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B CYS 87 SG ? ? ? 1_555 B CYS 93 SG ? ? B CYS 598 B CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? ? disulf11 disulf ? ? C CYS 103 SG ? ? ? 1_555 C CYS 124 SG ? ? G CYS 104 G CYS 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf12 disulf ? ? C CYS 113 SG ? ? ? 1_555 C CYS 133 SG ? ? G CYS 114 G CYS 134 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf13 disulf ? ? C CYS 122 SG ? ? ? 1_555 C CYS 138 SG ? ? G CYS 123 G CYS 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? ? disulf14 disulf ? ? D CYS 59 SG ? ? ? 1_555 D CYS 79 SG ? ? C CYS 54 C CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf15 disulf ? ? D CYS 124 SG ? ? ? 1_555 D CYS 210 SG ? ? C CYS 119 C CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.076 ? ? disulf16 disulf ? ? D CYS 131 SG ? ? ? 1_555 D CYS 201 SG ? ? C CYS 126 C CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.991 ? ? disulf17 disulf ? ? D CYS 136 SG ? ? ? 1_555 D CYS 154 SG ? ? C CYS 131 C CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf18 disulf ? ? D CYS 223 SG ? ? ? 1_555 D CYS 252 SG ? ? C CYS 218 C CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf19 disulf ? ? D CYS 233 SG ? ? ? 1_555 D CYS 244 SG ? ? C CYS 228 C CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.168 ? ? disulf20 disulf ? ? D CYS 301 SG ? ? ? 1_555 D CYS 335 SG ? ? C CYS 296 C CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf21 disulf ? ? D CYS 382 SG ? ? ? 1_555 D CYS 448 SG ? ? C CYS 378 C CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? ? disulf22 disulf ? ? D CYS 389 SG ? ? ? 1_555 D CYS 421 SG ? ? C CYS 385 C CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf23 disulf ? ? E CYS 87 SG ? ? ? 1_555 E CYS 93 SG ? ? D CYS 598 D CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? ? disulf24 disulf ? ? F CYS 103 SG ? ? ? 1_555 F CYS 124 SG ? ? H CYS 104 H CYS 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf25 disulf ? ? F CYS 113 SG ? ? ? 1_555 F CYS 133 SG ? ? H CYS 114 H CYS 134 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf26 disulf ? ? F CYS 122 SG ? ? ? 1_555 F CYS 138 SG ? ? H CYS 123 H CYS 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? ? disulf27 disulf ? ? G CYS 59 SG ? ? ? 1_555 G CYS 79 SG ? ? E CYS 54 E CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf28 disulf ? ? G CYS 124 SG ? ? ? 1_555 G CYS 210 SG ? ? E CYS 119 E CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.076 ? ? disulf29 disulf ? ? G CYS 131 SG ? ? ? 1_555 G CYS 201 SG ? ? E CYS 126 E CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.990 ? ? disulf30 disulf ? ? G CYS 136 SG ? ? ? 1_555 G CYS 154 SG ? ? E CYS 131 E CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf31 disulf ? ? G CYS 223 SG ? ? ? 1_555 G CYS 252 SG ? ? E CYS 218 E CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf32 disulf ? ? G CYS 233 SG ? ? ? 1_555 G CYS 244 SG ? ? E CYS 228 E CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.168 ? ? disulf33 disulf ? ? G CYS 301 SG ? ? ? 1_555 G CYS 335 SG ? ? E CYS 296 E CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf34 disulf ? ? G CYS 382 SG ? ? ? 1_555 G CYS 448 SG ? ? E CYS 378 E CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? ? disulf35 disulf ? ? G CYS 389 SG ? ? ? 1_555 G CYS 421 SG ? ? E CYS 385 E CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf36 disulf ? ? H CYS 87 SG ? ? ? 1_555 H CYS 93 SG ? ? F CYS 598 F CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? ? disulf37 disulf ? ? I CYS 103 SG ? ? ? 1_555 I CYS 124 SG ? ? I CYS 104 I CYS 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf38 disulf ? ? I CYS 113 SG ? ? ? 1_555 I CYS 133 SG ? ? I CYS 114 I CYS 134 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf39 disulf ? ? I CYS 122 SG ? ? ? 1_555 I CYS 138 SG ? ? I CYS 123 I CYS 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? ? covale1 covale one ? A ASN 93 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? A ASN 88 O NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.464 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 138 ND2 ? ? ? 1_555 SA NAG . C1 ? ? A ASN 133 A NAG 620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.471 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 142 ND2 ? ? ? 1_555 TA NAG . C1 ? ? A ASN 137 A NAG 625 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.474 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 153 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? A ASN 156 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.463 ? 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A ASN 332 A NAG 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.472 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? A ASN 343 ND2 ? ? ? 1_555 UA NAG . C1 ? ? A ASN 339 A NAG 630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.472 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? A ASN 359 ND2 ? ? ? 1_555 RA NAG . C1 ? ? A ASN 355 A NAG 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.469 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? A ASN 367 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? A ASN 363 N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.462 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? A ASN 390 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? A ASN 386 M NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? A ASN 396 ND2 ? ? ? 1_555 QA NAG . C1 ? ? A ASN 392 A NAG 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.470 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? A ASN 451 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? A ASN 448 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.467 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? B ASN 100 ND2 ? ? ? 1_555 VA NAG . C1 ? ? B ASN 611 B NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.462 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? B ASN 107 ND2 ? ? ? 1_555 YA NAG . C1 ? ? B ASN 618 B NAG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.472 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? B ASN 114 ND2 ? ? ? 1_555 WA NAG . C1 ? ? B ASN 625 B NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.469 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? B ASN 126 ND2 ? ? ? 1_555 XA NAG . C1 ? ? B ASN 637 B NAG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.466 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? D ASN 93 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? C ASN 88 Y NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.464 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? D ASN 138 ND2 ? ? ? 1_555 EB NAG . C1 ? ? C ASN 133 C NAG 620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.471 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? D ASN 142 ND2 ? ? ? 1_555 FB NAG . C1 ? ? C ASN 137 C NAG 625 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.473 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? D ASN 153 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? C ASN 156 U NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.463 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? D ASN 157 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? C ASN 160 T NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? 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I VAL 160 862 1 Y 1 I THR 162 ? I THR 161 863 1 Y 1 I VAL 163 ? I VAL 162 864 1 Y 1 I SER 164 ? I SER 163 865 1 Y 1 I SER 165 ? I SER 164 866 1 Y 1 I ALA 166 ? I ALA 165 867 1 Y 1 I SER 167 ? I SER 166 868 1 Y 1 I THR 168 ? I THR 167 869 1 Y 1 I LYS 169 ? I LYS 168 870 1 Y 1 I GLY 170 ? I GLY 169 871 1 Y 1 I PRO 171 ? I PRO 170 872 1 Y 1 I SER 172 ? I SER 171 873 1 Y 1 I VAL 173 ? I VAL 172 874 1 Y 1 I PHE 174 ? I PHE 173 875 1 Y 1 I PRO 175 ? I PRO 174 876 1 Y 1 I LEU 176 ? I LEU 175 877 1 Y 1 I ALA 177 ? I ALA 176 878 1 Y 1 I PRO 178 ? I PRO 177 879 1 Y 1 I SER 179 ? I SER 178 880 1 Y 1 I SER 180 ? I SER 179 881 1 Y 1 I LYS 181 ? I LYS 180 882 1 Y 1 I SER 182 ? I SER 181 883 1 Y 1 I THR 183 ? I THR 182 884 1 Y 1 I SER 184 ? I SER 183 885 1 Y 1 I GLY 185 ? I GLY 184 886 1 Y 1 I GLY 186 ? I GLY 185 887 1 Y 1 I THR 187 ? I THR 186 888 1 Y 1 I ALA 188 ? I ALA 187 889 1 Y 1 I ALA 189 ? I ALA 188 890 1 Y 1 I LEU 190 ? I LEU 189 891 1 Y 1 I GLY 191 ? I GLY 190 892 1 Y 1 I CYS 192 ? 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PHENIX 1.13 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 5.65 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'International AIDS Vaccine Initiative' 'United States' OPP1084519 1 'Bill & Melinda Gates Foundation' 'United States' OPP1115782 2 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' UM1AI100663 3 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero J 4 NAG 1 J NAG 1 A NAG 504 n J 4 NAG 2 J NAG 2 A NAG 505 n K 4 NAG 1 K NAG 1 A NAG 506 n K 4 NAG 2 K NAG 2 A NAG 507 n L 5 NAG 1 L NAG 1 A NAG 509 n L 5 NAG 2 L NAG 2 A NAG 510 n L 5 BMA 3 L BMA 3 A BMA 511 n L 5 MAN 4 L MAN 4 A MAN 512 n M 4 NAG 1 M NAG 1 A NAG 519 n M 4 NAG 2 M NAG 2 A NAG 522 n N 4 NAG 1 N NAG 1 A NAG 520 n N 4 NAG 2 N NAG 2 A NAG 521 n O 4 NAG 1 O NAG 1 A NAG 528 n O 4 NAG 2 O NAG 2 A NAG 529 n P 4 NAG 1 P NAG 1 A NAG 532 n P 4 NAG 2 P NAG 2 A NAG 533 n Q 4 NAG 1 Q NAG 1 A NAG 534 n Q 4 NAG 2 Q NAG 2 A NAG 535 n R 5 NAG 1 R NAG 1 A NAG 537 n R 5 NAG 2 R NAG 2 A NAG 538 n R 5 BMA 3 R BMA 3 A BMA 544 n R 5 MAN 4 R MAN 4 A MAN 545 n S 4 NAG 1 S NAG 1 A NAG 542 n S 4 NAG 2 S NAG 2 A NAG 543 n T 4 NAG 1 T NAG 1 C NAG 504 n T 4 NAG 2 T NAG 2 C NAG 505 n U 4 NAG 1 U NAG 1 C NAG 506 n U 4 NAG 2 U NAG 2 C NAG 507 n V 5 NAG 1 V NAG 1 C NAG 509 n V 5 NAG 2 V NAG 2 C NAG 510 n V 5 BMA 3 V BMA 3 C BMA 511 n V 5 MAN 4 V MAN 4 C MAN 512 n W 4 NAG 1 W NAG 1 C NAG 519 n W 4 NAG 2 W NAG 2 C NAG 522 n X 4 NAG 1 X NAG 1 C NAG 520 n X 4 NAG 2 X NAG 2 C NAG 521 n Y 4 NAG 1 Y NAG 1 C NAG 528 n Y 4 NAG 2 Y NAG 2 C NAG 529 n Z 4 NAG 1 Z NAG 1 C NAG 532 n Z 4 NAG 2 Z NAG 2 C NAG 533 n AA 4 NAG 1 a NAG 1 C NAG 534 n AA 4 NAG 2 a NAG 2 C NAG 535 n BA 5 NAG 1 b NAG 1 C NAG 537 n BA 5 NAG 2 b NAG 2 C NAG 538 n BA 5 BMA 3 b BMA 3 C BMA 544 n BA 5 MAN 4 b MAN 4 C MAN 545 n CA 4 NAG 1 c NAG 1 C NAG 542 n CA 4 NAG 2 c NAG 2 C NAG 543 n DA 4 NAG 1 d NAG 1 E NAG 504 n DA 4 NAG 2 d NAG 2 E NAG 505 n EA 4 NAG 1 e NAG 1 E NAG 506 n EA 4 NAG 2 e NAG 2 E NAG 507 n FA 5 NAG 1 f NAG 1 E NAG 509 n FA 5 NAG 2 f NAG 2 E NAG 510 n FA 5 BMA 3 f BMA 3 E BMA 511 n FA 5 MAN 4 f MAN 4 E MAN 512 n GA 4 NAG 1 g NAG 1 E NAG 519 n GA 4 NAG 2 g NAG 2 E NAG 522 n HA 4 NAG 1 h NAG 1 E NAG 520 n HA 4 NAG 2 h NAG 2 E NAG 521 n IA 4 NAG 1 i NAG 1 E NAG 528 n IA 4 NAG 2 i NAG 2 E NAG 529 n JA 4 NAG 1 j NAG 1 E NAG 532 n JA 4 NAG 2 j NAG 2 E NAG 533 n KA 4 NAG 1 k NAG 1 E NAG 534 n KA 4 NAG 2 k NAG 2 E NAG 535 n LA 5 NAG 1 l NAG 1 E NAG 537 n LA 5 NAG 2 l NAG 2 E NAG 538 n LA 5 BMA 3 l BMA 3 E BMA 544 n LA 5 MAN 4 l MAN 4 E MAN 545 n MA 4 NAG 1 m NAG 1 E NAG 542 n MA 4 NAG 2 m NAG 2 E NAG 543 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 4 oligosaccharide 5 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 4 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 4 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 4 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 4 5 DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 5 'WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 5 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 4 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 3 5 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 4 5 4 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 4 NAG 1 n 4 NAG 2 n 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n 5 BMA 3 n 5 MAN 4 n # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 6 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support microscopy _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? 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