data_6I3M # _entry.id 6I3M # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.315 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code PDB 6I3M WWPDB D_1200012687 EMDB EMD-4404 # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'eIF2B:eIF2 complex, phosphorylated on eIF2 alpha serine 52.' _pdbx_database_related.db_id EMD-4404 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6I3M _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2018-11-06 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Adomavicius, T.' 1 0000-0002-7946-0047 'Roseman, A.M.' 2 0000-0002-4783-2619 'Pavitt, G.D.' 3 0000-0002-8593-2418 # loop_ _citation.abstract _citation.abstract_id_CAS _citation.book_id_ISBN _citation.book_publisher _citation.book_publisher_city _citation.book_title _citation.coordinate_linkage _citation.country _citation.database_id_Medline _citation.details _citation.id _citation.journal_abbrev _citation.journal_id_ASTM _citation.journal_id_CSD _citation.journal_id_ISSN _citation.journal_full _citation.journal_issue _citation.journal_volume _citation.language _citation.page_first _citation.page_last _citation.title _citation.year _citation.database_id_CSD _citation.pdbx_database_id_DOI _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.unpublished_flag ? ? ? ? ? ? ? UK ? ? primary 'Nat Commun' ? ? 2041-1723 ? ? 10 ? 2136 2136 'The structural basis of translational control by eIF2 phosphorylation.' 2019 ? 10.1038/s41467-019-10167-3 31086188 ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 1 Elife ? ? 2050-084X ? ? 6 ? ? ? 'Fail-safe control of translation initiation by dissociation of eIF2 alpha phosphorylated ternary complexes.' 2017 ? 10.7554/eLife.24542 28315520 ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Adomavicius, T.' 1 ? primary 'Guaita, M.' 2 ? primary 'Zhou, Y.' 3 ? primary 'Jennings, M.D.' 4 0000-0001-6173-0988 primary 'Latif, Z.' 5 ? primary 'Roseman, A.M.' 6 ? primary 'Pavitt, G.D.' 7 ? 1 'Jennings, M.D.' 8 ? 1 'Kershaw, C.J.' 9 ? 1 'Adomavicius, T.' 10 ? 1 'Pavitt, G.D.' 11 0000-0002-8593-2418 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha' 34062.027 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Translation initiation factor eIF-2B subunit delta' 70945.195 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Translation initiation factor eIF-2B subunit beta' 42621.441 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon' 81249.062 2 ? ? ? ? 5 polymer man 'Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma' 65768.320 2 ? ? ? ? 6 polymer man 'Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha' 34843.633 2 ? 'serine 52 to SEP' ? ? 7 polymer man 'Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta' 31631.309 2 ? ? ? ? 8 polymer man 'Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma' 57942.699 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 ;GCD complex subunit GCN3,Guanine nucleotide exchange factor subunit GCN3,Transcriptional activator GCN3,eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit alpha ; 2 'GCD complex subunit GCD2,Guanine nucleotide exchange factor subunit GCD2,eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit delta' 3 'GCD complex subunit GCD7,Guanine nucleotide exchange factor subunit GCD7,eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit beta' 4 'GCD complex subunit GCD6,Guanine nucleotide exchange factor subunit GCD6,eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit epsilon' 5 'GCD complex subunit GCD1,Guanine nucleotide exchange factor subunit GCD1,eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit gamma' 6 eIF-2-alpha 7 eIF-2-beta 8 eIF-2-gamma # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MSEFNITETYLRFLEEDTEMTMPIAAIEALVTLLRIKTPETAAEMINTIKSSTEELIKSIPNSVSLRAGCDIFMRFVLRN LHLYGDWENCKQHLIENGQLFVSRAKKSRNKIAEIGVDFIADDDIILVHGYSRAVFSLLNHAANKFIRFRCVVTESRPSK QGNQLYTLLEQKGIPVTLIVDSAVGAVIDKVDKVFVGAEGVAESGGIINLVGTYSVGVLAHNARKPFYVVTESHKFVRMF PLSSDDLPMAGPPLDFTRRTDDLEDALRGPTIDYTAQEYITALITDLGVLTPSAVSEELIKMWYD ; ;MSEFNITETYLRFLEEDTEMTMPIAAIEALVTLLRIKTPETAAEMINTIKSSTEELIKSIPNSVSLRAGCDIFMRFVLRN LHLYGDWENCKQHLIENGQLFVSRAKKSRNKIAEIGVDFIADDDIILVHGYSRAVFSLLNHAANKFIRFRCVVTESRPSK QGNQLYTLLEQKGIPVTLIVDSAVGAVIDKVDKVFVGAEGVAESGGIINLVGTYSVGVLAHNARKPFYVVTESHKFVRMF PLSSDDLPMAGPPLDFTRRTDDLEDALRGPTIDYTAQEYITALITDLGVLTPSAVSEELIKMWYD ; A,B ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSESEAKSRSATPPSKAKQATPTTTAAANGEKKLTNKELKELKKQEKAAKRAAMKQANGISIEQQQQQAQMKKEKKQLQR EQQQKREQKQKNANKKKQNERNVKKSTLFGHLETTEERRATILALTSAVSSPKTSRITAAGLMVPVVASALSGSNVLTAS SLMPVGPNASSTVSASAPASTTTTLPASSAALSAGTSSASTNTPTAIQQEIASSNASDVAKTLASISLEAGEFNVIPGIS SVIPTVLEQSFDNSSLISSVKELLLNKDLIHPSILLLTSHLAHYKIVGSIPRCIAMLEVFQIVIKDYQTPKGTTLSRNLT SYLSHQIDLLKKARPLSVTMGNAIRWLKQEISLIDPSTPDKAAKKDLCEKIGQFAKEKIELADQLIIDNASTQIEESTTI VTYGSSKVLTELLLHNAISLKKNIKVIVVDSRPLFEGRKMAETLRNAGVNVMYALITSLDTIFNMDVDYVFLGAHSILSN GFLYSRAGTAMLAMSAKRRNIPVLVCCESLKFSQRVQLDSVTFNELADPNDLVNIDYENPVERRGNKGALLNQFIKERKF EKKKLAMENKPKGNKIGGKKGSEGESKDASNEEDSNSKNILDGWQELPSLNIVNILYDLTPPEYIKKVITEFGALPPSSV PVILREYKGSA ; ;MSESEAKSRSATPPSKAKQATPTTTAAANGEKKLTNKELKELKKQEKAAKRAAMKQANGISIEQQQQQAQMKKEKKQLQR EQQQKREQKQKNANKKKQNERNVKKSTLFGHLETTEERRATILALTSAVSSPKTSRITAAGLMVPVVASALSGSNVLTAS SLMPVGPNASSTVSASAPASTTTTLPASSAALSAGTSSASTNTPTAIQQEIASSNASDVAKTLASISLEAGEFNVIPGIS SVIPTVLEQSFDNSSLISSVKELLLNKDLIHPSILLLTSHLAHYKIVGSIPRCIAMLEVFQIVIKDYQTPKGTTLSRNLT SYLSHQIDLLKKARPLSVTMGNAIRWLKQEISLIDPSTPDKAAKKDLCEKIGQFAKEKIELADQLIIDNASTQIEESTTI VTYGSSKVLTELLLHNAISLKKNIKVIVVDSRPLFEGRKMAETLRNAGVNVMYALITSLDTIFNMDVDYVFLGAHSILSN GFLYSRAGTAMLAMSAKRRNIPVLVCCESLKFSQRVQLDSVTFNELADPNDLVNIDYENPVERRGNKGALLNQFIKERKF EKKKLAMENKPKGNKIGGKKGSEGESKDASNEEDSNSKNILDGWQELPSLNIVNILYDLTPPEYIKKVITEFGALPPSSV PVILREYKGSA ; C,D ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSSQAFTSVHPNAATSDVNVTIDTFVAKLKRRQVQGSYAIALETLQLLMRFISAARWNHVNDLIEQIRDLGNSLEKAHPT AFSCGNVIRRILAVLRDEVEEDTMSTTVTSTSVAEPLISSMFNLLQKPEQPHQNRKNSSGSSSMKTKTDYRQVAIQGIKD LIDEIKNIDEGIQQIAIDLIHDHEILLTPTPDSKTVLKFLITARERSNRTFTVLVTEGFPNNTKNAHEFAKKLAQHNIET LVVPDSAVFALMSRVGKVIIGTKAVFVNGGTISSNSGVSSVCECAREFRTPVFAVAGLYKLSPLYPFDVEKFVEFGGSQR ILPRMDPRKRLDTVNQITDYVPPENIDIYITNVGGFNPSFIYRIAWDNYKQIDVHLDKNKA ; ;MSSQAFTSVHPNAATSDVNVTIDTFVAKLKRRQVQGSYAIALETLQLLMRFISAARWNHVNDLIEQIRDLGNSLEKAHPT AFSCGNVIRRILAVLRDEVEEDTMSTTVTSTSVAEPLISSMFNLLQKPEQPHQNRKNSSGSSSMKTKTDYRQVAIQGIKD LIDEIKNIDEGIQQIAIDLIHDHEILLTPTPDSKTVLKFLITARERSNRTFTVLVTEGFPNNTKNAHEFAKKLAQHNIET LVVPDSAVFALMSRVGKVIIGTKAVFVNGGTISSNSGVSSVCECAREFRTPVFAVAGLYKLSPLYPFDVEKFVEFGGSQR ILPRMDPRKRLDTVNQITDYVPPENIDIYITNVGGFNPSFIYRIAWDNYKQIDVHLDKNKA ; E,F ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MAGKKGQKKSGLGNHGKNSDMDVEDRLQAVVLTDSYETRFMPLTAVKPRCLLPLANVPLIEYTLEFLAKAGVHEVFLICS SHANQINDYIENSKWNLPWSPFKITTIMSPEARCTGDVMRDLDNRGIITGDFILVSGDVLTNIDFSKMLEFHKKMHLQDK DHISTMCLSKASTYPKTRTIEPAAFVLDKSTSRCIYYQDLPLPSSREKTSIQIDPELLDNVDEFVIRNDLIDCRIDICTS HVPLIFQENFDYQSLRTDFVKGVISSDILGKHIYAYLTDEYAVRVESWQTYDTISQDFLGRWCYPLVLDSNIQDDQTYSY ESRHIYKEKDVVLAQSCKIGKCTAIGSGTKIGEGTKIENSVIGRNCQIGENIRIKNSFIWDDCIIGNNSIIDHSLIASNA TLGSNVRLNDGCIIGFNVKIDDNMDLDRNTKISASPLKNAGSRMYDNESNEQFDQDLDDQTLAVSIVGDKGVGYIYESEV SDDEDSSTEACKEINTLSNQLDELYLSDDSISSATKKTKKRRTMSVNSIYTDREEIDSEFEDEDFEKEGIATVERAMENN HDLDTALLELNTLRMSMNVTYHEVRIATITALLRRVYHFIATQTLGPKDAVVKVFNQWGLLFKRQAFDEEEYIDLMNIIM EKIVEQSFDKPDLILFSALVSLYDNDIIEEDVIYKWWDNVSTDPRYDEVKKLTVKWVEWLQNADEESSSEEE ; ;MAGKKGQKKSGLGNHGKNSDMDVEDRLQAVVLTDSYETRFMPLTAVKPRCLLPLANVPLIEYTLEFLAKAGVHEVFLICS SHANQINDYIENSKWNLPWSPFKITTIMSPEARCTGDVMRDLDNRGIITGDFILVSGDVLTNIDFSKMLEFHKKMHLQDK DHISTMCLSKASTYPKTRTIEPAAFVLDKSTSRCIYYQDLPLPSSREKTSIQIDPELLDNVDEFVIRNDLIDCRIDICTS HVPLIFQENFDYQSLRTDFVKGVISSDILGKHIYAYLTDEYAVRVESWQTYDTISQDFLGRWCYPLVLDSNIQDDQTYSY ESRHIYKEKDVVLAQSCKIGKCTAIGSGTKIGEGTKIENSVIGRNCQIGENIRIKNSFIWDDCIIGNNSIIDHSLIASNA TLGSNVRLNDGCIIGFNVKIDDNMDLDRNTKISASPLKNAGSRMYDNESNEQFDQDLDDQTLAVSIVGDKGVGYIYESEV SDDEDSSTEACKEINTLSNQLDELYLSDDSISSATKKTKKRRTMSVNSIYTDREEIDSEFEDEDFEKEGIATVERAMENN HDLDTALLELNTLRMSMNVTYHEVRIATITALLRRVYHFIATQTLGPKDAVVKVFNQWGLLFKRQAFDEEEYIDLMNIIM EKIVEQSFDKPDLILFSALVSLYDNDIIEEDVIYKWWDNVSTDPRYDEVKKLTVKWVEWLQNADEESSSEEE ; G,H ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MSIQAFVFCGKGSNLAPFTQPDFPFQTQNKDSTAATSGDKLNELVNSALDSTVINEFMQHSTRLPKALLPIGNRPMIEYV LDWCDQADFKEISVVAPVDEIELIESGLTSFLSLRKQQFELIYKALSNSNHSHHLQDPKKINFIPSKANSTGESLQKELL PRINGDFVILPCDFVTDIPPQVLVDQFRNRDDNNLAMTIYYKNSLDSSIDKKQQQKQKQQQFFTVYSENEDSERQPILLD VYSQRDVTKTKYLQIRSHLLWNYPNLTVSTKLLNSFIYFCSFELCQLLKLGPQSMSRQASFKDPFTGNQQQQNPPTTDDD EDRNHDDDDDYKPSATSIQPTYFKKKNDLILDPINCNKSLSKVFRDLSRRSWQHSKPREPIGIFILPNETLFIRANNLNA YMDANRFVLKIKSQTMFTKNIQIQSAAIGADAIVDPKCQISAHSNVKMSVLGTQANIGSRCRVAGSLLFPGVHLGDEVIL ENCIIGPMAKIGSKCKLSNCYIEGHYVVEPKNNFKGETLANVYLDEDEEDELIYDDSVIAGESEIAEETDSDDRSDEDSD DSEYTDEYEYEDDGLFER ; ;MSIQAFVFCGKGSNLAPFTQPDFPFQTQNKDSTAATSGDKLNELVNSALDSTVINEFMQHSTRLPKALLPIGNRPMIEYV LDWCDQADFKEISVVAPVDEIELIESGLTSFLSLRKQQFELIYKALSNSNHSHHLQDPKKINFIPSKANSTGESLQKELL PRINGDFVILPCDFVTDIPPQVLVDQFRNRDDNNLAMTIYYKNSLDSSIDKKQQQKQKQQQFFTVYSENEDSERQPILLD VYSQRDVTKTKYLQIRSHLLWNYPNLTVSTKLLNSFIYFCSFELCQLLKLGPQSMSRQASFKDPFTGNQQQQNPPTTDDD EDRNHDDDDDYKPSATSIQPTYFKKKNDLILDPINCNKSLSKVFRDLSRRSWQHSKPREPIGIFILPNETLFIRANNLNA YMDANRFVLKIKSQTMFTKNIQIQSAAIGADAIVDPKCQISAHSNVKMSVLGTQANIGSRCRVAGSLLFPGVHLGDEVIL ENCIIGPMAKIGSKCKLSNCYIEGHYVVEPKNNFKGETLANVYLDEDEEDELIYDDSVIAGESEIAEETDSDDRSDEDSD DSEYTDEYEYEDDGLFER ; I,J ? 6 'polypeptide(L)' no yes ;MSTSHCRFYENKYPEIDDIVMVNVQQIAEMGAYVKLLEYDNIEGMILLSEL(SEP)RRRIRSIQKLIRVGKNDVAVVLRV DKEKGYIDLSKRRVSSEDIIKCEEKYQKSKTVHSILRYCAEKFQIPLEELYKTIAWPLSRKFGHAYEAFKLSIIDETVWE GIEPPSKDVLDELKNYISKRLTPQAVKIRADVEVSCFSYEGIDAIKDALKSAEDMSTEQMQVKVKLVAAPLYVLTTQALD KQKGIEQLESAIEKITEVITKYGGVCNITMPPKAVTATEDAELQALLESKELDNRSDSEDDEDESDDE ; ;MSTSHCRFYENKYPEIDDIVMVNVQQIAEMGAYVKLLEYDNIEGMILLSELSRRRIRSIQKLIRVGKNDVAVVLRVDKEK GYIDLSKRRVSSEDIIKCEEKYQKSKTVHSILRYCAEKFQIPLEELYKTIAWPLSRKFGHAYEAFKLSIIDETVWEGIEP PSKDVLDELKNYISKRLTPQAVKIRADVEVSCFSYEGIDAIKDALKSAEDMSTEQMQVKVKLVAAPLYVLTTQALDKQKG IEQLESAIEKITEVITKYGGVCNITMPPKAVTATEDAELQALLESKELDNRSDSEDDEDESDDE ; K,L ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MSSDLAAELGFDPALKKKKKTKKVIPDDFDAAVNGKENGSGDDLFAGLKKKKKKSKSVSADAEAEKEPTDDIAEALGELS LKKKKKKTKDSSVDAFEKELAKAGLDNVDAESKEGTPSANSSIQQEVGLPYSELLSRFFNILRTNNPELAGDRSGPKFRI PPPVCLRDGKKTIFSNIQDIAEKLHRSPEHLIQYLFAELGTSGSVDGQKRLVIKGKFQSKQMENVLRRYILEYVTCKTCK SINTELKREQSNRLFFMVCKSCGSTRSVSSIKTGFQATVGKRRRM ; ;MSSDLAAELGFDPALKKKKKTKKVIPDDFDAAVNGKENGSGDDLFAGLKKKKKKSKSVSADAEAEKEPTDDIAEALGELS LKKKKKKTKDSSVDAFEKELAKAGLDNVDAESKEGTPSANSSIQQEVGLPYSELLSRFFNILRTNNPELAGDRSGPKFRI PPPVCLRDGKKTIFSNIQDIAEKLHRSPEHLIQYLFAELGTSGSVDGQKRLVIKGKFQSKQMENVLRRYILEYVTCKTCK SINTELKREQSNRLFFMVCKSCGSTRSVSSIKTGFQATVGKRRRM ; M,N ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MSDLQDQEPSIIINGNLEPVGEPDIVEETEVVAQETQETQDADKPKKKVAFTGLEEDGETEEEKRKREFEEGGGLPEQPL NPDFSKLNPLSAEIINRQATINIGTIGHVAHGKSTVVRAISGVQTVRFKDELERNITIKLGYANAKIYKCQEPTCPEPDC YRSFKSDKEISPKCQRPGCPGRYKLVRHVSFVDCPGHDILMSTMLSGAAVMDAALLLIAGNESCPQPQTSEHLAAIEIMK LKHVIILQNKVDLMREESALEHQKSILKFIRGTIADGAPIVPISAQLKYNIDAVNEFIVKTIPVPPRDFMISPRLIVIRS FDVNKPGAEIEDLKGGVAGGSILNGVFKLGDEIEIRPGIVTKDDKGKIQCKPIFSNIVSLFAEQNDLKFAVPGGLIGVGT KVDPTLCRADRLVGQVVGAKGHLPNIYTDIEINYFLLRRLLGVKTDGQKQAKVRKLEPNEVLMVNIGSTATGARVVAVKA DMARLQLTSPACTEINEKIALSRRIEKHWRLIGWATIKKGTTLEPIA ; ;MSDLQDQEPSIIINGNLEPVGEPDIVEETEVVAQETQETQDADKPKKKVAFTGLEEDGETEEEKRKREFEEGGGLPEQPL NPDFSKLNPLSAEIINRQATINIGTIGHVAHGKSTVVRAISGVQTVRFKDELERNITIKLGYANAKIYKCQEPTCPEPDC YRSFKSDKEISPKCQRPGCPGRYKLVRHVSFVDCPGHDILMSTMLSGAAVMDAALLLIAGNESCPQPQTSEHLAAIEIMK LKHVIILQNKVDLMREESALEHQKSILKFIRGTIADGAPIVPISAQLKYNIDAVNEFIVKTIPVPPRDFMISPRLIVIRS FDVNKPGAEIEDLKGGVAGGSILNGVFKLGDEIEIRPGIVTKDDKGKIQCKPIFSNIVSLFAEQNDLKFAVPGGLIGVGT KVDPTLCRADRLVGQVVGAKGHLPNIYTDIEINYFLLRRLLGVKTDGQKQAKVRKLEPNEVLMVNIGSTATGARVVAVKA DMARLQLTSPACTEINEKIALSRRIEKHWRLIGWATIKKGTTLEPIA ; O,P ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 SER n 1 3 GLU n 1 4 PHE n 1 5 ASN n 1 6 ILE n 1 7 THR n 1 8 GLU n 1 9 THR n 1 10 TYR n 1 11 LEU n 1 12 ARG n 1 13 PHE n 1 14 LEU n 1 15 GLU n 1 16 GLU n 1 17 ASP n 1 18 THR n 1 19 GLU n 1 20 MET n 1 21 THR n 1 22 MET n 1 23 PRO n 1 24 ILE n 1 25 ALA n 1 26 ALA n 1 27 ILE n 1 28 GLU n 1 29 ALA n 1 30 LEU n 1 31 VAL n 1 32 THR n 1 33 LEU n 1 34 LEU n 1 35 ARG n 1 36 ILE n 1 37 LYS n 1 38 THR n 1 39 PRO n 1 40 GLU n 1 41 THR n 1 42 ALA n 1 43 ALA n 1 44 GLU n 1 45 MET n 1 46 ILE n 1 47 ASN n 1 48 THR n 1 49 ILE n 1 50 LYS n 1 51 SER n 1 52 SER n 1 53 THR n 1 54 GLU n 1 55 GLU n 1 56 LEU n 1 57 ILE n 1 58 LYS n 1 59 SER n 1 60 ILE n 1 61 PRO n 1 62 ASN n 1 63 SER n 1 64 VAL n 1 65 SER n 1 66 LEU n 1 67 ARG n 1 68 ALA n 1 69 GLY n 1 70 CYS n 1 71 ASP n 1 72 ILE n 1 73 PHE n 1 74 MET n 1 75 ARG n 1 76 PHE n 1 77 VAL n 1 78 LEU n 1 79 ARG n 1 80 ASN n 1 81 LEU n 1 82 HIS n 1 83 LEU n 1 84 TYR n 1 85 GLY n 1 86 ASP n 1 87 TRP n 1 88 GLU n 1 89 ASN n 1 90 CYS n 1 91 LYS n 1 92 GLN n 1 93 HIS n 1 94 LEU n 1 95 ILE n 1 96 GLU n 1 97 ASN n 1 98 GLY n 1 99 GLN n 1 100 LEU n 1 101 PHE n 1 102 VAL n 1 103 SER n 1 104 ARG n 1 105 ALA n 1 106 LYS n 1 107 LYS n 1 108 SER n 1 109 ARG n 1 110 ASN n 1 111 LYS n 1 112 ILE n 1 113 ALA n 1 114 GLU n 1 115 ILE n 1 116 GLY n 1 117 VAL n 1 118 ASP n 1 119 PHE n 1 120 ILE n 1 121 ALA n 1 122 ASP n 1 123 ASP n 1 124 ASP n 1 125 ILE n 1 126 ILE n 1 127 LEU n 1 128 VAL n 1 129 HIS n 1 130 GLY n 1 131 TYR n 1 132 SER n 1 133 ARG n 1 134 ALA n 1 135 VAL n 1 136 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'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP EI2BA_YEAST P14741 ? 1 ;MSEFNITETYLRFLEEDTEMTMPIAAIEALVTLLRIKTPETAAEMINTIKSSTEELIKSIPNSVSLRAGCDIFMRFVLRN LHLYGDWENCKQHLIENGQLFVSRAKKSRNKIAEIGVDFIADDDIILVHGYSRAVFSLLNHAANKFIRFRCVVTESRPSK QGNQLYTLLEQKGIPVTLIVDSAVGAVIDKVDKVFVGAEGVAESGGIINLVGTYSVGVLAHNARKPFYVVTESHKFVRMF PLSSDDLPMAGPPLDFTRRTDDLEDALRGPTIDYTAQEYITALITDLGVLTPSAVSEELIKMWYD ; 1 2 UNP EI2BD_YEAST P12754 ? 2 ;MSESEAKSRSATPPSKAKQATPTTTAAANGEKKLTNKELKELKKQEKAAKRAAMKQANGISIEQQQQQAQMKKEKKQLQR EQQQKREQKQKNANKKKQNERNVKKSTLFGHLETTEERRATILALTSAVSSPKTSRITAAGLMVPVVASALSGSNVLTAS SLMPVGPNASSTVSASAPASTTTTLPASSAALSAGTSSASTNTPTAIQQEIASSNASDVAKTLASISLEAGEFNVIPGIS SVIPTVLEQSFDNSSLISSVKELLLNKDLIHPSILLLTSHLAHYKIVGSIPRCIAMLEVFQIVIKDYQTPKGTTLSRNLT SYLSHQIDLLKKARPLSVTMGNAIRWLKQEISLIDPSTPDKAAKKDLCEKIGQFAKEKIELADQLIIDNASTQIEESTTI VTYGSSKVLTELLLHNAISLKKNIKVIVVDSRPLFEGRKMAETLRNAGVNVMYALITSLDTIFNMDVDYVFLGAHSILSN GFLYSRAGTAMLAMSAKRRNIPVLVCCESLKFSQRVQLDSVTFNELADPNDLVNIDYENPVERRGNKGALLNQFIKERKF EKKKLAMENKPKGNKIGGKKGSEGESKDASNEEDSNSKNILDGWQELPSLNIVNILYDLTPPEYIKKVITEFGALPPSSV PVILREYKGSA ; 1 3 UNP EI2BB_YEAST P32502 ? 3 ;MSSQAFTSVHPNAATSDVNVTIDTFVAKLKRRQVQGSYAIALETLQLLMRFISAARWNHVNDLIEQIRDLGNSLEKAHPT AFSCGNVIRRILAVLRDEVEEDTMSTTVTSTSVAEPLISSMFNLLQKPEQPHQNRKNSSGSSSMKTKTDYRQVAIQGIKD LIDEIKNIDEGIQQIAIDLIHDHEILLTPTPDSKTVLKFLITARERSNRTFTVLVTEGFPNNTKNAHEFAKKLAQHNIET LVVPDSAVFALMSRVGKVIIGTKAVFVNGGTISSNSGVSSVCECAREFRTPVFAVAGLYKLSPLYPFDVEKFVEFGGSQR ILPRMDPRKRLDTVNQITDYVPPENIDIYITNVGGFNPSFIYRIAWDNYKQIDVHLDKNKA ; 1 4 UNP EI2BE_YEAST P32501 ? 4 ;MAGKKGQKKSGLGNHGKNSDMDVEDRLQAVVLTDSYETRFMPLTAVKPRCLLPLANVPLIEYTLEFLAKAGVHEVFLICS SHANQINDYIENSKWNLPWSPFKITTIMSPEARCTGDVMRDLDNRGIITGDFILVSGDVLTNIDFSKMLEFHKKMHLQDK DHISTMCLSKASTYPKTRTIEPAAFVLDKSTSRCIYYQDLPLPSSREKTSIQIDPELLDNVDEFVIRNDLIDCRIDICTS HVPLIFQENFDYQSLRTDFVKGVISSDILGKHIYAYLTDEYAVRVESWQTYDTISQDFLGRWCYPLVLDSNIQDDQTYSY ESRHIYKEKDVVLAQSCKIGKCTAIGSGTKIGEGTKIENSVIGRNCQIGENIRIKNSFIWDDCIIGNNSIIDHSLIASNA TLGSNVRLNDGCIIGFNVKIDDNMDLDRNTKISASPLKNAGSRMYDNESNEQFDQDLDDQTLAVSIVGDKGVGYIYESEV SDDEDSSTEACKEINTLSNQLDELYLSDDSISSATKKTKKRRTMSVNSIYTDREEIDSEFEDEDFEKEGIATVERAMENN HDLDTALLELNTLRMSMNVTYHEVRIATITALLRRVYHFIATQTLGPKDAVVKVFNQWGLLFKRQAFDEEEYIDLMNIIM EKIVEQSFDKPDLILFSALVSLYDNDIIEEDVIYKWWDNVSTDPRYDEVKKLTVKWVEWLQNADEESSSEEE ; 1 5 UNP EI2BG_YEAST P09032 ? 5 ;MSIQAFVFCGKGSNLAPFTQPDFPFQTQNKDSTAATSGDKLNELVNSALDSTVINEFMQHSTRLPKALLPIGNRPMIEYV LDWCDQADFKEISVVAPVDEIELIESGLTSFLSLRKQQFELIYKALSNSNHSHHLQDPKKINFIPSKANSTGESLQKELL PRINGDFVILPCDFVTDIPPQVLVDQFRNRDDNNLAMTIYYKNSLDSSIDKKQQQKQKQQQFFTVYSENEDSERQPILLD VYSQRDVTKTKYLQIRSHLLWNYPNLTVSTKLLNSFIYFCSFELCQLLKLGPQSMSRQASFKDPFTGNQQQQNPPTTDDD EDRNHDDDDDYKPSATSIQPTYFKKKNDLILDPINCNKSLSKVFRDLSRRSWQHSKPREPIGIFILPNETLFIRANNLNA YMDANRFVLKIKSQTMFTKNIQIQSAAIGADAIVDPKCQISAHSNVKMSVLGTQANIGSRCRVAGSLLFPGVHLGDEVIL ENCIIGPMAKIGSKCKLSNCYIEGHYVVEPKNNFKGETLANVYLDEDEEDELIYDDSVIAGESEIAEETDSDDRSDEDSD DSEYTDEYEYEDDGLFER ; 1 6 UNP IF2A_YEAST P20459 ? 6 ;MSTSHCRFYENKYPEIDDIVMVNVQQIAEMGAYVKLLEYDNIEGMILLSELSRRRIRSIQKLIRVGKNDVAVVLRVDKEK GYIDLSKRRVSSEDIIKCEEKYQKSKTVHSILRYCAEKFQIPLEELYKTIAWPLSRKFGHAYEAFKLSIIDETVWEGIEP PSKDVLDELKNYISKRLTPQAVKIRADVEVSCFSYEGIDAIKDALKSAEDMSTEQMQVKVKLVAAPLYVLTTQALDKQKG IEQLESAIEKITEVITKYGGVCNITMPPKAVTATEDAELQALLESKELDNRSDSEDDEDESDDE ; 1 7 UNP IF2B_YEAST P09064 ? 7 ;MSSDLAAELGFDPALKKKKKTKKVIPDDFDAAVNGKENGSGDDLFAGLKKKKKKSKSVSADAEAEKEPTDDIAEALGELS LKKKKKKTKDSSVDAFEKELAKAGLDNVDAESKEGTPSANSSIQQEVGLPYSELLSRFFNILRTNNPELAGDRSGPKFRI PPPVCLRDGKKTIFSNIQDIAEKLHRSPEHLIQYLFAELGTSGSVDGQKRLVIKGKFQSKQMENVLRRYILEYVTCKTCK SINTELKREQSNRLFFMVCKSCGSTRSVSSIKTGFQATVGKRRRM ; 1 8 UNP IF2G_YEAST P32481 ? 8 ;MSDLQDQEPSIIINGNLEPVGEPDIVEETEVVAQETQETQDADKPKKKVAFTGLEEDGETEEEKRKREFEEGGGLPEQPL NPDFSKLNPLSAEIINRQATINIGTIGHVAHGKSTVVRAISGVQTVRFKDELERNITIKLGYANAKIYKCQEPTCPEPDC YRSFKSDKEISPKCQRPGCPGRYKLVRHVSFVDCPGHDILMSTMLSGAAVMDAALLLIAGNESCPQPQTSEHLAAIEIMK LKHVIILQNKVDLMREESALEHQKSILKFIRGTIADGAPIVPISAQLKYNIDAVNEFIVKTIPVPPRDFMISPRLIVIRS FDVNKPGAEIEDLKGGVAGGSILNGVFKLGDEIEIRPGIVTKDDKGKIQCKPIFSNIVSLFAEQNDLKFAVPGGLIGVGT KVDPTLCRADRLVGQVVGAKGHLPNIYTDIEINYFLLRRLLGVKTDGQKQAKVRKLEPNEVLMVNIGSTATGARVVAVKA DMARLQLTSPACTEINEKIALSRRIEKHWRLIGWATIKKGTTLEPIA ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6I3M A 1 ? 305 ? 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'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SEP 'L-peptide linking' n PHOSPHOSERINE PHOSPHONOSERINE 'C3 H8 N O6 P' 185.072 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6I3M _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6I3M _struct.title 'eIF2B:eIF2 complex, phosphorylated on eIF2 alpha serine 52.' _struct.pdbx_descriptor ;Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, Translation initiation factor eIF-2B subunit delta, Translation initiation factor eIF-2B subunit beta, Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma, Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha, Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta, Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6I3M _struct_keywords.text 'Translational control eIF2 phosphorylation Integrated stress response eIF2B TRANSLATION, TRANSLATION' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSLATION # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 2 ? D N N 3 ? E N N 4 ? F N N 5 ? G N N 5 ? H N N 1 ? I N N 4 ? J N N 3 ? K N N 6 ? L N N 7 ? M N N 8 ? N N N 6 ? O N N 7 ? P N N 8 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR A 9 ? LEU A 14 ? THR A 9 LEU A 14 1 ? 6 HELX_P HELX_P2 AA2 THR A 21 ? LYS A 37 ? THR A 21 LYS A 37 1 ? 17 HELX_P HELX_P3 AA3 THR A 41 ? ILE A 60 ? THR A 41 ILE A 60 1 ? 20 HELX_P HELX_P4 AA4 VAL A 64 ? HIS A 82 ? VAL A 64 HIS A 82 1 ? 19 HELX_P HELX_P5 AA5 ASN A 89 ? GLN A 99 ? ASN A 89 GLN A 99 1 ? 11 HELX_P HELX_P6 AA6 LYS A 107 ? VAL A 117 ? LYS A 107 VAL A 117 1 ? 11 HELX_P HELX_P7 AA7 SER A 132 ? LYS A 145 ? SER A 132 LYS A 145 1 ? 14 HELX_P HELX_P8 AA8 GLN A 161 ? THR A 167 ? GLN A 161 THR A 167 1 ? 7 HELX_P HELX_P9 AA9 VAL A 180 ? VAL A 184 ? VAL A 180 VAL A 184 5 ? 5 HELX_P HELX_P10 AB1 GLY A 212 ? ASN A 222 ? GLY A 212 ASN A 222 1 ? 11 HELX_P HELX_P11 AB2 THR A 291 ? MET A 302 ? THR A 291 MET A 302 1 ? 12 HELX_P HELX_P12 AB3 HIS B 271 ? HIS B 283 ? HIS C 271 HIS C 283 1 ? 13 HELX_P HELX_P13 AB4 SER B 289 ? ASP B 306 ? SER C 289 ASP C 306 1 ? 18 HELX_P HELX_P14 AB5 ASN B 318 ? ARG B 334 ? ASN C 318 ARG C 334 1 ? 17 HELX_P HELX_P15 AB6 SER B 337 ? LEU B 353 ? SER C 337 LEU C 353 1 ? 17 HELX_P HELX_P16 AB7 LYS B 361 ? LYS B 378 ? LYS C 361 LYS C 378 1 ? 18 HELX_P HELX_P17 AB8 ILE B 379 ? SER B 391 ? ILE C 379 SER C 391 1 ? 13 HELX_P HELX_P18 AB9 THR B 392 ? ILE B 394 ? THR C 392 ILE C 394 5 ? 3 HELX_P HELX_P19 AC1 VAL B 408 ? ILE B 418 ? VAL C 408 ILE C 418 1 ? 11 HELX_P HELX_P20 AC2 GLU B 436 ? GLY B 448 ? GLU C 436 GLY C 448 1 ? 13 HELX_P HELX_P21 AC3 SER B 458 ? ASN B 464 ? SER C 458 ASN C 464 1 ? 7 HELX_P HELX_P22 AC4 GLY B 488 ? ARG B 499 ? GLY C 488 ARG C 499 1 ? 12 HELX_P HELX_P23 AC5 PRO B 636 ? SER B 638 ? PRO C 636 SER C 638 5 ? 3 HELX_P HELX_P24 AC6 SER B 639 ? TYR B 647 ? SER C 639 TYR C 647 1 ? 9 HELX_P HELX_P25 AC7 HIS C 271 ? HIS C 283 ? HIS D 271 HIS D 283 1 ? 13 HELX_P HELX_P26 AC8 SER C 289 ? ASP C 306 ? SER D 289 ASP D 306 1 ? 18 HELX_P HELX_P27 AC9 ASN C 318 ? ARG C 334 ? ASN D 318 ARG D 334 1 ? 17 HELX_P HELX_P28 AD1 SER C 337 ? LEU C 353 ? SER D 337 LEU D 353 1 ? 17 HELX_P HELX_P29 AD2 LYS C 361 ? LYS C 378 ? LYS D 361 LYS D 378 1 ? 18 HELX_P HELX_P30 AD3 ILE C 379 ? SER C 391 ? ILE D 379 SER D 391 1 ? 13 HELX_P HELX_P31 AD4 THR C 392 ? ILE C 394 ? THR D 392 ILE D 394 5 ? 3 HELX_P HELX_P32 AD5 VAL C 408 ? ILE C 418 ? 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Subunits of the homology model, along with eIF2 alpha domains 1 and 2, were then rigid body fitted into our map using UCSF Chimera. The model then was refined using phenix and manually adjusted in Coot. ; ? 'FLEXIBLE FIT' REAL 'correlation coeficient' ? 6I3M 2 'eIF2 alpha domain 3, eIF2 gamma, and eIF2 beta (3JAP) were rigid body fitted into our map using Chimera.' ? 'RIGID BODY FIT' REAL 'Cross-correlation coefficient' ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 1 1 ? ? ? 5B04 1 2 ? j 3-174 3JAP 2 3 ? j 182-265 3JAP 2 4 ? k ? 3JAP 2 5 ? l 127-143 3JAP # _em_3d_reconstruction.entry_id 6I3M _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 64541 _em_3d_reconstruction.resolution 3.93 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details 'Solutions for sample preparation were made fresh, filter sterilized, and degassed.' _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.name 'Complex of translation initiation factors eIF2 and eIF2B' _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 6I3M _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height 3710 _em_image_scans.dimension_width 3838 _em_image_scans.frames_per_image 48 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size 5.0 _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image 2-48 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 6I3M _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure BASIC _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max 5500 _em_imaging.calibrated_defocus_min 1000 _em_imaging.calibrated_magnification 37313 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details 'Tilt at zero and 35 degrees.' _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max 4000 _em_imaging.nominal_defocus_min 1500 _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ;Ultra-thin carbon support film, 3nm - on lacey carbon grids from Agar Scientific were used for 35 degree tilted data collection. For zero tilt data collection, 200 mesh Au Quantifoil, R2/2 grids were used. ; _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 400 _em_sample_support.grid_type Homemade _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 294 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details 'Blot for 2 seconds before plunging' _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK III' _em_vitrification.entry_id 6I3M _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 6I3M _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 6I3M _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C2 # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 CB E ASP 245 ? ? 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53.26 77.57 22 1 LEU C 532 ? ? -93.84 30.83 23 1 GLU C 606 ? ? 72.56 -11.83 24 1 SER C 609 ? ? 61.02 60.72 25 1 GLU D 262 ? ? 60.36 66.86 26 1 ILE D 379 ? ? -121.39 -65.88 27 1 ARG D 499 ? ? -93.13 32.87 28 1 ASN D 500 ? ? 38.07 48.80 29 1 THR D 522 ? ? -123.69 -55.16 30 1 ASP D 528 ? ? 53.23 77.60 31 1 LEU D 532 ? ? -93.78 30.88 32 1 GLU D 606 ? ? 72.57 -11.75 33 1 SER D 609 ? ? 60.99 60.71 34 1 ARG E 31 ? ? -98.84 32.82 35 1 ASN E 58 ? ? 66.29 -3.99 36 1 THR E 111 ? ? 54.78 -136.72 37 1 GLN E 126 ? ? -141.31 16.33 38 1 PRO E 220 ? ? -103.08 43.21 39 1 GLU E 239 ? ? 42.80 27.77 40 1 SER E 274 ? ? -79.74 -159.69 41 1 LEU E 304 ? ? -79.74 -168.21 42 1 ARG G 26 ? ? 60.32 60.99 43 1 THR G 44 ? ? 67.38 -5.08 44 1 PRO G 98 ? ? -77.87 44.92 45 1 TRP G 99 ? ? -143.62 13.16 46 1 LEU G 134 ? ? -95.59 52.11 47 1 ILE G 163 ? ? -123.46 -59.76 48 1 LYS G 176 ? ? 67.81 -6.01 49 1 SER G 210 ? ? -175.25 146.41 50 1 ASN G 220 ? ? -103.88 41.27 51 1 ASP G 222 ? ? 66.14 -9.62 52 1 ARG G 301 ? ? -90.54 30.61 53 1 ASP G 315 ? ? 35.49 58.21 54 1 ASN G 417 ? ? 60.55 61.04 55 1 ASN I 73 ? ? 37.77 34.96 56 1 ASN I 128 ? ? -98.55 35.78 57 1 ASN I 130 ? ? 34.10 58.81 58 1 LYS I 147 ? ? 76.37 -6.17 59 1 PRO I 180 ? ? -79.69 20.02 60 1 ASP I 192 ? ? -90.13 31.66 61 1 ASN I 193 ? ? 37.32 40.45 62 1 LYS I 202 ? ? -79.92 -164.44 63 1 LYS I 211 ? ? -93.78 54.92 64 1 PHE I 222 ? ? -165.42 -167.18 65 1 ASP I 231 ? ? 73.64 -7.89 66 1 ARG I 245 ? ? 76.39 -11.22 67 1 TYR I 263 ? ? 54.05 75.43 68 1 TYR I 278 ? ? 59.60 70.01 69 1 SER I 281 ? ? -149.56 -157.53 70 1 ILE I 393 ? ? -102.00 -60.45 71 1 ASN J 73 ? ? 37.81 34.97 72 1 ASN J 128 ? ? -98.55 35.82 73 1 ASN J 130 ? ? 34.12 58.79 74 1 LYS J 147 ? ? 76.33 -6.12 75 1 PRO J 180 ? ? -79.73 20.10 76 1 ASP J 192 ? ? -90.06 31.63 77 1 ASN J 193 ? ? 37.32 40.48 78 1 LYS J 202 ? ? -79.86 -164.47 79 1 LYS J 211 ? ? -93.84 54.95 80 1 PHE J 222 ? ? -165.40 -167.21 81 1 ASP J 231 ? ? 73.71 -7.92 82 1 ARG J 245 ? ? 76.39 -11.22 83 1 TYR J 263 ? ? 54.10 75.41 84 1 SER J 281 ? ? -149.52 -157.47 85 1 ILE J 393 ? ? -101.97 -60.52 86 1 THR B 9 ? ? -130.02 -39.25 87 1 THR B 18 ? ? -93.46 49.15 88 1 GLU B 40 ? ? 48.61 29.85 89 1 ASN B 62 ? ? -94.62 30.58 90 1 VAL B 64 ? ? -48.97 -16.35 91 1 LEU B 83 ? ? 76.21 -7.74 92 1 TRP B 87 ? ? 66.04 -4.12 93 1 ASP B 118 ? ? -82.86 46.50 94 1 LYS B 160 ? ? 72.07 -6.75 95 1 LEU B 168 ? ? -120.19 -52.83 96 1 ALA B 202 ? ? -79.03 -169.93 97 1 ASN B 209 ? ? -90.90 -60.48 98 1 PHE B 256 ? ? -140.37 32.11 99 1 ASP B 261 ? ? -123.69 -59.68 100 1 ASP B 262 ? ? -146.89 31.50 101 1 ARG H 26 ? ? 60.32 60.99 102 1 THR H 44 ? ? 67.39 -5.11 103 1 PRO H 98 ? ? -77.83 44.92 104 1 TRP H 99 ? ? -143.62 13.08 105 1 LEU H 134 ? ? -95.62 52.14 106 1 ILE H 163 ? ? -123.42 -59.73 107 1 LYS H 176 ? ? 67.82 -6.01 108 1 SER H 210 ? ? -175.25 146.35 109 1 ASN H 220 ? ? -103.87 41.27 110 1 ASP H 222 ? ? 66.10 -9.63 111 1 ARG H 301 ? ? -90.52 30.59 112 1 ASP H 315 ? ? 35.48 58.20 113 1 ASN H 417 ? ? 60.50 61.13 114 1 ARG F 31 ? ? -98.90 32.87 115 1 ASN F 58 ? ? 66.25 -3.95 116 1 THR F 111 ? ? 54.72 -136.68 117 1 GLN F 126 ? ? -141.30 16.39 118 1 PRO F 220 ? ? -103.07 43.16 119 1 GLU F 239 ? ? 42.86 27.72 120 1 SER F 274 ? ? -79.73 -159.71 121 1 LEU F 304 ? ? -79.67 -168.21 122 1 SER K 4 ? ? -94.85 -60.38 123 1 GLU K 10 ? ? 54.35 18.46 124 1 GLU K 15 ? ? -48.58 152.93 125 1 GLN K 25 ? ? -94.77 -61.99 126 1 SEP K 52 ? ? 52.68 -152.32 127 1 ARG K 89 ? ? -94.02 55.26 128 1 GLN K 120 ? ? 60.16 63.94 129 1 ASP K 187 ? ? -108.97 63.67 130 1 LYS K 206 ? ? -66.55 7.25 131 1 SER K 207 ? ? -137.78 -32.61 132 1 LYS K 237 ? ? 66.33 -25.67 133 1 ILE M 141 ? ? -102.51 60.22 134 1 VAL O 126 ? ? 79.12 -58.90 135 1 ARG O 127 ? ? 58.72 103.31 136 1 PHE O 128 ? ? -129.56 -150.97 137 1 LYS O 129 ? ? 38.23 21.99 138 1 ASP O 130 ? ? 62.43 -35.87 139 1 ASN O 135 ? ? -106.35 -108.14 140 1 PRO O 172 ? ? -74.68 38.01 141 1 PRO O 180 ? ? -67.85 2.44 142 1 ALA O 209 ? ? -90.97 50.64 143 1 VAL O 210 ? ? -148.32 -36.69 144 1 PRO O 225 ? ? -95.40 59.51 145 1 MET O 239 ? ? -98.59 33.03 146 1 ASN O 249 ? ? -100.67 -63.08 147 1 ASP O 252 ? ? -76.71 39.46 148 1 LEU O 253 ? ? -152.71 -25.74 149 1 ARG O 271 ? ? -134.70 -40.73 150 1 LYS O 288 ? ? 57.11 71.83 151 1 ASP O 308 ? ? -94.20 -158.60 152 1 ASN O 344 ? ? -170.49 127.27 153 1 GLU O 383 ? ? 56.59 -122.06 154 1 CYS O 407 ? ? -104.89 46.31 155 1 ALA O 409 ? ? -142.16 -72.75 156 1 SER O 468 ? ? -143.56 -23.09 157 1 LYS O 479 ? ? -109.76 -125.11 158 1 ILE O 495 ? ? -101.12 -130.22 159 1 GLU O 497 ? ? 67.73 126.04 160 1 GLU O 506 ? ? -102.91 77.97 161 1 LYS O 507 ? ? 54.78 -80.69 162 1 SER L 4 ? ? -94.89 -60.34 163 1 GLU L 10 ? ? 54.42 18.40 164 1 GLU L 15 ? ? -48.64 152.95 165 1 GLN L 25 ? ? -94.73 -61.98 166 1 SEP L 52 ? ? 52.70 -152.32 167 1 ARG L 89 ? ? -94.01 55.21 168 1 GLN L 120 ? ? 60.12 63.95 169 1 ASP L 187 ? ? -109.10 63.66 170 1 LYS L 206 ? ? -66.46 7.14 171 1 SER L 207 ? ? -137.72 -32.63 172 1 LYS L 237 ? ? 66.40 -25.51 173 1 ILE N 141 ? ? -102.47 60.23 174 1 VAL P 126 ? ? 79.18 -59.03 175 1 ARG P 127 ? ? 58.88 103.28 176 1 PHE P 128 ? ? -129.61 -150.96 177 1 LYS P 129 ? ? 38.16 22.03 178 1 ASP P 130 ? ? 62.57 -36.08 179 1 ASN P 135 ? ? -106.38 -108.04 180 1 PRO P 172 ? ? -74.67 37.90 181 1 PRO P 180 ? ? -67.92 2.54 182 1 ALA P 209 ? ? -91.11 50.71 183 1 VAL P 210 ? ? -148.41 -36.63 184 1 PRO P 225 ? ? -95.40 59.53 185 1 MET P 239 ? ? -98.58 33.06 186 1 ASN P 249 ? ? -100.76 -63.12 187 1 ASP P 252 ? ? -76.64 39.46 188 1 LEU P 253 ? ? -152.67 -25.84 189 1 ARG P 271 ? ? -134.67 -40.79 190 1 LYS P 288 ? ? 57.18 71.76 191 1 ASP P 308 ? ? -94.19 -158.64 192 1 ASN P 344 ? ? -170.45 127.45 193 1 GLU P 383 ? ? 56.54 -122.11 194 1 CYS P 407 ? ? -104.88 46.31 195 1 ALA P 409 ? ? -142.16 -72.74 196 1 SER P 468 ? ? -143.50 -23.05 197 1 LYS P 479 ? ? -109.71 -125.09 198 1 ILE P 495 ? ? -101.11 -130.19 199 1 GLU P 497 ? ? 67.59 126.17 200 1 GLU P 506 ? ? -102.87 77.99 201 1 LYS P 507 ? ? 54.83 -80.72 # loop_ _pdbx_validate_peptide_omega.id _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_model_num _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.omega 1 1 ARG G 178 ? ? THR G 179 ? ? -134.65 2 1 ARG H 178 ? ? THR H 179 ? ? -134.64 3 1 TYR K 39 ? ? ASP K 40 ? ? -145.38 4 1 HIS K 140 ? ? ALA K 141 ? ? -144.25 5 1 TYR L 39 ? ? ASP L 40 ? ? -145.36 6 1 HIS L 140 ? ? ALA L 141 ? ? -144.29 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_alt_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id 1 1 Y 1 O TYR 183 ? CG ? M TYR 183 CG 2 1 Y 1 O TYR 183 ? CD1 ? M TYR 183 CD1 3 1 Y 1 O TYR 183 ? CD2 ? M TYR 183 CD2 4 1 Y 1 O TYR 183 ? CE1 ? 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B GLU 38 39 1 Y 1 C LEU 39 ? B LEU 39 40 1 Y 1 C LYS 40 ? B LYS 40 41 1 Y 1 C GLU 41 ? B GLU 41 42 1 Y 1 C LEU 42 ? B LEU 42 43 1 Y 1 C LYS 43 ? B LYS 43 44 1 Y 1 C LYS 44 ? B LYS 44 45 1 Y 1 C GLN 45 ? B GLN 45 46 1 Y 1 C GLU 46 ? B GLU 46 47 1 Y 1 C LYS 47 ? B LYS 47 48 1 Y 1 C ALA 48 ? B ALA 48 49 1 Y 1 C ALA 49 ? B ALA 49 50 1 Y 1 C LYS 50 ? B LYS 50 51 1 Y 1 C ARG 51 ? B ARG 51 52 1 Y 1 C ALA 52 ? B ALA 52 53 1 Y 1 C ALA 53 ? B ALA 53 54 1 Y 1 C MET 54 ? B MET 54 55 1 Y 1 C LYS 55 ? B LYS 55 56 1 Y 1 C GLN 56 ? B GLN 56 57 1 Y 1 C ALA 57 ? B ALA 57 58 1 Y 1 C ASN 58 ? B ASN 58 59 1 Y 1 C GLY 59 ? B GLY 59 60 1 Y 1 C ILE 60 ? B ILE 60 61 1 Y 1 C SER 61 ? B SER 61 62 1 Y 1 C ILE 62 ? B ILE 62 63 1 Y 1 C GLU 63 ? B GLU 63 64 1 Y 1 C GLN 64 ? B GLN 64 65 1 Y 1 C GLN 65 ? B GLN 65 66 1 Y 1 C GLN 66 ? B GLN 66 67 1 Y 1 C GLN 67 ? B GLN 67 68 1 Y 1 C GLN 68 ? B GLN 68 69 1 Y 1 C ALA 69 ? B ALA 69 70 1 Y 1 C GLN 70 ? B GLN 70 71 1 Y 1 C MET 71 ? B MET 71 72 1 Y 1 C LYS 72 ? 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B LYS 105 106 1 Y 1 C SER 106 ? B SER 106 107 1 Y 1 C THR 107 ? B THR 107 108 1 Y 1 C LEU 108 ? B LEU 108 109 1 Y 1 C PHE 109 ? B PHE 109 110 1 Y 1 C GLY 110 ? B GLY 110 111 1 Y 1 C HIS 111 ? B HIS 111 112 1 Y 1 C LEU 112 ? B LEU 112 113 1 Y 1 C GLU 113 ? B GLU 113 114 1 Y 1 C THR 114 ? B THR 114 115 1 Y 1 C THR 115 ? B THR 115 116 1 Y 1 C GLU 116 ? B GLU 116 117 1 Y 1 C GLU 117 ? B GLU 117 118 1 Y 1 C ARG 118 ? B ARG 118 119 1 Y 1 C ARG 119 ? B ARG 119 120 1 Y 1 C ALA 120 ? B ALA 120 121 1 Y 1 C THR 121 ? B THR 121 122 1 Y 1 C ILE 122 ? B ILE 122 123 1 Y 1 C LEU 123 ? B LEU 123 124 1 Y 1 C ALA 124 ? B ALA 124 125 1 Y 1 C LEU 125 ? B LEU 125 126 1 Y 1 C THR 126 ? B THR 126 127 1 Y 1 C SER 127 ? B SER 127 128 1 Y 1 C ALA 128 ? B ALA 128 129 1 Y 1 C VAL 129 ? B VAL 129 130 1 Y 1 C SER 130 ? B SER 130 131 1 Y 1 C SER 131 ? B SER 131 132 1 Y 1 C PRO 132 ? B PRO 132 133 1 Y 1 C LYS 133 ? B LYS 133 134 1 Y 1 C THR 134 ? B THR 134 135 1 Y 1 C SER 135 ? B SER 135 136 1 Y 1 C ARG 136 ? B ARG 136 137 1 Y 1 C ILE 137 ? B ILE 137 138 1 Y 1 C THR 138 ? B THR 138 139 1 Y 1 C ALA 139 ? B ALA 139 140 1 Y 1 C ALA 140 ? B ALA 140 141 1 Y 1 C GLY 141 ? B GLY 141 142 1 Y 1 C LEU 142 ? B LEU 142 143 1 Y 1 C MET 143 ? B MET 143 144 1 Y 1 C VAL 144 ? B VAL 144 145 1 Y 1 C PRO 145 ? B PRO 145 146 1 Y 1 C VAL 146 ? B VAL 146 147 1 Y 1 C VAL 147 ? B VAL 147 148 1 Y 1 C ALA 148 ? B ALA 148 149 1 Y 1 C SER 149 ? B SER 149 150 1 Y 1 C ALA 150 ? B ALA 150 151 1 Y 1 C LEU 151 ? B LEU 151 152 1 Y 1 C SER 152 ? B SER 152 153 1 Y 1 C GLY 153 ? B GLY 153 154 1 Y 1 C SER 154 ? B SER 154 155 1 Y 1 C ASN 155 ? B ASN 155 156 1 Y 1 C VAL 156 ? B VAL 156 157 1 Y 1 C LEU 157 ? B LEU 157 158 1 Y 1 C THR 158 ? B THR 158 159 1 Y 1 C ALA 159 ? B ALA 159 160 1 Y 1 C SER 160 ? B SER 160 161 1 Y 1 C SER 161 ? B SER 161 162 1 Y 1 C LEU 162 ? B LEU 162 163 1 Y 1 C MET 163 ? B MET 163 164 1 Y 1 C PRO 164 ? B PRO 164 165 1 Y 1 C VAL 165 ? B VAL 165 166 1 Y 1 C GLY 166 ? B GLY 166 167 1 Y 1 C PRO 167 ? 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P PHE 84 2758 1 Y 1 P SER 85 ? P SER 85 2759 1 Y 1 P LYS 86 ? P LYS 86 2760 1 Y 1 P LEU 87 ? P LEU 87 2761 1 Y 1 P ASN 88 ? P ASN 88 2762 1 Y 1 P PRO 89 ? P PRO 89 2763 1 Y 1 P LEU 90 ? P LEU 90 2764 1 Y 1 P SER 91 ? P SER 91 2765 1 Y 1 P ALA 92 ? P ALA 92 2766 1 Y 1 P GLU 93 ? P GLU 93 2767 1 Y 1 P ILE 94 ? P ILE 94 2768 1 Y 1 P ILE 95 ? P ILE 95 2769 1 Y 1 P ASN 96 ? P ASN 96 2770 1 Y 1 P ARG 97 ? P ARG 97 2771 1 Y 1 P PRO 153 ? P PRO 153 2772 1 Y 1 P THR 154 ? P THR 154 2773 1 Y 1 P CYS 155 ? P CYS 155 2774 1 Y 1 P PRO 156 ? P PRO 156 2775 1 Y 1 P GLU 157 ? P GLU 157 2776 1 Y 1 P PRO 158 ? P PRO 158 2777 1 Y 1 P ASP 159 ? P ASP 159 2778 1 Y 1 P CYS 160 ? P CYS 160 2779 1 Y 1 P TYR 161 ? P TYR 161 2780 1 Y 1 P ARG 162 ? P ARG 162 2781 1 Y 1 P SER 163 ? P SER 163 2782 1 Y 1 P PHE 164 ? P PHE 164 2783 1 Y 1 P LYS 165 ? P LYS 165 2784 1 Y 1 P SER 166 ? P SER 166 2785 1 Y 1 P ASP 167 ? P ASP 167 2786 1 Y 1 P LYS 168 ? P LYS 168 2787 1 Y 1 P LYS 362 ? P LYS 362 2788 1 Y 1 P ASP 363 ? P ASP 363 2789 1 Y 1 P ASP 364 ? P ASP 364 2790 1 Y 1 P LYS 365 ? P LYS 365 2791 1 Y 1 P GLY 366 ? P GLY 366 2792 1 Y 1 P LYS 367 ? P LYS 367 2793 1 Y 1 P THR 445 ? P THR 445 2794 1 Y 1 P ASP 446 ? P ASP 446 2795 1 Y 1 P GLY 447 ? P GLY 447 2796 1 Y 1 P GLN 448 ? P GLN 448 2797 1 Y 1 P GLY 520 ? P GLY 520 2798 1 Y 1 P THR 521 ? P THR 521 2799 1 Y 1 P THR 522 ? P THR 522 2800 1 Y 1 P LEU 523 ? P LEU 523 2801 1 Y 1 P GLU 524 ? P GLU 524 2802 1 Y 1 P PRO 525 ? P PRO 525 2803 1 Y 1 P ILE 526 ? P ILE 526 2804 1 Y 1 P ALA 527 ? P ALA 527 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 100 mM KCl 'potassium chloride' 1 2 20 mM ? Tris 1 3 1 mM ? TCEP # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ;CTF determination was performed per micrograph initially. After particle picking and initial reconstruction, per particle CTF determination was performed. ; # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag YES _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.838 # _em_entity_assembly_naturalsource.id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 559292 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 1 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 4932 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Saccharomyces cerevisiae' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 40 _em_image_recording.average_exposure_time 12 _em_image_recording.details '2 separate data collections for zero degree (2255 images) and tilted (2278 images) specimen. Both on Titan Krios' _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 2 _em_image_recording.num_real_images 4533 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Quantum LS' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ;Initially, approximately 3000 particles were picked manually and used for 2D classification. Then 4 best looking 2D class average images were used as references for automated particle picking in RELION. For the zero tilt data collection, 406000 particles were picked. For the 35 degree tilt data collection, 249000 particles were picked ; _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 655000 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? RELION 2.01 1 ? ? 2 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 3 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 1 4 MASKING ? ? ? ? ? ? 5 'CTF CORRECTION' ? Gctf ? 1 ? ? 6 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL FITTING' ? MODELLER ? ? 1 ? 9 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' ? ? 1 ? 10 'MODEL FITTING' ? Coot ? ? 1 ? 11 OTHER ? ? ? ? ? ? 12 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 13 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 14 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2.1 1 ? ? 15 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2.1 1 ? ? 16 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 17 CLASSIFICATION ? RELION 2.1 1 ? ? 18 RECONSTRUCTION ? RELION 2.1 1 ? ? 19 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? 20 'MODEL REFINEMENT' 'Core region and C-term of eIF2 alpha were modelled directly into the map, using Coot and refined in Phenix' PHENIX ? ? 1 ? 21 'MODEL FITTING' 'cross-correlation at 15 A' 'UCSF Chimera' ? ? 2 ? 22 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? 2 ? 23 'VOLUME SELECTION' ? ? ? 1 1 1 24 'SERIES ALIGNMENT' ? ? ? 1 1 1 25 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? ? ? 1 1 1 26 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? ? ? 1 1 1 27 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 28 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.25 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Biotechnology and Biological Sciences Research Council' 'United Kingdom' BB/L020157/1 1 'Biotechnology and Biological Sciences Research Council' 'United Kingdom' BB/N014049/1 2 'Biotechnology and Biological Sciences Research Council' 'United Kingdom' BB/M006565/1 3 'Biotechnology and Biological Sciences Research Council' 'United Kingdom' BB/M011208/1 4 # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ;eIF2 and eIF2B purified separately as complexes from yeast saccharomyces cerevisiae. eIF2 complexes phosphorylated by separately purified PKR kinase in vitro. Assembly generated by mixing complexes and isolating on gel filtration column. ; #