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TSA-201 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP NMDZ1_RAT P35439 P35439-5 1 ;MSTMHLLTFALLFSCSFARAACDPKIVNIGAVLSTRKHEQMFREAVNQANKRHGSWKIQLNATSVTHKPNAIQMALSVCE DLISSQVYAILVSHPPTPNDHFTPTPVSYTAGFYRIPVLGLTTRMSIYSDKSIHLSFLRTVPPYSHQSSVWFEMMRVYNW NHIILLVSDDHEGRAAQKRLETLLEERESKAEKVLQFDPGTKNVTALLMEARELEARVIILSASEDDAATVYRAAAMLNM TGSGYVWLVGEREISGNALRYAPDGIIGLQLINGKNESAHISDAVGVVAQAVHELLEKENITDPPRGCVGNTNIWKTGPL FKRVLMSSKYADGVTGRVEFNEDGDRKFANYSIMNLQNRKLVQVGIYNGTHVIPNDRKIIWPGGETEKPRGYQMSTRLKI VTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNDTSPGSPRHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVA DGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKEIPRSTLDSFMQPFQS TLWLLVGLSVHVVAVMLYLLDRFSPFGRFKVNSEEEEEDALTLSSAMWFSWGVLLNSGIGEGAPRSFSARILGMVWAGFA MIIVASYTANLAAFLVLDRPEERITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQA VRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECDS RSNAPATLTFENMAGVFMLVAGGIVAGIFLIFIEIAYK ; 1 2 UNP NMDE1_RAT Q00959 ? 2 ;MGRLGYWTLLVLPALLVWRDPAQNAAAEKGPPALNIAVLLGHSHDVTERELRNLWGPEQATGLPLDVNVVALLMNRTDPK SLITHVCDLMSGARIHGLVFGDDTDQEAVAQMLDFISSQTFIPILGIHGGASMIMADKDPTSTFFQFGASIQQQATVMLK IMQDYDWHVFSLVTTIFPGYRDFISFIKTTVDNSFVGWDMQNVITLDTSFEDAKTQVQLKKIHSSVILLYCSKDEAVLIL SEARSLGLTGYDFFWIVPSLVSGNTELIPKEFPSGLISVSYDDWDYSLEARVRDGLGILTTAASSMLEKFSYIPEAKASC YGQAEKPETPLHTLHQFMVNVTWDGKDLSFTEEGYQVHPRLVVIVLNKDREWEKVGKWENQTLSLRHAVWPRYKSFSDCE PDDNHLSIVTLEEAPFVIVEDIDPLTETCVRNTVPCRKFVKINNSTNEGMNVKKCCKGFCIDILKKLSRTVKFTYDLYLV TNGKHGKKVNNVWNGMIGEVVYQRAVMAVGSLTINEERSEVVDFSVPFVETGISVMVSRSNGTVSPSAFLEPFSASVWVM MFVMLLIVSAIAVFVFEYFSPVGYNRNLAKGKAPHGPSFTIGKAIWLLWGLVFNNSVPVQNPKGTTSKIMVSVWAFFAVI FLASYTANLAAFMIQEEFVDQVTGLSDKKFQRPHDYSPPFRFGTVPNGSTERNIRNNYPYMHQYMTRFNQRGVEDALVSL KTGKLDAFIYDAAVLNYKAGRDEGCKLVTIGSGYIFASTGYGIALQKGSPWKRQIDLALLQFVGDGEMEELETLWLTGIC HNEKNEVMSSQLDIDNMAGVFYMLAAAMALSLITFIW ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6MM9 A 1 ? 838 ? 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'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ? 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6MM9 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6MM9 _struct.title ;Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the '1-Knuckle' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 6.1 ; _struct.pdbx_descriptor 'Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1, Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6MM9 _struct_keywords.text 'Ligand-gated Ion Channel, NMDA Receptor, ionotropic Glutamate Receptors, membrane protein, TRANSPORT PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'TRANSPORT PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 3 ? G N N 3 ? H N N 3 ? I N N 3 ? J N N 3 ? K N N 3 ? L N N 3 ? M N N 3 ? N N N 3 ? O N N 3 ? P N N 3 ? Q N N 3 ? R N N 3 ? S N N 3 ? T N N 3 ? U N N 3 ? V N N 3 ? W N N 3 ? X N N 3 ? Y N N 3 ? Z N N 3 ? AA N N 3 ? BA N N 3 ? CA N N 3 ? DA N N 3 ? EA N N 3 ? FA N N 3 ? GA N N 3 ? HA N N 3 ? IA N N 3 ? JA N N 3 ? KA N N 3 ? LA N N 3 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR A 35 ? ASN A 50 ? THR A 35 ASN A 50 1 ? 16 HELX_P HELX_P2 AA2 ASN A 70 ? ILE A 83 ? ASN A 70 ILE A 83 1 ? 14 HELX_P HELX_P3 AA3 PRO A 104 ? GLY A 112 ? PRO A 104 GLY A 112 1 ? 9 HELX_P HELX_P4 AA4 PHE A 113 ? ARG A 115 ? PHE A 113 ARG A 115 5 ? 3 HELX_P HELX_P5 AA5 MET A 125 ? ASP A 130 ? MET A 125 ASP A 130 1 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 TYR A 144 ? TYR A 158 ? TYR A 144 TYR A 158 1 ? 15 HELX_P HELX_P7 AA7 ASP A 170 ? GLU A 188 ? ASP A 170 GLU A 188 1 ? 19 HELX_P HELX_P8 AA8 VAL A 204 ? LEU A 214 ? VAL A 204 LEU A 214 1 ? 11 HELX_P HELX_P9 AA9 SER A 224 ? LEU A 238 ? SER A 224 LEU A 238 1 ? 15 HELX_P HELX_P10 AB1 GLU A 251 ? SER A 255 ? GLU A 251 SER A 255 5 ? 5 HELX_P HELX_P11 AB2 GLY A 256 ? ALA A 262 ? GLY A 256 ALA A 262 1 ? 7 HELX_P HELX_P12 AB3 GLU A 277 ? GLU A 297 ? GLU A 277 GLU A 297 1 ? 21 HELX_P HELX_P13 AB4 THR A 317 ? SER A 327 ? THR A 317 SER A 327 1 ? 11 HELX_P HELX_P14 AB5 PHE A 458 ? MET A 470 ? PHE A 458 MET A 470 1 ? 13 HELX_P HELX_P15 AB6 ASN A 499 ? SER A 507 ? ASN A 499 SER A 507 1 ? 9 HELX_P HELX_P16 AB7 ASN A 520 ? GLN A 525 ? ASN A 520 GLN A 525 1 ? 6 HELX_P HELX_P17 AB8 SER A 560 ? PHE A 583 ? SER A 560 PHE A 583 1 ? 24 HELX_P HELX_P18 AB9 THR A 602 ? ASN A 616 ? THR A 602 ASN A 616 1 ? 15 HELX_P HELX_P19 AC1 SER A 628 ? PHE A 654 ? SER A 628 PHE A 654 1 ? 27 HELX_P HELX_P20 AC2 ASP A 669 ? ASN A 674 ? ASP A 669 ASN A 674 1 ? 6 HELX_P HELX_P21 AC3 SER A 687 ? GLN A 696 ? SER A 687 GLN A 696 1 ? 10 HELX_P HELX_P22 AC4 LEU A 699 ? GLU A 707 ? LEU A 699 GLU A 707 1 ? 9 HELX_P HELX_P23 AC5 SER A 713 ? ASP A 723 ? SER A 713 ASP A 723 1 ? 11 HELX_P HELX_P24 AC6 SER A 733 ? ALA A 740 ? SER A 733 ALA A 740 1 ? 8 HELX_P HELX_P25 AC7 LYS A 769 ? ASN A 782 ? LYS A 769 ASN A 782 1 ? 14 HELX_P HELX_P26 AC8 GLY A 783 ? TRP A 792 ? GLY A 783 TRP A 792 1 ? 10 HELX_P HELX_P27 AC9 MET A 813 ? LYS A 838 ? MET A 813 LYS A 838 1 ? 26 HELX_P HELX_P28 AD1 HIS B 42 ? VAL B 46 ? HIS B 42 VAL B 46 5 ? 5 HELX_P HELX_P29 AD2 GLU B 48 ? ASN B 53 ? GLU B 48 ASN B 53 1 ? 6 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP B 78 ? SER B 91 ? ASP B 78 SER B 91 1 ? 14 HELX_P HELX_P31 AD4 GLU B 107 ? PHE B 121 ? GLU B 107 PHE B 121 1 ? 15 HELX_P HELX_P32 AD5 HIS B 128 ? SER B 132 ? HIS B 128 SER B 132 5 ? 5 HELX_P HELX_P33 AD6 SER B 150 ? ASP B 166 ? SER B 150 ASP B 166 1 ? 17 HELX_P HELX_P34 AD7 TYR B 180 ? SER B 194 ? TYR B 180 SER B 194 1 ? 15 HELX_P HELX_P35 AD8 ALA B 213 ? LYS B 221 ? ALA B 213 LYS B 221 1 ? 9 HELX_P HELX_P36 AD9 SER B 232 ? LEU B 246 ? SER B 232 LEU B 246 1 ? 15 HELX_P HELX_P37 AE1 PRO B 258 ? GLY B 263 ? PRO B 258 GLY B 263 1 ? 6 HELX_P HELX_P38 AE2 SER B 287 ? GLU B 308 ? SER B 287 GLU B 308 1 ? 22 HELX_P HELX_P39 AE3 GLY B 458 ? VAL B 471 ? GLY B 458 VAL B 471 1 ? 14 HELX_P HELX_P40 AE4 ASN B 494 ? TYR B 502 ? ASN B 494 TYR B 502 1 ? 9 HELX_P HELX_P41 AE5 ASN B 515 ? VAL B 522 ? ASN B 515 VAL B 522 1 ? 8 HELX_P HELX_P42 AE6 SER B 556 ? PHE B 579 ? SER B 556 PHE B 579 1 ? 24 HELX_P HELX_P43 AE7 LYS B 603 ? LEU B 611 ? LYS B 603 LEU B 611 1 ? 9 HELX_P HELX_P44 AE8 THR B 625 ? PHE B 652 ? THR B 625 PHE B 652 1 ? 28 HELX_P HELX_P45 AE9 GLY B 688 ? ASN B 696 ? GLY B 688 ASN B 696 1 ? 9 HELX_P HELX_P46 AF1 TYR B 698 ? THR B 706 ? TYR B 698 THR B 706 1 ? 9 HELX_P HELX_P47 AF2 ARG B 707 ? ASN B 709 ? ARG B 707 ASN B 709 5 ? 3 HELX_P HELX_P48 AF3 GLY B 712 ? THR B 722 ? GLY B 712 THR B 722 1 ? 11 HELX_P HELX_P49 AF4 ALA B 732 ? GLY B 740 ? ALA B 732 GLY B 740 1 ? 9 HELX_P HELX_P50 AF5 PRO B 770 ? GLY B 784 ? PRO B 770 GLY B 784 1 ? 15 HELX_P HELX_P51 AF6 GLY B 786 ? LEU B 796 ? GLY B 786 LEU B 796 1 ? 11 HELX_P HELX_P52 AF7 ASP B 815 ? TRP B 837 ? ASP B 815 TRP B 837 1 ? 23 HELX_P HELX_P53 AF8 THR C 35 ? ASN C 50 ? THR C 35 ASN C 50 1 ? 16 HELX_P HELX_P54 AF9 ASN C 70 ? SER C 84 ? ASN C 70 SER C 84 1 ? 15 HELX_P HELX_P55 AG1 PRO C 104 ? GLY C 112 ? PRO C 104 GLY C 112 1 ? 9 HELX_P HELX_P56 AG2 MET C 125 ? ASP C 130 ? MET C 125 ASP C 130 1 ? 6 HELX_P HELX_P57 AG3 TYR C 144 ? ASN C 159 ? TYR C 144 ASN C 159 1 ? 16 HELX_P HELX_P58 AG4 ASP C 170 ? GLU C 188 ? ASP C 170 GLU C 188 1 ? 19 HELX_P HELX_P59 AG5 VAL C 204 ? GLU C 213 ? VAL C 204 GLU C 213 1 ? 10 HELX_P HELX_P60 AG6 SER C 224 ? MET C 237 ? SER C 224 MET C 237 1 ? 14 HELX_P HELX_P61 AG7 GLU C 251 ? SER C 255 ? GLU C 251 SER C 255 5 ? 5 HELX_P HELX_P62 AG8 GLY C 256 ? TYR C 261 ? GLY C 256 TYR C 261 1 ? 6 HELX_P HELX_P63 AG9 GLU C 277 ? LEU C 296 ? GLU C 277 LEU C 296 1 ? 20 HELX_P HELX_P64 AH1 THR C 317 ? SER C 327 ? THR C 317 SER C 327 1 ? 11 HELX_P HELX_P65 AH2 PHE C 458 ? MET C 470 ? PHE C 458 MET C 470 1 ? 13 HELX_P HELX_P66 AH3 ASN C 499 ? SER C 507 ? ASN C 499 SER C 507 1 ? 9 HELX_P HELX_P67 AH4 ASN C 520 ? GLN C 525 ? ASN C 520 GLN C 525 1 ? 6 HELX_P HELX_P68 AH5 THR C 561 ? PHE C 583 ? THR C 561 PHE C 583 1 ? 23 HELX_P HELX_P69 AH6 THR C 602 ? ASN C 616 ? THR C 602 ASN C 616 1 ? 15 HELX_P HELX_P70 AH7 SER C 628 ? LEU C 657 ? SER C 628 LEU C 657 1 ? 30 HELX_P HELX_P71 AH8 ASP C 669 ? ASN C 674 ? ASP C 669 ASN C 674 1 ? 6 HELX_P HELX_P72 AH9 SER C 687 ? GLN C 696 ? SER C 687 GLN C 696 1 ? 10 HELX_P HELX_P73 AI1 LEU C 699 ? GLU C 707 ? LEU C 699 GLU C 707 1 ? 9 HELX_P HELX_P74 AI2 SER C 713 ? ASP C 723 ? SER C 713 ASP C 723 1 ? 11 HELX_P HELX_P75 AI3 SER C 733 ? LYS C 743 ? SER C 733 LYS C 743 1 ? 11 HELX_P HELX_P76 AI4 GLN C 770 ? ASN C 782 ? 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GLY D 458 VAL D 471 1 ? 14 HELX_P HELX_P91 AK1 ASN D 494 ? TYR D 502 ? ASN D 494 TYR D 502 1 ? 9 HELX_P HELX_P92 AK2 ASN D 515 ? VAL D 522 ? ASN D 515 VAL D 522 1 ? 8 HELX_P HELX_P93 AK3 SER D 556 ? PHE D 579 ? SER D 556 PHE D 579 1 ? 24 HELX_P HELX_P94 AK4 LYS D 603 ? LEU D 611 ? LYS D 603 LEU D 611 1 ? 9 HELX_P HELX_P95 AK5 GLY D 624 ? GLN D 655 ? GLY D 624 GLN D 655 1 ? 32 HELX_P HELX_P96 AK6 ARG D 672 ? TYR D 676 ? ARG D 672 TYR D 676 5 ? 5 HELX_P HELX_P97 AK7 GLY D 688 ? ASN D 696 ? GLY D 688 ASN D 696 1 ? 9 HELX_P HELX_P98 AK8 TYR D 698 ? THR D 706 ? TYR D 698 THR D 706 1 ? 9 HELX_P HELX_P99 AK9 ARG D 707 ? ASN D 709 ? ARG D 707 ASN D 709 5 ? 3 HELX_P HELX_P100 AL1 GLY D 712 ? THR D 722 ? GLY D 712 THR D 722 1 ? 11 HELX_P HELX_P101 AL2 ALA D 732 ? ARG D 741 ? ALA D 732 ARG D 741 1 ? 10 HELX_P HELX_P102 AL3 TRP D 771 ? GLY D 784 ? TRP D 771 GLY D 784 1 ? 14 HELX_P HELX_P103 AL4 GLY D 786 ? LEU D 796 ? GLY D 786 LEU D 796 1 ? 11 HELX_P HELX_P104 AL5 ILE D 814 ? TRP D 837 ? ILE D 814 TRP D 837 1 ? 24 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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A ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? A ASN 61 A NAG 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 203 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? A ASN 203 A NAG 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 239 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 239 A NAG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 276 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? A ASN 276 A NAG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 300 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? A ASN 300 A NAG 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 350 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? A ASN 350 A NAG 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? A ASN 368 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? A ASN 368 A NAG 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.456 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? A ASN 440 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? A ASN 440 A NAG 908 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? 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B ASN 444 B NAG 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? B ASN 687 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? B ASN 687 B NAG 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? C ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? C ASN 61 C NAG 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? C ASN 203 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? C ASN 203 C NAG 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? C ASN 239 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? C ASN 239 C NAG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? C ASN 276 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? C ASN 276 C NAG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? C ASN 300 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? C ASN 300 C NAG 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? C ASN 350 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? C ASN 350 C NAG 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? C ASN 368 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? C ASN 368 C NAG 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? C ASN 440 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? C ASN 440 C NAG 908 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? C ASN 471 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? C ASN 471 C NAG 909 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? C ASN 491 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? C ASN 491 C NAG 910 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? C ASN 771 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? C ASN 771 C NAG 911 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? D ASN 75 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? D ASN 75 D NAG 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? D ASN 340 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? D ASN 340 D NAG 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.458 ? N-Glycosylation covale31 covale one ? D ASN 380 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? D ASN 380 D NAG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale32 covale one ? D ASN 443 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? D ASN 443 D NAG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale33 covale one ? D ASN 444 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? D ASN 444 D NAG 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale34 covale one ? D ASN 687 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? D ASN 687 D NAG 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 8 ? AA4 ? 8 ? AA5 ? 6 ? AA6 ? 3 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 5 ? AA9 ? 7 ? AB1 ? 3 ? AB2 ? 3 ? AB3 ? 3 ? AB4 ? 3 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 8 ? AB7 ? 7 ? AB8 ? 6 ? AB9 ? 3 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 5 ? AC3 ? 7 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 3 ? AC6 ? 2 ? 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LA 3 NAG 1 906 843 NAG NAG D . # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 33670 ? 1 MORE -89 ? 1 'SSA (A^2)' 153730 ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2018-11-28 2 'Structure model' 1 1 2018-12-19 3 'Structure model' 1 2 2019-11-27 4 'Structure model' 1 3 2020-07-29 # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 4 'Structure model' repository Remediation 'Carbohydrate remediation' ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Data collection' 2 2 'Structure model' 'Database references' 3 3 'Structure model' 'Author supporting evidence' 4 3 'Structure model' 'Data collection' 5 4 'Structure model' 'Data collection' 6 4 'Structure model' 'Derived calculations' 7 4 'Structure model' 'Structure summary' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author 3 3 'Structure model' em_software 4 3 'Structure model' pdbx_audit_support 5 4 'Structure model' chem_comp 6 4 'Structure model' entity 7 4 'Structure model' pdbx_chem_comp_identifier 8 4 'Structure model' pdbx_entity_nonpoly 9 4 'Structure model' struct_conn 10 4 'Structure model' struct_site 11 4 'Structure model' struct_site_gen # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.country' 2 2 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 3 2 'Structure model' '_citation.journal_id_ASTM' 4 2 'Structure model' '_citation.journal_id_CSD' 5 2 'Structure model' '_citation.journal_id_ISSN' 6 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 7 2 'Structure model' '_citation.page_first' 8 2 'Structure model' '_citation.page_last' 9 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 10 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 11 2 'Structure model' '_citation.title' 12 2 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' 13 3 'Structure model' '_em_software.details' 14 3 'Structure model' '_em_software.name' 15 3 'Structure model' '_pdbx_audit_support.funding_organization' 16 4 'Structure model' '_chem_comp.name' 17 4 'Structure model' '_chem_comp.type' 18 4 'Structure model' '_entity.pdbx_description' 19 4 'Structure model' '_pdbx_entity_nonpoly.name' 20 4 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_role' # _software.citation_id ? _software.classification refinement _software.compiler_name ? _software.compiler_version ? _software.contact_author ? _software.contact_author_email ? _software.date ? _software.description ? _software.dependencies ? _software.hardware ? _software.language ? _software.location ? _software.mods ? _software.name PHENIX _software.os ? _software.os_version ? _software.type ? _software.version 1.13_2998: _software.pdbx_ordinal 1 # _em_3d_fitting.entry_id 6MM9 _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 1 1 ? A 25-830 4PE5 1 2 ? B 34-388 5TQ0 1 3 ? A 3-288 5I57 1 4 ? B 25-832 5UOW # _em_3d_reconstruction.entry_id 6MM9 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.details ;After additional rounds of refinement/further classification, the final particle set for each class was exported to cisTEM (Grant et al., 2018). Further refinement in cisTEM was carried out by masking out the micelle, while keeping the TMD of the receptors for alignment. The area outside of the mask was filtered to 20 A and down-weighted for alignment. For a more accurate and conservative resolution estimate, the cisTEM-generated half-maps were used in RELION to generate the Fourier Shell Coefficient (FSC) curve, and the resolution was calculated at FSC = 0.143 (Scheres and Chen, 2012). ; _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.num_particles 94934 _em_3d_reconstruction.resolution 5.97 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 6.1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details 'Sample was heterologously expressed in TSA-201 cells, detergent solubilized, and affinity purified' _em_entity_assembly.name ;Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the '1-Knuckle' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 6.1 ; _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 6MM9 _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max ? _em_imaging.nominal_defocus_min ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 291 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details 'Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.' _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 6MM9 _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 6MM9 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 6MM9 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 O A PRO 767 ? ? C8 A NAG 911 ? ? 1.37 2 1 OE2 A GLU 528 ? ? NH1 D ARG 773 ? ? 2.05 3 1 OD1 B ASP 421 ? ? NZ B LYS 454 ? ? 2.08 4 1 OH B TYR 286 ? ? OD2 B ASP 294 ? ? 2.08 5 1 O C GLN 48 ? ? NH1 C ARG 52 ? ? 2.09 6 1 OD1 D ASP 421 ? ? NZ D LYS 454 ? ? 2.10 7 1 OG1 B THR 265 ? ? OD2 B ASP 282 ? ? 2.10 8 1 NH1 C ARG 448 ? ? OG1 C THR 450 ? ? 2.15 9 1 N D SER 397 ? ? OE2 D GLU 400 ? ? 2.16 10 1 NH1 A ARG 448 ? ? OG1 A THR 450 ? ? 2.17 11 1 NZ D LYS 138 ? ? O D GLY 354 ? ? 2.17 12 1 O A PRO 767 ? ? C7 A NAG 911 ? ? 2.19 13 1 OH D TYR 286 ? ? 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Coot ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 4.0 _em_specimen.details 'This sample was monodisperse' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)' 'United States' R01NS038631 1 'National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)' 'United States' 1F32MH115595 2 # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 3 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #