data_6J30 # _entry.id 6J30 # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.315 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code PDB 6J30 WWPDB D_1300010381 EMDB EMD-9773 # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Ub-engaged C2 proteasome' _pdbx_database_related.db_id EMD-9773 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6J30 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2019-01-03 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # _audit_author.name 'Cong, Y.' _audit_author.pdbx_ordinal 1 _audit_author.identifier_ORCID 0000-0001-5624-1362 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Mol. Cell' _citation.journal_id_ASTM MOCEFL _citation.journal_id_CSD 2168 _citation.journal_id_ISSN 1097-4164 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 73 _citation.language ? _citation.page_first 1150 _citation.page_last ? _citation.title 'Structural Snapshots of 26S Proteasome Reveal Tetraubiquitin-Induced Conformations.' _citation.year 2019 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.molcel.2019.01.018 _citation.pdbx_database_id_PubMed 30792173 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Ding, Z.' 1 ? primary 'Xu, C.' 2 ? primary 'Sahu, I.' 3 ? primary 'Wang, Y.' 4 ? primary 'Fu, Z.' 5 ? primary 'Huang, M.' 6 ? primary 'Wong, C.C.L.' 7 ? primary 'Glickman, M.H.' 8 ? primary 'Cong, Y.' 9 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6J30 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB 1 _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6J30 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Proteasome subunit beta type-1' 23573.604 2 3.4.25.1 ? ? ? 2 polymer nat 'Proteasome subunit beta type-2' 28299.889 2 3.4.25.1 ? ? ? 3 polymer nat 'Proteasome subunit beta type-3' 22627.842 2 3.4.25.1 ? ? ? 4 polymer nat 'Proteasome subunit beta type-4' 22545.676 2 3.4.25.1 ? ? ? 5 polymer nat 'Proteasome subunit beta type-5' 31670.539 2 3.4.25.1 ? ? ? 6 polymer nat 'Proteasome subunit beta type-6' 26905.076 2 3.4.25.1 ? ? ? 7 polymer nat 'Proteasome subunit beta type-7' 29471.289 2 3.4.25.1 ? ? ? 8 polymer nat 'Proteasome subunit alpha type-1' 28033.830 2 3.4.25.1 ? ? ? 9 polymer nat 'Proteasome subunit alpha type-2' 27191.828 2 3.4.25.1 ? ? ? 10 polymer nat 'Proteasome subunit alpha type-3' 28748.230 2 3.4.25.1 ? ? ? 11 polymer nat 'Proteasome subunit alpha type-4' 28478.111 2 3.4.25.1 ? ? ? 12 polymer nat 'Proteasome subunit alpha type-5' 28649.086 2 3.4.25.1 ? ? ? 13 polymer nat 'Proteasome subunit alpha type-6' 25634.000 2 3.4.25.1 ? ? ? 14 polymer nat 'Probable proteasome subunit alpha type-7' 31575.068 2 3.4.25.1 ? ? ? 15 polymer nat '26S proteasome regulatory subunit 7 homolog' 52054.891 1 ? ? ? ? 16 polymer nat '26S proteasome regulatory subunit 4 homolog' 48898.160 1 ? ? ? ? 17 polymer nat '26S proteasome regulatory subunit 8 homolog' 45342.742 1 ? ? ? ? 18 polymer nat '26S proteasome regulatory subunit 6B homolog' 47953.676 1 ? ? ? ? 19 polymer nat '26S proteasome subunit RPT4' 49480.137 1 ? ? ? ? 20 polymer nat '26S proteasome regulatory subunit 6A' 48315.727 1 ? ? ? ? 21 polymer nat '26S proteasome regulatory subunit RPN2' 104351.883 1 ? ? ? ? 22 polymer nat '26S proteasome regulatory subunit RPN9' 45839.348 1 ? ? ? ? 23 polymer nat '26S proteasome regulatory subunit RPN5' 51840.352 1 ? ? ? ? 24 polymer nat '26S proteasome regulatory subunit RPN6' 49839.812 1 ? ? ? ? 25 polymer nat '26S proteasome regulatory subunit RPN7' 49016.367 1 ? ? ? ? 26 polymer nat '26S proteasome regulatory subunit RPN3' 60464.605 1 ? ? ? ? 27 polymer nat '26S proteasome regulatory subunit RPN12' 31952.119 1 ? ? ? ? 28 polymer nat '26S proteasome regulatory subunit RPN8' 38365.508 1 ? ? ? ? 29 polymer nat 'Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11' 34442.281 1 3.4.19.12 ? ? ? 30 polymer nat '26S proteasome regulatory subunit RPN10' 29776.098 1 ? ? ? ? 31 polymer nat '26S proteasome regulatory subunit RPN13' 17919.002 1 ? ? ? ? 32 polymer nat '26S proteasome complex subunit SEM1' 10397.102 1 ? ? SEM1 ? 33 polymer nat '26S proteasome regulatory subunit RPN1' 109601.906 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Macropain subunit PRE3,Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE3,Proteasome component PRE3,Proteinase YSCE subunit PRE3' 2 'Macropain subunit PUP1,Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP1,Proteasome component PUP1,Proteinase YSCE subunit PUP1' 3 'Macropain subunit PUP3,Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP3,Proteasome component PUP3' 4 'Macropain subunit C11,Multicatalytic endopeptidase complex subunit C11,Proteasome component C11,Proteinase YSCE subunit 11' 5 'Macropain subunit PRE2,Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE2,Proteasome component PRE2,Proteinase YSCE subunit PRE2' 6 'Multicatalytic endopeptidase complex subunit C5,Proteasome component C5' 7 'Macropain subunit PRE4,Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE4,Proteasome component PRE4,Proteinase YSCE subunit PRE4' 8 ;Macropain subunit C7-alpha,Multicatalytic endopeptidase complex C7,Proteasome component C7-alpha,Proteasome component Y8,Proteinase YSCE subunit 7,SCL1 suppressor protein ; 9 'Macropain subunit Y7,Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y7,Proteasome component Y7,Proteinase YSCE subunit 7' 10 'Macropain subunit Y13,Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y13,Proteasome component Y13,Proteinase YSCE subunit 13' 11 'Macropain subunit PRE6,Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE6,Proteasome component PRE6,Proteinase YSCE subunit PRE6' 12 'Macropain subunit PUP2,Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP2,Proteasome component PUP2,Proteinase YSCE subunit PUP2' 13 'Macropain subunit PRE5,Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE5,Proteasome component PRE5,Proteinase YSCE subunit PRE5' 14 'Macropain subunit C1,Multicatalytic endopeptidase complex subunit C1,Proteasome component C1,Proteinase YSCE subunit 1' 15 'Protein CIM5,Tat-binding homolog 3' 16 'Tat-binding homolog 5' 17 'Protein CIM3,Protein SUG1,Tat-binding protein TBY1' 18 'Protein YNT1,Tat-binding homolog 2' 19 '26S protease subunit SUG2,Proteasomal cap subunit' 20 'Tat-binding protein homolog 1,TBP-1' 22 'Proteasome non-ATPase subunit 7' 23 'Proteasome non-ATPase subunit 5' 24 'Proteasome non-ATPase subunit 4' 27 'Nuclear integrity protein 1' 29 '26S proteasome regulatory subunit RPN11,Protein MPR1' 31 'Proteasome non-ATPase subunit 13' 33 'HMG-CoA reductase degradation protein 2,Proteasome non-ATPase subunit 1' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MNGIQVDINRLKKGEVSLGTSIMAVTFKDGVILGADSRTTTGAYIANRVTDKLTRVHDKIWCCRSGSAADTQAIADIVQY HLELYTSQYGTPSTETAASVFKELCYENKDNLTAGIIVAGYDDKNKGEVYTIPLGGSVHKLPYAIAGSGSTFIYGYCDKN FRENMSKEETVDFIKHSLSQAIKWDGSSGGVIRMVVLTAAGVERLIFYPDEYEQL ; ;MNGIQVDINRLKKGEVSLGTSIMAVTFKDGVILGADSRTTTGAYIANRVTDKLTRVHDKIWCCRSGSAADTQAIADIVQY HLELYTSQYGTPSTETAASVFKELCYENKDNLTAGIIVAGYDDKNKGEVYTIPLGGSVHKLPYAIAGSGSTFIYGYCDKN FRENMSKEETVDFIKHSLSQAIKWDGSSGGVIRMVVLTAAGVERLIFYPDEYEQL ; 1,b ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MAGLSFDNYQRNNFLAENSHTQPKATSTGTTIVGVKFNNGVVIAADTRSTQGPIVADKNCAKLHRISPKIWCAGAGTAAD TEAVTQLIGSNIELHSLYTSREPRVVSALQMLKQHLFKYQGHIGAYLIVAGVDPTGSHLFSIHAHGSTDVGYYLSLGSGS LAAMAVLESHWKQDLTKEEAIKLASDAIQAGIWNDLGSGSNVDVCVMEIGKDAEYLRNYLTPNVREEKQKSYKFPRGTTA VLKESIVNICDIQEEQVDITA ; ;MAGLSFDNYQRNNFLAENSHTQPKATSTGTTIVGVKFNNGVVIAADTRSTQGPIVADKNCAKLHRISPKIWCAGAGTAAD TEAVTQLIGSNIELHSLYTSREPRVVSALQMLKQHLFKYQGHIGAYLIVAGVDPTGSHLFSIHAHGSTDVGYYLSLGSGS LAAMAVLESHWKQDLTKEEAIKLASDAIQAGIWNDLGSGSNVDVCVMEIGKDAEYLRNYLTPNVREEKQKSYKFPRGTTA VLKESIVNICDIQEEQVDITA ; 2,i ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSDPSSINGGIVVAMTGKDCVAIACDLRLGSQSLGVSNKFEKIFHYGHVFLGITGLATDVTTLNEMFRYKTNLYKLKEER AIEPETFTQLVSSSLYERRFGPYFVGPVVAGINSKSGKPFIAGFDLIGCIDEAKDFIVSGTASDQLFGMCESLYEPNLEP EDLFETISQALLNAADRDALSGWGAVVYIIKKDEVVKRYLKMRQD ; ;MSDPSSINGGIVVAMTGKDCVAIACDLRLGSQSLGVSNKFEKIFHYGHVFLGITGLATDVTTLNEMFRYKTNLYKLKEER AIEPETFTQLVSSSLYERRFGPYFVGPVVAGINSKSGKPFIAGFDLIGCIDEAKDFIVSGTASDQLFGMCESLYEPNLEP EDLFETISQALLNAADRDALSGWGAVVYIIKKDEVVKRYLKMRQD ; 3,h ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MDIILGIRVQDSVILASSKAVTRGISVLKDSDDKTRQLSPHTLMSFAGEAGDTVQFAEYIQANIQLYSIREDYELSPQAV SSFVRQELAKSIRSRRPYQVNVLIGGYDKKKNKPELYQIDYLGTKVELPYGAHGYSGFYTFSLLDHHYRPDMTTEEGLDL LKLCVQELEKRMPMDFKGVIVKIVDKDGIRQVDDFQAQ ; ;MDIILGIRVQDSVILASSKAVTRGISVLKDSDDKTRQLSPHTLMSFAGEAGDTVQFAEYIQANIQLYSIREDYELSPQAV SSFVRQELAKSIRSRRPYQVNVLIGGYDKKKNKPELYQIDYLGTKVELPYGAHGYSGFYTFSLLDHHYRPDMTTEEGLDL LKLCVQELEKRMPMDFKGVIVKIVDKDGIRQVDDFQAQ ; 4,g ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MQAIADSFSVPNRLVKELQYDNEQNLESDFVTGASQFQRLAPSLTVPPIASPQQFLRAHTDDSRNPDCKIKIAHGTTTLA FRFQGGIIVAVDSRATAGNWVASQTVKKVIEINPFLLGTMAGGAADCQFWETWLGSQCRLHELREKERISVAAASKILSN LVYQYKGAGLSMGTMICGYTRKEGPTIYYVDSDGTRLKGDIFCVGSGQTFAYGVLDSNYKWDLSVEDALYLGKRSILAAA HRDAYSGGSVNLYHVTEDGWIYHGNHDVGELFWKVKEEEGSFNNVIG ; ;MQAIADSFSVPNRLVKELQYDNEQNLESDFVTGASQFQRLAPSLTVPPIASPQQFLRAHTDDSRNPDCKIKIAHGTTTLA FRFQGGIIVAVDSRATAGNWVASQTVKKVIEINPFLLGTMAGGAADCQFWETWLGSQCRLHELREKERISVAAASKILSN LVYQYKGAGLSMGTMICGYTRKEGPTIYYVDSDGTRLKGDIFCVGSGQTFAYGVLDSNYKWDLSVEDALYLGKRSILAAA HRDAYSGGSVNLYHVTEDGWIYHGNHDVGELFWKVKEEEGSFNNVIG ; 5,f ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MATIASEYSSEASNTPIEHQFNPYGDNGGTILGIAGEDFAVLAGDTRNITDYSINSRYEPKVFDCGDNIVMSANGFAADG DALVKRFKNSVKWYHFDHNDKKLSINSAARNIQHLLYGKRFFPYYVHTIIAGLDEDGKGAVYSFDPVGSYEREQCRAGGA AASLIMPFLDNQVNFKNQYEPGTNGKVKKPLKYLSVEEVIKLVRDSFTSATERHIQVGDGLEILIVTKDGVRKEFYELKR D ; ;MATIASEYSSEASNTPIEHQFNPYGDNGGTILGIAGEDFAVLAGDTRNITDYSINSRYEPKVFDCGDNIVMSANGFAADG DALVKRFKNSVKWYHFDHNDKKLSINSAARNIQHLLYGKRFFPYYVHTIIAGLDEDGKGAVYSFDPVGSYEREQCRAGGA AASLIMPFLDNQVNFKNQYEPGTNGKVKKPLKYLSVEEVIKLVRDSFTSATERHIQVGDGLEILIVTKDGVRKEFYELKR D ; 6,e ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MNHDPFSWGRPADSTYGAYNTQIANAGASPMVNTQQPIVTGTSVISMKYDNGVIIAADNLGSYGSLLRFNGVERLIPVGD NTVVGISGDISDMQHIERLLKDLVTENAYDNPLADAEEALEPSYIFEYLATVMYQRRSKMNPLWNAIIVAGVQSNGDQFL RYVNLLGVTYSSPTLATGFGAHMANPLLRKVVDRESDIPKTTVQVAEEAIVNAMRVLYYRDARSSRNFSLAIIDKNTGLT FKKNLQVENMKWDFAKDIKGYGTQKI ; ;MNHDPFSWGRPADSTYGAYNTQIANAGASPMVNTQQPIVTGTSVISMKYDNGVIIAADNLGSYGSLLRFNGVERLIPVGD NTVVGISGDISDMQHIERLLKDLVTENAYDNPLADAEEALEPSYIFEYLATVMYQRRSKMNPLWNAIIVAGVQSNGDQFL RYVNLLGVTYSSPTLATGFGAHMANPLLRKVVDRESDIPKTTVQVAEEAIVNAMRVLYYRDARSSRNFSLAIIDKNTGLT FKKNLQVENMKWDFAKDIKGYGTQKI ; 7,a ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MSGAAAASAAGYDRHITIFSPEGRLYQVEYAFKATNQTNINSLAVRGKDCTVVISQKKVPDKLLDPTTVSYIFCISRTIG MVVNGPIPDARNAALRAKAEAAEFRYKYGYDMPCDVLAKRMANLSQIYTQRAYMRPLGVILTFVSVDEELGPSIYKTDPA GYYVGYKATATGPKQQEITTNLENHFKKSKIDHINEESWEKVVEFAITHMIDALGTEFSKNDLEVGVATKDKFFTLSAEN IEERLVAIAEQD ; ;MSGAAAASAAGYDRHITIFSPEGRLYQVEYAFKATNQTNINSLAVRGKDCTVVISQKKVPDKLLDPTTVSYIFCISRTIG MVVNGPIPDARNAALRAKAEAAEFRYKYGYDMPCDVLAKRMANLSQIYTQRAYMRPLGVILTFVSVDEELGPSIYKTDPA GYYVGYKATATGPKQQEITTNLENHFKKSKIDHINEESWEKVVEFAITHMIDALGTEFSKNDLEVGVATKDKFFTLSAEN IEERLVAIAEQD ; A,c ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MTDRYSFSLTTFSPSGKLGQIDYALTAVKQGVTSLGIKATNGVVIATEKKSSSPLAMSETLSKVSLLTPDIGAVYSGMGP DYRVLVDKSRKVAHTSYKRIYGEYPPTKLLVSEVAKIMQEATQSGGVRPFGVSLLIAGHDEFNGFSLYQVDPSGSYFPWK ATAIGKGSVAAKTFLEKRWNDELELEDAIHIALLTLKESVEGEFNGDTIELAIIGDENPDLLGYTGIPTDKGPRFRKLTS QEINDRLEAL ; ;MTDRYSFSLTTFSPSGKLGQIDYALTAVKQGVTSLGIKATNGVVIATEKKSSSPLAMSETLSKVSLLTPDIGAVYSGMGP DYRVLVDKSRKVAHTSYKRIYGEYPPTKLLVSEVAKIMQEATQSGGVRPFGVSLLIAGHDEFNGFSLYQVDPSGSYFPWK ATAIGKGSVAAKTFLEKRWNDELELEDAIHIALLTLKESVEGEFNGDTIELAIIGDENPDLLGYTGIPTDKGPRFRKLTS QEINDRLEAL ; B,j ? 10 'polypeptide(L)' no no ;MGSRRYDSRTTIFSPEGRLYQVEYALESISHAGTAIGIMASDGIVLAAERKVTSTLLEQDTSTEKLYKLNDKIAVAVAGL TADAEILINTARIHAQNYLKTYNEDIPVEILVRRLSDIKQGYTQHGGLRPFGVSFIYAGYDDRYGYQLYTSNPSGNYTGW KAISVGANTSAAQTLLQMDYKDDMKVDDAIELALKTLSKTTDSSALTYDRLEFATIRKGANDGEVYQKIFKPQEIKDILV KTGITKKDEDEEADEDMK ; ;MGSRRYDSRTTIFSPEGRLYQVEYALESISHAGTAIGIMASDGIVLAAERKVTSTLLEQDTSTEKLYKLNDKIAVAVAGL TADAEILINTARIHAQNYLKTYNEDIPVEILVRRLSDIKQGYTQHGGLRPFGVSFIYAGYDDRYGYQLYTSNPSGNYTGW KAISVGANTSAAQTLLQMDYKDDMKVDDAIELALKTLSKTTDSSALTYDRLEFATIRKGANDGEVYQKIFKPQEIKDILV KTGITKKDEDEEADEDMK ; C,d ? 11 'polypeptide(L)' no no ;MSGYDRALSIFSPDGHIFQVEYALEAVKRGTCAVGVKGKNCVVLGCERRSTLKLQDTRITPSKVSKIDSHVVLSFSGLNA DSRILIEKARVEAQSHRLTLEDPVTVEYLTRYVAGVQQRYTQSGGVRPFGVSTLIAGFDPRDDEPKLYQTEPSGIYSSWS AQTIGRNSKTVREFLEKNYDRKEPPATVEECVKLTVRSLLEVVQTGAKNIEITVVKPDSDIVALSSEEINQYVTQIEQEK QEQQEQDKKKKSNH ; ;MSGYDRALSIFSPDGHIFQVEYALEAVKRGTCAVGVKGKNCVVLGCERRSTLKLQDTRITPSKVSKIDSHVVLSFSGLNA DSRILIEKARVEAQSHRLTLEDPVTVEYLTRYVAGVQQRYTQSGGVRPFGVSTLIAGFDPRDDEPKLYQTEPSGIYSSWS AQTIGRNSKTVREFLEKNYDRKEPPATVEECVKLTVRSLLEVVQTGAKNIEITVVKPDSDIVALSSEEINQYVTQIEQEK QEQQEQDKKKKSNH ; D,n ? 12 'polypeptide(L)' no no ;MFLTRSEYDRGVSTFSPEGRLFQVEYSLEAIKLGSTAIGIATKEGVVLGVEKRATSPLLESDSIEKIVEIDRHIGCAMSG LTADARSMIEHARTAAVTHNLYYDEDINVESLTQSVCDLALRFGEGASGEERLMSRPFGVALLIAGHDADDGYQLFHAEP SGTFYRYNAKAIGSGSEGAQAELLNEWHSSLTLKEAELLVLKILKQVMEEKLDENNAQLSCITKQDGFKIYDNEKTAELI KELKEKEAAESPEEADVEMS ; ;MFLTRSEYDRGVSTFSPEGRLFQVEYSLEAIKLGSTAIGIATKEGVVLGVEKRATSPLLESDSIEKIVEIDRHIGCAMSG LTADARSMIEHARTAAVTHNLYYDEDINVESLTQSVCDLALRFGEGASGEERLMSRPFGVALLIAGHDADDGYQLFHAEP SGTFYRYNAKAIGSGSEGAQAELLNEWHSSLTLKEAELLVLKILKQVMEEKLDENNAQLSCITKQDGFKIYDNEKTAELI KELKEKEAAESPEEADVEMS ; E,m ? 13 'polypeptide(L)' no no ;MFRNNYDGDTVTFSPTGRLFQVEYALEAIKQGSVTVGLRSNTHAVLVALKRNADELSSYQKKIIKCDEHMGLSLAGLAPD ARVLSNYLRQQCNYSSLVFNRKLAVERAGHLLCDKAQKNTQSYGGRPYGVGLLIIGYDKSGAHLLEFQPSGNVTELYGTA IGARSQGAKTYLERTLDTFIKIDGNPDELIKAGVEAISQSLRDESLTVDNLSIAIVGKDTPFTIYDGEAVAKYI ; ;MFRNNYDGDTVTFSPTGRLFQVEYALEAIKQGSVTVGLRSNTHAVLVALKRNADELSSYQKKIIKCDEHMGLSLAGLAPD ARVLSNYLRQQCNYSSLVFNRKLAVERAGHLLCDKAQKNTQSYGGRPYGVGLLIIGYDKSGAHLLEFQPSGNVTELYGTA IGARSQGAKTYLERTLDTFIKIDGNPDELIKAGVEAISQSLRDESLTVDNLSIAIVGKDTPFTIYDGEAVAKYI ; F,l ? 14 'polypeptide(L)' no no ;MTSIGTGYDLSNSVFSPDGRNFQVEYAVKAVENGTTSIGIKCNDGVVFAVEKLITSKLLVPQKNVKIQVVDRHIGCVYSG 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'polypeptide(L)' no no ;MPSLAELTKSLSIAFENGDYAACEKLLPPIKIELIKNNLLIPDLSIQNDIYLNDLMITKRILEVGALASIQTFNFDSFEN YFNQLKPYYFSNNHKLSESDKKSKLISLYLLNLLSQNNTTKFHSELQYLDKHIKNLEDDSLLSYPIKLDRWLMEGSYQKA WDLLQSGSQNISEFDSFTDILKSAIRDEIAKNTELSYDFLPLSNIKALLFFNNEKETEKFALERNWPIVNSKVYFNNQSK EKADYEDEMMHEEDQKTNIIEKAMDYAISIENIV ; ;MPSLAELTKSLSIAFENGDYAACEKLLPPIKIELIKNNLLIPDLSIQNDIYLNDLMITKRILEVGALASIQTFNFDSFEN YFNQLKPYYFSNNHKLSESDKKSKLISLYLLNLLSQNNTTKFHSELQYLDKHIKNLEDDSLLSYPIKLDRWLMEGSYQKA WDLLQSGSQNISEFDSFTDILKSAIRDEIAKNTELSYDFLPLSNIKALLFFNNEKETEKFALERNWPIVNSKVYFNNQSK EKADYEDEMMHEEDQKTNIIEKAMDYAISIENIV ; T ? 28 'polypeptide(L)' no no ;MSLQHEKVTIAPLVLLSALDHYERTQTKENKRCVGVILGDANSSTIRVTNSFALPFEEDEKNSDVWFLDHNYIENMNEMC KKINAKEKLIGWYHSGPKLRASDLKINELFKKYTQNNPLLLIVDVKQQGVGLPTDAYVAIEQVKDDGTSTEKTFLHLPCT IEAEEAEEIGVEHLLRDVRDQAAGGLSIRLTNQLKSLKGLQSKLKDVVEYLDKVINKELPINHTILGKLQDVFNLLPNLG TPDDDEIDVENHDRINISNNLQKALTVKTNDELMVIYISNLVRSIIAFDDLIENKIQNKKIQEQRVKDKQSKVSDDSESE SGDKEATAPLIQRKNKKN ; 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; V ? 30 'polypeptide(L)' no no ;MVLEATVLVIDNSEYSRNGDFPRTRFEAQIDSVEFIFQAKRNSNPENTVGLISGAGANPRVLSTFTAEFGKILAGLHDTQ IEGKLHMATALQIAQLTLKHRQNKVQHQRIVAFVCSPISDSRDELIRLAKTLKKNNVAVDIINFGEIEQNTELLDEFIAA VNNPQEETSHLLTVTPGPRLLYENIASSPIILEEGSSGMGAFGGSGGDSDANGTFMDFGVDPSMDPELAMALRLSMEEEQ QRQERLRQQQQQQDQPEQSEQPEQHQDK ; ;MVLEATVLVIDNSEYSRNGDFPRTRFEAQIDSVEFIFQAKRNSNPENTVGLISGAGANPRVLSTFTAEFGKILAGLHDTQ IEGKLHMATALQIAQLTLKHRQNKVQHQRIVAFVCSPISDSRDELIRLAKTLKKNNVAVDIINFGEIEQNTELLDEFIAA VNNPQEETSHLLTVTPGPRLLYENIASSPIILEEGSSGMGAFGGSGGDSDANGTFMDFGVDPSMDPELAMALRLSMEEEQ QRQERLRQQQQQQDQPEQSEQPEQHQDK ; W ? 31 'polypeptide(L)' no no ;MSMSSTVIKFRAGVCEYNEDSRLCTPIPVQGEIEIKPNEEEELGFWDFEWRPTEKPVGRELDPISLILIPGETMWVPIKS SKSGRIFALVFSSNERYFFWLQEKNSGNLPLNELSAKDKEIYNKMIGVLNNSSESDEEESNDEKQKAQDVDVSMQD ; ;MSMSSTVIKFRAGVCEYNEDSRLCTPIPVQGEIEIKPNEEEELGFWDFEWRPTEKPVGRELDPISLILIPGETMWVPIKS SKSGRIFALVFSSNERYFFWLQEKNSGNLPLNELSAKDKEIYNKMIGVLNNSSESDEEESNDEKQKAQDVDVSMQD ; X ? 32 'polypeptide(L)' no no 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 18829 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 6J30 _struct.title 'yeast proteasome in Ub-engaged state (C2)' _struct.pdbx_descriptor ;Proteasome subunit beta type-1 (E.C.3.4.25.1), Proteasome subunit beta type-2 (E.C.3.4.25.1), Proteasome subunit beta type-3 (E.C.3.4.25.1), Proteasome subunit beta type-4 (E.C.3.4.25.1), Proteasome subunit beta type-5 (E.C.3.4.25.1), Proteasome subunit beta type-6 (E.C.3.4.25.1), Proteasome subunit beta type-7 (E.C.3.4.25.1), Proteasome subunit alpha type-1 (E.C.3.4.25.1), Proteasome subunit alpha type-2 (E.C.3.4.25.1), Proteasome subunit alpha type-3 (E.C.3.4.25.1), Proteasome subunit alpha type-4 (E.C.3.4.25.1), Proteasome subunit alpha type-5 (E.C.3.4.25.1), Proteasome subunit alpha type-6 (E.C.3.4.25.1), Probable proteasome subunit alpha type-7 (E.C.3.4.25.1), 26S proteasome regulatory subunit 7 homolog, 26S proteasome regulatory subunit 4 homolog, 26S proteasome regulatory subunit 8 homolog, 26S proteasome regulatory subunit 6B homolog, 26S proteasome subunit RPT4, 26S proteasome regulatory subunit 6A, 26S proteasome regulatory subunit RPN2, 26S proteasome regulatory subunit RPN9, 26S proteasome regulatory subunit RPN5, 26S proteasome regulatory subunit RPN6, 26S proteasome regulatory subunit RPN7, 26S proteasome regulatory subunit RPN3, 26S proteasome regulatory subunit RPN12, 26S proteasome regulatory subunit RPN8, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11 (E.C.3.4.19.12), 26S proteasome regulatory subunit RPN10, 26S proteasome regulatory subunit RPN13, 26S proteasome complex subunit SEM1, 26S proteasome regulatory subunit RPN1 ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6J30 _struct_keywords.text 'Proteasome, K48-Ub4, Ub-bound, cryo-EM, HYDROLASE' _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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? 42.63 -133.53 207 1 SER J 135 ? ? -77.17 -71.00 208 1 VAL J 142 ? ? 53.31 73.89 209 1 VAL J 163 ? ? -103.51 -61.83 210 1 ALA J 241 ? ? 73.50 167.24 211 1 PRO J 242 ? ? -64.85 73.63 212 1 VAL J 258 ? ? 58.66 73.09 213 1 PHE J 282 ? ? -106.41 -66.03 214 1 PRO J 302 ? ? -69.12 71.97 215 1 LEU J 304 ? ? 57.74 76.59 216 1 ARG J 306 ? ? 71.39 148.32 217 1 SER K 91 ? ? 58.59 -133.93 218 1 PRO K 93 ? ? -65.36 76.00 219 1 LEU K 100 ? ? -121.61 -75.00 220 1 ILE K 103 ? ? -127.45 -68.63 221 1 HIS K 142 ? ? -93.28 -64.13 222 1 VAL K 147 ? ? -123.18 -69.79 223 1 PRO K 152 ? ? -67.40 68.58 224 1 SER K 157 ? ? 56.54 -118.51 225 1 PRO K 167 ? ? -66.25 73.98 226 1 ASP K 168 ? ? -121.54 -64.94 227 1 VAL K 188 ? ? -159.77 -64.08 228 1 LYS K 219 ? ? 65.14 -133.26 229 1 MET K 221 ? ? -131.26 -65.62 230 1 ALA K 265 ? ? 67.13 154.92 231 1 ARG K 281 ? ? 52.25 13.01 232 1 ASP K 289 ? ? 50.99 -116.15 233 1 GLU K 291 ? ? -120.77 -65.02 234 1 VAL K 292 ? ? 70.48 -13.22 235 1 GLN K 308 ? ? -120.56 -61.44 236 1 ARG K 333 ? ? -128.32 -66.45 237 1 ASP K 335 ? ? -124.33 -63.51 238 1 PRO K 341 ? ? -67.70 75.50 239 1 ILE K 352 ? ? -98.86 -61.81 240 1 TYR K 400 ? ? -98.81 -65.22 241 1 LEU K 407 ? ? -100.51 -64.72 242 1 THR K 417 ? ? -131.91 -63.53 243 1 THR K 420 ? ? -100.92 -66.01 244 1 VAL K 421 ? ? 64.07 -12.04 245 1 PHE K 424 ? ? 44.66 -135.08 246 1 PHE K 426 ? ? 43.20 -136.73 247 1 TYR K 427 ? ? 39.79 66.24 248 1 MET L 109 ? ? -96.15 -66.18 249 1 THR L 151 ? ? -108.63 -69.48 250 1 MET L 156 ? ? -107.57 -67.79 251 1 THR L 163 ? ? -59.34 -72.59 252 1 PRO L 165 ? ? -65.83 73.43 253 1 PHE L 173 ? ? 55.03 70.73 254 1 GLU L 177 ? ? -132.11 -66.58 255 1 ILE L 197 ? ? -124.68 -64.77 256 1 LYS L 202 ? ? -109.17 -63.48 257 1 LYS L 216 ? ? -92.61 -71.23 258 1 THR L 238 ? ? -108.61 -62.11 259 1 GLU L 274 ? ? 77.77 153.93 260 1 CYS L 276 ? ? 44.15 -132.80 261 1 GLU L 282 ? ? 51.32 72.02 262 1 ALA L 285 ? ? -100.53 -66.24 263 1 ARG L 290 ? ? 59.30 71.03 264 1 THR L 295 ? ? 68.58 -16.08 265 1 ALA L 297 ? ? 67.74 -1.61 266 1 ARG L 342 ? ? -127.36 -65.52 267 1 PHE L 376 ? ? -107.57 -78.22 268 1 ASN L 387 ? ? -123.66 -73.47 269 1 ALA L 389 ? ? -128.49 -66.83 270 1 LYS L 426 ? ? -80.57 -74.14 271 1 GLU L 429 ? ? 57.58 -119.49 272 1 GLU M 47 ? ? -98.95 -64.05 273 1 PRO M 76 ? ? -69.36 74.71 274 1 ARG M 124 ? ? 60.47 63.51 275 1 ASP M 151 ? ? -98.81 -66.10 276 1 LEU M 156 ? ? -124.83 -65.90 277 1 ASP M 164 ? ? -122.39 -75.13 278 1 VAL M 167 ? ? 57.82 -115.69 279 1 LYS M 168 ? ? -109.91 -72.78 280 1 GLU M 174 ? ? -82.65 -71.83 281 1 ALA M 196 ? ? -102.67 -73.93 282 1 VAL M 198 ? ? -105.93 -66.02 283 1 GLU M 282 ? ? 57.38 71.16 284 1 THR M 288 ? ? 173.79 175.67 285 1 LYS M 289 ? ? -107.61 -75.00 286 1 ARG M 290 ? ? 57.24 71.83 287 1 PHE M 291 ? ? -125.13 -62.92 288 1 LYS M 295 ? ? 84.74 -8.60 289 1 ASP M 298 ? ? -127.30 -62.01 290 1 ARG M 299 ? ? 77.05 -3.05 291 1 SER M 316 ? ? -75.56 -168.77 292 1 ASN M 328 ? ? -83.39 -75.96 293 1 ARG M 342 ? ? -130.06 -67.43 294 1 ASP M 344 ? ? -107.21 -74.43 295 1 VAL M 422 ? ? -58.86 -75.65 296 1 GLN M 423 ? ? 41.71 -137.09 297 1 ALA M 424 ? ? 47.38 -141.44 298 1 SER M 427 ? ? 60.19 67.95 299 1 PHE M 432 ? ? 64.52 -121.84 300 1 TYR M 433 ? ? 61.56 -124.07 301 1 THR N 5 ? ? 55.89 -115.03 302 1 GLN N 17 ? ? 58.49 71.12 303 1 GLN N 34 ? ? -99.68 -71.98 304 1 VAL N 68 ? ? -92.27 -62.78 305 1 ASP N 87 ? ? -129.89 -65.94 306 1 SER N 180 ? ? -128.38 -63.75 307 1 SER N 264 ? ? -97.32 -65.05 308 1 PHE N 325 ? ? 55.49 -133.84 309 1 LYS N 350 ? ? -93.33 -62.87 310 1 LEU N 380 ? ? -127.98 -64.68 311 1 ARG N 394 ? ? 56.03 -141.31 312 1 ALA N 395 ? ? 177.29 175.58 313 1 GLN N 529 ? ? 57.50 -119.26 314 1 VAL N 576 ? ? -106.27 -63.01 315 1 LEU N 634 ? ? 59.35 71.14 316 1 GLU N 669 ? ? 58.54 70.67 317 1 ASN N 712 ? ? -132.48 -64.03 318 1 GLU N 718 ? ? 55.56 72.04 319 1 THR N 722 ? ? -91.41 -155.65 320 1 THR N 724 ? ? -178.46 -65.80 321 1 PHE N 739 ? ? -130.38 -65.06 322 1 TRP N 742 ? ? -123.98 -63.20 323 1 ILE N 761 ? ? 57.25 75.61 324 1 SER N 764 ? ? -80.88 -73.86 325 1 ASP N 765 ? ? -124.43 -76.77 326 1 ALA N 767 ? ? -130.22 -67.93 327 1 ILE N 768 ? ? 53.14 72.42 328 1 SER N 863 ? ? 66.54 -5.87 329 1 ASP N 869 ? ? -130.07 -70.52 330 1 MET N 871 ? ? 58.53 -135.79 331 1 ARG N 873 ? ? 47.39 -115.65 332 1 ILE N 874 ? ? 50.49 -145.11 333 1 ASP N 887 ? ? 56.50 -116.05 334 1 VAL N 891 ? ? 67.42 153.49 335 1 VAL N 893 ? ? -122.25 -70.96 336 1 PHE N 896 ? ? 55.50 -140.15 337 1 LYS N 897 ? ? -129.78 -60.65 338 1 VAL N 903 ? ? 63.07 -5.98 339 1 LEU N 905 ? ? 61.53 -128.44 340 1 GLU N 909 ? ? 52.74 73.63 341 1 PRO N 910 ? ? -64.05 -175.81 342 1 PRO N 913 ? ? -65.63 66.74 343 1 VAL N 920 ? ? -84.88 -71.87 344 1 GLU O 6 ? ? -122.49 -64.70 345 1 GLU O 17 ? ? 56.02 -118.08 346 1 ASP O 19 ? ? 53.20 72.23 347 1 PRO O 20 ? ? -68.70 75.42 348 1 GLU O 34 ? ? 53.24 -116.82 349 1 GLN O 40 ? ? 57.09 72.74 350 1 LEU O 41 ? ? 59.37 77.99 351 1 GLU O 43 ? ? 64.13 79.59 352 1 SER O 44 ? ? 66.79 -117.85 353 1 LYS O 72 ? ? -97.89 -69.08 354 1 ILE O 73 ? ? -120.45 -74.93 355 1 LEU O 82 ? ? 61.89 -122.57 356 1 LYS O 103 ? ? -130.03 -63.98 357 1 ASP O 110 ? ? -125.08 -69.59 358 1 LYS O 112 ? ? 76.58 -12.59 359 1 ARG O 115 ? ? 68.33 -14.95 360 1 LYS O 120 ? ? 60.62 69.67 361 1 ILE O 126 ? ? -126.84 -63.02 362 1 LYS O 140 ? ? 57.94 -113.77 363 1 ASP O 184 ? ? 58.21 70.66 364 1 SER O 197 ? ? -132.97 -74.05 365 1 THR O 203 ? ? 56.81 71.39 366 1 ILE O 227 ? ? 58.52 72.33 367 1 TYR O 228 ? ? 61.74 -130.97 368 1 ILE O 238 ? ? -123.81 -64.45 369 1 ILE O 297 ? ? -100.99 -77.08 370 1 THR O 299 ? ? -139.32 -67.26 371 1 VAL O 353 ? ? -128.96 -65.28 372 1 ASP P 12 ? ? -128.16 -62.14 373 1 LYS P 23 ? ? -122.18 -62.28 374 1 ASP P 25 ? ? 74.27 -15.59 375 1 SER P 26 ? ? 65.06 -7.92 376 1 ALA P 28 ? ? 56.56 -136.19 377 1 GLU P 43 ? ? 69.00 -4.90 378 1 THR P 46 ? ? -72.97 -167.28 379 1 GLN P 48 ? ? -102.53 -76.02 380 1 ALA P 49 ? ? -132.07 -72.22 381 1 SER P 54 ? ? -122.21 -63.03 382 1 LYS P 56 ? ? 70.34 -11.82 383 1 GLU P 57 ? ? -127.60 -71.27 384 1 ARG P 69 ? ? -127.44 -69.02 385 1 LYS P 85 ? ? -84.35 -74.58 386 1 HIS P 86 ? ? -130.80 -71.09 387 1 GLN P 88 ? 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? 58.09 70.48 418 1 ALA Q 125 ? ? 63.52 -17.41 419 1 LYS Q 167 ? ? 54.63 16.94 420 1 ASP Q 169 ? ? -134.71 -70.46 421 1 PRO Q 211 ? ? -68.49 72.95 422 1 THR Q 212 ? ? 74.04 -15.29 423 1 THR Q 214 ? ? -127.90 -61.60 424 1 LYS Q 230 ? ? 57.74 -137.84 425 1 THR Q 250 ? ? 53.32 -117.25 426 1 ASN Q 273 ? ? 60.21 66.48 427 1 ILE Q 385 ? ? -101.50 -67.39 428 1 LEU Q 426 ? ? -113.97 -75.38 429 1 PHE Q 427 ? ? 48.64 -119.74 430 1 THR R 34 ? ? -76.97 -73.10 431 1 VAL R 38 ? ? -81.92 -71.03 432 1 GLU R 69 ? ? -99.06 -71.21 433 1 ASN R 73 ? ? -125.04 -79.10 434 1 HIS R 81 ? ? -136.14 -68.62 435 1 SER R 87 ? ? 55.40 -147.66 436 1 ILE R 110 ? ? -127.29 -65.14 437 1 GLU R 127 ? ? -128.41 -64.71 438 1 LEU R 185 ? ? -92.36 -67.30 439 1 LYS R 200 ? ? -131.07 -67.26 440 1 ARG R 222 ? ? 58.92 71.88 441 1 PHE R 224 ? ? 63.04 -126.71 442 1 THR R 237 ? ? -121.18 -68.00 443 1 ILE R 241 ? ? 65.56 -10.76 444 1 LYS R 269 ? ? -127.82 -63.53 445 1 LEU R 286 ? ? -81.47 -70.24 446 1 SER R 288 ? ? -128.41 -64.58 447 1 VAL R 315 ? 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