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_entity_src_gen.pdbx_gene_src_organ _entity_src_gen.pdbx_gene_src_organelle _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cell _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cellular_location _entity_src_gen.host_org_common_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.host_org_genus _entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 392 ? ? 'malE, BX06_05300' ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli K-12' 83333 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Trichoplusia ni' 7111 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1 2 sample 'Biological sequence' 393 661 ? ? Abu_1752 ? RM4018 ? ? ? ? 'Arcobacter butzleri (strain RM4018)' 367737 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Trichoplusia ni' 7111 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A028ANC5_ECOLX A0A028ANC5 ? 1 ;MKIKTGARILALSALTTMMFSASALAKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATG DGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPA LDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAE AAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVN KDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQT ; 1 2 UNP A8EVM5_ARCB4 A8EVM5 ? 1 ;MYLRITNIVESSFFTKFIIYLIVLNGITMGLETSKTFMQSFGVYTTLFNQIVITIFTIEIILRIYVHRISFFKDPWSLFD FFVVAISLVPTSSGFEILRVLRVLRLFRLVTAVPQMRKIVSALISVIPGMLSVIALMTLFFYIFAIMATQLFGERFPEWF GTLGESFYTLFQVMTLESWSMGIVRPLMEVYPYAWVFFIPFIFVVTFVMINLVVAIIVDAMAILNQKEEQHIIDEVQSHE DNINNEIIKLREEIVELKELIKTSLKN ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6P6W A 1 ? 392 ? 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UNP A0A028ANC5 ? ? linker 1000 18 6 6P6W ALA C 398 ? UNP A8EVM5 ARG 4 'engineered mutation' 1004 19 6 6P6W LYS C 443 ? UNP A8EVM5 ASN 49 'engineered mutation' 1049 20 6 6P6W CYS C 488 ? UNP A8EVM5 GLY 94 'engineered mutation' 1094 21 6 6P6W ALA C 503 ? UNP A8EVM5 LEU 109 'engineered mutation' 1109 22 6 6P6W VAL C 510 ? UNP A8EVM5 MET 116 'engineered mutation' 1116 23 6 6P6W CYS C 544 ? UNP A8EVM5 GLN 150 'engineered mutation' 1150 24 7 6P6W ASN D 393 ? UNP A0A028ANC5 ? ? linker 999 25 7 6P6W ALA D 394 ? UNP A0A028ANC5 ? ? linker 1000 26 8 6P6W ALA D 398 ? UNP A8EVM5 ARG 4 'engineered mutation' 1004 27 8 6P6W LYS D 443 ? UNP A8EVM5 ASN 49 'engineered mutation' 1049 28 8 6P6W CYS D 488 ? UNP A8EVM5 GLY 94 'engineered mutation' 1094 29 8 6P6W ALA D 503 ? UNP A8EVM5 LEU 109 'engineered mutation' 1109 30 8 6P6W VAL D 510 ? UNP A8EVM5 MET 116 'engineered mutation' 1116 31 8 6P6W CYS D 544 ? UNP A8EVM5 GLN 150 'engineered mutation' 1150 32 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6P6W _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6P6W _struct.title ;Cryo-EM structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/L109A/M116V/G94C/Q150C disulfide crosslinked mutant in the resting state ; _struct.pdbx_descriptor 'Sugar ABC transporter substrate-binding protein' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6P6W _struct_keywords.text 'Ion channel, ion transport protein, MEMBRANE PROTEIN, metal transport' _struct_keywords.pdbx_keywords 'membrane protein, metal transport' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 MET A 395 ? GLU A 404 ? MET A 1001 GLU A 1010 1 ? 10 HELX_P HELX_P2 AA2 SER A 405 ? GLU A 426 ? SER A 1011 GLU A 1032 1 ? 22 HELX_P HELX_P3 AA3 SER A 428 ? PHE A 435 ? SER A 1034 PHE A 1041 1 ? 8 HELX_P HELX_P4 AA4 PHE A 435 ? HIS A 461 ? PHE A 1041 HIS A 1067 1 ? 27 HELX_P HELX_P5 AA5 ASP A 468 ? SER A 481 ? 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Maltose # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag YES _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.3 # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 367737 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Arcobacter butzleri RM4018' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 7111 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Trichoplusia ni' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details 'Movie frames were aligned and 2x binned to a pixel size off 1.056 A using MotionCor2.' # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 60 _em_image_recording.average_exposure_time 8.6 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode SUPER-RESOLUTION _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 9 _em_image_recording.num_real_images 5000 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Bioquantum' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details 'Auto-particle picking using RELION 3.0 beta and manual particle removals of bad particles.' _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 476000 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? 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