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E . n # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6GL7 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.000 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.000 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.000 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB 1 _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6GL7 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6GL7 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6GL7 _struct.title 'Neurturin-GFRa2-RET extracellular complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6GL7 _struct_keywords.text 'Neurotrophic signalling, Receptor tyrosine kinase, GDNF family of ligands, SIGNALING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'SIGNALING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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'expression tag' 641 24 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 10460 ? 1 MORE -5 ? 1 'SSA (A^2)' 82960 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 'gel filtration' ? 2 1 'surface plasmon resonance' ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 18 ? 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E CYS 449 E CYS 478 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS A 8 ? 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CYS D 185 ? 1_555 CYS D 200 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 12 CYS B 174 ? CYS B 220 ? CYS D 195 ? 1_555 CYS D 241 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 13 CYS B 203 ? CYS B 208 ? CYS D 224 ? 1_555 CYS D 229 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 14 CYS B 230 ? CYS B 302 ? CYS D 251 ? 1_555 CYS D 323 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 15 CYS B 237 ? CYS B 243 ? CYS D 258 ? 1_555 CYS D 264 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 16 CYS B 254 ? CYS B 272 ? CYS D 275 ? 1_555 CYS D 293 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 17 CYS B 264 ? CYS B 326 ? CYS D 285 ? 1_555 CYS D 347 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 18 CYS B 304 ? CYS B 314 ? CYS D 325 ? 1_555 CYS D 335 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 19 CYS C 8 ? CYS C 70 ? CYS A 103 ? 1_555 CYS A 165 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 20 CYS C 35 ? CYS C 99 ? CYS A 130 ? 1_555 CYS A 194 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 21 CYS C 39 ? CYS C 101 ? CYS A 134 ? 1_555 CYS A 196 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 22 CYS D 19 ? CYS D 72 ? CYS C 40 ? 1_555 CYS C 93 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 23 CYS D 26 ? CYS D 32 ? CYS C 47 ? 1_555 CYS C 53 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 24 CYS D 42 ? CYS D 57 ? CYS C 63 ? 1_555 CYS C 78 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 25 CYS D 74 ? CYS D 84 ? CYS C 95 ? 1_555 CYS C 105 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 26 CYS D 140 ? CYS D 201 ? CYS C 161 ? 1_555 CYS C 222 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 27 CYS D 147 ? CYS D 153 ? CYS C 168 ? 1_555 CYS C 174 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 28 CYS D 164 ? CYS D 179 ? CYS C 185 ? 1_555 CYS C 200 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 29 CYS D 174 ? CYS D 220 ? CYS C 195 ? 1_555 CYS C 241 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 30 CYS D 203 ? CYS D 208 ? CYS C 224 ? 1_555 CYS C 229 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 31 CYS D 230 ? CYS D 302 ? 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CYS E 157 ? 1_555 CYS E 197 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 42 CYS F 138 ? CYS F 215 ? CYS E 166 ? 1_555 CYS E 243 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 43 CYS F 421 ? CYS F 450 ? CYS E 449 ? 1_555 CYS E 478 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 TRP 111 E . ? TRP 139 F PRO 112 E ? PRO 140 F 1 4.08 2 THR 243 E . ? THR 271 F PHE 244 E ? PHE 272 F 1 -10.06 3 LEU 291 E . ? LEU 319 F PRO 292 E ? PRO 320 F 1 -1.44 4 TRP 111 F . ? TRP 139 E PRO 112 F ? PRO 140 E 1 4.08 5 THR 243 F . ? THR 271 E PHE 244 F ? PHE 272 E 1 -8.70 6 LEU 291 F . ? LEU 319 E PRO 292 F ? PRO 320 E 1 -1.34 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 3 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 3 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 3 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 3 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 4 ? AC4 ? 3 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 4 ? AC7 ? 3 ? AC8 ? 2 ? AC9 ? 3 ? AD1 ? 2 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB6 1 2 ? parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC6 1 2 ? parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC8 1 2 ? parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 GLY A 9 ? 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GLN F 159 ? THR E 184 GLN E 187 AC7 2 GLU F 194 ? THR F 197 ? GLU E 222 THR E 225 AC7 3 PHE F 186 ? ARG F 187 ? PHE E 214 ARG E 215 AC8 1 VAL F 254 ? VAL F 255 ? VAL E 282 VAL E 283 AC8 2 VAL F 348 ? ASN F 349 ? VAL E 376 ASN E 377 AC9 1 THR F 263 ? THR F 267 ? THR E 291 THR E 295 AC9 2 SER F 311 ? ALA F 314 ? SER E 339 ALA E 342 AC9 3 PHE F 301 ? GLU F 304 ? PHE E 329 GLU E 332 AD1 1 HIS F 324 ? VAL F 329 ? HIS E 352 VAL E 357 AD1 2 THR F 341 ? VAL F 346 ? THR E 369 VAL E 374 AD2 1 PHE F 391 ? LYS F 396 ? PHE E 419 LYS E 424 AD2 2 ILE F 436 ? ASN F 440 ? ILE E 464 ASN E 468 AD3 1 LYS F 413 ? HIS F 415 ? LYS E 441 HIS E 443 AD3 2 GLU F 452 ? ASP F 461 ? GLU E 480 ASP E 489 AD3 3 THR F 464 ? THR F 475 ? 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'UCSF Chimera' ? ? 1 ? 8 'MODEL FITTING' ? Coot ? ? 1 ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 1 ? 11 'MODEL REFINEMENT' ? RosettaEM ? ? 1 ? 12 'MODEL REFINEMENT' ? Coot ? ? 1 ? 13 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 14 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 15 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 16 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal ? Sweden FFL15:0325 1 'Knut and Alice Wallenberg Foundation' Sweden ? 2 ? Sweden M44/16 3 'Swedish Research Council' Sweden NT_2015-04107 4 ? 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