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EMDB EMD-0402 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2019-02-06 2 'Structure model' 1 1 2019-02-20 3 'Structure model' 1 2 2019-03-06 4 'Structure model' 1 3 2020-01-08 5 'Structure model' 2 0 2020-07-29 6 'Structure model' 2 1 2024-10-23 # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 5 'Structure model' repository Remediation 'Carbohydrate remediation' ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Data collection' 2 2 'Structure model' 'Database references' 3 3 'Structure model' 'Data collection' 4 3 'Structure model' 'Database references' 5 4 'Structure model' 'Author supporting evidence' 6 5 'Structure model' 'Atomic model' 7 5 'Structure model' 'Data collection' 8 5 'Structure model' 'Derived calculations' 9 5 'Structure model' 'Structure summary' 10 6 'Structure model' 'Data collection' 11 6 'Structure model' 'Database references' 12 6 'Structure model' 'Structure summary' # 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_pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6NB4 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2018-12-06 _pdbx_database_status.SG_entry Y _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB . EMD-0401 'other EM volume' EMDB 'MERS-CoV S complex with human neutralizing LCA60 antibody Fab fragment (state 2)' EMD-0402 'associated EM volume' EMDB . EMD-0403 'other EM volume' EMDB . EMD-0404 'other EM volume' PDB . 6NB3 unspecified PDB . 6NB5 unspecified PDB . 6NB6 unspecified PDB . 6NB7 unspecified PDB . 6NB8 unspecified # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Walls, A.C.' 1 ? 'Xiong, X.' 2 ? 'Park, Y.J.' 3 ? 'Tortorici, M.A.' 4 ? 'Snijder, S.' 5 ? 'Quispe, J.' 6 ? 'Cameroni, E.' 7 ? 'Gopal, R.' 8 ? 'Mian, D.' 9 ? 'Lanzavecchia, A.' 10 ? 'Zambon, M.' 11 ? 'Rey, F.A.' 12 ? 'Corti, D.' 13 ? 'Veesler, D.' 14 ? 'Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)' 15 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country ? _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Cell _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 1097-4172 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 176 _citation.language ? _citation.page_first 1026 _citation.page_last 1039.e15 _citation.title 'Unexpected Receptor Functional Mimicry Elucidates Activation of Coronavirus Fusion.' _citation.year 2019 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.cell.2018.12.028 _citation.pdbx_database_id_PubMed 30712865 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Walls, A.C.' 1 ? primary 'Xiong, X.' 2 ? primary 'Park, Y.J.' 3 ? primary 'Tortorici, M.A.' 4 ? primary 'Snijder, J.' 5 ? primary 'Quispe, J.' 6 ? primary 'Cameroni, E.' 7 ? primary 'Gopal, R.' 8 ? primary 'Dai, M.' 9 ? primary 'Lanzavecchia, A.' 10 ? primary 'Zambon, M.' 11 ? primary 'Rey, F.A.' 12 ? primary 'Corti, D.' 13 ? primary 'Veesler, D.' 14 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Spike glycoprotein' 149172.062 3 ? ? ? ? 2 polymer man 'LCA60 heavy chain' 13920.568 1 ? ? ? ? 3 polymer man 'LCA60 light chain' 11259.390 1 ? ? ? ? 4 branched man '2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose' 424.401 27 ? ? ? ? 5 branched man 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_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MGILPSPGMPALLSLVSLLSVLLMGCVAETGTVDVGPDSVKSACIEVDIQQTFFDKTWPRPIDVSKADGIIYPQGRTYSN ITITYQGLFPYQGDHGDMYVYSAGHATGTTPQKLFVANYSQDVKQFANGFVVRIGAAANSTGTVIISPSTSATIRKIYPA FMLGSSVGNFSDGKMGRFFNHTLVLLPDGCGTLLRAFYCILEPRSGNHCPAGNSYTSFATYHTPATDCSDGNYNRNASLN SFKEYFNLRNCTFMYTYNITEDEILEWFGITQTAQGVHLFSSRYVDLYGGNMFQFATLPVYDTIKYYSIIPHSIRSIQSD RKAWAAFYVYKLQPLTFLLDFSVDGYIRRAIDCGFNDLSQLHCSYESFDVESGVYSVSSFEAKPSGSVVEQAEGVECDFS PLLSGTPPQVYNFKRLVFTNCNYNLTKLLSLFSVNDFTCSQISPAAIASNCYSSLILDYFSYPLSMKSDLSVSSAGPISQ FNYKQSFSNPTCLILATVPHNLTTITKPLKYSYINKCSRLLSDDRTEVPQLVNANQYSPCVSIVPSTVWEDGDYYRKQLS PLEGGGWLVASGSTVAMTEQLQMGFGITVQYGTDTNSVCPKLEFANDTKIASQLGNCVEYSLYGVSGRGVFQNCTAVGVR QQRFVYDAYQNLVGYYSDDGNYYCLRACVSVPVSVIYDKETKTHATLFGSVACEHISSTMSQYSRSTRSMLKRRDSTYGP LQTPVGCVLGLVNSSLFVEDCKLPLGQSLCALPDTPSTLTPASVGSVPGEMRLASIAFNHPIQVDQLNSSYFKLSIPTNF 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PLLSGTPPQVYNFKRLVFTNCNYNLTKLLSLFSVNDFTCSQISPAAIASNCYSSLILDYFSYPLSMKSDLSVSSAGPISQ FNYKQSFSNPTCLILATVPHNLTTITKPLKYSYINKCSRLLSDDRTEVPQLVNANQYSPCVSIVPSTVWEDGDYYRKQLS PLEGGGWLVASGSTVAMTEQLQMGFGITVQYGTDTNSVCPKLEFANDTKIASQLGNCVEYSLYGVSGRGVFQNCTAVGVR QQRFVYDAYQNLVGYYSDDGNYYCLRACVSVPVSVIYDKETKTHATLFGSVACEHISSTMSQYSRSTRSMLKRRDSTYGP LQTPVGCVLGLVNSSLFVEDCKLPLGQSLCALPDTPSTLTPASVGSVPGEMRLASIAFNHPIQVDQLNSSYFKLSIPTNF SFGVTQEYIQTTIQKVTVDCKQYVCNGFQKCEQLLREYGQFCSKINQALHGANLRQDDSVRNLFASVKSSQSSPIIPGFG GDFNLTLLEPVSISTGSRSARSAIEDLLFDKVTIADPGYMQGYDDCMQQGPASARDLICAQYVAGYKVLPPLMDVNMEAA YTSSLLGSIAGVGWTAGLSSFAAIPFAQSIFYRLNGVGITQQVLSENQKLIANKFNQALGAMQTGFTTTNEAFQKVQDAV NNNAQALSKLASELSNTFGAISASIGDIIQRLDPPEQDAQIDRLINGRLTTLNAFVAQQLVRSESAALSAQLAKDKVNEC VKAQSKRSGFCGQGTHIVSFVVNAPNGLYFMHVGYYPSNHIEVVSAYGLCDAANPTNCIAPVNGYFIKTNNTRIVDEWSY TGSSFYAPEPITSLNTKYVAPQVTYQNISTNLPPPLLGNSTGIDFQDELDEFFKNVSTSIPNFGSLTQINTTLLDLTYEM LSLQQVVKALNESYIDLKELGNYTYYNKGSGRENLYFQGGGGSGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFLGHHHHHHHH ; A,B,C ? 2 'polypeptide(L)' no no ;EVQLLESGGGLVKPGGSLRLSCEASGLTFSNVWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKRKSEGATTDYGAPVKGRFTLSRDDSKNT VYLQMNSLKIDDTAVYYCSTLTRGGDVWSSSYYFDYWGQGALVTVSS ; ;EVQLLESGGGLVKPGGSLRLSCEASGLTFSNVWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKRKSEGATTDYGAPVKGRFTLSRDDSKNT VYLQMNSLKIDDTAVYYCSTLTRGGDVWSSSYYFDYWGQGALVTVSS ; H ? 3 'polypeptide(L)' no no ;QSALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDVGTYDLVSWYQQHPGKSPKLMIYADIKRPSGVSHRFSGSKSGNTASLTISGL QSADEADYYCCLYAGSSTSVIFGGGTKVT ; ;QSALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDVGTYDLVSWYQQHPGKSPKLMIYADIKRPSGVSHRFSGSKSGNTASLTISGL QSADEADYYCCLYAGSSTSVIFGGGTKVT ; L ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 9 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 GLY n 1 3 ILE n 1 4 LEU n 1 5 PRO n 1 6 SER n 1 7 PRO n 1 8 GLY n 1 9 MET n 1 10 PRO n 1 11 ALA n 1 12 LEU n 1 13 LEU n 1 14 SER n 1 15 LEU n 1 16 VAL n 1 17 SER n 1 18 LEU n 1 19 LEU n 1 20 SER n 1 21 VAL n 1 22 LEU 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B CYS 30 B CYS 195 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf19 disulf ? ? B CYS 190 SG ? ? ? 1_555 B CYS 228 SG ? ? B CYS 176 B CYS 214 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? ? disulf20 disulf ? ? B CYS 199 SG ? ? ? 1_555 B CYS 251 SG ? ? B CYS 185 B CYS 237 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf21 disulf ? ? B CYS 353 SG ? ? ? 1_555 B CYS 363 SG ? ? B CYS 339 B CYS 349 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf22 disulf ? ? B CYS 617 SG ? ? ? 1_555 B CYS 668 SG ? ? B CYS 603 B CYS 654 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf23 disulf ? ? B CYS 634 SG ? ? ? 1_555 B CYS 664 SG ? ? B CYS 620 B CYS 650 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf24 disulf ? ? B CYS 693 SG ? ? ? 1_555 B CYS 727 SG ? ? B CYS 679 B CYS 713 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.151 ? ? disulf25 disulf ? ? B CYS 741 SG ? ? ? 1_555 B CYS 750 SG ? ? B CYS 727 B CYS 736 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf26 disulf ? ? B CYS 820 SG ? ? ? 1_555 B CYS 842 SG ? ? B CYS 806 B CYS 828 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf27 disulf ? ? B CYS 825 SG ? ? ? 1_555 B CYS 831 SG ? ? B CYS 811 B CYS 817 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? ? disulf28 disulf ? ? B CYS 926 SG ? ? ? 1_555 B CYS 939 SG ? ? B CYS 912 B CYS 925 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? ? disulf29 disulf ? ? B CYS 1120 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1131 SG ? ? B CYS 1106 B CYS 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? ? disulf30 disulf ? ? B CYS 1170 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1178 SG ? ? B CYS 1156 B CYS 1164 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf31 disulf ? ? C CYS 44 SG ? ? ? 1_555 C CYS 209 SG ? ? C CYS 30 C CYS 195 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf32 disulf ? ? C CYS 190 SG ? ? ? 1_555 C CYS 228 SG ? ? C CYS 176 C CYS 214 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf33 disulf ? ? C CYS 199 SG ? ? ? 1_555 C CYS 251 SG ? ? C CYS 185 C CYS 237 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf34 disulf ? ? C CYS 353 SG ? ? ? 1_555 C CYS 363 SG ? ? C CYS 339 C CYS 349 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf35 disulf ? ? C CYS 617 SG ? ? ? 1_555 C CYS 668 SG ? ? C CYS 603 C CYS 654 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf36 disulf ? ? C CYS 634 SG ? ? ? 1_555 C CYS 664 SG ? ? C CYS 620 C CYS 650 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf37 disulf ? ? C CYS 693 SG ? ? ? 1_555 C CYS 727 SG ? ? C CYS 679 C CYS 713 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? ? disulf38 disulf ? ? C CYS 741 SG ? ? ? 1_555 C CYS 750 SG ? ? C CYS 727 C CYS 736 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf39 disulf ? ? C CYS 820 SG ? ? ? 1_555 C CYS 842 SG ? ? C CYS 806 C CYS 828 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf40 disulf ? ? C CYS 825 SG ? ? ? 1_555 C CYS 831 SG ? ? C CYS 811 C CYS 817 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? disulf41 disulf ? ? C CYS 926 SG ? ? ? 1_555 C CYS 939 SG ? ? C CYS 912 C CYS 925 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? ? disulf42 disulf ? ? C CYS 1120 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1131 SG ? ? C CYS 1106 C CYS 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf43 disulf ? ? C CYS 1170 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1178 SG ? ? C CYS 1156 C CYS 1164 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf44 disulf ? ? D CYS 22 SG ? ? ? 1_555 D CYS 98 SG ? ? H CYS 22 H CYS 98 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? ? disulf45 disulf ? ? E CYS 22 SG ? ? ? 1_555 E CYS 90 SG ? ? L CYS 22 L CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? covale1 covale one ? A ASN 80 ND2 ? ? ? 1_555 RA NAG . C1 ? ? A ASN 66 A NAG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.405 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 118 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? A ASN 104 D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.402 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 139 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 125 E NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.401 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 169 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? A ASN 155 F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.399 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 180 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? A ASN 166 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.412 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 236 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? A ASN 222 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.404 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? A ASN 250 ND2 ? ? ? 1_555 SA NAG . C1 ? ? A ASN 236 A NAG 1418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.404 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? A ASN 258 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? A ASN 244 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.405 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? A ASN 424 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? A ASN 410 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.399 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? A ASN 501 ND2 ? ? ? 1_555 TA NAG . C1 ? ? A ASN 487 A NAG 1423 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.408 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? A ASN 606 ND2 ? ? ? 1_555 UA NAG . C1 ? ? A ASN 592 A NAG 1424 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.403 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? A ASN 633 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? A ASN 619 M NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.408 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? A ASN 733 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? A ASN 719 N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.401 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? A ASN 788 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? A ASN 774 O NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.399 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? A ASN 799 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? A ASN 785 P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.409 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? A ASN 884 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? A ASN 870 Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.401 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? A ASN 1227 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? A ASN 1213 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.394 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? B ASN 80 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? B ASN 66 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.406 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? B ASN 118 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? B ASN 104 T NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.409 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? B ASN 139 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? B ASN 125 U NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.402 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? B ASN 169 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? B ASN 155 V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.396 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? B ASN 180 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? B ASN 166 W NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.405 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? B ASN 236 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? B ASN 222 X NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.407 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? B ASN 250 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? B ASN 236 Y NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.409 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? B ASN 258 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? B ASN 244 Z NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.406 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? B ASN 606 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? B ASN 592 a NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.409 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? B ASN 633 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? B ASN 619 b NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.410 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? B ASN 733 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? B ASN 719 c NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.401 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? B ASN 788 ND2 ? ? ? 1_555 VA NAG . C1 ? ? B ASN 774 B NAG 1433 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.403 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? B ASN 799 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? B ASN 785 d NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.402 ? 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