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TYR J 87 THR J 95 1 ? 9 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 HD22 D ASN 53 ? ? O E PRO 52 ? ? 1.59 2 1 OE2 B GLU 15 ? ? HE E ARG 35 ? ? 1.59 3 1 OE2 C GLU 15 ? ? HE F ARG 35 ? ? 1.60 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 GLU A 9 ? ? 71.36 -2.88 2 1 ARG A 57 ? ? 78.92 -12.99 3 1 GLU B 9 ? ? 71.38 -2.91 4 1 ARG B 57 ? ? 78.86 -12.98 5 1 GLU C 9 ? ? 71.32 -2.88 6 1 ARG C 57 ? ? 78.96 -13.02 7 1 GLU D 9 ? ? 71.36 -2.86 8 1 ARG D 57 ? ? 78.91 -13.00 9 1 GLU E 9 ? ? 71.39 -2.85 10 1 ARG E 57 ? ? 78.93 -13.00 11 1 GLU F 9 ? ? 71.37 -2.83 12 1 ARG F 57 ? ? 78.96 -13.02 13 1 GLU G 9 ? ? 71.31 -2.79 14 1 ARG G 57 ? ? 78.88 -12.98 15 1 GLU H 9 ? ? 71.39 -2.89 16 1 ARG H 57 ? ? 78.90 -13.07 17 1 GLU I 9 ? ? 71.33 -2.86 18 1 ARG I 57 ? ? 78.90 -12.99 19 1 GLU J 9 ? ? 71.31 -2.82 20 1 ARG J 57 ? ? 78.98 -13.06 # _pdbx_helical_symmetry.entry_id 6N2P _pdbx_helical_symmetry.number_of_operations 10 _pdbx_helical_symmetry.rotation_per_n_subunits -101.6 _pdbx_helical_symmetry.rise_per_n_subunits 5.11 _pdbx_helical_symmetry.n_subunits_divisor 1 _pdbx_helical_symmetry.dyad_axis no _pdbx_helical_symmetry.circular_symmetry 1 # _em_3d_fitting.entry_id 6N2P _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ;"Fit in map" in UCSF Chimera was used to fit the previously determined, lowest energy NMR solution structure (PDB ID 6E26) into the sharpened density and to generate 9 symmetry-mates according to the determined helical parameters. The map was then iteratively refined in Phenix and Coot, maintaining strict non-crystallographic symmetry among the CARDs. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.details ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id A _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range 8-95 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 6E26 _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name PDB _em_3d_fitting_list.type 'experimental model' _em_3d_fitting_list.accession_code 6E26 # _em_3d_reconstruction.entry_id 6N2P _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details 'A 5.0 A high-resolution limit was used for particle alignment in frealign.' _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 31908 _em_3d_reconstruction.resolution 4.0 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type HELICAL _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.0 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ;Formed from CARD9 2-152 dimer with an I107E mutation, purified with 1:1 Zn. 1 mM EDTA was added to 0.5 mM protein, followed by 10 minute incubation at 25C. ; _em_entity_assembly.name 'Helical assembly of the CARD9 CARD.' _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list 1 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 6N2P _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height 3710 _em_image_scans.dimension_width 3838 _em_image_scans.frames_per_image 40 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image 1-40 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 6N2P _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter 100 _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max 2500 _em_imaging.nominal_defocus_min 1250 _em_imaging.nominal_magnification 130000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 200 _em_sample_support.grid_type C-flat-2/1 _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ;Sample was incubated on the grid for 1 minute, subsequently washed/blotted 6 times in buffer, followed by addition of 3.5 ul buffer, which was blotted by vitrobot for 5 seconds prior to plunging. ; _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 6N2P _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 6N2P _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state FILAMENT _em_experiment.reconstruction_method HELICAL _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A GLY 1 ? A GLY 1 2 1 Y 1 A SER 2 ? A SER 2 3 1 Y 1 A ASP 3 ? A ASP 3 4 1 Y 1 A TYR 4 ? A TYR 4 5 1 Y 1 A GLU 5 ? A GLU 5 6 1 Y 1 A ASN 6 ? A ASN 6 7 1 Y 1 A ASP 7 ? A ASP 7 8 1 Y 1 A GLY 96 ? A GLY 96 9 1 Y 1 A LYS 97 ? A LYS 97 10 1 Y 1 A GLU 98 ? A GLU 98 11 1 Y 1 A PRO 99 ? A PRO 99 12 1 Y 1 A ALA 100 ? A ALA 100 13 1 Y 1 A ARG 101 ? A ARG 101 14 1 Y 1 A VAL 102 ? A VAL 102 15 1 Y 1 A PHE 103 ? A PHE 103 16 1 Y 1 A SER 104 ? A SER 104 17 1 Y 1 A MET 105 ? A MET 105 18 1 Y 1 A ILE 106 ? A ILE 106 19 1 Y 1 A GLU 107 ? A GLU 107 20 1 Y 1 A ASP 108 ? A ASP 108 21 1 Y 1 A ALA 109 ? A ALA 109 22 1 Y 1 A SER 110 ? A SER 110 23 1 Y 1 A GLY 111 ? A GLY 111 24 1 Y 1 A GLU 112 ? A GLU 112 25 1 Y 1 A SER 113 ? A SER 113 26 1 Y 1 A GLY 114 ? A GLY 114 27 1 Y 1 A LEU 115 ? A LEU 115 28 1 Y 1 A THR 116 ? A THR 116 29 1 Y 1 A GLN 117 ? A GLN 117 30 1 Y 1 A LEU 118 ? A LEU 118 31 1 Y 1 A LEU 119 ? A LEU 119 32 1 Y 1 A MET 120 ? A MET 120 33 1 Y 1 A THR 121 ? A THR 121 34 1 Y 1 A GLU 122 ? A GLU 122 35 1 Y 1 A VAL 123 ? A VAL 123 36 1 Y 1 A MET 124 ? A MET 124 37 1 Y 1 A LYS 125 ? A LYS 125 38 1 Y 1 A LEU 126 ? A LEU 126 39 1 Y 1 A GLN 127 ? A GLN 127 40 1 Y 1 A LYS 128 ? A LYS 128 41 1 Y 1 A LYS 129 ? A LYS 129 42 1 Y 1 A VAL 130 ? A VAL 130 43 1 Y 1 A GLN 131 ? A GLN 131 44 1 Y 1 A ASP 132 ? A ASP 132 45 1 Y 1 A LEU 133 ? A LEU 133 46 1 Y 1 A THR 134 ? A THR 134 47 1 Y 1 A ALA 135 ? A ALA 135 48 1 Y 1 A LEU 136 ? A LEU 136 49 1 Y 1 A LEU 137 ? A LEU 137 50 1 Y 1 A SER 138 ? A SER 138 51 1 Y 1 A SER 139 ? A SER 139 52 1 Y 1 A LYS 140 ? A LYS 140 53 1 Y 1 A ASP 141 ? A ASP 141 54 1 Y 1 A ASP 142 ? A ASP 142 55 1 Y 1 A PHE 143 ? A PHE 143 56 1 Y 1 A ILE 144 ? A ILE 144 57 1 Y 1 A LYS 145 ? A LYS 145 58 1 Y 1 A GLU 146 ? A GLU 146 59 1 Y 1 A LEU 147 ? A LEU 147 60 1 Y 1 A ARG 148 ? A ARG 148 61 1 Y 1 A VAL 149 ? A VAL 149 62 1 Y 1 A LYS 150 ? A LYS 150 63 1 Y 1 A ASP 151 ? A ASP 151 64 1 Y 1 A SER 152 ? A SER 152 65 1 Y 1 B GLY 1 ? B GLY 1 66 1 Y 1 B SER 2 ? B SER 2 67 1 Y 1 B ASP 3 ? B ASP 3 68 1 Y 1 B TYR 4 ? B TYR 4 69 1 Y 1 B GLU 5 ? B GLU 5 70 1 Y 1 B ASN 6 ? B ASN 6 71 1 Y 1 B ASP 7 ? B ASP 7 72 1 Y 1 B GLY 96 ? B GLY 96 73 1 Y 1 B LYS 97 ? B LYS 97 74 1 Y 1 B GLU 98 ? B GLU 98 75 1 Y 1 B PRO 99 ? B PRO 99 76 1 Y 1 B ALA 100 ? B ALA 100 77 1 Y 1 B ARG 101 ? B ARG 101 78 1 Y 1 B VAL 102 ? B VAL 102 79 1 Y 1 B PHE 103 ? B PHE 103 80 1 Y 1 B SER 104 ? B SER 104 81 1 Y 1 B MET 105 ? B MET 105 82 1 Y 1 B ILE 106 ? B ILE 106 83 1 Y 1 B GLU 107 ? B GLU 107 84 1 Y 1 B ASP 108 ? B ASP 108 85 1 Y 1 B ALA 109 ? B ALA 109 86 1 Y 1 B SER 110 ? B SER 110 87 1 Y 1 B GLY 111 ? B GLY 111 88 1 Y 1 B GLU 112 ? B GLU 112 89 1 Y 1 B SER 113 ? B SER 113 90 1 Y 1 B GLY 114 ? B GLY 114 91 1 Y 1 B LEU 115 ? B LEU 115 92 1 Y 1 B THR 116 ? B THR 116 93 1 Y 1 B GLN 117 ? B GLN 117 94 1 Y 1 B LEU 118 ? B LEU 118 95 1 Y 1 B LEU 119 ? B LEU 119 96 1 Y 1 B MET 120 ? B MET 120 97 1 Y 1 B THR 121 ? B THR 121 98 1 Y 1 B GLU 122 ? B GLU 122 99 1 Y 1 B VAL 123 ? B VAL 123 100 1 Y 1 B MET 124 ? B MET 124 101 1 Y 1 B LYS 125 ? B LYS 125 102 1 Y 1 B LEU 126 ? B LEU 126 103 1 Y 1 B GLN 127 ? B GLN 127 104 1 Y 1 B LYS 128 ? B LYS 128 105 1 Y 1 B LYS 129 ? B LYS 129 106 1 Y 1 B VAL 130 ? B VAL 130 107 1 Y 1 B GLN 131 ? B GLN 131 108 1 Y 1 B ASP 132 ? B ASP 132 109 1 Y 1 B LEU 133 ? B LEU 133 110 1 Y 1 B THR 134 ? B THR 134 111 1 Y 1 B ALA 135 ? B ALA 135 112 1 Y 1 B LEU 136 ? B LEU 136 113 1 Y 1 B LEU 137 ? B LEU 137 114 1 Y 1 B SER 138 ? B SER 138 115 1 Y 1 B SER 139 ? B SER 139 116 1 Y 1 B LYS 140 ? B LYS 140 117 1 Y 1 B ASP 141 ? B ASP 141 118 1 Y 1 B ASP 142 ? B ASP 142 119 1 Y 1 B PHE 143 ? B PHE 143 120 1 Y 1 B ILE 144 ? B ILE 144 121 1 Y 1 B LYS 145 ? B LYS 145 122 1 Y 1 B GLU 146 ? B GLU 146 123 1 Y 1 B LEU 147 ? B LEU 147 124 1 Y 1 B ARG 148 ? B ARG 148 125 1 Y 1 B VAL 149 ? B VAL 149 126 1 Y 1 B LYS 150 ? B LYS 150 127 1 Y 1 B ASP 151 ? B ASP 151 128 1 Y 1 B SER 152 ? B SER 152 129 1 Y 1 C GLY 1 ? C GLY 1 130 1 Y 1 C SER 2 ? 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Segments were extracted from filaments using RELION, using a 30 A shift between particles. ; _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 141592 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' 'Filaments were manually selected using e2helixboxer.py.' EMAN2 ? 1 ? ? 2 'PARTICLE SELECTION' 'Segments were extracted from filaments using RELION.' RELION 2.1 1 ? ? 3 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM ? ? ? 1 4 MASKING ? ? ? ? ? ? 5 'CTF CORRECTION' 'CTFfind was used, implemented in cisTEM 1.0.0.' CTFFIND ? 1 ? ? 6 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' ? ? 1 ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 1 ? 11 'MODEL REFINEMENT' ? Coot ? ? 1 ? 12 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2.1 1 ? ? 13 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' 'Frealign, as implemented by cisTEM 1.0.0.' FREALIGN ? 1 ? ? 14 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? FREALIGN 9.11 1 ? ? 15 CLASSIFICATION ? FREALIGN 9.11 1 ? ? 16 RECONSTRUCTION ? FREALIGN 9.11 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 8.67 _em_specimen.details ;Formed from CARD9 2-152 dimer with an I107E mutation, purified with 1:1 Zn. 1 mM EDTA was added to 0.5 mM protein, followed by 10 minute incubation at 25C. Sample was subsequently diluted 1:5 before adding to grid. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.type 'experimental model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name PDB _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 6E26 # _atom_sites.entry_id 6N2P _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 # loop_ _atom_type.symbol C H N O S # loop_