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_struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6JP8 E 1 ? 222 ? 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ASP F 1045 VAL F 1050 1 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 57 SG ? ? ? 1_555 A CYS 80 SG ? ? E CYS 57 E CYS 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? ? disulf2 disulf ? ? D CYS 226 SG ? ? ? 1_555 D CYS 254 SG ? ? A CYS 226 A CYS 254 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.912 ? ? disulf3 disulf ? ? D CYS 245 SG ? ? ? 1_555 D CYS 261 SG ? ? A CYS 245 A CYS 261 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? ? disulf4 disulf ? ? D CYS 957 SG ? ? ? 1_555 D CYS 968 SG ? ? A CYS 957 A CYS 968 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf5 disulf ? ? D CYS 1338 SG ? ? ? 1_555 D CYS 1352 SG ? ? A CYS 1338 A CYS 1352 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.750 ? ? disulf6 disulf ? ? E CYS 277 SG ? ? ? 1_555 E CYS 1018 SG ? ? F CYS 305 F CYS 1047 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf7 disulf ? ? E CYS 328 SG ? ? ? 1_555 E CYS 1033 SG ? ? F CYS 356 F CYS 1062 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.770 ? ? disulf8 disulf ? ? E CYS 378 SG ? ? ? 1_555 E CYS 1045 SG ? ? F CYS 406 F CYS 1074 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? ? disulf9 disulf ? ? E CYS 641 SG ? ? ? 1_555 E CYS 671 SG ? ? F CYS 670 F CYS 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf10 disulf ? ? E CYS 878 SG ? ? ? 1_555 E CYS 948 SG ? ? F CYS 907 F CYS 977 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf11 disulf ? ? E CYS 970 SG ? ? ? 1_555 E CYS 1000 SG ? ? F CYS 999 F CYS 1029 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf12 disulf ? ? E CYS 973 SG ? ? ? 1_555 E CYS 998 SG ? ? F CYS 1002 F CYS 1027 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? ? covale1 covale one ? E ASN 66 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? F ASN 92 F NAG 1114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? E ASN 158 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? F ASN 186 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? E ASN 442 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? F ASN 470 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.556 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? E ASN 578 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? F ASN 606 F NAG 1115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.458 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? E ASN 587 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? F ASN 615 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.529 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? E ASN 798 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? F ASN 827 L NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.427 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? E ASN 862 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? F ASN 891 F NAG 1107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.381 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? E ASN 869 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? F ASN 898 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.473 ? N-Glycosylation covale9 covale both ? F NAG . O3 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? D NAG 1 D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale10 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale11 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale12 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H BMA . C1 ? ? H NAG 2 H BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale13 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.430 ? ? covale14 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I BMA . C1 ? ? I NAG 2 I BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale15 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale16 covale both ? K NAG . O3 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale17 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? L NAG 1 L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.316 ? ? covale18 covale both ? L NAG . O3 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? L NAG 2 L NAG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? metalc1 metalc ? ? D GLU 292 OE1 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? A GLU 292 A CA 1903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.380 ? ? metalc2 metalc ? ? D GLU 292 OE2 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? A GLU 292 A CA 1903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.968 ? ? metalc3 metalc ? ? D GLU 614 OE1 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? A GLU 614 A CA 1903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.120 ? ? metalc4 metalc ? ? D GLU 1014 OE1 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? A GLU 1014 A CA 1903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.786 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 TYR 192 E . ? TYR 220 F PRO 193 E ? PRO 221 F 1 -1.38 2 GLY 1014 E . ? GLY 1043 F PRO 1015 E ? 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loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author 3 3 'Structure model' cell 4 4 'Structure model' atom_site 5 4 'Structure model' chem_comp 6 4 'Structure model' em_entity_assembly 7 4 'Structure model' entity 8 4 'Structure model' pdbx_branch_scheme 9 4 'Structure model' pdbx_chem_comp_identifier 10 4 'Structure model' pdbx_entity_branch 11 4 'Structure model' pdbx_entity_branch_descriptor 12 4 'Structure model' pdbx_entity_branch_link 13 4 'Structure model' pdbx_entity_branch_list 14 4 'Structure model' pdbx_entity_nonpoly 15 4 'Structure model' pdbx_nonpoly_scheme 16 4 'Structure model' pdbx_struct_assembly_gen 17 4 'Structure model' pdbx_struct_conn_angle 18 4 'Structure model' pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms 19 4 'Structure model' pdbx_validate_close_contact 20 4 'Structure model' struct_asym 21 4 'Structure model' struct_conn 22 4 'Structure model' struct_conn_type 23 4 'Structure model' struct_site 24 4 'Structure model' struct_site_gen 25 5 'Structure model' chem_comp 26 5 'Structure model' database_2 27 5 'Structure model' pdbx_audit_support 28 5 'Structure model' struct_conn 29 6 'Structure model' atom_site 30 6 'Structure model' chem_comp_atom 31 6 'Structure model' chem_comp_bond # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 2 2 'Structure model' '_citation.journal_id_CSD' 3 2 'Structure model' '_citation.journal_id_ISSN' 4 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 5 2 'Structure model' '_citation.page_first' 6 2 'Structure model' '_citation.page_last' 7 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 8 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 9 2 'Structure model' '_citation.title' 10 2 'Structure model' '_citation.year' 11 3 'Structure model' '_cell.Z_PDB' 12 4 'Structure model' '_atom_site.B_iso_or_equiv' 13 4 'Structure model' '_atom_site.Cartn_x' 14 4 'Structure model' '_atom_site.Cartn_y' 15 4 'Structure model' '_atom_site.Cartn_z' 16 4 'Structure model' '_atom_site.auth_asym_id' 17 4 'Structure model' '_atom_site.auth_atom_id' 18 4 'Structure model' '_atom_site.auth_comp_id' 19 4 'Structure model' '_atom_site.auth_seq_id' 20 4 'Structure model' '_atom_site.label_asym_id' 21 4 'Structure model' '_atom_site.label_atom_id' 22 4 'Structure model' '_atom_site.label_comp_id' 23 4 'Structure model' '_atom_site.label_entity_id' 24 4 'Structure model' '_atom_site.type_symbol' 25 4 'Structure model' '_chem_comp.name' 26 4 'Structure model' '_chem_comp.type' 27 4 'Structure model' '_em_entity_assembly.entity_id_list' 28 4 'Structure model' '_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list' 29 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id' 30 4 'Structure model' '_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id' 31 4 'Structure model' '_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id' 32 4 'Structure model' '_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id' 33 4 'Structure model' '_pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1' 34 4 'Structure model' '_pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2' 35 4 'Structure model' '_pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1' 36 4 'Structure model' '_pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2' 37 4 'Structure model' '_pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1' 38 4 'Structure model' '_pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2' 39 4 'Structure model' '_struct_conn.conn_type_id' 40 4 'Structure model' '_struct_conn.id' 41 4 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_dist_value' 42 4 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag' 43 4 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_role' 44 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id' 45 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id' 46 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id' 47 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_asym_id' 48 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_atom_id' 49 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_comp_id' 50 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_seq_id' 51 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id' 52 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id' 53 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id' 54 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_asym_id' 55 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_atom_id' 56 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_comp_id' 57 4 'Structure model' '_struct_conn_type.id' 58 5 'Structure model' '_chem_comp.pdbx_synonyms' 59 5 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 60 5 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' 61 5 'Structure model' '_pdbx_audit_support.funding_organization' 62 5 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag' 63 6 'Structure model' '_atom_site.auth_atom_id' 64 6 'Structure model' '_atom_site.label_atom_id' # _pdbx_entry_details.entry_id 6JP8 _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ;As for the unusual connection between Y619-S621 of Chain F, the original amino acid for S620 is Y620 and the density for this large side chain is missing from reconstruction. Authors suspect this to be a result of alternative splicing. 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_pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Ministry of Science and Technology (China)' China 2016YFA0500402 1 'Ministry of Science and Technology (China)' China 2015CB910101 2 'National Natural Science Foundation of China' China 31621092 3 'National Natural Science Foundation of China' China 31630017 4 'National Natural Science Foundation of China' China 81861138009 5 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' China R01GM130762 6 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero F 5 NAG 1 D NAG 1 F NAG 1201 n F 5 NAG 2 D NAG 2 F NAG 1202 n G 5 NAG 1 G NAG 1 F NAG 1204 n G 5 NAG 2 G NAG 2 F NAG 1205 n H 6 NAG 1 H NAG 1 F NAG 1209 n H 6 NAG 2 H NAG 2 F NAG 1208 n H 6 BMA 3 H BMA 3 F BMA 1207 n I 6 NAG 1 I NAG 1 F NAG 1210 n I 6 NAG 2 I NAG 2 F NAG 1211 n I 6 BMA 3 I BMA 3 F BMA 1212 n J 5 NAG 1 J NAG 1 F NAG 1215 n J 5 NAG 2 J NAG 2 F NAG 1216 n K 5 NAG 1 K NAG 1 F NAG 1217 n K 5 NAG 2 K NAG 2 F NAG 1218 n L 7 NAG 1 L NAG 1 F NAG 1224 n L 7 NAG 2 L NAG 2 F NAG 1223 n L 7 NAG 3 L NAG 3 F NAG 1222 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide 7 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 5 DGlcpNAcb1-3DGlcpNAcb1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 5 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a3-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 5 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{}}' LINUCS PDB-CARE ? 4 6 DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 6 'WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 6 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 7 7 DGlcpNAcb1-3DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 8 7 'WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1/a4-b1_b3-c1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 9 7 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O3 HO3 sing ? 2 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 3 6 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 4 7 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 5 7 3 NAG C1 O1 2 NAG O3 HO3 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n 6 BMA 3 n 7 NAG 1 n 7 NAG 2 n 7 NAG 3 n # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 8 'methyl (4~{S})-2,6-dimethyl-5-nitro-4-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1,4-dihydropyridine-3-carboxylate' C8U 9 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose NAG 10 'CALCIUM ION' CA 11 ETHANOLAMINE ETA # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'SDS-PAGE analysis was supplemented' #