 6 . K ASP 166 . K ALA 6 K ASP 166 0 ? 8 1 0 J ALA 6 . J LYS 168 . J ALA 6 J LYS 168 0 ? 8 2 0 L ALA 6 . L LYS 168 . L ALA 6 L LYS 168 0 ? 9 1 0 K ALA 6 . K ASP 166 . K ALA 6 K ASP 166 0 ? 9 2 0 L ALA 6 . L ASP 166 . L ALA 6 L ASP 166 0 ? # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details 1 ? 2 ? 3 ? 4 ? 5 ? 6 ? 7 ? 8 ? 9 ? # _struct.entry_id 6F5D _struct.title 'Trypanosoma brucei F1-ATPase' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6F5D _struct_keywords.text 'ATP synthase, mitochondria, trypanosoma brucei, p18, HYDROLASE' _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 6 ? L N N 6 ? M N N 7 ? N N N 8 ? O N N 7 ? P N N 8 ? Q N N 7 ? R N N 8 ? S N N 7 ? T N N 8 ? U N N 7 ? V N N 7 ? W N N 8 ? X N N 9 ? Y N N 9 ? Z N N 9 ? AA N N 9 ? 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P0DPG4 19 ? 188 ? 1 170 # _struct_ref_seq_dif.align_id 8 _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code 6F5D _struct_ref_seq_dif.mon_id THR _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id H _struct_ref_seq_dif.seq_num 32 _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code ? _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name UNP _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code P0DPG2 _struct_ref_seq_dif.db_mon_id UNK _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num 49 _struct_ref_seq_dif.details conflict _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num 32 _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 62560 ? 1 MORE -388 ? 1 'SSA (A^2)' 143640 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 'gel filtration' ? 2 1 'mass spectrometry' ? 3 1 'native gel electrophoresis' ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PHE A 163 ? 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GLN C 534 ILE C 540 1 ? 7 HELX_P HELX_P72 AH9 ASP C 545 ? ALA C 559 ? ASP C 545 ALA C 559 1 ? 15 HELX_P HELX_P73 AI1 ILE D 143 ? LEU D 150 ? ILE D 143 LEU D 150 1 ? 8 HELX_P HELX_P74 AI2 GLY D 167 ? VAL D 179 ? GLY D 167 VAL D 179 1 ? 13 HELX_P HELX_P75 AI3 ARG D 195 ? SER D 209 ? ARG D 195 SER D 209 1 ? 15 HELX_P HELX_P76 AI4 PRO D 230 ? VAL D 251 ? PRO D 230 VAL D 251 1 ? 22 HELX_P HELX_P77 AI5 ILE D 263 ? LEU D 277 ? ILE D 263 LEU D 277 1 ? 15 HELX_P HELX_P78 AI6 ALA D 282 ? TYR D 286 ? ALA D 282 TYR D 286 5 ? 5 HELX_P HELX_P79 AI7 THR D 289 ? GLU D 299 ? THR D 289 GLU D 299 1 ? 11 HELX_P HELX_P80 AI8 PRO D 318 ? ASP D 321 ? PRO D 318 ASP D 321 5 ? 4 HELX_P HELX_P81 AI9 ASP D 324 ? SER D 332 ? ASP D 324 SER D 332 1 ? 9 HELX_P HELX_P82 AJ1 ASP D 341 ? GLY D 348 ? ASP D 341 GLY D 348 1 ? 8 HELX_P HELX_P83 AJ2 SER D 369 ? LEU D 396 ? SER D 369 LEU D 396 1 ? 28 HELX_P HELX_P84 AJ3 SER D 402 ? LEU D 419 ? SER D 402 LEU D 419 1 ? 18 HELX_P HELX_P85 AJ4 ALA D 426 ? GLY D 431 ? ALA D 426 GLY D 431 1 ? 6 HELX_P HELX_P86 AJ5 GLN D 438 ? GLY D 452 ? GLN D 438 GLY D 452 1 ? 15 HELX_P HELX_P87 AJ6 PRO D 458 ? TYR D 463 ? PRO D 458 TYR D 463 1 ? 6 HELX_P HELX_P88 AJ7 GLY D 467 ? MET D 488 ? GLY D 467 MET D 488 1 ? 22 HELX_P HELX_P89 AJ8 ILE E 143 ? LEU E 150 ? ILE E 143 LEU E 150 1 ? 8 HELX_P HELX_P90 AJ9 GLY E 167 ? HIS E 183 ? GLY E 167 HIS E 183 1 ? 17 HELX_P HELX_P91 AK1 ARG E 195 ? SER E 209 ? ARG E 195 SER E 209 1 ? 15 HELX_P HELX_P92 AK2 PRO E 230 ? VAL E 251 ? PRO E 230 VAL E 251 1 ? 22 HELX_P HELX_P93 AK3 ILE E 263 ? LEU E 277 ? ILE E 263 LEU E 277 1 ? 15 HELX_P HELX_P94 AK4 ALA E 282 ? TYR E 286 ? ALA E 282 TYR E 286 5 ? 5 HELX_P HELX_P95 AK5 THR E 289 ? GLU E 299 ? THR E 289 GLU E 299 1 ? 11 HELX_P HELX_P96 AK6 VAL E 317 ? ASP E 321 ? VAL E 317 ASP E 321 5 ? 5 HELX_P HELX_P97 AK7 ASP E 324 ? SER E 332 ? ASP E 324 SER E 332 1 ? 9 HELX_P HELX_P98 AK8 ASP E 341 ? GLY E 348 ? ASP E 341 GLY E 348 1 ? 8 HELX_P HELX_P99 AK9 SER E 369 ? LEU E 396 ? 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