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EMDB EMD-9333 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2019-02-20 2 'Structure model' 1 1 2020-01-15 3 'Structure model' 1 2 2024-03-20 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Author supporting evidence' 2 3 'Structure model' 'Data collection' 3 3 'Structure model' 'Database references' 4 3 'Structure model' 'Derived calculations' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' pdbx_audit_support 2 3 'Structure model' chem_comp_atom 3 3 'Structure model' chem_comp_bond 4 3 'Structure model' database_2 5 3 'Structure model' struct_conn # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_pdbx_audit_support.funding_organization' 2 3 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 3 3 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' 4 3 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_dist_value' 5 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id' 6 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id' 7 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id' 8 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_asym_id' 9 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_atom_id' 10 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_comp_id' 11 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_seq_id' 12 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id' 13 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_asym_id' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6N2Y _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2018-11-14 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'Focused refinement on the membrane embedded region' EMD-9327 'other EM volume' PDB 'Atomic model of the membrane embedded region' 6N2D unspecified EMDB 'Bacillus PS3 ATP synthase class 1' EMD-9333 'associated EM volume' EMDB . EMD-9334 'other EM volume' EMDB . EMD-9335 'other EM volume' EMDB . EMD-9336 'other EM volume' EMDB . EMD-9337 'other EM volume' EMDB . 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_citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Guo, H.' 1 ? primary 'Suzuki, T.' 2 ? primary 'Rubinstein, J.L.' 3 0000-0003-0566-2209 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'ATP synthase subunit alpha' 54848.598 3 3.6.3.14 ? ? ? 2 polymer man 'ATP synthase subunit beta' 51911.969 3 3.6.3.14 ? ? ? 3 polymer man 'ATP synthase gamma chain' 31859.523 1 ? ? ? ? 4 polymer man 'ATP synthase epsilon chain' 14585.905 1 ? ? ? ? 5 polymer man 'ATP synthase subunit delta' 19790.689 1 ? ? ? ? 6 polymer man 'ATP synthase subunit b' 18735.764 1 ? ? ? ? 7 polymer man 'ATP synthase subunit b' 19380.344 1 ? ? ? ? 8 polymer man 'ATP synthase subunit a' 26449.320 1 ? ? ? ? 9 polymer man 'ATP synthase subunit c' 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;MSIRAEEISALIKQQIENYESQIQVSDVGTVIQVGDGIARAHGLDNVMSGELVEFANGVMGMALNLEENNVGIVILGPYT GIKEGDEVRRTGRIMEVPVGEALIGRVVNPLGQPVDGLGPVETTETRPIESPAPGVMDRRSVHEPLQTGIKAIDALVPIG RGQRELIIGDRQTGKTSVAIDTIINQKDQNMISIYVAIGQKESTVRTVVETLRKHGALDYTIVVTASASQPAPLLFLAPY AGVAMGEYFMYKGKHVLVVYDDLSKQAAAYRELSLLLRRPPGREAYPGDIFYLHSRLLERAAKLSDAKGGGSLTALPFVE TQAGDISAYIPTNVISITDGQIFLQSDLFFSGVRPAINAGLSVSRVGGAAQIKAMKKVAGTLRLDLAAYRELEAFAQFGS DLDKATQAKLARGARTVEVLKQDLHQPIPVEKQVLIIYALTRGFLDDIPVEDVRRFEKEFYLFLDQNGQHLLEHIRTTKD LPNEDDLNKAIEAFKKTFVVSQ ; ;MSIRAEEISALIKQQIENYESQIQVSDVGTVIQVGDGIARAHGLDNVMSGELVEFANGVMGMALNLEENNVGIVILGPYT GIKEGDEVRRTGRIMEVPVGEALIGRVVNPLGQPVDGLGPVETTETRPIESPAPGVMDRRSVHEPLQTGIKAIDALVPIG RGQRELIIGDRQTGKTSVAIDTIINQKDQNMISIYVAIGQKESTVRTVVETLRKHGALDYTIVVTASASQPAPLLFLAPY AGVAMGEYFMYKGKHVLVVYDDLSKQAAAYRELSLLLRRPPGREAYPGDIFYLHSRLLERAAKLSDAKGGGSLTALPFVE TQAGDISAYIPTNVISITDGQIFLQSDLFFSGVRPAINAGLSVSRVGGAAQIKAMKKVAGTLRLDLAAYRELEAFAQFGS DLDKATQAKLARGARTVEVLKQDLHQPIPVEKQVLIIYALTRGFLDDIPVEDVRRFEKEFYLFLDQNGQHLLEHIRTTKD LPNEDDLNKAIEAFKKTFVVSQ ; A,B,C ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MTRGRVIQVMGPVVDVKFENGHLPAIYNALKIQHKARNENEVDIDLTLEVALHLGDDTVRTIAMASTDGLIRGMEVIDTG APISVPVGEVTLGRVFNVLGEPIDLEGDIPADARRDPIHRPAPKFEELATEVEILETGIKVVDLLAPYIKGGKIGLFGGA GVGKTVLIQELIHNIAQEHGGISVFAGVGERTREGNDLYHEMKDSGVISKTAMVFGQMNEPPGARMRVALTGLTMAEYFR DEQGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSALLGRMPSAVGYQPTLATEMGQLQERITSTAKGSITSIQAIYVPADDYTDPAPAT TFSHLDATTNLERKLAEMGIYPAVDPLASTSRALAPEIVGEEHYQVARKVQQTLQRYKELQDIIAILGMDELSDEDKLVV HRARRIQFFLSQNFHVAEQFTGQPGSYVPVKETVRGFKEILEGKYDHLPEDAFRLVGRIEEVVEKAKAMGVEV ; ;MTRGRVIQVMGPVVDVKFENGHLPAIYNALKIQHKARNENEVDIDLTLEVALHLGDDTVRTIAMASTDGLIRGMEVIDTG APISVPVGEVTLGRVFNVLGEPIDLEGDIPADARRDPIHRPAPKFEELATEVEILETGIKVVDLLAPYIKGGKIGLFGGA GVGKTVLIQELIHNIAQEHGGISVFAGVGERTREGNDLYHEMKDSGVISKTAMVFGQMNEPPGARMRVALTGLTMAEYFR DEQGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSALLGRMPSAVGYQPTLATEMGQLQERITSTAKGSITSIQAIYVPADDYTDPAPAT TFSHLDATTNLERKLAEMGIYPAVDPLASTSRALAPEIVGEEHYQVARKVQQTLQRYKELQDIIAILGMDELSDEDKLVV HRARRIQFFLSQNFHVAEQFTGQPGSYVPVKETVRGFKEILEGKYDHLPEDAFRLVGRIEEVVEKAKAMGVEV ; D,E,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MASLRDIKTRINATKKTSQITKAMEMVSTSKLNRAEQNAKSFVPYMEKIQEVVANVALGAGGASHPMLVSRPVKKTGYLV ITSDRGLAGAYNSNVLRLVYQTIQKRHASPDEYAIIVIGRVGLSFFRKRNMPVILDITRLPDQPSFADIKEIARKTVGLF ADGTFDELYMYYNHYVSAIQQEVTERKLLPLTDLAENKQRTVYEFEPSQEEILDVLLPQYAESLIYGALLDAKASEHAAR MTAMKNATDNANELIRTLTLSYNRARQAAITQEITEIVAGANALQ ; ;MASLRDIKTRINATKKTSQITKAMEMVSTSKLNRAEQNAKSFVPYMEKIQEVVANVALGAGGASHPMLVSRPVKKTGYLV ITSDRGLAGAYNSNVLRLVYQTIQKRHASPDEYAIIVIGRVGLSFFRKRNMPVILDITRLPDQPSFADIKEIARKTVGLF ADGTFDELYMYYNHYVSAIQQEVTERKLLPLTDLAENKQRTVYEFEPSQEEILDVLLPQYAESLIYGALLDAKASEHAAR MTAMKNATDNANELIRTLTLSYNRARQAAITQEITEIVAGANALQ ; G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MKTIHVSVVTPDGPVYEDDVEMVSVKAKSGELGILPGHIPLVAPLEISAARLKKGGKTQYIAVSGGFLEVRPDKVTILAQ AAERAEDIDVLRAKAAKERAERRLQSQQDDIDFKRAELALKRAMNRLSVAEMK ; ;MKTIHVSVVTPDGPVYEDDVEMVSVKAKSGELGILPGHIPLVAPLEISAARLKKGGKTQYIAVSGGFLEVRPDKVTILAQ AAERAEDIDVLRAKAAKERAERRLQSQQDDIDFKRAELALKRAMNRLSVAEMK ; H ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MNQEVIAKRYASALFQIALEQGQLDRIEEDVRAVRQALAENGEFLSLLSYPKLSLDQKKALIAEAFAGVSTPVQNTLLLL LERHRFGLVPELAEQFLALVDDARGIAKAVAYSARPLTDEELRALSDVFAQKVGKQTLEIENIIDPELIGGVRLRIGNRI YDGSVSGQLERIRRQLIG ; ;MNQEVIAKRYASALFQIALEQGQLDRIEEDVRAVRQALAENGEFLSLLSYPKLSLDQKKALIAEAFAGVSTPVQNTLLLL LERHRFGLVPELAEQFLALVDDARGIAKAVAYSARPLTDEELRALSDVFAQKVGKQTLEIENIIDPELIGGVRLRIGNRI YDGSVSGQLERIRRQLIG ; I ? 6 'polypeptide(L)' no no ;EAAHGISGGTIIYQLLMFIILLALLRKFAWQPLMNIMKQREEHIANEIDQAEKRRQEAEKLLEEQRELMKQSRQEAQALI ENARKLAEEQKEQIVASARAEAERVKETAKKEIEREKEQAMAALREQVASLSVLIASKVI(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)KDVQEVGGARM ; ;EAAHGISGGTIIYQLLMFIILLALLRKFAWQPLMNIMKQREEHIANEIDQAEKRRQEAEKLLEEQRELMKQSRQEAQALI ENARKLAEEQKEQIVASARAEAERVKETAKKEIEREKEQAMAALREQVASLSVLIASKVIXXXXXXXXXXXXXXXXXKDV QEVGGARM ; b2 ? 7 'polypeptide(L)' no no ;EAAHGISGGTIIYQLLMFIILLALLRKFAWQPLMNIMKQREEHIANEIDQAEKRRQEAEKLLEEQRELMKQSRQEAQALI ENARKLAEEQKEQIVASARAEAERVKETAKKEIEREKEQAMAALREQVASLSVLIASKVIEKELTEQDQRKLIEAYIKDV QEVGGARM ; ;EAAHGISGGTIIYQLLMFIILLALLRKFAWQPLMNIMKQREEHIANEIDQAEKRRQEAEKLLEEQRELMKQSRQEAQALI ENARKLAEEQKEQIVASARAEAERVKETAKKEIEREKEQAMAALREQVASLSVLIASKVIEKELTEQDQRKLIEAYIKDV QEVGGARM ; b1 ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MEHKAPLVEFLGLTFNLSDMLMITITCLIVFIIAVAATRSLQLRPTGMQNFMEWVFDFVRGIINSTMDWQTGGRFLTLGV TLIMYVFVANMLGLPFSVHVNGELWWKSPTADATVTLTLAVMVVALTHYYGVKMKGASDYLRDYTRPVAWLFPLKIIEEF ANTLTLGLRLFGNIYAGEILLGLLASLGTHYGVLGAVGAAIPMMVWQAFSIFVGTIQAFIFTMLTMVYMAHKVSHDH ; ;MEHKAPLVEFLGLTFNLSDMLMITITCLIVFIIAVAATRSLQLRPTGMQNFMEWVFDFVRGIINSTMDWQTGGRFLTLGV TLIMYVFVANMLGLPFSVHVNGELWWKSPTADATVTLTLAVMVVALTHYYGVKMKGASDYLRDYTRPVAWLFPLKIIEEF ANTLTLGLRLFGNIYAGEILLGLLASLGTHYGVLGAVGAAIPMMVWQAFSIFVGTIQAFIFTMLTMVYMAHKVSHDH ; a ? 9 'polypeptide(L)' no no MSLGVLAAAIAVGLGALGAGIGNGLIVSRTIEGIARQPELRPVLQTTMFIGVALVEALPIIGVVFSFIYLGR MSLGVLAAAIAVGLGALGAGIGNGLIVSRTIEGIARQPELRPVLQTTMFIGVALVEALPIIGVVFSFIYLGR c0,c1,c2,c3,c4,c5,c6,c7,c8,c9 ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 10 "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ATP 11 'MAGNESIUM ION' MG 12 'PHOSPHATE ION' PO4 13 "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ADP # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 SER n 1 3 ILE n 1 4 ARG n 1 5 ALA n 1 6 GLU n 1 7 GLU n 1 8 ILE n 1 9 SER n 1 10 ALA n 1 11 LEU n 1 12 ILE n 1 13 LYS n 1 14 GLN n 1 15 GLN n 1 16 ILE n 1 17 GLU n 1 18 ASN n 1 19 TYR n 1 20 GLU n 1 21 SER n 1 22 GLN n 1 23 ILE n 1 24 GLN n 1 25 VAL n 1 26 SER n 1 27 ASP n 1 28 VAL n 1 29 GLY n 1 30 THR n 1 31 VAL n 1 32 ILE n 1 33 GLN n 1 34 VAL n 1 35 GLY n 1 36 ASP n 1 37 GLY n 1 38 ILE n 1 39 ALA n 1 40 ARG n 1 41 ALA n 1 42 HIS n 1 43 GLY n 1 44 LEU n 1 45 ASP n 1 46 ASN n 1 47 VAL n 1 48 MET n 1 49 SER n 1 50 GLY n 1 51 GLU n 1 52 LEU n 1 53 VAL n 1 54 GLU n 1 55 PHE n 1 56 ALA n 1 57 ASN n 1 58 GLY n 1 59 VAL n 1 60 MET n 1 61 GLY n 1 62 MET n 1 63 ALA n 1 64 LEU n 1 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PRO 342 D 1 8.30 5 TYR 341 E . ? TYR 341 E PRO 342 E ? PRO 342 E 1 7.39 6 TYR 341 F . ? TYR 341 F PRO 342 F ? PRO 342 F 1 2.54 7 LEU 189 G . ? LEU 189 G PRO 190 G ? PRO 190 G 1 7.69 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 7 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 8 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 13 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 7 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 5 ? AB1 ? 6 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 8 ? AB4 ? 6 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 7 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 7 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 7 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 7 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 4 ? AC6 ? 6 ? 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