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EMDB EMD-20504 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2020-03-25 2 'Structure model' 1 1 2024-03-20 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Data collection' 2 2 'Structure model' 'Database references' 3 2 'Structure model' 'Refinement description' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' chem_comp_atom 2 2 'Structure model' chem_comp_bond 3 2 'Structure model' database_2 4 2 'Structure model' em_3d_fitting_list 5 2 'Structure model' pdbx_initial_refinement_model # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 2 2 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' 3 2 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.accession_code' 4 2 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id' 5 2 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.source_name' 6 2 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.type' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6PWB _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2019-07-22 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB ;Rigid body fitting of flagellin FlaB, and flagellar coiling proteins, FcpA and FcpB, into a 10 Angstrom structure of the asymmetric flagellar filament purified from Leptospira biflexa Patoc WT cells resolved via subtomogram averaging ; EMD-20504 'associated EM volume' PDB 'B. subtilis flagellin' 5WJT unspecified PDB 'L. interrogans FcpB' 6NQZ unspecified PDB 'L. biflexa FcpA' 6NQW unspecified PDB 'L. biflexa FcpA' 6NQX unspecified PDB 'L. biflexa FcpA' 6NQY unspecified # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Gibson, K.H.' 1 0000-0001-8881-1411 'Sindelar, C.V.' 2 0000-0002-6646-7776 'Trajtenberg, F.' 3 0000-0003-0427-5549 'Buschiazzo, A.' 4 0000-0002-2509-6526 'San Martin, F.' 5 ? 'Mechaly, A.' 6 0000-0002-5305-7495 # loop_ _citation.abstract _citation.abstract_id_CAS _citation.book_id_ISBN _citation.book_publisher _citation.book_publisher_city _citation.book_title _citation.coordinate_linkage _citation.country _citation.database_id_Medline _citation.details _citation.id _citation.journal_abbrev _citation.journal_id_ASTM _citation.journal_id_CSD _citation.journal_id_ISSN _citation.journal_full _citation.journal_issue _citation.journal_volume _citation.language _citation.page_first _citation.page_last _citation.title _citation.year _citation.database_id_CSD _citation.pdbx_database_id_DOI _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.unpublished_flag ? ? ? ? ? ? ? US ? ? primary Elife ? ? 2050-084X ? ? 9 ? ? ? 'An asymmetric sheath controls flagellar supercoiling and motility in the leptospira spirochete.' 2020 ? 10.7554/eLife.53672 32157997 ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 1 'Acta Crystallogr F Struct Biol Commun' ACSFEN ? 2053-230X ? ? 73 ? 123 129 'Crystallization of FcpA from Leptospira, a novel flagellar protein that is essential for pathogenesis.' 2017 ? 10.1107/S2053230X17002096 28291747 ? ? ? ? ? ? ? ? UK ? ? 2 'Mol. Microbiol.' MOMIEE 2007 1365-2958 ? ? 101 ? 457 470 ;A novel flagellar sheath protein, FcpA, determines filament coiling, translational motility and virulence for the Leptospira spirochete. ; 2016 ? 10.1111/mmi.13403 27113476 ? ? ? ? ? ? ? ? CH ? ? 3 'Front Cell Infect Microbiol' ? ? 2235-2988 ? ? 8 ? 130 ? 'FcpB Is a Surface Filament Protein of the Endoflagellum Required for the Motility of the Spirochete' 2018 ? 10.3389/fcimb.2018.00130 29868490 ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Gibson, K.H.' 1 ? primary 'Trajtenberg, F.' 2 0000-0003-0427-5549 primary 'Wunder, E.A.' 3 0000-0002-5239-8511 primary 'Brady, M.R.' 4 ? primary 'San Martin, F.' 5 ? primary 'Mechaly, A.' 6 0000-0002-5305-7495 primary 'Shang, Z.' 7 ? primary 'Liu, J.' 8 ? primary 'Picardeau, M.' 9 ? primary 'Ko, A.' 10 0000-0001-9023-2339 primary 'Buschiazzo, A.' 11 0000-0002-2509-6526 primary 'Sindelar, C.V.' 12 0000-0002-6646-7776 1 'San Martin, F.' 13 ? 1 'Mechaly, A.E.' 14 ? 1 'Larrieux, N.' 15 ? 1 'Wunder, E.A.' 16 ? 1 'Ko, A.I.' 17 ? 1 'Picardeau, M.' 18 ? 1 'Trajtenberg, F.' 19 ? 1 'Buschiazzo, A.' 20 ? 2 'Wunder, E.A.' 21 ? 2 'Figueira, C.P.' 22 ? 2 'Benaroudj, N.' 23 ? 2 'Hu, B.' 24 ? 2 'Tong, B.A.' 25 ? 2 'Trajtenberg, F.' 26 ? 2 'Liu, J.' 27 ? 2 'Reis, M.G.' 28 ? 2 'Charon, N.W.' 29 ? 2 'Buschiazzo, A.' 30 ? 2 'Picardeau, M.' 31 ? 2 'Ko, A.I.' 32 ? 3 'Wunder, E.A.' 33 ? 3 'Slamti, L.' 34 ? 3 'Suwondo, D.N.' 35 ? 3 'Gibson, K.H.' 36 ? 3 'Shang, Z.' 37 ? 3 'Sindelar, C.V.' 38 ? 3 'Trajtenberg, F.' 39 ? 3 'Buschiazzo, A.' 40 ? 3 'Ko, A.I.' 41 ? 3 'Picardeau, M.' 42 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Flagellin B1 (FlaB1)' 29467.033 84 ? ? ? ? 2 polymer nat 'Flagellar coiling protein A (FcpA)' 28931.002 47 ? ? ? ? 3 polymer nat 'Flagellar coiling protein B (FcpB)' 25539.666 32 ? ? ? ? # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;AAINSHRVLKFQNEEVSKNMEKLSSGMRINRAGDDASGLAVSEKMRTQVNGLRQAERNTEDGMSLIQTTEGFLQESNDII QRIRTLAIQSSNGIYTEEDRQMIQVEVSQLIDEVDRIASQAEFNKMNLLQGDFARGSRATSMWFHIGPNMHQRERVFIAT MTARSLNLKGQSGELLSLSTADKSNDAIGTLDAALTRISKQRANLGAYFNRLEHAAKGLMNAYENTQASESRIRDADMAE ETVAFTKNQILVQSGTAMLAQANVR ; ;AAINSHRVLKFQNEEVSKNMEKLSSGMRINRAGDDASGLAVSEKMRTQVNGLRQAERNTEDGMSLIQTTEGFLQESNDII QRIRTLAIQSSNGIYTEEDRQMIQVEVSQLIDEVDRIASQAEFNKMNLLQGDFARGSRATSMWFHIGPNMHQRERVFIAT MTARSLNLKGQSGELLSLSTADKSNDAIGTLDAALTRISKQRANLGAYFNRLEHAAKGLMNAYENTQASESRIRDADMAE ETVAFTKNQILVQSGTAMLAQANVR ; ;AG,AH,AI,AR,BA,BB,BC,BD,BL,BM,CG,CH,BS,BT,BU,BV,BW,BX,BY,DB,DC,CL,CM,CN,CO,CP,CQ,CR,CS,CT,DG,DH,DI,DJ,DK,DL,DM,DN,DO,DW,DX,EB,EC,ED,EE,EF,EG,EH,EI,EJ,ER,ES,FA,FB,FC,FD,FE,FM,FN,EW,EX,EY,EZ,GH,GI,FR,FS,FT,FU,FV,FW,FX,HC,GM,GN,GO,GP,GQ,GR,HH,HI,HJ,HK,HL ; ? 2 'polypeptide(L)' no no ;LTEDQKKKKKEIMEQESLWKNPDFKGYNKTFQELHQLSKTFANNQFRLALSNYQSGVNTIMKNRDWVEQYRKEEAEKKRL 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DDYPVWGTPETPSEKGVGKYILSNVENTKSNPIRNNFKKQFYFKNLDYFDKLFTKIFDYND ; AO,BI,BJ,BK,BO,CD,CE,CF,CJ,DA,DE,CY,CZ,DT,DU,DV,DZ,EO,EP,EQ,EU,FJ,FK,FL,FP,GE,GF,GG,GK,HB,HF,GZ ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 ALA n 1 3 ILE n 1 4 ASN n 1 5 SER n 1 6 HIS n 1 7 ARG n 1 8 VAL n 1 9 LEU n 1 10 LYS n 1 11 PHE n 1 12 GLN n 1 13 ASN n 1 14 GLU n 1 15 GLU n 1 16 VAL n 1 17 SER n 1 18 LYS n 1 19 ASN n 1 20 MET n 1 21 GLU n 1 22 LYS n 1 23 LEU n 1 24 SER n 1 25 SER n 1 26 GLY n 1 27 MET n 1 28 ARG n 1 29 ILE n 1 30 ASN n 1 31 ARG n 1 32 ALA n 1 33 GLY n 1 34 ASP n 1 35 ASP n 1 36 ALA n 1 37 SER n 1 38 GLY n 1 39 LEU n 1 40 ALA n 1 41 VAL n 1 42 SER n 1 43 GLU n 1 44 LYS n 1 45 MET n 1 46 ARG n 1 47 THR n 1 48 GLN n 1 49 VAL n 1 50 ASN n 1 51 GLY n 1 52 LEU n 1 53 ARG n 1 54 GLN n 1 55 ALA n 1 56 GLU n 1 57 ARG n 1 58 ASN n 1 59 THR n 1 60 GLU n 1 61 ASP n 1 62 GLY n 1 63 MET n 1 64 SER n 1 65 LEU n 1 66 ILE n 1 67 GLN n 1 68 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GF MET 258 CB 160150 1 Y 1 HL MET 265 ? CG ? GF MET 258 CG 160151 1 Y 1 HL MET 265 ? SD ? GF MET 258 SD 160152 1 Y 1 HL MET 265 ? CE ? GF MET 258 CE 160153 1 Y 1 HL LEU 266 ? CB ? GF LEU 259 CB 160154 1 Y 1 HL LEU 266 ? CG ? GF LEU 259 CG 160155 1 Y 1 HL LEU 266 ? CD1 ? GF LEU 259 CD1 160156 1 Y 1 HL LEU 266 ? CD2 ? GF LEU 259 CD2 160157 1 Y 1 HL ALA 267 ? CB ? GF ALA 260 CB 160158 1 Y 1 HL GLN 268 ? CB ? GF GLN 261 CB 160159 1 Y 1 HL GLN 268 ? CG ? GF GLN 261 CG 160160 1 Y 1 HL GLN 268 ? CD ? GF GLN 261 CD 160161 1 Y 1 HL GLN 268 ? OE1 ? GF GLN 261 OE1 160162 1 Y 1 HL GLN 268 ? NE2 ? GF GLN 261 NE2 160163 1 Y 1 HL ALA 269 ? CB ? GF ALA 262 CB 160164 1 Y 1 HL ASN 270 ? CB ? GF ASN 263 CB 160165 1 Y 1 HL ASN 270 ? CG ? GF ASN 263 CG 160166 1 Y 1 HL ASN 270 ? OD1 ? GF ASN 263 OD1 160167 1 Y 1 HL ASN 270 ? ND2 ? GF ASN 263 ND2 160168 1 Y 1 HL VAL 271 ? CB ? GF VAL 264 CB 160169 1 Y 1 HL VAL 271 ? CG1 ? GF VAL 264 CG1 160170 1 Y 1 HL VAL 271 ? CG2 ? GF VAL 264 CG2 160171 1 Y 1 HL ARG 272 ? CB ? GF ARG 265 CB 160172 1 Y 1 HL ARG 272 ? CG ? GF ARG 265 CG 160173 1 Y 1 HL ARG 272 ? CD ? GF ARG 265 CD 160174 1 Y 1 HL ARG 272 ? NE ? GF ARG 265 NE 160175 1 Y 1 HL ARG 272 ? CZ ? GF ARG 265 CZ 160176 1 Y 1 HL ARG 272 ? NH1 ? GF ARG 265 NH1 160177 1 Y 1 HL ARG 272 ? NH2 ? 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B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 1 ? H N N 2 ? I N N 1 ? J N N 1 ? K N N 1 ? L N N 1 ? M N N 2 ? N N N 2 ? O N N 2 ? P N N 2 ? Q N N 3 ? R N N 3 ? S N N 3 ? T N N 1 ? U N N 1 ? V N N 2 ? W N N 3 ? X N N 2 ? Y N N 2 ? Z N N 2 ? AA N N 2 ? BA N N 3 ? CA N N 3 ? DA N N 3 ? EA N N 1 ? FA N N 1 ? GA N N 2 ? HA N N 3 ? IA N N 2 ? JA N N 1 ? KA N N 1 ? LA N N 1 ? MA N N 1 ? NA N N 1 ? OA N N 1 ? PA N N 1 ? QA N N 2 ? RA N N 3 ? SA N N 1 ? TA N N 1 ? UA N N 2 ? VA N N 3 ? WA N N 2 ? XA N N 1 ? YA N N 1 ? ZA N N 1 ? AB N N 1 ? BB N N 1 ? CB N N 1 ? DB N N 1 ? EB N N 1 ? FB N N 1 ? GB N N 2 ? HB N N 2 ? IB N N 2 ? JB N N 2 ? KB N N 3 ? LB N N 3 ? MB N N 2 ? NB N N 1 ? OB N N 1 ? PB N N 1 ? QB N N 1 ? RB N N 1 ? SB N N 1 ? TB N N 1 ? UB N N 1 ? VB N N 1 ? WB N N 2 ? XB N N 2 ? YB N N 2 ? ZB N N 2 ? AC N N 3 ? BC N N 3 ? CC N N 3 ? DC N N 1 ? EC N N 1 ? FC N N 2 ? GC N N 3 ? HC N N 1 ? IC N N 1 ? JC N N 1 ? KC N N 1 ? LC N N 1 ? MC N N 1 ? NC N N 1 ? OC N N 1 ? PC N N 1 ? QC N N 2 ? RC N N 2 ? SC N N 2 ? TC N N 2 ? UC N N 3 ? VC N N 3 ? WC N N 3 ? XC N N 1 ? YC N N 1 ? ZC N N 2 ? AD N N 3 ? BD N N 2 ? CD N N 1 ? DD N N 1 ? ED N N 1 ? FD N N 1 ? GD N N 1 ? HD N N 2 ? ID N N 2 ? JD N N 2 ? KD N N 2 ? LD N N 3 ? MD N N 3 ? ND N N 3 ? OD N N 1 ? PD N N 1 ? QD N N 2 ? RD N N 3 ? SD N N 2 ? TD N N 1 ? UD N N 1 ? VD N N 1 ? WD N N 1 ? XD N N 2 ? YD N N 2 ? ZD N N 2 ? AE N N 3 ? BE N N 3 ? CE N N 3 ? DE N N 1 ? EE N N 1 ? FE N N 2 ? GE N N 3 ? HE N N 2 ? IE N N 1 ? JE N N 1 ? KE N N 1 ? LE N N 1 ? ME N N 1 ? NE N N 1 ? OE N N 1 ? PE N N 3 ? QE N N 1 ? RE N N 2 ? SE N N 3 ? TE N N 1 ? UE N N 1 ? VE N N 1 ? WE N N 1 ? XE N N 1 ? YE N N 1 ? ZE N N 2 ? AF N N 2 ? BF N N 3 ? CF N N 1 ? DF N N 1 ? EF N N 1 ? FF N N 1 ? GF N N 1 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP B0SSZ5_LEPBP B0SSZ5 ? 1 ;AAINSHRVLKFQNEEVSKNMEKLSSGMRINRAGDDASGLAVSEKMRTQVNGLRQAERNTEDGMSLIQTTEGFLQESNDII QRIRTLAIQSSNGIYTEEDRQMIQVEVSQLIDEVDRIASQAEFNKMNLLQGDFARGSRATSMWFHIGPNMHQRERVFIAT MTARSLNLKGQSGELLSLSTADKSNDAIGTLDAALTRISKQRANLGAYFNRLEHAAKGLMNAYENTQASESRIRDADMAE ETVAFTKNQILVQSGTAMLAQANVR ; 8 2 UNP B0STJ8_LEPBP B0STJ8 ? 2 ;LTEDQKKKKKEIMEQESLWKNPDFKGYNKTFQELHQLSKTFANNQFRLALSNYQSGVNTIMKNRDWVEQYRKEEAEKKRL DEKWYWQKVDRKAREERVVYREKMKAKQDALNYFSKAINHLDEIKNPDLRERPEFKRLLSDVYRSWIMAEYDLQNLPQTI PILELYIEIDDNEKEYPAHKYLASAYSFEENMIKKTKGPDDMLFKYRYKKNVHLLRATELKYGKDSPEYKHIVNVIN ; 55 3 UNP B0SR03_LEPBP B0SR03 ? 3 ;SGKSMADTEKELDDNISEVNKRLRLHTVLFKMKVRTLPHKTVLYKGKPSADGERCEAADKQEAQDNTCLHLEVFDFVGSE DGKSSKNLGAKFKKMELFFEGSNNADPDPRKEQPRNLTKIRTYIYQNNFLLEDKVISVIADVAPNGEPAHNDKIELFYQH DDYPVWGTPETPSEKGVGKYILSNVENTKSNPIRNNFKKQFYFKNLDYFDKLFTKIFDYND ; 37 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6PWB AG 1 ? 265 ? 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ARG BK 54 ALA BK 57 AC5 2 THR S 41 ? SER S 49 ? THR BK 41 SER BK 49 AC5 3 CYS S 68 ? PHE S 74 ? CYS BK 68 PHE BK 74 AC5 4 LYS S 91 ? PHE S 99 ? LYS BK 91 PHE BK 99 AC5 5 LEU S 117 ? ILE S 124 ? LEU BK 117 ILE BK 124 AC5 6 LYS S 134 ? ASP S 141 ? LYS BK 134 ASP BK 141 AC5 7 LEU S 130 ? LEU S 131 ? LEU BK 130 LEU BK 131 AC6 1 ARG S 54 ? ALA S 57 ? ARG BK 54 ALA BK 57 AC6 2 THR S 41 ? SER S 49 ? THR BK 41 SER BK 49 AC6 3 CYS S 68 ? PHE S 74 ? CYS BK 68 PHE BK 74 AC6 4 LYS S 91 ? PHE S 99 ? LYS BK 91 PHE BK 99 AC6 5 LEU S 117 ? ILE S 124 ? LEU BK 117 ILE BK 124 AC6 6 LYS S 134 ? ASP S 141 ? LYS BK 134 ASP BK 141 AC6 7 ILE S 154 ? GLN S 159 ? ILE BK 154 GLN BK 159 AC6 8 GLY S 178 ? ILE S 181 ? GLY BK 178 ILE BK 181 AC7 1 GLU T 122 ? PHE T 123 ? GLU BL 129 PHE BL 130 AC7 2 MET T 126 ? ASN T 127 ? MET BL 133 ASN BL 134 AC8 1 MET T 142 ? HIS T 145 ? MET BL 149 HIS BL 152 AC8 2 ARG T 153 ? VAL T 156 ? ARG BL 160 VAL BL 163 AC9 1 GLU U 122 ? PHE U 123 ? GLU BM 129 PHE BM 130 AC9 2 MET U 126 ? 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LEU RD 131 ? LEU FP 130 LEU FP 131 AS6 1 ARG RD 54 ? ALA RD 57 ? ARG FP 54 ALA FP 57 AS6 2 THR RD 41 ? SER RD 49 ? THR FP 41 SER FP 49 AS6 3 CYS RD 68 ? PHE RD 74 ? CYS FP 68 PHE FP 74 AS6 4 LYS RD 91 ? PHE RD 99 ? LYS FP 91 PHE FP 99 AS6 5 LEU RD 117 ? ILE RD 124 ? LEU FP 117 ILE FP 124 AS6 6 LYS RD 134 ? ASP RD 141 ? LYS FP 134 ASP FP 141 AS6 7 ILE RD 154 ? GLN RD 159 ? ILE FP 154 GLN FP 159 AS6 8 GLY RD 178 ? ILE RD 181 ? GLY FP 178 ILE FP 181 AS7 1 GLU TD 122 ? PHE TD 123 ? GLU EW 129 PHE EW 130 AS7 2 MET TD 126 ? ASN TD 127 ? MET EW 133 ASN EW 134 AS8 1 MET TD 142 ? HIS TD 145 ? MET EW 149 HIS EW 152 AS8 2 ARG TD 153 ? VAL TD 156 ? ARG EW 160 VAL EW 163 AS9 1 GLU UD 122 ? PHE UD 123 ? GLU EX 129 PHE EX 130 AS9 2 MET UD 126 ? ASN UD 127 ? MET EX 133 ASN EX 134 AT1 1 MET UD 142 ? HIS UD 145 ? MET EX 149 HIS EX 152 AT1 2 ARG UD 153 ? VAL UD 156 ? ARG EX 160 VAL EX 163 AT2 1 GLU VD 122 ? PHE VD 123 ? GLU EY 129 PHE EY 130 AT2 2 MET VD 126 ? ASN VD 127 ? 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? 31.77 57.85 112 1 ALA CJ 50 ? ? 50.28 -116.78 113 1 ALA CJ 143 ? ? -155.30 60.18 114 1 ILE CJ 193 ? ? -139.71 -57.35 115 1 PHE CJ 201 ? ? -109.70 -64.18 116 1 ASP CK 224 ? ? 28.01 72.82 117 1 ASP CK 225 ? ? 80.38 5.51 118 1 ASN BS 11 ? ? -48.05 -13.03 119 1 ASP BS 42 ? ? -167.19 98.15 120 1 ALA BS 128 ? ? -68.05 78.07 121 1 SER BS 148 ? ? -138.54 -153.89 122 1 GLN BS 159 ? ? -118.90 52.98 123 1 ASP BS 189 ? ? -100.90 -168.90 124 1 ASN BT 11 ? ? -49.26 -10.53 125 1 ASP BT 42 ? ? -166.57 96.67 126 1 ALA BT 128 ? ? -68.93 75.83 127 1 SER BT 148 ? ? -138.32 -151.52 128 1 GLN BT 159 ? ? -113.72 54.05 129 1 ASP BU 42 ? ? -167.53 97.43 130 1 ALA BU 128 ? ? -69.55 80.80 131 1 SER BU 148 ? ? -138.14 -153.16 132 1 GLN BU 159 ? ? -114.76 56.86 133 1 SER BU 179 ? ? -39.88 155.81 134 1 ASN BV 11 ? ? -49.68 -15.72 135 1 ASP BV 42 ? ? -168.46 97.33 136 1 ALA BV 128 ? ? -68.99 77.88 137 1 SER BV 148 ? ? -146.27 -156.24 138 1 ASP BV 189 ? ? -100.25 -169.84 139 1 ASN BW 11 ? ? -49.86 -14.10 140 1 ASP BW 42 ? ? -168.62 96.42 141 1 SER BW 148 ? ? -140.59 -152.99 142 1 ASP BW 189 ? ? -100.87 -165.67 143 1 ASN BX 11 ? ? -48.68 -11.84 144 1 ASP BX 42 ? ? -168.60 97.44 145 1 SER BX 148 ? ? -152.89 -147.82 146 1 ASP BX 189 ? ? -100.78 -168.61 147 1 ASN BY 11 ? ? -47.79 -13.04 148 1 ASP BY 42 ? ? -166.98 94.36 149 1 SER BY 148 ? ? -157.34 -147.79 150 1 GLU BZ 136 ? ? -150.26 48.29 151 1 ASP BZ 224 ? ? 31.37 58.14 152 1 ALA DA 50 ? ? 49.97 -116.97 153 1 ALA DA 143 ? ? -155.47 60.57 154 1 ILE DA 193 ? ? -139.38 -57.01 155 1 PHE DA 201 ? ? -108.74 -64.02 156 1 ASN DB 11 ? ? -49.74 -14.18 157 1 ASP DB 42 ? ? -167.96 94.83 158 1 SER DB 148 ? ? -137.64 -150.83 159 1 SER DB 179 ? ? -36.87 147.89 160 1 ASP DB 189 ? ? -104.05 -162.94 161 1 LYS DB 190 ? ? -37.33 116.30 162 1 ASN DC 11 ? ? -48.91 -14.19 163 1 ASP DC 42 ? ? -168.70 97.22 164 1 GLU DD 136 ? ? -146.34 49.30 165 1 ASP DD 224 ? ? 31.64 57.83 166 1 ALA DE 50 ? ? 50.13 -116.92 167 1 ALA DE 143 ? ? -155.35 60.27 168 1 ILE DE 193 ? ? -139.51 -57.43 169 1 PHE DE 201 ? ? -108.86 -64.19 170 1 GLU DF 136 ? ? -141.02 52.30 171 1 ASP DF 224 ? ? 29.07 72.21 172 1 ASP CL 42 ? ? -167.15 99.46 173 1 ALA CL 128 ? ? -69.96 78.56 174 1 SER CL 148 ? ? -138.71 -151.47 175 1 GLN CL 159 ? ? -119.90 55.16 176 1 SER CL 179 ? ? -39.18 148.46 177 1 ASP CL 189 ? ? -100.63 -168.22 178 1 ASP CM 42 ? ? -166.31 94.83 179 1 SER CM 148 ? ? -138.97 -151.19 180 1 GLN CM 159 ? ? -116.71 52.52 181 1 SER CM 179 ? ? -39.53 147.95 182 1 ASN CN 11 ? ? -48.81 -15.10 183 1 ASP CN 42 ? ? -166.41 95.92 184 1 ALA CN 128 ? ? -68.01 77.32 185 1 SER CN 148 ? ? -138.97 -152.05 186 1 GLN CN 159 ? ? -118.68 52.98 187 1 SER CN 179 ? ? -39.55 148.24 188 1 ASP CO 42 ? ? -167.38 97.93 189 1 ALA CO 128 ? ? -68.13 76.33 190 1 SER CO 148 ? ? -140.02 -150.59 191 1 GLN CO 159 ? ? -113.19 53.64 192 1 ASP CP 42 ? ? -167.06 97.85 193 1 ALA CP 128 ? ? -69.53 80.81 194 1 SER CP 148 ? ? -138.60 -154.14 195 1 GLN CP 159 ? ? -113.21 55.21 196 1 SER CP 179 ? ? -41.60 155.93 197 1 ASN CQ 11 ? ? -49.55 -14.13 198 1 ASP CQ 42 ? ? -167.82 97.02 199 1 ALA CQ 128 ? ? -69.21 78.64 200 1 SER CQ 148 ? ? -146.46 -155.48 201 1 SER CQ 179 ? ? -39.79 149.82 202 1 ASP CQ 189 ? ? -102.17 -168.74 203 1 ASN CR 11 ? ? -48.11 -14.80 204 1 ASP CR 42 ? ? -168.49 96.77 205 1 SER CR 148 ? ? -140.32 -153.64 206 1 ASN CS 11 ? ? -49.08 -11.30 207 1 ASP CS 42 ? ? -167.37 98.11 208 1 ALA CS 128 ? ? -69.03 80.84 209 1 SER CS 148 ? ? -148.73 -152.14 210 1 SER CS 179 ? ? -39.73 149.06 211 1 ASP CS 189 ? ? -101.34 -169.88 212 1 ASN CT 11 ? ? -48.71 -14.95 213 1 ASP CT 42 ? ? -166.60 95.77 214 1 SER CT 148 ? ? -154.48 -148.80 215 1 SER CT 179 ? ? -40.26 151.63 216 1 ASP CT 189 ? ? -100.75 -169.15 217 1 GLU CU 136 ? ? -151.13 48.95 218 1 ASP CU 224 ? ? 31.37 58.21 219 1 GLU CV 136 ? ? -141.07 53.68 220 1 ASP CV 224 ? ? 34.05 53.85 221 1 ASP CW 135 ? ? -90.29 54.86 222 1 GLU CW 136 ? ? -149.13 43.75 223 1 ASP CW 224 ? ? 31.94 58.29 224 1 ASP CX 135 ? ? -93.96 59.11 225 1 GLU CX 136 ? ? -145.74 46.33 226 1 ASP CX 224 ? ? 31.99 57.23 227 1 ALA CY 50 ? ? 50.04 -117.06 228 1 ALA CY 143 ? ? -155.38 60.53 229 1 ILE CY 193 ? ? -139.90 -57.08 230 1 PHE CY 201 ? ? -109.15 -64.15 231 1 ALA CZ 50 ? ? 49.78 -118.15 232 1 ASP CZ 75 ? ? -169.60 -169.47 233 1 ALA CZ 143 ? ? -155.66 60.57 234 1 ILE CZ 193 ? ? -133.59 -51.31 235 1 ASP EA 224 ? ? 30.16 59.38 236 1 ASP DG 42 ? ? -166.77 99.15 237 1 ALA DG 128 ? ? -69.96 78.17 238 1 SER DG 148 ? ? -139.15 -150.43 239 1 SER DG 179 ? ? -39.38 148.43 240 1 ASP DH 42 ? ? -165.05 96.12 241 1 SER DH 148 ? ? -139.01 -152.35 242 1 GLN DH 159 ? ? -117.41 52.24 243 1 SER DH 179 ? ? -39.51 148.11 244 1 ASP DH 189 ? ? -100.69 -168.59 245 1 ASN DI 11 ? ? -47.68 -15.02 246 1 ASP DI 42 ? ? -163.57 98.71 247 1 ALA DI 128 ? ? -69.25 77.22 248 1 SER DI 148 ? ? -139.02 -152.23 249 1 GLN DI 159 ? ? -118.58 53.26 250 1 ASN DJ 11 ? ? -49.36 -11.93 251 1 ASP DJ 42 ? ? -166.54 97.69 252 1 ALA DJ 128 ? ? -68.60 75.56 253 1 SER DJ 148 ? ? -139.37 -150.65 254 1 GLN DJ 159 ? ? -113.92 55.39 255 1 ASP DK 42 ? ? -167.80 98.24 256 1 SER DK 148 ? ? -138.57 -152.82 257 1 GLN DK 159 ? ? -115.99 57.20 258 1 SER DK 179 ? ? -41.05 156.93 259 1 ASN DL 11 ? ? -48.51 -12.36 260 1 ASP DL 42 ? ? -168.23 97.95 261 1 ALA DL 128 ? ? -69.48 77.86 262 1 LEU DL 136 ? ? -130.14 -32.42 263 1 SER DL 148 ? ? -146.90 -155.33 264 1 ASN DM 11 ? ? -47.01 -13.60 265 1 ASP DM 42 ? ? -168.89 97.91 266 1 SER DM 148 ? ? -140.26 -152.91 267 1 ASP DM 189 ? ? -101.36 -165.42 268 1 ASN DN 11 ? ? -49.79 -11.03 269 1 ASP DN 42 ? ? -167.34 97.89 270 1 SER DN 148 ? ? -150.83 -154.29 271 1 SER DN 179 ? ? -39.97 149.98 272 1 ASP DN 189 ? ? -100.56 -169.41 273 1 ASN DO 11 ? ? -47.33 -15.04 274 1 ASP DO 42 ? ? -167.80 95.44 275 1 SER DO 148 ? ? -151.01 -153.79 276 1 GLU DP 136 ? ? -151.27 49.25 277 1 ASP DP 224 ? ? 31.36 58.51 278 1 GLU DQ 136 ? ? -141.02 51.97 279 1 ASP DQ 224 ? ? 34.79 53.13 280 1 GLU DR 136 ? ? -149.68 45.09 281 1 ASP DR 224 ? ? 31.99 58.02 282 1 ASP DS 135 ? ? -91.55 55.39 283 1 GLU DS 136 ? ? -146.32 45.38 284 1 ASP DS 224 ? ? 32.23 56.97 285 1 ALA DT 50 ? ? 50.31 -117.23 286 1 ALA DT 143 ? ? -155.55 60.58 287 1 ILE DT 193 ? ? -139.58 -56.95 288 1 PHE DT 201 ? ? -109.02 -64.12 289 1 ALA DU 50 ? ? 49.78 -117.66 290 1 ASP DU 75 ? ? -170.84 -168.46 291 1 ALA DU 143 ? ? -155.66 60.53 292 1 ILE DU 193 ? ? -135.17 -52.68 293 1 ALA DV 50 ? ? 50.17 -116.84 294 1 ALA DV 143 ? ? -155.46 60.21 295 1 ILE DV 193 ? ? -139.71 -57.15 296 1 PHE DV 201 ? ? -108.84 -64.23 297 1 ASN DW 11 ? ? -49.76 -15.48 298 1 ASP DW 42 ? ? -167.79 94.80 299 1 SER DW 148 ? ? -138.15 -151.02 300 1 SER DW 179 ? ? -37.06 148.29 301 1 ASP DW 189 ? ? -104.33 -164.28 302 1 LYS DW 190 ? ? -38.84 116.64 303 1 ASN DX 11 ? ? -49.79 -15.71 304 1 ASP DX 42 ? ? -168.85 97.17 305 1 ASP DY 135 ? ? -94.75 58.93 306 1 GLU DY 136 ? ? -144.67 49.61 307 1 ASP DY 224 ? ? 31.73 57.65 308 1 ALA DZ 50 ? ? 50.13 -117.23 309 1 ALA DZ 143 ? ? -155.55 60.58 310 1 ILE DZ 193 ? ? -139.32 -57.06 311 1 PHE DZ 201 ? ? -108.32 -63.60 312 1 ASN EB 11 ? ? -47.63 -5.76 313 1 ASP EB 42 ? ? -167.30 99.55 314 1 SER EB 148 ? ? -139.04 -152.90 315 1 GLN EB 159 ? ? -114.33 54.27 316 1 SER EB 179 ? ? -38.45 148.18 317 1 ASN EC 11 ? ? -49.89 -11.94 318 1 ASP EC 42 ? ? -165.83 95.02 319 1 SER EC 148 ? ? -138.77 -151.94 320 1 GLN EC 159 ? ? -117.58 52.89 321 1 SER EC 179 ? ? -39.37 148.33 322 1 ASP EC 189 ? ? -100.32 -168.47 323 1 ASN ED 11 ? ? -47.91 -12.89 324 1 ASP ED 42 ? ? -167.32 96.10 325 1 ALA ED 128 ? ? -69.27 77.56 326 1 SER ED 148 ? ? -138.78 -150.34 327 1 GLN ED 159 ? ? -118.96 53.96 328 1 ASN EE 11 ? ? -49.93 -11.13 329 1 ASP EE 42 ? ? -167.36 97.09 330 1 ALA EE 128 ? ? -67.80 75.20 331 1 SER EE 148 ? ? -138.21 -153.88 332 1 GLN EE 159 ? ? -112.04 54.54 333 1 ASP EE 189 ? ? -100.11 -168.57 334 1 ASP EF 42 ? ? -167.19 98.16 335 1 SER EF 148 ? ? -138.48 -153.39 336 1 GLN EF 159 ? ? -113.82 54.78 337 1 SER EF 179 ? ? -39.74 153.88 338 1 ASN EG 11 ? ? -49.47 -16.04 339 1 ASP EG 42 ? ? -167.90 97.00 340 1 ALA EG 128 ? ? -68.83 77.18 341 1 SER EG 148 ? ? -145.38 -155.64 342 1 ASN EH 11 ? ? -47.56 -14.32 343 1 ASP EH 42 ? ? -169.20 97.99 344 1 SER EH 148 ? ? -140.58 -152.55 345 1 ASP EH 189 ? ? -101.25 -165.07 346 1 ASN EI 11 ? ? -49.52 -11.66 347 1 ASP EI 42 ? ? -167.84 98.20 348 1 ALA EI 128 ? ? -68.33 81.25 349 1 LEU EI 136 ? ? -130.10 -34.76 350 1 SER EI 148 ? ? -149.88 -152.08 351 1 ASP EI 189 ? ? -100.15 -169.34 352 1 ASN EJ 11 ? ? -46.57 -12.31 353 1 ASP EJ 42 ? ? -166.51 94.29 354 1 SER EJ 148 ? ? -151.66 -149.50 355 1 GLU EK 136 ? ? -150.65 47.92 356 1 ASP EK 224 ? ? 31.58 58.67 357 1 GLU EL 136 ? ? -141.90 50.89 358 1 ASP EL 224 ? ? 34.73 53.38 359 1 GLU EM 136 ? ? -149.08 43.31 360 1 ASP EM 224 ? ? 31.90 58.21 361 1 ASP EN 135 ? ? -93.14 57.21 362 1 GLU EN 136 ? ? -145.53 46.82 363 1 ASP EN 224 ? ? 31.85 57.44 364 1 ALA EO 50 ? ? 50.20 -117.38 365 1 ALA EO 143 ? ? -155.65 60.73 366 1 ILE EO 193 ? ? -139.49 -57.03 367 1 PHE EO 201 ? ? -108.90 -63.95 368 1 ALA EP 50 ? ? 49.73 -117.67 369 1 ALA EP 143 ? ? -155.46 60.25 370 1 ILE EP 193 ? ? -134.35 -52.64 371 1 ALA EQ 50 ? ? 50.31 -116.78 372 1 ALA EQ 143 ? ? -155.61 60.45 373 1 ILE EQ 193 ? ? -139.74 -57.29 374 1 PHE EQ 201 ? ? -108.67 -64.19 375 1 ASP ER 42 ? ? -168.32 94.86 376 1 SER ER 148 ? ? -137.83 -150.83 377 1 SER ER 179 ? ? -37.27 148.36 378 1 ASP ER 189 ? ? -104.22 -163.76 379 1 LYS ER 190 ? ? -38.47 115.76 380 1 ASN ES 11 ? ? -49.40 -14.90 381 1 ASP ES 42 ? ? -169.14 96.85 382 1 GLU ET 136 ? ? -144.47 49.85 383 1 ASP ET 224 ? ? 31.74 57.62 384 1 ALA EU 50 ? ? 50.36 -116.94 385 1 ALA EU 143 ? ? -155.29 60.20 386 1 ILE EU 193 ? ? -139.54 -57.56 387 1 PHE EU 201 ? ? -108.24 -64.27 388 1 GLU EV 136 ? ? -140.68 54.49 389 1 ASP EV 224 ? ? 27.39 69.03 390 1 ASP EV 225 ? ? 82.14 7.43 391 1 ASP FA 42 ? ? -167.95 98.06 392 1 SER FA 148 ? ? -138.85 -153.75 393 1 GLN FA 159 ? ? -115.27 55.79 394 1 SER FA 179 ? ? -40.90 155.34 395 1 ASN FB 11 ? ? -48.30 -15.49 396 1 ASP FB 42 ? ? -167.98 97.39 397 1 ALA FB 128 ? ? -68.72 78.06 398 1 SER FB 148 ? ? -144.28 -156.36 399 1 ASP FB 189 ? ? -100.92 -169.84 400 1 ASN FC 11 ? ? -47.97 -13.17 401 1 ASP FC 42 ? ? -168.53 98.08 402 1 SER FC 148 ? ? -140.55 -152.22 403 1 ASP FC 189 ? ? -100.08 -165.31 404 1 ASN FD 11 ? ? -49.79 -10.91 405 1 ASP FD 42 ? ? -168.57 97.49 406 1 LEU FD 136 ? ? -130.74 -34.95 407 1 SER FD 148 ? ? -149.11 -153.18 408 1 SER FD 179 ? ? -40.93 151.30 409 1 ASN FE 11 ? ? -47.15 -15.61 410 1 ASP FE 42 ? ? -167.08 95.40 411 1 SER FE 148 ? ? -152.44 -153.03 412 1 SER FE 179 ? ? -39.24 149.13 413 1 ASP FE 189 ? ? -100.37 -168.63 414 1 GLU FF 136 ? ? -150.98 48.52 415 1 ASP FF 224 ? ? 31.45 58.30 416 1 GLU FG 136 ? ? -140.51 53.59 417 1 ASP FG 224 ? ? 34.67 53.23 418 1 ASP FH 135 ? ? -90.35 55.04 419 1 GLU FH 136 ? ? -149.77 43.33 420 1 ASP FH 224 ? ? 31.84 58.14 421 1 ASP FI 135 ? ? -92.78 58.28 422 1 GLU FI 136 ? ? -146.96 47.71 423 1 ASP FI 224 ? ? 31.96 57.23 424 1 ALA FJ 50 ? ? 50.26 -117.32 425 1 ALA FJ 143 ? ? -155.41 60.50 426 1 ILE FJ 193 ? ? -139.85 -57.04 427 1 PHE FJ 201 ? ? -109.15 -64.21 428 1 ALA FK 50 ? ? 49.60 -117.82 429 1 ASP FK 75 ? ? -167.99 -168.98 430 1 ALA FK 143 ? ? -155.65 60.79 431 1 ILE FK 193 ? ? -135.25 -53.10 432 1 ALA FL 50 ? ? 50.18 -117.10 433 1 ALA FL 143 ? ? -155.56 60.50 434 1 ILE FL 193 ? ? -139.31 -56.96 435 1 PHE FL 201 ? ? -108.34 -64.11 436 1 ASN FM 11 ? ? -49.85 -14.33 437 1 ASP FM 42 ? ? -167.77 94.71 438 1 SER FM 148 ? ? -137.53 -151.03 439 1 SER FM 179 ? ? -37.01 147.13 440 1 ASP FM 189 ? ? -103.85 -163.01 441 1 LYS FM 190 ? ? -36.87 116.32 442 1 ASN FN 11 ? ? -48.44 -14.43 443 1 ASP FN 42 ? ? -168.61 98.04 444 1 GLU FO 136 ? ? -146.39 49.16 445 1 ASP FO 224 ? ? 31.87 57.69 446 1 ALA FP 50 ? ? 50.31 -117.07 447 1 ALA FP 143 ? ? -155.20 60.16 448 1 ILE FP 193 ? ? -139.47 -57.24 449 1 PHE FP 201 ? ? -108.88 -64.03 450 1 GLU FQ 136 ? ? -140.83 53.16 451 1 ASP FQ 224 ? ? 29.94 58.49 452 1 ASP EW 42 ? ? -167.21 99.42 453 1 SER EW 148 ? ? -139.12 -150.39 454 1 GLN EW 159 ? ? -113.38 53.34 455 1 SER EW 179 ? ? -39.84 148.82 456 1 ASP EX 42 ? ? -167.65 96.43 457 1 SER EX 148 ? ? -139.52 -152.35 458 1 GLN EX 159 ? ? -117.05 53.03 459 1 SER EX 179 ? ? -39.90 147.13 460 1 ASN EY 11 ? ? -47.97 -14.39 461 1 ASP EY 42 ? ? -168.45 95.77 462 1 ALA EY 128 ? ? -68.83 77.13 463 1 SER EY 148 ? ? -138.04 -152.06 464 1 GLN EY 159 ? ? -118.41 53.52 465 1 SER EY 179 ? ? -38.76 148.49 466 1 ASN EZ 11 ? ? -49.59 -11.10 467 1 ASP EZ 42 ? ? -167.78 97.82 468 1 ALA EZ 128 ? ? -68.27 75.66 469 1 SER EZ 148 ? ? -138.13 -152.35 470 1 GLN EZ 159 ? ? -112.58 54.11 471 1 GLU GA 136 ? ? -151.86 48.63 472 1 ASP GA 224 ? ? 31.84 57.89 473 1 GLU GB 136 ? ? -140.36 52.72 474 1 ASP GB 224 ? ? 34.99 52.66 475 1 GLU GC 136 ? ? -151.00 41.99 476 1 ASP GC 224 ? ? 32.02 58.25 477 1 ALA GE 50 ? ? 50.32 -117.11 478 1 ALA GE 143 ? ? -155.45 60.27 479 1 ILE GE 193 ? ? -139.71 -57.20 480 1 PHE GE 201 ? ? -109.27 -64.33 481 1 ALA GF 50 ? ? 49.82 -118.17 482 1 ASP GF 75 ? ? -171.32 -170.00 483 1 ALA GF 143 ? ? -155.63 60.60 484 1 ILE GF 193 ? ? -133.94 -51.77 485 1 ALA GG 50 ? ? 50.17 -116.83 486 1 ALA GG 143 ? ? -155.66 60.68 487 1 ILE GG 193 ? ? -139.37 -57.05 488 1 PHE GG 201 ? ? -108.74 -64.05 489 1 ASP GH 42 ? ? -167.46 94.72 490 1 SER GH 148 ? ? -138.03 -151.46 491 1 SER GH 179 ? ? -36.54 147.18 492 1 ASP GH 189 ? ? -104.91 -163.30 493 1 LYS GH 190 ? ? -37.56 116.63 494 1 ASN GI 11 ? ? -47.68 -15.77 495 1 ASP GI 42 ? ? -169.69 97.91 496 1 ASP GI 189 ? ? -100.24 -168.43 497 1 GLU GJ 136 ? ? -143.70 50.37 498 1 ASP GJ 224 ? ? 31.50 57.75 499 1 ALA GK 50 ? ? 50.20 -117.34 500 1 ALA GK 143 ? ? -155.46 60.52 501 1 ILE GK 193 ? ? -139.21 -57.18 502 1 PHE GK 201 ? ? -109.36 -63.92 503 1 GLU GL 136 ? ? -141.62 52.49 504 1 ASP GL 224 ? ? 28.86 72.47 505 1 ASP GL 225 ? ? 80.54 3.73 506 1 ASP FR 42 ? ? -166.90 99.09 507 1 SER FR 148 ? ? -137.74 -152.76 508 1 GLN FR 159 ? ? -111.85 52.81 509 1 ASP FR 189 ? ? -100.75 -167.87 510 1 ASP FS 42 ? ? -166.54 95.29 511 1 SER FS 148 ? ? -139.56 -150.72 512 1 GLN FS 159 ? ? -118.42 52.46 513 1 SER FS 179 ? ? -39.48 148.42 514 1 ASP FS 189 ? ? -100.34 -168.12 515 1 ASN FT 11 ? ? -48.82 -14.24 516 1 ASP FT 42 ? ? -166.94 95.31 517 1 ALA FT 128 ? ? -68.27 78.43 518 1 SER FT 148 ? ? -137.34 -152.96 519 1 GLN FT 159 ? ? -118.92 52.99 520 1 ASN FU 11 ? ? -48.22 -10.23 521 1 ASP FU 42 ? ? -167.60 96.70 522 1 ALA FU 128 ? ? -68.89 75.75 523 1 SER FU 148 ? ? -138.44 -150.50 524 1 GLN FU 159 ? ? -114.95 56.74 525 1 ASP FV 42 ? ? -167.29 98.01 526 1 ALA FV 128 ? ? -69.54 80.18 527 1 SER FV 148 ? ? -138.35 -152.30 528 1 GLN FV 159 ? ? -114.78 57.99 529 1 SER FV 179 ? ? -39.86 155.24 530 1 ASN FW 11 ? ? -49.61 -15.33 531 1 ASP FW 42 ? ? -167.38 97.44 532 1 ALA FW 128 ? ? -68.17 77.84 533 1 SER FW 148 ? ? -145.75 -154.79 534 1 ASN FX 11 ? ? -48.56 -13.87 535 1 ASP FX 42 ? ? -168.81 97.69 536 1 SER FX 148 ? ? -141.22 -153.19 537 1 LYS FX 190 ? ? -39.95 117.46 538 1 ALA HB 50 ? ? 50.53 -116.94 539 1 ALA HB 143 ? ? -155.56 60.33 540 1 ILE HB 193 ? ? -139.59 -57.32 541 1 PHE HB 201 ? ? -108.80 -64.30 542 1 ASN HC 11 ? ? -49.46 -15.13 543 1 ASP HC 42 ? ? -167.51 93.77 544 1 SER HC 148 ? ? -138.74 -150.44 545 1 SER HC 179 ? ? -37.23 148.25 546 1 ASP HC 189 ? ? -103.59 -164.20 547 1 LYS HC 190 ? ? -37.93 116.67 548 1 GLU HE 136 ? ? -144.42 49.98 549 1 ASP HE 224 ? ? 31.53 57.77 550 1 ALA HF 50 ? ? 50.23 -117.36 551 1 ALA HF 143 ? ? -155.83 60.57 552 1 ILE HF 193 ? ? -139.34 -57.10 553 1 PHE HF 201 ? ? -109.32 -63.82 554 1 ASP GM 42 ? ? -167.35 99.14 555 1 ALA GM 128 ? ? -69.86 79.11 556 1 SER GM 148 ? ? -139.41 -152.03 557 1 GLN GM 159 ? ? -113.42 54.30 558 1 SER GM 179 ? ? -39.60 148.95 559 1 ASP GM 189 ? ? -101.24 -168.51 560 1 ASP GN 42 ? ? -164.79 96.81 561 1 SER GN 148 ? ? -138.25 -151.43 562 1 GLN GN 159 ? ? -117.41 52.45 563 1 SER GN 179 ? ? -39.60 148.21 564 1 ASP GN 189 ? ? -100.12 -168.19 565 1 ASN GO 11 ? ? -48.48 -15.22 566 1 ASP GO 42 ? ? -167.10 95.64 567 1 ALA GO 128 ? ? -68.11 77.78 568 1 SER GO 148 ? ? -139.22 -150.99 569 1 GLN GO 159 ? ? -117.41 55.10 570 1 ASP GP 42 ? ? -166.40 97.39 571 1 ALA GP 128 ? ? -68.26 75.00 572 1 SER GP 148 ? ? -138.90 -150.86 573 1 GLN GP 159 ? ? -113.77 56.22 574 1 ASP GQ 42 ? ? -167.44 98.22 575 1 ALA GQ 128 ? ? -69.46 79.45 576 1 SER GQ 148 ? ? -138.54 -152.83 577 1 GLN GQ 159 ? ? -113.93 54.91 578 1 SER GQ 179 ? ? -40.94 157.06 579 1 ASN GR 11 ? ? -48.34 -16.43 580 1 ASP GR 42 ? ? -168.56 99.11 581 1 ALA GR 128 ? ? -69.30 79.50 582 1 SER GR 148 ? ? -143.42 -154.76 583 1 SER GR 179 ? ? -40.23 150.06 584 1 GLU GV 136 ? ? -151.38 48.18 585 1 ASP GV 224 ? ? 31.47 58.12 586 1 GLU GW 136 ? ? -140.77 52.19 587 1 ASP GW 224 ? ? 34.07 53.88 588 1 ALA GZ 50 ? ? 50.23 -117.30 589 1 ALA GZ 143 ? ? -155.53 60.35 590 1 ILE GZ 193 ? ? -139.84 -56.91 591 1 PHE GZ 201 ? ? -109.23 -63.93 592 1 ASP HH 42 ? ? -167.82 99.59 593 1 SER HH 148 ? ? -138.24 -151.28 594 1 GLN HH 159 ? ? -115.29 53.89 595 1 ASP HI 42 ? ? -163.47 98.13 596 1 SER HI 148 ? ? -139.04 -151.41 597 1 GLN HI 159 ? ? -115.00 52.58 598 1 SER HI 179 ? ? -39.91 148.39 599 1 ASN HJ 11 ? ? -47.78 -13.82 600 1 ASP HJ 42 ? ? -166.99 94.57 601 1 ALA HJ 128 ? ? -68.12 77.62 602 1 SER HJ 148 ? ? -138.73 -152.46 603 1 GLN HJ 159 ? ? -118.01 52.17 604 1 ASN HK 11 ? ? -49.77 -10.14 605 1 ASP HK 42 ? ? -164.88 97.63 606 1 ALA HK 128 ? ? -68.72 76.04 607 1 SER HK 148 ? ? -138.85 -154.40 608 1 GLN HK 159 ? ? -113.53 55.38 609 1 SER HK 179 ? ? -39.79 148.20 610 1 ASN HL 11 ? ? -49.89 -13.38 611 1 ASP HL 42 ? ? -168.12 97.60 612 1 SER HL 148 ? ? -139.20 -153.31 613 1 GLN HL 159 ? ? -114.62 55.96 614 1 SER HL 179 ? ? -41.09 155.32 # loop_ _pdbx_validate_peptide_omega.id _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_model_num _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.omega 1 1 PHE AG 140 ? ? ALA AG 141 ? ? 35.24 2 1 PHE AH 140 ? ? ALA AH 141 ? ? 34.87 3 1 PHE AI 140 ? ? ALA AI 141 ? ? 33.32 4 1 PHE AR 140 ? ? ALA AR 141 ? ? 30.63 5 1 PHE BA 140 ? ? ALA BA 141 ? ? 42.11 6 1 PHE BB 140 ? ? ALA BB 141 ? ? 35.97 7 1 PHE BC 140 ? ? ALA BC 141 ? ? 38.64 8 1 PHE BL 140 ? ? ALA BL 141 ? ? 35.53 9 1 PHE BM 140 ? ? ALA BM 141 ? ? 30.76 10 1 PHE CG 140 ? ? ALA CG 141 ? ? 34.90 11 1 PHE CH 140 ? ? ALA CH 141 ? ? 31.55 12 1 PHE BS 140 ? ? ALA BS 141 ? ? 32.80 13 1 PHE BT 140 ? ? ALA BT 141 ? ? 34.10 14 1 PHE BU 140 ? ? ALA BU 141 ? ? 34.41 15 1 PHE BV 140 ? ? ALA BV 141 ? ? 40.30 16 1 PHE BW 140 ? ? ALA BW 141 ? ? 34.87 17 1 PHE BX 140 ? ? ALA BX 141 ? ? 32.97 18 1 PHE DB 140 ? ? ALA DB 141 ? ? 35.53 19 1 PHE DC 140 ? ? ALA DC 141 ? ? 32.39 20 1 PHE CL 140 ? ? ALA CL 141 ? ? 35.28 21 1 PHE CM 140 ? ? ALA CM 141 ? ? 33.47 22 1 PHE CN 140 ? ? ALA CN 141 ? ? 33.47 23 1 PHE CO 140 ? ? ALA CO 141 ? ? 33.51 24 1 PHE CP 140 ? ? ALA CP 141 ? ? 32.55 25 1 PHE CQ 140 ? ? ALA CQ 141 ? ? 40.40 26 1 PHE CR 140 ? ? ALA CR 141 ? ? 34.87 27 1 PHE CS 140 ? ? ALA CS 141 ? ? 38.70 28 1 PHE CT 140 ? ? ALA CT 141 ? ? 32.43 29 1 PHE DG 140 ? ? ALA DG 141 ? ? 34.15 30 1 PHE DH 140 ? ? ALA DH 141 ? ? 33.59 31 1 PHE DI 140 ? ? ALA DI 141 ? ? 34.06 32 1 PHE DJ 140 ? ? ALA DJ 141 ? ? 33.96 33 1 PHE DK 140 ? ? ALA DK 141 ? ? 33.62 34 1 PHE DL 140 ? ? ALA DL 141 ? ? 40.76 35 1 PHE DM 140 ? ? ALA DM 141 ? ? 35.91 36 1 PHE DN 140 ? ? ALA DN 141 ? ? 34.05 37 1 PHE DO 140 ? ? ALA DO 141 ? ? 38.52 38 1 PHE DW 140 ? ? ALA DW 141 ? ? 35.24 39 1 PHE DX 140 ? ? ALA DX 141 ? ? 32.42 40 1 PHE EB 140 ? ? ALA EB 141 ? ? 34.95 41 1 PHE EC 140 ? ? ALA EC 141 ? ? 33.19 42 1 PHE ED 140 ? ? ALA ED 141 ? ? 33.92 43 1 PHE EE 140 ? ? ALA EE 141 ? ? 32.69 44 1 PHE EF 140 ? ? ALA EF 141 ? ? 33.22 45 1 PHE EG 140 ? ? ALA EG 141 ? ? 41.07 46 1 PHE EH 140 ? ? ALA EH 141 ? ? 36.68 47 1 PHE EI 140 ? ? ALA EI 141 ? ? 40.17 48 1 PHE EJ 140 ? ? ALA EJ 141 ? ? 37.04 49 1 PHE ER 140 ? ? ALA ER 141 ? ? 35.48 50 1 PHE ES 140 ? ? ALA ES 141 ? ? 31.56 51 1 PHE FA 140 ? ? ALA FA 141 ? ? 33.54 52 1 PHE FB 140 ? ? ALA FB 141 ? ? 42.71 53 1 PHE FC 140 ? ? ALA FC 141 ? ? 36.82 54 1 PHE FD 140 ? ? ALA FD 141 ? ? 42.37 55 1 PHE FE 140 ? ? ALA FE 141 ? ? 32.65 56 1 PHE FM 140 ? ? ALA FM 141 ? ? 34.38 57 1 PHE FN 140 ? ? ALA FN 141 ? ? 30.81 58 1 PHE EW 140 ? ? ALA EW 141 ? ? 35.46 59 1 PHE EX 140 ? ? ALA EX 141 ? ? 32.99 60 1 PHE EY 140 ? ? ALA EY 141 ? ? 34.10 61 1 PHE EZ 140 ? ? ALA EZ 141 ? ? 33.65 62 1 PHE GH 140 ? ? ALA GH 141 ? ? 34.65 63 1 PHE GI 140 ? ? ALA GI 141 ? ? 31.59 64 1 PHE FR 140 ? ? ALA FR 141 ? ? 34.08 65 1 PHE FS 140 ? ? ALA FS 141 ? ? 34.17 66 1 PHE FT 140 ? ? ALA FT 141 ? ? 33.38 67 1 PHE FU 140 ? ? ALA FU 141 ? ? 35.45 68 1 PHE FV 140 ? ? ALA FV 141 ? ? 33.50 69 1 PHE FW 140 ? ? ALA FW 141 ? ? 41.90 70 1 PHE FX 140 ? ? ALA FX 141 ? ? 34.50 71 1 PHE HC 140 ? ? ALA HC 141 ? ? 35.08 72 1 PHE GM 140 ? ? ALA GM 141 ? ? 34.68 73 1 PHE GN 140 ? ? ALA GN 141 ? ? 33.88 74 1 PHE GO 140 ? ? ALA GO 141 ? ? 33.46 75 1 PHE GP 140 ? ? ALA GP 141 ? ? 33.83 76 1 PHE GQ 140 ? ? ALA GQ 141 ? ? 33.79 77 1 PHE GR 140 ? ? ALA GR 141 ? ? 43.22 78 1 PHE HH 140 ? ? ALA HH 141 ? ? 34.56 79 1 PHE HI 140 ? ? ALA HI 141 ? ? 33.60 80 1 PHE HJ 140 ? ? ALA HJ 141 ? ? 32.65 81 1 PHE HK 140 ? ? ALA HK 141 ? ? 33.10 82 1 PHE HL 140 ? ? ALA HL 141 ? ? 33.25 # loop_ _pdbx_validate_main_chain_plane.id _pdbx_validate_main_chain_plane.PDB_model_num _pdbx_validate_main_chain_plane.auth_comp_id _pdbx_validate_main_chain_plane.auth_asym_id _pdbx_validate_main_chain_plane.auth_seq_id _pdbx_validate_main_chain_plane.PDB_ins_code _pdbx_validate_main_chain_plane.label_alt_id _pdbx_validate_main_chain_plane.improper_torsion_angle 1 1 PHE AG 140 ? ? -21.95 2 1 PHE AH 140 ? ? -21.90 3 1 PHE AI 140 ? ? -21.96 4 1 PHE AR 140 ? ? -21.99 5 1 PHE BA 140 ? ? -22.04 6 1 PHE BB 140 ? ? -22.03 7 1 PHE BC 140 ? ? -21.89 8 1 PHE BD 140 ? ? -22.02 9 1 PHE BL 140 ? ? -21.98 10 1 PHE BM 140 ? ? -21.94 11 1 PHE CG 140 ? ? -21.93 12 1 PHE CH 140 ? ? -21.94 13 1 PHE BS 140 ? ? -22.04 14 1 PHE BT 140 ? ? -21.91 15 1 PHE BU 140 ? ? -21.84 16 1 PHE BV 140 ? ? -21.95 17 1 PHE BW 140 ? ? -21.96 18 1 PHE BX 140 ? ? -21.96 19 1 PHE BY 140 ? ? -21.96 20 1 PHE DB 140 ? ? -21.92 21 1 PHE DC 140 ? ? -22.00 22 1 PHE CL 140 ? ? -21.93 23 1 PHE CM 140 ? ? -22.04 24 1 PHE CN 140 ? ? -21.97 25 1 PHE CO 140 ? ? -21.96 26 1 PHE CP 140 ? ? -21.98 27 1 PHE CQ 140 ? ? -22.01 28 1 PHE CR 140 ? ? -21.95 29 1 PHE CS 140 ? ? -21.90 30 1 PHE CT 140 ? ? -21.97 31 1 PHE DG 140 ? ? -22.05 32 1 PHE DH 140 ? ? -21.97 33 1 PHE DI 140 ? ? -21.88 34 1 PHE DJ 140 ? ? -22.00 35 1 PHE DK 140 ? ? -21.89 36 1 PHE DL 140 ? ? -21.98 37 1 PHE DM 140 ? ? -21.95 38 1 PHE DN 140 ? ? -21.88 39 1 PHE DO 140 ? ? -21.96 40 1 PHE DW 140 ? ? -21.92 41 1 PHE DX 140 ? ? -21.91 42 1 PHE EB 140 ? ? -22.01 43 1 PHE EC 140 ? ? -22.06 44 1 PHE ED 140 ? ? -21.97 45 1 PHE EE 140 ? ? -21.99 46 1 PHE EF 140 ? ? -22.03 47 1 PHE EG 140 ? ? -22.00 48 1 PHE EH 140 ? ? -21.96 49 1 PHE EI 140 ? ? -21.95 50 1 PHE EJ 140 ? ? -22.05 51 1 PHE ER 140 ? ? -21.95 52 1 PHE ES 140 ? ? -21.95 53 1 PHE FA 140 ? ? -22.03 54 1 PHE FB 140 ? ? -22.01 55 1 PHE FC 140 ? ? -21.87 56 1 PHE FD 140 ? ? -21.95 57 1 PHE FE 140 ? ? -22.12 58 1 PHE FM 140 ? ? -21.93 59 1 PHE FN 140 ? ? -22.00 60 1 PHE EW 140 ? ? -21.97 61 1 PHE EX 140 ? ? -21.99 62 1 PHE EY 140 ? ? -21.98 63 1 PHE EZ 140 ? ? -21.95 64 1 PHE GH 140 ? ? -21.98 65 1 PHE GI 140 ? ? -22.01 66 1 PHE FR 140 ? ? -22.05 67 1 PHE FS 140 ? ? -21.94 68 1 PHE FT 140 ? ? -21.96 69 1 PHE FU 140 ? ? -21.97 70 1 PHE FV 140 ? ? -22.04 71 1 PHE FW 140 ? ? -22.00 72 1 PHE FX 140 ? ? -22.00 73 1 PHE HC 140 ? ? -21.93 74 1 PHE GM 140 ? ? -21.95 75 1 PHE GN 140 ? ? -21.97 76 1 PHE GO 140 ? ? -21.96 77 1 PHE GP 140 ? ? -22.02 78 1 PHE GQ 140 ? ? -22.02 79 1 PHE GR 140 ? ? -22.00 80 1 PHE HH 140 ? ? -21.98 81 1 PHE HI 140 ? ? -21.91 82 1 PHE HJ 140 ? ? -21.95 83 1 PHE HK 140 ? ? -21.91 84 1 PHE HL 140 ? ? -22.07 # _em_3d_fitting.entry_id 6PWB _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details 'Eliminate minor clashes between FlaB1, FcpA, and FcpB' _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' _em_3d_fitting.ref_space RECIPROCAL _em_3d_fitting.target_criteria 'Correlation coefficient' _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code 1 1 ? ? ? 5WJT 1 ? ? PDB 'experimental model' 5WJT 1 2 ? ? ? 6NQW 2 ? ? PDB 'experimental model' 6NQW 1 3 ? ? ? 6NQZ 3 ? ? PDB 'experimental model' 6NQZ # _em_3d_reconstruction.entry_id 6PWB _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm 'BACK PROJECTION' _em_3d_reconstruction.details ;emClarity: The two half-dataset volumes were combined with a B-170 factor of 0, and the Gold standard FSC at 0.143 was calculated to be 9.83 A with anisotropic resolutions ranging from 8.89-16.17 Angstrom. ; _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 10581 _em_3d_reconstruction.resolution 9.83 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ;Tris-HCl or ddH20, pH6.8 with <1% sodium azide as a preservative. FIDUCIAL MARKERS: Prior to vitrification, 1 uL of 6x concentrated Gold Tracer beads (10 nm colloidal gold) were mixed with 2 uL of purified flagella. To each grid, 3 uL of this mixture were applied. ; _em_buffer.pH 6.8 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details 'Filaments were purified from Leptospira biflexa wild type cells.' _em_entity_assembly.name 'Flagellar filament purified from the periplasm of the Spirochete bacterium, Leptospira biflexa' _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type 'ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT' _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 6PWB _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height 3838 _em_image_scans.dimension_width 3710 _em_image_scans.frames_per_image 12 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size 5.0 _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image 1-12 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 6PWB _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification 19230 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI POLARA 300' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.0 _em_imaging.nominal_defocus_max 5000 _em_imaging.nominal_defocus_min 3000 _em_imaging.nominal_magnification 15000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'SIDE ENTRY, EUCENTRIC' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details 'Model 950 Solarus Advanced Plasma System manufactured by GATAN.' _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 291 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details '2 minute incubation time; blot time of 6-7.5 seconds; and blot offset of -2 mm' _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK III' _em_vitrification.entry_id 6PWB _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 6PWB _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state FILAMENT _em_experiment.reconstruction_method 'SUBTOMOGRAM AVERAGING' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 6PWB _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 AO LYS 33 ? F LYS 33 2 1 Y 1 AO VAL 34 ? F VAL 34 3 1 Y 1 AO ARG 35 ? F ARG 35 4 1 Y 1 AO THR 36 ? F THR 36 5 1 Y 1 AO VAL 77 ? F VAL 77 6 1 Y 1 AO GLY 78 ? F GLY 78 7 1 Y 1 AO SER 79 ? F SER 79 8 1 Y 1 AO GLU 80 ? F GLU 80 9 1 Y 1 AO ASP 81 ? F ASP 81 10 1 Y 1 AO GLY 82 ? F GLY 82 11 1 Y 1 AO LYS 83 ? F LYS 83 12 1 Y 1 AO SER 84 ? F SER 84 13 1 Y 1 AO SER 85 ? F SER 85 14 1 Y 1 AO LYS 86 ? F LYS 86 15 1 Y 1 AO ASN 87 ? F ASN 87 16 1 Y 1 AO LEU 88 ? F LEU 88 17 1 Y 1 AO GLY 89 ? F GLY 89 18 1 Y 1 AO ASP 161 ? F ASP 161 19 1 Y 1 AO ASP 162 ? F ASP 162 20 1 Y 1 AO TYR 163 ? F TYR 163 21 1 Y 1 AO PRO 164 ? F PRO 164 22 1 Y 1 AO VAL 165 ? F VAL 165 23 1 Y 1 AO TRP 166 ? F TRP 166 24 1 Y 1 AO GLY 167 ? F GLY 167 25 1 Y 1 AO THR 168 ? F THR 168 26 1 Y 1 AO PRO 169 ? F PRO 169 27 1 Y 1 AO GLU 170 ? F GLU 170 28 1 Y 1 AO THR 171 ? F THR 171 29 1 Y 1 AO PRO 172 ? F PRO 172 30 1 Y 1 AO SER 173 ? F SER 173 31 1 Y 1 AO GLU 174 ? F GLU 174 32 1 Y 1 AO LYS 175 ? F LYS 175 33 1 Y 1 AO GLY 176 ? F GLY 176 34 1 Y 1 AO THR 188 ? F THR 188 35 1 Y 1 AO LYS 189 ? F LYS 189 36 1 Y 1 AO SER 190 ? F SER 190 37 1 Y 1 AO ASN 191 ? F ASN 191 38 1 Y 1 BI LYS 33 ? Q LYS 33 39 1 Y 1 BI VAL 34 ? Q VAL 34 40 1 Y 1 BI ARG 35 ? Q ARG 35 41 1 Y 1 BI THR 36 ? Q THR 36 42 1 Y 1 BI VAL 77 ? Q VAL 77 43 1 Y 1 BI GLY 78 ? Q GLY 78 44 1 Y 1 BI SER 79 ? Q SER 79 45 1 Y 1 BI GLU 80 ? Q GLU 80 46 1 Y 1 BI ASP 81 ? Q ASP 81 47 1 Y 1 BI GLY 82 ? Q GLY 82 48 1 Y 1 BI LYS 83 ? Q LYS 83 49 1 Y 1 BI SER 84 ? Q SER 84 50 1 Y 1 BI SER 85 ? Q SER 85 51 1 Y 1 BI LYS 86 ? Q LYS 86 52 1 Y 1 BI ASN 87 ? Q ASN 87 53 1 Y 1 BI LEU 88 ? Q LEU 88 54 1 Y 1 BI GLY 89 ? Q GLY 89 55 1 Y 1 BI ASP 161 ? Q ASP 161 56 1 Y 1 BI ASP 162 ? Q ASP 162 57 1 Y 1 BI TYR 163 ? Q TYR 163 58 1 Y 1 BI PRO 164 ? Q PRO 164 59 1 Y 1 BI VAL 165 ? Q VAL 165 60 1 Y 1 BI TRP 166 ? Q TRP 166 61 1 Y 1 BI GLY 167 ? Q GLY 167 62 1 Y 1 BI THR 168 ? Q THR 168 63 1 Y 1 BI PRO 169 ? Q PRO 169 64 1 Y 1 BI GLU 170 ? Q GLU 170 65 1 Y 1 BI THR 171 ? Q THR 171 66 1 Y 1 BI PRO 172 ? Q PRO 172 67 1 Y 1 BI SER 173 ? Q SER 173 68 1 Y 1 BI GLU 174 ? Q GLU 174 69 1 Y 1 BI LYS 175 ? Q LYS 175 70 1 Y 1 BI GLY 176 ? Q GLY 176 71 1 Y 1 BI THR 188 ? Q THR 188 72 1 Y 1 BI LYS 189 ? Q LYS 189 73 1 Y 1 BI SER 190 ? Q SER 190 74 1 Y 1 BI ASN 191 ? Q ASN 191 75 1 Y 1 BJ LYS 33 ? R LYS 33 76 1 Y 1 BJ VAL 34 ? R VAL 34 77 1 Y 1 BJ ARG 35 ? R ARG 35 78 1 Y 1 BJ THR 36 ? R THR 36 79 1 Y 1 BJ VAL 77 ? R VAL 77 80 1 Y 1 BJ GLY 78 ? R GLY 78 81 1 Y 1 BJ SER 79 ? R SER 79 82 1 Y 1 BJ GLU 80 ? R GLU 80 83 1 Y 1 BJ ASP 81 ? R ASP 81 84 1 Y 1 BJ GLY 82 ? R GLY 82 85 1 Y 1 BJ LYS 83 ? R LYS 83 86 1 Y 1 BJ SER 84 ? R SER 84 87 1 Y 1 BJ SER 85 ? R SER 85 88 1 Y 1 BJ LYS 86 ? R LYS 86 89 1 Y 1 BJ ASN 87 ? R ASN 87 90 1 Y 1 BJ LEU 88 ? R LEU 88 91 1 Y 1 BJ GLY 89 ? R GLY 89 92 1 Y 1 BJ ASP 161 ? R ASP 161 93 1 Y 1 BJ ASP 162 ? R ASP 162 94 1 Y 1 BJ TYR 163 ? R TYR 163 95 1 Y 1 BJ PRO 164 ? R PRO 164 96 1 Y 1 BJ VAL 165 ? R VAL 165 97 1 Y 1 BJ TRP 166 ? R TRP 166 98 1 Y 1 BJ GLY 167 ? R GLY 167 99 1 Y 1 BJ THR 168 ? R THR 168 100 1 Y 1 BJ PRO 169 ? R PRO 169 101 1 Y 1 BJ GLU 170 ? R GLU 170 102 1 Y 1 BJ THR 171 ? R THR 171 103 1 Y 1 BJ PRO 172 ? R PRO 172 104 1 Y 1 BJ SER 173 ? R SER 173 105 1 Y 1 BJ GLU 174 ? R GLU 174 106 1 Y 1 BJ LYS 175 ? R LYS 175 107 1 Y 1 BJ GLY 176 ? R GLY 176 108 1 Y 1 BJ THR 188 ? R THR 188 109 1 Y 1 BJ LYS 189 ? R LYS 189 110 1 Y 1 BJ SER 190 ? R SER 190 111 1 Y 1 BJ ASN 191 ? R ASN 191 112 1 Y 1 BK LYS 33 ? S LYS 33 113 1 Y 1 BK VAL 34 ? S VAL 34 114 1 Y 1 BK ARG 35 ? S ARG 35 115 1 Y 1 BK THR 36 ? S THR 36 116 1 Y 1 BK VAL 77 ? S VAL 77 117 1 Y 1 BK GLY 78 ? S GLY 78 118 1 Y 1 BK SER 79 ? S SER 79 119 1 Y 1 BK GLU 80 ? S GLU 80 120 1 Y 1 BK ASP 81 ? S ASP 81 121 1 Y 1 BK GLY 82 ? S GLY 82 122 1 Y 1 BK LYS 83 ? S LYS 83 123 1 Y 1 BK SER 84 ? S SER 84 124 1 Y 1 BK SER 85 ? S SER 85 125 1 Y 1 BK LYS 86 ? S LYS 86 126 1 Y 1 BK ASN 87 ? S ASN 87 127 1 Y 1 BK LEU 88 ? S LEU 88 128 1 Y 1 BK GLY 89 ? S GLY 89 129 1 Y 1 BK ASP 161 ? S ASP 161 130 1 Y 1 BK ASP 162 ? S ASP 162 131 1 Y 1 BK TYR 163 ? S TYR 163 132 1 Y 1 BK PRO 164 ? S PRO 164 133 1 Y 1 BK VAL 165 ? S VAL 165 134 1 Y 1 BK TRP 166 ? S TRP 166 135 1 Y 1 BK GLY 167 ? S GLY 167 136 1 Y 1 BK THR 168 ? S THR 168 137 1 Y 1 BK PRO 169 ? S PRO 169 138 1 Y 1 BK GLU 170 ? S GLU 170 139 1 Y 1 BK THR 171 ? S THR 171 140 1 Y 1 BK PRO 172 ? S PRO 172 141 1 Y 1 BK SER 173 ? S SER 173 142 1 Y 1 BK GLU 174 ? S GLU 174 143 1 Y 1 BK LYS 175 ? S LYS 175 144 1 Y 1 BK GLY 176 ? S GLY 176 145 1 Y 1 BK THR 188 ? S THR 188 146 1 Y 1 BK LYS 189 ? S LYS 189 147 1 Y 1 BK SER 190 ? S SER 190 148 1 Y 1 BK ASN 191 ? S ASN 191 149 1 Y 1 BO LYS 33 ? W LYS 33 150 1 Y 1 BO VAL 34 ? W VAL 34 151 1 Y 1 BO ARG 35 ? W ARG 35 152 1 Y 1 BO THR 36 ? W THR 36 153 1 Y 1 BO VAL 77 ? W VAL 77 154 1 Y 1 BO GLY 78 ? W GLY 78 155 1 Y 1 BO SER 79 ? W SER 79 156 1 Y 1 BO GLU 80 ? W GLU 80 157 1 Y 1 BO ASP 81 ? W ASP 81 158 1 Y 1 BO GLY 82 ? W GLY 82 159 1 Y 1 BO LYS 83 ? W LYS 83 160 1 Y 1 BO SER 84 ? W SER 84 161 1 Y 1 BO SER 85 ? W SER 85 162 1 Y 1 BO LYS 86 ? W LYS 86 163 1 Y 1 BO ASN 87 ? W ASN 87 164 1 Y 1 BO LEU 88 ? W LEU 88 165 1 Y 1 BO GLY 89 ? W GLY 89 166 1 Y 1 BO ASP 161 ? W ASP 161 167 1 Y 1 BO ASP 162 ? W ASP 162 168 1 Y 1 BO TYR 163 ? W TYR 163 169 1 Y 1 BO PRO 164 ? W PRO 164 170 1 Y 1 BO VAL 165 ? W VAL 165 171 1 Y 1 BO TRP 166 ? W TRP 166 172 1 Y 1 BO GLY 167 ? W GLY 167 173 1 Y 1 BO THR 168 ? W THR 168 174 1 Y 1 BO PRO 169 ? W PRO 169 175 1 Y 1 BO GLU 170 ? W GLU 170 176 1 Y 1 BO THR 171 ? W THR 171 177 1 Y 1 BO PRO 172 ? W PRO 172 178 1 Y 1 BO SER 173 ? W SER 173 179 1 Y 1 BO GLU 174 ? W GLU 174 180 1 Y 1 BO LYS 175 ? W LYS 175 181 1 Y 1 BO GLY 176 ? W GLY 176 182 1 Y 1 BO THR 188 ? W THR 188 183 1 Y 1 BO LYS 189 ? W LYS 189 184 1 Y 1 BO SER 190 ? W SER 190 185 1 Y 1 BO ASN 191 ? W ASN 191 186 1 Y 1 CD LYS 33 ? BA LYS 33 187 1 Y 1 CD VAL 34 ? BA VAL 34 188 1 Y 1 CD ARG 35 ? BA ARG 35 189 1 Y 1 CD THR 36 ? BA THR 36 190 1 Y 1 CD VAL 77 ? BA VAL 77 191 1 Y 1 CD GLY 78 ? BA GLY 78 192 1 Y 1 CD SER 79 ? BA SER 79 193 1 Y 1 CD GLU 80 ? BA GLU 80 194 1 Y 1 CD ASP 81 ? BA ASP 81 195 1 Y 1 CD GLY 82 ? BA GLY 82 196 1 Y 1 CD LYS 83 ? BA LYS 83 197 1 Y 1 CD SER 84 ? BA SER 84 198 1 Y 1 CD SER 85 ? BA SER 85 199 1 Y 1 CD LYS 86 ? BA LYS 86 200 1 Y 1 CD ASN 87 ? BA ASN 87 201 1 Y 1 CD LEU 88 ? BA LEU 88 202 1 Y 1 CD GLY 89 ? BA GLY 89 203 1 Y 1 CD ASP 161 ? BA ASP 161 204 1 Y 1 CD ASP 162 ? BA ASP 162 205 1 Y 1 CD TYR 163 ? BA TYR 163 206 1 Y 1 CD PRO 164 ? BA PRO 164 207 1 Y 1 CD VAL 165 ? BA VAL 165 208 1 Y 1 CD TRP 166 ? BA TRP 166 209 1 Y 1 CD GLY 167 ? BA GLY 167 210 1 Y 1 CD THR 168 ? BA THR 168 211 1 Y 1 CD PRO 169 ? BA PRO 169 212 1 Y 1 CD GLU 170 ? BA GLU 170 213 1 Y 1 CD THR 171 ? BA THR 171 214 1 Y 1 CD PRO 172 ? BA PRO 172 215 1 Y 1 CD SER 173 ? BA SER 173 216 1 Y 1 CD GLU 174 ? BA GLU 174 217 1 Y 1 CD LYS 175 ? BA LYS 175 218 1 Y 1 CD GLY 176 ? 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175 LEU CA HA sing N N 176 LEU C O doub N N 177 LEU C OXT sing N N 178 LEU CB CG sing N N 179 LEU CB HB2 sing N N 180 LEU CB HB3 sing N N 181 LEU CG CD1 sing N N 182 LEU CG CD2 sing N N 183 LEU CG HG sing N N 184 LEU CD1 HD11 sing N N 185 LEU CD1 HD12 sing N N 186 LEU CD1 HD13 sing N N 187 LEU CD2 HD21 sing N N 188 LEU CD2 HD22 sing N N 189 LEU CD2 HD23 sing N N 190 LEU OXT HXT sing N N 191 LYS N CA sing N N 192 LYS N H sing N N 193 LYS N H2 sing N N 194 LYS CA C sing N N 195 LYS CA CB sing N N 196 LYS CA HA sing N N 197 LYS C O doub N N 198 LYS C OXT sing N N 199 LYS CB CG sing N N 200 LYS CB HB2 sing N N 201 LYS CB HB3 sing N N 202 LYS CG CD sing N N 203 LYS CG HG2 sing N N 204 LYS CG HG3 sing N N 205 LYS CD CE sing N N 206 LYS CD HD2 sing N N 207 LYS CD HD3 sing N N 208 LYS CE NZ sing N N 209 LYS CE HE2 sing N N 210 LYS CE HE3 sing N N 211 LYS NZ HZ1 sing N N 212 LYS NZ HZ2 sing N N 213 LYS NZ HZ3 sing N N 214 LYS OXT HXT sing N N 215 MET N CA sing N N 216 MET N H sing N N 217 MET N H2 sing N N 218 MET CA C sing N N 219 MET CA CB sing N N 220 MET CA HA sing N N 221 MET C O doub N N 222 MET C OXT sing N N 223 MET CB CG sing N N 224 MET CB HB2 sing N N 225 MET CB HB3 sing N N 226 MET CG SD sing N N 227 MET CG HG2 sing N N 228 MET CG HG3 sing N N 229 MET SD CE sing N N 230 MET CE HE1 sing N N 231 MET CE HE2 sing N N 232 MET CE HE3 sing N N 233 MET OXT HXT sing N N 234 PHE N CA sing N N 235 PHE N H sing N N 236 PHE N H2 sing N N 237 PHE CA C sing N N 238 PHE CA CB sing N N 239 PHE CA HA sing N N 240 PHE C O doub N N 241 PHE C OXT sing N N 242 PHE CB CG sing N N 243 PHE CB HB2 sing N N 244 PHE CB HB3 sing N N 245 PHE CG CD1 doub Y N 246 PHE CG CD2 sing Y N 247 PHE CD1 CE1 sing Y N 248 PHE CD1 HD1 sing N N 249 PHE CD2 CE2 doub Y N 250 PHE CD2 HD2 sing N N 251 PHE CE1 CZ doub Y N 252 PHE CE1 HE1 sing N N 253 PHE CE2 CZ sing Y N 254 PHE CE2 HE2 sing N N 255 PHE CZ HZ sing N N 256 PHE OXT HXT sing N N 257 PRO N CA sing N N 258 PRO N CD sing N N 259 PRO N H sing N N 260 PRO CA C sing N N 261 PRO CA CB sing N N 262 PRO CA HA sing N N 263 PRO C O doub N N 264 PRO C OXT sing N N 265 PRO CB CG sing N N 266 PRO CB HB2 sing N N 267 PRO CB HB3 sing N N 268 PRO CG CD sing N N 269 PRO CG HG2 sing N N 270 PRO CG HG3 sing N N 271 PRO CD HD2 sing N N 272 PRO CD HD3 sing N N 273 PRO OXT HXT sing N N 274 SER N CA sing N N 275 SER N H sing N N 276 SER N H2 sing N N 277 SER CA C sing N N 278 SER CA CB sing N N 279 SER CA HA sing N N 280 SER C O doub N N 281 SER C OXT sing N N 282 SER CB OG sing N N 283 SER CB HB2 sing N N 284 SER CB HB3 sing N N 285 SER OG HG sing N N 286 SER OXT HXT sing N N 287 THR N CA sing N N 288 THR N H sing N N 289 THR N H2 sing N N 290 THR CA C sing N N 291 THR CA CB sing N N 292 THR CA HA sing N N 293 THR C O doub N N 294 THR C OXT sing N N 295 THR CB OG1 sing N N 296 THR CB CG2 sing N N 297 THR CB HB sing N N 298 THR OG1 HG1 sing N N 299 THR CG2 HG21 sing N N 300 THR CG2 HG22 sing N N 301 THR CG2 HG23 sing N N 302 THR OXT HXT sing N N 303 TRP N CA sing N N 304 TRP N H sing N N 305 TRP N H2 sing N N 306 TRP CA C sing N N 307 TRP CA CB sing N N 308 TRP CA HA sing N N 309 TRP C O doub N N 310 TRP C OXT sing N N 311 TRP CB CG sing N N 312 TRP CB HB2 sing N N 313 TRP CB HB3 sing N N 314 TRP CG CD1 doub Y N 315 TRP CG CD2 sing Y N 316 TRP CD1 NE1 sing Y N 317 TRP CD1 HD1 sing N N 318 TRP CD2 CE2 doub Y N 319 TRP CD2 CE3 sing Y N 320 TRP NE1 CE2 sing Y N 321 TRP NE1 HE1 sing N N 322 TRP CE2 CZ2 sing Y N 323 TRP CE3 CZ3 doub Y N 324 TRP CE3 HE3 sing N N 325 TRP CZ2 CH2 doub Y N 326 TRP CZ2 HZ2 sing N N 327 TRP CZ3 CH2 sing Y N 328 TRP CZ3 HZ3 sing N N 329 TRP CH2 HH2 sing N N 330 TRP OXT HXT sing N N 331 TYR N CA sing N N 332 TYR N H sing N N 333 TYR N H2 sing N N 334 TYR CA C sing N N 335 TYR CA CB sing N N 336 TYR CA HA sing N N 337 TYR C O doub N N 338 TYR C OXT sing N N 339 TYR CB CG sing N N 340 TYR CB HB2 sing N N 341 TYR CB HB3 sing N N 342 TYR CG CD1 doub Y N 343 TYR CG CD2 sing Y N 344 TYR CD1 CE1 sing Y N 345 TYR CD1 HD1 sing N N 346 TYR CD2 CE2 doub Y N 347 TYR CD2 HD2 sing N N 348 TYR CE1 CZ doub Y N 349 TYR CE1 HE1 sing N N 350 TYR CE2 CZ sing Y N 351 TYR CE2 HE2 sing N N 352 TYR CZ OH sing N N 353 TYR OH HH sing N N 354 TYR OXT HXT sing N N 355 VAL N CA sing N N 356 VAL N H sing N N 357 VAL N H2 sing N N 358 VAL CA C sing N N 359 VAL CA CB sing N N 360 VAL CA HA sing N N 361 VAL C O doub N N 362 VAL C OXT sing N N 363 VAL CB CG1 sing N N 364 VAL CB CG2 sing N N 365 VAL CB HB sing N N 366 VAL CG1 HG11 sing N N 367 VAL CG1 HG12 sing N N 368 VAL CG1 HG13 sing N N 369 VAL CG2 HG21 sing N N 370 VAL CG2 HG22 sing N N 371 VAL CG2 HG23 sing N N 372 VAL OXT HXT sing N N 373 # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details 'CTF estimation was initially done in IMOD.' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # _em_entity_assembly_naturalsource.id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location periplasm _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 456481 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle 'flagellar filament' _em_entity_assembly_naturalsource.organism ;Leptospira biflexa serovar Patoc strain 'Patoc 1 (Paris)' ; _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ;Motion correction was performed on movie stacks acquired at each angle in each tilt series using IMOD alignframes. Tilt series were aligned in IMOD eTomo usinf 10 nm fiducial gold markers. CTF estimation with phase flipping was carried out, along with gold bead subtraction in IMOD eTomo. Tilt series were reconstructed using Weighted Back Projection in Tomo3D. ; # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 1.7 _em_image_recording.average_exposure_time 1.2 _em_image_recording.details 'Tilt series acquisition. A total of ~35 tilt angles per tilt stack were acquired. The total dose was ~ 60 e/Angstrom2.' _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 2 'VOLUME SELECTION' addModPts PEET 1.11 1 ? ? 3 'VOLUME SELECTION' 'preprocessing.py MODIFIED' RELION 2.1 1 ? ? 4 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM 3 ? ? 1 5 MASKING ? ? ? ? ? ? 6 'CTF CORRECTION' ? IMOD 4.9.4_RHEL6-64_CUDA8.0 1 ? ? 7 'CTF CORRECTION' CTFFind4 RELION 2.1.b1-gcccuda-2016.10-cc37 1 ? ? 8 'CTF CORRECTION' 'ctf estimation and 3d correction' emClarity 1..0 1 ? ? 9 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 10 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 11 'MODEL FITTING' 'FlaB and FcpB' Rosetta 3 ? 1 ? 12 'MODEL FITTING' 'colores, FcpA and FcpB' Situs 2.8-foss-2016b ? 1 ? 13 'MODEL FITTING' 'core symmetrization, FlaB1' 'UCSF Chimera' 1.12 ? 1 ? 14 OTHER ? ? ? ? ? ? 15 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 16 'FINAL EULER ASSIGNMENT' 3d-autorefinement RELION 2.1.b1-gcccuda-2016.10-cc37 1 ? ? 17 'FINAL EULER ASSIGNMENT' averaging/alignment emClarity 1.0 1 ? ? 18 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 19 RECONSTRUCTION ? emClarity 1.1 1 ? ? 20 'MODEL REFINEMENT' 'FlaB1, FcpA, FcpB' Rosetta 3 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.5 _em_specimen.details ;Leptospira biflexa serovar Patoc strain Patoc I wild type, fcpA, and fcpB mutant cells cultured in Ellinghausen-McCullough-Johnson-Harris liquid medium until they reached logarithmic phase at 30C. The cells were pelleted and the periplasmic flagellar filaments were purified as described in Wunder et al., 2016; Wunder et al., 2018. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _em_volume_selection.id 1 _em_volume_selection.details ;Using IMOD 3dmod, filament trajectories were traced by selecting particle points along a single filament. Each continuous filament was a single contour (3dmod). Using the addModPts program in PEET, particle gaps along each filament trajectory contour were filled in with additional points according to a repeat spacing of 52 angstroms. The x,y,z coordinates were then imported into RELION using a modified version of the RELION preprocessing.py python script described in Bharat et. al. (2015). The script was modified to ensure that particles in one filament would be sorted into the same ODD or EVEN grouping to prevent over-estimation of FSC due to inclusion of the 2 or more overlapping particles in a filament in both half-datasets. ; _em_volume_selection.image_processing_id 1 _em_volume_selection.method 'Manual selection' _em_volume_selection.num_tomograms 62 _em_volume_selection.num_volumes_extracted 15000 _em_volume_selection.reference_model 'de novo' # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)' 'United States' 'R01 GM 110530' 1 'National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)' 'United States' 'U01 AI088752' 2 'National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)' 'United States' 'R01 TW009504' 3 'National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)' 'United States' 'R01 AI052473' 4 'National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)' 'United States' 'R01 298 AI121207' 5 'Agencia Nacional de Investigacion e Innovacion (ANII)' Uruguay FCE_3_2016_1_126797 6 'Agencia Nacional de Investigacion e Innovacion (ANII)' Uruguay ALI_1_2014_1_4982 7 'Agencia Nacional de Investigacion e Innovacion (ANII)' Uruguay FCE_3_2016_1_126797 8 'French National Research Agency' Uruguay ANR-18-CE15-0027-1 9 'French National Research Agency' Uruguay 'ANR-08-300 MIE-018' 10 # loop_ _pdbx_initial_refinement_model.id _pdbx_initial_refinement_model.type _pdbx_initial_refinement_model.source_name _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 1 'experimental model' PDB 5WJT 2 'experimental model' PDB 6NQW 3 'experimental model' PDB 6NQZ # _atom_sites.entry_id 6PWB _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O # loop_