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_entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id _entity_src_nat.genus _entity_src_nat.species _entity_src_nat.strain _entity_src_nat.tissue _entity_src_nat.tissue_fraction _entity_src_nat.pdbx_secretion _entity_src_nat.pdbx_fragment _entity_src_nat.pdbx_variant _entity_src_nat.pdbx_cell_line _entity_src_nat.pdbx_atcc _entity_src_nat.pdbx_cellular_location _entity_src_nat.pdbx_organ _entity_src_nat.pdbx_organelle _entity_src_nat.pdbx_cell _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details _entity_src_nat.details 1 1 sample 1 653 Human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 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HeLa ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 6NMI 6NMI ? 1 ? 1 2 PDB 6NMI 6NMI ? 2 ? 1 3 PDB 6NMI 6NMI ? 3 ? 1 4 UNP TF2H4_HUMAN Q92759 ? 4 ;MESTPSRGLNRVHLQCRNLQEFLGGLSPGVLDRLYGHPATCLAVFRELPSLAKNWVMRMLFLEQPLPQAAVALWVKKEFS KAQEESTGLLSGLRIWHTQLLPGGLQGLILNPIFRQNLRIALLGGGKAWSDDTSQLGPDKHARDVPSLDKYAEERWEVVL HFMVGSPSAAVSQDLAQLLSQAGLMKSTEPGEPPCITSAGFQFLLLDTPAQLWYFMLQYLQTAQSRGMDLVEILSFLFQL SFSTLGKDYSVEGMSDSLLNFLQHLREFGLVFQRKRKSRRYYPTRLAINLSSGVSGAGGTVHQPGFIVVETNYRLYAYTE SELQIALIALFSEMLYRFPNMVVAQVTRESVQQAIASGITAQQIIHFLRTRAHPVMLKQTPVLPPTITDQIRLWELERDR LRFTEGVLYNQFLSQVDFELLLAHARELGVLVFENSAKRLMVVTPAGHSDVKRFWKRQKHSS ; 1 5 PDB 6NMI 6NMI ? 5 ? 1 6 UNP TF2H3_HUMAN Q13889 ? 6 ;MVSDEDELNLLVIVVDANPIWWGKQALKESQFTLSKCIDAVMVLGNSHLFMNRSNKLAVIASHIQESRFLYPGKNGRLGD FFGDPGNPPEFNPSGSKDGKYELLTSANEVIVEEIKDLMTKSDIKGQHTETLLAGSLAKALCYIHRMNKEVKDNQEMKSR ILVIKAAEDSALQYMNFMNVIFAAQKQNILIDACVLDSDSGLLQQACDITGGLYLKVPQMPSLLQYLLWVFLPDQDQRSQ LILPPPVHVDYRAACFCHRNLIEIGYVCSVCLSIFCNFSPICTTCETAFKISLPPVLKAKKKKLKVSA ; 1 7 UNP TF2H5_HUMAN Q6ZYL4 ? 7 MVNVLKGVLIECDPAMKQFLLYLDESNALGKKFIIQDIDDTHVFVIAELVNVLQERVGELMDQNAFSLTQK 1 8 UNP MAT1_HUMAN P51948 ? 8 ;MDDQGCPRCKTTKYRNPSLKLMVNVCGHTLCESCVDLLFVRGAGNCPECGTPLRKSNFRVQLFEDPTVDKEVEIRKKVLK IYNKREEDFPSLREYNDFLEEVEEIVFNLTNNVDLDNTKKKMEIYQKENKDVIQKNKLKLTREQEELEEALEVERQENEQ RRLFIQKEEQLQQILKRKNKQAFLDELESSDLPVALLLAQHKDRSTQLEMQLEKPKPVKPVTFSTGIKMGQHISLAPIHK LEEALYEYQPLQIETYGPHVPELEMLGRLGYLNHVRAASPQDLAGGYTSSLACHRALQDAFSGLFWQPS ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6NMI A 1 ? 653 ? 6NMI 34 ? 730 ? 34 730 2 2 6NMI B 1 ? 760 ? 6NMI 1 ? 760 ? 1 760 3 3 6NMI C 1 ? 548 ? 6NMI 1 ? 548 ? 1 548 4 4 6NMI D 1 ? 462 ? 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'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 SF4 non-polymer . 'IRON/SULFUR CLUSTER' ? 'Fe4 S4' 351.640 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 UNK 'L-peptide linking' . UNKNOWN ? 'C4 H9 N O2' 103.120 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6NMI _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6NMI _struct.title 'Cryo-EM structure of the human TFIIH core complex' _struct.pdbx_descriptor ;General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB (E.C.3.6.4.12), General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD, p62, General transcription factor IIH subunit 4, p52, General transcription factor IIH subunit 2, General transcription factor IIH subunit 3, General transcription factor IIH subunit 5, CDK-activating kinase assembly factor MAT1 ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6NMI _struct_keywords.text 'transcription, DNA repair, helicase, multiprotein complex' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSCRIPTION # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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H CYS 46 H ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? metalc28 metalc ? ? H CYS 49 SG ? ? ? 1_555 O ZN . ZN ? ? H CYS 49 H ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ASP 535 A . ? ASP 612 A THR 536 A ? 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_software.classification refinement _software.compiler_name ? _software.compiler_version ? _software.contact_author ? _software.contact_author_email ? _software.date ? _software.description ? _software.dependencies ? _software.hardware ? _software.language ? _software.location ? _software.mods ? _software.name PHENIX _software.os ? _software.os_version ? _software.type ? _software.version 1.14_3211: _software.pdbx_ordinal 1 # _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.entry_id 6NMI _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ;The full sequence for General transcription factor IIH subunit 1, p62 MATSSEEVLLIVKKVRQKKQDGALYLMAERIAWAPEGKDRFTISHMYADIKCQKISPEGK AKIQLQLVLHAGDTTNFHFSNESTAVKERDAVKDLLQQLLPKFKRKANKELEEKNRMLQE DPVLFQLYKDLVVSQVISAEEFWANRLNVNATDSSSTSNHKQDVGISAAFLADVRPQTDG CNGLRYNLTSDIIESIFRTYPAVKMKYAENVPHNMTEKEFWTRFFQSHYFHRDRLNTGSK DLFAECAKIDEKGLKTMVSLGVKNPLLDLTALEDKPLDEGYGISSVPSASNSKSIKENSN AAIIKRFNHHSAMVLAAGLRKQEAQNEQTSEPSNMDGNSGDADCFQPAVKRAKLQESIEY EDLGKNNSVKTIALNLKKSDRYYHGPTPIQSLQYATSQDIINSFQSIRQEMEAYTPKLTQ VLSSSAASSTITALSPGGALMQGGTQQAINQMVPNDIQSELKHLYVAVGELLRHFWSCFP VNTPFLEEKVVKMKSNLERFQVTKLCPFQEKIRRQYLSTNLVSHIEEMLQTAYNKLHTWQ SRRLMKKT General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB MGKRDRADRDKKKSRKRHYEDEEDDEEDAPGNDPQEAVPSAAGKQVDESGTKVDEYGAKD YRLQMPLKDDHTSRPLWVAPDGHIFLEAFSPVYKYAQDFLVAIAEPVCRPTHVHEYKLTA YSLYAAVSVGLQTSDITEYLRKLSKTGVPDGIMQFIKLCTVSYGKVKLVLKHNRYFVESC HPDVIQHLLQDPVIRECRLRNSEGEATELITETFTSKSAISKTAESSGGPSTSRVTDPQG KSDIPMDLFDFYEQMDKDEEEEEETQTVSFEVKQEMIEELQKRCIHLEYPLLAEYDFRND SVNPDINIDLKPTAVLRPYQEKSLRKMFGNGRARSGVIVLPCGAGKSLVGVTAACTVRKR CLVLGNSAVSVEQWKAQFKMWSTIDDSQICRFTSDAKDKPIGCSVAISTYSMLGHTTKRS WEAERVMEWLKTQEWGLMILDEVHTIPAKMFRRVLTIVQAHCKLGLTATLVREDDKIVDL NFLIGPKLYEANWMELQNNGYIAKVQCAEVWCPMSPEFYREYVAIKTKKRILLYTMNPNK FRACQFLIKFHERRNDKIIVFADNVFALKEYAIRLNKPYIYGPTSQGERMQILQNFKHNP KINTIFISKVGDTSFDLPEANVLIQISSHGGSRRQEAQRLGRVLRAKKGMVAEEYNAFFY SLVSQDTQEMAYSTKRQRFLVDQGYSFKVITKLAGMEEEDLAFSTKEEQQQLLQKVLAAT DLDAEEEVVAGEFGSRSSQASRRFGTMSSMSGADDTVYMEYHSSRSKAPSKHVHPLFKRF RK General transcription factor IIH subunit 1 MATSSEEVLLIVKKVRQKKQDGALYLMAERIAWAPEGKDRFTISHMYADIKCQKISPEGK AKIQLQLVLHAGDTTNFHFSNESTAVKERDAVKDLLQQLLPKFKRKANKELEEKNRMLQE DPVLFQLYKDLVVSQVISAEEFWANRLNVNATDSSSTSNHKQDVGISAAFLADVRPQTDG CNGLRYNLTSDIIESIFRTYPAVKMKYAENVPHNMTEKEFWTRFFQSHYFHRDRLNTGSK DLFAECAKIDEKGLKTMVSLGVKNPLLDLTALEDKPLDEGYGISSVPSASNSKSIKENSN AAIIKRFNHHSAMVLAAGLRKQEAQNEQTSEPSNMDGNSGDADCFQPAVKRAKLQESIEY EDLGKNNSVKTIALNLKKSDRYYHGPTPIQSLQYATSQDIINSFQSIRQEMEAYTPKLTQ VLSSSAASSTITALSPGGALMQGGTQQAINQMVPNDIQSELKHLYVAVGELLRHFWSCFP VNTPFLEEKVVKMKSNLERFQVTKLCPFQEKIRRQYLSTNLVSHIEEMLQTAYNKLHTWQ SRRLMKKT General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD MKLNVDGLLVYFPYDYIYPEQFSYMRELKRTLDAKGHGVLEMPSGTGKTVSLLALIMAYQ RAYPLEVTKLIYCSRTVPEIEKVIEELRKLLNFYEKQEGEKLPFLGLALSSRKNLCIHPE VTPLRFGKDVDGKCHSLTASYVRAQYQHDTSLPHCRFYEEFDAHGREVPLPAGIYNLDDL KALGRRQGWCPYFLARYSILHANVVVYSYHYLLDPKIADLVSKELARKAVVVFDEAHNID NVCIDSMSVNLTRRTLDRCQGNLETLQKTVLRIKETDEQRLRDEYRRLVEGLREASAARE TDAHLANPVLPDEVLQEAVPGSIRTAEHFLGFLRRLLEYVKWRLRVQHVVQESPPAFLSG LAQRVCIQRKPLRFCAERLRSLLHTLEITDLADFSPLTLLANFATLVSTYAKGFTIIIEP FDDRTPTIANPILHFSCMDASLAIKPVFERFQSVIITSGTLSPLDIYPKILDFHPVTMAT FTMTLARVCLCPMIIGRGNDQVAISSKFETREDIAVIRNYGNLLLEMSAVVPDGIVAFFT SYQYMESTVASWYEQGILENIQRNKLLFIETQDGAETSVALEKYQEACENGRGAILLSVA RGKVSEGIDFVHHYGRAVIMFGVPYVYTQSRILKARLEYLRDQFQIRENDFLTFDAMRHA AQCVGRAIRGKTDYGLMVFADKRFARGDKRGKLPRWIQEHLTDANLNLTVDEGVQVAKYF LRQMAQPFHREDQLGLSLLSLEQLESEETLKRIEQIAQQL ; _pdbx_entry_details.source_details ? # _em_3d_fitting.entry_id 6NMI _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ;Reference structures and homology models were docked and subsequently completely rebuilt according to the density. Parts of the structure were traced de novo. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 1 1 ? ? ? 5OF4 1 2 ? ? ? 4ERN 1 3 ? ? ? 5OQJ 1 4 ? ? ? 1G25 1 5 ? ? ? 5O85 1 6 ? ? ? 2DII 1 7 ? ? ? 2JNJ # _em_3d_reconstruction.entry_id 6NMI _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 138659 _em_3d_reconstruction.resolution 3.7 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? 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_em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details 'Gatan Solarus' _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 400 _em_sample_support.grid_type C-flat _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ;A thin film of continuous carbon was floated onto Protochips C-flat CF-4/2 holey carbon grids and glow discharged or plasma cleaned before application of 4 uL of sample solution. ; _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 6NMI _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 6NMI _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 6NMI _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 CA B LEU 52 ? 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