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'Bhella, D.' 2 0000-0003-2096-8310 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nature _citation.journal_id_ASTM NATUAS _citation.journal_id_CSD 0006 _citation.journal_id_ISSN 1476-4687 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 565 _citation.language ? _citation.page_first 377 _citation.page_last 381 _citation.title 'Calicivirus VP2 forms a portal-like assembly following receptor engagement.' _citation.year 2019 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41586-018-0852-1 _citation.pdbx_database_id_PubMed 30626974 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Conley, M.J.' 1 ? primary 'McElwee, M.' 2 ? primary 'Azmi, L.' 3 ? primary 'Gabrielsen, M.' 4 ? primary 'Byron, O.' 5 ? primary 'Goodfellow, I.G.' 6 ? primary 'Bhella, D.' 7 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6GSI _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.000 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.000 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.000 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB 1 _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6GSI _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Capsid protein' 73346.664 4 ? ? ? ? 2 polymer man 'Junctional adhesion molecule A' 22180.650 4 ? ? 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E CYS 21 SG ? ? ? 1_555 E CYS 80 SG ? ? E CYS 49 E CYS 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf2 disulf ? ? E CYS 124 SG ? ? ? 1_555 E CYS 183 SG ? ? E CYS 152 E CYS 211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf3 disulf ? ? F CYS 21 SG ? ? ? 1_555 F CYS 80 SG ? ? F CYS 49 F CYS 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf4 disulf ? ? F CYS 124 SG ? ? ? 1_555 F CYS 183 SG ? ? F CYS 152 F CYS 211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf5 disulf ? ? G CYS 21 SG ? ? ? 1_555 G CYS 80 SG ? ? G CYS 49 G CYS 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf6 disulf ? ? G CYS 124 SG ? ? ? 1_555 G CYS 183 SG ? ? G CYS 152 G CYS 211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf7 disulf ? ? H CYS 21 SG ? ? ? 1_555 H CYS 80 SG ? ? H CYS 49 H CYS 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? disulf8 disulf ? ? H CYS 124 SG ? ? ? 1_555 H CYS 183 SG ? ? H CYS 152 H CYS 211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? metalc1 metalc ? ? A GLN 474 O ? ? ? 1_555 M K . K ? ? A GLN 474 A K 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.815 ? metalc2 metalc ? ? A GLN 474 OE1 ? ? ? 1_555 M K . K ? ? A GLN 474 A K 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.850 ? metalc3 metalc ? ? A ASP 479 O ? ? ? 1_555 M K . K ? ? A ASP 479 A K 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.881 ? metalc4 metalc ? ? A LYS 481 O ? ? ? 1_555 M K . K ? ? A LYS 481 A K 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.861 ? metalc5 metalc ? ? A SER 483 OG ? ? ? 1_555 M K . K ? ? A SER 483 A K 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.883 ? metalc6 metalc ? ? B GLN 474 O ? ? ? 1_555 N K . K ? ? B GLN 474 B K 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.911 ? metalc7 metalc ? ? B GLN 474 OE1 ? ? ? 1_555 N K . K ? ? B GLN 474 B K 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.812 ? metalc8 metalc ? ? B LYS 481 O ? ? ? 1_555 N K . K ? ? B LYS 481 B K 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.871 ? metalc9 metalc ? ? B SER 483 OG ? ? ? 1_555 N K . K ? ? B SER 483 B K 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.792 ? metalc10 metalc ? ? C GLN 474 O ? ? ? 1_555 O K . K ? ? C GLN 474 C K 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.825 ? metalc11 metalc ? ? C GLN 474 OE1 ? ? ? 1_555 O K . K ? ? C GLN 474 C K 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.875 ? metalc12 metalc ? ? C ASP 479 O ? ? ? 1_555 O K . K ? ? C ASP 479 C K 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.811 ? metalc13 metalc ? ? D GLN 474 O ? ? ? 1_555 P K . K ? ? D GLN 474 D K 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.897 ? metalc14 metalc ? ? D GLN 474 OE1 ? ? ? 1_555 P K . K ? ? D GLN 474 D K 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.868 ? metalc15 metalc ? ? D ASP 479 O ? ? ? 1_555 P K . K ? ? D ASP 479 D K 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.897 ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PRO 329 C . ? PRO 329 C GLY 330 C ? GLY 330 C 1 -9.54 2 SER 442 C . ? SER 442 C GLY 443 C ? GLY 443 C 1 -2.04 3 GLY 330 D . ? GLY 330 D SER 331 D ? 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AI ? 2 ? AJ ? 2 ? AK ? 2 ? AL ? 2 ? AM ? 2 ? AN ? 2 ? AO ? 2 ? AP ? 2 ? AQ ? 3 ? AR ? 4 ? AS ? 2 ? AT ? 2 ? AU ? 4 ? AV ? 2 ? AW ? 2 ? AX ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? anti-parallel A 2 3 ? anti-parallel A 3 4 ? anti-parallel B 1 2 ? anti-parallel C 1 2 ? anti-parallel D 1 2 ? anti-parallel E 1 2 ? anti-parallel F 1 2 ? anti-parallel G 1 2 ? anti-parallel G 2 3 ? anti-parallel H 1 2 ? anti-parallel H 2 3 ? anti-parallel I 1 2 ? anti-parallel J 1 2 ? anti-parallel K 1 2 ? anti-parallel K 2 3 ? anti-parallel L 1 2 ? anti-parallel L 2 3 ? anti-parallel M 1 2 ? anti-parallel M 2 3 ? anti-parallel N 1 2 ? anti-parallel O 1 2 ? anti-parallel O 2 3 ? anti-parallel P 1 2 ? anti-parallel Q 1 2 ? anti-parallel R 1 2 ? anti-parallel S 1 2 ? anti-parallel T 1 2 ? anti-parallel U 1 2 ? anti-parallel U 2 3 ? anti-parallel U 3 4 ? anti-parallel V 1 2 ? anti-parallel W 1 2 ? anti-parallel W 2 3 ? anti-parallel X 1 2 ? anti-parallel Y 1 2 ? anti-parallel Y 2 3 ? anti-parallel Z 1 2 ? anti-parallel AA 1 2 ? anti-parallel AB 1 2 ? anti-parallel AC 1 2 ? anti-parallel AC 2 3 ? anti-parallel AD 1 2 ? parallel AE 1 2 ? anti-parallel AF 1 2 ? anti-parallel AG 1 2 ? anti-parallel AH 1 2 ? anti-parallel AH 2 3 ? anti-parallel AI 1 2 ? anti-parallel AJ 1 2 ? anti-parallel AK 1 2 ? anti-parallel AL 1 2 ? anti-parallel AM 1 2 ? anti-parallel AN 1 2 ? anti-parallel AO 1 2 ? anti-parallel AP 1 2 ? anti-parallel AQ 1 2 ? anti-parallel AQ 2 3 ? anti-parallel AR 1 2 ? anti-parallel AR 2 3 ? anti-parallel AR 3 4 ? anti-parallel AS 1 2 ? anti-parallel AT 1 2 ? anti-parallel AU 1 2 ? parallel AU 2 3 ? anti-parallel AU 3 4 ? anti-parallel AV 1 2 ? anti-parallel AW 1 2 ? anti-parallel AX 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 VAL A 265 ? 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PHE B 362 ARG B 365 I 2 PRO B 565 ? TYR B 568 ? PRO B 565 TYR B 568 J 1 ILE B 392 ? THR B 395 ? ILE B 392 THR B 395 J 2 ASP B 525 ? LEU B 528 ? ASP B 525 LEU B 528 K 1 ALA B 486 ? ILE B 488 ? ALA B 486 ILE B 488 K 2 TYR B 468 ? CYS B 470 ? TYR B 468 CYS B 470 K 3 LEU B 530 ? TYR B 533 ? LEU B 530 TYR B 533 L 1 PHE B 620 ? ILE B 622 ? PHE B 620 ILE B 622 L 2 TYR B 610 ? ILE B 612 ? TYR B 610 ILE B 612 L 3 ALA B 646 ? TYR B 648 ? ALA B 646 TYR B 648 M 1 LYS C 191 ? SER C 193 ? LYS C 191 SER C 193 M 2 SER C 287 ? VAL C 289 ? SER C 287 VAL C 289 M 3 ILE C 235 ? VAL C 237 ? ILE C 235 VAL C 237 N 1 ALA C 211 ? SER C 213 ? ALA C 211 SER C 213 N 2 LYS C 322 ? HIS C 324 ? LYS C 322 HIS C 324 O 1 ASP C 217 ? SER C 221 ? ASP C 217 SER C 221 O 2 ILE C 310 ? LYS C 316 ? ILE C 310 LYS C 316 O 3 SER C 172 ? ASN C 178 ? SER C 172 ASN C 178 P 1 LYS C 231 ? ALA C 234 ? LYS C 231 ALA C 234 P 2 VAL C 255 ? ASP C 258 ? VAL C 255 ASP C 258 Q 1 ILE C 394 ? ILE C 396 ? ILE C 394 ILE C 396 Q 2 SER C 524 ? 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ILE D 188 SER D 193 Z 1 PHE D 362 ? ILE D 364 ? PHE D 362 ILE D 364 Z 2 ILE D 566 ? TYR D 568 ? ILE D 566 TYR D 568 AA 1 ILE D 392 ? ILE D 396 ? ILE D 392 ILE D 396 AA 2 SER D 524 ? LEU D 528 ? SER D 524 LEU D 528 AB 1 ASN D 570 ? ILE D 572 ? ASN D 570 ILE D 572 AB 2 ILE D 581 ? VAL D 583 ? ILE D 581 VAL D 583 AC 1 PHE D 620 ? ILE D 622 ? PHE D 620 ILE D 622 AC 2 TYR D 610 ? ILE D 613 ? TYR D 610 ILE D 613 AC 3 THR D 645 ? TYR D 648 ? THR D 645 TYR D 648 AD 1 VAL E 9 ? PRO E 12 ? VAL E 37 PRO E 40 AD 2 LEU E 97 ? LEU E 100 ? LEU E 125 LEU E 128 AE 1 ARG E 30 ? GLU E 32 ? ARG E 58 GLU E 60 AE 2 MET E 81 ? SER E 83 ? MET E 109 SER E 111 AF 1 LYS E 34 ? HIS E 37 ? LYS E 62 HIS E 65 AF 2 ILE E 40 ? LEU E 43 ? ILE E 68 LEU E 71 AG 1 THR E 77 ? THR E 79 ? THR E 105 THR E 107 AG 2 SER E 94 ? GLN E 96 ? SER E 122 GLN E 124 AH 1 THR E 107 ? ILE E 110 ? THR E 135 ILE E 138 AH 2 ALA E 120 ? SER E 125 ? ALA E 148 SER E 153 AH 3 LEU E 168 ? PHE E 170 ? LEU E 196 PHE E 198 AI 1 GLU E 134 ? 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Random group assignment was carried through the focussed classification process and used to divide the data into two roughly even halves that had been initially refined independently. ; _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 58510 _em_3d_reconstruction.resolution 3.75 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details 'Phosphate buffered saline' _em_buffer.pH 7.2 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.entity_id_list _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 0 'Virus was propagated in Crandell Reese Feline Kidney cells' 'Feline calicivirus strain F9' 'MULTIPLE SOURCES' VIRUS 1,2,3 ? ? 2 1 'Icosahedral Capsid' Capsid NATURAL VIRUS 1 ? ? 3 1 'Soluble ectodomain fragment comprising Ig-like domains D1 and D2' 'feline junctional adhesion molecule A' RECOMBINANT COMPLEX 2 ? ? 4 1 ;Postulated to mediate endosome escape, this virion component is only present on the outer surface of the capsid following receptor engagement. ; 'VP2 - portal.' 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'Feline calicivirus strain F9' ? ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 1 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 3 _em_entity_assembly_recombinant.cell 'CHO cells' _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 10029 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Cricetulus griseus' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ;Images were motion-corrected using motioncor2 Defocus estimation was performed using GCTF ; # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 63 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details 'Each micrograph was recorded as a movie of 50 individual fractions with a total dose of 63 e/angstrom squared' _em_image_recording.detector_mode INTEGRATING _em_image_recording.film_or_detector_model 'FEI FALCON III (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 13865 # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details 'Autopicking in Relion' _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 129884 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 ? 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? 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RELION 2.1 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 1 _em_specimen.details 'Purified virions were incubated in the presence of purified ectodomain fragments.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _em_virus_natural_host.id _em_virus_natural_host.entity_assembly_id _em_virus_natural_host.ncbi_tax_id _em_virus_natural_host.organism _em_virus_natural_host.strain 1 1 9685 'Felis catus' ? 2 2 9685 'Felis catus' ? # loop_ _em_virus_shell.id _em_virus_shell.entity_assembly_id _em_virus_shell.diameter _em_virus_shell.name _em_virus_shell.triangulation 1 1 400 Capsid 3 2 2 400 Capsid 3 # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Medical Research Council (United Kingdom)' 'United Kingdom' MC_UU_12014/7 1 'Biotechnology and Biological Sciences Research Council' 'United Kingdom' BB/J013854/1 2 # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 4 _pdbx_entity_nonpoly.name 'POTASSIUM ION' _pdbx_entity_nonpoly.comp_id K # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support none _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #