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_entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 566 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 3 1 sample 1 6 'Enterobacteria phage T7' ? 10760 ? 4 1 sample 1 44 'Enterobacteria phage T7' ? 10760 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP PRIM_BPT7 P03692 ? 1 ;MDNSHDSDSVFLYHIPCDNCGSSDGNSLFSDGHTFCYVCEKWTAGNEDTKERASKRKPSGGKPMTYNVWNFGESNGRYSA LTARGISKETCQKAGYWIAKVDGVMYQVADYRDQNGNIVSQKVRDKDKNFKTTGSHKSDALFGKHLWNGGKKIVVTEGEI DMLTVMELQDCKYPVVSLGHGASAAKKTCAANYEYFDQFEQIILMFDMDEAGRKAVEEAAQVLPAGKVRVAVLPCKDANE CHLNGHDREIMEQVWNAGPWIPDGVVSALSLRERIREHLSSEESVGLLFSGCTGINDKTLGARGGEVIMVTSGSGMGKST FVRQQALQWGTAMGKKVGLAMLEESVEETAEDLIGLHNRVRLRQSDSLKREIIENGKFDQWFDELFGNDTFHLYDSFAEA ETDRLLAKLAYMRSGLGCDVIILDHISIVVSASGESDERKMIDNLMTKLKGFAKSTGVVLVVICHLKNPDKGKAHEEGRP VSITDLRGSGALRQLSDTIIALERNQQGDMPNLVLVRILKCRFTGDTGIAGYMEYNKETGWLEPSSYSGEEESHSESTDW SNDTDF ; 1 2 UNP DPOL_BPT7 P00581 ? 2 ;MIVSDIEANALLESVTKFHCGVIYDYSTAEYVSYRPSDFGAYLDALEAEVARGGLIVFHNGHKYDVPALTKLAKLQLNRE FHLPRENCIDTLVLSRLIHSNLKDTDMGLLRSGKLPGKRFGSHALEAWGYRLGEMKGEYKDDFKRMLEEQGEEYVDGMEW WNFNEEMMDYNVQDVVVTKALLEKLLSDKHYFPPEIDFTDVGYTTFWSESLEAVDIEHRAAWLLAKQERNGFPFDTKAIE ELYVELAARRSELLRKLTETFGSWYQPKGGTEMFCHPRTGKPLPKYPRIKTPKVGGIFKKPKNKAQREGREPCELDTREY VAGAPYTPVEHVVFNPSSRDHIQKKLQEAGWVPTKYTDKGAPVVDDEVLEGVRVDDPEKQAAIDLIKEYLMIQKRIGQSA EGDKAWLRYVAEDGKIHGSVNPNGAVTGRATHAFPNLAQIPGVRSPYGEQCRAAFGAEHHLDGITGKPWVQAGIDASGLE LRCLAHFMARFDNGEYAHEILNGDIHTKNQIAAELPTRDNAKTFIYGFLYGAGDEKIGQIVGAGKERGKELKKKFLENTP AIAALRESIQQTLVESSQWVAGEQQVKWKRRWIKGLDGRKVHVRSPHAALNTLLQSAGALICKLWIIKTEEMLVEKGLKH GWDGDFAYMAWVHDEIQVGCRTEEIAQVVIETAQEAMRWVGDHWNFRCLLDTEGKMGPNWAICH ; 1 3 PDB 6N9V 6N9V ? 3 ? 1 4 PDB 6N9V 6N9V ? 4 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6N9V A 1 ? 566 ? 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UNP P03692 GLU 343 'engineered mutation' 343 3 4 6N9V GLN D 343 ? UNP P03692 GLU 343 'engineered mutation' 343 4 5 6N9V GLN E 343 ? UNP P03692 GLU 343 'engineered mutation' 343 5 6 6N9V GLN F 343 ? UNP P03692 GLU 343 'engineered mutation' 343 6 7 6N9V ALA H 5 ? UNP P00581 ASP 5 'engineered mutation' 5 7 7 6N9V ALA H 7 ? UNP P00581 GLU 7 'engineered mutation' 7 8 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DOC 'DNA linking' n "2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O6 P' 291.198 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TTP non-polymer . "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" ? 'C10 H17 N2 O14 P3' 482.168 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.008 ? 3661 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 6N9V _struct.title ;Structure of bacteriophage T7 lagging-strand DNA polymerase (D5A/E7A) and gp4 (helicase/primase) bound to DNA including RNA/DNA hybrid, and an incoming dTTP (LagS1) ; _struct.pdbx_descriptor 'DNA-directed DNA polymerase, TrxA/DNA Complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6N9V _struct_keywords.text 'DNA polymerase, primase, helicase, DNA replication, replisome, HYDROLASE, TRANSFERASE-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE,TRANSFERASE/DNA # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 2 ? H N N 3 ? I N N 4 ? J N N 5 ? K N N 6 ? L N N 5 ? M N N 6 ? N N N 5 ? O N N 6 ? P N N 7 ? 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WATSON-CRICK ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? metalc ? ? covale ? ? hydrog ? ? # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id PHE _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 434 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id G _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id PHE _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 434 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id H _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 435 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 G _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 435 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 H _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle -10.49 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 10 ? 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A ALA 80 81 1 Y 1 A LEU 81 ? A LEU 81 82 1 Y 1 A THR 82 ? A THR 82 83 1 Y 1 A ALA 83 ? A ALA 83 84 1 Y 1 A ARG 84 ? A ARG 84 85 1 Y 1 A GLY 85 ? A GLY 85 86 1 Y 1 A ILE 86 ? A ILE 86 87 1 Y 1 A SER 87 ? A SER 87 88 1 Y 1 A LYS 88 ? A LYS 88 89 1 Y 1 A GLU 89 ? A GLU 89 90 1 Y 1 A THR 90 ? A THR 90 91 1 Y 1 A CYS 91 ? A CYS 91 92 1 Y 1 A GLN 92 ? A GLN 92 93 1 Y 1 A LYS 93 ? A LYS 93 94 1 Y 1 A ALA 94 ? A ALA 94 95 1 Y 1 A GLY 95 ? A GLY 95 96 1 Y 1 A TYR 96 ? A TYR 96 97 1 Y 1 A TRP 97 ? A TRP 97 98 1 Y 1 A ILE 98 ? A ILE 98 99 1 Y 1 A ALA 99 ? A ALA 99 100 1 Y 1 A LYS 100 ? A LYS 100 101 1 Y 1 A VAL 101 ? A VAL 101 102 1 Y 1 A ASP 102 ? A ASP 102 103 1 Y 1 A GLY 103 ? A GLY 103 104 1 Y 1 A VAL 104 ? A VAL 104 105 1 Y 1 A MET 105 ? A MET 105 106 1 Y 1 A TYR 106 ? A TYR 106 107 1 Y 1 A GLN 107 ? A GLN 107 108 1 Y 1 A VAL 108 ? A VAL 108 109 1 Y 1 A ALA 109 ? A ALA 109 110 1 Y 1 A ASP 110 ? A ASP 110 111 1 Y 1 A TYR 111 ? A TYR 111 112 1 Y 1 A ARG 112 ? A ARG 112 113 1 Y 1 A ASP 113 ? 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'UCSF Chimera' ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 1 ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? 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