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'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP SPTC1_HUMAN O15269 ? 1 ;MATATEQWVLVEMVQALYEAPAYHLILEGILILWIIRLLFSKTYKLQERSDLTVKEKEELIEEWQPEPLVPPVPKDHPAL NYNIVSGPPSHKTVVNGKECINFASFNFLGLLDNPRVKAAALASLKKYGVGTCGPRGFYGTFDVHLDLEDRLAKFMKTEE AIIYSYGFATIASAIPAYSKRGDIVFVDRAACFAIQKGLQASRSDIKLFKHNDMADLERLLKEQEIEDQKNPRKARVTRR FIVVEGLYMNTGTICPLPELVKLKYKYKARIFLEESLSFGVLGEHGRGVTEHYGINIDDIDLISANMENALASIGGFCCG RSFVIDHQRLSGQGYCFSASLPPLLAAAAIEALNIMEENPGIFAVLKEKCGQIHKALQGISGLKVVGESLSPAFHLQLEE STGSREQDVRLLQEIVDQCMNRSIALTQARYLEKEEKCLPPPSIRVVVTVEQTEEELERAASTIKEVAQAVLL ; 1 2 UNP SPTC2_HUMAN O15270 ? 2 ;MRPEPGGCCCRRTVRANGCVANGEVRNGYVRSSAAAAAAAAAGQIHHVTQNGGLYKRPFNEAFEETPMLVAVLTYVGYGV LTLFGYLRDFLRYWRIEKCHHATEREEQKDFVSLYQDFENFYTRNLYMRIRDNWNRPICSVPGARVDIMERQSHDYNWSF KYTGNIIKGVINMGSYNYLGFARNTGSCQEAAAKVLEEYGAGVCSTRQEIGNLDKHEELEELVARFLGVEAAMAYGMGFA TNSMNIPALVGKGCLILSDELNHASLVLGARLSGATIRIFKHNNMQSLEKLLKDAIVYGQPRTRRPWKKILILVEGIYSM EGSIVRLPEVIALKKKYKAYLYLDEAHSIGALGPTGRGVVEYFGLDPEDVDVMMGTFTKSFGASGGYIGGKKELIDYLRT HSHSAVYATSLSPPVVEQIITSMKCIMGQDGTSLGKECVQQLAENTRYFRRRLKEMGFIIYGNEDSPVVPLMLYMPAKIG AFGREMLKRNIGVVVVGFPATPIIESRARFCLSAAHTKEILDTALKEIDEVGDLLQLKYSRHRLVPLLDRPFDETTYEET ED ; 1 3 UNP ORML3_HUMAN Q8N138 ? 3 ;MNVGTAHSEVNPNTRVMNSRGIWLSYVLAIGLLHIVLLSIPFVSVPVVWTLTNLIHNMGMYIFLHTVKGTPFETPDQGKA RLLTHWEQMDYGVQFTASRKFLTITPIVLYFLTSFYTKYDQIHFVLNTVSLMSVLIPKLPQLHGVRIFGINKY ; 1 4 UNP SPTSA_HUMAN Q969W0 ? 4 MAGMALARAWKQMSWFYYQYLLVTALYMLEPWERTVFNSMLVSIVGMALYTGYVFMPQHIMAILHYFEIVQ 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6M4O S 1 ? 473 ? O15269 1 ? 473 ? 1 473 2 2 6M4O T 1 ? 562 ? O15270 1 ? 562 ? 1 562 3 3 6M4O A 1 ? 153 ? Q8N138 1 ? 153 ? 1 153 4 4 6M4O E 22 ? 92 ? Q969W0 1 ? 71 ? 1 71 5 1 6M4O B 1 ? 473 ? O15269 1 ? 473 ? 1 473 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 4 6M4O MET E 1 ? UNP Q969W0 ? ? 'initiating methionine' -20 1 4 6M4O ALA E 2 ? UNP Q969W0 ? ? 'expression tag' -19 2 4 6M4O ASP E 3 ? UNP Q969W0 ? ? 'expression tag' -18 3 4 6M4O TYR E 4 ? UNP Q969W0 ? ? 'expression tag' -17 4 4 6M4O LYS E 5 ? UNP Q969W0 ? ? 'expression tag' -16 5 4 6M4O ASP E 6 ? UNP Q969W0 ? ? 'expression tag' -15 6 4 6M4O ASP E 7 ? UNP Q969W0 ? ? 'expression tag' -14 7 4 6M4O ASP E 8 ? UNP Q969W0 ? ? 'expression tag' -13 8 4 6M4O ASP E 9 ? UNP Q969W0 ? ? 'expression tag' -12 9 4 6M4O LYS E 10 ? UNP Q969W0 ? ? 'expression tag' -11 10 4 6M4O SER E 11 ? UNP Q969W0 ? ? 'expression tag' -10 11 4 6M4O GLY E 12 ? UNP Q969W0 ? ? 'expression tag' -9 12 4 6M4O PRO E 13 ? UNP Q969W0 ? ? 'expression tag' -8 13 4 6M4O ASP E 14 ? UNP Q969W0 ? ? 'expression tag' -7 14 4 6M4O GLU E 15 ? UNP Q969W0 ? ? 'expression tag' -6 15 4 6M4O VAL E 16 ? UNP Q969W0 ? ? 'expression tag' -5 16 4 6M4O ASP E 17 ? UNP Q969W0 ? ? 'expression tag' -4 17 4 6M4O ALA E 18 ? UNP Q969W0 ? ? 'expression tag' -3 18 4 6M4O SER E 19 ? UNP Q969W0 ? ? 'expression tag' -2 19 4 6M4O GLY E 20 ? UNP Q969W0 ? ? 'expression tag' -1 20 4 6M4O ARG E 21 ? UNP Q969W0 ? ? 'expression tag' 0 21 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PLP non-polymer . "PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE" 'VITAMIN B6 Phosphate' 'C8 H10 N O6 P' 247.142 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6M4O _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6M4O _struct.title 'Cryo-EM structure of the monomeric SPT-ORMDL3 complex' _struct.pdbx_descriptor ;Serine palmitoyltransferase 1 (E.C.2.3.1.50), Serine palmitoyltransferase 2 (E.C.2.3.1.50), ORM1-like protein 3, Serine palmitoyltransferase small subunit A ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6M4O _struct_keywords.text 'membrane protein, lipid synthesis, TRANSFERASE' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSFERASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 5 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLU A 56 ? ILE A 61 ? GLU S 56 ILE S 61 1 ? 6 HELX_P HELX_P2 AA2 ASN A 114 ? ALA A 123 ? ASN S 114 ALA S 123 1 ? 10 HELX_P HELX_P3 AA3 SER A 124 ? GLY A 129 ? SER S 124 GLY S 129 1 ? 6 HELX_P HELX_P4 AA4 ASP A 143 ? MET A 156 ? ASP S 143 MET S 156 1 ? 14 HELX_P HELX_P5 AA5 GLY A 167 ? ILE A 171 ? GLY S 167 ILE S 171 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 LYS A 197 ? SER A 202 ? LYS S 197 SER S 202 1 ? 6 HELX_P HELX_P7 AA7 LEU A 217 ? GLN A 229 ? LEU S 217 GLN S 229 1 ? 13 HELX_P HELX_P8 AA8 ARG A 233 ? VAL A 237 ? ARG S 233 VAL S 237 5 ? 5 HELX_P HELX_P9 AA9 LEU A 257 ? LYS A 268 ? LEU S 257 LYS S 268 1 ? 12 HELX_P HELX_P10 AB1 GLY A 288 ? TYR A 293 ? GLY S 288 TYR S 293 1 ? 6 HELX_P HELX_P11 AB2 ASN A 296 ? ILE A 300 ? ASN S 296 ILE S 300 5 ? 5 HELX_P HELX_P12 AB3 ARG A 321 ? ASP A 326 ? ARG S 321 ASP S 326 1 ? 6 HELX_P HELX_P13 AB4 HIS A 327 ? LEU A 330 ? HIS S 327 LEU S 330 5 ? 4 HELX_P HELX_P14 AB5 PRO A 342 ? ASN A 359 ? PRO S 342 ASN S 359 1 ? 18 HELX_P HELX_P15 AB6 GLY A 361 ? HIS A 374 ? GLY S 361 HIS S 374 1 ? 14 HELX_P HELX_P16 AB7 SER A 404 ? MET A 420 ? SER S 404 MET S 420 1 ? 17 HELX_P HELX_P17 AB8 ASN A 421 ? SER A 423 ? ASN S 421 SER S 423 5 ? 3 HELX_P HELX_P18 AB9 THR A 453 ? GLU A 456 ? THR S 453 GLU S 456 5 ? 4 HELX_P HELX_P19 AC1 LEU A 457 ? ALA A 470 ? LEU S 457 ALA S 470 1 ? 14 HELX_P HELX_P20 AC2 LEU B 69 ? LEU B 91 ? LEU T 69 LEU T 91 1 ? 23 HELX_P HELX_P21 AC3 ASP B 117 ? ASN B 120 ? ASP T 117 ASN T 120 5 ? 4 HELX_P HELX_P22 AC4 PHE B 121 ? LEU B 126 ? PHE T 121 LEU T 126 1 ? 6 HELX_P HELX_P23 AC5 GLN B 189 ? GLU B 197 ? GLN T 189 GLU T 197 1 ? 9 HELX_P HELX_P24 AC6 LEU B 213 ? GLY B 228 ? LEU T 213 GLY T 228 1 ? 16 HELX_P HELX_P25 AC7 GLY B 238 ? SER B 243 ? GLY T 238 SER T 243 1 ? 6 HELX_P HELX_P26 AC8 ASN B 245 ? VAL B 250 ? ASN T 245 VAL T 250 1 ? 6 HELX_P HELX_P27 AC9 HIS B 263 ? SER B 273 ? HIS T 263 SER T 273 1 ? 11 HELX_P HELX_P28 AD1 ASN B 284 ? VAL B 297 ? ASN T 284 VAL T 297 1 ? 14 HELX_P HELX_P29 AD2 LEU B 327 ? LYS B 335 ? LEU T 327 LYS T 335 1 ? 9 HELX_P HELX_P30 AD3 GLY B 358 ? PHE B 363 ? GLY T 358 PHE T 363 1 ? 6 HELX_P HELX_P31 AD4 ASP B 366 ? VAL B 370 ? ASP T 366 VAL T 370 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 AD5 LYS B 391 ? ASP B 396 ? LYS T 391 ASP T 396 1 ? 6 HELX_P HELX_P33 AD6 SER B 412 ? GLY B 428 ? SER T 412 GLY T 428 1 ? 17 HELX_P HELX_P34 AD7 CYS B 438 ? GLU B 455 ? CYS T 438 GLU T 455 1 ? 18 HELX_P HELX_P35 AD8 LYS B 478 ? ARG B 489 ? LYS T 478 ARG T 489 1 ? 12 HELX_P HELX_P36 AD9 THR B 517 ? LEU B 535 ? THR T 517 LEU T 535 1 ? 19 HELX_P HELX_P37 AE1 TRP C 23 ? SER C 39 ? TRP A 23 SER A 39 1 ? 17 HELX_P HELX_P38 AE2 VAL C 45 ? THR C 50 ? VAL A 45 THR A 50 1 ? 6 HELX_P HELX_P39 AE3 THR C 50 ? PHE C 63 ? THR A 50 PHE A 63 1 ? 14 HELX_P HELX_P40 AE4 LYS C 100 ? TYR C 116 ? LYS A 100 TYR A 116 1 ? 17 HELX_P HELX_P41 AE5 THR C 117 ? TYR C 119 ? THR A 117 TYR A 119 5 ? 3 HELX_P HELX_P42 AE6 GLN C 121 ? VAL C 129 ? GLN A 121 VAL A 129 1 ? 9 HELX_P HELX_P43 AE7 LEU C 131 ? ILE C 136 ? LEU A 131 ILE A 136 1 ? 6 HELX_P HELX_P44 AE8 ARG D 29 ? VAL D 44 ? ARG E 8 VAL E 23 1 ? 16 HELX_P HELX_P45 AE9 THR D 45 ? LEU D 47 ? THR E 24 LEU E 26 5 ? 3 HELX_P HELX_P46 AF1 GLU D 54 ? GLY D 67 ? GLU E 33 GLY E 46 1 ? 14 HELX_P HELX_P47 AF2 GLY D 67 ? PHE D 76 ? GLY E 46 PHE E 55 1 ? 10 HELX_P HELX_P48 AF3 HIS E 24 ? PHE E 40 ? 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