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RPSRADQFEYVMYGKVYRIEGDETSTEAATRLSAYVSYGGLLMRLQGDANNLHGFEVDSRVYLLMKKLAF ; H ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MEPDGTYEPGFVGIRFCQECNNMLYPKEDKENRILLYACRNCDYQQEADNSCIYVNKITHEVDELTQIIADVSQDPTLPR TEDHPCQKCGHKEAVFFQSHSARAEDAMRLYYVCTAPHCGHRWTE ; ;MEPDGTYEPGFVGIRFCQECNNMLYPKEDKENRILLYACRNCDYQQEADNSCIYVNKITHEVDELTQIIADVSQDPTLPR TEDHPCQKCGHKEAVFFQSHSARAEDAMRLYYVCTAPHCGHRWTE ; I ? 8 'polypeptide(L)' no no MIIPVRCFTCGKIVGNKWEAYLGLLQAEYTEGDALDALGLKRYCCRRMLLAHVDLIEKLLNYAPLEK MIIPVRCFTCGKIVGNKWEAYLGLLQAEYTEGDALDALGLKRYCCRRMLLAHVDLIEKLLNYAPLEK J ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MNAPPAFESFLLFEGEKKITINKDTKVPNACLFTINKEDHTLGNIIKSQLLKDPQVLFAGYKVPHPLEHKIIIRVQTTPD YSPQEAFTNAITDLISELSLLEERFRVAIKDKQEGIE ; ;MNAPPAFESFLLFEGEKKITINKDTKVPNACLFTINKEDHTLGNIIKSQLLKDPQVLFAGYKVPHPLEHKIIIRVQTTPD YSPQEAFTNAITDLISELSLLEERFRVAIKDKQEGIE ; K ? 10 'polypeptide(L)' no no MDTQKDVQPPKQQPMIYICGECHTENEIKSRDPIRCRECGYRIMYKKRTKRLVVFDAR MDTQKDVQPPKQQPMIYICGECHTENEIKSRDPIRCRECGYRIMYKKRTKRLVVFDAR L ? 11 polydeoxyribonucleotide no no 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Thymus ? ? ? ? ? 3 1 sample 1 271 Pig 'Sus scrofa' 9823 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Thymus ? ? ? ? ? 4 1 sample 1 210 Pig 'Sus scrofa' 9823 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Thymus ? ? ? ? ? 5 1 sample 1 127 Pig 'Sus scrofa' 9823 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 6 1 sample 1 150 Pig 'Sus scrofa' 9823 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Thymus ? ? ? ? ? 7 1 sample 1 125 Pig 'Sus scrofa' 9823 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Thymus ? ? ? ? ? 8 1 sample 1 67 Pig 'Sus scrofa' 9823 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Thymus ? ? ? ? ? 9 1 sample 1 117 Pig 'Sus scrofa' 9823 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Thymus ? ? ? ? ? 10 1 sample 1 58 Pig 'Sus scrofa' 9823 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Thymus ? ? ? ? ? 20 1 sample 1 142 Pig 'Sus scrofa' 9823 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Thymus ? ? ? ? ? 21 1 sample 1 172 Pig 'Sus scrofa' 9823 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Thymus ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 11 1 sample 1 48 'Human immunodeficiency virus 1' ? 11676 'mutated from original sequence for structural work ' 12 1 sample 1 46 'Human immunodeficiency virus 1' ? 11676 ? 13 1 sample 1 48 'Human immunodeficiency virus 1' ? 11676 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 6GML 6GML ? 1 ? 1 2 UNP I3LGP4_PIG I3LGP4 ? 2 ;MYDADEDMQYDEDDDEITPDLWQEACWIVISSYFDEKGLVRQQLDSFDEFIQMSVQRIVEDAPPIDLQAEAQHASGEVEE PPRYLLKFEQIYLSKPTHWERDGAPSPMMPNEARLRNLTYSAPLYVDITKTVIKEGEEQLQTQHQKTFIGKIPIMLRSTY CLLNGLTDRDLCELNECPLDPGGYFIINGSEKVLIAQEKMATNTVYVFAKKDSKYAYTGECRSCLENSSRPTSTIWVSML ARGGQGAKKSAIGQRIVATLPYIKQEVPIIIVFRALGFVSDRDILEHIIYDFEDPEMMEMVKPSLDEAFVIQEQNVALNF IGSRGAKPGVTKEKRIKYAKEVLQKEMLPHVGVSDFCETKKAYFLGYMVHRLLLAALGRRELDDRDHYGNKRLDLAGPLL AFLFRGMFKNLLKEVRIYAQKFIDRGKDFNLELAIKTRIISDGLKYSLATGNWGDQKKAHQARAGVSQVLNRLTFASTLS HLRRLNSPIGRDGKLAKPRQLHNTLWGMVCPAETPEGHAVGLVKNLALMAYISVGSQPSPILEFLEEWSMENLEEISPAA IADATKIFVNGCWVGIHKDPEQLMNTLRKLRRQMDIIVSEVSMIRDIREREIRIYTDAGRICRPLLIVEKQKLLLKKRHI DQLKEREYNNYSWQDLVASGVVEYIDTLEEETVMLAMTPDDLQEKEVAYCSTYTHCEIHPSMILGVCASIIPFPDHNQSP RNTYQSAMGKQAMGVYITNFHVRMDTLAHVLYYPQKPLVTTRSMEYLRFRELPAGINSIVAIASYTGYNQEDSVIMNRSA VDRGFFRSVFYRSYKEQESKKGFDQEEVFEKPTRETCQGMRHAIYDKLDDDGLIAPGVRVSGDDVIIGKTVTLPENEDEL EGTNRRYTKRDCSTFLRTSETGIVDQVMVTLNQEGYKFCKIRVRSVRIPQIGDKFASRHGQKGTCGIQYRQEDMPFTCEG ITPDIIINPHAIPSRMTIGHLIECLQGKVSANKGEIGDATPFNDAVNVQKISNLLSDYGYHLRGNEVLYNGFTGRKITSQ IFIGPTYYQRLKHMVDDKIHSRARGPIQILNRQPMEGRSRDGGLRFGEMERDCQIAHGAAQFLRERLFEASDPYQVHVCN LCGIMAIANTRTHTYECRGCRNKTQISLVRMPYACKLLFQELMSMSIAPRMMSV ; 78 3 UNP I3LCH3_PIG I3LCH3 ? 3 ;MPYANQPTVRITELTDENVKFIIENTDLAVANSIRRVFIAEVPIIAIDWVQIDANSSVLHDEFIAHRLGLIPLTSDDIVD KLQYSRDCTCEEFCPECSVEFTLDVRCNEDQTRHVTSRDLISNSPRVIPVTSRNRDNDPSDYVEQDDILIVKLRKGQELR LRAYAKKGFGKEHAKWNPTAGVAFEYDPDNALRHTVYPKPEEWPKSEYSELDEDESQAPYDPNGKPERFYYNVESCGSLR PETIVLSALSGLKKKLSDLQTQLSHEIQSDV ; 1 4 UNP I3LSI7_PIG I3LSI7 ? 4 ;MDDEEETYRLWKIRKTIMQLCHDRGYLVTQDELDQTLEEFKAQFGDKPSEGRPRRTDLTVLVAHNDDPTDQMFVFFPEEP KVGIKTIKVYCQRMQEENITRALIVVQQGMTPSAKQSLVDMAPKYILEQFLQQELLINITEHELVPEHVVMTKEEVTELL ARYKLRENQLPRIQAGDPVARYFGIKRGQVVKIIRPSETAGRYITYRLVQ ; 1 5 UNP F1SKN8_PIG F1SKN8 ? 5 ;MSDNEDNFDGDDFDDVEEDEGLDDLENAEEEGQENVEILPSGERPQANQKRITTPYMTKYERARVLGTRALQIAMCAPVM VELEGETDPLLIAMKELKARKIPIIIRRYLPDGSYEDWGVDELIISD ; 1 6 UNP I3LCB2_PIG I3LCB2 ? 6 ;MAGILFEDIFDVKDIDPEGKKFDRVSRLHCESESFKMDLILDVNIQIYPVDLGDKFRLVIASTLYEDGTLDDGEYNPTDD RPSRADQFEYVMYGKVYRIEGDETSTEAATRLSAYVSYGGLLMRLQGDANNLHGFEVDSRVYLLMKKLAF ; 1 7 UNP RPB9_PIG P60899 ? 7 ;MEPDGTYEPGFVGIRFCQECNNMLYPKEDKENRILLYACRNCDYQQEADNSCIYVNKITHEVDELTQIIADVSQDPTLPR TEDHPCQKCGHKEAVFFQSHSARAEDAMRLYYVCTAPHCGHRWTE ; 1 8 PDB 6GML 6GML ? 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S ASN 1077 2228 1 Y 1 Z LEU 1078 ? S LEU 1078 2229 1 Y 1 Z ARG 1079 ? S ARG 1079 2230 1 Y 1 Z PHE 1080 ? S PHE 1080 2231 1 Y 1 Z LEU 1081 ? S LEU 1081 2232 1 Y 1 Z GLY 1082 ? S GLY 1082 2233 1 Y 1 Z LYS 1083 ? S LYS 1083 2234 1 Y 1 Z LEU 1084 ? S LEU 1084 2235 1 Y 1 Z LEU 1085 ? S LEU 1085 2236 1 Y 1 Z GLU 1086 ? S GLU 1086 2237 1 Y 1 Z ALA 1087 ? S ALA 1087 2238 1 Y 1 D MET 1 ? T MET 1 2239 1 Y 1 D ALA 2 ? T ALA 2 2240 1 Y 1 D ALA 3 ? T ALA 3 2241 1 Y 1 D GLY 4 ? T GLY 4 2242 1 Y 1 D GLY 5 ? T GLY 5 2243 1 Y 1 D SER 6 ? T SER 6 2244 1 Y 1 D ASP 7 ? T ASP 7 2245 1 Y 1 D PRO 8 ? T PRO 8 2246 1 Y 1 D ARG 9 ? T ARG 9 2247 1 Y 1 D ALA 10 ? T ALA 10 2248 1 Y 1 D GLY 11 ? T GLY 11 2249 1 Y 1 D ASP 12 ? T ASP 12 2250 1 Y 1 D VAL 13 ? T VAL 13 2251 1 Y 1 G SER 172 ? U SER 172 # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value .9271 # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 1 2 ? ? 9823 ? ? 'Sus scrofa' ? ? 2 3 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? 3 5 ? ? 11676 ? ? 'Human immunodeficiency virus 1' ? ? 4 4 ? ? 11676 ? ? 'Human immunodeficiency virus 1' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 1 3 ? 7111 'Trichoplusia ni' ? ? 2 5 ? 32630 'synthetic construct' ? ? 3 4 ? 469008 'Escherichia coli BL21(DE3)' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 46 _em_image_recording.average_exposure_time 9 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images 11740 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Quantum LS' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 ? 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? 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