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_citation_author.identifier_ORCID primary 'Sgro, G.G.' 1 ? primary 'Costa, T.R.D.' 2 ? primary 'Cenens, W.' 3 ? primary 'Souza, D.P.' 4 ? primary 'Cassago, A.' 5 ? primary 'Coutinho de Oliveira, L.' 6 ? primary 'Salinas, R.K.' 7 ? primary 'Portugal, R.V.' 8 ? primary 'Farah, C.S.' 9 ? primary 'Waksman, G.' 10 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man VirB7 14762.795 14 ? ? ? ? 2 polymer man 'VirB9 protein' 29359.385 14 ? ? ? ? 3 polymer man 'VirB10 protein' 43392.469 14 ? ? ? ? # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no 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'expression tag' 406 238 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 42-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 42 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 211350 ? 1 MORE -910 ? 1 'SSA (A^2)' 308440 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'The core complex of circa 1.13 MDa in size was purified from a HiLoad Superose 6 GL 16/700 gel filtration column.' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR A 63 ? 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GLY LA 123 ? LEU Q 116 GLY Q 123 1 ? 8 HELX_P HELX_P114 AM6 ASP LA 135 ? ASN LA 140 ? ASP Q 135 ASN Q 140 1 ? 6 HELX_P HELX_P115 AM7 LEU MA 152 ? GLU MA 160 ? LEU R 152 GLU R 160 1 ? 9 HELX_P HELX_P116 AM8 HIS MA 295 ? GLU MA 319 ? HIS R 295 GLU R 319 1 ? 25 HELX_P HELX_P117 AM9 ASN MA 342 ? GLY MA 359 ? ASN R 342 GLY R 359 1 ? 18 HELX_P HELX_P118 AN1 THR NA 63 ? ASP NA 74 ? THR S 63 ASP S 74 1 ? 12 HELX_P HELX_P119 AN2 ILE NA 90 ? SER NA 94 ? ILE S 90 SER S 94 5 ? 5 HELX_P HELX_P120 AN3 SER NA 100 ? TYR NA 112 ? SER S 100 TYR S 112 1 ? 13 HELX_P HELX_P121 AN4 PHE OA 67 ? GLY OA 69 ? PHE T 67 GLY T 69 5 ? 3 HELX_P HELX_P122 AN5 LEU OA 116 ? GLY OA 123 ? LEU T 116 GLY T 123 1 ? 8 HELX_P HELX_P123 AN6 ASP OA 135 ? ASN OA 140 ? ASP T 135 ASN T 140 1 ? 6 HELX_P HELX_P124 AN7 LEU PA 152 ? GLU PA 160 ? LEU U 152 GLU U 160 1 ? 9 HELX_P HELX_P125 AN8 HIS PA 295 ? GLU PA 319 ? HIS U 295 GLU U 319 1 ? 25 HELX_P HELX_P126 AN9 ASN PA 342 ? GLY PA 359 ? ASN U 342 GLY U 359 1 ? 18 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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F CYS 206 F CYS 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf10 disulf ? ? DA CYS 206 SG ? ? ? 1_555 DA CYS 222 SG ? ? I CYS 206 I CYS 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf11 disulf ? ? GA CYS 206 SG ? ? ? 1_555 GA CYS 222 SG ? ? L CYS 206 L CYS 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf12 disulf ? ? JA CYS 206 SG ? ? ? 1_555 JA CYS 222 SG ? ? O CYS 206 O CYS 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf13 disulf ? ? MA CYS 206 SG ? ? ? 1_555 MA CYS 222 SG ? ? R CYS 206 R CYS 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf14 disulf ? ? PA CYS 206 SG ? ? ? 1_555 PA CYS 222 SG ? ? U CYS 206 U CYS 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS AA 206 ? CYS AA 222 ? CYS F 206 ? 1_555 CYS F 222 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 2 CYS C 206 ? CYS C 222 ? CYS c 206 ? 1_555 CYS c 222 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 3 CYS DA 206 ? CYS DA 222 ? CYS I 206 ? 1_555 CYS I 222 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 4 CYS F 206 ? CYS F 222 ? CYS f 206 ? 1_555 CYS f 222 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 5 CYS GA 206 ? CYS GA 222 ? CYS L 206 ? 1_555 CYS L 222 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 6 CYS I 206 ? CYS I 222 ? CYS i 206 ? 1_555 CYS i 222 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 7 CYS JA 206 ? CYS JA 222 ? CYS O 206 ? 1_555 CYS O 222 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 8 CYS L 206 ? CYS L 222 ? CYS l 206 ? 1_555 CYS l 222 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 9 CYS MA 206 ? CYS MA 222 ? CYS R 206 ? 1_555 CYS R 222 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 10 CYS O 206 ? CYS O 222 ? CYS o 206 ? 1_555 CYS o 222 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 11 CYS PA 206 ? CYS PA 222 ? CYS U 206 ? 1_555 CYS U 222 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 12 CYS R 206 ? CYS R 222 ? CYS r 206 ? 1_555 CYS r 222 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 13 CYS U 206 ? CYS U 222 ? CYS u 206 ? 1_555 CYS u 222 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 14 CYS X 206 ? CYS X 222 ? CYS C 206 ? 1_555 CYS C 222 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 3 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 5 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 3 ? AB1 ? 9 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 9 ? AB4 ? 3 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 3 ? AC2 ? 5 ? AC3 ? 4 ? AC4 ? 4 ? AC5 ? 3 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 9 ? AC8 ? 3 ? AC9 ? 2 ? AD1 ? 2 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 2 ? AD4 ? 2 ? AD5 ? 3 ? AD6 ? 5 ? AD7 ? 4 ? AD8 ? 4 ? AD9 ? 3 ? AE1 ? 2 ? AE2 ? 9 ? AE3 ? 3 ? AE4 ? 2 ? AE5 ? 2 ? AE6 ? 2 ? AE7 ? 2 ? AE8 ? 2 ? AE9 ? 3 ? AF1 ? 5 ? AF2 ? 4 ? AF3 ? 4 ? AF4 ? 3 ? AF5 ? 2 ? AF6 ? 9 ? AF7 ? 3 ? AF8 ? 2 ? AF9 ? 2 ? AG1 ? 2 ? AG2 ? 2 ? AG3 ? 2 ? AG4 ? 3 ? AG5 ? 5 ? AG6 ? 4 ? AG7 ? 4 ? AG8 ? 3 ? AG9 ? 2 ? AH1 ? 9 ? AH2 ? 3 ? AH3 ? 2 ? AH4 ? 2 ? AH5 ? 2 ? AH6 ? 2 ? AH7 ? 2 ? AH8 ? 3 ? AH9 ? 5 ? AI1 ? 4 ? AI2 ? 4 ? AI3 ? 3 ? AI4 ? 2 ? AI5 ? 9 ? AI6 ? 3 ? AI7 ? 2 ? AI8 ? 2 ? AI9 ? 2 ? AJ1 ? 2 ? AJ2 ? 2 ? AJ3 ? 3 ? AJ4 ? 5 ? AJ5 ? 4 ? AJ6 ? 4 ? AJ7 ? 3 ? AJ8 ? 2 ? AJ9 ? 9 ? AK1 ? 3 ? AK2 ? 2 ? AK3 ? 2 ? AK4 ? 2 ? AK5 ? 2 ? AK6 ? 2 ? AK7 ? 3 ? AK8 ? 5 ? AK9 ? 4 ? AL1 ? 4 ? AL2 ? 3 ? AL3 ? 2 ? AL4 ? 9 ? AL5 ? 3 ? AL6 ? 2 ? AL7 ? 2 ? AL8 ? 2 ? AL9 ? 2 ? AM1 ? 2 ? AM2 ? 3 ? AM3 ? 5 ? AM4 ? 4 ? AM5 ? 4 ? AM6 ? 3 ? AM7 ? 2 ? AM8 ? 9 ? AM9 ? 3 ? AN1 ? 2 ? AN2 ? 2 ? AN3 ? 2 ? AN4 ? 2 ? AN5 ? 2 ? AN6 ? 3 ? AN7 ? 5 ? AN8 ? 4 ? AN9 ? 4 ? AO1 ? 3 ? AO2 ? 2 ? AO3 ? 9 ? AO4 ? 3 ? AO5 ? 2 ? AO6 ? 2 ? AO7 ? 2 ? AO8 ? 2 ? AO9 ? 2 ? AP1 ? 3 ? AP2 ? 5 ? AP3 ? 4 ? AP4 ? 4 ? AP5 ? 3 ? AP6 ? 2 ? AP7 ? 9 ? AP8 ? 3 ? AP9 ? 2 ? AQ1 ? 2 ? AQ2 ? 2 ? AQ3 ? 2 ? AQ4 ? 2 ? AQ5 ? 3 ? AQ6 ? 5 ? AQ7 ? 4 ? AQ8 ? 4 ? 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anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AC1 1 2 ? parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC2 1 2 ? parallel AC2 2 3 ? parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC2 4 5 ? anti-parallel AC3 1 2 ? parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC7 4 5 ? anti-parallel AC7 5 6 ? anti-parallel AC7 6 7 ? anti-parallel AC7 7 8 ? anti-parallel AC7 8 9 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD5 1 2 ? parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD6 1 2 ? parallel AD6 2 3 ? parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD6 4 5 ? anti-parallel AD7 1 2 ? parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD7 3 4 ? 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O ARG O 264 AR3 1 2 N ILE JA 212 ? N ILE O 212 O ILE JA 367 ? O ILE O 367 AR3 2 3 O THR JA 364 ? O THR O 364 N ASN JA 293 ? N ASN O 293 AR4 1 2 N VAL JA 228 ? N VAL O 228 O LEU JA 238 ? O LEU O 238 AR5 1 2 N LEU JA 258 ? N LEU O 258 O HIS JA 288 ? O HIS O 288 AR6 1 2 N LYS KA 35 ? N LYS P 35 O TYR LA 169 ? O TYR Q 169 AR7 1 2 N ILE KA 47 ? N ILE P 47 O ASP NA 86 ? O ASP S 86 AR8 1 2 N TYR KA 55 ? N TYR P 55 O THR KA 98 ? O THR P 98 AR9 1 2 N GLN KA 78 ? N GLN P 78 O LEU KA 126 ? O LEU P 126 AR9 2 3 O LEU KA 127 ? O LEU P 127 N SER KA 120 ? N SER P 120 AS1 1 2 N TYR LA 32 ? N TYR Q 32 O THR LA 131 ? O THR Q 131 AS1 2 3 O VAL LA 128 ? O VAL Q 128 N GLU LA 53 ? N GLU Q 53 AS1 3 4 N THR LA 50 ? N THR Q 50 O LEU LA 82 ? O LEU Q 82 AS1 4 5 O LYS LA 83 ? O LYS Q 83 N GLU LA 72 ? N GLU Q 72 AS2 1 2 N TYR LA 40 ? N TYR Q 40 O GLU LA 105 ? O GLU Q 105 AS2 2 3 O LEU LA 104 ? O LEU Q 104 N MET LA 93 ? N MET Q 93 AS2 3 4 O ARG LA 96 ? O ARG Q 96 N ASP LA 62 ? N ASP Q 62 AS3 1 2 N TYR LA 184 ? N TYR Q 184 O TYR LA 191 ? O TYR Q 191 AS3 2 3 N THR LA 190 ? N THR Q 190 O VAL LA 231 ? O VAL Q 231 AS3 3 4 O ILE LA 230 ? O ILE Q 230 N THR LA 223 ? N THR Q 223 AS4 1 2 N PHE LA 208 ? N PHE Q 208 O VAL LA 239 ? O VAL Q 239 AS4 2 3 N VAL LA 240 ? N VAL Q 240 O VAL LA 247 ? O VAL Q 247 AS5 1 2 N LEU MA 198 ? N LEU R 198 O VAL MA 381 ? O VAL R 381 AS6 1 2 O LYS PA 189 ? O LYS U 189 N ASP MA 272 ? N ASP R 272 AS6 2 3 O VAL MA 273 ? O VAL R 273 N VAL MA 265 ? N VAL R 265 AS6 3 4 N TRP MA 262 ? N TRP R 262 O GLY MA 277 ? O GLY R 277 AS6 4 5 N ILE MA 280 ? N ILE R 280 O ASN MA 374 ? O ASN R 374 AS6 5 6 O VAL MA 375 ? O VAL R 375 N ILE MA 204 ? N ILE R 204 AS6 6 7 N ILE MA 207 ? N ILE R 207 O ILE MA 223 ? O ILE R 223 AS6 7 8 N CYS MA 222 ? N CYS R 222 O MET MA 244 ? O MET R 244 AS6 8 9 N LEU MA 245 ? N LEU R 245 O ARG MA 264 ? O ARG R 264 AS7 1 2 N ILE MA 212 ? N ILE R 212 O ILE MA 367 ? O ILE R 367 AS7 2 3 O THR MA 364 ? O THR R 364 N ASN MA 293 ? N ASN R 293 AS8 1 2 N VAL MA 228 ? N VAL R 228 O LEU MA 238 ? O LEU R 238 AS9 1 2 N LEU MA 258 ? N LEU R 258 O HIS MA 288 ? O HIS R 288 AT1 1 2 N LYS NA 35 ? N LYS S 35 O TYR OA 169 ? O TYR T 169 AT2 1 2 N TYR NA 55 ? N TYR S 55 O THR NA 98 ? O THR S 98 AT3 1 2 N GLN NA 78 ? N GLN S 78 O LEU NA 126 ? O LEU S 126 AT3 2 3 O LEU NA 127 ? O LEU S 127 N SER NA 120 ? N SER S 120 AT4 1 2 N TYR OA 32 ? N TYR T 32 O THR OA 131 ? O THR T 131 AT4 2 3 O VAL OA 128 ? O VAL T 128 N GLU OA 53 ? N GLU T 53 AT4 3 4 N THR OA 50 ? N THR T 50 O LEU OA 82 ? O LEU T 82 AT4 4 5 O LYS OA 83 ? O LYS T 83 N GLU OA 72 ? N GLU T 72 AT5 1 2 N TYR OA 40 ? N TYR T 40 O GLU OA 105 ? O GLU T 105 AT5 2 3 O LEU OA 104 ? O LEU T 104 N MET OA 93 ? N MET T 93 AT5 3 4 O ARG OA 96 ? O ARG T 96 N ASP OA 62 ? N ASP T 62 AT6 1 2 N TYR OA 184 ? N TYR T 184 O TYR OA 191 ? O TYR T 191 AT6 2 3 N THR OA 190 ? N THR T 190 O VAL OA 231 ? O VAL T 231 AT6 3 4 O ILE OA 230 ? O ILE T 230 N THR OA 223 ? N THR T 223 AT7 1 2 N PHE OA 208 ? N PHE T 208 O VAL OA 239 ? O VAL T 239 AT7 2 3 N VAL OA 240 ? N VAL T 240 O VAL OA 247 ? O VAL T 247 AT8 1 2 N LEU PA 198 ? N LEU U 198 O VAL PA 381 ? O VAL U 381 AT9 1 2 N ILE PA 212 ? N ILE U 212 O ILE PA 367 ? O ILE U 367 AT9 2 3 O THR PA 364 ? O THR U 364 N ASN PA 293 ? N ASN U 293 AU1 1 2 N VAL PA 228 ? N VAL U 228 O LEU PA 238 ? O LEU U 238 AU2 1 2 N LEU PA 258 ? N LEU U 258 O HIS PA 288 ? O HIS U 288 # _pdbx_entry_details.entry_id 6GYB _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? _pdbx_entry_details.has_protein_modification Y # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 TYR a 112 ? ? -92.83 52.16 2 1 SER a 122 ? ? -93.00 48.64 3 1 ALA a 123 ? ? 69.47 -10.51 4 1 GLU b 77 ? ? 67.98 -23.39 5 1 ASN b 78 ? ? -152.34 0.65 6 1 HIS b 242 ? ? -140.47 44.93 7 1 ASN c 193 ? ? 50.72 72.19 8 1 SER c 230 ? ? -77.94 -167.79 9 1 LEU c 237 ? ? -93.23 -61.57 10 1 PRO c 239 ? ? -69.32 -175.15 11 1 TYR d 112 ? ? -92.85 52.16 12 1 SER d 122 ? ? -93.03 48.69 13 1 ALA d 123 ? ? 69.41 -10.48 14 1 GLU e 77 ? 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50.74 72.17 138 1 SER U 230 ? ? -78.06 -167.69 139 1 LEU U 237 ? ? -93.23 -61.56 140 1 PRO U 239 ? ? -69.34 -175.13 # _em_3d_fitting.entry_id 6GYB _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ;The electron density was clearly interpretable, which allowed us to build a de novo structural model. This process began by fitting the crystallographic model of the X. citri VirB7 C-terminal N0 domain (PDB:3OV5) and the NMR model of the X. citri VirB9CTD-VirB7NTD complex (PDB:2N01) in order to identify the map with the correct handedness. Models were positioned using Fit in map tool in Chimera, and saved relative to the map. Using these as starting points, we were able to manually build the rest of the model for VirB7 and VirB9CTD, and the de novo models for VirB10CTD, VirB10NTD_150-161 and VirB9NTD using Coot. In this manner, we obtained a combined model for a single VirB7-VirB9-VirB10 heterotrimer unit, which was submitted to iterative rounds of real space refinement and building using PHENIX and Coot software, respectively. Thirteen more copies of the refined heterotrimer were then fit into the density map using Chimera and new rounds of real space refinement (now using NCS for the 42 chains contained in the structure) and building using PHENIX and Coot, respectively, were executed until we obtained good parameters for Ramachandran plot and MolProbity. Chimera and PyMol were used for map and model visualization and figure production. ; _em_3d_fitting.overall_b_value 138 _em_3d_fitting.ref_protocol ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria 'Cross-correlation coefficient' _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 6GYB _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm 'BACK PROJECTION' _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.num_particles 142306 _em_3d_reconstruction.resolution 3.28 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 8.0 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details 'Fourteen copies of each of the following three subunits: VirB7, VirB9 and VirB10' _em_entity_assembly.name 'Core complex of a bacterial killing type IV secretion system from Xanthomonas' _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 6GYB _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height ? _em_image_scans.dimension_width ? _em_image_scans.frames_per_image 40 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 6GYB _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_max ? _em_imaging.nominal_defocus_min ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? _em_sample_support.details ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 295.2 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details 'Blot for 4.5 seconds after 30 seconds of incubation.' _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 6GYB _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 6GYB _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 6GYB _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C14 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 a MET 1 ? A MET 1 2 1 Y 1 a ASN 2 ? A ASN 2 3 1 Y 1 a PRO 3 ? A PRO 3 4 1 Y 1 a MET 4 ? A MET 4 5 1 Y 1 a TYR 5 ? A TYR 5 6 1 Y 1 a VAL 6 ? A VAL 6 7 1 Y 1 a SER 7 ? A SER 7 8 1 Y 1 a LYS 8 ? A LYS 8 9 1 Y 1 a LEU 9 ? A LEU 9 10 1 Y 1 a SER 10 ? A SER 10 11 1 Y 1 a LEU 11 ? A LEU 11 12 1 Y 1 a VAL 12 ? A VAL 12 13 1 Y 1 a LEU 13 ? A LEU 13 14 1 Y 1 a VAL 14 ? A VAL 14 15 1 Y 1 a ALA 15 ? A ALA 15 16 1 Y 1 a ALA 16 ? A ALA 16 17 1 Y 1 a ALA 17 ? A ALA 17 18 1 Y 1 a LEU 18 ? A LEU 18 19 1 Y 1 a VAL 19 ? A VAL 19 20 1 Y 1 a GLY 20 ? A GLY 20 21 1 Y 1 a ALA 21 ? A ALA 21 22 1 Y 1 a VAL 133 ? A VAL 133 23 1 Y 1 a SER 134 ? A SER 134 24 1 Y 1 a SER 135 ? A SER 135 25 1 Y 1 a GLY 136 ? A GLY 136 26 1 Y 1 a ALA 137 ? A ALA 137 27 1 Y 1 a LYS 138 ? A LYS 138 28 1 Y 1 a LEU 139 ? A LEU 139 29 1 Y 1 b MET 1 ? B MET 1 30 1 Y 1 b LYS 2 ? B LYS 2 31 1 Y 1 b LEU 3 ? B LEU 3 32 1 Y 1 b PHE 4 ? B PHE 4 33 1 Y 1 b ASN 5 ? B ASN 5 34 1 Y 1 b ARG 6 ? B ARG 6 35 1 Y 1 b TYR 7 ? B TYR 7 36 1 Y 1 b ARG 8 ? B ARG 8 37 1 Y 1 b VAL 9 ? B VAL 9 38 1 Y 1 b ALA 10 ? B ALA 10 39 1 Y 1 b LEU 11 ? B LEU 11 40 1 Y 1 b LEU 12 ? B LEU 12 41 1 Y 1 b SER 13 ? B SER 13 42 1 Y 1 b ALA 14 ? B ALA 14 43 1 Y 1 b LEU 15 ? B LEU 15 44 1 Y 1 b PRO 16 ? B PRO 16 45 1 Y 1 b LEU 17 ? B LEU 17 46 1 Y 1 b ALA 18 ? B ALA 18 47 1 Y 1 b LEU 19 ? B LEU 19 48 1 Y 1 b CYS 20 ? B CYS 20 49 1 Y 1 b ALA 21 ? B ALA 21 50 1 Y 1 b LEU 22 ? B LEU 22 51 1 Y 1 b SER 23 ? B SER 23 52 1 Y 1 b ALA 24 ? B ALA 24 53 1 Y 1 b ALA 25 ? B ALA 25 54 1 Y 1 b ALA 26 ? B ALA 26 55 1 Y 1 b ALA 142 ? B ALA 142 56 1 Y 1 b ASP 143 ? B ASP 143 57 1 Y 1 b ALA 144 ? B ALA 144 58 1 Y 1 b ASP 145 ? B ASP 145 59 1 Y 1 b THR 146 ? B THR 146 60 1 Y 1 b SER 147 ? B SER 147 61 1 Y 1 c MET 1 ? C MET 1 62 1 Y 1 c ASN 2 ? C ASN 2 63 1 Y 1 c SER 3 ? C SER 3 64 1 Y 1 c ASN 4 ? C ASN 4 65 1 Y 1 c ILE 5 ? C ILE 5 66 1 Y 1 c PRO 6 ? C PRO 6 67 1 Y 1 c ASN 7 ? C ASN 7 68 1 Y 1 c SER 8 ? C SER 8 69 1 Y 1 c PRO 9 ? C PRO 9 70 1 Y 1 c ASP 10 ? C ASP 10 71 1 Y 1 c GLU 11 ? C GLU 11 72 1 Y 1 c ARG 12 ? C ARG 12 73 1 Y 1 c ILE 13 ? C ILE 13 74 1 Y 1 c GLN 14 ? C GLN 14 75 1 Y 1 c ASN 15 ? C ASN 15 76 1 Y 1 c HIS 16 ? C HIS 16 77 1 Y 1 c GLY 17 ? C GLY 17 78 1 Y 1 c GLY 18 ? C GLY 18 79 1 Y 1 c ASP 19 ? C ASP 19 80 1 Y 1 c GLU 20 ? C GLU 20 81 1 Y 1 c GLN 21 ? C GLN 21 82 1 Y 1 c HIS 22 ? C HIS 22 83 1 Y 1 c ASN 23 ? C ASN 23 84 1 Y 1 c GLY 24 ? C GLY 24 85 1 Y 1 c ASP 25 ? C ASP 25 86 1 Y 1 c HIS 26 ? C HIS 26 87 1 Y 1 c ASN 27 ? C ASN 27 88 1 Y 1 c GLU 28 ? C GLU 28 89 1 Y 1 c ARG 29 ? C ARG 29 90 1 Y 1 c ASN 30 ? C ASN 30 91 1 Y 1 c ASN 31 ? C ASN 31 92 1 Y 1 c PRO 32 ? C PRO 32 93 1 Y 1 c TYR 33 ? C TYR 33 94 1 Y 1 c PHE 34 ? C PHE 34 95 1 Y 1 c ALA 35 ? C ALA 35 96 1 Y 1 c ARG 36 ? C ARG 36 97 1 Y 1 c GLN 37 ? C GLN 37 98 1 Y 1 c GLN 38 ? C GLN 38 99 1 Y 1 c ALA 39 ? C ALA 39 100 1 Y 1 c SER 40 ? C SER 40 101 1 Y 1 c ALA 41 ? C ALA 41 102 1 Y 1 c GLU 42 ? C GLU 42 103 1 Y 1 c PRO 43 ? C PRO 43 104 1 Y 1 c ASP 44 ? 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C MET 109 170 1 Y 1 c THR 110 ? C THR 110 171 1 Y 1 c ALA 111 ? C ALA 111 172 1 Y 1 c PRO 112 ? C PRO 112 173 1 Y 1 c VAL 113 ? C VAL 113 174 1 Y 1 c GLU 114 ? C GLU 114 175 1 Y 1 c GLU 115 ? C GLU 115 176 1 Y 1 c ALA 116 ? C ALA 116 177 1 Y 1 c PRO 117 ? C PRO 117 178 1 Y 1 c VAL 118 ? C VAL 118 179 1 Y 1 c PRO 119 ? C PRO 119 180 1 Y 1 c LEU 120 ? C LEU 120 181 1 Y 1 c ALA 121 ? C ALA 121 182 1 Y 1 c GLN 122 ? C GLN 122 183 1 Y 1 c GLN 123 ? C GLN 123 184 1 Y 1 c PRO 124 ? C PRO 124 185 1 Y 1 c SER 125 ? C SER 125 186 1 Y 1 c LEU 126 ? C LEU 126 187 1 Y 1 c PRO 127 ? C PRO 127 188 1 Y 1 c PRO 128 ? C PRO 128 189 1 Y 1 c LEU 129 ? C LEU 129 190 1 Y 1 c PRO 130 ? C PRO 130 191 1 Y 1 c PRO 131 ? C PRO 131 192 1 Y 1 c MET 132 ? C MET 132 193 1 Y 1 c PRO 133 ? C PRO 133 194 1 Y 1 c THR 134 ? C THR 134 195 1 Y 1 c ASP 135 ? C ASP 135 196 1 Y 1 c ASN 136 ? C ASN 136 197 1 Y 1 c SER 137 ? C SER 137 198 1 Y 1 c GLU 138 ? C GLU 138 199 1 Y 1 c GLU 139 ? C GLU 139 200 1 Y 1 c VAL 140 ? C VAL 140 201 1 Y 1 c SER 141 ? C SER 141 202 1 Y 1 c SER 142 ? C SER 142 203 1 Y 1 c ALA 143 ? C ALA 143 204 1 Y 1 c PRO 144 ? C PRO 144 205 1 Y 1 c GLU 145 ? C GLU 145 206 1 Y 1 c ARG 146 ? C ARG 146 207 1 Y 1 c GLN 147 ? C GLN 147 208 1 Y 1 c ARG 148 ? C ARG 148 209 1 Y 1 c GLY 149 ? C GLY 149 210 1 Y 1 c ALA 162 ? C ALA 162 211 1 Y 1 c ALA 163 ? C ALA 163 212 1 Y 1 c ASN 164 ? C ASN 164 213 1 Y 1 c GLY 165 ? C GLY 165 214 1 Y 1 c GLY 166 ? C GLY 166 215 1 Y 1 c GLY 167 ? C GLY 167 216 1 Y 1 c VAL 168 ? C VAL 168 217 1 Y 1 c PRO 169 ? C PRO 169 218 1 Y 1 c GLY 170 ? C GLY 170 219 1 Y 1 c GLN 171 ? C GLN 171 220 1 Y 1 c LEU 172 ? C LEU 172 221 1 Y 1 c GLY 173 ? C GLY 173 222 1 Y 1 c ALA 174 ? C ALA 174 223 1 Y 1 c GLN 175 ? C GLN 175 224 1 Y 1 c PRO 176 ? C PRO 176 225 1 Y 1 c ALA 177 ? C ALA 177 226 1 Y 1 c PRO 178 ? C PRO 178 227 1 Y 1 c THR 179 ? C THR 179 228 1 Y 1 c GLN 180 ? C GLN 180 229 1 Y 1 c GLU 181 ? C GLU 181 230 1 Y 1 c ASP 182 ? C ASP 182 231 1 Y 1 c THR 324 ? 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