data_6O85 # _entry.id 6O85 # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.387 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 6O85 pdb_00006o85 10.2210/pdb6o85/pdb WWPDB D_1000238719 ? ? EMDB EMD-0651 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2019-05-15 2 'Structure model' 1 1 2019-11-20 3 'Structure model' 1 2 2019-12-18 4 'Structure model' 1 3 2024-03-13 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Author supporting evidence' 2 2 'Structure model' 'Structure summary' 3 3 'Structure model' Other 4 4 'Structure model' 'Data collection' 5 4 'Structure model' 'Database references' 6 4 'Structure model' 'Source and taxonomy' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' chem_comp 2 2 'Structure model' pdbx_audit_support 3 3 'Structure model' atom_sites 4 3 'Structure model' cell 5 4 'Structure model' chem_comp_atom 6 4 'Structure model' chem_comp_bond 7 4 'Structure model' database_2 8 4 'Structure model' entity_src_gen # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_chem_comp.pdbx_synonyms' 2 2 'Structure model' '_pdbx_audit_support.funding_organization' 3 3 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]' 4 3 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]' 5 3 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]' 6 3 'Structure model' '_cell.Z_PDB' 7 4 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 8 4 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6O85 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2019-03-08 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details ;Electron cryo-microscopy of the eukaryotic translation initiation factor 2B bound eukaryotic translation initiation factor 2 to from Homo sapiens ; _pdbx_database_related.db_id EMD-0651 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Nguyen, H.C.' 1 ? 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'Kenner, L.R.' 1 0000-0002-8004-9730 primary 'Anand, A.A.' 2 0000-0002-2643-032X primary 'Nguyen, H.C.' 3 0000-0002-6142-8807 primary 'Myasnikov, A.G.' 4 0000-0003-2607-7121 primary 'Klose, C.J.' 5 0000-0002-6436-0457 primary 'McGeever, L.A.' 6 ? primary 'Tsai, J.C.' 7 0000-0001-5202-722X primary 'Miller-Vedam, L.E.' 8 0000-0002-2980-7479 primary 'Walter, P.' 9 0000-0002-6849-708X primary 'Frost, A.' 10 0000-0003-2231-2577 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon' 80466.609 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Translation initiation factor eIF-2B subunit beta' 41008.578 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Translation initiation factor eIF-2B subunit delta' 57640.168 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha' 33754.148 2 ? ? ? ? 5 polymer man 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N N N 9 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP EI2BE_HUMAN Q13144 ? 1 ;MAAPVVAPPGVVVSRANKRSGAGPGGSGGGGARGAEEEPPPPLQAVLVADSFDRRFFPISKDQPRVLLPLANVALIDYTL EFLTATGVQETFVFCCWKAAQIKEHLLKSKWCRPTSLNVVRIITSELYRSLGDVLRDVDAKALVRSDFLLVYGDVISNIN ITRALEEHRLRRKLEKNVSVMTMIFKESSPSHPTRCHEDNVVVAVDSTTNRVLHFQKTQGLRRFAFPLSLFQGSSDGVEV RYDLLDCHISICSPQVAQLFTDNFDYQTRDDFVRGLLVNEEILGNQIHMHVTAKEYGARVSNLHMYSAVCADVIRRWVYP LTPEANFTDSTTQSCTHSRHNIYRGPEVSLGHGSILEENVLLGSGTVIGSNCFITNSVIGPGCHIGDNVVLDQTYLWQGV RVAAGAQIHQSLLCDNAEVKERVTLKPRSVLTSQVVVGPNITLPEGSVISLHPPDAEEDEDDGEFSDDSGADQEKDKVKM KGYNPAEVGAAGKGYLWKAAGMNMEEEEELQQNLWGLKINMEEESESESEQSMDSEEPDSRGGSPQMDDIKVFQNEVLGT LQRGKEENISCDNLVLEINSLKYAYNISLKEVMQVLSHVVLEFPLQQMDSPLDSSRYCALLLPLLKAWSPVFRNYIKRAA DHLEALAAIEDFFLEHEALGISMAKVLMAFYQLEILAEETILSWFSQRDTTDKGQQLRKNQQLQRFIQWLKEAEEESSED D ; 1 2 UNP EI2BB_HUMAN P49770 ? 2 ;PGSAAKGSELSERIESFVETLKRGGGPRSSEEMARETLGLLRQIITDHRWSNAGELMELIRREGRRMTAAQPSETTVGNM VRRVLKIIREEYGRLHGRSDESDQQESLHKLLTSGGLNEDFSFHYAQLQSNIIEAINELLVELEGTMENIAAQALEHIHS NEVIMTIGFSRTVEAFLKEAARKRKFHVIVAECAPFCQGHEMAVNLSKAGIETTVMTDAAIFAVMSRVNKVIIGTKTILA NGALRAVTGTHTLALAAKHHSTPLIVCAPMFKLSPQFPNEEDSFHKFVAPEEVLPFTEGDILEKVSVHCPVFDYVPPELI TLFISNIGGNAPSYIYRLMSELYHPDDHVL ; 2 3 UNP EI2BD_HUMAN Q9UI10 ? 3 ;MAAVAVAVREDSGSGMKAELPPGPGAVGREMTKEEKLQLRKEKKQQKKKRKEEKGAEPETGSAVSAAQCQVGPTRELPES GIQLGTPREKVPAGRSKAELRAERRAKQEAERALKQARKGEQGGPPPKASPSTAGETPSGVKRLPEYPQVDDLLLRRLVK KPERQQVPTRKDYGSKVSLFSHLPQYSRQNSLTQFMSIPSSVIHPAMVRLGLQYSQGLVSGSNARCIALLRALQQVIQDY TTPPNEELSRDLVNKLKPYMSFLTQCRPLSASMHNAIKFLNKEITSVGSSKREEEAKSELRAAIDRYVQEKIVLAAQAIS RFAYQKISNGDVILVYGCSSLVSRILQEAWTEGRRFRVVVVDSRPWLEGRHTLRSLVHAGVPASYLLIPAASYVLPEVSK VLLGAHALLANGSVMSRVGTAQLALVARAHNVPVLVCCETYKFCERVQTDAFVSNELDDPDDLQCKRGEHVALANWQNHA SLRLLNLVYDVTPPELVDLVITELGMIPCSSVPVVLRVKSSDQ ; 1 4 UNP EI2BA_HUMAN Q14232 ? 4 ;MDDKELIEYFKSQMKEDPDMASAVAAIRTLLEFLKRDKGETIQGLRANLTSAIETLCGVDSSVAVSSGGELFLRFISLAS LEYSDYSKCKKIMIERGELFLRRISLSRNKIADLCHTFIKDGATILTHAYSRVVLRVLEAAVAAKKRFSVYVTESQPDLS GKKMAKALCHLNVPVTVVLDAAVGYIMEKADLVIVGAEGVVENGGIINKIGTNQMAVCAKAQNKPFYVVAESFKFVRLFP LNQQDVPDKFKYKADTLKVAQTGQDLKEEHPWVDYTAPSLITLLFTDLGVLTPSAVSDELIKLYL ; 1 5 UNP EI2BG_HUMAN Q9NR50 ? 5 ;MEFQAVVMAVGGGSRMTDLTSSIPKPLLPVGNKPLIWYPLNLLERVGFEEVIVVTTRDVQKALCAEFKMKMKPDIVCIPD DADMGTADSLRYIYPKLKTDVLVLSCDLITDVALHEVVDLFRAYDASLAMLMRKGQDSIEPVPGQKGKKKAVEQRDFIGV DSTGKRLLFMANEADLDEELVIKGSILQKHPRIRFHTGLVDAHLYCLKKYIVDFLMENGSITSIRSELIPYLVRKQFSSA SSQQGQEEKEEDLKKKELKSLDIYSFIKEANTLNLAPYDACWNACRGDRWEDLSRSQVRCYVHIMKEGLCSRVSTLGLYM EANRQVPKLLSALCPEEPPVHSSAQIVSKHLVGVDSLIGPETQIGEKSSIKRSVIGSSCLIKDRVTITNCLLMNSVTVEE GSNIQGSVICNNAVIEKGADIKDCLIGSGQRIEAKAKRVNEVIVGNDQLMEI ; 1 6 UNP IF2A_HUMAN P05198 ? 6 ;PGLSCRFYQHKFPEVEDVVMVNVRSIAEMGAYVSLLEYNNIEGMILLSELSRRRIRSINKLIRIGRNECVVVIRVDKEKG YIDLSKRRVSPEEAIKCEDKFTKSKTVYSILRHVAEVLEYTKDEQLESLFQRTAWVFDDKYKRPGYGAYDAFKHAVSDPS ILDSLDLNEDEREVLINNINRRLTPQAVKIRADIEVACYGYEGIDAVKEALRAGLNCSTENMPIKINLIAPPRYVMTTTT LERTEGLSVLSQAMAVIKEKIEEKRGVFNVQMEPKVVTDTDETELARQMERLERENAEVDGDDDAEEMEAKAED ; 2 7 UNP IF2G_HUMAN P41091 ? 7 ;MAGGEAGVTLGQPHLSRQDLTTLDVTKLTPLSHEVISRQATINIGTIGHVAHGKSTVVKAISGVHTVRFKNELERNITIK LGYANAKIYKLDDPSCPRPECYRSCGSSTPDEFPTDIPGTKGNFKLVRHVSFVDCPGHDILMATMLNGAAVMDAALLLIA GNESCPQPQTSEHLAAIEIMKLKHILILQNKIDLVKESQAKEQYEQILAFVQGTVAEGAPIIPISAQLKYNIEVVCEYIV KKIPVPPRDFTSEPRLIVIRSFDVNKPGCEVDDLKGGVAGGSILKGVLKVGQEIEVRPGIVSKDSEGKLMCKPIFSKIVS LFAEHNDLQYAAPGGLIGVGTKIDPTLCRADRMVGQVLGAVGALPEIFTELEISYFLLRRLLGVRTEGDKKAAKVQKLSK NEVLMVNIGSLSTGGRVSAVKADLGKIVLTNPVCTEVGEKIALSRRVEKHWRLIGWGQIRRGVTIKPTVDDD ; 1 8 PDB 6O85 6O85 ? 8 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6O85 A 1 ? 721 ? Q13144 1 ? 721 ? 1 721 2 1 6O85 B 1 ? 721 ? Q13144 1 ? 721 ? 1 721 3 2 6O85 C 19 ? 368 ? P49770 2 ? 351 ? 2 351 4 2 6O85 D 19 ? 368 ? P49770 2 ? 351 ? 2 351 5 3 6O85 E 1 ? 523 ? Q9UI10 1 ? 523 ? 1 523 6 3 6O85 F 1 ? 523 ? Q9UI10 1 ? 523 ? 1 523 7 4 6O85 G 1 ? 305 ? Q14232 1 ? 305 ? 1 305 8 4 6O85 H 1 ? 305 ? Q14232 1 ? 305 ? 1 305 9 5 6O85 I 1 ? 452 ? Q9NR50 1 ? 452 ? 1 452 10 5 6O85 J 1 ? 452 ? Q9NR50 1 ? 452 ? 1 452 11 6 6O85 L 1 ? 314 ? P05198 2 ? 315 ? 1 314 12 7 6O85 S 1 ? 472 ? P41091 1 ? 472 ? 1 472 13 8 6O85 d 1 ? 14 ? 6O85 3 ? 16 ? 3 16 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 3 6O85 MET C 1 ? UNP P49770 ? ? 'initiating methionine' -16 1 3 6O85 HIS C 2 ? UNP P49770 ? ? 'expression tag' -15 2 3 6O85 HIS C 3 ? UNP P49770 ? ? 'expression tag' -14 3 3 6O85 HIS C 4 ? UNP P49770 ? ? 'expression tag' -13 4 3 6O85 HIS C 5 ? UNP P49770 ? ? 'expression tag' -12 5 3 6O85 HIS C 6 ? UNP P49770 ? ? 'expression tag' -11 6 3 6O85 HIS C 7 ? UNP P49770 ? ? 'expression tag' -10 7 3 6O85 GLY C 8 ? UNP P49770 ? ? 'expression tag' -9 8 3 6O85 GLY C 9 ? UNP P49770 ? ? 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UNP P49770 ? ? 'expression tag' -8 27 4 6O85 GLY D 10 ? UNP P49770 ? ? 'expression tag' -7 28 4 6O85 SER D 11 ? UNP P49770 ? ? 'expression tag' -6 29 4 6O85 GLU D 12 ? UNP P49770 ? ? 'expression tag' -5 30 4 6O85 ASN D 13 ? UNP P49770 ? ? 'expression tag' -4 31 4 6O85 LEU D 14 ? UNP P49770 ? ? 'expression tag' -3 32 4 6O85 TYR D 15 ? UNP P49770 ? ? 'expression tag' -2 33 4 6O85 PHE D 16 ? UNP P49770 ? ? 'expression tag' -1 34 4 6O85 GLN D 17 ? UNP P49770 ? ? 'expression tag' 0 35 4 6O85 SER D 18 ? UNP P49770 ? ? 'expression tag' 1 36 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tridecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 13 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 64 ? 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