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'G102A, K79Nle, M90Nle, M120Nle' ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11263.231 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A type 1' 13978.241 2 ? 'G99R, A123S' ? ? 4 polymer man 'Histone H2B 1.1' 13498.715 2 ? 'S32T, K120C' ? ? 5 polymer man '601 DNA Strand 1' 44825.559 1 ? ? ? ? 6 polymer man '601 DNA Strand 2' 45305.852 1 ? ? ? ? 7 polymer man 'Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific' 47432.012 2 2.1.1.360 ? ? ? 8 polymer man Ubiquitin 9036.393 2 ? 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;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTCYTSAK ; ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTCYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;TCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCC CGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA) ; ;ATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTA CGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGA ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;GGEKLELRLKSPVGAEPAVYPWPLPVYDKHHDAAHEIIETIRWVCEEIPDLKLAMENYVLIDYDTKSFESMQRLCDKYNR AIDSIHQLWKGTTQPMKLNTRPSTGLLRHILQQVYNHSVTDPEKLNNYEPFSPEVYGETSFDLVAQMIDEIKMTDDDLFV DLGSGVGQVVLQVAAATNCKHHYGVEKADIPAKYAETMDREFRKWMKWYGKKHAEYTLERGDFLSEEWRERIANTSVIFV NNFAFGPEVDHQLKERFANMKEGGRIVSSKPFAPLNFRINSRNLSDIGTIMRVVELSPLKGSVSWTGKPVSYYLHTIDRT ILENYFSSLKNPKLREEQEAARRRQQRESKSNAATPTKGPEGKVAGPADAPMDSGAEEEKAGAATVKKPSPSKARKKKLN KKGRKMAGRKRGRPKK ; ;GGEKLELRLKSPVGAEPAVYPWPLPVYDKHHDAAHEIIETIRWVCEEIPDLKLAMENYVLIDYDTKSFESMQRLCDKYNR AIDSIHQLWKGTTQPMKLNTRPSTGLLRHILQQVYNHSVTDPEKLNNYEPFSPEVYGETSFDLVAQMIDEIKMTDDDLFV DLGSGVGQVVLQVAAATNCKHHYGVEKADIPAKYAETMDREFRKWMKWYGKKHAEYTLERGDFLSEEWRERIANTSVIFV NNFAFGPEVDHQLKERFANMKEGGRIVSSKPFAPLNFRINSRNLSDIGTIMRVVELSPLKGSVSWTGKPVSYYLHTIDRT ILENYFSSLKNPKLREEQEAARRRQQRESKSNAATPTKGPEGKVAGPADAPMDSGAEEEKAGAATVKKPSPSKARKKKLN KKGRKMAGRKRGRPKK ; K,M ? 8 'polypeptide(L)' no no GSHMMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGC GSHMMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGC L,N ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 ARG n 1 3 THR n 1 4 LYS n 1 5 GLN n 1 6 THR n 1 7 ALA n 1 8 ARG n 1 9 LYS n 1 10 SER n 1 11 THR n 1 12 GLY n 1 13 GLY n 1 14 LYS n 1 15 ALA n 1 16 PRO n 1 17 ARG n 1 18 LYS n 1 19 GLN n 1 20 LEU n 1 21 ALA n 1 22 THR n 1 23 LYS n 1 24 ALA n 1 25 ALA n 1 26 ARG n 1 27 LYS n 1 28 SER n 1 29 ALA n 1 30 PRO n 1 31 ALA n 1 32 THR n 1 33 GLY n 1 34 GLY n 1 35 VAL n 1 36 LYS n 1 37 LYS n 1 38 PRO n 1 39 HIS n 1 40 ARG n 1 41 TYR n 1 42 ARG n 1 43 PRO n 1 44 GLY n 1 45 THR n 1 46 VAL n 1 47 ALA n 1 48 LEU n 1 49 ARG n 1 50 GLU n 1 51 ILE n 1 52 ARG n 1 53 ARG n 1 54 TYR n 1 55 GLN n 1 56 LYS n 1 57 SER n 1 58 THR n 1 59 GLU n 1 60 LEU n 1 61 LEU n 1 62 ILE n 1 63 ARG n 1 64 LYS n 1 65 LEU n 1 66 PRO n 1 67 PHE n 1 68 GLN n 1 69 ARG n 1 70 LEU n 1 71 VAL n 1 72 ARG n 1 73 GLU n 1 74 ILE n 1 75 ALA n 1 76 GLN n 1 77 ASP n 1 78 PHE n 1 79 NLE n 1 80 THR n 1 81 ASP n 1 82 LEU n 1 83 ARG n 1 84 PHE n 1 85 GLN n 1 86 SER n 1 87 SER n 1 88 ALA n 1 89 VAL n 1 90 NLE n 1 91 ALA n 1 92 LEU n 1 93 GLN n 1 94 GLU n 1 95 ALA n 1 96 SER n 1 97 GLU n 1 98 ALA n 1 99 TYR n 1 100 LEU n 1 101 VAL n 1 102 ALA n 1 103 LEU n 1 104 PHE n 1 105 GLU n 1 106 ASP n 1 107 THR n 1 108 ASN n 1 109 LEU n 1 110 CYS n 1 111 ALA n 1 112 ILE n 1 113 HIS n 1 114 ALA n 1 115 LYS n 1 116 ARG n 1 117 VAL n 1 118 THR n 1 119 ILE n 1 120 NLE n 1 121 PRO n 1 122 LYS n 1 123 ASP n 1 124 ILE n 1 125 GLN n 1 126 LEU n 1 127 ALA n 1 128 ARG n 1 129 ARG n 1 130 ILE n 1 131 ARG n 1 132 GLY n 1 133 GLU n 1 134 ARG n 1 135 ALA n 2 1 SER n 2 2 GLY n 2 3 ARG n 2 4 GLY n 2 5 LYS n 2 6 GLY n 2 7 GLY n 2 8 LYS n 2 9 GLY n 2 10 LEU n 2 11 GLY n 2 12 LYS n 2 13 GLY n 2 14 GLY n 2 15 ALA n 2 16 LYS n 2 17 ARG n 2 18 HIS n 2 19 ARG n 2 20 LYS n 2 21 VAL n 2 22 LEU n 2 23 ARG n 2 24 ASP n 2 25 ASN n 2 26 ILE n 2 27 GLN n 2 28 GLY n 2 29 ILE n 2 30 THR n 2 31 LYS n 2 32 PRO n 2 33 ALA n 2 34 ILE n 2 35 ARG n 2 36 ARG n 2 37 LEU n 2 38 ALA n 2 39 ARG n 2 40 ARG n 2 41 GLY n 2 42 GLY n 2 43 VAL n 2 44 LYS n 2 45 ARG n 2 46 ILE n 2 47 SER n 2 48 GLY n 2 49 LEU n 2 50 ILE n 2 51 TYR n 2 52 GLU n 2 53 GLU n 2 54 THR n 2 55 ARG n 2 56 GLY n 2 57 VAL n 2 58 LEU n 2 59 LYS n 2 60 VAL n 2 61 PHE n 2 62 LEU n 2 63 GLU n 2 64 ASN n 2 65 VAL n 2 66 ILE n 2 67 ARG n 2 68 ASP n 2 69 ALA n 2 70 VAL n 2 71 THR n 2 72 TYR n 2 73 THR n 2 74 GLU n 2 75 HIS n 2 76 ALA n 2 77 LYS n 2 78 ARG n 2 79 LYS n 2 80 THR n 2 81 VAL n 2 82 THR n 2 83 ALA n 2 84 MET n 2 85 ASP n 2 86 VAL n 2 87 VAL n 2 88 TYR n 2 89 ALA n 2 90 LEU n 2 91 LYS n 2 92 ARG n 2 93 GLN n 2 94 GLY n 2 95 ARG n 2 96 THR n 2 97 LEU n 2 98 TYR n 2 99 GLY n 2 100 PHE n 2 101 GLY n 2 102 GLY n 3 1 SER n 3 2 GLY n 3 3 ARG n 3 4 GLY n 3 5 LYS n 3 6 GLN n 3 7 GLY n 3 8 GLY n 3 9 LYS n 3 10 THR n 3 11 ARG n 3 12 ALA n 3 13 LYS n 3 14 ALA n 3 15 LYS n 3 16 THR n 3 17 ARG n 3 18 SER n 3 19 SER n 3 20 ARG n 3 21 ALA n 3 22 GLY n 3 23 LEU n 3 24 GLN n 3 25 PHE n 3 26 PRO n 3 27 VAL n 3 28 GLY n 3 29 ARG n 3 30 VAL n 3 31 HIS n 3 32 ARG n 3 33 LEU n 3 34 LEU n 3 35 ARG n 3 36 LYS n 3 37 GLY n 3 38 ASN n 3 39 TYR n 3 40 ALA n 3 41 GLU n 3 42 ARG n 3 43 VAL n 3 44 GLY n 3 45 ALA n 3 46 GLY n 3 47 ALA n 3 48 PRO n 3 49 VAL n 3 50 TYR n 3 51 LEU n 3 52 ALA n 3 53 ALA n 3 54 VAL n 3 55 LEU n 3 56 GLU n 3 57 TYR n 3 58 LEU n 3 59 THR n 3 60 ALA n 3 61 GLU n 3 62 ILE n 3 63 LEU n 3 64 GLU n 3 65 LEU n 3 66 ALA n 3 67 GLY n 3 68 ASN n 3 69 ALA n 3 70 ALA n 3 71 ARG n 3 72 ASP n 3 73 ASN n 3 74 LYS n 3 75 LYS n 3 76 THR n 3 77 ARG n 3 78 ILE n 3 79 ILE n 3 80 PRO n 3 81 ARG n 3 82 HIS n 3 83 LEU n 3 84 GLN n 3 85 LEU n 3 86 ALA n 3 87 VAL n 3 88 ARG n 3 89 ASN n 3 90 ASP n 3 91 GLU n 3 92 GLU n 3 93 LEU n 3 94 ASN n 3 95 LYS n 3 96 LEU n 3 97 LEU n 3 98 GLY n 3 99 ARG n 3 100 VAL n 3 101 THR n 3 102 ILE n 3 103 ALA n 3 104 GLN n 3 105 GLY n 3 106 GLY n 3 107 VAL n 3 108 LEU n 3 109 PRO n 3 110 ASN n 3 111 ILE n 3 112 GLN n 3 113 SER n 3 114 VAL n 3 115 LEU n 3 116 LEU n 3 117 PRO n 3 118 LYS n 3 119 LYS n 3 120 THR n 3 121 GLU n 3 122 SER n 3 123 SER n 3 124 LYS n 3 125 SER n 3 126 ALA n 3 127 LYS n 3 128 SER n 3 129 LYS n 4 1 ALA n 4 2 LYS n 4 3 SER n 4 4 ALA n 4 5 PRO n 4 6 ALA n 4 7 PRO n 4 8 LYS n 4 9 LYS n 4 10 GLY n 4 11 SER n 4 12 LYS n 4 13 LYS n 4 14 ALA n 4 15 VAL n 4 16 THR n 4 17 LYS n 4 18 THR n 4 19 GLN n 4 20 LYS n 4 21 LYS n 4 22 ASP n 4 23 GLY n 4 24 LYS n 4 25 LYS n 4 26 ARG n 4 27 ARG n 4 28 LYS n 4 29 THR n 4 30 ARG n 4 31 LYS n 4 32 GLU n 4 33 SER n 4 34 TYR n 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? plasmid ? ? ? pET32a ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H32_XENLA P84233 ? 1 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 2 UNP H4_XENLA P62799 ? 2 ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 2 3 UNP H2A1_XENLA P06897 ? 3 ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGGVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESAKSAKSK ; 2 4 UNP H2B11_XENLA P02281 ? 4 ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 5 5 PDB 6NJ9 6NJ9 ? 5 ? 1 6 PDB 6NJ9 6NJ9 ? 6 ? 1 7 UNP DOT1L_HUMAN Q8TEK3 ? 7 ;GEKLELRLKSPVGAEPAVYPWPLPVYDKHHDAAHEIIETIRWVCEEIPDLKLAMENYVLIDYDTKSFESMQRLCDKYNRA IDSIHQLWKGTTQPMKLNTRPSTGLLRHILQQVYNHSVTDPEKLNNYEPFSPEVYGETSFDLVAQMIDEIKMTDDDLFVD LGSGVGQVVLQVAAATNCKHHYGVEKADIPAKYAETMDREFRKWMKWYGKKHAEYTLERGDFLSEEWRERIANTSVIFVN NFAFGPEVDHQLKERFANMKEGGRIVSSKPFAPLNFRINSRNLSDIGTIMRVVELSPLKGSVSWTGKPVSYYLHTIDRTI LENYFSSLKNPKLREEQEAARRRQQRESKSNAATPTKGPEGKVAGPADAPMDSGAEEEKAGAATVKKPSPSKARKKKLNK KGRKMAGRKRGRPKK ; 2 8 UNP UBB_HUMAN P0CG47 ? 8 MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6NJ9 A 1 ? 135 ? P84233 2 ? 136 ? 1 135 2 2 6NJ9 B 1 ? 102 ? P62799 2 ? 103 ? 1 102 3 3 6NJ9 C 1 ? 129 ? P06897 2 ? 130 ? 1 129 4 4 6NJ9 D 1 ? 122 ? P02281 5 ? 126 ? 4 125 5 1 6NJ9 E 1 ? 135 ? P84233 2 ? 136 ? 1 135 6 2 6NJ9 F 1 ? 102 ? P62799 2 ? 103 ? 1 102 7 3 6NJ9 G 1 ? 129 ? P06897 2 ? 130 ? 1 129 8 4 6NJ9 H 1 ? 122 ? P02281 5 ? 126 ? 4 125 9 5 6NJ9 I 1 ? 146 ? 6NJ9 2 ? 147 ? 2 147 10 6 6NJ9 J 1 ? 146 ? 6NJ9 1 ? 146 ? 1 146 11 7 6NJ9 K 2 ? 416 ? Q8TEK3 2 ? 416 ? 2 416 12 8 6NJ9 L 5 ? 80 ? P0CG47 1 ? 76 ? 1 76 13 7 6NJ9 M 2 ? 416 ? Q8TEK3 2 ? 416 ? 2 416 14 8 6NJ9 N 5 ? 80 ? P0CG47 1 ? 76 ? 1 76 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 6NJ9 NLE A 79 ? UNP P84233 LYS 80 'engineered mutation' 79 1 1 6NJ9 NLE A 90 ? UNP P84233 MET 91 'engineered mutation' 90 2 1 6NJ9 ALA A 102 ? UNP P84233 GLY 103 'engineered mutation' 102 3 1 6NJ9 NLE A 120 ? UNP P84233 MET 121 'engineered mutation' 120 4 3 6NJ9 ARG C 99 ? UNP P06897 GLY 100 'engineered mutation' 99 5 3 6NJ9 SER C 123 ? UNP P06897 ALA 124 'engineered mutation' 123 6 4 6NJ9 THR D 29 ? UNP P02281 SER 33 'engineered mutation' 32 7 4 6NJ9 CYS D 117 ? UNP P02281 LYS 121 'engineered mutation' 120 8 5 6NJ9 NLE E 79 ? UNP P84233 LYS 80 'engineered mutation' 79 9 5 6NJ9 NLE E 90 ? UNP P84233 MET 91 'engineered mutation' 90 10 5 6NJ9 ALA E 102 ? UNP P84233 GLY 103 'engineered mutation' 102 11 5 6NJ9 NLE E 120 ? UNP P84233 MET 121 'engineered mutation' 120 12 7 6NJ9 ARG G 99 ? UNP P06897 GLY 100 'engineered mutation' 99 13 7 6NJ9 SER G 123 ? UNP P06897 ALA 124 'engineered mutation' 123 14 8 6NJ9 THR H 29 ? UNP P02281 SER 33 'engineered mutation' 32 15 8 6NJ9 CYS H 117 ? UNP P02281 LYS 121 'engineered mutation' 120 16 11 6NJ9 GLY K 1 ? UNP Q8TEK3 ? ? 'expression tag' 1 17 12 6NJ9 GLY L 1 ? UNP P0CG47 ? ? 'expression tag' -3 18 12 6NJ9 SER L 2 ? UNP P0CG47 ? ? 'expression tag' -2 19 12 6NJ9 HIS L 3 ? UNP P0CG47 ? ? 'expression tag' -1 20 12 6NJ9 MET L 4 ? UNP P0CG47 ? ? 'expression tag' 0 21 12 6NJ9 CYS L 80 ? UNP P0CG47 GLY 76 'engineered mutation' 76 22 13 6NJ9 GLY M 1 ? UNP Q8TEK3 ? ? 'expression tag' 1 23 14 6NJ9 GLY N 1 ? UNP P0CG47 ? ? 'expression tag' -3 24 14 6NJ9 SER N 2 ? UNP P0CG47 ? ? 'expression tag' -2 25 14 6NJ9 HIS N 3 ? UNP P0CG47 ? ? 'expression tag' -1 26 14 6NJ9 MET N 4 ? UNP P0CG47 ? ? 'expression tag' 0 27 14 6NJ9 CYS N 80 ? UNP P0CG47 GLY 76 'engineered mutation' 76 28 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NLE 'L-peptide linking' n NORLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SAM non-polymer . S-ADENOSYLMETHIONINE ? 'C15 H22 N6 O5 S' 398.437 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 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B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? L N N 8 ? M N N 7 ? N N N 8 ? O N N 9 ? P N N 9 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 44 ? LYS A 56 ? GLY A 44 LYS A 56 1 ? 13 HELX_P HELX_P2 AA2 ARG A 63 ? ALA A 75 ? ARG A 63 ALA A 75 1 ? 13 HELX_P HELX_P3 AA3 GLN A 76 ? PHE A 78 ? GLN A 76 PHE A 78 5 ? 3 HELX_P HELX_P4 AA4 GLN A 85 ? ALA A 114 ? GLN A 85 ALA A 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P5 AA5 NLE A 120 ? ARG A 131 ? NLE A 120 ARG A 131 1 ? 12 HELX_P HELX_P6 AA6 ASN B 25 ? ILE B 29 ? ASN B 25 ILE B 29 5 ? 5 HELX_P HELX_P7 AA7 THR B 30 ? GLY B 42 ? THR B 30 GLY B 42 1 ? 13 HELX_P HELX_P8 AA8 LEU B 49 ? ALA B 76 ? LEU B 49 ALA B 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P9 AA9 THR B 82 ? ARG B 92 ? THR B 82 ARG B 92 1 ? 11 HELX_P HELX_P10 AB1 THR C 16 ? GLY C 22 ? THR C 16 GLY C 22 1 ? 7 HELX_P HELX_P11 AB2 PRO C 26 ? LYS C 36 ? PRO C 26 LYS C 36 1 ? 11 HELX_P HELX_P12 AB3 GLY C 46 ? ASP C 72 ? GLY C 46 ASP C 72 1 ? 27 HELX_P HELX_P13 AB4 ILE C 79 ? ASP C 90 ? ILE C 79 ASP C 90 1 ? 12 HELX_P HELX_P14 AB5 GLU C 92 ? LEU C 97 ? GLU C 92 LEU C 97 1 ? 6 HELX_P HELX_P15 AB6 TYR D 34 ? HIS D 46 ? TYR D 37 HIS D 49 1 ? 13 HELX_P HELX_P16 AB7 SER D 52 ? ASN D 81 ? SER D 55 ASN D 84 1 ? 30 HELX_P HELX_P17 AB8 THR D 87 ? LEU D 99 ? THR D 90 LEU D 102 1 ? 13 HELX_P HELX_P18 AB9 PRO D 100 ? SER D 120 ? PRO D 103 SER D 123 1 ? 21 HELX_P HELX_P19 AC1 GLY E 44 ? 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loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author 3 3 'Structure model' citation 4 4 'Structure model' pdbx_audit_support 5 5 'Structure model' atom_site 6 5 'Structure model' cell 7 5 'Structure model' em_software 8 5 'Structure model' entity 9 5 'Structure model' pdbx_struct_assembly_prop 10 5 'Structure model' pdbx_validate_torsion 11 5 'Structure model' struct_conn 12 5 'Structure model' struct_site 13 5 'Structure model' struct_site_gen 14 6 'Structure model' atom_site 15 6 'Structure model' atom_site_anisotrop 16 6 'Structure model' em_entity_assembly 17 6 'Structure model' entity 18 6 'Structure model' entity_name_com 19 6 'Structure model' entity_poly 20 6 'Structure model' entity_poly_seq 21 6 'Structure model' entity_src_gen 22 6 'Structure model' ndb_struct_na_base_pair 23 6 'Structure model' ndb_struct_na_base_pair_step 24 6 'Structure model' pdbx_nonpoly_scheme 25 6 'Structure model' pdbx_poly_seq_scheme 26 6 'Structure model' pdbx_struct_assembly 27 6 'Structure model' pdbx_struct_assembly_gen 28 6 'Structure model' pdbx_struct_assembly_prop 29 6 'Structure model' pdbx_struct_sheet_hbond 30 6 'Structure model' pdbx_unobs_or_zero_occ_residues 31 6 'Structure model' pdbx_validate_rmsd_angle 32 6 'Structure model' pdbx_validate_rmsd_bond 33 6 'Structure model' pdbx_validate_torsion 34 6 'Structure model' struct_asym 35 6 'Structure model' struct_conf 36 6 'Structure model' struct_conn 37 6 'Structure model' struct_ref 38 6 'Structure model' struct_ref_seq 39 6 'Structure model' struct_ref_seq_dif 40 6 'Structure model' struct_sheet 41 6 'Structure model' struct_sheet_order 42 6 'Structure model' struct_sheet_range 43 6 'Structure model' struct_site 44 6 'Structure model' struct_site_gen # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.country' 2 2 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 3 2 'Structure model' '_citation.journal_id_ASTM' 4 2 'Structure model' '_citation.journal_id_CSD' 5 2 'Structure model' '_citation.journal_id_ISSN' 6 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 7 2 'Structure model' '_citation.title' 8 2 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' 9 3 'Structure model' '_citation.journal_volume' 10 3 'Structure model' '_citation.page_first' 11 3 'Structure model' '_citation.page_last' 12 4 'Structure model' '_pdbx_audit_support.funding_organization' 13 5 'Structure model' '_atom_site.Cartn_x' 14 5 'Structure model' '_atom_site.Cartn_y' 15 5 'Structure model' '_atom_site.Cartn_z' 16 5 'Structure model' '_cell.angle_alpha' 17 5 'Structure model' '_cell.angle_beta' 18 5 'Structure model' '_cell.angle_gamma' 19 5 'Structure model' '_cell.length_a' 20 5 'Structure model' '_cell.length_b' 21 5 'Structure model' '_cell.length_c' 22 5 'Structure model' '_em_software.category' 23 5 'Structure model' '_em_software.fitting_id' 24 5 'Structure model' '_em_software.imaging_id' 25 5 'Structure model' '_em_software.name' 26 5 'Structure model' '_em_software.version' 27 5 'Structure model' '_entity.pdbx_ec' 28 5 'Structure model' '_pdbx_struct_assembly_prop.value' 29 5 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_dist_value' 30 5 'Structure model' '_struct_site.pdbx_num_residues' 31 6 'Structure model' '_atom_site_anisotrop.U[1][1]' 32 6 'Structure model' '_atom_site_anisotrop.U[2][2]' 33 6 'Structure model' '_atom_site_anisotrop.U[3][3]' 34 6 'Structure model' '_atom_site_anisotrop.id' 35 6 'Structure model' '_atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id' 36 6 'Structure model' '_em_entity_assembly.entity_id_list' 37 6 'Structure model' '_entity.formula_weight' 38 6 'Structure model' '_entity.pdbx_description' 39 6 'Structure model' '_entity.pdbx_ec' 40 6 'Structure model' '_entity.pdbx_mutation' 41 6 'Structure model' '_entity.pdbx_number_of_molecules' 42 6 'Structure model' '_entity_name_com.entity_id' 43 6 'Structure model' '_entity_name_com.name' 44 6 'Structure model' '_entity_poly.nstd_monomer' 45 6 'Structure model' '_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code' 46 6 'Structure model' '_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can' 47 6 'Structure model' '_entity_poly.pdbx_strand_id' 48 6 'Structure model' '_entity_poly.type' 49 6 'Structure model' '_entity_poly_seq.entity_id' 50 6 'Structure model' '_entity_poly_seq.mon_id' 51 6 'Structure model' '_entity_poly_seq.num' 52 6 'Structure model' '_entity_src_gen.gene_src_common_name' 53 6 'Structure model' '_entity_src_gen.pdbx_end_seq_num' 54 6 'Structure model' '_entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene' 55 6 'Structure model' '_entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id' 56 6 'Structure model' '_entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name' 57 6 'Structure model' '_entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id' 58 6 'Structure model' '_entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name' 59 6 'Structure model' '_entity_src_gen.pdbx_host_org_strain' 60 6 'Structure model' '_entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type' 61 6 'Structure model' '_entity_src_gen.plasmid_name' 62 6 'Structure model' '_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count' 63 6 'Structure model' '_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details' 64 6 'Structure model' '_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list' 65 6 'Structure model' '_struct_ref.db_code' 66 6 'Structure model' '_struct_ref.db_name' 67 6 'Structure model' '_struct_ref.pdbx_align_begin' 68 6 'Structure model' '_struct_ref.pdbx_db_accession' 69 6 'Structure model' '_struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code' # _em_3d_fitting.entry_id 6NJ9 _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol OTHER _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 1 1 ? 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M ASP 373 331 1 Y 1 M SER 374 ? M SER 374 332 1 Y 1 M GLY 375 ? M GLY 375 333 1 Y 1 M ALA 376 ? M ALA 376 334 1 Y 1 M GLU 377 ? M GLU 377 335 1 Y 1 M GLU 378 ? M GLU 378 336 1 Y 1 M GLU 379 ? M GLU 379 337 1 Y 1 M LYS 380 ? M LYS 380 338 1 Y 1 M ALA 381 ? M ALA 381 339 1 Y 1 M GLY 382 ? M GLY 382 340 1 Y 1 M ALA 383 ? M ALA 383 341 1 Y 1 M ALA 384 ? M ALA 384 342 1 Y 1 M THR 385 ? M THR 385 343 1 Y 1 M VAL 386 ? M VAL 386 344 1 Y 1 M LYS 387 ? M LYS 387 345 1 Y 1 M LYS 388 ? M LYS 388 346 1 Y 1 M PRO 389 ? M PRO 389 347 1 Y 1 M SER 390 ? M SER 390 348 1 Y 1 M PRO 391 ? M PRO 391 349 1 Y 1 M SER 392 ? M SER 392 350 1 Y 1 M LYS 393 ? M LYS 393 351 1 Y 1 M ALA 394 ? M ALA 394 352 1 Y 1 M ARG 395 ? M ARG 395 353 1 Y 1 M LYS 396 ? M LYS 396 354 1 Y 1 M LYS 397 ? M LYS 397 355 1 Y 1 M LYS 398 ? M LYS 398 356 1 Y 1 M LEU 399 ? M LEU 399 357 1 Y 1 M ASN 400 ? M ASN 400 358 1 Y 1 M LYS 401 ? M LYS 401 359 1 Y 1 M LYS 402 ? M LYS 402 360 1 Y 1 M GLY 403 ? M GLY 403 361 1 Y 1 M ARG 404 ? 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'Homo sapiens' ? ? 2 4 ? ? 8355 ? ? 'Xenopus laevis' ? ? 3 5 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? 4 6 ? ? 32630 ? ? 'synthetic construct' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 1 2 ? 511693 'Escherichia coli BL21' ? Rosetta2 2 4 ? 562 'Escherichia coli' ? ? 3 5 ? 562 'Escherichia coli' ? ? 4 6 ? 562 'Escherichia coli' ? Xl1-blue # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50 _em_image_recording.average_exposure_time 8.2 _em_image_recording.details '3 exposures per hole' _em_image_recording.detector_mode SUPER-RESOLUTION _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 2 _em_image_recording.num_real_images 2284 # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 654532 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? 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PHENIX ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.75 _em_specimen.details 'Crosslinked with glutaraldehyde' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6NJ9 'double helix' 6NJ9 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DT 1 1_555 J DA 146 1_555 1.848 -5.782 1.809 28.404 7.259 79.662 1 I_DT2:DA146_J I 2 ? J 146 ? ? ? 1 I DC 2 1_555 J DG 145 1_555 0.271 -0.225 -0.612 -8.210 -3.638 2.466 2 I_DC3:DG145_J I 3 ? J 145 ? 19 1 1 I DG 3 1_555 J DC 144 1_555 -0.239 -0.122 -0.667 -11.710 -5.087 1.370 3 I_DG4:DC144_J I 4 ? J 144 ? 19 1 1 I DA 4 1_555 J DT 143 1_555 0.131 -0.118 -0.572 -1.693 -3.933 2.059 4 I_DA5:DT143_J I 5 ? J 143 ? 20 1 1 I DG 5 1_555 J DC 142 1_555 -0.196 -0.139 -0.608 -0.386 -5.347 3.537 5 I_DG6:DC142_J I 6 ? J 142 ? 19 1 1 I DA 6 1_555 J DT 141 1_555 0.171 -0.117 -0.410 -0.664 -10.804 -1.366 6 I_DA7:DT141_J I 7 ? J 141 ? 20 1 1 I DA 7 1_555 J DT 140 1_555 0.004 -0.133 -0.420 0.227 -13.189 2.722 7 I_DA8:DT140_J I 8 ? J 140 ? 20 1 1 I DT 8 1_555 J DA 139 1_555 -0.108 -0.130 -0.383 1.406 -11.176 -0.012 8 I_DT9:DA139_J I 9 ? J 139 ? 20 1 1 I DC 9 1_555 J DG 138 1_555 -1.519 0.263 0.153 -2.761 -13.203 11.476 9 I_DC10:DG138_J I 10 ? J 138 ? ? 1 1 I DC 10 1_555 J DG 137 1_555 0.186 -0.205 -0.049 -7.769 -2.148 3.400 10 I_DC11:DG137_J I 11 ? 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