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_entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 329 ? ? 'rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257' ? K12 ? ? ? ? 'Escherichia coli (strain K12)' 83333 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 'Biological sequence' 1 1342 ? ? 'rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950' ? K12 ? ? ? ? 'Escherichia coli (strain K12)' 83333 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 'Biological sequence' 1 1407 ? ? 'rpoC, tabB, b3988, JW3951' ? K12 ? ? ? ? 'Escherichia coli (strain K12)' 83333 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 'Biological sequence' 1 91 ? ? 'rpoZ, b3649, JW3624' ? K12 ? ? ? ? 'Escherichia coli (strain K12)' 83333 ? ? ? ? ? ? ? ? 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'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 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F DA 12 N1 ? ? ? 1_555 H DT 28 N3 ? ? N DA 12 T DT 28 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog31 hydrog ? ? F DA 12 N6 ? ? ? 1_555 H DT 28 O4 ? ? N DA 12 T DT 28 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog32 hydrog ? ? F DC 13 N3 ? ? ? 1_555 H DG 27 N1 ? ? N DC 13 T DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog33 hydrog ? ? F DC 13 N4 ? ? ? 1_555 H DG 27 O6 ? ? N DC 13 T DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog34 hydrog ? ? F DC 13 O2 ? ? ? 1_555 H DG 27 N2 ? ? N DC 13 T DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog35 hydrog ? ? F DC 14 N3 ? ? ? 1_555 H DG 26 N1 ? ? N DC 14 T DG 26 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog36 hydrog ? ? F DC 14 N4 ? ? ? 1_555 H DG 26 O6 ? ? N DC 14 T DG 26 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog37 hydrog ? ? F DC 14 O2 ? ? ? 1_555 H DG 26 N2 ? ? N DC 14 T DG 26 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog38 hydrog ? ? F DG 17 N1 ? ? ? 1_555 H DC 15 N3 ? ? N DG 25 T DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog39 hydrog ? ? 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'Escherichia coli K-12' ? ? 3 3 ? ? 32630 ? ? 'synthetic construct' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 2 ? 469008 'Escherichia coli BL21(DE3)' ? ? 3 3 ? 32630 'synthetic construct' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 53 _em_image_recording.average_exposure_time 8 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode SUPER-RESOLUTION _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images 4957 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower 0 _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Quantum ER' _em_imaging_optics.energyfilter_upper 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 65966 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? RELION ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND 4 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? PHENIX ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2.1 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC ? 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? RELION 2.1 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? cryoSPARC ? 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' ? Coot ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6FLP 'double helix' 6FLP 'a-form double helix' 6FLP 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 F DG 1 1_555 H DC 39 1_555 -0.197 -0.113 0.061 0.726 -1.537 0.513 1 N_DG1:DC39_T N 1 ? 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